1KIPC

Fv mutant y(b 32)a (vh domain) of mouse monoclonal antibody d1.3 complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrogen bonding and solvent structure in an antigen-antibody interface. Crystal structures and thermodynamic characterization of three Fv mutants complexed with lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MONOCLONAL ANTIBODY D1.3
molecule tags Complex (immunoglobulin/hydrolase)
source organism Mus musculus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kipC00
5D5CA 4GCDA 1OP9B 4Z98A 4NHPA 4HPIA 1JJ0A 1LSPA 3WYHA 2G4NA 1DZBX 1UIGA 2ZIJA 4WLDA 5HMJA 3MGWA 1FN5A 1HELA 1T6VL 4NEBA 1F0WA 1HFZA 5DN5A 1GF6A 1KXYA 1Z55A 4IATA 3T6UA 2HEDA 1ALCA 3AJNA 1IOTA 3VWOA 2D4JA 5KXXA 4RLNA 3W6CA 3ZVQB 1CNSA 1YKYX 2BQFA 4HPEA 1B7SA 3WMKA 1WQQA 2LYZA 2Z2FA 1A4VA 2HEBA 1OUJA 4HTNA 4WG1A 1RJCB 1UICA 4FJRA 5LYMA 5II3A 1IC5Y 3ZVQA 4HJVA 1F6RA 3LHMA 1CKFA 5K7OA 1IP2A 4OWAA 4DD2A 1GF4A 1VAUA 4PPOA 1JSEA 1LJNA 2ZNWY 4XJFA 5APDA 207LA 3WUAA 3A96A 2B5ZA 1GBOA 1NWGA 4N1EI 1GD6A 1KXXA 1XGQC 2FYDA 1LSDA 1GB3A 1YAPA 4G4CA 2BQLA 1B7RA 1FKQA 4MCKA 4OOTA 2Z18A 2G4QA 1RCMA 4OWCA 5IELA 3BKVA 2Z2EA 5LVHA 2N5ZA 1D6QA 1LYOA 5KXTA 4DC4A 1REXA 1YKXX 1UCOA 3TMVA 4DD3A 1IY4A 5KXKA 5B1FA 1UACY 4WL7A 1B7QA 5C6IA 4H9FA 5F14A 3EMSA 5I4WA 4DT3A 2AUBA 1A2YC 1JKAA 134LA 3QY4A 1NBYC 3CSRA 3GXRA 4XJBA 2W1YA 2VB1A 2XBSA 2BAAA 4OW1A 1DI5A 3CT5A 1LZNA 5LVGA 4RW2A 3B6LA 4H93A 5FSTA 2ZYCA 4PJ2C 1GEZA 1XEKA 4GN4A 3WULA 1FBIX 1CKCA 1B5VA 1DQJC 1VEDA 3CQLA 4NGVA 1LZSA 4NGKA 1J1OY 5LA5A 3AZ7A 1JEFA 1GAZA 1YL0X 1VATA 3N9CA 3AZ5A 4WLTA 4B4IA 5HLLA 1LZ5A 3M18B 5I4XA 1WTMA 3A34A 1C7PA 4H9EA 4YENA 1DXJA 1B5YA 1XGPC 4YEOA 1C45A 1QTKA 1LJ4A 1NHEA 2YBIA 3CT1A 3W6EA 3F6ZA 5KY1A 1LSEA 5DN4A 1MELL 5LYTA 1BWJA 1XSFA 4NFVA 3LN2A 4ETDA 3FI7A 4N5RA 3T36A 3TXGA 5B05A 1NMMA 4LYCA 1GBSA 1BB3A 1QUTA 1IP7A 1GFKA 5B07A 3LZ2A 3LYZA 1B5XA 4HP0A 4W94A 2DQDY 2YBMA 4WOAA 2MEFA 3A8ZA 4H9AA 5FCPA 1GB2A 2YBLA 5KKJA 1QSAA 3WUMA 3WW5A 4ML7A 2BQDA 3A92A 2CWIA 1B7MA 1JKBA 1AZFA 1OUAA 1RI8B 3WU7A 4I0CA 5I4YA 4ETCA 2HECA 3AB6A 