1JJ3A

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown at ph 4.6
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jj3A00
1IP7A 1LZGA 4XADA 5M1YA 2D6BA 2HEDA 5IDDA 2C8PA 4J7VA 4NGKA 1UACY 4H94A 1B7LA 4GN5C 5APDA 3AGHA 5T3FA 1REZA 2CGIA 1OUAA 2YBJA 1AT6A 1UIEA 5I5QA 1LOZA 3RZ4A 3WVYA 2A7FA 1DQJC 1GBZA 1FKQA 1LTMA 2IFFY 1CJ8A 1QQYA 1UBZA 1XFPL 2BQGA 3WMKA 3ZVQB 133LA 3A3QA 2D91A 4HJYA 3A91A 1OUCA 3W3EA 1DKKA 4OW1A 2MEGA 5KXZA 5LVJA 2HEFA 3TXJA 4NGJA 2XBSA 4NG1A 3QY4A 1B5ZA 1IP5A 1LYYA 2DQIY 1IWZA 2XTHA 1JJ0A 1VDPA 7LYZA 5APCA 2MEHA 1LKSA 3W6BA 1IP6A 4WO9A 2EPEA 4DT3A 1KIRC 1GBWA 1XGPC 2BQOA 1HEPA 1HMLA 1D0MA 1OUGA 2MEDA 1IP3A 3AZ7A 3D9AC 3LYTA 3P64A 4NHPA 5FCPA 1J1PY 5HMVA 1GB8A 1LJHA 1TCYA 2ZYCA 1V7SA 3HBHA 5FSTA 3WW5A 3TMUA 4LYZA 2FBDA 1D9UA 1B5VA 4CHXA 3AGGG 4WL7A 3BKVA 2YBHA 1FDLY 2ZQ3A 3A95A 2I6ZA 3B0IA 4H93A 1GE2A 1D0LA 4Z98A 4ETAA 1GB7A 1OUIA 2BQAA 3N9EA 4OWBA 4WL6A 1LZ8A 4ZFPA 2LZ2A 3TXBA 1FBIX 1GF6A 1LSEA 2Z37A 2BQKA 4LFXA 2Z38A 4TSCA 4XN6A 1GAYA 2BQNA 2Y8PA 2ZYPA 3CT5A 4E3UA 1W08A 3B72A 4CGEA 4P2EA 3GXKA 2MECA 1YAQA 4R0FA 1NDMC 4EOFA 5I53A 5II3A 3HBEX 2D4IA 3AJNA 1LZ1A 1CNSA 4N1CC 1CKGA 4LYCA 1B7PA 1IWUA 4DWXA 1HMKA 4NSGA 4XJDA 3OJPA 1LJKA 4OWCA 2MEIA 2BQCA 1LSYA 1C10A 2MEFA 1G7JC 2XJWA 1IVMA 5L9JA 1GFGA 4U3XB 3RT5X 4HV1A 5I54A 6LYTA 1DZBX 1YKZX 2YDGA 4NWEA 1VDSA 1JTOL 4ML7A 4WM5A 4PPOA 2H9JA 1OQMA 3A92A 1GPQC 1IC7Y 1UIGA 3TXHA 2H5ZA 1RJCB 5KXXA 2BQMA 3W6AA 1LHLA 1QUTA 3IWRA 1H87A 3CT0A 4UWNA 1H6MA 3EXDA 1I1ZA 5JENB 2CWIA 4GLAA 5KY1A 1IR8A 1GF7A 1GBYA 4NGIA 5L3HA 4NGLA 5B1GA 5HLLA 4TSBA 4B4IA 4ZEEA 1GBSA 1C08C 4KL7A 1IR7A 1LZNA 5KXNA 1GB9A 5KKJA 4N9RA 5LIOA 1QSAA 3WH1A 5F14A 4XJIA 1RI8B 1LYZA 4GCFA 4WO6A 4BAPA 1LJ3A 3LHMA 5KXMA 3E3DA 3LN2A 3AZ4A 1OUEA 1QDRA 1A2YC 1ZVYB 