1JSEA

Full-matrix least-squares refinement of turkey lysozyme
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYGRCELAAAMKRLGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTHATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSKNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIASGGNGMNAWVAWRNRCKGTDVHAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Full-matrix least-squares refinement of lysozymes and analysis of anisotropic thermal motion.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jseA00
5II3A 1BWIA 4EMNA 1LZGA 5LAGA 4X3BA 1LJIA 2ZWBA 4LYCA 5KXZA 1RE2A 4H93A 1LSMA 4HP0A 1UACY 2YBMA 5F9XA 1KIRC 5A3EA 4HPIA 1NHEA 3WU8A 1YILA 1CKHA 4D9ZA 2DQFC 1B5UA 1IIZA 1F0WA 1NWGA 1LZ5A 1IWTA 4NWEA 1HF4A 1IR8A 4PPOA 4WG1A 3ULRA 1LMAA 1SQ2L 1VATA 2FBBA 4G49A 1GE1A 1QQYA 1IC5Y 3B0OA 4HJYA 4NHTA 5ILFA 1LJ4A 1V7SA 3CT0A 4RLMA 5L3HA 2MEBA 4G4HA 3CT5A 4H8XA 5APFA 3RZ4A 2I26L 4LYOA 1LMNA 1GXXA 1HHLA 1GD6A 3FE0A 4N1CC 5KXRA 5LVGA 4AXTA 1DKJA 1JIYA 1B5ZA 4GLAA 5KXPA 4YEMA 3HBEX 3WPJA 1IP6A 4HTKA 1UA6Y 4LYTA 1FBIX 2YDGA 1BB3A 1BGIA 4PRUA 3WL2A 1LYSA 4IJ4A 3WPLA 3WXTA 6LYZA 5I4YA 1B7QA 1LZBA 3A6CY 1REXA 1T3PA 1IWYA 1LMTA 193LA 5B1GA 2ZIJA 1YKYX 1GAZA 1KXYA 1C7PA 1IO5A 5B05A 4C5FA 5LA8A 1XSFA 5J7CA 3TMVA 1IOTA 4NGVA 1YL1X 2DQCY 3GXRA 3J6KA 4DT3A 4KT3A 1RI8B 2DQEY 4PHIA 4M4OA 1HEOA 3LZTA 5LYTA 2HEAA 3TXJA 2MEHA 1RCMA 1N4FA 2YBJA 5KXTA 1LZ9A 1QSWA 2C8OA 4WM1A 1LSFA 4NGZA 5IELA 1LHMA 3AZ5A 2GV0A 2ZNXY 1GF6A 1AT6A 3T36A 3F6ZA 4G9SA 1CJ9A 4G4CA 2YBIA 1LZYA 2CJLA 4XJFA 1UIGA 4B1AA 2LYOA 3W6FA 5KXXA 2D91A 1IWVA 1XGQC 2W1YA 2HEBA 4WM5A 2X0AA 3EMSA 1JUGA 1WQRA 1INUA 2HEFA 1HMLA 3IJUA 3WMKA 1CJ7A 4NHQA 4UWNA 1TAYA 194LA 4H9FA 1FLWA 3WUAA 1GXV2 4OWBA 3A96A 3BKHA 3K3TA 2AUBA 4ETDA 1HMKA 1NBZC 1WQMA 5KXMA 1XFPL 3EBAB 1AM7A 1LHIA 4H9HA 1YANA 4GN3A 4HTQA 1OUIA 4WO9A 4O34A 5KXLA 1HSWA 1O23A 1IP1A 1LMOA 1W6ZA 1WQPA 2YBNA 5KXSA 1F6RA 1LZ6A 1QDTA 1LSZA 2IHLA 132LA 1LZTA 4HTNA 3WYHA 5L3IA 1JWRA 3AYQA 1GFJA 5B07A 1LZ1A 1ZVHL 2Z12A 1LSAA 3D9AC 3P68A 2BQLA 3W6CA 4KPMA 4NGYA 4ZEEA 1GB6A 1BHZA 