1JKBA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by ala
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWASGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Lysozyme
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkbA00
2ZILA 1GB0A 4XJDA 1GE1A 2HEDA 2H9KA 1F10A 4LYMA 1MELL 4W96A 3RT5X 4C3WA 2I25L 4N5RA 3W6DA 3B0IA 8LYZA 1IOQA 4QY9A 1JJ3A 4LYTA 3AZ7A 4ZEEA 2ZYCA 4WM3A 1GF9A 1V7SA 3TXFA 1GB8A 1V7TA 4H94A 1HMLA 5T3FA 1JITA 2D4KA 2EKSC 2H9JA 1LZGA 4DC4A 4MSTA 4PPOA 1GFGA 1LHMA 2PC2A 1YKYX 3WPKA 4KT3A 1UIGA 1I56A 1GBWA 6LYZA 5KKIA 4WO9A 5LVIA 3LYZA 4LGKA 3VWOA 1GE3A 3A96A 3HFMY 1EQ5A 5A3EA 1LMQA 1A2YC 5LVGA 3CT5A 4J1AA 1B7NA 1WQRA 1I1ZA 3CT1A 2D4IA 2WARA 2F2NA 3RU5A 3CT0A 1F6RA 2LYOA 5I4WA 1QDTA 1LSYA 4QDNA 1BWJA 1OUEA 1PS5A 4DD0A 1LZAA 3P66A 1LJ4A 5KXSA 5I5QA 1C10A 2ZWBA 1GHLA 4QEQA 4XJGA 1JKBA 1LSAA 3AJNA 4DDCA 5KXXA 1LKRA 2XJWA 3KAMA 4R0FA 1UIHA 1H87A 1DPXA 2BQIA 4H9CA 4HPEA 4WMGA 1RCMA 1TDYA 1CKCA 5HQ1A 5LA5A 5KXRA 3B6LA 2DQJY 4PGJB 2HEAA 3WVYA 1GF0A 4QGZA 2ZIKA 1MLCE 2CGIA 4LZTA 4OWCA 4TUNA 4WLXA 3AW7A 1VDQA 2BQAA 1QIOA 4H9HA 1IEEA 1LJHA 4NHPA 4AGAA 1EQ4A 133LA 2BQNA 3A34A 2XBSA 5APDA 1RJCB 2C8OA 3B0KA 1HSXA 1BVXA 5LAGA 3AZ4A 4XJBA 5I4YA 1JPOA 4OWAA 2YBMA 1B5ZA 4LT2A 4B49A 1GDWA 1GPQC 1IC7Y 4KL7A 2XBRA 5LA8A 1TAYA 4NWEA 1JSFA 2W1MA 3CQLA 1NDMC 5LVKA 5II3A 1GBOA 4HJVA 5KXKA 2BQHA 1LHLA 2YBIA 3BKHA 4GCDA 2HUBA 2BQDA 4NHQA 3TXBA 1B7QA 3ZVQB 3TMXA 1LZYA 1HFYA 1B9OA 5L3HA 2MEEA 5LYZA 5KKJA 1JJ1A 1C46A 1GB7A 1LHHA 1GFAA 3A93A 4II8A 1IP5A 4N9RA 4B4EA 1LZEA 1O23A 1IWUA 3TXKA 1UUZC 4TX7A 1OUFA 1REMA 5I4XA 1NKHA 4Z98A 5DL9A 1IR9A 1LZNA 4G4BA 2C8PA 2FYCA 4H8ZA 4LYCA 3M3UA 3WU9A 1BHZA 1C08C 2A7FA 3A91A 1QTKA 5IELA 1LJEA 1GXXA 4WL7A 5KXPA 1HERA 3A8ZA 1D6PA 2DQGY 4GCFA 4WO6A 1LKSA 1BGIA 1TBYA 1AZFA 1FKVA 3P65A 4RLNA 5HNCA 4E3UA 3J6KA 4ETBA 5D5FA 1CJ8A 1WVUA 1YAQA 4FDYA 4OWEA 4R6CA 1HC0A 4P2EA 2YBLA 1LZSA 5LINA 1FLUA 1LYZA 1H6MA 9LYZA 4NSGA 4B4JA 1GFRA 3N9AA 1J1XY 1UIEA 4DT3A 1UA6Y 1IWZA 4DD3A 1KXWA 5IDDA 4H9EA 