1JKAA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by asp
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWDSGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkaA00
1HC0A 2LZ2A 3HFMY 4LT1A 153LA 1GDXA 2MEEA 1G7JC 3GXRA 1P2CC 4DT3A 2YVBA 3A90A 4OWHA 1PZYA 5D5FA 5I4WA 4II8A 4DD3A 1REZA 4HJYA 4XYYA 3G3AB 2LYOA 3OK0A 4UWNA 1GB2A 1OUGA 1XEJA 2BQNA 4ZEEA 5II3A 1NDMC 4RLNA 1GE4A 2F4AA 4H8YA 4GCDA 2BAAA 1JSEA 1E8LA 4W96A 1IC7Y 3A6BY 1T6VL 5LVIA 1GFTA 2IFFY 5LINA 1IP1A 4GCFA 3IJUA 3WUAA 4WLXA 1I1ZA 4N5RA 4M6DA 1HF4A 1LKRA 1GFHA 4N9RA 1D0LA 1EL1A 1LSAA 1J1OY 4OWBA 2C8PA 4LZTA 3K3TA 3LYMA 4NFVA 1GF8A 2W1XA 3WH1A 1GF0A 2MEAA 3B0KA 4H9HA 5LA8A 4OWCA 4BADA 1C10A 4NGYA 1I56A 5KKJA 3EBAB 4ML7A 1INUA 1LSPA 4LGKA 3WL2A 1LOZA 1GB5A 1HEWA 1TAYA 1VATA 1OP9B 3N9CA 1GE0A 1QTEA 1WTMA 2ZWBA 1ALCA 1C45A 1GE1A 1FN5A 1CNSA 1ZVHL 4ETCA 1GBZA 1LYSA 1DQJC 4Z41A 1IOCA 5LYMA 4H9EA 4NHQA 1IP3A 1HHLA 4Z3MA 5DL9A 4YM8A 1AT6A 1LJEA 1D6QA 2DQDY 1DXJA 1HMLA 2DQEY 1JSFA 3QNGA 3CT0A 3A95A 4NWEA 1CJ8A 1REXA 5I4XA 3LYOA 4H8ZA 5HMVA 2W1MA 1IR7A 1AT5A 2BQGA 4PPOA 1NDGC 1UCOA 1GFGA 1VFBC 4WL6A 3WMKA 1JTOL 1LSGA 2MEIA 1LJ3A 1UIGA 4LYCA 4Z46A 3AYQA 2BQLA 4CJ2A 4M4OA 4H91A 4E3UA 5IELA 3LYZA 3SP3A 2YBIA 1F0WA 4H8XA 2Y8PA 2B5ZA 4H9FA 1REMA 1IWWA 1GBOA 1LHHA 1HERA 3TMUA 3WU9A 1FKQA 2VB1A 1JISA 4NSIA 4I8SA 1OUEA 1CKCA 5LIOA 1BQLY 3A3RX 4B0DA 3W6CA 1IIZA 1IR9A 1SQ2L 2BQIA 3AZ7A 4IJ4A 2BQCA 3TMWA 5J7CA 1REYA 2XBRA 2BQOA 3TXKA 5I54A 4XJHA 4ETBA 4WG7A 4N0JA 1UUZC 5APFA 6LYZA 1HEQA 4IATA 4NEBA 1I20A 2YBMA 4IASA 3W6BA 4ETAA 4G4HA 4LFXA 1BVXA 4R0FA 1GB0A 4RW2A 1LZEA 5KXTA 1LJJA 2BQHA 1BB4A 1J1PY 1XGQC 3LHMA 5LYTA 1BWIA 2G4NA 2YBJA 3A6CY 2BQBA 1C46A 1QTKA 1KIPC 1UIFA 1QSWA 3ATOA 3BKVA 4XJDA 2DQCY 4XJFA 1TCYA 4OWAA 2BPUA 4BS7A 1LMAA 1UIEA 4FDYA 1YL1X 4KPMA 3D9AC 1WQRA 1LZ6A 2YBLA 1G7MC 4DD0A 1ZVYB 4DD2A 1VDPA 5K7OA 4HV2A 1B7OA 1B7NA 4XN6A 1LSNA 1B5XA 3RW8A 1HMKA 4GCEA 5LAGA 4AGAA 4N8ZA 1YKZX 5LAFA 1WQNA 1XFPL 5KXKA 4YOPA 2C8OA 1LMTA 1C08C 1LYYA 4CFPA 4GCBA 