1H6MA 1JSFA 1GE3A 1NQIA 2N5ZA 1GF3A 3N9AA 2Z2FA 1LJJA 5C6IA 4M6DA 1HFXA 1B5VA 1UC0A 4WM3A 1B7SA 1IVMA 1GBXA 1TCYA 3ATNA 1OUFA 3CSQA 1KXWA 2BQHA 4WLXA 1GB7A 4HV1A 1LZDA 2EQLA 3N9CA 1EQEA 1FN5A 1PZYA 1GEZA 3QY4A 1TBYA 4LYBA 1OP9B 5IHGA 1OQMA 3GXKA 1RFPA 2F30A 2Z2EA 4FDYA 3TXHA 5LIOA 1F10A 1LZ4A 4NGOA 1QSAA 5JENB 4ETEA 1FLYA 2CWIA 4B4JA 1FLUA 4MSTA 1BVKC 2Z38A 1LZCA 2ZQ4A 1XEIA 2A7FA 3A90A 2W1MA 1LJHA 2Y8PA 1GF5A 2HU3A 1GB2A 2DKVA 154LA 3A92A 1IC7Y 4ML7A 2W1LA 5FSTA 4QY9A 1AZFA 3B0KA 1HEMA 4H9CA 1LZAA 4A7DA 1RJCB 2ZNWY 5APCA 3W6AA 1B0DA 1VDTA 1NDGC 5LVKA 5T3FA 3E3DA 4BS7A 4DDCA 2LHMA 3M3UA 3HBDA 1OUBA 4ETCA 1IR9A 1IWUA 1QDRA 3VWOA 3AW7A 3IJVA 4OWAA 1JHLA 1GB3A 4XADA 4B4IA 4ET9A 3A94A 1WQNA 1IY3A 135LA 1WQQA 2DQGY 2ZILA 2DQAA 2G4PA 3AGHA 4HPEA 3RNXA 1B7PA 4WLTA 1IC4Y 2NWDX 4L41A 4BAFA 1LTMA 3LYMA 5LYZA 4WLYA 5AMYA 4UWVA 4E3UA 2F2NA 3TXBA 1KIQC 1BB7A 2XBSA 4TX7A 1UIDA 3A67Y 1J1OY 1LMPA 4XJDA 2I6ZA 4YOPA 1GF4A 3FI7A 1GFTA 1IOSA 3AJNA 4QEQA 4H90A 1VDQA 3A95A 4H94A 4OWHA 2DQHY 4WM2A 2H5ZA 4H1PA 3TMWA 5HQ1A 1WQOA 4GCCA 2BQOA 3LYZA 4Z46A 1VDSA 1D0MA 1JKDA 1GDWA 4KL7A 4P2EA 2WARA 4H92A 4UWUA 1WTNA 1WVVA 4GN4A 2Z39A 2MECA 4NHPA 4XN6A 5D5CA 1LYYA 2DQIY 1W08A 3TXFA 1D6PA 2ZIKA 4ET8A 4XJHA 4H9EA 1GBWA 5DL9A 5LVHA 1D0KA 1EQ4A 4NSIA 1JSEA 3CSZA 3EXDA 4LYZA 1OUCA 2BQEA 1B5XA 5I53A 6LYTA 2FYDA 4XYYA 2BQBA 1LJ3A 1YAOA 4RDSA 1LHLA 3TXIA 4N5RA 4EOFA 1LJNA 1FKQA 3AZ6A 1D9UA 3OJPA 2H9JA 1C10A 1JTOL 1GFAA 5FCPA 3AZ7A 2D6BA 1LOZA 5KKIA 1DI4A 4IATA 2D4KA 4YM8A 4CJ2A 3LYOA 3A8ZA 2Z37A 4NGLA 1GE0A 2EPEA 4LGKA 4PRQA 1LMCA 1NDMC 2HECA 3BKVA 3TXKA 2A7DA 5DN5A 4BAPA 5A3ZA 3N9EA 4TWSA 3KAMA 3D3DA 4LFXA 3TMUA 2LYMA 4PJ2C 4N8ZA 2LYZA 1IP4A 3WULA 3G3AB 3ZEKA 1J1PY 1GBOA 1AT5A 1QIOA 1C43A 2MEDA 5KJ9A 1LJKA 4QGZA 1ZV5L 1IP5A 1VFBC 3CB7A 4J7VA 3A34A 1A4VA 1C45A 1OUEA 4OW1A 4DDBA 1GDXA 1GBYA 2YSSC 3A6BY 1BWJA 2H9KA 2MEGA 2YBLA 1A2YC 4LZTA 1LSYA 1HFZA 1UBZA 3TXEA 1HERA 1QTKA 5I4XA 2DQJY 4NSJA 2ZYCA 4RW2A 1UIFA 3ATOA 3LYTA 4WM4A 1IOCA 1UIAA 2BLXA 5F81A 2BQMA 4TSBA 1CKGA 3M18B 1XEJA 4B49A 3WVXA 3CQLA 1LMQA 5LXWA 1OUAA 1VEDA 