1JTNA

Alternative structures of a sequence extended t4 lysozyme show that the highly conserved beta-sheet region has weak intrinsic folding propensity
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLETYYTIGIGHLLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of a T4-lysozyme Duplication-extension Mutant Demonstrate that the Highly Conserved beta-Sheet Region has Low Intrinsic Folding Propensity
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 177
sequence length 177
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtnA00
4PK0A 1L44A 186LA 1SX2A 2RAZX 1L17A 1LGWA 1JQUA 127LA 137LA 1L58A 2Q9EA 1D2YA 181LA 1OWZA 252LA 175LA 3EMLA 1CX6A 111LA 1G0LA 1QUHA 4DJHA 1L96A 128LA 1P6YA 1ZWNA 3PBLA 189LA 159LA 158LA 4IAPA 1DYCA 149LA 108LA 2NTGA 1C6JA 1QS9A 201LA 1L98A 3NY9A 1DYBA 109LA 1P37A 1C6GA 1L70A 199LA 176LA 222LA 1L35A 1KY1A 3DMZA 142LA 1L16A 2O4WA 1OV7A 120LA 210LA 3GUPA 3DN6A 1L62A 2B75A 1QUDA 1OVKA 249LA 229LA 171LA 1G0JA 1L52A 1QSQA 3CDQA 1L29A 1SX7A 1L95A 1C6AA 1D2WA 3PDSA 3HTGA 1CV1A 7LZMA 1C6DA 255LA 3HTBA 4I7SA 2B73A 1C67A 3ODUA 180LA 1OV5A 1PQIA 119LA 1OVJA 225LA 227LA 4EKPA 4EKQA 3HH3A 3SB6A 2RBRA 1L25A 1LI6A 1L59A 245LA 3FA0A 1QTHA 1C64A 1C6CA 206LA 218LA 1L30A 216LA 2B7XA 2RBNA 3DN3A 4ARJA 3DN4A 1L34A 2HUMA 220LA 3HH5A 1G0GA 1L02A 1CU5A 248LA 1L03A 5I14A 212LA 1QT4A 1L53A 4YX7C 161LA 1L01A 3HT6A 1L55A 234LA 231LA 236LA 247LA 1L84A 213LA 3DMXA 165LA 1L37A 261LA 1LYFA 3C82A 170LA 246LA 1T8GA 1WTHA 3OE6A 3HDEA 4PJZA 4ARPA 1QSBA 2Z6BA 4ARQA 4I7PA 2B72A 1L32A 1LYJA 1T8AA 1QTBA 2L78A 243LA 221LA 1LYGA 2HULA 2OU0X 239LA 3SB9A 4EXMA 1D9WA 138LA 211LA 3SB8A 1QT5A 3HT9A 1P7SA 4W56A 1C6TA 4ARQB 1CV4A 2O79A 1LPYA 1C6FA 232LA 215LA 3C8QA 1D3FA 3GUMA 1CVKA 1KW7A 3DN2A 1C60A 3CDRA 1L13A 1LW9A 3C7YA 2RBQA 1DYFA 1ZURA 3HWLA 3OE9A 223LA 3HU8A 1P2LA 1L43A 2B70A 2HUKA 1L91A 1LWGA 1OVHA 1L20A 141LA 1L49A 1L85A 1QTDA 2OU8A 1CU0A 1L97A 237LA 260LA 3HH4A 115LA 1LYIA 151LA 1L56A 1L27A 1CU3A 241LA 1CV5A 219LA 1L09A 3K2RA 4K5YA 146LA 147LA 4I7NA 1L67A 174LA 235LA 1DYEA 4I7OA 1CUPA 4ARLA 1C6BA 1G0KA 3GUIA 3DN8A 185LA 1L04A 4EJ4A 1SWYA 3GUJA 1XJTA 3NY8A 1L41A 1L64A 3CDTA 2A4TA 