5LA8A 1BB5A 1XEIA 5M1YA 3AW7A 4J1BA 1GXV2 4QDNA 5KXMA 4A7DA 1LHKA 4NSGA 4LFPA 5KXSA 4ET9A 4Z41A 1LJKA 4XJIA 3AGHA 1IOQA 1IP3A 1DKJA 3A3QA 2BQKA 1GPQC 4NGOA 5APFA 4AGAA 5L9JA 1XFPL 1LZRA 4N9RA 1E8LA 1C46A 1IIZA 3TXBA 4NGZA 1IP6A 4HJYA 5LVIA 3WPKA 1IWXA 3WVXA 1XGRC 5AMYA 5LAFA 1GB7A 1HERA 1YQVY 1IY3A 3GXKA 1JKCA 4H8ZA 4PHIA 3CB7A 4N8ZA 4I8SA 1PS5A 1QSWA 4ZEEA 1CJ8A 1GF3A 1LMQA 4P2EA 5C6JA 4HTKA 1AKIA 1C10A 1LSYA 2DQCY 9LYZA 5IHGA 1CJ7A 1OUBA 1OUGA 4TUNA 3E3DA 2LYOA 5DL9A 1GEVA 1IP1A 1UIFA 1YAQA 3TXJA 2G4PA 2MECA 4WO6A 4Z46A 3WH1A 4GN5C 4DD1A 1BHZA 4CGEA 2RSCA 1GB0A 5A3EA 2YBHA 3IJVA 1B5WA 1P2CC 4RLMA 3P64A 1AM7A 4NG8A 4BS7A 3WPLA 1G7LC 5B59A 1YILA 4HJZA 4WLYA 194LA 1W6ZA 1QIOA 4GCFA 1IVMA 4G4HA 1JWRA 4OOOA 2HUBA 2MEAA 4NGLA 4ETBA 2MEGA 2Z39A 4KPMA 1D0MA 2F2NA 2YBJA 4EOFA 1IWVA 4J7VA 4YOPA 2LZ2A 2HEFA 3LYOA 5LVJA 1IP5A 1LHMA 1TEWA 1IC7Y 1V7SA 1HFYA 4LT2A 6LYTA 1JPOA 4H9IA 4B1AA 3EBAB 4LYZA 3AZ4A 1ZMYL 1I1ZA 1BGIA 1GWDA 1IC4Y 1WTNA 1B5ZA 1LKSA 5F9XA 4L41A 1LOZA 2D4IA 4QY9A 1JJ3A 1LZYA 5KJ9A 2DQHY 1JUGA 2BQIA 1W08A 1GE3A 1NBZC 3TXKA 1OUFA 3A91A 4WL6A 1JTTL 3J6KA 1B5UA 1OUIA 3LYMA 2DQFC 3OJPA 2PC2A 4YEMA 1LSCA 1C08C 3P65A 5I54A 3K3TA 4NGYA 1HEQA 1LZDA 2Q0MX 4EMNA 3TMXA 5FELA 1GBYA 1LMTA 2BQCA 4ANRA 4DD9A 2HU1A 5HNLA 5A3ZA 1LJ3A 4IJ4A 1GBWA 3AYQA 1LSFA 3P66A 4N0JA 3A95A 2C8OA 2FBBA 3D9AC 4NG1A 5KXZA 1EQEA 4GCCA 3P68A 4HSFA 8LYZA 4NGIA 1FLUA 7LYZA 3M3UA 1BVKC 1D6PA 1GB9A 2YDGA 3TXEA 1IX0A 2F4AA 3W6AA 2A7DA 1IR7A 1KIQC 1YKZX 1HC0A 1GFHA 3W6FA 2C8PA 4XADA 2ZYPA 2H9JA 1VDSA 1LHLA 2W1MA 1LYYA 1WVUA 3B0OA 5C6LA 1BWHA 3B72A 4LYBA 1FKVA 4WM6A 1QUSA 2FBDA 1G7MC 4B4JA 1VFBC 5APEA 4G9SA 4NHQA 1IWUA 1REYA 1OUCA 3CSZA 4LT1A 2DQAA 5I53A 1WQMA 3ZEKA 1BB7A 4OWBA 4UWVA 4C3WA 154LA 4N1CC 1I20A 4J1AA 1GB6A 1V7TA 5E4PA 4LZTA 1GFUA 1HSXA 1J1XY 1ZVHL 5DLAA 3LYTA 1VDTA 4HV2A 2CGIA 4NSJA 3IWRA 3EXDA 5FEKA 1LSAA 3G3AB 3W3EA 3RU5A 1GF7A 1UUZC 4WG7A 1REZA 1LKRA 2HTXA 2W1XA 3A6CY 4OWEA 3D3DA 4NHTA 5HNCA 1N4FA 4HV1A 3WPJA 1FLQA 1JTOL 1PZYA 2BLYA 2EQLA 1C43A 4W96A 4BADA 1BQLY 1GFJA 6LYZA 2BQGA 1DKKA 3AGGG 2H9KA 