1HEQA 4ETBA 1VAUA 1JKCA 1YAPA 1NMMA 1Z55A 2HU1A 4J0LA 1BWHA 5F14A 4YF2A 153LA 1LZRA 1LZEA 1LSGA 2DBTA 1EQ5A 4NG1A 4R0FA 1GB8A 1UUZC 4TTDA 1OUDA 5FHWA 1DI5A 4WL6A 3MGWA 2FBDA 1UIHA 4NEBA 4C3WA 2W1XA 5HLLA 4FJRA 1CJ6A 1BQLY 3A3QA 1I20A 5B06A 1IEEA 1B7OA 3P65A 3LN2A 5HMVA 2Q0MX 1LHKA 1LSCA 4DD3A 1B7MA 5LA5A 4LT0A 1PS5A 5KXWA 4DWXA 1CNSA 4Z41A 7LYZA 5APEA 3HFMY 1JJ3A 1B7LA 4WL7A 3W3EA 5HNLA 1V7TA 1GFUA 1LPIA 1YKZX 4YEOA 3B72A 1CKDA 5I4WA 2FYCA 2RSCA 3AW6A 3EO5A 4HJZA 4XENA 2EIZC 3WW5A 3W6EA 1JEFA 1LAAA 1BB5A 3QE8A 4H8ZA 1CJ8A 1GB9A 4I0CA 3ZVQA 3RU5A 1G7LC 4IASA 1IWXA 1B7NA 4DYGA 4KXIA 1DZBX 5EBHA 1B5YA 4MCKA 5HMJA 3WW6A 4WOAA 1GBSA 4RW1A 4MR1A 4Z98A 4WLDA 207LA 1NKHA 2Z19A 4TUNA 4WMGA 3T6UA 4H9AA 4GLVA 4LFPA 4NHSA 133LA 1IORA 1DPWA 3WPKA 2HEEA 4DD7A 1OUHA 1GFKA 1DI3A 4R6CA 5FELA 2D4JA 1LYZA 5LYMA 3WUMA 5ILCA 2MEAA 1GFEA 4U3XB 5IDDA 1B5WA 1CKFA 1GAYA 1LSDA 1XEKA 3AB6A 1H87A 1IX0A 4DD9A 3TXGA 2BPUA 4NFVA 1NBYC 1JKAA 2MEEA 1F6SA 1LJGA 1MLCE 1IP2A 1GFHA 1GPQC 1GWDA 1OUGA 2BQKA 4H91A 4N1EI 2LZ2A 4J1AA 1TEWA 2BAAA 2MEFA 1NF5A 5B59A 4NGKA 1UIBA 3B6LA 3LHMA 2BQFA 3P4ZA 4J1BA 8LYZA 4BADA 1REZA 3A3RX 1JJ0A 2BQJA 1JITA 1REYA 1YROA 4GCDA 5KXKA 1GE4A 1IWWA 1CKCA 1IY4A 3WUNA 5HNCA 1GEVA 1T6VL 1BB6A 2HEDA 1LSBA 1QUTA 4G4BA 1JPOA 5F16A 1LKRA 4NGJA 4Z3MA 5LINA 1JISA 5M1YA 134LA 2PC2A 1IP7A 3RT5X 3A93A 4CFPA 1DXJA 1JTTL 5FDJA 4DD0A 1I56A 2BQGA 4XJIA 2IFFY 1HC0A 4LYMA 3IWRA 4OWEA 5K7OA 1KIPC 4H9BA 1IR7A 1HFYA 1XGPC 1YAQA 1G7HC 4GCEA 4HJVA 3A91A 1LSEA 2G4NA 2VB1A 4OOOA 5DM9A 1C08C 9LYZA 1D0LA 2F4AA 2G4QA 4DDAA 2DQDY 4H9IA 2B5ZA 1LSPA 4B0DA 1B2KA 2LZTA 2EKSC 4CGEA 2BQDA 4NGIA 5KXYA 1EL1A 1GF0A 1LCNA 4NWHA 2XTHA 1UIEA 1JKBA 4TSCA 1B9OA 3J4GA 1LZSA 4HV2A 1GFVA 2HTXA 1JJ1A 4H8YA 4NGWA 3SP3A 3ZVQB 4OOTA 3P64A 2XBRA 5C6JA 3WU9A 5APDA 1XGUC 4DD2A 1GB0A 3AGIA 1D6QA 1HEPA 1P2CC 1YIKA 5LVIA 5KY1A 1IWZA 1DPXA 4YENA 1QTEA 5D5FA 4B4EA 5E9RA 4NG8A 5F9UA 1J1XY 2YBHA 1IP3A 1LJFA 1LZ8A 4W94A 4NSGA 4ZFPA 4NIJA 1BB4A 3AGGG 3CT1A 2Z18A 1DKKA 3OK0A 5DN4A 1HSXA 4GN5C 3B0IA 5KKJA 1FLQA 3LZ2A 4ZIXA 4XJGA 1GB5A 1ZMYL 5LAFA 