1JSFA

Full-matrix least-squares refinement of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Full-matrix least-squares refinement of lysozymes and analysis of anisotropic thermal motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jsfA00
1RE2A 5DM9A 1VAUA 4LYTA 4AXTA 1IWZA 1XFPL 3N9AA 1TBYA 1LZ5A 3B0OA 3BKVA 3HBDA 3B72A 4G49A 4HPIA 4YENA 1JSEA 4BS7A 1UUZC 3G3AB 3TMUA 2IFFY 1HFZA 5T3FA 5LINA 3IWRA 2DQGY 4BAPA 1LYOA 1RI8B 1H87A 1NQIA 3BKHA 4MSTA 1EQ5A 4WL7A 1C43A 4LT0A 1LZRA 1OUEA 1B7RA 1CKHA 5DL9A 3A94A 1LJ3A 4H9AA 1G7HC 1UC0A 2C8PA 1T6VL 2N5ZA 4NHSA 1SLYA 2YBHA 4KT3A 1JEFA 4RW2A 4DDBA 5LIOA 1HEOA 5B59A 1CNSA 4WL6A 1INUA 1P2CC 1RJCB 2HEBA 3QY4A 4HV1A 4QDNA 1DPXA 2EPEA 4LYMA 4ML7A 4ETDA 2MEFA 1V7TA 1B2KA 1B5UA 1HF4A 8LYZA 1IP6A 5L9JA 1GDWA 1NBYC 2ZNXY 4ET8A 2G4NA 1KXWA 5KXOA 1YQVY 4HJYA 2MEEA 4H1PA 1W6ZA 4O34A 1VFBC 5HMVA 1H6MA 1NBZC 4NHIA 5HQ1A 1GAYA 1LMNA 4Z41A 3W3EA 1NF5A 1JJ3A 1O23A 1FLQA 2Y8PA 5LVIA 1LKRA 3QE8A 1LSPA 4AGAA 2BLXA 4J1BA 1DKJA 4GCDA 1CJ9A 4G4BA 1IWVA 1IR7A 1GFVA 1LZEA 1N4FA 2A7DA 2C8OA 3HBEX 2HTXA 3RZ4A 1GBOA 1YKYX 2CGIA 4R6CA 2G4PA 1QQYA 1JSFA 4XJFA 3TXIA 1DPWA 4D9ZA 4OW1A 3TMVA 4B1AA 3FI7A 3LYOA 1D6QA 132LA 1YROA 3CT0A 3AGIA 1GD6A 2A7FA 4X3BA 1GF4A 1A2YC 1GBYA 1DI5A 2FBDA 2DBTA 4H9FA 1GB5A 1GEZA 3D9AC 4N0JA 1LSYA 3WULA 1CKFA 2HEDA 2BQKA 2RSCA 3EBAB 3CQLA 4IATA 1DKKA 4KPMA 1LJJA 5KKIA 4QGZA 1CKDA 4G4CA 4NGKA 1LZTA 4J1AA 1FBIX 1GE1A 5HNCA 3CSRA 4H9IA 1YIKA 4OOOA 2MECA 4GN3A 1CJ7A 3QNGA 1IP7A 1VDSA 4WLTA 1QUSA 5D5CA 2EQLA 4LZTA 4NGVA 1IC4Y 5I53A 3TXJA 1GB8A 3WL2A 4UWUA 5B1GA 4XN6A 4XJBA 1XGTC 2YBJA 3WPKA 1LCNA 1EQEA 3ZVQB 1MELL 4NGZA 4PHIA 4TTDA 4R0FA 4ET9A 1LHMA 1UIDA 1JKBA 2EKSC 3WXTA 1IY3A 1LJ4A 1HFYA 1YKXX 4NWEA 1AZFA 4IJ4A 2HEFA 4WG1A 1B5YA 2VB1A 1GB7A 4XJGA 4H9HA 2BQGA 1BB4A 1GB3A 