3P4ZA 3WW6A 4NHSA 2YVBA 1OUEA 4TSCA 1CKHA 1DI3A 1GDXA 1LMNA 4E3UA 2YSSC 1LHHA 1CKDA 4KXIA 2W1LA 1KXWA 1LSGA 1NKHA 4WMGA 3TXDA 1LHIA 3QE8A 3ATNA 1RE2A 4ETEA 1GFGA 4CJ2A 3TXFA 1GF5A 1B7NA 4QEQA 1CKGA 2A7FA 1GB5A 1IR9A 1DPWA 4LYTA 3WU9A 3WUNA 2BQHA 4WM1A 4DDAA 135LA 4H90A 2H5ZA 4TSBA 1LMPA 5KXNA 4HTQA 1IP4A 1HEMA 1XGUC 1D0LA 3A93A 4LYOA 1JKDA 5FHWA 4DD7A 1B9OA 4UWUA 1WQPA 3A6BY 2EIZC 1HEPA 2Z12A 4G49A 4NGWA 5E9RA 1GHLA 1UIHA 1G7HC 1LSNA 4KT3A 3RZ4A 1UIAA 1JTPL 2ZWBA 4PRUA 5LINA 3WL2A 5F81A 1GFTA 4GCBA 4NSHA 3B0IA 4WM2A 1NDMC 2CJLA 1LZGA 5KKIA 4H1PA 5I5QA 2BPUA 2ZIKA 4NY5A 1LYZA 1YAMA 1JIYA 2F30A 1O23A 4CHXA 4DDCA 4DYGA 4LT3A 4Z3MA 2BQAA 153LA 193LA 4ETAA 1LSBA 3A3RX 1WQRA 4M6DA 3TMWA 3HFMY 1FLWA 1IOSA 1VDQA 2IHLA 1ZV5L 2BQEA 1IWTA 1LSMA 3HBEX 4GLVA 1LHJA 4FDYA 4WO9A 4PGJB 5KXYA 1EL1A 1BB6A 2F4GA 1TBYA 3N9EA 4CFOA 4H9HA 4KL7A 1BWIA 4B49A 5JENB 2EPEA 4DD0A 4WM4A 3TXIA 3WXTA 1LMAA 2XTHA 4LYMA 4ET8A 1BVXA 1GB8A 4GCEA 1IO5A 3HBDA 4LT0A 5KXPA 1IR8A 1IWWA 1RFPA 4AXTA 1XGTC 1KIPC 4NIJA 5KXLA 1F6SA 1QQYA 2DKVA 2Z37A 4B0DA 1LMCA 4H9BA 1YAOA 3B0KA 1GE4A 1XEJA 1IWYA 1G7JC 2DQGY 4IASA 2D91A 3FE0A 1GE2A 3A90A 4WM3A 1LJIA 1HMLA 3WXUA 4OWHA 1GF0A 3CT0A 5T3FA 3W6DA 5FDJA 2EKSC 1YL1X 1ZVYB 4XENA 1I56A 4GLAA 3WU8A 1NDGC 1HF4A 1FLYA 4NGJA 1LJGA 1GF8A 1T3PA 4PRQA 5D5FA 4NSIA 5IDDA 1QDTA 3KAMA 5LIOA 1LJEA 1MLCE 5HQ1A 2MEIA 4NWEA 1TDYA 1D0KA 1DI4A 2DQJY 4LFXA 4ZFPA 5ILFA 4YF2A 3W6BA 4H8XA 1HEOA 5F16A 2Z19A 3TXHA 1IOCA 2BQBA 1LSZA 3RNXA 3HBHA 1OQMA 4RW1A 4H9CA 2NWDX 2D4KA 5KXOA 133LA 1LZCA 1HHLA 1SLYA 1EQ4A 1B7OA 1LZBA 5J7CA 3TMUA 1LZ4A 1HMKA 1LZ1A 3RT5X 1LZ6A 2YBNA 5DM9A 5ILCA 2MEEA 2BQNA 1HFXA 1GAYA 1LJFA 4UWNA 1G7IC 4XJHA 1YANA 3A67Y 1H6MA 1GDWA 208LA 2LYMA 1KIRC 2IFFY 2ZQ4A 1JHLA 1OUDA 1REMA 2HEAA 1FDLY 3LZTA 2BLXA 3J4GA 2BQOA 2BQMA 4QGZA 2BQJA 1LMOA 1OUHA 1IORA 1GBXA 1GFRA 2LHMA 2ZNXY 4R0FA 2CDSA 4X3BA 4XN6A 2D6BA 1GXXA 2ZQ3A 4H91A 1INUA 1NF5A 4TWSA 2DBTA 1UC0A 2MEDA 5APCA 1AT5A 1J1PY 1WQNA 4G4BA 4MSTA 5KXWA 2WARA 1GE0A 4GN3A 1LTMA 3ATOA 4TX7A 1B0DA 1HSWA 3IJUA 5LAGA 2I6ZA 4MR1A 2X0AA 1JITA 