1NDGC 2ZNWY 3T6UA 1XEKA 4DD7A 3CSRA 4J1BA 1VDTA 4ZFPA 3AGIA 4GCCA 4HTQA 4G4CA 1LSPA 4NFVA 2G4PA 207LA 1LHKA 3HBEX 1XSFA 4GN3A 3TXDA 3ZVQA 1IP2A 1JKAA 4WM2A 4CFPA 1IWYA 1NF5A 4HSFA 1IO5A 5F9UA 5J7CA 1D9UA 5KXZA 1FDLY 1GB3A 5IHGA 3OK0A 2HU3A 2GV0A 4NSIA 4W94A 1CJ6A 4XJIA 3RW8A 1BQLY 1ZMYL 2N5ZA 3WVXA 4YOPA 4OWBA 4NGVA 1HEOA 1WQOA 1XGQC 4WM6A 2Z2FA 4IJ4A 1AT6A 1GEZA 4I8SA 1UACY 4G4HA 1YAPA 2G4NA 1FKQA 3B0OA 4HTNA 1LYYA 1SQ2L 3A3QA 1IR8A 3EO5A 1OUBA 1WTNA 1LZCA 4XN6A 1BB6A 1AT5A 4G49A 5I53A 2HU1A 1BB5A 2YBNA 4RW1A 1UIAA 4UWUA 3D9AC 3A6CY 154LA 1VDPA 4NGOA 2NWDX 1BB4A 1IP7A 1LPIA 1ZVYB 4HJZA 2FBDA 5B59A 1NBYC 4NSJA 1IP1A 1LMCA 2B5ZA 2MEGA 1GF8A 1TEWA 1XGRC 2Z12A 4I0CA 1GFKA 4IASA 4WLTA 135LA 5F81A 1UIBA 5KXMA 4Z3MA 3N9CA 4NEBA 4UWVA 1RFPA 1F6SA 4GCEA 1LMOA 4NGJA 1GFHA 4ET9A 2Z37A 1FBIX 2HEBA 4LYOA 3ULRA 1JEFA 1LOZA 1GDXA 3AGHA 3B72A 1G7LC 3TXGA 4D9ZA 1IOSA 1GFTA 1XEJA 4H9FA 3ZEKA 3W3EA 1DXJA 1CKFA 2XTHA 1QDRA 2X0AA 4AXTA 3ATOA 2HTXA 4DD1A 1IC5Y 3LN2A 4LYZA 2BQOA 4DWXA 3AGGG 4ET8A 1GB2A 1DI5A 1LYOA 1NHEA 5B07A 1LSGA 2BQEA 2CWIA 2BLYA 2DQDY 3AZ5A 4H90A 5FELA 1IY3A 5HNLA 4B1AA 3WPLA 3FI7A 5LIOA 3A67Y 1G7IC 2DQAA 5LXWA 2A7DA 1GAZA 1LZ4A 1B5YA 1CJ9A 2BLXA 5A3ZA 3TMVA 1FLYA 2DQHY 1XGUC 5KXYA 4YENA 1LZRA 4ETEA 3IJVA 1KIRC 1VEDA 2I6ZA 4NGZA 4GN4A 5C6IA 1QUTA 4NGLA 4XJHA 4WM5A 2F4AA 2DQIY 4WLYA 4YF2A 5FCPA 2MEAA 3IJUA 4TSCA 3TMUA 3BKVA 5KXOA 1P2CC 4WG1A 1OUHA 1LZDA 1HEPA 4OWHA 4TWSA 4XYYA 3T36A 132LA 1CKDA 2BQJA 1B7PA 1RE2A 1LJ3A 1JKCA 1YKXX 1VDSA 3A95A 4H91A 3WXUA 5FHWA 1LJGA 208LA 3K3TA 4HPIA 3TXJA 2DQCY 3GXRA 4LFPA 1D0MA 5APEA 5EBHA 3F6ZA 2MEBA 1YKZX 1GF6A 1G7MC 4NG1A 3M18B 1GWDA 1DQJC 3OJPA 2BQKA 5E4PA 3P68A 5C6JA 5L9JA 2MECA 4LT1A 3WUAA 4BADA 2ZYPA 4NY5A 4CFOA 4EOFA 3LYMA 1HFXA 4M4OA 1LMNA 1QQYA 1REYA 4PJ2C 1LJNA 1LMAA 3TXEA 1FLWA 1IWWA 1N4FA 2YSSC 1YQVY 1IWXA 1JISA 3WU8A 3AW6A 4CGEA 1JHLA 4NG8A 3HBHA 4H9AA 1FN5A 4M6DA 1CJ7A 4B0DA 1C43A 3WUMA 1OUJA 1LSBA 2YBHA 4H9IA 1IOTA 3W6FA 1VATA 3LZTA 1IC4Y 1TCYA 2VB1A 1B7OA 2YDGA 3D3DA 4N0JA 