1JUGA

Lysozyme from echidna milk (tachyglossus aculeatus)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
KILKKQELCKNLVAQGMNGYQHITLPNWVCTAFHESSYNTRATNHNTDGSTDYGILQINSRYWCHDGKTPGSKNACNISCSKLLDDDITDDLKCAKKIAGEAKGLTPWVAWKSKCRGHDLSKFKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the calcium-binding echidna milk lysozyme at 1.9 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Lysozyme
total genus 47
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jugA00
5HNLA 3W6EA 4IJ4A 1GBSA 5FSTA 1KIQC 1LYZA 2RSCA 4BAFA 1MELL 1B5XA 1DKJA 4C3WA 1H6MA 3CB7A 1LAAA 3D9AC 4ET9A 2ZQ4A 2CDSA 3ATNA 4HTQA 1GPQC 4AXTA 1IOTA 1IC4Y 2BQGA 1WVUA 5KKJA 6LYZA 1EQEA 4DDCA 1TCYA 1VAUA 1G7JC 5F14A 1UICA 5K7OA 1UCOA 4ZFPA 3W6CA 2W1MA 1GB3A 1J1PY 3LYTA 4RLMA 1D6PA 1JSEA 4NIJA 4LFXA 1GFVA 3B0IA 1F10A 4WLYA 1ZMYL 1DI4A 1CKCA 5JENB 4KXIA 3KAMA 1GF0A 5FEKA 1ZV5L 3F6ZA 3WXTA 1RE2A 1F0WA 4HJZA 2D91A 4EOFA 1QDRA 2MEDA 4GCDA 1IIZA 1LSMA 1LJKA 1WTMA 1JKDA 8LYZA 153LA 2HECA 4CFPA 3P68A 1QTEA 1LSPA 4RW2A 4E3UA 3E3DA 5ILFA 1IVMA 1IP2A 1AZFA 1LSFA 1LZCA 1WQMA 1LHHA 3A3QA 3G3BB 5LYTA 4WLDA 3WH1A 1QUTA 1REYA 3TMVA 1OUHA 2YBMA 3ATOA 3ULRA 4C5FA 5LYMA 1LJFA 2WARA 4CFOA 3N9AA 2CGIA 4KPMA 1FLYA 3AGGG 4BADA 4N5RA 2ZNXY 4CHXA 2DQFC 3AYQA 3TMUA 1B5YA 1LYYA 1VDPA 1SQ2L 4B49A 1GDXA 3IJUA 1LJJA 3A8ZA 3CQLA 1JWRA 1LHJA 1GAYA 3EO5A 4J0LA 2BQHA 4ETAA 5KKIA 5B06A 4PHIA 2CJLA 1IR7A 1TBYA 1UA6Y 1GBYA 2G4QA 4NG8A 4WM6A 4A7DA 1JISA 4ET8A 1OUCA 2DQJY 1B7NA 1LZAA 1GF5A 2H9KA 4WG1A 1BB5A 1JITA 194LA 5LVJA 3IWRA 1GE2A 2BQLA 5ILCA 1EL1A 2A7FA 5I53A 2HEDA 3A6BY 5I4XA 1OUAA 4N0JA 2XJWA 4WM3A 1HMKA 3CT1A 1C43A 5EBHA 4LT2A 4N1CC 4N1EI 2G4PA 2ZIJA 1FLQA 4LYCA 4WO6A 2DQAA 1LHKA 3AW7A 3B6LA 3OK0A 4I8SA 4RDSA 5LVIA 3WPLA 1GB6A 4NSHA 1LZRA 4OOOA 1NDGC 1REZA 4CGEA 1GFJA 1ZVYB 3CSRA 1IP5A 4XJHA 4PGJB 1LSGA 133LA 4H9HA 4NSGA 