1JSFA

Full-matrix least-squares refinement of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Full-matrix least-squares refinement of lysozymes and analysis of anisotropic thermal motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jsfA00
3A34A 1XGQC 1KIPC 1CJ7A 5I53A 2A7DA 1B7QA 1IWVA 1RI8B 4YENA 1QSAA 1C45A 3TXGA 5I5QA 4WL7A 3CSQA 1GHLA 1IWYA 2BQBA 1FLYA 5L3IA 1BHZA 4YEOA 4GN4A 1B7MA 2NWDX 2MEBA 1LSCA 1KXWA 2DQCY 1D9UA 4XJBA 1UICA 4H9FA 1E8LA 1LHKA 4C5FA 1HEOA 1IWTA 1KXYA 4HTKA 4BAFA 1D0MA 1GF3A 3LZ2A 4LYZA 2EQLA 3EBAB 1RE2A 3HFMY 4I0CA 1GE0A 5FEKA 1GFRA 3HBHA 1CNSA 4EMNA 5EBHA 2ZIKA 3AZ5A 2F2NA 4B0DA 2YDGA 3CQLA 1NF5A 4RW2A 1GBWA 1OUFA 1CKHA 3WL2A 1HF4A 1IOQA 1QSWA 4NGYA 1BB4A 1VDQA 1YKYX 1LJKA 4HJZA 3A90A 4RW1A 4WLDA 3T6UA 2YBJA 3W6EA 4WO6A 4N1EI 1BGIA 5KXKA 2D4IA 4B1AA 4DD3A 3TMWA 2F4AA 4WOAA 1GPQC 2HEFA 1LYZA 2LZ2A 4XN6A 5APEA 1LHLA 3N9EA 1QTEA 3IJVA 4PPOA 1IY3A 1YAOA 3A93A 3LZTA 4N5RA 2MEIA 3FE0A 1BWIA 8LYZA 5LYMA 1OUEA 1LJ3A 2BQLA 1OUAA 2CDSA 1QQYA 2DQEY 4WLXA 1LTMA 1CKDA 1YANA 3FI7A 1G7MC 2D4JA 1V7TA 3ATOA 4TTDA 1GE3A 4LYBA 2H9KA 1FDLY 1HHLA 4H91A 5HQ1A 6LYTA 1KIQC 2G4NA 4GN5C 1LMTA 5KXSA 4WM4A 1WQNA 1NBYC 1CKGA 4XJHA 4DD2A 4IJ4A 5M1YA 1OUCA 1KIRC 4WMGA 5FDJA 4LT2A 1IC4Y 1UIAA 3E3DA 4XADA 3AZ6A 3B72A 4W96A 2MEGA 5LVJA 2W1MA 1VFBC 1IR8A 1D0LA 3TMVA 5KKIA 1LZ6A 4OWEA 4R0FA 1GF5A 4LZTA 5KXXA 3WUAA 1IC7Y 1GF7A 1JKDA 3P64A 2LHMA 5KXYA 2YBLA 2DQGY 5C6LA 1B7RA 1NKHA 5L3HA 1LSPA 1OQMA 1HEQA 3EMSA 2DQJY 1C08C 2YBIA 4KL7A 4GLAA 1QUSA 1AT6A 2CWIA 5LXWA 1UBZA 4UWVA 1V7SA 4E3UA 5LINA 1GB9A 3AGIA 4N8ZA 1LHIA 5LAFA 1CKFA 3TXBA 4ETBA 5F9XA 5F9UA 2D4KA 3WVXA 4DD9A 4M4OA 1UIEA 1G7IC 1LCNA 4G4CA 3WW5A 3CT1A 1BB6A 1DQJC 1VDTA 1WQQA 5LYZA 1FKVA 4Z46A 1LJHA 5KXWA 3AZ7A 4R6CA 2H5ZA 1IP1A 1GFAA 3D3DA 4OWHA 1WQOA 4ZIXA 5KXOA 4YOPA 1WQRA 135LA 1B5YA 1MLCE 3A92A 1B0DA 1J1OY 1B9OA 2XBSA 1LSYA 2ZQ3A 3SP3A 1YILA 3AYQA 4NWEA 3TXKA 1LZBA 4X3BA 2YBNA 2EKSC 1DKJA 5APCA 1IOTA 1LZ9A 1TBYA 4HTQA 1XGUC 1IWXA 1G7JC 2FYCA 1GWDA 4J0LA 4LFPA 3GXKA 