4NGKA 2MEFA 1GEVA 3P64A 2ZQ3A 1YIKA 2HEFA 1LJIA 4CJ2A 5LYTA 1BB7A 3LHMA 1B0DA 1BWHA 4GN5C 3WUNA 2BQGA 1UBZA 1HMKA 4G9SA 1JIYA 2I26L 1LSMA 3CSQA 3J4GA 1HEWA 4PHIA 2LYMA 1CKGA 1IWVA 5AMYA 1QUSA 4DD9A 1GB6A 2CDSA 1HF4A 2D4JA 2HEEA 1JWRA 1B5WA 1G7HC 3WULA 1LHJA 1INUA 1LHIA 1IX0A 3N9EA 1OUDA 1B2KA 1B5UA 4J7VA 4MCKA 1A4VA 4NGIA 4RDSA 4H92A 2BAAA 1LMPA 4NGYA 5LVHA 4H8YA 4U3XB 3ATNA 2BQBA 2EIZC 4LT3A 5ILCA 1YAOA 1BWIA 4Z41A 1IP4A 1IP3A 3WMKA 1HELA 3LYOA 2CJLA 3FE0A 4OOTA 4MR1A 4XENA 1GE0A 1OUAA 5JENB 2LZTA 4ANRA 1C45A 1SLYA 4HTKA 4RW2A 5KXWA 3AB6A 1LZ5A 5F16A 4Z46A 3GXKA 2F4GA 2HECA 1HFZA 2DKVA 1LSEA 3P4ZA 5B1FA 4IATA 2BQCA 4ETCA 2Z2EA 3TXHA 1GFUA 1BB3A 1LJJA 5LAFA 4ZIXA 5B06A 1XFPL 1BVKC 1FLQA 1NWGA 1GFVA 1YROA 1LMTA 1GB9A 4OW1A 1CKHA 4KXIA 4WM4A 2D91A 1GAYA 4NHIA 193LA 2IFFY 1B5VA 2Z39A 5E9RA 5FDJA 5L3IA 1WTMA 2IHLA 1JTPL 2G4QA 4PRUA 1W6ZA 3TXIA 1YAMA 2F30A 4ETAA 1GB5A 1KIPC 3IWRA 1KXYA 4DYGA 5M1YA 2MEHA 1YANA 5ILFA 3EBAB 1NQIA 4H1PA 1KXXA 1GFJA 3WW6A 4GCBA 3G3BB 1LSZA 5C6LA 3E3DA 1LZ1A 3CB7A 2RSCA 3WH1A 4OOOA 134LA 1B7RA 1GE4A 3RZ4A 2BQFA 2EQLA 1WQMA 5KY1A 1JTTL 3WW5A 4X3BA 3WU7A 3W6EA 1IR7A 1REXA 5FEKA 4KPMA 3TMWA 1IP6A 4WLDA 2YVBA 2EPEA 5LYMA 5I54A 1LZ9A 2W1LA 4DDBA 1YL1X 1IY4A 1E8LA 1XEIA 1GBXA 3EMSA 1GE2A 4YM8A 2LZ2A 2AUBA 4YEOA 1F0WA 1XGTC 5KXTA 1OUIA 1GD6A 1CNSA 5KJ9A 5KXLA 5K7OA 2FBBA 2H5ZA 1OQMA 1KIQC 3A90A 3CSZA 1JSEA 1LTMA 2W1YA 2ZQ4A 5B05A 4LT0A 1DKKA 1GF5A 1B7SA 1GFEA 4LFXA 5LVJA 1T3PA 5DM9A 5DN4A 1C7PA 1HEQA 1UIDA 2D6BA 4RLMA 4WG7A 1VFBC 1LSNA 5D5CA 1D0KA 4EMNA 5HLLA 1LCNA 3W6AA 1D0LA 1GF3A 3A3RX 4BS7A 3QNGA 1LZ6A 4H9BA 3A94A 1ALCA 1OUCA 4H8XA 2YBJA 3SP3A 2Z18A 1AM7A 5B1GA 2Z19A 1JKDA 1OP9B 1OUGA 1IOCA 3LZ2A 4NSHA 3WYHA 1IWTA 2BPUA 4UWNA 1WQPA 5APFA 1NMMA 2Q0MX 1DZBX 1QTEA 4PRQA 4WM1A 1QSAA 1GBZA 2DQEY 2LYZA 3AZ6A 1DI4A 1GXV2 5HMVA 1REZA 3A6BY 4HV1A 1LZ8A 3EXDA 2DQFC 1LSCA 1AKIA 4GLAA 4DDAA 1LJKA 1LZTA 1B7MA 1UCOA 1J1PY 1HEMA 2W1XA 2Z38A 5F14A 5HMJA 5DLAA 1UIFA 1GF4A 4N1EI 1JJ0A 1J1OY 1LJFA 3G3AB 1B7LA 1W08A 