1C46A 4WL6A 1IOSA 4H8XA 4TSCA 3TXGA 1OUIA 1B7QA 3T36A 2HEAA 2LYOA 3WPJA 3D3DA 3WUMA 5HLLA 1DI5A 3A92A 1IP1A 1VATA 5APEA 1PZYA 2YBJA 4TWSA 1IY3A 4NGKA 4HV1A 3WVYA 5KXKA 4UWVA 1LSEA 4B4EA 4N9RA 1BB7A 1YAQA 4H1PA 2ZQ3A 5KXOA 1QQYA 1NHEA 1XFPL 5KXZA 4GN4A 3TXKA 2N5ZA 4HV2A 3RNXA 4XJBA 4G4CA 3A34A 1WQRA 1LZBA 2C8OA 2IFFY 4ML7A 5AMYA 1FBIX 1IOQA 4YENA 1OUBA 4M6DA 1INUA 1JEFA 3A90A 4O34A 2BAAA 3LZTA 2LYZA 2Z12A 5FELA 1HC0A 4HSFA 3WUNA 1LJNA 1B5VA 1BWJA 1IWXA 1GBXA 1T6VL 1FN5A 1VFBC 1ZVHL 4LYZA 4LYOA 5KXLA 2D6BA 1NMMA 1UIGA 4G4HA 4OWEA 1GFKA 1KIRC 5LAGA 2I6ZA 3RT5X 5I4YA 2G4NA 1OP9B 5B59A 1LMCA 1N4FA 5DLAA 4QGZA 1LKRA 4GLVA 4Z3MA 2BQMA 1LZSA 1WVVA 1B7PA 2XBRA 4GLAA 1JHLA 4AGAA 5C6IA 4DD2A 5KXNA 4HPEA 4H91A 4H8YA 1G7HC 5I5QA 1GFTA 5D5FA 5FCPA 1OUDA 1ALCA 1GHLA 1HEMA 1W6ZA 1WQNA 1EQ5A 1F6RA 2ZILA 1RCMA 4NGZA 3A67Y 1QIOA 5LYZA 3LYZA 1IC7Y 1WQOA 1IR8A 3N9CA 1GFEA 1CJ7A 3CT0A 4J1BA 4WM1A 1HHLA 2NWDX 4NGWA 4OW1A 1YAMA 3W6DA 4DT3A 4LGKA 1XGRC 1GF8A 1UUZC 1LMPA 2HU1A 4OOTA 1GE4A 5LVKA 1LJEA 1AM7A 1XEIA 5KXYA 4DDBA 1J1XY 1LMTA 3SP3A 5DL9A 1HERA 1UIHA 2F30A 4NGOA 1DZBX 1LYSA 1GFAA 1NBZC 1SLYA 4G4BA 4H9IA 5FDJA 1BHZA 1YKZX 4XADA 2MEIA 4DD0A 5HQ1A 1FKVA 3A96A 3AZ7A 3WYHA 2D4KA 5T3FA 1GAZA 1JIYA 1GB9A 7LYZA 1YAOA 1D0LA 1JTTL 4Z41A 3ZEKA 5KXXA 4N8ZA 5DN5A 2EQLA 1JJ0A 1IWUA 1UIBA 1LSAA 2W1LA 1LJIA 3B0OA 3WW5A 4PPOA 4BS7A 1CNSA 1GB0A 1G7IC 4P2EA 1GFHA 1UIFA 1LZDA 2DQDY 1IWZA 1LZ5A 3HBEX 1NKHA 1LZTA 4TX7A 3T6UA 2Y8PA 4GCBA 4NGIA 4XJDA 1YANA 1XGQC 4R6CA 4NGJA 1UBZA 2BQAA 4GCFA 4G49A 3A3RX 2BQJA 1B7SA 3P4ZA 1VEDA 4LYBA 1JUGA 5DM9A 1GBZA 4DWXA 1GBOA 2YBIA 1LCNA 1BGIA 1LJ3A 4CJ2A 4NGVA 5HMVA 1GDWA 1AT5A 1FDLY 3WVXA 2HEFA 1GBWA 1REMA 2YBHA 5B1GA 1JJ1A 2HTXA 1W08A 3W6BA 1HELA 3A94A 3M3UA 2MEFA 4LYTA 4OWCA 5KXPA 1IY4A 4IASA 2BQFA 4QY9A 4X3BA 4W96A 2YDGA 1LMNA 1NDMC 4MSTA 1LSNA 1HFYA 4H9EA 