1JTOL

Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Antibody,hydrolase
source organism Camelus dromedarius
publication title Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vh Single-Domain Antibody
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtoL00
4II8A 2C8OA 4C3WA 4OWEA 1BB3A 1CJ8A 3AGGG 1VEDA 4TWSA 3TXDA 1GXXA 4XJGA 4NY5A 1GB3A 1BWIA 1NBZC 1QQYA 3GXKA 1IOSA 3AW7A 4N1CC 5KXPA 4YF2A 4ETEA 3P68A 4H9CA 5KY1A 1I20A 5B06A 3WU8A 1TDYA 3T6UA 5J7CA 1FN5A 1IWTA 1LSPA 2YBHA 1TAYA 2H9KA 1GB8A 5ILCA 4TSBA 2CJLA 2MEDA 1V7SA 1EQ5A 1TBYA 1YQVY 2BLYA 3LZTA 4LZTA 4NFVA 1DI3A 4NWEA 2VB1A 4UWUA 4YEMA 7LYZA 5KKIA 1LJ4A 2D4IA 4ZFPA 4P2EA 2MEGA 2HEAA 2BQMA 2BQOA 1WQPA 1AM7A 4OOOA 1JEFA 3AYQA 3CSQA 1IC4Y 1HEQA 1JJ0A 4NHQA 2BQJA 3A93A 3LYOA 4KPMA 1UICA 1LZ4A 3WMKA 4QY9A 5LVHA 1G7IC 1A4VA 1YKZX 1LSBA 4KL7A 1IP5A 1OUBA 2ZYPA 5HLLA 1XFPL 1YKYX 5L3HA 3P64A 5A3ZA 2PC2A 1IOTA 1GF5A 1LZ9A 1WVVA 1JKAA 4TSCA 2BAAA 4H9FA 1GWDA 1GFHA 1LJFA 1LSGA 4NSHA 5KXZA 4XADA 4XJDA 1J1OY 1QTKA 1UBZA 2BPUA 4E3UA 1A2YC 2HEDA 5LYTA 5F9UA 2LYOA 5HMJA 5HMVA 5LINA 5K7OA 1HFXA 2EQLA 2HEBA 3ULRA 3WPKA 4DWXA 3J4GA 1LJIA 4HJZA 1IORA 1CJ6A 2ZIKA 4XYYA 1MLCE 1B7LA 1IWYA 1UIHA 5B1GA 1AT6A 3AGHA 4Z98A 4WM5A 2MEIA 4QGZA 1OUFA 4XN6A 4YEOA 1NF5A 4CHXA 1OUEA 4G4CA 1LAAA 1JITA 3J6KA 1W6ZA 4LYTA 1LJHA 5IELA 4NHIA 2F4GA 5IHGA 4DD7A 3WW6A 2BQBA 4LT2A 4WM6A 2BQKA 4YENA 4C5FA 1GB2A 1G7JC 3CQLA 5DLAA 3QNGA 1LJ3A 4HSFA 1VDQA 3AB6A 4OWAA 3WH1A 2BQDA 2D4KA 4LT1A 1UIGA 3TMUA 2HECA 5JENB 1LSEA 1GFVA 1OUDA 3G3BB 1QUSA 4HTNA 1INUA 3W6FA 4WM2A 1FLYA 4GCCA 2DQDY 1OQMA 4I0CA 1LKSA 1DKKA 3B0OA 5AMYA 2B5ZA 1T3PA 1I56A 1TCYA 1BQLY 3TXEA 207LA 5D5CA 4IATA 1EQ4A 2DQIY 2CGIA 1IP2A 3IWRA 4D9ZA 2MECA 4XJFA 2LHMA 5C6IA 4J1BA 1IY3A 2YBJA 1MELL 5T3FA 1LZ5A 1WQQA 2DQAA 2ZQ3A 1RJCB 1F10A 