4FJRA 5LVKA 2W1MA 4RDSA 3WU7A 2YVBA 4ETCA 3ATNA 4PRQA 4WLDA 3GXRA 1HSXA 2YBNA 4L41A 5FEKA 3RU5A 3WVXA 3WUMA 1LZAA 4DD0A 1QSAA 3WW6A 1WQQA 4YEOA 3WMKA 4CFOA 1UA6Y 1LSCA 1WQPA 1LZNA 3A67Y 4B4IA 4DWXA 1YILA 1YL0X 2ZWBA 5LAFA 5F9UA 1YL1X 2LYMA 4G4HA 5LVJA 4HJVA 1F10A 4NY5A 1LZ6A 1UCOA 4NSGA 3KAMA 1WTMA 2BQBA 2X0AA 4NFVA 193LA 5KJ9A 2DQAA 2XJWA 4DD2A 5II3A 5L3IA 1LZYA 1GF9A 2LHMA 3W6CA 1UIBA 5I54A 5KXTA 4TWSA 1J1OY 2HEAA 1IP5A 1C45A 3TMXA 4UWNA 3WUNA 3A3QA 4YOPA 2HU1A 1LMPA 3LYMA 1KIPC 3P64A 3A95A 5B07A 5KXYA 1XGQC 1UACY 4OWBA 1BGIA 2BQFA 1C10A 1VATA 4DD9A 1IOSA 1GE4A 3MGWA 5ILFA 5A3EA 1GFJA 4CGEA 1BWHA 4H9BA 1LZDA 7LYZA 1LSZA 1B0DA 3OJPA 4FDYA 5LXWA 1BWJA 5FDJA 3ATOA 1IWYA 1C7PA 1T3PA 3F6ZA 5L3HA 3M18B 1LSEA 1LZBA 1IP2A 4ETAA 2LZ2A 1DI3A 2Z2EA 5KXNA 2Z38A 3CB7A 1G7MC 2AUBA 4LGKA 3LYTA 1HFXA 1LJHA 4PPOA 5E4PA 1LYSA 5APDA 4RW1A 1QTKA 4H9EA 5F81A 5KXKA 1GB9A 2Z18A 1LHLA 1IOTA 4HV2A 3P4ZA 134LA 1OQMA 1F0WA 4A7DA 1MLCE 1WQNA 1LMOA 1IOQA 3A6CY 208LA 2HUBA 1KIRC 1TDYA 1B5VA 1OUCA 4KL7A 4NG8A 5FSTA 2XTHA 5LA5A 1SQ2L 1JKDA 4BADA 1IR8A 1KXXA 5EBHA 1G7JC 2YBLA 4H91A 1B7MA 1B7OA 1JHLA 1JITA 1B7NA 2F30A 3A6BY 4NSIA 1XGPC 1IP3A 1IEEA 2Z37A 3T6UA 3AZ6A 2DQEY 4PGJB 5I5QA 1RFPA 4H8YA 1LSMA 1GBWA 5I4YA 1F6SA 4B49A 1GFGA 3W6DA 4Z3MA 5LVGA 1G7IC 1NHEA 1JTTL 3WH1A 5ILCA 1GFRA 1GFTA 3WYHA 1BB3A 2W1XA 4HTKA 1F6RA 1GF0A 1UIGA 1OUHA 2BQIA 1FLWA 2HECA 4CHXA 1HELA 4ETBA 5I4XA 5KXZA 2BQJA 3SP3A 5IDDA 4ETEA 1IORA 4WM1A 4TSCA 4DYGA 1GF7A 3W6FA 4DT3A 1GFKA 1NKHA 2BQOA 4M4OA 1WVVA 2FYCA 2MEBA 4OOTA 3TXDA 2FYDA 3A93A 4LT1A 1OUIA 1FLYA 4N9RA 194LA 1OUJA 4ANRA 4TUNA 1IWWA 1AT6A 2HU3A 2WARA 4LFPA 2ZILA 1GDXA 4HTQA 3AZ7A 1B5WA 2Z39A 3A8ZA 4NGIA 5C6LA 1UIAA 1LJIA 1JTPL 1PS5A 1GBSA 3WU8A 1LSBA 1LZ8A 1FDLY 3WPLA 2BQNA 4WM4A 1JJ0A 4GCFA 1FKVA 2XBRA 1CKGA 4GN5C 