1KS3A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ks3A00
1L58A 3L2XA 2LC9A 1CU3A 1L84A 1JTMA 1L15A 3CDTA 1L29A 164LA 189LA 1SWYA 4I7KA 1LYHA 1L81A 129LA 1P6YA 1PQOA 4ARLA 1L13A 1C67A 1L47A 2F47A 191LA 1QT8A 1L02A 212LA 6LZMA 1L37A 128LA 1L17A 145LA 1CV0A 1L94A 1P36A 4W52A 1QT3A 1L12A 1L85A 118LA 261LA 1C6AA 1C6CA 3DMVA 3HH3A 3GUNA 2A4TA 152LA 1D3MA 1QSBA 3OE0A 1G0PA 243LA 245LA 141LA 168LA 239LA 252LA 1L96A 4LZMA 2RAYX 210LA 146LA 1LGUA 1L20A 3PDSA 1KS3A 1L41A 1QS9A 3FADA 131LA 1PQJA 172LA 2OTYX 1CV6A 1C66A 248LA 3SN6R 241LA 163LA 3PBLA 1L98A 174LA 3HT8A 1QS5A 258LA 103LA 3SB9A 1C6JA 4YXAC 1L66A 1L30A 173LA 2QB0B 1L46A 149LA 3GUPA 2B6WA 1C68A 2B73A 1L90A 3C80A 1P64A 1L45A 1QUDA 4PK0A 1L49A 183LA 1G0QA 1P3NA 5LZMA 3HUKA 1DYAA 250LA 4ARQA 4EKSA 1L68A 1OWYA 1QTHA 1LWKA 1LYEA 1KW5A 4EKPA 1D9WA 1B6IA 2OU9A 1SWZA 1QTZA 1L70A 1G1VA 3QAKA 4S0WA 1XJTA 155LA 1L43A 184LA 1XJUA 190LA 1L79A 171LA 2HULA 1L31A 3V2YA 1C6FA 150LA 3DN4A 119LA 159LA 1L93A 1PQDA 4W56A 1G0KA 1L38A 3DN0A 1LGWA 3GUJA 3HDEA 198LA 1L0JA 2B72A 1L35A 4W51A 5I14A 167LA 3DMXA 1L61A 1KW7A 1CX6A 176LA 4ARJA 111LA 1CV5A 188LA 4ARMA 1L83A 1OVJA 1L75A 232LA 1LYJA 4W54A 3RUNA 1L07A 1L33A 255LA 1OWZA 113LA 1L24A 254LA 1L65A 3G3VA 4W53A 3GUMA 1L48A 2NTHA 1C69A 4EXMA 1L53A 187LA 240LA 3C8QA 3DN6A 1LI6A 1CV4A 3UONA 1L72A 3G3XA 1C6BA 110LA 2RBNA 4E97A 3RZEA 4EPFA 4I7PA 1C6IA 1LPYA 3GUIA 217LA 1JTNA 3OE8A 1LW9A 120LA 1DYFA 1ZWNA 228LA 226LA 112LA 1QT7A 1L62A 3NYAA 4EJ4A 4ARQB 1OYUA 216LA 1C65A 238LA 4I7RA 1KNIA 1L0KA 4I7QA 260LA 2B7XA 4LDLA 1DYDA 3C8SA 1QTVA 3NY8A 1OV7A 4IAPA 1QTDA 1L56A 162LA 3HH6A 3HTFA 3CDVA 1C62A 1C60A 180LA 237LA 3HUQA 249LA 3C7ZA 2RAZX 231LA 1QT6A 3HT9A 206LA 1C61A 3HT7A 138LA 2OU0X 2Q9DA 2OE7X 3CDOA 1L05A 2HUKA 215LA 3OE6A 1L63A 1L51A 1L18A 1L01A 227LA 2OEAX 1C6NA 2O7AA 1LWGA 2B70A 2O4WA 