4WL7A 5F16A 4ZIXA 1IO5A 4OWBA 4ETCA 4H93A 2I26L 2F2NA 2Z37A 1AKIA 3A93A 4I0CA 4UWNA 3A6CY 2HUBA 1QSAA 3FI7A 5KJ9A 1IWVA 1MLCE 4QEQA 3TXHA 4HTKA 3TXEA 5L3IA 1TAYA 1J1OY 1GFGA 1YROA 4NFVA 2Z2EA 5HMJA 1GEVA 4NSJA 2YBLA 1NF5A 3J4GA 1LZ6A 1YILA 5A3EA 5LINA 1HEWA 5E9RA 2MEAA 5B05A 5C6LA 1IOCA 1HSWA 1B7RA 2ZYCA 5E4PA 1C45A 3WU9A 3CSQA 4J7VA 4OWAA 1OUJA 1GD6A 1NBYC 1JKAA 3AGIA 5F81A 1GB7A 4NG1A 1LZ8A 1GFRA 4B1AA 4YM8A 1LSZA 3MGWA 1HMLA 4J1AA 1XGUC 1BB6A 2BPUA 4H9AA 1LKSA 1LZ4A 4LFPA 6LYTA 2H5ZA 135LA 3B0KA 1GB2A 1UIAA 1IR9A 2LZ2A 1FLUA 3K3TA 1WQPA 3P64A 3AZ4A 1CJ8A 2W1XA 4L41A 2LZTA 3TXBA 2EIZC 1P2CC 1YL0X 4IATA 5B1FA 1B5UA 1VDSA 1YKYX 2Q0MX 2Z38A 2YVBA 3BKHA 1B5WA 1T3PA 2F4AA 2DQGY 3B72A 4BAPA 3TMXA 2MECA 1PS5A 4FJRA 1BVKC 2HU3A 4HJVA 4PJ2C 4TSBA 4W94A 4II8A 2ZIKA 3P66A 1GFUA 3TXDA 2GV0A 4OWHA 4NWEA 1JKBA 1CKFA 1LZ9A 132LA 1G7LC 3BKVA 2HEBA 1V7TA 1YQVY 2IHLA 154LA 2BQCA 5A3ZA 4KT3A 4RW1A 1F6SA 3QE8A 3WU7A 134LA 2Z18A 1QUSA 3WULA 1LSYA 2MEBA 1LMQA 4Z98A 4H9FA 5LA8A 2LHMA 2YSSC 3W6FA 1D9UA 3WW6A 1LHMA 3WPKA 1HFZA 3VWOA 1G7MC 1GXV2 2FYCA 4DYGA 3EBAB 1B7MA 2FYDA 1GE3A 4TTDA 4TUNA 4EMNA 2BQNA 4PRUA 5LA5A 2BLXA 2C8PA 4G9SA 1HEPA 1TEWA 4YEMA 5LVHA 1HFXA 2BQIA 4RLNA 4ETDA 1UIDA 1CKGA 5II3A 3OJPA 4M4OA 4GCCA 1GF6A 1RFPA 1CJ9A 3RW8A 207LA 5KXSA 1DXJA 1UIEA 1IORA 1B5ZA 1QTKA 2D4IA 3LYMA 1EQ4A 1JSFA 1LMOA 1JJ3A 2A7DA 2Z19A 4H90A 4DC4A 1VDQA 4HPIA 1WTNA 1B9OA 3A95A 1C10A 2MEGA 1IC5Y 3GXRA 4H94A 4NEBA 5APCA 1C08C 5IELA 1CKDA 1LZEA 1KXYA 1CJ6A 5IDDA 5APFA 5KXMA 5KXRA 1OQMA 2MEHA 4PRQA 1V7SA 4U3XB 3AZ5A 4XJIA 3RZ4A 4GN5C 1O23A 1IEEA 4HJYA 4UWUA 4DD3A 1BB4A 4H92A 1IP6A 3RU5A 2W1YA 208LA 5J7CA 5FHWA 3W6AA 1I56A 4QDNA 3ZVQB 4DD7A 3TXFA 3WU8A 1DPXA 5I4WA 4XENA 2VB1A 1XGPC 5B07A 1JTPL 4MR1A 4NHTA 5C6JA 1OUEA 1D6QA 1LJHA 3GXKA 4ZEEA 4NWHA 1BWHA 2DQHY 2ZYPA 4ETEA 5LIOA 1GB5A 4ETBA 1GWDA 