1KNIA

Stabilizing disulfide bridge mutant of t4 lysozyme
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)O1 (21-142)S1 (14-19)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)TI'1 (54-57)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)EMPTYAH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kniA00
1L37A 1LPYA 1L77A 4W58A 1DYDA 224LA 1C61A 239LA 1CVKA 1G0JA 3CDRA 3VW7A 1PQIA 5I14A 2RBSA 1L04A 1L66A 1SSYA 3F8VA 1L86A 3PBLA 4EKPA 3C80A 1L07A 1L16A 1C6BA 3GUKA 1L64A 1L60A 3V2WA 235LA 1QT4A 1L09A 3SBBC 171LA 1L22A 4LZMA 1LYFA 143LA 1G0MA 4PK0A 1SX7A 210LA 3UONA 1C68A 158LA 1L49A 236LA 3RZEA 1L29A 2LZMA 108LA 4DKLA 1L75A 2HUMA 1L26A 4EKQA 1L57A 1L05A 1QTVA 3OE0A 1OWYA 1XJUA 1CV3A 3GUOA 3HT8A 197LA 1L19A 2A4TA 1C6AA 1ZYTA 120LA 2Q9DA 2B6XA 3DMXA 229LA 3NY8A 1DYAA 1P37A 1CX7A 1NHBA 199LA 131LA 248LA 173LA 1L0JA 1G1WA 1DYGA 1CU6A 161LA 168LA 4S0WA 1XEPA 1P64A 3CDTA 4DAJA 3SB8A 1L74A 1CUPA 2ANVA 163LA 2L78A 4I7MA 1QT6A 3K2RA 4W53A 1L96A 1C6IA 2OE7X 1JTMA 1B6IA 1C65A 1CU5A 1C66A 2B7XA 1G07A 1L79A 1L35A 176LA 2RBPA 221LA 1DYFA 259LA 4ZPUA 211LA 3GUJA 4K5YA 4ARPA 3NY9A 1QS5A 4ARQA 1L81A 1C6LA 3C8QA 1L13A 129LA 1C6TA 1G06A 150LA 3LZMA 238LA 2HUKA 3GUIA 188LA 215LA 1C63A 1P5CA 253LA 175LA 1D9WA 3GUMA 2RBQA 7LZMA 4EKRA 1CV6A 1OVHA 206LA 237LA 225LA 3G3VA 1JQUA 1L36A 122LA 1L76A 3G3WA 3HDEA 1SWYA 1L54A 1L80A 3SB7A 1PQOA 177LA 3CDQA 5LZMA 4EPFA 190LA 1L45A 2OU9A 2CUUA 4PJZA 181LA 1C6CA 127LA 1C6DA 1L0KA 2OE4X 3DNAA 144LA 128LA 1T8GA 1L02A 1XJTA 178LA 244LA 1L06A 1L27A 4I7LA 2HULA 4W54A 1L61A 3HTFA 196LA 2OU0X 1L97A 4YXCA 3DN2A 1LGWA 1LYIA 147LA 2OE9X 252LA 2OU8A 3DN0A 1TLAA 2OTYX 164LA 1L87A 1LWKA 1WTHA 4ARQB 1P6YA 103LA 214LA 4ARJA 169LA 1L25A 1P2RA 3NYAA 2B74A 4I7QA 2RH1A 3C8RA 1L40A 1OWZA 250LA 223LA 1L23A 4I7NA 185LA 1LI3A 1L65A 1OV7A 3C82A 1L59A 182LA 1L39A 3F9LA 4ARLA 1CU2A 1C6NA 198LA 3GUPA 125LA 149LA 1L73A 1L89A 1KY0A 1L99A 3FADA 2B73A 3DN3A 114LA 1OV5A 1P7SA 2RBRA 1L95A 6LZMA 2B75A 1L62A 2RB0X 110LA 2O7AA 1QS9A 1QUDA 1QT7A 3OE9A 2RB2X 4ARMA 1QTDA 4LDLA 3CDVA 2B6TA 4I7TA 1QUHA 1L82A 1QTCA 2RAZX 3OE6A 109LA 