2RBPA 4W58A 1L55A 1KY1A 1L19A 1NHBA 1L04A 1PQMA 125LA 1QT4A 1L36A 3DN3A 3HWLA 1P2RA 1L82A 3GUKA 1P5CA 1DYCA 2RH1A 3NY9A 236LA 2LCBA 1OVHA 257LA 222LA 1L23A 104LA 259LA 1KY0A 3SB5A 1G06A 4DKLA 137LA 2OU8A 251LA 2NTGA 3C7WA 1L60A 2RBSA 1QT5A 3DNAA 166LA 1P46A 1L16A 196LA 3C81A 197LA 1L69A 2B6ZA 1G0GA 1G0LA 3GULA 4W59A 122LA 2RBQA 3DN8A 224LA 1G1WA 1XEPA 1P37A 1L91A 246LA 1CX7A 221LA 3FI5A 3JR6A 1C6QA 165LA 4K5YA 3VW7A 108LA 1C63A 1JQUA 3C82A 3HTGA 1L21A 1D2WA 115LA 1L03A 1CU2A 4ARPA 1CU6A 148LE 1LYGA 1C6KA 1TLAA 1L11A 1T6HA 213LA 1C6MA 1LI3A 1L10A 3EMLA 3HTBA 3V2WA 1OVKA 1L39A 1L09A 1CV3A 1L86A 220LA 3OE9A 142LA 127LA 2IGCA 2OE4X 3HU9A 1C6PA 2CUUA 157LA 1L52A 4W55A 4I7JA 209LA 4I7TA 3K2RA 156LA 1QUHA 1LI2A 3L64A 1EPYA 1D2YA 1DYBA 1L44A 182LA 233LA 4I7MA 2O79A 1L64A 1G0MA 1L08A 1L95A 1D3NA 2B75A 2OE9X 3HU8A 144LA 2F2QA 1L59A 3LZMA 2HUMA 1L57A 3C7YA 3HTDA 1L14A 3HH4A 4PJZA 1L26A 3HH5A 242LA 1K28A 3HT6A 2RB2X 1L42A 2OTZX 1L34A 4YX7C 253LA 1P7SA 1QTCA 195LA 126LA 185LA 3ODUA 1C6DA 4OO9A 2ANVA 1L28A 1L76A 1L27A 4YXCA 3DMZA 3C83A 2F32A 1C6LA 1PQKA 1ZYTA 1L25A 1DYEA 2RBRA 1QSQA 205LA 3C8RA 1DYGA 143LA 1SSYA 2Q9EA 201LA 3FA0A 1CV1A 107LA 211LA 219LA 3F9LA 3GUOA 130LA 4ARMB 4GRVA 3D4SA 230LA 3SB8A 1T8GA 223LA 1L99A 1C6GA 2B74A 160LA 247LA 214LA 2RBOA 114LA 2RB0X 1CUPA 1L77A 256LA 1CVKA 1ZURA 3F8VA 3CDQA 147LA 1T8AA 1T8FA 4LDEA 1C6HA 1CUQA 1SX7A 151LA 4EKQA 123LA 4I7OA 1PQIA 3HUAA 1LYDA 1OV5A 3DKEX 1P56A 2B6TA 4GBRB 7LZMA 229LA 1C6TA 1P2LA 1L80A 161LA 1L00A 3SBAA 4DJHA 4I7SA 1L50A 3DN2A 4I7NA 192LA 3DN1A 2B6XA 3SB7A 4AQNA 175LA 1LLHA 1QUOA 2L78A 2LZMA 1D3JA 186LA 1LYIA 2QARC 1C6EA 1L71A 4I7LA 1L32A 2ANXA 4EKRA 1I6SA 1CTWA 1CU5A 169LA 244LA 1LYFA 4LDOA 1L88A 1L92A 178LA 2Z6BA 1L89A 3SB6A 1QUGA 1L54A 218LA 4ZPUA 262LA 139LA 1L97A 1G07A 1T97A 199LA 109LA 1L06A 1WTHA 102LA 1L67A 