1LJGA 3QNGA 4NHSA 1IX0A 1JKCA 1LOZA 1IWWA 1IP7A 1GB8A 4Z46A 1LZ1A 3AGHA 1RJCB 1REXA 2BQEA 2MEEA 1YL1X 4NHPA 5LAFA 5L9JA 4NY5A 3ZVQA 2D4JA 2EKSC 1GEZA 3IJVA 5KXTA 5LXWA 1IP3A 4WLXA 1DQJC 4LT1A 3TXIA 3WL2A 1KXWA 2FBBA 4DDAA 1KXXA 2LYMA 4GN3A 1GXXA 2HEEA 1YIKA 4XJFA 5F9XA 3G3AB 3M18B 3TMWA 1HSXA 1B0DA 1GE0A 1OUFA 1DPWA 2DQCY 3AW6A 2YBNA 4MCKA 1AT6A 2B5ZA 1QSWA 5DN4A 2CWIA 4XJGA 1I20A 2DBTA 1LPIA 3LYOA 4WO9A 1GF4A 1BQLY 3CT5A 1HENA 3P65A 4WMGA 2BQKA 1LSBA 3J6KA 1JPOA 3W3EA 4B0DA 1LHLA 2DQIY 1XGTC 1I1ZA 3LZ2A 5APDA 5L3HA 4HP0A 4GCEA 5I54A 193LA 1QDTA 3WUAA 4ANRA 5KY1A 5M1YA 1LZGA 3HBDA 1A4VA 1LMAA 1YKXX 4LT0A 4XN6A 2AUBA 2X0AA 1LSDA 4YOPA 4WM4A 1XEKA 1B7OA 1D0MA 1LHIA 4DD9A 1DI3A 1LZNA 9LYZA 1YAPA 3EMSA 3AJNA 4NGLA 4B4JA 1GF7A 4WLTA 2Z39A 4WM5A 3FE0A 4LT3A 4NHQA 3WMKA 1DKKA 5IHGA 2EPEA 1UC0A 1E8LA 3TXJA 4YEOA 3HBHA 1TDYA 4NHIA 2BQDA 3AZ6A 4R0FA 2PC2A 4WOAA 1UACY 1B7LA 4KL7A 1NWGA 4XYYA 1GF3A 1FKQA 1OUGA 1LSCA 5KXWA 1CKHA 1IWYA 1HNLA 1XEJA 3CSZA 1BVXA 1XSFA 1BWIA 1LYOA 3LN2A 1FLWA 4H9CA 2H9JA 4WG7A 1HF4A 1D0KA 1VDTA 1GF9A 5HNCA 3QY4A 4FDYA 4WM2A 1KIPC 2F4GA 1NQIA 2ZWBA 1IP4A 1IWTA 2DKVA 2DQEY 4LYMA 3WXUA 1HEQA 1WQQA 4NGYA 2ZNWY 5LVGA 1LTMA 4B4IA 1H87A 2Z2FA 5F9UA 1GE1A 1RI8B 3LHMA 2BQOA 3N9EA 3AB6A 4H8ZA 1HEOA 4LZTA 5D5CA 1C7PA 1B2KA 3HFMY 2XBSA 3EXDA 4YF2A 4D9ZA 1Z55A 2FBDA 2I25L 2BQBA 1LZYA 1LJ4A 2XTHA 1BB3A 4H9BA 2BLYA 4HTNA 3A91A 1A2YC 4DD1A 4NSIA 1JTOL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNLA 3W6EA 198LA 4IJ4A 1GBSA 2RSCA 4BAFA 1B5XA 4C3WA 1C6BA 2B6ZA 1L36A 3SB6A 2CDSA 1GPQC 6LYZA 1TCYA 1UICA 1GB3A 3LYTA 234LA 4LFXA 1GFVA 1F10A 5JENB 1DI4A 1ZV5L 3WXTA 2MEDA 238LA 257LA 4GCDA 2HECA 4CFPA 1KW5A 3P68A 245LA 1IP2A 1WQMA 1LZCA 166LA 3A3QA 3G3BB 1L30A 3WH1A 3TMVA 1QT3A 2YBMA 2WARA 4I7NA 1P64A 231LA 2ZNXY 1P37A 3TMUA 1LYYA 4YXAC 1DYCA 1LJJA 165LA 1LHJA 