4NG8A 4NIJA 3WYHA 3AZ4A 2I25L 4H92A 4H9AA 5LYTA 133LA 4NGZA 4WM3A 1LJGA 4YF2A 1TDYA 5LVGA 5FELA 3WH1A 1LZTA 4G49A 3W6DA 5AMYA 1XGTC 1SLYA 1OUDA 2H9JA 1GXV2 2YBMA 1TEWA 2I26L 1SQ2L 3OJPA 4II8A 4WM2A 3TXEA 4EOFA 1JHLA 5I54A 3AW6A 4QGZA 2PC2A 1IP7A 4Z98A 1HSXA 1QTKA 1IP6A 1UCOA 2BQFA 2MEHA 2Z39A 5LVIA 1IEEA 1NMMA 1AT5A 1JSEA 1QDTA 1UIGA 4WO9A 3ZVQB 1HFYA 3ZVQA 1REXA 1IY4A 4C3WA 1NHEA 1FLUA 1DZBX 1HENA 1NBZC 1RCMA 3AGGG 4NGVA 1AZFA 1GF0A 2BQCA 1LYSA 1B2KA 1EQEA 5LA8A 2BQMA 1D0KA 1JSFA 4G4BA 3WMKA 2DQAA 4RDSA 5T3FA 2Z19A 4WG1A 1YAMA 1I1ZA 4XENA 1BVKC 5B07A 4DDCA 3MGWA 1IP4A 1GB3A 1GE1A 1LSDA 1B7LA 3M18B 3HBDA 2A7FA 5KY1A 1YKXX 2HUBA 1IX0A 1IOSA 1B7OA 1LAAA 4TWSA 5C6IA 1T6VL 5KXRA 3BKHA 1ZMYL 4MCKA 2HEDA 4OWBA 5ILFA 2G4QA 1GB5A 1PZYA 5KKJA 1P2CC 5B05A 1LZAA 1H6MA 6LYZA 2DQFC 4LGKA 2HU1A 1FLWA 1IVMA 3CB7A 3ATNA 1OUIA 1RFPA 4ET9A 2YSSC 2BPUA 1B7NA 5HLLA 1CJ8A 1W6ZA 4QEQA 1HEPA 3OK0A 4N9RA 4NGWA 4WLYA 3IJUA 2F4GA 2D91A 4XJFA 3LYTA 3A3RX 3P65A 4NGLA 2Z2EA 4NHTA 1JJ0A 4DD1A 4CJ2A 4KT3A 1LJJA 4LT3A 2MEFA 2G4PA 2N5ZA 4H8YA 1HC0A 4B4IA 5HNCA 3RNXA 1F6SA 3WW6A 208LA 1JKAA 1GBSA 4B4EA 1LZCA 1LSGA 4H9BA 2BQIA 5J7CA 1LZ5A 1WVUA 2Y8PA 4NHPA 3RU5A 1GD6A 2VB1A 1HEWA 1DXJA 5LIOA 1JEFA 2ZILA 3WPKA 5APDA 1JTTL 1KXXA 2EPEA 1GFEA 2F30A 4LYTA 5DN4A 1GXXA 4PHIA 1TCYA 4AXTA 5KXZA 4DD0A 4XJIA 2HEEA 4NSIA 1IO5A 1LZEA 1XEJA 1JKBA 2RSCA 3A91A 1RJCB 4DYGA 4LYCA 1IOCA 1IR9A 4LT1A 1EQ5A 4A7DA 1XEIA 1LKSA 5HNLA 1LZYA 1IP5A 1G7HC 3TXJA 4OWCA 1LSNA 3F6ZA 1GBXA 1WTNA 1UC0A 1IIZA 2YBHA 3AB6A 4GCCA 2ZWBA 1IORA 1JKCA 1HFZA 4H9EA 4HJYA 2BQHA 4KPMA 4UWNA 1B5ZA 2FBBA 4H9CA 4WM5A 1B7PA 1DI3A 5D5CA 1GF6A 153LA 1FBIX 1VDPA 3TXDA 2IHLA 5HMVA 3W3EA 1VDSA 1W08A 2HEBA 1GDWA 1HNLA 1WTMA 2LYMA 1JTPL 1GB2A 2Z2FA 5IDDA 1GFGA 1LJ4A 1CJ9A 2B5ZA 5A3EA 1OUGA 1GFUA 3GXRA 1O23A 4O34A 3TXHA 4NSGA 4BADA 5E4PA 1B7SA 3W6BA 1EQ4A 1G7LC 2ZNXY 4GCDA 4NSHA 3WPJA 3A96A 5LVHA 3TXFA 1IR7A 1LJFA 4LYOA 4NHIA 1F0WA 1GBZA 1OUHA 5D5FA 1GF8A 4PRQA 1GAYA 4HPIA 2Z12A 2BQNA 5F16A 1FN5A 1F6RA 4PJ2C 