1EQEA 1LSZA 3CSRA 1LTMA 1CKFA 207LA 1XGPC 3A93A 3AZ5A 1OUIA 4P2EA 2BQAA 1GFAA 2Z39A 3E3DA 5FCPA 1LJKA 1LJNA 1IY4A 1LKSA 2YDGA 1QDRA 2ZIKA 4J7VA 4C3WA 5F81A 2FYDA 1FBIX 2DKVA 1LJGA 2DQGY 1GEVA 2ZYCA 2EKSC 4LYOA 3A96A 1EQ5A 5A3ZA 4J0LA 1CKGA 2Z2FA 5LXWA 1LMNA 2HTXA 1GBYA 2F30A 2GV0A 1B7SA 1NBYC 1GFJA 1T3PA 3P66A 3IJVA 4B4IA 3W6FA 1RCMA 4YEOA 5L3HA 1IY3A 3TXGA 1LPIA 2LHMA 4UWVA 2HEEA 3WULA 1TEWA 1UIBA 1IX0A 5F9XA 5EBHA 4LFPA 1LHLA 1IP7A 1IVMA 1GE2A 1IWYA 2DQHY 4J1BA 1RFPA 4LYBA 4XADA 4UWUA 4ZFPA 5ILFA 4TX7A 5HQ1A 135LA 4CHXA 5LVGA 1QUTA 1FLWA 3TXFA 1YROA 3WW6A 3AW7A 4C5FA 5ILCA 3WW5A 2HECA 3FI7A 4WLDA 1LYOA 1D9UA 2BQMA 2XJWA 4WM1A 1GF6A 3TXIA 1GBWA 1IWTA 1HSXA 1XEKA 3OJPA 4MR1A 193LA 2A7FA 5B07A 4G4BA 2W1YA 3BKHA 4CGEA 3CSQA 3P68A 3WVYA 1GFRA 3TXBA 2Z18A 1YANA 4HPEA 5APCA 2ZIJA 4TUNA 2DQAA 3WU7A 1LHIA 5IDDA 3EO5A 3ATNA 5KXPA 1YKYX 4NSHA 4TWSA 4N1CC 5KXOA 5KXMA 1KIRC 3RZ4A 1W6ZA 5HNCA 1LMPA 2HEFA 4B49A 4NHIA 4WOAA 1B9OA 1AKIA 1OUAA 2D4KA 2YBNA 1CJ6A 1B0DA 3WXUA 5HNLA 5FEKA 4HPIA 4ETDA 5C6JA 2MECA 4WO9A 1HFZA 3A94A 1RJCB 1LHMA 1LJFA 4J1AA 5A3EA 5KXWA 5D5CA 3ZEKA 2WARA 1HELA 2RSCA 133LA 5LVJA 5KXZA 1CJ7A 1KXXA 5FDJA 5B1FA 4QDNA 1HEPA 1WQQA 2D6BA 2EPEA 1JJ3A 2YSSC 4QY9A 1GXV2 2CJLA 2DQIY 3J6KA 5DLAA 1LZ9A 2MEFA 5LYZA 4LYMA 2AUBA 3FE0A 4WM5A 4TSCA 3CB7A 1NBZC 4I0CA 1LAAA 4OOTA 4RDSA 1GB7A 1LJ4A 1OUBA 3WPKA 4G49A 2HEAA 1BHZA 2BQJA 2Z38A 4XJGA 1BB5A 1D0MA 4NGOA 4XENA 1LZSA 1GAYA 1UC0A 2D4JA 1BB6A 4WMGA 2ZNXY 4QGZA 4WM2A 1G7LC 1PS5A 1RE2A 1N4FA 1GFUA 5KKIA 2LZTA 3AW6A 5HMJA 1IWZA 2I25L 1WQMA 4HTNA 4NIJA 1BGIA 1UIAA 2G4PA 3A92A 3MGWA 4CFOA 3ZVQB 1G7HC 1NHEA 4WLYA 5T3FA 1GWDA 5B1GA 1VEDA 2MEHA 1LZ1A 4EOFA 4B4JA 5JENB 3W3EA 4D9ZA 1GBXA 4NGWA 1D0KA 3LYTA 4PGJB 1GE3A 4NWHA 1HFYA 2CDSA 4N1EI 3T36A 4KL7A 2HEDA 3TXHA 3WXTA 3F6ZA 4DD1A 1C7PA 4H94A 5F9UA 5FELA 2XTHA 1DPWA 4OW1A 1JJ0A 4NGLA 2ZNWY 1LZ4A 4LT2A 4R6CA 4HJVA 5APEA 1IP6A 4NHSA 1TBYA 3LN2A 5KXNA 1JKDA 4YEMA 1GF3A 1H6MA 1NMMA 1LHJA 1LSEA 1JTPL 3B0OA 3WYHA 2LYZA 4G4CA 