2BLYA 1LZNA 5B1FA 3W6BA 4LT3A 4RLNA 3WH1A 1SLYA 1LHHA 1MELL 1ZVYB 2BQAA 1FKVA 1LHJA 2XJWA 4LT1A 4N0JA 1BVXA 2CGIA 4PGJB 4WO6A 1LJEA 5KXNA 4CHXA 4ETAA 1UCOA 2C8PA 4I8SA 2BQCA 1IOQA 1AKIA 1HELA 1OUJA 3P66A 1YL0X 1DQJC 1JTPL 1GF7A 1REMA 2ZQ3A 3RW8A 1GFGA 1I1ZA 1B7RA 1GBZA 1HEWA 4QDNA 4ANRA 2YVBA 3WU7A 1HENA 5I5QA 4CFOA 1C46A 4HSFA 4N9RA 4NY5A 1G7IC 4DC4A 1YKXX 1WVUA 4NSHA 3QNGA 5KXOA 3WXUA 4LT2A 1LSNA 4NHIA 4OWCA 5FEKA 3AZ4A 1GF9A 1XGRC 1YAMA 1G7JC 3CSRA 1YQVY 5L9JA 1QUSA 4II8A 1GF8A 2D4IA 1GFRA 4AGAA 1HNLA 2ZYPA 1XGTC 1GHLA 1ALCA 1LYOA 2HUBA 1E8LA 2BQIA 1TDYA 3G3BB 2MEIA 208LA 5DLAA 5E4PA 4WM6A 5I54A 5C6LA 2CDSA 2I25L 4XJBA 1VDPA 1GE2A 1WTMA 3W6DA 1FDLY 4W96A 3TXDA 3TMXA 4DD1A 5LVJA 1LKSA 1UICA 3HBHA 3WVYA 4WG7A 1G7MC 2BQNA 4GCBA 4GCFA 2F4GA 1KXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EMNA 1LZGA 112LA 4LYCA 1UACY 130LA 4D9ZA 1L41A 164LA 1HF4A 143LA 4WG1A 4G49A 1V7SA 3CT0A 2MEBA 4G4HA 3RZ4A 1LMNA 1GXXA 4AXTA 2B70A 1DKJA 2QARC 3D4SA 173LA 233LA 1UA6Y 6LYZA 3WL2A 1LYSA 119LA 1B7QA 1LZBA 1QT6A 1REXA 1T3PA 1IWYA 193LA 5B1GA 127LA 1PQDA 3GUNA 2DQCY 3GXRA 2OE4X 4M4OA 3TXJA 206LA 1RCMA 2YBJA 1LZ9A 4WM1A 4NGZA 1L14A 1L91A 3DMVA 2RBNA 4XJFA 4I7PA 2D91A 2W1YA 7LZMA 3EMSA 1JUGA 1WQRA 4NHQA 245LA 3WUAA 1GXV2 1OV7A 3BKHA 4ETDA 4EXMA 1AM7A 1LHIA 4GN3A 1OUIA 4WO9A 1IP1A 1W6ZA 1QTZA 1QDTA 1L96A 5L3IA 3RUNA 1LZ1A 2Z12A 3P68A 2BQLA 4KPMA 114LA 5LVGA 2Z2FA 1UC0A 1B5VA 1IVMA 1OUFA 2BQHA 2EQLA 3N9CA 4OO9A 4I7RA 214LA 1EQEA 1PZYA 168LA 1OP9B 3GXKA 1L35A 1D3FA 1LI2A 1FLYA 2CWIA 1D2YA 1FLUA 250LA 1LZCA 195LA 4I7LA 3DMZA 1GF5A 3A92A 1IC7Y 4QY9A 1HEMA 1LZAA 1B0DA 1G07A 4BS7A 1LI3A 4ET9A 4B4IA 3A94A 1L82A 2DQGY 1IC4Y 1P64A 4L41A 165LA 5LYZA 4E3UA 2F2NA 4TX7A 1UIDA 4YOPA 1GF4A 1GFTA 4H90A 2DQHY 1SWZA 5HQ1A 2BQOA 4Z46A 1D0MA 4KL7A 1QS9A 2WARA 113LA 1LLHA 1WTNA 1WVVA 4GN4A 4IAPA 150LA 2CUUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5II3 A;  1BWI A;  4EMN A;  1LZG A;  5LAG A;  4X3B A;  1LJI A;  2ZWB A;  4LYC A;  5KXZ A;  1RE2 A;  4H93 A;  1LSM A;  4HP0 A;  1UAC Y;  2YBM A;  5F9X A;  1KIR