1KW5A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kw5A00
1NHBA 4S0WA 1L89A 131LA 4YXCA 3HU9A 182LA 1L40A 1DYAA 3C81A 4ARQB 1C6TA 2B6YA 3SB5A 176LA 1L56A 174LA 1L98A 3GULA 1LWKA 1ZYTA 1DYBA 220LA 1LYDA 1QUOA 167LA 1L76A 1KW5A 201LA 3HH3A 223LA 115LA 3GUPA 1G0KA 1C6IA 1P5CA 1CUPA 3C7YA 3C7ZA 155LA 1QSBA 1L31A 3HUAA 1KS3A 3C7WA 2ANXA 3DMVA 1L54A 3HUQA 1L96A 3GUMA 1SSWA 3F8VA 206LA 1C60A 122LA 1C68A 1L74A 1L92A 4I7TA 212LA 1L67A 1L12A 1L35A 109LA 3VW7A 3DN8A 3FA0A 1C6NA 2F2QA 3GUOA 3FADA 4I7PA 2B6WA 3G3WA 1L09A 228LA 2OE4X 1C69A 2OU0X 1LPYA 139LA 1QUDA 1CU0A 3HH6A 2OU8A 3OE9A 3OE0A 1L48A 4GBRB 1L90A 1L37A 1C62A 1P2RA 1LLHA 192LA 1L42A 4EKQA 166LA 1D2WA 4W54A 215LA 1LW9A 253LA 1PQDA 3SB7A 1L11A 1L20A 251LA 3L2XA 1L27A 180LA 1C6BA 142LA 3SN6R 1C6JA 3HTGA 1LI2A 1OWYA 2B75A 1T6HA 5LZMA 1L65A 2NTGA 3ODUA 6LZMA 1L00A 213LA 3HTDA 1L0KA 259LA 256LA 1L97A 1L95A 2HULA 1L08A 1CUQA 1L77A 1L62A 118LA 171LA 189LA 2OEAX 1PQMA 3DN2A 138LA 137LA 1L45A 1D3MA 4W59A 4DKLA 4YX7C 1L80A 1L70A 1LYIA 1L69A 1CVKA 1QTVA 200LA 3C8RA 4W57A 4ARMB 247LA 1B6IA 183LA 1KNIA 120LA 191LA 1G0MA 147LA 1TLAA 190LA 3HUKA 3CDRA 2OE9X 3NY9A 221LA 4LDOA 1SWYA 1JTNA 1ZWNA 3SB9A 1CV3A 159LA 2O7AA 187LA 1CV0A 1L43A 4IAPA 3HWLA 7LZMA 2RBSA 219LA 3RUNA 1L04A 1XJUA 1L83A 1QT6A 3SB6A 4OO9A 151LA 241LA 1OV5A 1JQUA 1D9WA 1L73A 1QTHA 1L72A 1CU3A 255LA 2RAYX 239LA 1L50A 3QAKA 2B6TA 261LA 2B70A 2Q9DA 250LA 237LA 210LA 1D2YA 236LA 1P37A 1C6PA 168LA 1CV1A 1L59A 1C64A 4I7OA 1C63A 1G07A 1QS5A 158LA 231LA 1LYFA 254LA 1D3FA 1ZURA 1OYUA 1QUHA 172LA 1PQOA 229LA 2RB2X 2RBNA 1L91A 209LA 1L93A 1OVKA 4I7QA 2RBRA 1L41A 119LA 1SX2A 1QUGA 1C6FA 3OE8A 2CUUA 1L58A 242LA 3HH5A 1T8AA 4I7SA 3HH4A 218LA 1L22A 1LGWA 4PJZA 4W52A 1DYCA 1L71A 249LA 1OV7A 3DN3A 162LA 1QTCA 4YXAC 2HUMA 3HTBA 4PK0A 1QTZA 126LA 1C6EA 1QT8A 2IGCA 4DAJA 156LA 3C8SA 1CV6A 3NYAA 3GUNA 1L13A 1L79A 1CTWA 1C6CA 1G1WA 4ARJA 1L24A 129LA 1KW7A 199LA 1EPYA 1LYEA 1L32A 114LA 1PQKA 3HT8A 1KY0A 1SX7A 222LA 2LZMA 104LA 198LA 184LA 1L57A 3GUIA 1L84A 1L46A 