4NHQA 1XSFA 3D9AC 5A3ZA 1A2YC 1HMLA 1LSFA 1N4FA 4H9IA 1NQIA 1REMA 2DQHY 2W1LA 5II3A 4BS7A 5F14A 2I6ZA 4H8ZA 3N9CA 1VEDA 5DL9A 4H90A 3AGHA 3ULRA 9LYZA 1F10A 4GCEA 1C46A 3A6CY 2Q0MX 1JJ1A 1WQPA 3LN2A 4H1PA 4H9HA 1CJ6A 1LMOA 3T36A 4YM8A 4J1BA 1D6QA 2MEAA 4DD7A 4TSCA 1JIYA 3N9AA 4XYYA 2C8OA 4NGJA 1MELL 132LA 2MECA 1GFJA 5F81A 1GB8A 1GEVA 3J6KA 4DDAA 4CGEA 3KAMA 4WM1A 4ET8A 4NGOA 4YEMA 3G3AB 1DPXA 4NWHA 3K3TA 4NHSA 4TSBA 1LSAA 4W94A 2FBDA 1GFTA 1LKRA 1GE4A 1GBOA 1LYOA 5B59A 3W6AA 4DC4A 3AJNA 1LMAA 1YIKA 4FDYA 4MSTA 2BQGA 4ETEA 2YVBA 1AKIA 3LHMA 4WM6A 207LA 1YL1X 3M3UA 5L9JA 5B1FA 4HJVA 1B5UA 1UUZC 1B5XA 5ILCA 3IWRA 3TMUA 1GDXA 2BLXA 1QIOA 1JJ3A 4Z3MA 3A94A 1H87A 1JITA 1XEKA 2LYOA 1NWGA 3WULA 1GB0A 1GFKA 4DDBA 1IWWA 3TMXA 1EL1A 2MEDA 1UACY 3A95A 4ETAA 1JISA 3HBEX 4DWXA 1INUA 1TAYA 1IP3A 3LYZA 4IATA 5LVKA 5C6JA 4LYMA 1IWZA 1VATA 3J4GA 5FSTA 4B49A 1DI5A 1C10A 4HTNA 1GF9A 1VAUA 1GAZA 1OUJA 1C43A 5E9RA 1LJNA 1B5WA 3CSZA 1GEZA 1HMKA 5FCPA 4U3XB 4HP0A 4TX7A 2BQEA 3B0KA 3WU8A 5DN5A 2DBTA 5KXLA 4D9ZA 1LZGA 1LZSA 2CJLA 1LJIA 3A67Y 1BWJA 1REZA 4NGKA 4CHXA 3CT0A 3LYMA 3TXIA 5KJ9A 1LMCA 5DLAA 2CGIA 1HEMA 3WXUA 4DT3A 1YAQA 4L41A 3WUMA 2DQDY 1CKCA 4FJRA 4J7VA 4QDNA 4GN3A 3W6CA 2HECA 3W6FA 1BQLY 1JTOL 3B6LA 4H93A 5KXPA 4HV2A 1PS5A 1QUTA 3QE8A 2Z38A 1YL0X 4OWAA 4OW1A 4XJDA 3WU7A 2BQAA 1LPIA 1LZ1A 3B0IA 154LA 1LHMA 3A6BY 4WL6A 1ZVHL 1LHHA 1BVXA 3P4ZA 5B1GA 4KXIA 1JUGA 2ZQ4A 3RZ4A 3BKVA 5KXMA 1OUBA 4LT0A 4ML7A 4H94A 1GBYA 3P68A 4G4HA 1UIHA 1LSMA 4IASA 1A4VA 1NDMC 1J1XY 2DKVA 3WVYA 2GV0A 7LYZA 1GB6A 1LJEA 3CT5A 1WQMA 1BB3A 1LOZA 2ZNWY 5I4WA 5HMJA 4TUNA 2BAAA 134LA 2BLYA 4ETCA 3EO5A 4NY5A 1REYA 4NG1A 2DQIY 4BAPA 4ANRA 1JWRA 1OP9B 3G3BB 2HU3A 4MR1A 2AUBA 4NSJA 4OOTA 1GFHA 2XBRA 5DM9A 3WUNA 5KXNA 3A3QA 1I20A 5B06A 3QNGA 2HEAA 3WPLA 4NGIA 3WU9A 1ALCA 4H8XA 5K7OA 1YAPA 4N0JA 3ZEKA 2LZTA 1UIFA 1HERA 2MEEA 1T3PA 4ZFPA 2C8PA 4OOOA 1XFPL 4RLMA 1LSZA 1LSEA 2HTXA 4GCFA 5I4XA 1LMPA 1LMQA 1C7PA 1LSBA 3LYOA 1YQVY 2BQKA 4PRUA 5KXTA 5LA5A 1I56A 4GLVA 3QY4A 3B0OA 