1CU0A 181LA 1SX2A 3HDFA 4W57A 4EPIA 1L22A 3SBBC 1QTBA 1SSWA 235LA 1LGXA 1L74A 200LA 4DAJA 3CDRA 1G0JA 2B6YA 1C64A 3G3WA 234LA 1D3FA 1L87A 140LA 170LA 225LA 1L40A 2RB1X 177LA 1L73A 158LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UCOA 5LYTA 5M1YA 1L29A 164LA 189LA 5JENB 4CFPA 2BQGA 3AJNA 1YROA 1PQOA 2LYZA 1L13A 2DQGY 1C67A 2N5ZA 4NHPA 2DQEY 2I26L 2ZNWY 2F47A 4QGZA 4ZEEA 1L02A 1JHLA 2XBSA 3GXKA 4LT1A 3MGWA 5APCA 4IATA 4QY9A 3E3DA 1L12A 1C6AA 1C6CA 1GFGA 3GUNA 4GN3A 152LA 3RW8A 5FSTA 168LA 4LZMA 2RAYX 1LHJA 1LGUA 1L20A 3PDSA 1KS3A 1QS9A 1YAQA 131LA 1VAUA 1HHLA 4TSCA 1GF4A 1CV6A 3SN6R 2DQFC 1HMKA 4GCBA 2LHMA 2Z39A 4H8ZA 1QS5A 3SB9A 5I4XA 1L66A 5B05A 173LA 4GLVA 4Z46A 4NHSA 149LA 1QUSA 2B6WA 2B73A 2MEBA 4CGEA 1F6SA 1LJKA 1QUDA 1LJNA 3HUKA 2W1YA 1L68A 1JEFA 3OK0A 2LYOA 3HBDA 1I20A 3TXJA 3QAKA 3B6LA 1B7SA 2ZQ4A 1LJEA 3CQLA 1XEKA 171LA 1H87A 1PQDA 1MLCE 4W56A 1LHMA 1G0KA 1GB0A 1LMQA 1O23A 1LGWA 198LA 1JSEA 1L0JA 5I14A 1GB2A 1CX6A 4H9CA 4DQ5A 2IFFY 1L75A 1LYJA 5A3ZA 1FKQA 1GFTA 1C10A 3RUNA 1L07A 1OUBA 1C46A 2BPUA 4DD1A 1L53A 5FELA 187LA 1IP3A 2YVBA 3LYTA 1CV4A 2MEIA 1C6BA 2RBNA 4E97A 3RZEA 2EIZC 4EPFA 1AT6A 5KXTA 3GUIA 217LA 1IWYA 3D3DA 3OE8A 4L41A 3A95A 4NGZA 4NSJA 1L62A 3G3BB 1C65A 4I7RA 4ET9A 3AW7A 4H1PA 4I7QA 4OWHA 5LA5A 1LJ4A 1INUA 3C8SA 1YAPA 4HP0A 4MSTA 2EPEA 162LA 4IASA 1C62A 180LA 237LA 2DQDY 1GF7A 4GN5C 2A7DA 3WVYA 2HECA 3AZ7A 4RDSA 206LA 1DI5A 4NWHA 4TSBA 1C61A 1JJ1A 138LA 2OE7X 3CDOA 3LHMA 215LA 3CSQA 1L01A 227LA 1XEJA 4LT2A 2B70A 3N9AA 5KXRA 1L55A 3TXIA 1GBOA 1NHBA 1PQMA 1GDXA 3VWOA 2G4NA 1L82A 4OWBA 4DDAA 1VFBC 1DYCA 3RT5X 2F4AA 2BQAA 1L23A 6LYTA 259LA 1LSPA 4WLDA 1KY0A 3SB5A 1G06A 3WU7A 251LA 3W3EA 1CKHA 1QT5A 4TX7A 166LA 4B4EA 196LA 3C81A 5ILCA 1WQQA 2BQDA 1BB7A 1G0GA 4GCCA 4NSIA 5KXXA 4NWEA 1UACY 1CJ6A 1G1WA 1XEPA 1P37A 1IP2A 2HEFA 1CX7A 1JKBA 