4LDLA 1L42A 3HU9A 195LA 257LA 1L39A 113LA 1P2RA 3C7ZA 1L0JA 4W54A 3SB7A 1CV0A 148LE 183LA 3HH6A 3SBBC 3C83A 1CTWA 1C69A 1QUOA 238LA 187LA 157LA 1LI2A 2OE7X 1QT6A 1L38A 1L79A 1L47A 4W55A 3GUKA 2B6ZA 1L92A 1QS5A 1C63A 1C6KA 240LA 1LYHA 155LA 1L05A 2LC9A 4ZPUA 1L46A 4E97A 244LA 250LA 1D3NA 1PQKA 224LA 144LA 1CU6A 167LA 2CUUA 1XJUA 1XEPA 2OE9X 107LA 1QUGA 3C8RA 160LA 3HDFA 4DKLA 130LA 1L80A 3HUKA 1L48A 1L57A 2ANXA 118LA 2QB0B 1P56A 192LA 258LA 3V2WA 2F2QA 4W53A 3CDOA 4EPIA 1L28A 2OE4X 3HT8A 1L18A 4OO9A 1SSYA 1SSWA 1LWKA 3OE0A 1G06A 1DYDA 2RAYX 2RBPA 1PQJA 103LA 114LA 1L40A 1L26A 1L66A 1LGUA 3NYAA 226LA 4ARMA 3L64A 3HUQA 1C61A 1LYDA 1CUQA 1P5CA 1KY0A 4EKRA 1L33A 1L88A 1KS3A 2B6TA 2Q9DA 1G1WA 4AQNA 1C68A 1C65A 123LA 1C62A 251LA 2NTHA 1DYAA 242LA 172LA 150LA 1CU2A 1L72A 1L14A 1C6QA 4ARMB 1B6IA 3G3WA 1T6HA 1P46A 191LA 197LA 4W58A 3UONA 1L51A 1L19A 177LA 164LA 4I7KA 1L24A 110LA 104LA 1C6IA 209LA 1PQOA 1L83A 1D3MA 2B6WA 1CV3A 140LA 1NHBA 168LA 1JTNA 2RBOA 163LA 1T97A 143LA 1SWZA 1CX7A 4I7JA 2RH1A 3C8SA 1DYGA 259LA 2RBSA 3VW7A 1G0MA 1L23A 2B6XA 1I6SA 173LA 190LA 1L65A 4LDOA 1L76A 1LYEA 1LLHA 4EPFA 1L73A 3SB5A 1L63A 1G0QA 169LA 196LA 3DN1A 228LA 2RB2X 3G3XA 1L12A 4DAJA 1L21A 122LA 4I7RA 1L74A 1L94A 1P3NA 1L00A 1PQDA 3GUOA 3SN6R 2QARC 4YXCA 1L61A 3HT7A 230LA 4W52A 1D3JA 1L81A 3V2YA 178LA 3G3VA 3LZMA 1QT7A 2RB1X 1L31A 214LA 1PQMA 145LA 4GRVA 1QT8A 1L11A 2F32A 1JTMA 3D4SA 4I7MA 217LA 139LA 3HUAA 1ZYTA 2RB0X 2IGCA 3F8VA 1C6LA 2OEAX 1L50A 112LA 3FI5A 1L06A 4W57A 1L99A 1L08A 3C80A 1C6PA 2ANVA 262LA 1L93A 4W59A 4S0WA 256LA 200LA 233LA 2LCBA 1LI3A 102LA 1L15A 1C66A 1C6NA 1P64A 1L71A 205LA 131LA 3DMVA 1G07A 1TLAA 6LZMA 3C7WA 5LZMA 253LA 1L75A 254LA 162LA 166LA 126LA 1L22A 1G1VA 1QT3A 2B6YA 1C6MA 1L60A 1LGXA 1L0KA 3F9LA 4I7TA 3JR6A 129LA 3DNAA 3HTFA 3C81A 1L89A 2F47A 3GULA 3SBAA 125LA 152LA 1K28A 1L10A 1QTZA 2OU9A 1CV6A 1EPYA 3FADA 4LZMA 1L86A 3OE8A 3RUNA 1OYUA 198LA 3GUNA 1L69A 1L77A 1G0PA 156LA 2LZMA 3L2XA 4I7LA 4I7QA 1L36A 4W51A 182LA 3HTDA 184LA 1L45A 1L90A 188LA 2B74A 4YXAC 4EKSA 1L54A 1P36A 1L07A 1OWYA 1L68A 1C6HA 4GBRB 1C6EA 3DKEX 1L87A 3RZEA 2OTZX 1T8FA 2O7AA 1L82A 3QAKA 1QTCA 4LDEA 3DN0A 