4J0LA 3AYQA 4BAFA 3W6CA 4DD2A 1GBSA 1DPWA 4TSBA 1YILA 4CHXA 1VAUA 2MEDA 4O34A 2MEIA 4A7DA 4B4IA 1B5XA 4XADA 4L41A 4HJYA 3QE8A 4WOAA 3RNXA 2BQMA 1UICA 4ML7A 1RI8B 1ZV5L 4XJFA 1YL0X 1IVMA 1G7JC 4ETDA 3A92A 2ZIJA 1I20A 4N1CC 1IIZA 1WQNA 3LYTA 3QY4A 1Z55A 1DKJA 1HHLA 5F9XA 3WXTA 4GLVA 4NIJA 7LYZA 4FJRA 1LZBA 4NGWA 3HBDA 6LYTA 1LAAA 1IORA 4WL6A 4C5FA 2BQLA 5DN5A 1LSDA 5FSTA 4HV2A 1JTOL 1ZVHL 4YEMA 2Y8PA 1QSWA 4NHSA 2DBTA 153LA 3W6BA 1HNLA 1JUGA 4LYBA 194LA 4N8ZA 1HENA 1XGPC 1WVVA 3WL2A 1GF7A 1DI3A 1D6QA 1EQEA 5APCA 1LSFA 1PZYA 3WPJA 1HSWA 1UC0A 4H93A 1GBYA 1EL1A 1WQQA 2LHMA 2ZNXY 4TTDA 4NHTA 5KXNA 1T6VL 4NWHA 4BAPA 1NBZC 1LYSA 4HP0A 3MGWA 2FYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJDA 1SWZA 1F10A 4I7TA 3B0IA 1L86A 4LYTA 1GF9A 219LA 234LA 4H94A 1JITA 2D4KA 170LA 2EKSC 4ARMB 4MSTA 4PPOA 1GFGA 3FI5A 5I14A 2PC2A 3SB7A 1GBWA 6LYZA 3VWOA 1A2YC 252LA 1B7NA 1WQRA 5I4WA 2F2NA 1CUQA 1OVHA 3CT0A 2LYOA 3DN2A 4QDNA 1LZAA 1L38A 1GHLA 3KAMA 2L78A 164LA 4R0FA 2BQIA 4WMGA 1QTDA 4HPEA 5LA5A 3B6LA 1C6QA 158LA 2DQJY 1L06A 4AQNA 3SN6R 3C81A 4WLXA 1DYGA 2BQAA 223LA 5APDA 3B0KA 1L32A 1HSXA 5I4YA 213LA 4W59A 4LT2A 4B49A 5LA8A 4NWEA 1GBOA 5KXKA 1CU5A 221LA 1B9OA 3HH3A 5LYZA 1JTMA 3TXKA 1O23A 1UUZC 1NKHA 247LA 137LA 1D2WA 1C08C 1LJEA 4GCFA 1CU6A 4RLNA 5HNCA 3J6KA 4DQ7A 1YAQA 1WVUA 3HU9A 4FDYA 4OWEA 4R6CA 4OO9A 1H6MA 4NSGA 1SSWA 1GFRA 1C6DA 1IWZA 1KXWA 2NTGA 2RBOA 4G4CA 1LSPA 4NFVA 3HBEX 5LVJA 1XSFA 4Z46A 4WM2A 5J7CA 185LA 1IWYA 2OU9A 5IHGA 4W94A 5F14A 4W57A 1QT4A 3SB5A 4NGVA 1XGQC 1UACY 4G4HA 1FKQA 1C61A 1LYYA 1SQ2L 1LZCA 1BB6A 1L97A 1BB5A 3DKEX 239LA 3D9AC 3CDOA 1IP7A 2MEGA 1TEWA 2Z12A 4Z3MA 4NEBA 1DYEA 4UWVA 4ARQA 1FBIX 1JEFA 1GDXA 3AGHA 1G7LC 2O4WA 4H9FA 3DN1A 3ATOA 1L03A 2BQOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZIL A;  1GB0 A;  4XJD A;  1GE1 A;  2HED A;  2H9K A;  1F10 A;  4LYM A;  1MEL L;  4W96 A;  3RT5 X;  4C3W A;  2I25 L;  4N5R A;  3W6D A;  3B0I A;  8LYZ A;  1IOQ A;  4QY9 A;  1JJ3 A;  4LYT A;  3AZ7 A;  4ZEE A;  2ZYC A;  