1JSF | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0719145720103427__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0719145720103427__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1JSF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0719145720103427__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0719145720103427","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1JSF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0719145720103427__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb65da8bdc61a0b01ff10e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb65da8bdc61a0b01ff10e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb65da8bdc61a0b01ff10e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb65da8bdc61a0b01ff10e/pdb.gz): 548 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Full-matrix least-squares refinement of lysozymes and analysis of anisotropic thermal motion. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	51
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1998-01-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1jsfA00

4XYYA 2I6ZA 2XTHA 2YBNA 5B1GA 4WM1A 3WU9A 4NY5A 5LVIA 1IR9A 4MCKA 1BVXA 2A7DA 1LJKA 4GN3A 4RLMA 4YF2A 1GDXA 1GF8A 1WQQA 2IFFY 3P65A 1IR8A 3HBDA 1LZNA 4R6CA 4DYGA 4NG8A 4LYTA 4E3UA 4NSIA 3VWOA 1JPOA 1UIBA 4HJZA 2BLYA 2XJWA 5LAGA 5B05A 2W1MA 2ZIJA 1QTKA 2Z39A 3WXUA 1GDWA 1GAZA 1KXYA 1IWXA 1IY3A 1LSFA 1LZ9A 1LZEA 2BQAA 1UIEA 4GCEA 2DQDY 3TMWA 1NBZC 3QY4A 1VDQA 1GFUA 1KIQC 2HEDA 1GXV2 1LJEA 3WH1A 4HV1A 3WPLA 3WL2A 1HFYA 2BLXA 1LZTA 4II8A 1GFJA 1IP5A 3W6DA 1LJHA 5I54A 4G4HA 1A2YC 3A8ZA 4DC4A 4WG7A 4GLAA 3ZVQB 1YAMA 2PC2A 3W6AA 4AGAA 1F6RA 1LZ5A 1GBYA 5APFA 1IOTA 1LSPA 4NGYA 2BPUA 4ANRA 1LZDA 1NF5A 4DD1A 1GBWA 4M4OA 5F9UA 2MEDA 1QSAA 1T6VL 1WQMA 3M18B 4LT3A 1GFKA 1LPIA 2I26L 1QUTA 2Y8PA 1LYZA 1REZA 1CKFA 1BWJA 1IOSA 5FHWA 4N9RA 4M6DA 1LHMA 1GE4A 1WTNA 