3LZTA 5J7CA 4ETDA 4HSFA 1LKRA 1NQIA 4WG7A 5IELA 2NWDX 1NWGA 1VATA 1BVKC 3CB7A 4ETEA 1BWIA 1LJNA 1DI4A 3GXRA 5LYTA 3WULA 2W1LA 1JJ3A 5LA8A 4PGJB 4LYTA 1P2CC 3TXKA 1I20A 4NHSA 1UCOA 1F6SA 1DPXA 1YAOA 2ZIJA 1JITA 1JWRA 1GFKA 1IC5Y 1O23A 2BQFA 2BQHA 2HECA 2ZILA 3TXFA 5ILCA 5LXWA 3CSRA 3W6EA 2FYCA 4B4EA 4H9EA 1LZ9A 1LSFA 1LZYA 1B9OA 5KJ9A 1LZSA 1XEJA 1IWWA 1LSZA 3P66A 4LFPA 2F4AA 4NHIA 4UWUA 1J1OY 1JTPL 4WM1A 4YENA 5F9UA 1GF5A 3M3UA 4DD2A 1QDTA 1YANA 2CDSA 1OUFA 4TUNA 1IWTA 1JEFA 1GFVA 2HU3A 3WXUA 1CJ6A 4NGVA 1GEVA 1HERA 1UIHA 1XGUC 154LA 1GWDA 1T6VL 4DD3A 4J1BA 4MSTA 5L3IA 1WQRA 3A34A 1LJGA 1UUZC 3EO5A 3J6KA 1GFRA 1IC4Y 1HFZA 4BADA 1NBYC 2C8OA 3A94A 4N1EI 4DDBA 5DN5A 1XGRC 4NFVA 1LSBA 2YBMA 1DI3A 4KPMA 5B06A 1IY3A 1GFJA 4FDYA 4RW1A 2WARA 4NGZA 1AZFA 1FLYA 1KXXA 3WXTA 3CSZA 2DQCY 1AM7A 3WUAA 1QIOA 4LYMA 5DN4A 3A90A 4UWVA 4WG1A 1CKCA 1C45A 1VEDA 4M4OA 1GE3A 1HHLA 1UIAA 1JHLA 3N9CA 4RW2A 1LSNA 1LZBA 2DKVA 2YVBA 3QE8A 4H9AA 4HV2A 5FDJA 4NSHA 1JKBA 1ZV5L 3WYHA 3P65A 1YL1X 4NG8A 4B1AA 1QSWA 3WPKA 5E9RA 3K3TA 4KXIA 1WVVA 4DD1A 5HNCA 4ETBA 1C43A 3QNGA 1BB4A 1HSWA 5LVIA 5LAGA 2Z12A 1HELA 4B49A 1UA6Y 1D6PA 3FE0A 5I4XA 5KKIA 1LYOA 4H91A 1BHZA 1RCMA 5KXLA 1CJ9A 1GBXA 1LSCA 4H8XA 3WW6A 2I25L 1WQQA 2EKSC 4N8ZA 1JKAA 1LSDA 1HEWA 1LHMA 1QTEA 4YOPA 5APEA 5FELA 4Z41A 1GFAA 1LJ4A 4H8YA 1GF3A 4YM8A 4QDNA 1GXV2 2HTXA 1LSMA 1YIKA 2ZQ4A 4II8A 4NSJA 4GCBA 3WU9A 1YROA 1GFEA 1PZYA 4NHQA 2DQDY 1GBOA 2Z39A 1JKDA 1I56A 2DQGY 1IORA 1IP2A 4RLMA 3TXIA 1LZCA 1LJIA 5APFA 2N5ZA 4DD0A 5KXSA 4CFPA 2FBBA 1CKFA 6LYZA 1BB3A 2ZIKA 2Q0MX 1XEKA 5KXRA 1ALCA 3WU7A 4XYYA 1AT5A 4DDAA 1LZEA 3A8ZA 1GF4A 2HU1A 5IHGA 3W6CA 3CSQA 2BQJA 2F4GA 2XBRA 3B0KA 2AUBA 3B6LA 3TMVA 1IEEA 1XGQC 1HFYA 1MLCE 1TBYA 4Z46A 1VFBC 3EMSA 1D6QA 2W1MA 1A4VA 4H9HA 4NGWA 