C;  5A3E A;  4HPI A;  1NHE A;  3WU8 A;  1YIL A;  1CKH A;  4D9Z A;  2DQF C;  1B5U A;  1IIZ A;  1F0W A;  1NWG A;  1LZ5 A;  1IWT A;  4NWE A;  1HF4 A;  1IR8 A;  4PPO A;  4WG1 A;  3ULR A;  1LMA A;  1SQ2 L;  1VAT A;  2FBB A;  4G49 A;  1GE1 A;  1QQY A;  1IC5 Y;  3B0O A;  4HJY A;  4NHT A;  5ILF A;  1LJ4 A;  1V7S A;  3CT0 A;  4RLM A;  5L3H A;  2MEB A;  4G4H A;  3CT5 A;  4H8X A;  5APF A;  3RZ4 A;  2I26 L;  4LYO A;  1LMN A;  1GXX A;  1HHL A;  1GD6 A;  3FE0 A;  4N1C C;  5KXR A;  5LVG A;  4AXT A;  1DKJ A;  1JIY A;  1B5Z A;  4GLA A;  5KXP A;  4YEM A;  3HBE X;  3WPJ A;  1IP6 A;  4HTK A;  1UA6 Y;  4LYT A;  1FBI X;  2YDG A;  1BB3 A;  1BGI A;  4PRU A;  3WL2 A;  1LYS A;  4IJ4 A;  3WPL A;  3WXT A;  6LYZ A;  5I4Y A;  1B7Q A;  1LZB A;  3A6C Y;  1REX A;  1T3P A;  1IWY A;  1LMT A;  193L A;  5B1G A;  2ZIJ A;  1YKY X;  1GAZ A;  1KXY A;  1C7P A;  1IO5 A;  5B05 A; 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 1LSB A;  1QUT A;  4G4B A;  1JPO A;  5F16 A;  1LKR A;  4NGJ A;  4Z3M A;  5LIN A;  1JIS A;  5M1Y A;  134L A;  2PC2 A;  1IP7 A;  3RT5 X;  3A93 A;  4CFP A;  1DXJ A;  1JTT L;  5FDJ A;  4DD0 A;  1I56 A;  2BQG A;  4XJI A;  2IFF Y;  1HC0 A;  4LYM A;  3IWR A;  4OWE A;  5K7O A;  1KIP C;  4H9B A;  1IR7 A;  1HFY A;  1XGP C;  1YAQ A;  1G7H C;  4GCE A;  4HJV A;  3A91 A;  1LSE A;  2G4N A;  2VB1 A;  4OOO A;  5DM9 A;  1C08 C;  9LYZ A;  1D0L A;  2F4A A;  2G4Q A;  4DDA A;  2DQD Y;  4H9I A;  2B5Z A;  1LSP A;  4B0D A;  1B2K A;  2LZT A;  2EKS C;  4CGE A;  2BQD A;  4NGI A;  5KXY A;  1EL1 A;  1GF0 A;  1LCN A;  4NWH A;  2XTH A;  1UIE A;  1JKB A;  4TSC A;  1B9O A;  3J4G A;  1LZS A;  4HV2 A;  1GFV A;  2HTX A;  1JJ1 A;  4H8Y A;  4NGW A;  3SP3 A;  3ZVQ B;  4OOT A;  3P64 A;  2XBR A;  5C6J A;  3WU9 A;  5APD A;  1XGU C;  4DD2 A;  1GB0 A;  3AGI A;  1D6Q A;  1HEP A;  1P2C C;  1YIK A;  5LVI A;  5KY1 A;  1IWZ A;  1DPX A;  4YEN A;  1QTE A;  5D5F A;  4B4E A;  5E9R A;  4NG8 A;  5F9U A;  1J1X Y;  2YBH A;  1IP3 A;  1LJF A;  1LZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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