2LZ2A 3FI5A 3AW6A 3M18B 1C45A 1GBXA 4A7DA 3VW7A 4CFOA 1JQUA 1GWDA 1B7PA 3HTGA 3TMVA 1L03A 4ARPA 1EQ5A 1C6KA 1L11A 1T6HA 6LYZA 1B5ZA 1C6MA 3B72A 1LI3A 1L10A 2YBIA 3V2WA 4HV1A 1OVKA 4EOFA 5D5FA 1L86A 4XJFA 3OE9A 142LA 5KXNA 2IGCA 1YANA 4NHIA 4PGJB 3WL2A 2FBBA 4Z3MA 157LA 209LA 1QUHA 3L64A 1GE3A 2B5ZA 1HELA 182LA 1L64A 4AGAA 1D3NA 144LA 3LZMA 2HUMA 1HFZA 5EBHA 1L57A 3AGGG 3C7YA 9LYZA 5I4YA 1JTOL 1L14A 5LYZA 1YQVY 1HMLA 4PJZA 4LFXA 4DWXA 4H93A 4AXTA 4B4IA 4YX7C 1HEOA 1FLYA 1GE2A 1L28A 4G49A 1L27A 3WULA 5KXMA 1RJCB 1D6PA 1GF5A 5B1FA 4B0DA 2F32A 4NEBA 3TMUA 1C6LA 2BLXA 1F10A 1ZVHL 2EQLA 1XGQC 1WQPA 1L25A 1ZYTA 1DYEA 1SSYA 1I1ZA 107LA 211LA 4XJHA 3F9LA 4B49A 4GRVA 230LA 1OUJA 1T8GA 223LA 1UIEA 2RB0X 1GAYA 1LZAA 1ZURA 1B5VA 4WM6A 3WVXA 2W1LA 1HEWA 1ALCA 4B4JA 2LZTA 3HUAA 3W6AA 1OV5A 5E9RA 1LZCA 5LVGA 3WPLA 3QNGA 2RSCA 2MEEA 1IWVA 229LA 4OOOA 4WG7A 1IP5A 161LA 1LHHA 5KXLA 4LZTA 2ZIKA 1G7JC 134LA 4I7SA 1WQNA 5HNCA 5APFA 4WM4A 3DN1A 2B6XA 1LLHA 4NG8A 2X0AA 2QARC 3AZ5A 1LYIA 4J1BA 1BHZA 1L32A 4N8ZA 1G7MC 3G3AB 1IR8A 1LYFA 178LA 2Z6BA 4OOTA 3SB6A 1L54A 1PS5A 262LA 4II8A 1LZEA 1J1OY 181LA 1QTBA 1SSWA 235LA 1L74A 1CKFA 4Z41A 1B7RA 170LA 1GF6A 4DD3A 177LA 3L2XA 3WMKA 1WVVA 4HPEA 4LYTA 1CU3A 1OUAA 1L84A 3CDTA 4H9EA 1LYHA 1GF8A 1P6YA 3RNXA 2YBLA 4GCDA 4X3BA 1L47A 1TDYA 191LA 3J6KA 1L37A 5C6IA 3RZ4A 145LA 1IY4A 118LA 3DMVA 3HH3A 2DQAA 4NHQA 4UWNA 2A4TA 3OE0A 5LVHA 2ZQ3A 3P4ZA 5LXWA 2G4PA 1G7IC 3AGHA 1GBYA 5LVIA 1HC0A 2HEBA 4DT3A 1LSZA 172LA 3WYHA 248LA 163LA 4H92A 1GFVA 4NSHA 174LA 1GF9A 4J1AA 3BKHA 1LJJA 1LZ9A 3T6UA 4D9ZA 1B7LA 1C68A 2G4QA 1L45A 2CJLA 4PK0A 1UIAA 2F30A 5HMJA 183LA 5LZMA 1DYAA 1OUCA 1YKXX 4WMGA 1YKYX 1QTKA 1QTHA 2BQEA 2A7FA 2HEDA 1LYEA 1LZGA 2OU9A 1SWZA 2W1XA 4YM8A 4S0WA 1OUEA 1XJTA 155LA 1L43A 3WPJA 5B07A 4TWSA 4G4BA 3AYQA 4RLNA 3FI7A 3W6CA 1L79A 1LZBA 1C6FA 3DN4A 