1LMTA 2CJLA 194LA 3M18B 5A3ZA 4HTKA 2RSCA 1JKCA 2BAAA 1B2KA 4NGYA 1F0WA 1GB5A 2YBNA 1HC0A 3W6DA 1LMCA 4PJ2C 1W6ZA 4W96A 1TDYA 3MGWA 1HF4A 1GB3A 1LZ6A 3HBDA 1GD6A 4HTQA 1VDTA 2G4PA 5LINA 2W1XA 1GF9A 5ILFA 2MEEA 3A6CY 4WLXA 4G9SA 4NWHA 4WLDA 1F6RA 3A96A 2HUBA 2ZWBA 2LYOA 1HNLA 1EQ4A 3HFMY 4ET8A 1FN5A 5LVGA 1IWXA 3RNXA 4LYOA 1GAZA 1AKIA 3TMXA 4H1PA 4OOTA 1GB2A 1BWHA 1FLUA 4R6CA 2FYDA 1B7QA 1DKJA 3WUMA 1LMNA 5KXPA 1SQ2L 3BKHA 4YEMA 3AB6A 1B5WA 1HEMA 4LT1A 1EL1A 1YKYX 4XJGA 5I4WA 1B0DA 2B5ZA 1NDGC 4XJBA 1UC0A 1E8LA 3G3BB 193LA 2LHMA 1G7MC 2BLXA 1D0KA 4LZTA 1MELL 2D4JA 4NSIA 1IWYA 2VB1A 5B07A 4YF2A 5C6LA 2BQBA 3FI7A 4LGKA 5C6JA 1LJJA 1XSFA 5F9XA 1GE0A 5KXWA 1LZTA 1JTTL 3ATOA 4J1AA 4O34A 134LA 3IJVA 1YAMA 4H9FA 4B0DA 4DC4A 1LJEA 1OUBA 4BAFA 5LVKA 2DQAA 4H8ZA 4ET9A 4C3WA 4NEBA 4Z3MA 1WQOA 1T3PA 1HEOA 2Z2EA 3RU5A 1QTKA 1GFUA 5B59A 4H9BA 1NF5A 4B4JA 1IP4A 1NKHA 5D5FA 2DQEY 1OUJA 1IY4A 3TMWA 1BWJA 1WTMA 1LJFA 1OUHA 5LYZA 3ZVQA 4CJ2A 1BB5A 1XEIA 5LA5A 2GV0A 1B5UA 5DM9A 1G7HC 3T36A 1LZ4A 3A3RX 1IOCA 3TXGA 2MEBA 1GE4A 3A67Y 4DD9A 1ZVHL 2BLYA 5FHWA 1GXXA 4G4HA 4WLYA 4GN3A 4DYGA 1KXWA 4I0CA 1B5XA 1KIPC 3ATNA 4YEOA 1FLQA 1NMMA 4J0LA 3WL2A 5KXKA 5A3EA 4GCDA 4GN4A 4RDSA 1C46A 4WM2A 1INUA 207LA 1JSEA 1IP1A 1PS5A 3KAMA 4L41A 4G4CA 4H90A 1IX0A 5AMYA 1JPOA 3AZ6A 1WVUA 2DBTA 4G4BA 1LYSA 3P68A 3LYOA 4LYBA 3T6UA 1XGTC 2Z18A 1BQLY 3WVXA 1FKVA 1TEWA 4DDCA 1QUSA 153LA 2I26L 4PRUA 1JJ1A 4CFOA 1B7MA 1N4FA 208LA 1J1XY 4N5RA 1HEQA 1BB6A 1B7SA 1LHKA 2DQFC 4HPEA 1GF0A 1LZAA 1JISA 4WOAA 4LT2A 1NHEA 4WLTA 3AGIA 4HTNA 3VWOA 4C5FA 2A7DA 3N9AA 1NBZC 4OOOA 4IJ4A 1DPWA 3CT1A 1DI5A 3P4ZA 4H9CA 4NHTA 4OWHA 2BQEA 4N0JA 4EMNA 1YKXX 2Z2FA 1LMPA 2EQLA 1GHLA 2BQDA 1REXA 2MEAA 5EBHA 1IR9A 1IWVA 1OP9B 5DLAA 1BGIA 4LT3A 4W94A 4ANRA 3LYZA 4AGAA 