1CV1A 3SBAA 1L88A 4AQNA 1DYCA 3C7YA 1C60A 3DN4A 3HTGA 201LA 4I7JA 1L32A 102LA 1SX2A 262LA 4GBRB 222LA 2B6YA 241LA 4I7RA 3SB6A 1L94A 1L72A 227LA 3HUKA 183LA 2B72A 1LYDA 2RBNA 1LGUA 1LI6A 1T8AA 228LA 249LA 2Z6BA 162LA 145LA 242LA 119LA 2QARC 1SWZA 1LYEA 3C7WA 1C6FA 1LW9A 1P56A 1L56A 3C8SA 1L91A 3DKEX 258LA 2B70A 151LA 1QTBA 219LA 3SN6R 1L47A 115LA 2LCBA 1G0KA 1L15A 1OYUA 1C6PA 3HTDA 139LA 1L67A 3SB9A 3GULA 3GUNA 1L10A 1P36A 137LA 195LA 1KNIA 1L12A 1L01A 186LA 140LA 1PQKA 130LA 3HWLA 3HH5A 1QTZA 167LA 3V2YA 1L44A 4E97A 4ARMB 2F2QA 2B6WA 4I7PA 255LA 1QSQA 160LA 192LA 4YX7C 1CUQA 2NTGA 1L08A 1L50A 1G1VA 4EXMA 1L03A 2OTZX 231LA 1LWGA 261LA 170LA 1CV4A 4W56A 141LA 3DMZA 3HH6A 3HT7A 1L41A 1QSBA 189LA 2F32A 3CDOA 3HDFA 1L21A 3HTBA 2LC9A 1L18A 4I7SA 3C81A 187LA 4LDOA 1L30A 1L00A 1QUOA 1L43A 1CV0A 200LA 3RUNA 2RAYX 234LA 174LA 1L42A 1L24A 1L84A 1DYBA 2NTHA 226LA 1LYJA 4EPIA 1C6HA 4I7OA 1QUGA 1QT5A 3C83A 157LA 1D3JA 2O4WA 1C6QA 1L55A 1P2LA 1OVJA 107LA 1L85A 1L83A 184LA 1L34A 1L53A 142LA 146LA 2RB1X 104LA 251LA 111LA 4GRVA 232LA 1LYHA 1C6MA 2RBOA 1G0PA 113LA 1I6SA 148LE 180LA 1C67A 1L98A 218LA 217LA 155LA 4LDEA 1L17A 205LA 2IGCA 1DYEA 257LA 1T6HA 1L71A 1ZURA 4EJ4A 3FA0A 1D3FA 3L2XA 1T8FA 256LA 3DN1A 3DN6A 212LA 233LA 1LYGA 240LA 1PQJA 3SB5A 1SSWA 1CV5A 1L20A 3ODUA 216LA 166LA 1CTWA 1C6KA 152LA 1L69A 1G0QA 1C69A 3PDSA 1G0LA 3HH3A 1CX6A 1L70A 213LA 1CU3A 4I7KA 1QT3A 112LA 1PQDA 1L33A 1KW5A 1QT8A 1L38A 165LA 1OVKA 1P46A 1LLHA 3G3XA 1L51A 260LA 1D3NA 2OEAX 4OO9A 4W57A 1L31A 138LA 3HT6A 1CU0A 3HU9A 2B6ZA 3OE8A 2QB0B 4W51A 172LA 1D2WA 4YXAC 2O79A 1JTNA 1LGXA 4W52A 1K28A 2Q9EA 1L68A 209LA 3HUQA 1L48A 1QTHA 3DMVA 4W59A 3FI5A 1L93A 191LA 1C6EA 123LA 3HU8A 1KW7A 118LA 1EPYA 245LA 1L90A 243LA 3HUAA 1LI2A 3L64A 4DJHA 230LA 1C6GA 1C64A 1L58A 1L63A 1KY1A 1C6JA 4W55A 3DN8A 1L28A 3D4SA 254LA 3QAKA 1D2YA 220LA 4IAPA 1L52A 246LA 3EMLA 156LA 1G0GA 159LA 1L92A 126LA 2F47A 1C62A 247LA 1PQMA 1KS3A 1D3MA 1T97A 3JR6A 2ANXA 1L46A 1P3NA 1ZWNA 3HT9A 1L14A 3HH4A 1L11A 4EKSA 3C7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBZA 1GB5A 1NQIA 4HTNA 4LYTA 4PRQA 