3QE8A 1B7PA 1GDWA 1ZVYB 3AZ6A 1GFKA 1KIRC 4LYCA 4PPOA 4W96A 1ZV5L 2XJWA 3AZ4A 1UUZC 1WVUA 3A67Y 1JTPL 4WM4A 2EKSC 1XGTC 1YKXX 2BQIA 2HTXA 1LMPA 1LOZA 4B1AA 1YROA 2YBIA 1E8LA 2DBTA 2LYMA 1KXXA 1RCMA 1DZBX 1GB5A 1LHIA 2Z2EA 2NWDX 5C6JA 1GB0A 1UCOA 1YL1X 4HV1A 1VAUA 1IC5Y 2BQHA 4XENA 3N9AA 194LA 1LTMA 4WLTA 4H9AA 3P65A 1JIYA 1UIAA 3CSRA 4GCEA 4EMNA 4UWNA 1BWJA 1ALCA 1GFTA 4WMGA 1CKGA 1LZRA 2I25L 1WQOA 3W6BA 1IIZA 4WM1A 3WW5A 4RDSA 1IY4A 1HEOA 1LMCA 1XSFA 4LFXA 1BB7A 1GF4A 2ZYCA 4HPEA 4NGKA 4QDNA 1FLQA 3WULA 1VATA 3HFMY 1LHKA 4RLMA 4WL7A 1GE1A 3CT1A 5KKJA 1LSNA 3TXBA 2BQNA 4B49A 5KXTA 1GBSA 3IJUA 4KT3A 1BB6A 4LYBA 5LXWA 5B05A 4H94A 1LSFA 4HP0A 5EBHA 3WYHA 3LYTA 1HNLA 4AXTA 1GFEA 2D91A 1LHHA 1LPIA 1HERA 3T36A 1GFGA 1LSZA 1NKHA 1B5WA 4H9EA 3WXUA 4DD9A 4Z41A 1GFUA 1TEWA 1J1XY 5II3A 1IR8A 2ZILA 4OWBA 1LJNA 1IC7Y 5APCA 2HUBA 5LAGA 5LVGA 5B59A 2YVBA 3A3QA 2MEAA 4LT0A 4WLXA 4CFOA 2F30A 3LZ2A 1OUHA 4GN5C 1XGPC 1NDGC 4DDCA 1KIQC 1HMLA 2FYCA 1LHJA 1Z55A 1YANA 4DDBA 4ETDA 2Z12A 4ET8A 2YBNA 5FDJA 4NGYA 4H92A 2WARA 1IEEA 5B07A 4ANRA 5KXMA 3EBAB 1SLYA 4NGLA 1LJEA 2XBRA 4XJBA 4OWHA 5KXRA 4DD1A 1HF4A 1T6VL 1D0KA 4FDYA 4U3XB 4PGJB 2X0AA 2C8PA 3A8ZA 1LMNA 2H9JA 1IP4A 1KIPC 1W08A 3AJNA 5F16A 5I54A 1LSAA 3A92A 1CJ9A 1LMQA 1GBXA 4HV2A 4NGIA 5D5FA 5LA8A 4ETAA 1C46A 2HEEA 4MR1A 3QY4A 1GFAA 2ZIJA 1D6PA 1LZYA 5KXSA 3RNXA 1D0MA 3OK0A 1XEKA 1G7MC 4WG7A 5B1FA 5FSTA 2A7FA 5LAFA 1HEPA 4IJ4A 4BAPA 1BGIA 9LYZA 1LZAA 1IR7A 1WQNA 1GF6A 5C6LA 4GN3A 2F2NA 1CJ7A 3A94A 4DD3A 1I1ZA 5L3IA 4OOTA 3D3DA 5A3EA 3P4ZA 1JSFA 4HJVA 2LYZA 4YOPA 5F14A 5HQ1A 1GE2A 1B7NA 4DT3A 1GFJA 4DYGA 2W1YA 1GF7A 1LJJA 1RI8B 2A7DA 4ML7A 1GBOA 5APFA 2N5ZA 133LA 2D6BA 1LZCA 1NDMC 1NBYC 4H90A 5FEKA 1GHLA 1GF3A 1EL1A 4TUNA 1LHLA 1QUTA 2Z18A 3A95A 1IP3A 4GCBA 4GCFA 3CT0A 1XEJA 5E9RA 4I8SA 1RFPA 