1JISA

Crystal structure of tetragonal lysozyme grown at ph 4.6
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jisA00
2H9KA 2MEFA 4WLTA 1BWIA 4WLXA 4H8XA 4LT0A 1B5UA 1WQNA 3QY4A 4XN6A 5B06A 2HEEA 4PJ2C 1HSXA 5D5CA 1H87A 4TTDA 1YILA 2DQIY 3LZTA 9LYZA 1LSCA 5LAGA 4M6DA 4NSJA 4LYMA 4LFXA 1FKQA 2Z19A 5IELA 3AW7A 1OUGA 3WU8A 4UWUA 1EQ4A 4DWXA 3WU9A 4H9BA 2ZQ3A 4DDAA 1JHLA 4WM3A 1BB5A 5FSTA 1H6MA 4J1BA 1NHEA 5LA8A 1GB9A 4XJFA 4LYBA 4YOPA 1MELL 3WXTA 3WVXA 5HNCA 2I6ZA 2D4KA 5LVJA 4LYTA 1INUA 1F6SA 1GFJA 1IY4A 1GFEA 1LOZA 1UIDA 2LYMA 4II8A 4NIJA 5E9RA 4AGAA 4DD0A 1B7LA 5LIOA 5F9XA 5M1YA 5ILCA 4KL7A 1LSDA 1G7IC 5LVGA 4N8ZA 1VEDA 3A8ZA 4XADA 3WVYA 1RI8B 2HEFA 5KKIA 1GF7A 1HSWA 2CDSA 4QDNA 1J1XY 4H94A 1G7LC 3J4GA 1GDWA 1IOCA 3WL2A 1FLYA 4HPEA 1IOTA 1NDGC 4X3BA 1LZRA 1GFRA 2HEDA 5K7OA 2WARA 5I4WA 1LMTA 1D0KA 5APDA 3LYOA 3K3TA 2DBTA 5JENB 5B1FA 2BQCA 4NSHA 1B7OA 1GF6A 1LMNA 5B05A 1BWHA 4RDSA 1XGRC 1LTMA 1UIBA 2DQDY 4TSCA 3AGGG 4W96A 4GCCA 1PZYA 5E4PA 1QSAA 194LA 4RW1A 4YEMA 1LZEA 5DN5A 1T6VL 1UIAA 4H9HA 1ZVYB 2BQMA 4IASA 5LXWA 5ILFA 1GWDA 5L3IA 1WQPA 3BKHA 4H8YA 4LT1A 1Z55A 3FE0A 4CFPA 3QNGA 4C5FA 5KXNA 1YKXX 1OP9B 1NF5A 1JISA 1LHHA 1IWVA 1JJ1A 207LA 3W6BA 1DXJA 1GE2A 1LZSA 4WO9A 4NHPA 3TMWA 4CHXA 1C43A 1RJCB 2BQBA 3A3QA 2IFFY 5LAFA 3WMKA 3ATNA 1LSMA 3CSZA 1LZ8A 4BADA 4YEOA 5HQ1A 3IJVA 5F16A 4EMNA 4XJIA 153LA 2EIZC 1LSAA 5B1GA 1QDRA 5A3EA 1JPOA 1W08A 3GXKA 5DM9A 5I53A 4FDYA 2HEBA 4OWAA 4WG1A 4A7DA 2W1LA 1GB0A 1BB3A 4PGJB 2BQHA 4ZFPA 1GFVA 5APFA 2X0AA 5L3HA 1NBYC 4IJ4A 1YAOA 5I5QA 3IWRA 3WPLA 1LKSA 2EPEA 1BVXA 2CGIA 4NSIA 1J1PY 4B1AA 1DKKA 1NMMA 3IJUA 1OUIA 1IOSA 1GBSA 4NG1A 3RU5A 3T36A 1IEEA 2Z18A 4OOOA 4OW1A 3M3UA 2Z2EA 4XJDA 5F9UA 3AZ4A 2MEAA 4OWEA 4YF2A 3AZ5A 1YKYX 1HFYA 4GLAA 1TAYA 3B6LA 2F30A 4NHQA 1LYSA 4OWCA 1JSEA 5KXZA 1W6ZA 1WQQA 2FBBA 5LINA 3TXGA 2MEDA 3RW8A 2DKVA 1G7JC 1BWJA 1JWRA 3FI7A 5IHGA 4XYYA 4J1AA 135LA 4RLMA 1NDMC 4DD9A 1GB8A 1FBIX 3P66A 1LJKA 5DN4A 3TXKA 2Z2FA 3EMSA 5I54A 2Y8PA 1GXXA 