1ZV5L 1IP5A 3KAMA 1GB6A 1LMCA 4H1PA 1GB8A 1YILA 2YBHA 4HTKA 3A91A 2BQFA 1F10A 4B1AA 1YKXX 3GXKA 3IWRA 5KXRA 4GN4A 3WUNA 2BLXA 3AGIA 1VDQA 1WVUA 3AZ4A 1LSYA 3D3DA 1GD6A 1LZGA 1GB9A 2ZQ3A 1LZRA 3CQLA 1JWRA 3W6EA 1GF9A 3WUMA 1QUSA 1YQVY 2XBSA 4HSFA 4DDAA 5LVKA 2N5ZA 1J1XY 2W1LA 3A67Y 1W08A 1LMQA 4NHPA 4DD9A 1LZ8A 2H5ZA 1IORA 1UICA 4H9BA 1B7RA 4U3XB 194LA 1VAUA 4GLAA 1LZAA 3A34A 5B06A 1IR8A 1G7IC 2DQJY 1UA6Y 1GFVA 1GHLA 1AZFA 1B5UA 1LSBA 3AB6A 2G4QA 1WQPA 2I6ZA 2ZYPA 2FBDA 4TSBA 1V7SA 4ZIXA 132LA 1JJ1A 1LHKA 1UBZA 1IP2A 3LZTA 3WVXA 1CJ9A 4O34A 1DKKA 1CKHA 1LZCA 1JPOA 1XEIA 3M18B 1IWUA 4H9AA 3VWOA 4EMNA 4WO6A 4B4EA 5M1YA 1JTTL 1FDLY 4GN3A 6LYTA 1FLYA 1JITA 1GEZA 2MEDA 1BB7A 5I53A 5KY1A 2Z37A 4QEQA 4LT3A 1LZYA 4DYGA 5LVHA 1YL0X 4LT0A 2BQEA 1GBSA 4FJRA 4NGVA 5KXYA 4Z98A 3TMXA 3WPLA 1LSMA 2X0AA 3EXDA 4NY5A 4DWXA 4ET8A 1YIKA 2F2NA 3P64A 1OQMA 1XSFA 1KXYA 1JKCA 1MELL 1Z55A 4BAFA 1VDSA 1GF5A 5DM9A 4ETEA 5FSTA 2Z2EA 1D6PA 3ZVQA 3A3QA 2H9JA 4LYTA 3TMVA 1IC5Y 1LJIA 1UIHA 4YENA 2NWDX 1NQIA 1IC4Y 1ZMYL 1B7PA 4L41A 4NGIA 3WPJA 3CT1A 4X3BA 3AGHA 4RLMA 1GAZA 2HEBA 1KIQC 5LA5A 9LYZA 2LYMA 1WTNA 2D91A 3AZ6A 2ZILA 1YAMA 5KXSA 1IOQA 1LZTA 1QQYA 2HU3A 3CSZA 3TXJA 3WU8A 154LA 4AXTA 5KXXA 1O23A 2FBBA 3AJNA 4NHTA 1QDTA 2HUBA 1YAOA 2F4GA 5B05A 2Z12A 1B5WA 1DKJA 1RI8B 4NGZA 3G3BB 2Z19A 3N9AA 4DDCA 2MEGA 1SLYA 1HEOA 3HBDA 1DI5A 4NSJA 3TXDA 1EQ4A 1WVVA 1LCNA 1IWVA 5B59A 4WL7A 1FLUA 2EQLA 5HLLA 4XJBA 1GB3A 1TDYA 4PRUA 2Q0MX 1B5VA 1XGRC 1IP4A 1DPXA 1B7LA 4OOOA 3T6UA 7LYZA 2EIZC 3EMSA 3P65A 1JHLA 2DQFC 1LZDA 3HBEX 1OUDA 3LZ2A 1JKBA 1LYZA 2BLYA 3P4ZA 1DI4A 2PC2A 5C6LA 2ZQ4A 4NGJA 1QIOA 4ET9A 5KXLA 1A2YC 2MEBA 1IOTA 1H87A 4DDBA 4NSGA 5AMYA 5F16A 1GDWA 1LZ5A 4H93A 1OUHA 1NWGA 3TXEA 1B5YA 1IEEA 2A7DA 4BAPA 4WM3A 1C43A 1FKVA 1JEFA 4PHIA 4RW1A 3ULRA 1NF5A 3W6DA 1HFXA 1CKDA 3A8ZA 1OUCA 3B0IA 4WLTA 1FLQA 4NG1A 4OWEA 1LSCA 1GFKA 3QE8A 2I26L 4YF2A 1KXWA 3RU5A 2H9KA 4G9SA 3HBHA 4TTDA 4WG1A 4H92A 5F14A 4HV1A 1GXXA 1LMOA 1LZBA 1LSFA 1GF4A 1WQOA 4HTQA 4HJZA 