1KW5A 2OTYX 1KNIA 1QTVA 3CDVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIBA 1L44A 5I4XA 2RAZX 5FCPA 5IDDA 137LA 1L58A 1QUSA 2Q9EA 1JITA 1VATA 4RW2A 4CFPA 1FBIX 4DJHA 1P6YA 1ZWNA 3BKVA 189LA 5LA5A 4IAPA 1DYCA 1ZVYB 1C6JA 2HEEA 4ET8A 5LAGA 3HBEX 1L98A 3WXTA 1QDRA 1GDXA 2IFFY 1DYBA 1WVVA 1GF3A 1L70A 4H92A 222LA 4NIJA 4XN6A 1C43A 1L16A 1IY4A 1OV7A 3OJPA 1L62A 2B75A 2BAAA 3AZ4A 2D4KA 4NWEA 5I4YA 2D6BA 1G0JA 5HLLA 1FN5A 5DLAA 1L29A 3TXEA 5A3ZA 1C6AA 1D2WA 3PDSA 5F14A 2BQNA 255LA 3HTBA 1PQIA 1OVJA 4EKQA 3SB6A 1XEIA 1D0LA 1C08C 1GHLA 5B1GA 2RBRA 5LYTA 2ZNWY 5FSTA 1LYSA 1L59A 1BVKC 1C6CA 216LA 4H91A 2BQFA 4ARJA 5KXKA 1L02A 1W6ZA 1L03A 5I14A 2RSCA 1GBSA 3ATOA 4YX7C 1HFYA 236LA 1L84A 1BB7A 1LYYA 4ANRA 1LYFA 170LA 3WH1A 1WTHA 4N9RA 4RDSA 1QSBA 1IWUA 4I7PA 2HULA 138LA 3TMUA 1QT5A 2C8OA 4ARQB 1C6FA 5B05A 1D3FA 1CVKA 1GF8A 3TMWA 3K3TA 1CKHA 3C7YA 3LHMA 2RBQA 4N8ZA 2BQIA 4LYBA 3OE9A 4HJZA 4W96A 223LA 4LT2A 1IY3A 1L91A 1LWGA 141LA 1IP4A 1QTKA 3P66A 3TXJA 260LA 5KXPA 151LA 3M18B 1L56A 4UWNA 1CU3A 2MEFA 1L09A 3LN2A 4K5YA 1QSWA 1GF9A 1LSZA 4NSIA 1GFHA 1LSCA 1L67A 1IOSA 235LA 5IHGA 1BB5A 4WLYA 2HUBA 1LMPA 4EJ4A 2D4IA 1SWYA 5F81A 1C45A 5APDA 1B5ZA 1QUTA 2Z18A 4LDLA 1L42A 257LA 1L39A 4HTQA 1GFVA 3SB7A 1CV0A 183LA 5DN5A 1FKQA 4XJDA 4DDAA 4TX7A 1C69A 3TMVA 1QUOA 187LA 157LA 1QT6A 9LYZA 1B5WA 1L92A 1C63A 1C6KA 2DQFC 3KAMA 4XJHA 1HSXA 1L05A 1XSFA 1JKBA 250LA 1D3NA 3AW7A 2CDSA 2XTHA 2W1MA 167LA 2CUUA 107LA 1LZ9A 5KXNA 4DKLA 2HU1A 4IJ4A 1L80A 3HUKA 1L57A 4QGZA 2W1LA 4J1AA 5KY1A 1GFJA 1LSGA 4TSCA 2OE4X 4TTDA 1OUIA 1L18A 1DKJA 1UIEA 1SSYA 4CFOA 3OE0A 2G4QA 2RBPA 5IELA 2BQEA 1PQJA 4HV2A 4NSHA 103LA 114LA 4ARMA 226LA 3HUQA 1LAAA 1C61A 1KY0A 1KS3A 1XFPL 4HSFA 4NGVA 4LT0A 242LA 1HHLA 1L14A 1C6QA 4QDNA 5M1YA 3G3WA 5B1FA 4C3WA 3WUAA 197LA 1B5YA 1WVUA 2F4GA 5B06A 1AT5A 4I7KA 110LA 2MEAA 104LA 1ALCA 4E3UA 1GXXA 1L83A 1NHBA 1LYOA 3WPJA 1IP6A 1LHIA 3CQLA 1QSAA 2PC2A 5KXXA 1NHEA 1CKGA 2RH1A 4HTNA 3VW7A 4R6CA 2G4PA 1L76A 4PHIA 1JPOA 169LA 4HP0A 228LA 3LYOA 3G3XA 6LYZA 2XBRA 1YAOA 4WG7A 4DAJA 1NDGC 122LA 2A7DA 4LZTA 5I5QA 1L00A 1UIGA 1L61A 3V2YA 178LA 3LZMA 3P64A 2DQJY 1QQYA 1LSYA 4WOAA 214LA 3RZ4A 1IOTA 2Z37A 