1VDPA 1AT5A 4I8SA 4DC4A 2G4QA 2YBIA 4WLYA 1B5XA 1DI5A 4NGKA 2W1XA 5FEKA 4NWEA 4WM6A 154LA 1HF4A 4N1CC 1LCNA 2N5ZA 3WULA 3CSQA 1BVKC 4HP0A 4XENA 3WUMA 2YBLA 1ALCA 4NG8A 133LA 1C08C 4WL6A 3WPJA 3ZVQB 1IP6A 1LAAA 1HMLA 1LMOA 1QUTA 2XJWA 3AGIA 3G3AB 1JITA 4HSFA 3ZVQA 3HBDA 3B0OA 4GCEA 1LZNA 3CT1A 4GCDA 1OQMA 1YAMA 2BQJA 2ZYCA 4B4IA 2BQGA 1A4VA 1AT6A 3EXDA 1VDQA 4R0FA 1HFZA 3LYTA 4H1PA 1HEMA 1NKHA 3A6CY 2W1YA 3D9AC 4B4JA 1CJ7A 3GXRA 1IWXA 1EQEA 3AW6A 1YL0X 5HMVA 5KXTA 4G49A 1ZMYL 1LSGA 3A92A 1GB2A 1I20A 1KXXA 1LSPA 2D6BA 2HU3A 4NEBA 2F2NA 1JTPL 2MECA 1OUJA 5FHWA 5LVKA 3WPKA 1BQLY 3HBEX 1CKDA 1LSNA 1EL1A 2DQHY 1JEFA 1GE3A 5KXOA 1YAPA 1IP7A 4NFVA 1GD6A 1GF8A 4ETCA 1LJEA 1LZBA 1LMPA 2LZ2A 3A90A 4ETEA 4NGZA 1CKFA 2ZILA 1GB7A 1IP5A 1MLCE 4LZTA 5L9JA 4AXTA 3J6KA 1V7TA 2VB1A 1J1OY 2YVBA 4LYZA 3TXJA 2MEIA 1VFBC 2LYOA 5DLAA 5LVHA 1OUEA 3W3EA 4MSTA 2YBHA 3ATOA 1BGIA 2F4AA 1LSBA 2Z12A 1KIQC 1LMCA 2DQGY 3EO5A 4HJVA 1IP2A 2BAAA 2YBNA 2AUBA 1NWGA 1REMA 1B5WA 4ANRA 4QEQA 5I4YA 4Z46A 1GHLA 1EQ5A 1IY3A 1KIPC 4GCFA 1UUZC 5FCPA 2DQEY 1AM7A 2ZQ4A 4DDCA 1C45A 4Z3MA 1LZTA 2BQFA 4GCBA 4WMGA 1C46A 1GF5A 1CKGA 3WUNA 4G4BA 4PHIA 1O23A 1DKJA 2NWDX 1CJ8A 4HTQA 3W6CA 4ET8A 1I56A 1JKAA 4H93A 4NGWA 2D4IA 1IX0A 1FDLY 2C8PA 1JJ0A 1FKVA 1HEQA 2XBSA 4YM8A 2ZYPA 1D6PA 2DQAA 4NHIA 4OWBA 3A3RX 4MCKA 4CJ2A 4GN4A 1F6RA 1AZFA 1JSFA 3A95A 1LJ4A 1UIHA 3E3DA 1XFPL 1SQ2L 2Z39A 4H9EA 1LSZA 1GPQC 3B72A 4DYGA 4WG7A 1FLWA 5KXYA 1YL1X 4H92A 2FYDA 1GFKA 4XJBA 1LHLA 4G4CA 5C6IA 1GE1A 3AGHA 5FELA 1IR9A 4ETBA 1LHIA 1LSFA 5KXLA 1GFGA 1XEIA 2BQIA 3AZ7A 5HNLA 1LMAA 4WM1A 1UACY 1NBZC 1IP4A 4MR1A 5D5FA 1GAZA 3N9CA 3WW6A 2EKSC 4H90A 1OUHA 1IORA 2XTHA 1IP3A 1GFTA 4H9CA 4LFPA 4HTKA 4C3WA 1LKRA 1A2YC 1KXWA 3VWOA 1LZGA 1QUSA 2I25L 3A67Y 2G4PA 2DQCY 1GFAA 4GN3A 5II3A 4N5RA 3CQLA 1IWYA 1GE4A 1XGTC 1LZ9A 1IC7Y 2BLYA 1CKHA 2BQNA 3AYQA 5KJ9A 1UIGA 4HPIA 4WOAA 1NQIA 4WM5A 1B7MA 4LT3A 1GDXA 1HFXA 4XJHA 5HLLA 5KXKA 5KY1A 2C8OA 132LA 3TXDA 4DD1A 2I26L 3G3BB 4ET9A 4UWVA 3RT5X 