4BS7A 5LYMA 1IIZA 1BB7A 1SLYA 2EIZC 2H9KA 1WQNA 3B0OA 3IJUA 4KT3A 4TTDA 1KXYA 5C6IA 2ZNWY 3A93A 1VDQA 2HEEA 1LHIA 4GCCA 2X0AA 4XJFA 4D9ZA 5KXTA 1LSPA 1KIQC 3WPJA 132LA 4TX7A 1LAAA 4AXTA 1GDXA 3F6ZA 3EBAB 1CKHA 2LYMA 2YSSC 5K7OA 1RFPA 2IHLA 2W1YA 1LHHA 3WUNA 1JIYA 1UIDA 5D5CA 2D4KA 1JSFA 2G4NA 1WQPA 1LHJA 1LSGA 3CQLA 4I8SA 1B5YA 4NGOA 4WM3A 4A7DA 2DQJY 1IOQA 5DL9A 4H92A 2ZNXY 4MCKA 1IO5A 5B1FA 4QY9A 1YQVY 1BVXA 1TAYA 2BQLA 9LYZA 1LPIA 3TXDA 4GLVA 1CJ7A 4RLNA 1IOTA 135LA 4OWEA 1UICA 4WMGA 1WTNA 1RE2A 2LZTA 3WPLA 1WQMA 4IASA 4HP0A 4OWAA 4TWSA 4PHIA 4WM6A 4ETCA 4XJHA 2DQHY 2BQIA 1GFTA 1VAUA 2LYZA 1YL0X 1ZMYL 5B05A 4HJVA 1REMA 4M6DA 1B7NA 1B7OA 4HPIA 1CKDA 4X3BA 1HSXA 4IATA 5LVHA 1UIFA 2HEBA 4QEQA 1C7PA 5KXOA 2HEAA 5KXYA 8LYZA 1LCNA 2YBLA 4G49A 1GB0A 5HQ1A 4WM4A 2PC2A 1LZ5A 5I4YA 3LZ2A 4NIJA 3TXEA 1OUDA 5F81A 1LSAA 5HMJA 3WU8A 5E4PA 1G7IC 1LMOA 1YILA 1B7RA 1V7TA 1LMQA 4HJZA 3SP3A 4NY5A 1GFHA 1GB6A 1YAPA 2F30A 3AZ5A 1G7LC 1HENA 1LZDA 4DD7A 4GCEA 3AYQA 1LZRA 1EQ5A 1UIBA 3RW8A 3AW6A 5HNLA 1HFXA 1DXJA 3ULRA 3A6BY 4MR1A 1GF8A 4FJRA 3D3DA 1GDWA 2YBIA 4H9IA 1GEZA 1GE1A 2BPUA 2F2NA 3AW7A 2G4QA 5F16A 1EQEA 1REYA 1Z55A 1F10A 3J4GA 2Z19A 4PRQA 4ZIXA 4QGZA 4LT0A 5LAFA 3OK0A 5FEKA 3LYMA 1JUGA 3ZEKA 1LMAA 3G3AB 3W6FA 1IOSA 4XENA 1FLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZGA 4XADA 2D6BA 2HEDA 1L35A 5IDDA 4GN5C 1L11A 2CGIA 2YBJA 5I5QA 1C6TA 1L19A 2OU9A 1QUHA 3W3EA 4W56A 2MEGA 212LA 3DN4A 5KXZA 2HEFA 3FADA 3TXJA 3QY4A 166LA 1L74A 1G0PA 4WO9A 1KIRC 1XGPC 2BQOA 5IELA 1GB8A 2ZYCA 1L54A 5FSTA 1D9UA 4H93A 1L07A 1DYAA 4Z98A 3N9EA 4OWBA 2Z37A 4XN6A 4E3UA 1W08A 3B72A 2MECA 245LA 111LA 1YAQA 244LA 4R0FA 4DQJA 2RBPA 4LYCA 1KW5A 4XJDA 1LJKA 4LZMA 1C10A 1IVMA 4U3XB 3RT5X 5I54A 4NWEA 2YDGA 214LA 1VDSA 1C68A 