4WM4A 4W94A 1IOSA 1DZBX 1BVKC 1BB3A 5E4PA 4GCCA 1B7QA 5APDA 5I5QA 208LA 3RT5X 4NG8A 2BQKA 3B6LA 5FHWA 4KXIA 1BWJA 2CWIA 4LYZA 1DI3A 1UIDA 4DC4A 5L3IA 1JIYA 4MCKA 3J4GA 4MSTA 5C6IA 1F6RA 4H90A 5E9RA 8LYZA 1QSAA 1OUJA 5L9JA 1GPQC 1LJHA 1VDTA 1HEMA 2DBTA 2IHLA 4GN5C 4ANRA 1YAQA 1F6SA 4KT3A 1OUFA 4DD7A 2D4IA 1JUGA 1UACY 1XGUC 4PJ2C 2CGIA 4HP0A 1LSDA 2FYCA 1YAPA 1HENA 1HSWA 1BWHA 1XGTC 1LZNA 3M3UA 4WM6A 1MLCE 3W6AA 4XJIA 1B2KA 1NKHA 5I4YA 2BQDA 134LA 3QY4A 1B7MA 5DN5A 3B72A 1V7TA 4PRQA 4H9IA 4NGKA 1IWXA 3CT5A 4H9CA 2HU1A 4GLVA 4A7DA 3N9EA 3AGGG 1HNLA 3RNXA 1IO5A 5IHGA 1JKAA 1AM7A 1GF7A 1A4VA 1B5ZA 5DN4A 5KJ9A 1GFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HFMY 4LT1A 153LA 4OWHA 1PZYA 1QUDA 5I4WA 4II8A 4HJYA 225LA 3G3AB 1OUGA 2F4AA 163LA 145LA 4GCDA 3A6BY 1GFTA 1OV5A 4LZMA 122LA 1HF4A 1L42A 3K3TA 1GF0A 2MEAA 4NGYA 1L22A 3EBAB 1LSPA 1LOZA 3N9CA 213LA 3SB5A 4ETCA 2OE9X 1LYSA 1DQJC 1HHLA 5DL9A 1P6YA 4YM8A 2DQDY 1DXJA 1HMLA 2DQEY 1JSFA 3A95A 1C6GA 1T6HA 4IAPA 215LA 1UCOA 1GFGA 1JTOL 1LSGA 1LJ3A 2BQLA 1L71A 1CU0A 2Y8PA 1L00A 2OE7X 1HERA 2VB1A 4ARMB 3W6CA 1IR9A 3EMLA 4IJ4A 1L07A 1L84A 2BQCA 1WTHA 148LE 3HH5A 5APFA 6LYZA 3V2YA 1LYIA 4NEBA 4LDEA 4ETAA 1CX7A 4R0FA 1QT6A 190LA 238LA 1C6KA 240LA 4XJDA 4ARJA 1UIEA 4FDYA 1SSWA 1G7MC 4W51A 4DD2A 5K7OA 3CDRA 4DQJA 4I7LA 7LZMA 1LGUA 258LA 5LAFA 1WQNA 3CSRA 1CKFA 207LA 3AZ5A 4P2EA 3SB8A 2BQAA 1LKSA 3JR6A 2ZIKA 2FYDA 1LJGA 1GEVA 1L37A 5LXWA 149LA 3P66A 196LA 1B7SA 3IJVA 4YEOA 1IY3A 1LPIA 4UWVA 1P3NA 1LHLA 1GE2A 2B6XA 1CVKA 4LYBA 4TX7A 1QUTA 2HECA 4WLDA 1D9UA 165LA 181LA 1XEKA 3GUKA 4MR1A 112LA 1D3MA 1T8AA 2W1YA 3WVYA 3TXBA 2Z18A 4HPEA 5APCA 2ZIJA 3WU7A 1LHIA 1ZWNA 3ATNA 1L56A 1YKYX 1LYDA 4YXAC 4N1CC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HC0 A;  2LZ2 A;  3HFM Y;  4LT1 A;  153L A;  1GDX A;  2MEE A;  1G7J C;  3GXR A;  1P2C C;  4DT3 A;  2YVB A;  3A90 A;  4OWH A;  1PZY A;  5D5F A;  5I4W A;  4II8 A;  4DD3 A;  1REZ A;  4HJY A;  4XYY A;  3G3A B;  2LYO A;  3OK0 A;  4UWN