239LA 1BVXA 1GEZA 2W1XA 2MEAA 4U3XB 2F30A 4WL6A 3C80A 1C6BA 1L60A 3D3DA 1QT4A 1L09A 2RSCA 3T36A 4G4HA 4Z98A 4RDSA 3EMSA 1G0MA 1SX7A 1L49A 2ZWBA 4H8ZA 236LA 2LZMA 3W6DA 4EKQA 5E4PA 1OWYA 1GF9A 3GUOA 3P4ZA 4OWBA 4C3WA 1GF3A 4NSIA 120LA 2MEBA 4QY9A 3NY8A 3A96A 1IC5Y 1NHBA 1E8LA 199LA 4YEOA 1GPQC 1D0LA 1G1WA 4M6DA 1DYGA 1CU6A 161LA 4H94A 3VWOA 4ET8A 1P64A 4OWCA 4DAJA 3SB8A 2DQEY 3G3BB 163LA 4I7MA 4L41A 2OE7X 1JTMA 1B6IA 1CU5A 5LVGA 4ARPA 3NY9A 5APEA 3RNXA 1GAZA 1C6LA 3C8QA 1L13A 3A6CY 1IORA 238LA 2ZNWY 3TXBA 3LYOA 4HV1A 206LA 1GF0A 4WLXA 3J4GA 5DLAA 1WTMA 1DI3A 4TX7A 1GE2A 3HDEA 4II8A 4GN4A 4N1CC 1PS5A 2HEBA 1WTNA 1TEWA 1YAPA 5C6IA 3SB7A 1PQOA 3CDQA 4GN3A 2BAAA 5LZMA 5KJ9A 2D4JA 2CUUA 4B4JA 181LA 1C6CA 1OQMA 127LA 1LYSA 5APCA 2HU3A 2HULA 4YM8A 1DI4A 1LMAA 2LYZA 134LA 3ATOA 4YXCA 1IVMA 1NBYC 1LGWA 1LYIA 4LYZA 2OE9X 3DN0A 5KXLA 3GXRA 2OTYX 5LYMA 3W3EA 1P6YA 4RLMA 4MSTA 1L25A 4XJIA 1IY3A 4W94A 3NYAA 1GHLA 3WYHA 1HFXA 3GXKA 4CFOA 3LZ2A 3C8RA 2BQIA 3A90A 1IC7Y 3A3QA 3N9EA 2F4AA 1EQ5A 1CU2A 1DXJA 149LA 4HTQA 1L89A 4O34A 1IP6A 2RBRA 1GWDA 1L95A 4NGKA 1HFYA 5IELA 2RB2X 3AGIA 4ARMA 1QTDA 1GFUA 4UWNA 1JEFA 1RE2A 2B6TA 1KXWA 5I4XA 3OE6A 109LA 1C46A 2ZIKA 3B6LA 1C60A 1VEDA 1FN5A 4DDAA 1SX2A 5C6JA 5LVJA 5I4WA 4EMNA 1KXYA 1YAOA 4WG7A 227LA 183LA 1F0WA 4MCKA 1LHLA 1LGUA 1LI6A 249LA 145LA 2XBRA 1LYEA 3C7WA 5F9XA 1L56A 3C8SA 1L91A 1D9UA 1DKKA 1GE1A 219LA 2HTXA 2LCBA 1L15A 1LJJA 1HMKA 3GULA 3AGHA 4H9EA 1CNSA 195LA 1KNIA 1L12A 5KXSA 1PQKA 130LA 2LYMA 1HEQA 3HWLA 4G49A 1HMLA 1QTZA 1LZ4A 4PGJB 5FELA 2FBDA 1C7PA 3WMKA 160LA 1LYOA 1L08A 3AW6A 1L03A 5II3A 261LA 1BGIA 3WU9A 3HT7A 1L41A 1LMOA 189LA 3HDFA 1L21A 3HTBA 4LDOA 1L30A 1WQNA 3IJUA 1C45A 174LA 1DYBA 4I7OA 1QT5A 3C83A 5DL9A 1GBSA 3CT5A 1C6QA 4LFPA 2LYOA 184LA 1L83A 142LA 146LA 2RB1X 1ZVYB 251LA 1FLYA 111LA 2YBLA 3P64A 4LYOA 4TUNA 1I6SA 1HC0A 1UIHA 1GF4A 218LA 1WQMA 4LGKA 3FA0A 1LTMA 1T8FA 212LA 1LMCA 240LA 5L3HA 1PQJA 1L20A 1CTWA 1C69A 1G0LA 5EBHA 4I7KA 1L33A 1QT8A 1OVKA 5A3EA 1LLHA 3WU7A 3IWRA 1D3NA 4WL7A 3P68A 4W57A 1L31A 1F6RA 3HT6A 4NHQA 1IWWA 5LA5A 2FYCA 2BQFA 1FDLY 1NF5A 1K28A 4HPEA 