1Z55A 3RW8A 2D6BA 2W1YA 1LMNA 1IP2A 2X0AA 2ZYCA 4NFVA 1BB5A 1HELA 1UA6Y 2LYZA 4G9SA 1WVVA 3CSRA 1LYYA 5IELA 5IHGA 4WLTA 1FKQA 1B5VA 5LAGA 5JENB 2IFFY 3AW7A 4AGAA 4WG7A 4HV1A 1HFXA 1LZNA 1XGRC 1LZDA 1UIBA 193LA 5FHWA 3RT5X 4PGJB 2BQJA 1UIDA 1D6PA 1FLQA 1LZ8A 4I8SA 5APFA 4ETDA 1GF4A 1YROA 1GFVA 2XJWA 1YKZX 2WARA 1IWUA 1QDRA 1JPOA 2BQDA 2ZYPA 3A8ZA 1DPWA 1J1PY 4QY9A 2BQOA 1LZRA 194LA 1LZ4A 3EXDA 4ZEEA 1BWHA 1NDGC 4M6DA 3P66A 4NEBA 1HSWA 2W1XA 2Z18A 4HSFA 4Z41A 4RLNA 1ZV5L 4XJGA 4UWUA 4N1CC 1DKKA 1XGPC 4GCBA 1ZVYB 1GB7A 1IC5Y 2EIZC 4P2EA 4B4JA 4HPEA 4J1AA 3WXTA 4LFXA 4CFOA 1GE2A 1BB7A 2XTHA 2Z37A 4CFPA 2FYDA 1AM7A 1LHJA 5I4YA 2ZIJA 3VWOA 1DI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU0A 3A34A 1KIPC 2A7DA 1B7QA 1P36A 3CSQA 2BQBA 1CU3A 2NWDX 3C83A 1LSCA 4H9FA 1HEOA 1KXYA 2EQLA 3HFMY 1GE0A 224LA 3HBHA 257LA 2QB0B 1L69A 3CQLA 109LA 1QSWA 1L17A 2NTGA 1CU2A 4GBRB 4HJZA 4EKPA 4YXAC 1BGIA 4B1AA 1P7SA 1LHLA 3N9EA 4PPOA 1IY3A 125LA 1L35A 3LZTA 1C6TA 3FE0A 5LYMA 1OUEA 2CDSA 4WLXA 1YANA 142LA 1G7MC 3G3VA 4H91A 1L83A 1L0JA 259LA 1LMTA 3L64A 5KXSA 167LA 1L84A 3JR6A 1G06A 1CV5A 163LA 3AZ6A 5LVJA 1IR8A 1D0LA 233LA 4R0FA 1LYIA 3DN6A 171LA 1IC7Y 1L98A 108LA 3CDOA 1LYFA 1L80A 5L3HA 4KL7A 1L91A 4UWVA 2RB0X 3WVXA 4DD9A 1L04A 1G7IC 1LWKA 1DQJC 223LA 4Z46A 1CV3A 4R6CA 5KXOA 103LA 1G0PA 4S0WA 145LA 3C80A 2RAZX 210LA 4NWEA 3SB8A 1NHBA 4X3BA 1QSQA 4HTQA 3SBBC 1XGUC 1ZYTA 4NIJA 2I25L 4H92A 3HDEA 3HTBA 3WH1A 1LZTA 1SLYA 1GXV2 141LA 1PQOA 4II8A 1SQ2L 4WM2A 1JHLA 5I54A 2RBRA 3RZEA 2PC2A 4Z98A 2MEHA 2Z39A 1QTZA 1JSEA 1L70A 2OE4X 1L16A 1NBZC 1RCMA 1KW5A 2BQCA 2HUMA 1EQEA 5LA8A 3SBAA 1ZURA 4I7OA 5I14A 3MGWA 1GE1A 1YKXX 1IOSA 1B7OA 1LAAA 5KXRA 3BKHA 1PQDA 1LZAA 1H6MA 4LGKA 1FLWA 3ATNA 4ET9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A34 A;  1XGQ C;  1KIP C;  1CJ7 A;  5I53 A;  2A7D A;  1B7Q A;  1IWV A;  1RI8 B;  4YEN A;  1QSA A;  1C45 A;  3TXG A;  5I5Q A;  4WL7 A;  3CSQ A;  1GHL A;  1IWY A;  2BQB A;  1FLY A;  5L3I A;  1BHZ A;  4YEO A;  4GN4 A;  