4WM6A 4YEMA 2DQIY 1GF5A 1B9OA 1LKSA 4WM2A 1XEJA 5IHGA 1IVMA 3N9CA 3P65A 3OK0A 1GF8A 1B7QA 1IWTA 4OWCA 4W96A 5LYZA 1IO5A 1J1PY 1LZGA 5B1FA 2MEIA 1YKZX 2F4GA 2BAAA 2BQLA 4GCEA 1LSGA 2BQMA 4H94A 1YAOA 5FCPA 3TXEA 3WXUA 4HP0A 1ZVHL 3A92A 1OUBA 4LFXA 3ZVQA 1QTEA 4MCKA 1XSFA 1GFEA 1HERA 3AGHA 2W1LA 1CKCA 4DD7A 5I4WA 3AZ4A 3EMSA 1NWGA 4N1CC 1REMA 1LYYA 153LA 4HSFA 3TXHA 1IWXA 3VWOA 4WO9A 3P68A 1OUAA 3LZTA 5FELA 1Z55A 4WG7A 1VDPA 1LZ9A 3WVYA 1HSWA 5LA8A 3TXBA 1E8LA 5LAGA 5KXXA 1HHLA 4J7VA 2D91A 1GPQC 3A90A 1JTOL 2GV0A 1YAMA 1QDTA 5KXWA 1JUGA 4LYBA 2H5ZA 9LYZA 4ZEEA 2F4AA 4NGLA 1LZCA 1EL1A 1LSNA 5LYMA 3ULRA 1LZ4A 5A3ZA 2I25L 1UBZA 135LA 207LA 2LYZA 4TSBA 2NWDX 1BVKC 4NSHA 5HLLA 2EIZC 1GB6A 1YAPA 2YDGA 1C08C 4TX7A 4WMGA 5DN4A 4WOAA 2LZTA 1BB6A 1DQJC 1GFUA 1REXA 1GE3A 4H8ZA 4CJ2A 1GWDA 3K3TA 1LMCA 3ZEKA 5KXRA 1B7SA 2YSSC 4OWHA 1YAQA 2BPUA 4C3WA 4ZIXA 1LMAA 1GF6A 1UIFA 2MEHA 3WUAA 4W94A 1PZYA 1IC7Y 3LZ2A 1LJGA 1GBZA 4ZFPA 1KIQC 1GAZA 3AGGG 1FLUA 1IP1A 1XEKA 1GFHA 4GCBA 1XEIA 2HEEA 1D0KA 1LYZA 1WVUA 2Z12A 1GF3A 2ZNWY 1IOCA 3B0IA 5DN5A 2IHLA 4HTNA 4II8A 5C6JA 4NGOA 4KXIA 154LA 4OWEA 1FKQA 4LT2A 6LYTA 1BB7A 3CT1A 1IX0A 1UIHA 4N8ZA 5JENB 1B5XA 2DQFC 5J7CA 1LJEA 1LZ1A 1LAAA 1JPOA 1JIYA 1OP9B 3TXKA 1IIZA 2F2NA 3TXGA 3CSQA 1D0MA 1FN5A 4XENA 2BQCA 4XJHA 1GHLA 2MEGA 1IC5Y 5KXLA 3D3DA 1LPIA 4PJ2C 4QEQA 1LJFA 2ZYPA 1GE0A 3EXDA 4B4JA 1YANA 3LYZA 5HMJA 1LHKA 2BQHA 1REZA 1TEWA 1VEDA 2XBSA 3GXKA 5F16A 1HEMA 1GE2A 2CWIA 1HNLA 1G7LC 1I56A 1DI4A 1BWIA 1I20A 1TAYA 1UICA 2BQAA 1XGUC 2G4QA 1RCMA 4GLVA 4UWVA 5APEA 3T36A 3W6AA 2Z2FA 2ZQ4A 1CJ8A 1GEVA 1HEQA 1LMQA 4HJZA 4LT3A 4CFPA 4GLAA 5KKJA 1HMLA 4DD1A 2DQHY 4J0LA 4XADA 2ZYCA 3AB6A 4NEBA 4LYCA 5KY1A 4XJIA 2DQJY 3AZ5A 3A96A 4U3XB 2H9JA 3J4GA 4P2EA 5K7OA 3FE0A 1D9UA 4I8SA 1A4VA 4RLNA 3IJUA 4HPEA 