4WM3 A;  1GF9 A;  1V7S A;  3TXF A;  1GB8 A;  1V7T A;  4H94 A;  1HML A;  5T3F A;  1JIT A;  2D4K A;  2EKS C;  2H9J A;  1LZG A;  4DC4 A;  4MST A;  4PPO A;  1GFG A;  1LHM A;  2PC2 A;  1YKY X;  3WPK A;  4KT3 A;  1UIG A;  1I56 A;  1GBW A;  6LYZ A;  5KKI A;  4WO9 A;  5LVI A;  3LYZ A;  4LGK A;  3VWO A;  1GE3 A;  3A96 A;  3HFM Y;  1EQ5 A;  5A3E A;  1LMQ A;  1A2Y C;  5LVG A;  3CT5 A;  4J1A A;  1B7N A;  1WQR A;  1I1Z A;  3CT1 A;  2D4I A;  2WAR A;  2F2N A;  3RU5 A;  3CT0 A;  1F6R A;  2LYO A;  5I4W A;  1QDT A;  1LSY A;  4QDN A;  1BWJ A;  1OUE A;  1PS5 A;  4DD0 A;  1LZA A;  3P66 A;  1LJ4 A;  5KXS A;  5I5Q A;  1C10 A;  2ZWB A;  1GHL A;  4QEQ A;  4XJG A;  1JKB A;  1LSA A;  3AJN A;  4DDC A;  5KXX A;  1LKR A;  2XJW A;  3KAM A;  4R0F A;  1UIH A;  1H87 A;  1DPX A;  2BQI A;  4H9C A;  4HPE A;  4WMG A; 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 4PRQ A;  4WM1 A;  1QSA A;  1GBZ A;  2DQE Y;  2LYZ A;  3AZ6 A;  1DI4 A;  1GXV 2;  5HMV A;  1REZ A;  3A6B Y;  4HV1 A;  1LZ8 A;  3EXD A;  2DQF C;  1LSC A;  1AKI A;  4GLA A;  4DDA A;  1LJK A;  1LZT A;  1B7M A;  1UCO A;  1J1P Y;  1HEM A;  2W1X A;  2Z38 A;  5F14 A;  5HMJ A;  5DLA A;  1UIF A;  1GF4 A;  4N1E I;  1JJ0 A;  1J1O Y;  1LJF A;  3G3A B;  1B7L A;  1W08 A;  4J0L A;  3AYQ A;  4BAF A;  3W6C A;  4DD2 A;  1GBS A;  1DPW A;  4TSB A;  1YIL A;  4CHX A;  1VAU A;  2MED A;  4O34 A;  2MEI A;  4A7D A;  4B4I A;  1B5X A;  4XAD A;  4L41 A;  4HJY A;  3QE8 A;  4WOA A;  3RNX A;  2BQM A;  1UIC A;  4ML7 A;  1RI8 B;  1ZV5 L;  4XJF A;  1YL0 X;  1IVM A;  1G7J C;  4ETD A;  3A92 A;  2ZIJ A;  1I20 A;  4N1C C;  1IIZ A;  1WQN A;  3LYT A;  3QY4 A;  1Z55 A;  1DKJ A;  1HHL A;  5F9X A;  3WXT A;  4GLV A;  4NIJ A;  7LYZ A;  4FJR A;  1LZB A;  4NGW A;  3HBD A;  6LYT A;  1LAA A;  1IOR A;  4WL6 A;  4C5F A;  2BQL A;  5DN5 A;  1LSD A;  5FST A;  4HV2 A;  1JTO L;  1ZVH L;  4YEM A;  2Y8P A;  1QSW A;  4NHS A;  2DBT A;  153L A;  3W6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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