3TXGA 1LJ3A 2BQEA 1LSEA 3ULRA 1AT6A 1IWWA 1YILA 3BKVA 1I56A 2CWIA 4H93A 4H9BA 5HQ1A 1UUZC 5FEKA 4B4EA 1GXXA 4WL6A 1WQNA 2VB1A 4TUNA 3EBAB 4WM5A 5KXMA 1BVKC 3HFMY 4PRQA 3WPKA 2BQMA 4XADA 3TXBA 4H91A 1B7PA 3LZTA 4PRUA 5I4YA 1UACY 1OP9B 4ML7A 1B5UA 5LYMA 2YVBA 4DD9A 1FLQA 2ZYCA 4OWAA 2G4QA 4GN5C 5A3ZA 5C6IA 3T36A 5DN5A 2F30A 2EPEA 1LZAA 3TMUA 2H9JA 5F81A 1B7QA 1LJNA 2Q0MX 1D0LA 1AT5A 1GB3A 6LYTA 4IASA 1LSAA 207LA 5KXLA 4HPEA 4LT0A 1WTMA 1XFPL 2DQHY 1CJ9A 4H94A 1IP2A 2C8OA 1UBZA 1GBOA 1J1XY 2HUBA 2Z37A 1LYOA 1DZBX 1GHLA 2B5ZA 3A95A 4NIJA 2MECA 5FCPA 4N1EI 2EQLA 1VEDA 1GFTA 1GFVA 4UWVA 4AXTA 2D6BA 2BQHA 2LYZA 1DXJA 4LT1A 1P2CC 4WM3A 4YEOA 4ETEA 4B4IA 5I4WA 2DKVA 1DKJA 4NGZA 1OUIA 1JJ1A 1OUCA 3A94A 3LHMA 2LYOA 3A3QA 2MEGA 3EXDA 3A90A 3AGIA 4H90A 3TXDA 4J1AA 1IVMA 5LA5A 4H92A 2ZQ3A 2MEHA 2IHLA 1BB6A 3B0OA 1UIFA 1D9UA 1ZVYB 1IOQA 2LZ2A 3P68A 4LYBA 6LYZA 3M3UA 5IHGA 5APCA 1FBIX 2Z2EA 4B0DA 3OJPA 1LHJA 4H9CA 2BQLA 1G7HC 4WO9A 1BWIA 1XEJA 4WMGA 1UA6Y 4HP0A 1CKHA 5D5FA 4G4BA 1IP7A 4C3WA 5HNLA 2Z19A 1XEKA 1GFGA 1I1ZA 1XGTC 3WMKA 2HU1A 1LJJA 4NFVA 4XJBA 4XN6A 2MEIA 3WUNA 1C46A 5FSTA 1INUA 4O34A 1YANA 1I20A 4WM6A 1FLUA 1B7LA 3MGWA 1C10A 2G4PA 2W1XA 5F16A 1HSWA 1VFBC 3FE0A 1FN5A 4NHTA 4ET9A 2YBJA 1NQIA 4LYCA 4PGJB 4XJGA 5C6LA 1FLYA 1BWHA 1OUHA 1VATA 3A93A 5B59A 1EL1A 1H6MA 2F4AA 1BB3A 3TXJA 4B1AA 3AZ5A 2XBRA 1E8LA 1C43A 1LKRA 5KXZA 4TX7A 1EQ5A 5EBHA 1MLCE 2C8PA 4J1BA 4PPOA 5T3FA 4H9IA 2I25L 4N8ZA 5C6JA 1CKCA 1AZFA 5LVHA 1GB5A 4H1PA 3LYZA 4BADA 4N0JA 3CSZA 3WYHA 1LZ8A 1GEVA 3A91A 2HEFA 1GF0A 4LFXA 3WU7A 2Z12A 1JITA 3N9AA 1NDGC 1ALCA 1IC4Y 4D9ZA 5B1FA 1LHIA 2BQCA 1MELL 4NEBA 4PJ2C 4TWSA 4U3XB 1TBYA 4ZFPA 1DI3A 1HEOA 1UIGA 3A96A 5KXRA 2DQCY 2EKSC 2F4GA 1D6PA 1LOZA 1REYA 1LZ6A 2BQFA 4XENA 5AMYA 1GF4A 1HF4A 1HFZA 4IJ4A 1B7MA 1DPXA 4PHIA 1IWZA 1GB6A 3GXRA 2Z18A 4HJVA 4L41A 2F2NA 5DL9A 2HEAA 3AW6A 4B49A 1JJ0A 2BQIA 3A3RX 4G4CA 1LHKA 1NWGA 2N5ZA 3RT5X 2ZIKA 1GE3A 