2D4KA 4NG1A 1QUTA 4WLXA 1LOZA 2YBMA 5DLAA 4M6DA 1EQ4A 3IJVA 1J1XY 5LYTA 1HC0A 1HEPA 1LHIA 4NSJA 2CJLA 1HENA 4Z98A 1IP4A 5C6IA 2Z19A 4WO6A 1C46A 3WPJA 1WTNA 1IWUA 1LSAA 2LYOA 5B06A 1REYA 1NMMA 3A3RX 4DD3A 1UIEA 2ZQ3A 2ZIJA 2ZIKA 2W1YA 3W6EA 1LJNA 1VDTA 1KXYA 1QSWA 1JKAA 4WLYA 3AJNA 3TMWA 1JISA 3B6LA 4YF2A 3P66A 1JJ1A 3N9EA 1HMKA 1GB0A 1LSDA 3B0KA 1AKIA 5D5FA 1ZV5L 5FHWA 4E3UA 5IELA 1IR9A 5M1YA 1BHZA 2MEAA 4H92A 4WM3A 4B0DA 1CJ6A 1JWRA 2DQDY 4Z46A 4GCCA 1I1ZA 4IASA 3E3DA 1ZMYL 4OWAA 3A34A 5APCA 4BAFA 2DKVA 4NHQA 2CDSA 3AW7A 1LZSA 5KXSA 3J6KA 4LYOA 1IY4A 1V7SA 5AMYA 3CSZA 3A91A 133LA 1HEWA 1OUFA 3RT5X 1GXV2 3LHMA 4NHPA 4NGYA 4H9CA 1NDMC 4EMNA 4H90A 1NDGC 4XJDA 5F14A 2D6BA 1B7PA 2I6ZA 2BQDA 4N5RA 4PRUA 1D0LA 4N1EI 4DDCA 1TCYA 1QDRA 3AW6A 3CT5A 1WQOA 1GFAA 4G9SA 2I26L 5F9XA 4LYZA 1LSFA 3HBHA 3HFMY 1GB2A 3RW8A 3WU9A 4YM8A 2FBBA 1B5ZA 1LHHA 1AT5A 1LTMA 5LVHA 2MEDA 4GN4A 1ALCA 4NGWA 4B4EA 4WM5A 3RNXA 4H93A 1BVXA 3G3BB 3M3UA 1LHJA 1D6PA 5E9RA 2BQEA 1JKCA 1W08A 1OUDA 4XYYA 2DQCY 3TXFA 1GXXA 1VDQA 1WQMA 2D4JA 2H9KA 4C5FA 4EOFA 2B5ZA 1DXJA 4RLMA 1QIOA 2D4IA 2BLYA 1BB5A 2PC2A 2Q0MX 4DC4A 5B05A 5APFA 1AM7A 1DZBX 6LYZA 1GBXA 2YBIA 4QY9A 5HNLA 4MR1A 5KXPA 5KXMA 3AYQA 1WQRA 1BQLY 1XGRC 4NIJA 3LN2A 4H8XA 1OUGA 3W6BA 3EO5A 1ZVYB 4NHTA 1B7LA 4DDAA 4NGJA 4NWHA 1LJKA 1LMTA 4I0CA 3WW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM9A 4AXTA 1XFPL 1G1VA 4HPIA 3HTGA 4YENA 200LA 1UUZC 4BAPA 4ARJA 1RI8B 141LA 4WL7A 4LT0A 1LZRA 1L61A 3A94A 4H9AA 1UC0A 1XJTA 2N5ZA 4NHSA 4KT3A 225LA 4W52A 1HEOA 3ODUA 1INUA 2HEBA 4HV1A 1QT5A 118LA 2MEFA 1B5UA 2G4NA 147LA 5HMVA 1W6ZA 4NHIA 1OVKA 3GULA 1CJ9A 2B74A 1IR7A 1GFVA 1N4FA 2A7DA 259LA 3OE9A 2CGIA 1QQYA 129LA 3F9LA 1D6QA 1QSBA 1YROA 1QUGA 1DI5A 1QS5A 1LSYA 1CKFA 2BQKA 2XQOA 1L44A 1C62A 223LA 3DN1A 1LWKA 