3V2YA 1D2WA 1GPQC 1UIGA 3TXHA 5KXXA 1LHLA 1XJUA 3CT0A 4UWNA 5I14A 5JENB 5KY1A 1IR8A 262LA 1DYCA 182LA 4TSBA 4ZEEA 1C08C 4KL7A 1QSAA 4GCFA 1LJ3A 1OUEA 4I7SA 1L01A 4HSFA 1VATA 1QT4A 1BVKC 3CB7A 1BWIA 3WULA 1JJ3A 4LYTA 1F6SA 5LZMA 1JITA 1JWRA 1IC5Y 200LA 2BQHA 2HECA 2ZILA 5ILCA 3CSRA 1LSZA 3P66A 4LFPA 4WM1A 4YENA 5KXNA 1JTPL 3M3UA 1QS5A 1YANA 2ANVA 1JEFA 154LA 126LA 223LA 3DN2A 4MSTA 3A34A 3EO5A 1LJGA 1IC4Y 1L23A 5DN5A 103LA 1L87A 1GFJA 1AZFA 247LA 162LA 1QIOA 3A90A 3DMZA 177LA 1HHLA 3N9CA 3TXDA 4HV2A 1C6EA 4NSHA 1ZV5L 3P65A 4B1AA 4KXIA 5HNCA 1C43A 3QNGA 1G0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP7 A;  1LZG A;  4XAD A;  5M1Y A;  2D6B A;  2HED A;  5IDD A;  2C8P A;  4J7V A;  4NGK A;  1UAC Y;  4H94 A;  1B7L A;  4GN5 C;  5APD A;  3AGH A;  5T3F A;  1REZ A;  2CGI A;  1OUA A;  2YBJ A;  1AT6 A;  1UIE A;  5I5Q A;  1LOZ A;  3RZ4 A;  3WVY A;  2A7F A;  1DQJ C;  1GBZ A;  1FKQ A;  1LTM A;  2IFF Y;  1CJ8 A;  1QQY A;  1UBZ A;  1XFP L;  2BQG A;  3WMK A;  3ZVQ B;  133L A;  3A3Q A;  2D91 A;  4HJY A;  3A91 A;  1OUC A;  3W3E A;  1DKK A;  4OW1 A;  2MEG A;  5KXZ A;  5LVJ A;  2HEF A;  3TXJ A;  4NGJ A;  2XBS A;  4NG1 A;  3QY4 A;  1B5Z A;  1IP5 A;  1LYY A;  2DQI Y;  1IWZ A;  2XTH A;  1JJ0 A;  1VDP A;  7LYZ A;  5APC A;  2MEH A;  1LKS A;  3W6B A;  1IP6 A;  4WO9 A;  2EPE A;  4DT3 A;  1KIR C;  1GBW A;  1XGP C;  2BQO A;  1HEP A;  1HML A;  1D0M A;  1OUG A;  2MED A;  1IP3 A;  3AZ7 A;  3D9A C;  3LYT A;  3P64 A;  4NHP A;  5FCP A;  1J1P Y;  5HMV A;  1GB8 A;  1LJH A;  1TCY A;  2ZYC A;  1V7S A;  3HBH A;  5FST A;  3WW5 A;  3TMU A;  4LYZ A;  2FBD A;  1D9U A;  1B5V A;  4CHX A;  3AGG G;  4WL7 A;  3BKV A;  2YBH A;  1FDL Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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