1JKCA 2ZIKA 1HC0A 1P2CC 6LYTA 3P64A 1YAQA 5FDJA 3WYHA 1E8LA 4NGIA 1C7PA 1RE2A 2BQAA 1GBZA 2Q0MX 3AJNA 1DPXA 3CT5A 2LZTA 1JTTL 1FLUA 2BLXA 1D9UA 4RLNA 5AMYA 4BAFA 1GB3A 1HMKA 4N1EI 1HELA 3A96A 5KXWA 4NY5A 1JTOL 4BAPA 1HNLA 5KXRA 3A93A 1CJ6A 1CNSA 3TXEA 3ZEKA 1B2KA 2Z38A 1UIFA 3EBAB 1LJFA 1LHMA 1YIKA 2XBRA 3W6DA 1GBYA 1LSEA 2HEAA 2ZIJA 3WUAA 4QY9A 1TCYA 1XGUC 2IHLA 4L41A 1IVMA 4W94A 3RZ4A 4R6CA 1RFPA 1XGQC 1LJHA 4XJGA 5B59A 3WXUA 4O34A 1DI3A 1GAYA 1GF4A 3TXHA 1DZBX 4HJYA 2MEGA 1GF3A 1VDTA 2A7FA 2EQLA 3T6UA 2B5ZA 5F81A 1YANA 1AKIA 4PRQA 2HU1A 4GLVA 1JKDA 1I1ZA 4NHSA 4CFOA 4RW2A 1UBZA 3W6AA 4B4EA 3LYZA 4U3XB 3HBHA 5KXSA 5LA5A 1IWTA 2H9JA 1REXA 1XEJA 3OJPA 4H91A 4EOFA 4CGEA 1CJ9A 1GBXA 1PS5A 1UA6Y 1B7PA 1QSWA 1LZ1A 1IC5Y 2W1MA 3LYMA 3WH1A 2BQKA 1REZA 2DQJY 1GBWA 4LYOA 1XGPC 2H5ZA 4NWHA 2RSCA 4WL7A 4HTNA 1BB6A 4Z98A 3LZ2A 3WU7A 1LPIA 2HECA 4WO6A 1KXYA 1G7HC 1ZV5L 2YDGA 1D6QA 1RCMA 4UWNA 5KXMA 2FBDA 4NGOA 5T3FA 1LJJA 4ZEEA 4WM2A 1FLQA 1XEKA 3P65A 3SP3A 5LYMA 1YKZX 1GE0A 3ULRA 4B0DA 1GB6A 4DDBA 4DD3A 1QTEA 3LHMA 2MEHA 3A34A 4TUNA 4KT3A 1D0LA 1UIEA 4TX7A 2D91A 4G4HA 1IP1A 5B07A 4H8ZA 5KXPA 1IWUA 3TXBA 1LJNA 1JJ3A 3W6FA 1YQVY 1KIRC 4G9SA 6LYZA 2ZWBA 4ETDA 2PC2A 1HERA 3CSRA 5LVIA 4DT3A 1HHLA 1TBYA 7LYZA 5KKJA 1WVVA 1IC4Y 1GXV2 1WQOA 1WTMA 1DQJC 1B9OA 1UC0A 1LYOA 4WLDA 1B7QA 2LHMA 4N0JA 1JKBA 1TDYA 1YROA 3N9AA 1LYZA 3MGWA 1LYYA 2Z37A 4PPOA 1TEWA 1GF0A 5IDDA 2G4NA 1B7NA 1OUAA 1LZ6A 4HV1A 2ZNWY 2HTXA 2GV0A 4OOTA 2HUBA 134LA 3AZ6A 3BKVA 5A3ZA 5J7CA 1WQMA 4N9RA 2CJLA 1QTKA 1JUGA 3D3DA 1ZVHL 3B0IA 1LJ3A 3OK0A 1LZ4A 5C6LA 3P4ZA 2DQFC 1IWWA 1N4FA 5LYZA 5APCA 3A94A 1F10A 1LZCA 1OUDA 2MEEA 2BQEA 4NGLA 1LZ5A 4I0CA 1IO5A 3RNXA 208LA 1HEWA 5I4XA 193LA 1B7RA 5APEA 1REYA 3TXFA 3TMXA 1QIOA 1LMQA 4GN5C 4P2EA 1SLYA 1C10A 1VAUA 3HFMY 4NGVA 4KPMA 1B5ZA 4NGYA 1HENA 4KXIA 1WTNA 5KXXA 4TWSA 1LHJA 1D0MA 2YBMA 1IIZA 4J7VA 1F0WA 2F4GA 3F6ZA 1FN5A 1LHKA 4PRUA 4WM4A 3TMUA 4FJRA 4LYCA 1GEVA 3AB6A 3N9EA 1DI4A 1OUBA 3W6EA 1T3PA 4BS7A 3CB7A 