1UUZC 209LA 1L48A 3N9CA 5B05A 1C6EA 1B2KA 4Z3MA 3QY4A 1LSPA 4WM1A 1GEVA 3WL2A 4NG1A 1HEOA 243LA 3HUAA 1LI2A 1LJHA 230LA 1KY1A 1GBXA 1L28A 5A3ZA 1D2YA 1GFEA 1L52A 1IR7A 246LA 1AT5A 1HERA 4OOOA 156LA 1OUIA 2F47A 4W96A 133LA 3TXJA 1IP1A 2ANXA 4OOTA 3HT9A 1L11A 4EKSA 2EIZC 1GBYA 1L37A 1LPYA 1L77A 224LA 1D0MA 1IX0A 1CVKA 1G0JA 3CDRA 4WM2A 1PQIA 1RCMA 3WH1A 5I14A 4NWEA 1L04A 3PBLA 5KXMA 1L16A 1L64A 235LA 2HECA 1B7RA 1C08C 2ZQ4A 4WMGA 4LZMA 1LYFA 143LA 5LA8A 4PK0A 4MR1A 1GE0A 1LJ4A 5L9JA 3QE8A 1LJGA 2HUMA 1L26A 1OUBA 1JTOL 3OE0A 4H8YA 1CV3A 197LA 4J1BA 4Z46A 1LPIA 4H8XA 2Q9DA 1NWGA 3TXIA 2A7DA 2WARA 3DMXA 1B7LA 1DYAA 1QQYA 3CSZA 1EQEA 1GFRA 1OUCA 2DQCY 1D6PA 2LZTA 3W6AA 2L78A 1QT6A 3K2RA 1C65A 1XFPL 2B7XA 1G07A 2Z18A 176LA 2RBPA 5M1YA 211LA 5APDA 4K5YA 4ARQA 1G06A 1UIDA 188LA 1JKDA 4NSGA 253LA 175LA 1D9WA 3GUMA 3EO5A 4LT0A 1YKXX 5F9UA 1I56A 4AGAA 2BQMA 2G4QA 1L36A 1TDYA 3G3WA 3HBHA 1LSMA 1L80A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBZ A;  1GB5 A;  1NQI A;  4HTN A;  4LYT A;  4PRQ A;  239L A;  1BVX A;  1GEZ A;  2W1X A;  2MEA A;  4U3X B;  2F30 A;  4WL6 A;  3C80 A;  1C6B A;  1L60 A;  3D3D A;  1QT4 A;  1L09 A;  2RSC A;  3T36 A;  4G4H A;  4Z98 A;  4RDS A;  3EMS A;  1G0M A;  1SX7 A;  1L49 A;  2ZWB A;  4H8Z A;  236L A;  2LZM A;  3W6D A;  4EKQ A;  5E4P A;  1OWY A;  1GF9 A;  3GUO A;  3P4Z A;  4OWB A;  4C3W A;  1GF3 A;  4NSI A;  120L A;  2MEB A;  4QY9 A;  3NY8 A;  3A96 A;  1IC5 Y;  1NHB A;  1E8L A;  199L A;  4YEO A;  1GPQ C;  1D0L A;  1G1W A;  4M6D A;  1DYG A;  1CU6 A;  161L A;  4H94 A;  3VWO A;  4ET8 A;  1P64 A;  4OWC A;  4DAJ A;  3SB8 A;  2DQE Y;  3G3B B;  163L A;  4I7M A;  4L41 A;  2OE7 X;  1JTM A;  1B6I A;  1CU5 A;  5LVG A;  4ARP A;  3NY9 A;  5APE A;  3RNX A;  1GAZ A;  1C6L A;  3C8Q A;  1L13 A;  3A6C Y;  1IOR A;  238L A;  2ZNW Y;  3TXB A;  3LYO A;  4HV1 A;  206L A;  1GF0 A;  4WLX A;  3J4G A;  5DLA A;  1WTM A;  1DI3 A;  4TX7 A;  1GE2 A;  3HDE A;  4II8 A;  4GN4 A;  4N1C C;  1PS5 A;  2HEB A;  1WTN A;  1TEW A;  1YAP A;  5C6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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