2YBHA 1JSFA 1UUZC 2F32A 3RNXA 1YAQA 3HUAA 5F16A 4G49A 2RB0X 5LYZA 5F9UA 1VDTA 1GEVA 2OEAX 3IJUA 2VB1A 3FI5A 2YBLA 5APCA 1L06A 3C80A 4I0CA 1IP3A 1L93A 256LA 233LA 4RLMA 5DN4A 1GAYA 2C8PA 2F2NA 4CGEA 6LZMA 3C7WA 1L75A 134LA 4ETCA 1L0KA 3JR6A 3DNAA 1GBOA 4YF2A 3GULA 125LA 3WPKA 152LA 4B4JA 4A7DA 1L10A 1GF4A 1LZYA 2BQOA 4TWSA 2BQJA 2WARA 3E3DA 3L2XA 1GBXA 182LA 184LA 3AZ7A 2B74A 1IWWA 1YKYX 1EQ5A 5DL9A 1C6HA 1AT6A 3RZEA 1L87A 2OTZX 2O7AA 1QTCA 3J6KA 3DN0A 1NDMC 2OTYX 1DXJA 4PK0A 5KXZA 186LA 1NBZC 1LGWA 1IX0A 1DQJC 1UC0A 4B4IA 3FI7A 175LA 1G0LA 1QUHA 128LA 1LZTA 3WYHA 149LA 108LA 4J1BA 1QS9A 4LFXA 1H6MA 3A3QA 201LA 3HBDA 1REYA 5KKIA 4H8ZA 4LYCA 5LVKA 3WU8A 4OOOA 199LA 1BQLY 4N0JA 1KY1A 1CJ6A 1LZ1A 120LA 210LA 1QUDA 1XEKA 4NGOA 2XQOA 249LA 229LA 2LYOA 4UWVA 2DQCY 1GB2A 1QSQA 5B07A 4GCEA 3A96A 2DKVA 5KXMA 3ODUA 180LA 1OV5A 5C6LA 1YL0X 4Z3MA 2ZYPA 2HEAA 5KXTA 4LFPA 4WM6A 5D5FA 3FA0A 132LA 1C64A 218LA 5KXOA 1L30A 1F6SA 3DN4A 1L34A 1FKVA 2FBDA 3HH5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UIB A;  1L44 A;  5I4X A;  2RAZ X;  5FCP A;  5IDD A;  137L A;  1L58 A;  1QUS A;  2Q9E A;  1JIT A;  1VAT A;  4RW2 A;  4CFP A;  1FBI X;  4DJH A;  1P6Y A;  1ZWN A;  3BKV A;  189L A;  5LA5 A;  4IAP A;  1DYC A;  1ZVY B;  1C6J A;  2HEE A;  4ET8 A;  5LAG A;  3HBE X;  1L98 A;  3WXT A;  1QDR A;  1GDX A;  2IFF Y;  1DYB A;  1WVV A;  1GF3 A;  1L70 A;  4H92 A;  222L A;  4NIJ A;  4XN6 A;  1C43 A;  1L16 A;  1IY4 A;  1OV7 A;  3OJP A;  1L62 A;  2B75 A;  2BAA A;  3AZ4 A;  2D4K A;  4NWE A;  5I4Y A;  2D6B A;  1G0J A;  5HLL A;  1FN5 A;  5DLA A;  1L29 A;  3TXE A;  5A3Z A;  1C6A A;  1D2W A;  3PDS A;  5F14 A;  2BQN A;  255L A;  3HTB A;  1PQI A;  1OVJ A;  4EKQ A;  3SB6 A;  1XEI A;  1D0L A;  1C08 C;  1GHL A;  5B1G A;  2RBR A;  5LYT A;  2ZNW Y;  5FST A;  1LYS A;  1L59 A;  1BVK C;  1C6C A;  216L A;  4H91 A;  2BQF A;  4ARJ A;  5KXK A;  1L02 A;  1W6Z A;  1L03 A;  5I14 A;  2RSC A;  1GBS A;  3ATO A;  4YX7 C;  1HFY A;  236L A;  1L84 A;  1BB7 A;  1LYY A;  4ANR A;  1LYF A;  170L A;  3WH1 A;  1WTH A;  4N9R A;  4RDS A;  1QSB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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