A;  1GB2 A;  1OUG A;  1XEJ A;  2BQN A;  4ZEE A;  5II3 A;  1NDM C;  4RLN A;  1GE4 A;  2F4A A;  4H8Y A;  4GCD A;  2BAA A;  1JSE A;  1E8L A;  4W96 A;  1IC7 Y;  3A6B Y;  1T6V L;  5LVI A;  1GFT A;  2IFF Y;  5LIN A;  1IP1 A;  4GCF A;  3IJU A;  3WUA A;  4WLX A;  1I1Z A;  4N5R A;  4M6D A;  1HF4 A;  1LKR A;  1GFH A;  4N9R A;  1D0L A;  1EL1 A;  1LSA A;  1J1O Y;  4OWB A;  2C8P A;  4LZT A;  3K3T A;  3LYM A;  4NFV A;  1GF8 A;  2W1X A;  3WH1 A;  1GF0 A;  2MEA A;  3B0K A;  4H9H A;  5LA8 A;  4OWC A;  4BAD A;  1C10 A;  4NGY A;  1I56 A;  5KKJ A;  3EBA B;  4ML7 A;  1INU A;  1LSP A;  4LGK A;  3WL2 A;  1LOZ A;  1GB5 A;  1HEW A;  1TAY A;  1VAT A;  1OP9 B;  3N9C A;  1GE0 A;  1QTE A;  1WTM A;  2ZWB A;  1ALC A;  1C45 A;  1GE1 A;  1FN5 A;  1CNS A;  1ZVH L;  4ETC A;  1GBZ A;  1LYS A;  1DQJ C; 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 1B5Y A;  1IEE A;  2A7D A;  4BAP A;  4WM3 A;  1C43 A;  1FKV A;  1JEF A;  4PHI A;  4RW1 A;  3ULR A;  1NF5 A;  3W6D A;  1HFX A;  1CKD A;  3A8Z A;  1OUC A;  3B0I A;  4WLT A;  1FLQ A;  4NG1 A;  4OWE A;  1LSC A;  1GFK A;  3QE8 A;  2I26 L;  4YF2 A;  1KXW A;  3RU5 A;  2H9K A;  4G9S A;  3HBH A;  4TTD A;  4WG1 A;  4H92 A;  5F14 A;  4HV1 A;  1GXX A;  1LMO A;  1LZB A;  1LSF A;  1GF4 A;  1WQO A;  4HTQ A;  4HJZ A;  4WM4 A;  4W94 A;  1IOS A;  1DZB X;  1BVK C;  1BB3 A;  5E4P A;  4GCC A;  1B7Q A;  5APD A;  5I5Q A;  208L A;  3RT5 X;  4NG8 A;  2BQK A;  3B6L A;  5FHW A;  4KXI A;  1BWJ A;  2CWI A;  4LYZ A;  1DI3 A;  1UID A;  4DC4 A;  5L3I A;  1JIY A;  4MCK A;  3J4G A;  4MST A;  5C6I A;  1F6R A;  4H90 A;  5E9R A;  8LYZ A;  1QSA A;  1OUJ A;  5L9J A;  1GPQ C;  1LJH A;  1VDT A;  1HEM A;  2DBT A;  2IHL A;  4GN5 C;  4ANR A;  1YAQ A;  1F6S A;  4KT3 A;  1OUF A;  4DD7 A;  2D4I A;  1JUG A;  1UAC Y;  1XGU C;  4PJ2 C;  2CGI A;  4HP0 A;  1LSD A;  2FYC A;  1YAP A;  1HEN A;  1HSW A;  1BWH A;  1XGT C;  1LZN A;  3M3U A;  4WM6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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