4HTKA 5L9JA 4QEQA 1JTOL 1GDXA 1GE0A 1QIOA 1XGRC 4H9BA 3LYZA 4G9SA 1C10A 1BVXA 2MEBA 1LHMA 4DDAA 1UC0A 1OUCA 4YM8A 4HPIA 135LA 1QTEA 3SP3A 1REMA 5F81A 4CFPA 3RU5A 1CKFA 3A6BY 3OJPA 5I4YA 3M3UA 1OUGA 1FBIX 3EMSA 1UIDA 1XGQC 5KXNA 1B7QA 1LMTA 208LA 1QDTA 2ZWBA 1WTMA 1DPWA 1OUIA 2RSCA 1GB6A 2CWIA 1G7HC 1B7RA 1PS5A 1N4FA 2LZTA 1UACY 1HFYA 5KXLA 2DQHY 3CSZA 4A7DA 1XEIA 4LGKA 1AZFA 2FYDA 5KXKA 1UIFA 1GAYA 1HELA 3WVXA 5LIOA 2BQFA 4H9HA 2CDSA 2GV0A 1O23A 3HBHA 1LZTA 1LJGA 2BQCA 2DQEY 2W1XA 3M18B 1LYSA 1VDTA 4GLVA 5I53A 3ZVQB 1DPXA 4DC4A 2Z37A 3WVYA 2I6ZA 3P66A 4L41A 4NHPA 1AKIA 2FBBA 1YAPA 2Q0MX 2YBLA 2YSSC 3W3EA 1D6QA 1LZDA 1IX0A 4N1EI 3TXFA 1HEWA 3TXJA 1KXYA 1LSYA 1IWZA 3HBEX 4NG8A 6LYTA 1LZ1A 4N9RA 5M1YA 1IOQA 4PJ2C 3B0IA 4R0FA 1GXV2 2MEEA 1IP1A 1B0DA 1GBWA 4BAFA 1GD6A 3TMWA 5HNCA 2D4JA 1NMMA 1LMOA 1UIEA 3EXDA 6LYZA 154LA 4J7VA 1LZ8A 4NGWA 1JKCA 1H6MA 4WLDA 1B7OA 2YDGA 1FDLY 4RW2A 4NSGA 2Z2FA 4LFPA 3WXTA 1C08C 2G4NA 1LSDA 5E4PA 1LZSA 4XJIA 4WO9A 5IDDA 3WPJA 5ILFA 5KJ9A 3CB7A 1REZA 4KXIA 1BHZA 1HMKA 1DKJA 1LSMA 1QSWA 5LYMA 5KXYA 1IWXA 4G4BA 3BKHA 1LJKA 4NSJA 1OP9B 4W94A 153LA 4ZIXA 4ET9A 3F6ZA 1HFZA 1YAMA 1XGUC 1EQEA 2HEFA 1NWGA 3LHMA 4AGAA 4WO6A 1IVMA 4WM3A 4N5RA 5APEA 5F9XA 1QSAA 1YILA 2BQAA 1C7PA 5LVKA 1YAOA 1OUJA 1VDPA 1LKRA 5DL9A 1ZMYL 1IOCA 3A34A 1B9OA 3AZ5A 1LSCA 1LYZA 2Z39A 4B4JA 3TMXA 2FBDA 1LZ6A 1PZYA 4LYZA 2W1MA 2DQFC 3D9AC 4O34A 4TTDA 3B0KA 1J1PY 1IWVA 1VFBC 4LYMA 4Z46A 1GF8A 1F0WA 3EO5A 2BQLA 2DKVA 1LZEA 4NEBA 1B7MA 3FI7A 1JUGA 1GPQC 1YIKA 1REYA 4N8ZA 1V7TA 4NHSA 3WUMA 2DQGY 1GAZA 4TX7A 4H1PA 4DD2A 3RZ4A 3ATNA 2ZQ4A 4ETCA 1H87A 1HSXA 1B5YA 3TXIA 4GCDA 3TXGA 1CNSA 4J0LA 1AT5A 3AGIA 4NGVA 1HSWA 1B5UA 4H8YA 5KXOA 8LYZA 1VDSA 4G4HA 3W6DA 2Z38A 1JISA 2F4AA 3TMVA 4WLYA 1NQIA 2BQGA 4H93A 2IHLA 3B6LA 1WQMA 4BS7A 1LZBA 