119LA 3GUJA 3HDEA 2Z18A 2B72A 4DYGA 2YSSC 3DMXA 1IP1A 4ARJA 2Z38A 111LA 1CV5A 1JIYA 1L83A 135LA 1OVJA 232LA 4BADA 1YL0X 1L24A 1LSGA 3GUMA 1G7LC 1C69A 4KT3A 1TBYA 1UIBA 1REXA 240LA 3C8QA 3DN6A 1YL1X 1GFAA 1CJ9A 3UONA 2ZIJA 1NQIA 1A2YC 2Z2EA 4I7PA 4OWAA 1LPIA 4NGLA 1JTNA 1RI8B 1HENA 1QDTA 1CNSA 4WL6A 4XADA 226LA 4KXIA 1QT7A 3NYAA 4EJ4A 4ARQB 238LA 216LA 1NMMA 1L0KA 1DQJC 1CJ7A 4PPOA 3WUMA 4XJDA 4KPMA 3NY8A 1KIRC 1VDPA 1C60A 1LYYA 4XENA 231LA 3HBHA 2HEAA 4HPIA 1LJIA 3HT7A 4ETDA 4GN4A 2Q9DA 1LHKA 1IVMA 1IR7A 2HUKA 1GE1A 5IDDA 4H8YA 5HLLA 2RBPA 3B0KA 1KY1A 1L19A 125LA 1QT4A 1P2CC 5L3HA 4C5FA 5DN5A 1BB3A 3NY9A 222LA 1OQMA 1LSYA 3A94A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UCO A;  5LYT A;  5M1Y A;  1L29 A;  164L A;  189L A;  5JEN B;  4CFP A;  2BQG A;  3AJN A;  1YRO A;  1PQO A;  2LYZ A;  1L13 A;  2DQG Y;  1C67 A;  2N5Z A;  4NHP A;  2DQE Y;  2I26 L;  2ZNW Y;  2F47 A;  4QGZ A;  4ZEE A;  1L02 A;  1JHL A;  2XBS A;  3GXK A;  4LT1 A;  3MGW A;  5APC A;  4IAT A;  4QY9 A;  3E3D A;  1L12 A;  1C6A A;  1C6C A;  1GFG A;  3GUN A;  4GN3 A;  152L A;  3RW8 A;  5FST A;  168L A;  4LZM A;  2RAY X;  1LHJ A;  1LGU A;  1L20 A;  3PDS A;  1KS3 A;  1QS9 A;  1YAQ A;  131L A;  1VAU A;  1HHL A;  4TSC A;  1GF4 A;  1CV6 A;  3SN6 R;  2DQF C;  1HMK A;  4GCB A;  2LHM A;  2Z39 A;  4H8Z A;  1QS5 A;  3SB9 A;  5I4X A;  1L66 A;  5B05 A;  173L A;  4GLV A;  4Z46 A;  4NHS A;  149L A;  1QUS A;  2B6W A;  2B73 A;  2MEB A;  4CGE A;  1F6S A;  1LJK A;  1QUD A;  1LJN A;  3HUK A;  2W1Y A;  1L68 A;  1JEF A;  3OK0 A;  2LYO A;  3HBD A;  1I20 A;  3TXJ A;  3QAK A;  3B6L A;  1B7S A;  2ZQ4 A;  1LJE A;  3CQL A;  1XEK A;  171L A;  1H87 A;  1PQD A;  1MLC E;  4W56 A;  1LHM A;  1G0K A;  1GB0 A;  1LMQ A;  1O23 A;  1LGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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