1PQJA 1P2LA 1OWZA 113LA 145LA 170LA 4I7JA 1P3NA 2F47A 1K28A 1L68A 4EXMA 2RBQA 2O4WA 1QSQA 257LA 1L94A 1L82A 217LA 196LA 243LA 2RBPA 186LA 258LA 2B7XA 3HU8A 1G0PA 1C6KA 1T8GA 160LA 141LA 216LA 2QARC 127LA 1G0GA 1T97A 1L17A 4W53A 1C6MA 1G0LA 1L55A 3DKEX 3CDVA 1DYDA 2RB1X 4I7LA 1L33A 1LWGA 2HUKA 4EPFA 1C65A 1DYGA 1L51A 2RAZX 3LZMA 3SBBC 181LA 1L64A 3DN0A 3CDQA 3C80A 157LA 1LYHA 226LA 3C8QA 3HDEA 1I6SA 245LA 1L18A 244LA 3C82A 112LA 3GUKA 3G3XA 252LA 4W51A 3V2YA 2NTHA 3PBLA 1LYJA 1P56A 3SB8A 1L87A 2F32A 2B72A 2OTYX 1XEPA 1WTHA 4EJ4A 1PQIA 4E97A 234LA 169LA 161LA 4I7RA 1C6LA 4W55A 1G06A 4ARQA 125LA 1QT3A 1D3JA 1L23A 5I14A 1L63A 1C66A 4AQNA 1CV5A 1L60A 3DN6A 1L29A 4EPIA 233LA 4GRVA 146LA 1L02A 1L15A 1C6HA 3SBAA 2B73A 4EKRA 4ZPUA 230LA 1L85A 3F9LA 205LA 1L01A 1SWZA 1G0QA 1L61A 3HT7A 103LA 1QS9A 4DJHA 177LA 1L0JA 4I7NA 4EKPA 1LI6A 2O79A 110LA 4LDEA 1L52A 3EMLA 1L44A 128LA 224LA 1L49A 1DYFA 4I7KA 3PDSA 1L10A 4W58A 1D3NA 1CU2A 2ANVA 3D4SA 3RZEA 188LA 1L36A 3K2RA 195LA 1CV4A 262LA 173LA 3UONA 175LA 1L06A 3CDTA 1L53A 185LA 1CU6A 227LA 1P64A 1L66A 163LA 1L39A 1C6DA 1L21A 1OVJA 102LA 1OVHA 3DN4A 1JTMA 3HT9A 3NY8A 1CX7A 1QT4A 1G1VA 148LE 1L88A 1L19A 1SSYA 3OE6A 2QB0B 3GUJA 123LA 143LA 1C6QA 4LZMA 1QTDA 2RH1A 211LA 1L07A 4W56A 3JR6A 238LA 1CU5A 1L75A 232LA 1C67A 1QTBA 2LC9A 1L05A 197LA 178LA 225LA 3C83A 4ARLA 1L26A 3L64A 111LA 3DMZA 1XJTA 260LA 1QT5A 4K5YA 165LA 3HT6A 152LA 1L03A 1G0JA 4ARPA 130LA 2A4TA 2B6XA 2OE7X 1L47A 108LA 1C61A 1C6AA 1CX6A 1L28A 2RBOA 3G3VA 2LCBA 2RB0X 1P46A 1L30A 1DYEA 1L34A 3HDFA 1L25A 2Z6BA 1L86A 3FI5A 1L14A 1LGXA 1QT7A 2B6ZA 150LA 140LA 1LGUA 214LA 4ARMA 1L99A 1KY1A 1P36A 1L16A 1LI3A 1P7SA 4EKSA 164LA 2Q9EA 107LA 2L78A 1T8FA 3DMXA 3DN1A 2OTZX 4LDLA 1L38A 4I7MA 2OU9A 248LA 1C6GA 3DNAA 246LA 235LA 2B74A 3HTFA 149LA 144LA 1L81A 1LYGA 240LA 1P6YA 3V2WA 3CDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B5ZA 1GFEA 131LA 4NHIA 4YXCA 1IWTA 3LYMA 1DYAA 1WQMA 4ARQB 132LA 3IJVA 1L56A 4DQJA 2DQCY 3GULA 1ZYTA 4U3XB 4H90A 3QY4A 1XGTC 1GB3A 5LVJA 