5KXXA 1GE3A 1KXWA 5FELA 1B2KA 3CT5A 3A90A 3K3TA 1GEVA 2MEHA 2HU3A 4CJ2A 1B5VA 1F6SA 1GF0A 1FLWA 3RT5X 1G7LC 4X3BA 1JKBA 4Z3MA 2XBSA 3WU9A 4EOFA 4FJRA 4HJYA 3WPLA 3A91A 4WL6A 2XTHA 3WUAA 3VWOA 4PRQA 1P2CC 1FKVA 2ZNWY 1DI4A 1RE2A 4HTQA 2H5ZA 4NSIA 1ZVHL 4GN4A 5LVIA 3RW8A 3WL2A 5I4XA 2ZNXY 3WU7A 4M4OA 3IJVA 1SQ2L 5DM9A 1BVKC 4NGOA 2Y8PA 3ZEKA 3W6CA 3LYMA 4H9IA 1JKDA 193LA 1CKDA 1D9UA 1BB4A 5I4WA 3WUNA 1UA6Y 4M6DA 3W6AA 1GFRA 1FLUA 2EIZC 1YL0X 3GXRA 3MGWA 2Z19A 4NGJA 1HHLA 3B72A 4B0DA 4BADA 5FHWA 3E3DA 1GBYA 4ZEEA 1JJ1A 1F6RA 4G49A 1LYOA 1C45A 5KXWA 1B7SA 2HU1A 1YAQA 4LYOA 4NGZA 2BQEA 132LA 2G4QA 4IASA 1QDRA 1FKQA 5HNLA 1BB5A 1B5XA 1JHLA 4MSTA 1JWRA 1IO5A 1IWWA 1WTNA 3BKVA 4NG1A 2LZ2A 2IFFY 3N9EA 5FCPA 4OW1A 1HC0A 3AZ7A 3TXKA 3ZVQA 4H8XA 1CKCA 3KAMA 5LA5A 1LZGA 1CKHA 4H91A 1JTTL 1IP6A 1GEZA 4WOAA 5APDA 1JPOA 1B5ZA 4OWCA 4B4IA 4UWVA 4ETBA 2YBMA 1DQJC 2BLXA 1DXJA 4WG1A 1REXA 3A3RX 4RLNA 2MEFA 5I5QA 4DD0A 4CGEA 1UIBA 1GF9A 1JJ3A 4N0JA 1D0LA 1JSEA 4LT3A 4NIJA 3G3AB 4NWHA 3AW6A 1GB7A 1GE4A 4PHIA 5LYZA 2W1LA 4NHTA 4H8ZA 4RW1A 4GLAA 1IP7A 1NHEA 134LA 4MCKA 1GBZA 2AUBA 5DN5A 5LVJA 1IWUA 1C43A 1LCNA 3A96A 1LZNA 2EPEA 4B4EA 4PRUA 2G4PA 3HBDA 4J1AA 4XJHA 3TXHA 3W6EA 1OUAA 1LYYA 1BWHA 2DQCY 1HEMA 3ATOA 4R6CA 1LMAA 5DN4A 1HENA 1GB9A 2I26L 3A6CY 2DQJY 3N9CA 1DI5A 3FE0A 3LN2A 1IR9A 1WQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTDA 1BB3A 1CJ8A 4TWSA 150LA 1BWIA 1NBZC 3GXKA 119LA 4YF2A 3P68A 4H9CA 4ARQA 2RBRA 4ARQB 1L65A 1LSPA 1TAYA 1EQ5A 1YQVY 248LA 4NFVA 2D4IA 4ZFPA 4P2EA 2MEGA 1L44A 2HEAA 2BQMA 1WQPA 3CSQA 1LPYA 3JR6A 1IC4Y 4I7PA 3QAKA 1L59A 3A93A 4I7KA 4QY9A 1LZ4A 1A4VA 1L80A 3CDRA 1IOTA 1GF5A 4W53A 2BAAA 1QS5A 5KXZA 1L38A 199LA 111LA 1A2YC 5LYTA 5F9UA 176LA 1L67A 5HMJA 252LA 2EQLA 3ULRA 1L84A 3J4GA 2ZIKA 1MLCE 1IWYA 3DN8A 