4WG1A 1D6QA 1B9OA 3TXKA 1CKDA 4HSFA 4NWEA 4LYZA 1GEZA 4NSGA 2MEEA 1BB5A 2BQJA 3P4ZA 5I5QA 1T3PA 4HTNA 2YSSC 1OUGA 4CFPA 4GCFA 4H9FA 4HTKA 4R0FA 2BAAA 2CJLA 3ATOA 5M1YA 1IWUA 1WQPA 4NHSA 1YL0X 2LHMA 1BB7A 3AZ4A 4J7VA 3RW8A 1OUDA 4XJHA 3B6LA 1FKQA 1TCYA 3TMVA 2ZQ4A 4H8YA 5KXYA 4LYMA 4OW1A 1B7OA 1IX0A 1JTTL 1LJ4A 3WXTA 1LZSA 1GB7A 1LZRA 3CT5A 3N9CA 5J7CA 4EOFA 2BQBA 1AM7A 5LVGA 194LA 1LZBA 3F6ZA 1TEWA 4LT2A 1JSEA 2BQOA 1GAYA 5KXSA 5L9JA 4NWHA 1A4VA 4ET8A 3K3TA 4RW1A 1B0DA 4HV2A 1LSCA 4FJRA 4WM4A 2AUBA 3EO5A 3G3BB 3WPJA 5KJ9A 1GF5A 4NHQA 5D5CA 5KXOA 1LMAA 2CDSA 3WUMA 3AJNA 1FDLY 2YDGA 5LIOA 1TAYA 3TXEA 1OQMA 3RU5A 3LZ2A 154LA 3WUAA 4DWXA 2MEBA 1LHHA 4OOOA 1JIYA 1CKGA 4WLTA 1LZ1A 2W1YA 1GB9A 4KXIA 1BQLY 2YBLA 2RSCA 2BQDA 4BS7A 2H9KA 2XBSA 3W6CA 1YKXX 3RNXA 1PZYA 4H9AA 4NGLA 5KXPA 4CFOA 1F6SA 1JSFA 5HNCA 2DBTA 4HPIA 3AGHA 2ZNWY 1NBYC 4Z46A 4GLVA 1HSXA 4X3BA 8LYZA 2MEFA 4KT3A 1OUAA 5LA8A 1XEIA 2MEAA 4XJIA 1LMQA 1B5VA 2ZILA 5II3A 1WVUA 3IWRA 1GB0A 1JTOL 1REMA 1YAQA 3WULA 5I53A 1IC7Y 1HEQA 2DQFC 3A6CY 1IP1A 4NSJA 1BB4A 3WW5A 3CT1A 2EIZC 1XGPC 1GBZA 3AZ6A 1VAUA 1LAAA 3OK0A 2FBBA 4WM2A 4CHXA 1LKSA 5L3IA 2ZNXY 5HMJA 2D91A 1N4FA 1HHLA 1LMPA 1LSZA 1G7JC 1ZMYL 4OWBA 4NGVA 4ETAA 3B0KA 5KXTA 1DI4A 4H9EA 5DN4A 4YEMA 1HMKA 1NKHA 4NGIA 5KXXA 1B5WA 3QNGA 4DD7A 9LYZA 3E3DA 5LAFA 4B4JA 1RFPA 3AZ7A 4J0LA 132LA 4RLNA 5B07A 4DT3A 1XGUC 5KKIA 3A67Y 1LSGA 2A7FA 4UWNA 3W6FA 1UICA 1IEEA 3LYMA 1Z55A 4LGKA 4XJDA 5E9RA 1HEWA 4WLXA 2D4KA 2H5ZA 1CJ6A 3GXKA 1UC0A 2X0AA 4NGJA 7LYZA 1GF6A 1LYSA 1HNLA 5LYTA 3A6BY 5ILFA 5DM9A 1JJ3A 1LSMA 1UIAA 1GFAA 1BGIA 1JTPL 3G3AB 1LMCA 2DQIY 2Z38A 1QIOA 4BAFA 3AYQA 1IO5A 1LSBA 4WL7A 5DLAA 1B5XA 1JKDA 3HBEX 4MR1A 4QEQA 5LVKA 2FYDA 1XGQC 3CT0A 3TXIA 3FI7A 1DKKA 4GCBA 1LSYA 3N9EA 4NGOA 1F10A 4DDBA 1YKYX 3EMSA 4C5FA 3ZVQA 2D4IA 5LXWA 5APDA 2DQJY 3SP3A 3TXHA 2HECA 1EQ4A 4I8SA 1V7TA 1WQRA 2WARA 1VDSA 1NDMC 3AB6A 4HTQA 4W96A 4HJYA 4NHIA 5KY1A 1W6ZA 