5KKIA 1IR7A 4ET8A 4EPFA 2DQJY 115LA 1GF5A 1L18A 194LA 1CV0A 1D3FA 3IWRA 1L62A 2HUKA 129LA 5I53A 3A6BY 4N0JA 205LA 1QUGA 2B7XA 1FLQA 1L96A 4LYCA 3AW7A 1GFJA 3CSRA 2B73A 4XJHA 2RB2X 1SWZA 155LA 2LYOA 4ZPUA 1DI5A 5APEA 1D9WA 3WVYA 4N9RA 1YAQA 172LA 1DYDA 130LA 5KXZA 1L71A 3RNXA 1CX7A 2C8OA 1IOQA 4LZMA 1INUA 1L77A 256LA 1LJNA 1ZVHL 1IWXA 1GBXA 1VFBC 1FN5A 1NMMA 5LAGA 4I7OA 1OP9B 4W53A 1N4FA 4QGZA 2BQMA 2XBRA 4DD2A 4HPEA 4H8YA 1L23A 1QTVA 5D5FA 1OUDA 1W6ZA 4DAJA 1RCMA 3A67Y 1L24A 3D4SA 1QIOA 5LYZA 3HT7A 1GFEA 1QTBA 190LA 3W6DA 4DT3A 4LGKA 1GF8A 2XQOA 5LVKA 1LMTA 5DL9A 1LYSA 4DD0A 1SLYA 4H9IA 1BHZA 1L0JA 3AZ7A 3WYHA 1GAZA 1L26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HNL A;  3W6E A;  4IJ4 A;  1GBS A;  5FST A;  1KIQ C;  1LYZ A;  2RSC A;  4BAF A;  1MEL L;  1B5X A;  1DKJ A;  4C3W A;  1H6M A;  3CB7 A;  1LAA A;  3D9A C;  4ET9 A;  2ZQ4 A;  2CDS A;  3ATN A;  4HTQ A;  1GPQ C;  4AXT A;  1IOT A;  1IC4 Y;  2BQG A;  1WVU A;  5KKJ A;  6LYZ A;  1EQE A;  4DDC A;  1TCY A;  1VAU A;  1G7J C;  5F14 A;  1UIC A;  5K7O A;  1UCO A;  4ZFP A;  3W6C A;  2W1M A;  1GB3 A;  1J1P Y;  3LYT A;  4RLM A;  1D6P A;  1JSE A;  4NIJ A;  4LFX A;  1GFV A;  3B0I A;  1F10 A;  4WLY A;  1ZMY L;  1DI4 A;  1CKC A;  5JEN B;  4KXI A;  3KAM A;  1GF0 A;  5FEK A;  1ZV5 L;  3F6Z A;  3WXT A;  1RE2 A;  1F0W A;  4HJZ A;  2D91 A;  4EOF A;  1QDR A;  2MED A;  4GCD A;  1IIZ A;  1LSM A;  1LJK A;  1WTM A;  1JKD A;  8LYZ A;  153L A;  2HEC A;  4CFP A;  3P68 A;  1QTE A;  1LSP A;  4RW2 A;  4E3U A;  3E3D A;  5ILF A;  1IVM A;  1IP2 A;  1AZF A;  1LSF A;  1LZC A;  1WQM A;  1LHH A;  3A3Q A;  3G3B B;  5LYT A;  4WLD A;  3WH1 A;  1QUT A;  1REY A;  3TMV A;  1OUH A;  2YBM A;  3ATO A;  3ULR A;  4C5F A;  5LYM A;  1LJF A;  2WAR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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