3TXIA 4YENA 2LYZA 1WVUA 5DL9A 3WW5A 1G7MC 1GB5A 1GF9A 4OWHA 5LYTA 1CKCA 1OUCA 2BPUA 1LZAA 3QE8A 4D9ZA 1IR8A 1GEZA 1IR7A 1OUFA 1WQRA 4NGJA 1GFUA 3A6BY 4NSGA 1UICA 1BB4A 1B7SA 1LSYA 1DPWA 1VDSA 3KAMA 4M4OA 1GBOA 4ML7A 4LT2A 4J0LA 3LN2A 1V7SA 1QDTA 3M18B 2FYCA 3P68A 1B5VA 2MEBA 4QGZA 1BB7A 5HMJA 2BQLA 1VATA 4DD2A 1BHZA 1XSFA 3CT0A 1JIYA 4H9FA 5F14A 8LYZA 5C6JA 1B5YA 2A7DA 5EBHA 4Z41A 4H9AA 2YBJA 4ZIXA 3B0KA 1IOQA 4LGKA 2BQDA 4B49A 3A91A 1B0DA 4DD7A 1GFHA 1LZDA 4H9IA 1HEOA 4ETAA 2BQOA 1LJGA 1UCOA 2D4JA 2CWIA 2ZNXY 4HV2A 4TSBA 1LJIA 3TMVA 1QQYA 4IATA 1IWZA 1HEPA 4NHTA 4HJZA 4E3UA 1LZYA 2YSSC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEFA 4WLTA 4WLXA 4H8XA 1L83A 4I7MA 3QY4A 4K5YA 174LA 1L04A 9LYZA 4LYMA 4LFXA 3WU8A 4UWUA 1EQ4A 1LPYA 2ZQ3A 1JHLA 4WM3A 1QUDA 1H6MA 5FSTA 3SN6R 1GB9A 4YOPA 1MELL 3WXTA 1JTMA 5HNCA 2HULA 1GFJA 1LOZA 4NIJA 2LYMA 4DD0A 183LA 5ILCA 1QUHA 1LSDA 3A8ZA 4XADA 1GF7A 1J1XY 1L67A 1CUQA 4X3BA 1LZRA 2WARA 1GF6A 1L73A 4RDSA 3V2WA 1XGRC 2HUKA 1QSAA 1LZEA 253LA 1T6VL 2A4TA 1C6TA 1ZVYB 2BQMA 5ILFA 1GWDA 4H8YA 3FE0A 4CFPA 5KXNA 1L75A 1JISA 1NF5A 1LHHA 3W6BA 1C6DA 4NHPA 1L05A 1C43A 3A3QA 2IFFY 5HQ1A 4YEOA 1G0LA 5F16A 5A3EA 5DM9A 4EXMA 5I53A 4FDYA 1GB0A 5APFA 4YXAC 5I5QA 3IWRA 1LKSA 4B1AA 1GBSA 3T36A 2Z18A 1PQMA 2O79A 108LA 3SB6A 139LA 4OWEA 1L26A 3AZ5A 3GUJA 3B6LA 4NHQA 1WQQA 2DKVA 1JWRA 1XJUA 3FI7A 5IHGA 240LA 4W55A 4XYYA 4RLMA 4DD9A 5DN4A 3EMSA 111LA 7LZMA 2Y8PA 2OE4X 1L22A 4I8SA 2YBIA 115LA 4NWEA 4N1CC 1LCNA 3WULA 3CSQA 1L37A 4HP0A 4NG8A 3HTGA 1QS9A 4DQ7A 1CV5A 1LMOA 1QUTA 2XJWA 3AGIA 4GCEA 1LZNA 4GCDA 1YAMA 1A4VA 1VDQA 4R0FA 4EPFA 3A6CY 1IWXA 3AW6A 5I14A 4G49A 1GB2A 1LSPA 1KXXA 1L88A 4NEBA 1JTPL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H9K A;  2MEF A;  4WLT A;  1BWI A;  4WLX A;  4H8X A;  4LT0 A;  1B5U A;  1WQN A;  3QY4 A;  4XN6 A;  5B06 A;  2HEE A;  4PJ2 C;  1HSX A;  5D5C A;  1H87 A;  4TTD A;  1YIL A;  2DQI Y;  3LZT A;  9LYZ A;  1LSC A;  5LAG A;  4M6D A;  4NSJ A;  4LYM