4BAPA 5ILCA 4FDYA 5KXWA 5APEA 1VDPA 2YBHA 4I0CA 2YBMA 1HEPA 5KKJA 2NWDX 1D0KA 1GE1A 1YROA 2BQGA 4Z98A 4IATA 1HFXA 1LJFA 1FKVA 1YKZX 153LA 1HENA 4WLYA 4TSCA 1LHLA 1GB8A 1PS5A 134LA 4NSHA 4LYOA 1DI5A 1KXXA 1W08A 4DD2A 3RZ4A 3IJUA 4OWHA 1CJ7A 4Z41A 1IC5Y 3ATNA 1KIPC 1LZCA 3LYTA 1JEFA 1GE0A 1YAOA 2YBIA 1B7NA 5I4XA 1IY4A 1IWVA 1LJGA 1ZV5L 1GF7A 2HEBA 5F14A 133LA 5HMVA 3TMXA 3P66A 3J6KA 3AW7A 4OWCA 4RW2A 1B5ZA 1JHLA 3WVXA 1FLWA 3D9AC 4ZEEA 3T6UA 4EMNA 1GWDA 1LMOA 1J1OY 1JWRA 2ZWBA 1LJIA 2DQAA 5LVJA 4QDNA 5IELA 1IIZA 193LA 1LMNA 1HEMA 3CSQA 1GB2A 1DPWA 1GD6A 1LZYA 1RCMA 1JKBA 1GFRA 1LZGA 2W1LA 4DDCA 3A92A 1NHEA 4UWUA 1UIHA 1IP6A 1JISA 3WW6A 4Z3MA 1B5YA 1LTMA 4OWEA 4N1CC 1IWYA 4G49A 4TSBA 3QE8A 1J1PY 4G9SA 1V7SA 4A7DA 1XGRC 1LZ4A 4YOPA 1HMLA 3AGGG 3ZEKA 1GBSA 3TXFA 1C08C 1GBXA 4YENA 4GN4A 1OUJA 4LZTA 2HTXA 2HU3A 4GCCA 4YM8A 2LZTA 4H8XA 1LCNA 1IP4A 1SLYA 4GCDA 4MSTA 2DQGY 4OOTA 1B2KA 4NGWA 2FYCA 4DD0A 3D3DA 3CQLA 5E4PA 1LYYA 1GF9A 1AKIA 1GFHA 1O23A 3W6EA 1EQEA 2BQKA 1OUBA 3BKHA 3W3EA 1IWTA 1QTEA 1ZVHL 4KL7A 3KAMA 5F9XA 4ETDA 3B72A 4H8ZA 1C7PA 4RDSA 4TTDA 4ETCA 4NG1A 1CNSA 1JKCA 4CGEA 5KXKA 1IR7A 1JKAA 135LA 4LFPA 1C45A 1HERA 2BQNA 1HELA 1UCOA 1QDTA 1IORA 3B0IA 3P64A 5L3HA 5HLLA 1G7IC 5A3EA 1BHZA 1JUGA 1LSNA 1DQJC 208LA 1LSDA 4W94A 4WOAA 1IOCA 1GFEA 1RI8B 2DQEY 1OUFA 1OUEA 1RE2A 3IJVA 4XJFA 1GE2A 5KXNA 5LYZA 1GF3A 4NHPA 5LINA 1YL1X 3LN2A 2ZYPA 1F0WA 3WVYA 1H87A 2HEEA 3A34A 4CJ2A 5B06A 1WQOA 1GPQC 1IP3A 1YAPA 4DD3A 2GV0A 5JENB 1G7LC 3W6BA 1D0MA 2LYMA 1CJ8A 1UIDA 3LYOA 3HBHA 4WLDA 2CGIA 1RJCB 1NMMA 3CSRA 1WVVA 5FELA 1KIRC 2D4JA 5K7OA 4QGZA 2FBDA 1TDYA 1B7SA 4H9HA 4ETBA 1HC0A 1QDRA 1G7MC 1VDTA 1KXWA 1XSFA 1B7RA 4WO6A 5IDDA 4QY9A 3J4GA 1QQYA 1YQVY 5FDJA 4N5RA 1QSWA 1YIKA 4KPMA 1LMTA 1REXA 4NGKA 4P2EA 4DDAA 4ZIXA 1SQ2L 2Z2FA 3CB7A 3WU8A 1QUSA 2G4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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