1P36A 233LA 245LA 195LA 157LA 238LA 224LA 1OVKA 2F4GA 5IHGA 1C6KA 4DD7A 219LA 4YENA 4C5FA 1G7JC 152LA 1C61A 1L50A 3UONA 3TMUA 1INUA 4WM2A 1FLYA 1ZYTA 1CTWA 4OO9A 3B0OA 207LA 3LZMA 4XJFA 2LHMA 144LA 5C6IA 1IY3A 1MELL 2ZQ3A 1RJCB 172LA 3CDTA 1NHBA 225LA 1GDWA 4W96A 3FA0A 2XJWA 1L12A 1JTPL 1D3MA 2EKSC 2BQIA 2RAYX 187LA 4B1AA 1L00A 1YROA 2YBIA 1RCMA 1DZBX 1GB0A 1UCOA 127LA 102LA 1IC5Y 3HT7A 1L83A 3N9AA 2IGCA 1UIAA 4EMNA 1SWYA 1ALCA 4WMGA 1LZRA 1CKGA 3WW5A 1DYCA 1IY4A 1HEOA 1L43A 2OE7X 1C60A 1L95A 1LSNA 1LYFA 3HDFA 1CUPA 1TLAA 4LYBA 5EBHA 4AXTA 1C6CA 3NY8A 1L71A 1C68A 1GFEA 1HERA 2OE9X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4II8 A;  2C8O A;  4C3W A;  4OWE A;  1BB3 A;  1CJ8 A;  3AGG G;  1VED A;  4TWS A;  3TXD A;  1GXX A;  4XJG A;  4NY5 A;  1GB3 A;  1BWI A;  1NBZ C;  1QQY A;  3GXK A;  1IOS A;  3AW7 A;  4N1C C;  5KXP A;  4YF2 A;  4ETE A;  3P68 A;  4H9C A;  5KY1 A;  1I20 A;  5B06 A;  3WU8 A;  1TDY A;  3T6U A;  5J7C A;  1FN5 A;  1IWT A;  1LSP A;  2YBH A;  1TAY A;  2H9K A;  1GB8 A;  5ILC A;  4TSB A;  2CJL A;  2MED A;  1V7S A;  1EQ5 A;  1TBY A;  1YQV Y;  2BLY A;  3LZT A;  4LZT A;  4NFV A;  1DI3 A;  4NWE A;  2VB1 A;  4UWU A;  4YEM A;  7LYZ A;  5KKI A;  1LJ4 A;  2D4I A;  4ZFP A;  4P2E A;  2MEG A;  2HEA A;  2BQM A;  2BQO A;  1WQP A;  1AM7 A;  4OOO A;  1JEF A;  3AYQ A;  3CSQ A;  1IC4 Y;  1HEQ A;  1JJ0 A;  4NHQ A;  2BQJ A;  3A93 A;  3LYO A;  4KPM A;  1UIC A;  1LZ4 A;  3WMK A;  4QY9 A;  5LVH A;  1G7I C;  1A4V A;  1YKZ X;  1LSB A;  4KL7 A;  1IP5 A;  1OUB A;  2ZYP A;  5HLL A;  1XFP L;  1YKY X;  5L3H A;  3P64 A;  5A3Z A;  2PC2 A;  1IOT A;  1GF5 A;  1LZ9 A;  1WVV A;  1JKA A;  4TSC A;  2BAA A;  4H9F A;  1GWD A;  1GFH A;  1LJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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