1YIKA 1WQOA 2MEBA 1LAAA 2ZILA 1WVVA 4U3XB 5F9UA 4B4EA 4D9ZA 1UIBA 1B7LA 3QNGA 3AZ6A 5HMVA 1LJHA 1UA6Y 1CJ9A 1QTEA 1GF9A 1VDPA 2MEHA 4BAFA 3BKHA 1HNLA 5EBHA 4DWXA 1YROA 1B2KA 4H92A 1GBZA 4J0LA 2I25L 5LVKA 3WVYA 5L3HA 5LXWA 3EO5A 3AGIA 4XYYA 1LJJA 2Y8PA 4XJGA 3ULRA 1LZEA 1LZTA 1TCYA 2Z38A 4TTDA 5B1GA 3CSQA 4NHIA 1F10A 1AT6A 1GE1A 3G3BB 1IEEA 1JSFA 4WLXA 1QDRA 1H87A 1D9UA 1LZAA 2LZTA 2HU3A 4YM8A 1BB4A 5B06A 4LGKA 3N9AA 4RDSA 4DDBA 4ZIXA 1NQIA 1GFAA 4NWHA 1UIEA 1B7PA 3SP3A 4XJDA 3RW8A 2DQEY 2FYCA 5KXRA 1JJ1A 1IWZA 1DPXA 3AW6A 1CJ6A 4C5FA 1LZ9A 1HENA 4O34A 1GFVA 1JISA 1GFEA 5L3IA 1LCNA 3OK0A 4H94A 4R6CA 1UIDA 1LPIA 1LZ8A 4BAPA 2XJWA 2GV0A 1HEWA 4WM5A 5LYZA 1EQ5A 2HEEA 1TAYA 1LYSA 2XBRA 132LA 1SQ2L 4CFPA 2DQIY 4M4OA 1UBZA 3A94A 2I26L 4II8A 4H8YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D5CA 4GCDA 137LA 2O4WA 1JJ0A 1LSPA 2ZIJA 4ARQA 1FN5A 1WTHA 1F0WA 3T6UA 1QUGA 1ALCA 1IOTA 4ARJA 3VWOA 1P6YA 1YKYX 1B7SA 2OE4X 4DQJA 4HTNA 1L79A 2B75A 1RJCB 1IC5Y 3ZVQA 3LHMA 5K7OA 1PQOA 3LZMA 1LJNA 207LA 3SB5A 2B5ZA 1KXXA 107LA 1XGQC 2FYDA 1YAPA 2BQLA 183LA 1C6IA 2Z18A 2G4QA 1RCMA 1G0LA 2N5ZA 1D6QA 3HTFA 1YKXX 3TMVA 1L98A 1UACY 167LA 191LA 5C6IA 4H9FA 1C6PA 4DT3A 4GBRB 2AUBA 3C80A 3DN0A 1NBYC 2VB1A 2BAAA 4OW1A 110LA 3CT5A 102LA 3B6LA 1LWKA 1T97A 1C6LA 211LA 4NGVA 2LC9A 1LZSA 4NGKA 1GAZA 3N9CA 5HLLA 178LA 216LA 1L27A 4ETDA 3CT1A 5KY1A 5LYTA 1BWJA 1L85A 4N5RA 3T36A 2O7AA 1GFKA 2QARC 1CV3A 3A92A 1B7MA 1JKBA 1OUAA 3HDEA 3DMZA 1BB5A 184LA 5M1YA 4J1BA 3C8SA 4LFPA 5KXSA 1IP3A 1DKJA 5APFA 1L48A 1L81A 4N9RA 1E8LA 1C46A 2RBQA 3TXBA 4NGZA 4HJYA 5LVIA 1IWXA 1GB7A 1HERA 1YQVY 3GXKA 250LA 4ZEEA 1L28A 1LMQA 4P2EA 1C10A 2DQCY 108LA 1L95A 2IGCA 5DL9A 1IP1A 1YAQA 3TXJA 1GB0A 2YBHA 4NG8A 112LA 194LA 1IVMA 4NGLA 1L68A 2MEGA 2Z39A 2YBJA 2HEFA 5LVJA 1LHMA 1L20A 3HH5A 6LYTA 3HU8A 4H9IA 4B1AA 3AZ4A 1L99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5D5C A;  4GCD A;  1OP9 B;  4Z98 A;  4NHP A;  4HPI A;  1JJ0 A;  1LSP A;  3WYH A;  2G4N A;  1DZB X;  1UIG A;  2ZIJ A;  4WLD A;  5HMJ A;  3MGW A;  1FN5 A;  1HEL A;  