1B7M A;  2NWD X;  2MEB A;  1LSC A;  1KXW A;  2DQC Y;  1D9U A;  4XJB A;  1UIC A;  4H9F A;  1E8L A;  1LHK A;  4C5F A;  1HEO A;  1IWT A;  1KXY A;  4HTK A;  4BAF A;  1D0M A;  1GF3 A;  3LZ2 A;  4LYZ A;  2EQL A;  3EBA B;  1RE2 A;  3HFM Y;  4I0C A;  1GE0 A;  5FEK A;  1GFR A;  3HBH A;  1CNS A;  4EMN A;  5EBH A;  2ZIK A;  3AZ5 A;  2F2N A;  4B0D A;  2YDG A;  3CQL A;  1NF5 A;  4RW2 A;  1GBW A;  1OUF A;  1CKH A;  3WL2 A;  1HF4 A;  1IOQ A;  1QSW A;  4NGY A;  1BB4 A;  1VDQ A;  1YKY X;  1LJK A;  4HJZ A;  3A90 A;  4RW1 A;  4WLD A;  3T6U A;  2YBJ A;  3W6E A;  4WO6 A;  4N1E I;  1BGI A;  5KXK A;  2D4I A;  4B1A A;  4DD3 A;  3TMW A;  2F4A A;  4WOA A;  1GPQ C;  2HEF A;  1LYZ A;  2LZ2 A;  4XN6 A;  5APE A;  1LHL A;  3N9E A;  1QTE A;  3IJV A;  4PPO A;  1IY3 A;  1YAO A;  3A93 A;  3LZT A;  4N5R A;  2MEI A; 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 3QNG A;  2HEA A;  3WPL A;  4NGI A;  3WU9 A;  1ALC A;  4H8X A;  5K7O A;  1YAP A;  4N0J A;  3ZEK A;  2LZT A;  1UIF A;  1HER A;  2MEE A;  1T3P A;  4ZFP A;  2C8P A;  4OOO A;  1XFP L;  4RLM A;  1LSZ A;  1LSE A;  2HTX A;  4GCF A;  5I4X A;  1LMP A;  1LMQ A;  1C7P A;  1LSB A;  3LYO A;  1YQV Y;  2BQK A;  4PRU A;  5KXT A;  5LA5 A;  1I56 A;  4GLV A;  3QY4 A;  3B0O A;  1Z55 A;  3RW8 A;  2D6B A;  2W1Y A;  1LMN A;  1IP2 A;  2X0A A;  2ZYC A;  4NFV A;  1BB5 A;  1HEL A;  1UA6 Y;  2LYZ A;  4G9S A;  1WVV A;  3CSR A;  1LYY A;  5IEL A;  5IHG A;  4WLT A;  1FKQ A;  1B5V A;  5LAG A;  5JEN B;  2IFF Y;  3AW7 A;  4AGA A;  4WG7 A;  4HV1 A;  1HFX A;  1LZN A;  1XGR C;  1LZD A;  1UIB A;  193L A;  5FHW A;  3RT5 X;  4PGJ B;  2BQJ A;  1UID A;  1D6P A;  1FLQ A;  1LZ8 A;  4I8S A;  5APF A;  4ETD A;  1GF4 A;  1YRO A;  1GFV A;  2XJW A;  1YKZ X;  2WAR A;  1IWU A;  1QDR A;  1JPO A;  2BQD A;  2ZYP A;  3A8Z A;  1DPW A;  1J1P Y;  4QY9 A;  2BQO A;  1LZR A;  194L A;  1LZ4 A;  3EXD A;  4ZEE A;  1BWH A;  1NDG C;  4M6D A;  3P66 A;  4NEB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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