1LZTA 1YIKA 2MECA 113LA 5D5CA 1L89A 3WL2A 261LA 5B1GA 1L68A 230LA 1L30A 4ET9A 1L02A 1QTVA 4IJ4A 226LA 114LA 103LA 1BB4A 4FJRA 2W1MA 4RDSA 4WLDA 3GXRA 1QTZA 1L77A 2F47A 1WQQA 3WMKA 1L38A 1CU3A 1XEPA 3A67Y 1YL0X 1YL1X 4G4HA 195LA 172LA 4I7PA 2BQBA 2DQAA 1LZYA 1QS9A 4UWNA 3HTDA 4YOPA 5B07A 3LYMA 1KIPC 4EKRA 3A95A 1UACY 2BQFA 1IOSA 5ILFA 5A3EA 4W53A 4CGEA 1BWHA 1B0DA 1IWYA 1C7PA 3M18B 1LZBA 2LZ2A 3HT9A 2QARC 3OE8A 1CV5A 119LA 1P56A 5E4PA 1LJHA 4PPOA 5APDA 4RW1A 128LA 4OO9A 5F81A 1L17A 2Z18A 4HV2A 1TLAA 1OQMA 3P4ZA 1MLCE 3UONA 1IOQA 2B6XA 1B5VA 1SQ2L 1JKDA 1G7JC 4H91A 3C81A 4YXAC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RE2 A;  5DM9 A;  1VAU A;  4LYT A;  4AXT A;  1IWZ A;  1XFP L;  3N9A A;  1TBY A;  1LZ5 A;  3B0O A;  3BKV A;  3HBD A;  3B72 A;  4G49 A;  4HPI A;  4YEN A;  1JSE A;  4BS7 A;  1UUZ C;  3G3A B;  3TMU A;  2IFF Y;  1HFZ A;  5T3F A;  5LIN A;  3IWR A;  2DQG Y;  4BAP A;  1LYO A;  1RI8 B;  1H87 A;  1NQI A;  3BKH A;  4MST A;  1EQ5 A;  4WL7 A;  1C43 A;  4LT0 A;  1LZR A;  1OUE A;  1B7R A;  1CKH A;  5DL9 A;  3A94 A;  1LJ3 A;  4H9A A;  1G7H C;  1UC0 A;  2C8P A;  1T6V L;  2N5Z A;  4NHS A;  1SLY A;  2YBH A;  4KT3 A;  1JEF A;  4RW2 A;  4DDB A;  5LIO A;  1HEO A;  5B59 A;  1CNS A;  4WL6 A;  1INU A;  1P2C C;  1RJC B;  2HEB A;  3QY4 A;  4HV1 A;  4QDN A;  1DPX A;  2EPE A;  4LYM A;  4ML7 A;  4ETD A;  2MEF A;  1V7T A;  1B2K A;  1B5U A;  1HF4 A;  8LYZ A;  1IP6 A;  5L9J A;  1GDW A;  1NBY C;  2ZNX Y;  4ET8 A;  2G4N A;  1KXW A;  5KXO A;  1YQV Y;  4HJY A;  2MEE A;  4H1P A;  1W6Z A;  4O34 A;  1VFB C;  5HMV A;  1H6M A;  1NBZ C;  4NHI A;  5HQ1 A;  1GAY A;  1LMN A;  4Z41 A;  3W3E A;  1NF5 A;  1JJ3 A;  1O23 A;  1FLQ A;  2Y8P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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