1T6V L;  4NEB A;  1F0W A;  1HFZ A;  5DN5 A;  1GF6 A;  1KXY A;  1Z55 A;  4IAT A;  3T6U A;  2HED A;  1ALC A;  3AJN A;  1IOT A;  3VWO A;  2D4J A;  5KXX A;  4RLN A;  3W6C A;  3ZVQ B;  1CNS A;  1YKY X;  2BQF A;  4HPE A;  1B7S A;  3WMK A;  1WQQ A;  2LYZ A;  2Z2F A;  1A4V A;  2HEB A;  1OUJ A;  4HTN A;  4WG1 A;  1RJC B;  1UIC A;  4FJR A;  5LYM A;  5II3 A;  1IC5 Y;  3ZVQ A;  4HJV A;  1F6R A;  3LHM A;  1CKF A;  5K7O A;  1IP2 A;  4OWA A;  4DD2 A;  1GF4 A;  1VAU A;  4PPO A;  1JSE A;  1LJN A;  2ZNW Y;  4XJF A;  5APD A;  207L A;  3WUA A;  3A96 A;  2B5Z A;  1GBO A;  1NWG A;  4N1E I;  1GD6 A;  1KXX A;  1XGQ C;  2FYD A;  1LSD A;  1GB3 A;  1YAP A;  4G4C A;  2BQL A;  1B7R A;  1FKQ A;  4MCK A;  4OOT A;  2Z18 A;  2G4Q A;  1RCM A;  4OWC A;  5IEL A;  3BKV A;  2Z2E A;  5LVH A;  2N5Z A;  1D6Q A;  1LYO A;  5KXT A;  4DC4 A;  1REX A;  1YKX X;  1UCO A;  3TMV A; 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 1UC0 A;  2MED A;  5APC A;  1AT5 A;  1J1P Y;  1WQN A;  4G4B A;  4MST A;  5KXW A;  2WAR A;  1GE0 A;  4GN3 A;  1LTM A;  3ATO A;  4TX7 A;  1B0D A;  1HSW A;  3IJU A;  5LAG A;  2I6Z A;  4MR1 A;  2X0A A;  1JIT A;  1YIK A;  1WQO A;  2MEB A;  1LAA A;  2ZIL A;  1WVV A;  4U3X B;  5F9U A;  4B4E A;  4D9Z A;  1UIB A;  1B7L A;  3QNG A;  3AZ6 A;  5HMV A;  1LJH A;  1UA6 Y;  1CJ9 A;  1QTE A;  1GF9 A;  1VDP A;  2MEH A;  4BAF A;  3BKH A;  1HNL A;  5EBH A;  4DWX A;  1YRO A;  1B2K A;  4H92 A;  1GBZ A;  4J0L A;  2I25 L;  5LVK A;  3WVY A;  5L3H A;  5LXW A;  3EO5 A;  3AGI A;  4XYY A;  1LJJ A;  2Y8P A;  4XJG A;  3ULR A;  1LZE A;  1LZT A;  1TCY A;  2Z38 A;  4TTD A;  5B1G A;  3CSQ A;  4NHI A;  1F10 A;  1AT6 A;  1GE1 A;  3G3B B;  1IEE A;  1JSF A;  4WLX A;  1QDR A;  1H87 A;  1D9U A;  1LZA A;  2LZT A;  2HU3 A;  4YM8 A;  1BB4 A;  5B06 A;  4LGK A;  3N9A A;  4RDS A;  4DDB A;  4ZIX A;  1NQI A;  1GFA A;  4NWH A;  1UIE A;  1B7P A;  3SP3 A;  4XJD A;  3RW8 A;  2DQE Y;  2FYC A;  5KXR A;  1JJ1 A;  1IWZ A;  1DPX A;  3AW6 A;  1CJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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