1LYDA 2DKVA 1RJCB 3HH3A 223LA 2HEAA 2ZNXY 115LA 3GUPA 1LZEA 1WTNA 2A7FA 1CUPA 4ZIXA 1DI3A 1FDLY 1KS3A 1VDSA 3C7WA 4J0LA 5KXZA 1OP9B 1L96A 2HU1A 4XJDA 5FDJA 1D6PA 1HFXA 1L74A 1L92A 1L12A 4WG1A 109LA 3VW7A 1NQIA 1RCMA 1UIFA 1NBZC 3FADA 1UACY 4DD9A 1OUFA 1L09A 1JTPL 5II3A 3AGHA 1LPYA 139LA 1FKQA 4ZFPA 4OW1A 2W1LA 3OE9A 3EXDA 1L48A 4FDYA 1GBOA 1JEFA 4EKQA 1GBZA 134LA 1IP6A 1REYA 1PQDA 3SB7A 3IWRA 5K7OA 4J1AA 1L27A 180LA 2Q0MX 4Z3MA 3J4GA 1JJ3A 3HTGA 1L65A 3BKVA 4M4OA 6LZMA 1G7JC 1IWYA 213LA 3TXGA 1L0KA 1L97A 3WU8A 1LMAA 2CGIA 4IJ4A 1CUQA 5KXXA 5I4YA 3DN2A 1L45A 4DKLA 1P2CC 1BB6A 1CVKA 4B4IA 3C8RA 1GFAA 2BQLA 1TBYA 2I6ZA 4W57A 4ARMB 3CT5A 3N9CA 1IOCA 1AZFA 1LSPA 147LA 3M18B 2BPUA 1B5YA 4II8A 3HUKA 3CDRA 1OUJA 1SWYA 1CV3A 159LA 2O7AA 2CJLA 4RW2A 4N5RA 7LZMA 2RBSA 1XJUA 1L83A 1IP2A 1CNSA 4NSJA 4OO9A 5F14A 2HTXA 1OV5A 5DL9A 1QTHA 4RW1A 255LA 5LVKA 2B70A 237LA 1LJNA 1D2YA 2DQFC 1CV1A 3TXKA 1QUTA 1IWUA 1C63A 1G07A 1HEQA 158LA 4WLTA 1QQYA 3D3DA 1B7QA 1J1PY 1D3FA 3T6UA 172LA 4ZEEA 2DQIY 5B07A 3QNGA 4NHQA 3N9AA 8LYZA 2RB2X 1B2KA 1C7PA 5LA5A 2RBNA 209LA 1OVKA 1XEIA 4WL7A 5LAGA 3D9AC 1JKAA 1SX2A 1C10A 1QUGA 3ATNA 1IY4A 4H94A 3HH5A 3WPKA 2BQCA 4W52A 1BWHA 1B7SA 1WVVA 2DQGY 1YQVY 5L3IA 2HUMA 1AKIA 1LSCA 1QTZA 2FYCA 3RT5X 4DAJA 156LA 5EBHA 4PRQA 1IORA 1L13A 193LA 4HTQA 4B0DA 5C6JA 1G1WA 4ARJA 1B7OA 129LA 4GN4A 1UIDA 114LA 1GB8A 1OUAA 222LA 198LA 1J1OY 3HFMY 1OWZA 113LA 2G4QA 1LSDA 4I8SA 5T3FA 3MGWA 4I7JA 1P3NA 2BLYA 2F47A 1MELL 1L68A 2RBQA 1L82A 217LA 2RBPA 3J6KA 1ALCA 4TUNA 2HU3A 4UWUA 216LA 1G0GA 3A90A 1T97A 1G0LA 1A4VA 1KXWA 2MEDA 6LYTA 4ETEA 5KXRA 1LZ4A 3CDVA 4N1EI 1LZTA 1L33A 2HUKA 4EPFA 1KXXA 3LYOA 133LA 5F81A 3SP3A 2RAZX 4LT0A 181LA 5KXNA 5FCPA 1GF6A 226LA 3A96A 1W08A 1YAOA 3KAMA 4PJ2C 2BQHA 112LA 4XJBA 1IC4Y 3A6CY 3G3XA 1IVMA 3A91A 5DN5A 2F32A 3P65A 1UIHA 234LA 3CT1A 169LA 161LA 2EIZC 1LSFA 3AW6A 125LA 1D3JA 1L23A 5I14A 4HJVA 2G4PA 1C66A 1JHLA 2H9KA 4G4HA 1IOQA 4ETDA 1IP4A 1G7IC 4H93A 4ZPUA 3F9LA 5DN4A 1L61A 3HT7A 1LYZA 4GCFA 177LA 4EKPA 1LI6A 1XEJA 2YBHA 