A;  4LFX A;  1FKQ A;  2Z19 A;  5IEL A;  3AW7 A;  1OUG A;  3WU8 A;  4UWU A;  1EQ4 A;  4DWX A;  3WU9 A;  4H9B A;  2ZQ3 A;  4DDA A;  1JHL A;  4WM3 A;  1BB5 A;  5FST A;  1H6M A;  4J1B A;  1NHE A;  5LA8 A;  1GB9 A;  4XJF A;  4LYB A;  4YOP A;  1MEL L;  3WXT A;  3WVX A;  5HNC A;  2I6Z A;  2D4K A;  5LVJ A;  4LYT A;  1INU A;  1F6S A;  1GFJ A;  1IY4 A;  1GFE A;  1LOZ A;  1UID A;  2LYM A;  4II8 A;  4NIJ A;  5E9R A;  4AGA A;  4DD0 A;  1B7L A;  5LIO A;  5F9X A;  5M1Y A;  5ILC A;  4KL7 A;  1LSD A;  1G7I C;  5LVG A;  4N8Z A;  1VED A;  3A8Z A;  4XAD A;  3WVY A;  1RI8 B;  2HEF A;  5KKI A;  1GF7 A;  1HSW A;  2CDS A;  4QDN A;  1J1X Y;  4H94 A;  1G7L C;  3J4G A;  1GDW A;  1IOC A;  3WL2 A;  1FLY A;  4HPE A;  1IOT A;  1NDG C;  4X3B A;  1LZR A;  1GFR A;  2HED A;  5K7O A;  2WAR A; 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 1HEW A;  5I4X A;  193L A;  1B7R A;  5APE A;  1REY A;  3TXF A;  3TMX A;  1QIO A;  1LMQ A;  4GN5 C;  4P2E A;  1SLY A;  1C10 A;  1VAU A;  3HFM Y;  4NGV A;  4KPM A;  1B5Z A;  4NGY A;  1HEN A;  4KXI A;  1WTN A;  5KXX A;  4TWS A;  1LHJ A;  1D0M A;  2YBM A;  1IIZ A;  4J7V A;  1F0W A;  2F4G A;  3F6Z A;  1FN5 A;  1LHK A;  4PRU A;  4WM4 A;  3TMU A;  4FJR A;  4LYC A;  1GEV A;  3AB6 A;  3N9E A;  1DI4 A;  1OUB A;  3W6E A;  1T3P A;  4BS7 A;  3CB7 A;  3TXI A;  4YEN A;  2LYZ A;  1WVU A;  5DL9 A;  3WW5 A;  1G7M C;  1GB5 A;  1GF9 A;  4OWH A;  5LYT A;  1CKC A;  1OUC A;  2BPU A;  1LZA A;  3QE8 A;  4D9Z A;  1IR8 A;  1GEZ A;  1IR7 A;  1OUF A;  1WQR A;  4NGJ A;  1GFU A;  3A6B Y;  4NSG A;  1UIC A;  1BB4 A;  1B7S A;  1LSY A;  1DPW A;  1VDS A;  3KAM A;  4M4O A;  1GBO A;  4ML7 A;  4LT2 A;  4J0L A;  3LN2 A;  1V7S A;  1QDT A;  3M18 B;  2FYC A;  3P68 A;  1B5V A;  2MEB A;  4QGZ A;  1BB7 A;  5HMJ A;  2BQL A;  1VAT A;  4DD2 A;  1BHZ A;  1XSF A;  3CT0 A;  1JIY A;  4H9F A;  5F14 A;  8LYZ A;  5C6J A;  1B5Y A;  2A7D A;  5EBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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