4LDEA 1ZV5L 1GB2A 1GBSA 1DYFA 1L49A 3A6BY 3RW8A 3PDSA 4Z41A 1D3NA 5HMJA 3P64A 1WQPA 195LA 1CV4A 262LA 3CDTA 1L53A 227LA 1CU6A 4QEQA 2BQAA 2BQMA 2EQLA 1L21A 4YOPA 1OVJA 4MCKA 102LA 5A3ZA 3DN4A 1JTMA 3HT9A 5APEA 5IHGA 5ILCA 3GUJA 123LA 4CFOA 1QTDA 3JR6A 3CB7A 1QTBA 1IWWA 2LC9A 178LA 1LJ4A 5KJ9A 225LA 4TSBA 3C83A 3L64A 1GF0A 3DMZA 260LA 1OUBA 1UICA 1T3PA 1LSBA 135LA 2B6XA 1DPWA 1L47A 108LA 1C6AA 4XJFA 1L28A 2RB0X 1HF4A 1G7MC 1VEDA 2B6ZA 2ZNWY 2EKSC 140LA 214LA 3W3EA 1I1ZA 1KY1A 4H8XA 1LI3A 3LYTA 4OWCA 5LXWA 3F6ZA 3WUNA 3B0OA 1JUGA 4HP0A 1LMQA 1LZGA 4Z98A 1LJEA 4MR1A 4HV1A 246LA 2MEEA 3P68A 1JTTL 3HTFA 4HPEA 1IO5A 1RE2A 4XADA 4N1CC 4M6DA 3V2WA 1L89A 1L40A 3WH1A 2CDSA 4J1BA 4EOFA 4H9CA 7LYZA 176LA 1GFUA 2WARA 1BB4A 5IELA 1DYBA 1BB5A 3TXBA 1QUOA 167LA 5LIOA 3B72A 5B1GA 207LA 1GF5A 1LMNA 4ET8A 4WMGA 9LYZA 1C6IA 5LA8A 3C7ZA 1L31A 3DMVA 1L54A 1UIBA 1SSWA 2LYOA 3F8VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B5Z A;  1GFE A;  131L A;  4NHI A;  4YXC A;  1IWT A;  3LYM A;  1DYA A;  1WQM A;  4ARQ B;  132L A;  3IJV A;  1L56 A;  4DQJ A;  2DQC Y;  3GUL A;  1ZYT A;  4U3X B;  4H90 A;  3QY4 A;  1XGT C;  1GB3 A;  5LVJ A;  1LYD A;  2DKV A;  1RJC B;  3HH3 A;  223L A;  2HEA A;  2ZNX Y;  115L A;  3GUP A;  1LZE A;  1WTN A;  2A7F A;  1CUP A;  4ZIX A;  1DI3 A;  1FDL Y;  1KS3 A;  1VDS A;  3C7W A;  4J0L A;  5KXZ A;  1OP9 B;  1L96 A;  2HU1 A;  4XJD A;  5FDJ A;  1D6P A;  1HFX A;  1L74 A;  1L92 A;  1L12 A;  4WG1 A;  109L A;  3VW7 A;  1NQI A;  1RCM A;  1UIF A;  1NBZ C;  3FAD A;  1UAC Y;  4DD9 A;  1OUF A;  1L09 A;  1JTP L;  5II3 A;  3AGH A;  1LPY A;  139L A;  1FKQ A;  4ZFP A;  4OW1 A;  2W1L A;  3OE9 A;  3EXD A;  1L48 A;  4FDY A;  1GBO A;  1JEF A;  4EKQ A;  1GBZ A;  134L A;  1IP6 A;  1REY A;  1PQD A;  3SB7 A;  3IWR A;  5K7O A;  4J1A A;  1L27 A;  180L A;  2Q0M X;  4Z3M A;  3J4G A;  1JJ3 A;  3HTG A;  1L65 A;  3BKV A;  4M4O A;  6LZM A;  1G7J C;  1IWY A;  213L A;  3TXG A;  1L0K A;  1L97 A;  3WU8 A;  1LMA A;  2CGI A;  4IJ4 A; 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