1KY1A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ky1A00
1KY0A 4ARQA 2B73A 1L69A 4PJZA 1L45A 1PQOA 2NTGA 3C8QA 1D2YA 1LI6A 3C80A 185LA 1P3NA 2B6YA 3DN6A 221LA 3SN6R 1QTDA 1PQMA 108LA 1L59A 4I7NA 127LA 114LA 1L98A 227LA 1G0KA 219LA 166LA 3HDEA 1L24A 3GUMA 1T8GA 1CU5A 1L88A 1LGWA 191LA 1P2RA 129LA 1CV6A 1QT3A 2RAZX 3DKEX 142LA 1L35A 3DN0A 1L71A 1PQIA 1L19A 226LA 170LA 3VW7A 3GUOA 189LA 1L80A 141LA 2B75A 196LA 1P7SA 1L13A 3GULA 3HUAA 1QSBA 2OEAX 156LA 3FADA 1L34A 262LA 4YX7C 1G0JA 1L57A 4YXCA 1L46A 1P2LA 1C6HA 126LA 1CX6A 3HUKA 163LA 1L36A 1L63A 1L70A 1L27A 118LA 3GUJA 1DYBA 2F47A 1L23A 1L76A 2HUMA 1L02A 1L18A 1C66A 4W54A 4ARLA 1L50A 4W56A 259LA 4W55A 1LYFA 2A4TA 1CUQA 3HTBA 242LA 1D2WA 3HH6A 171LA 1SX2A 1C6QA 3SB9A 1G1WA 1OVHA 252LA 244LA 4I7KA 7LZMA 3HH5A 2O4WA 3L2XA 239LA 1QTZA 1LYDA 1KW5A 197LA 1L29A 236LA 199LA 200LA 1T8AA 3HUQA 1G0GA 172LA 1QTVA 1L81A 2RBPA 3PBLA 3HT7A 4LDLA 1L12A 1C63A 1L93A 1LW9A 2RBQA 4LZMA 206LA 247LA 103LA 3G3XA 1L56A 1QSQA 2ANVA 4EKRA 2LCBA 1P64A 123LA 155LA 1L67A 5LZMA 1L84A 4LDEA 1B6IA 2F2QA 1L83A 234LA 3HH3A 1L0KA 175LA 6LZMA 3SBAA 2RB2X 3V2YA 1CV1A 2OU9A 258LA 213LA 2B6XA 2OTZX 1LGUA 4E97A 1C61A 4AQNA 1L25A 2B74A 1LWGA 1CV0A 4GBRB 246LA 1DYEA 1QUOA 4W53A 3C83A 1DYFA 1QUHA 261LA 1C6AA 1LYIA 4EKSA 3L64A 1QS5A 1C67A 174LA 1L89A 250LA 212LA 1L68A 5I14A 1JTNA 2OE4X 2RAYX 3HTGA 1L08A 254LA 1OVKA 3DN1A 4I7MA 3OE9A 230LA 1CUPA 4W57A 2RBRA 4W52A 1L94A 1L44A 3HTFA 1CU3A 225LA 173LA 1L97A 1OV7A 4I7TA 144LA 1L74A 248LA 110LA 1L61A 1SSYA 1G0PA 1L66A 3SB7A 1DYDA 4ARJA 1L62A 1L26A 1C6DA 1L14A 1DYAA 165LA 188LA 224LA 3C7YA 3F9LA 4I7RA 3CDRA 1QUGA 201LA 228LA 243LA 1L06A 3QAKA 3CDOA 1C62A 1L99A 3OE6A 1L10A 2OTYX 4EKQA 222LA 143LA 1L42A 1P37A 115LA 152LA 1OVJA 177LA 3HU9A 4GRVA 1PQJA 3CDQA 4EJ4A 181LA 2B7XA 1C69A 1CV5A 251LA 1C6FA 1LYGA 3C82A 4DKLA 162LA 3D4SA 1L15A 1CV3A 1SSWA 1QUDA 1L0JA 1PQKA 1L20A 1L54A 1ZYTA 3GUIA 1L82A 1L30A 1L01A 1NHBA 2B6TA 241LA 3ODUA 260LA 1L00A 131LA 4I7JA 4DJHA 1KNIA 4EKPA 3HWLA 139LA 2RB1X 1C6LA 232LA 231LA 253LA 3F8VA 130LA 4S0WA 4W51A 167LA 2NTHA 190LA 1L05A 176LA 3SB8A 3SBBC 187LA 1OWZA 1G1VA 1CU0A 1JTMA 157LA 107LA 233LA 1ZURA 3C8RA 3SB6A 211LA 235LA 2O7AA 1L58A 1L09A 2ANXA 1G06A 1L40A 2B6WA 3GUKA 2QARC 1DYCA 1C6CA 1P46A 4I7LA 1CV4A 1LI3A 1LPYA 102LA 1WTHA 3LZMA 3V2WA 1KS3A 1LYHA 3NY9A 2B70A 1SWZA 1ZWNA 4W58A 182LA 4ARMB 164LA 1QT8A 1L37A 1L87A 4OO9A 3C8SA 3UONA 111LA 1SWYA 4I7SA 1P5CA 1P6YA 161LA 1D9WA 1C6IA 1CTWA 1L90A 1QTBA 112LA 1T6HA 1C6JA 1L85A 249LA 3G3VA 2HULA 3HT8A 3PDSA 1L41A 1OV5A 1LGXA 1P36A 3SB5A 216LA 1T8FA 3NYAA 150LA 3CDTA 125LA 1KW7A 4DAJA 1L75A 138LA 169LA 1L43A 3RUNA 4W59A 192LA 1C65A 1L64A 2B72A 1G0LA 1L92A 1L38A 3C81A 1L31A 1C6GA 1D3JA 1KY1A 1JQUA 1QT4A 256LA 2RBSA 3HDFA 1L22A 1C6EA 2RBOA 1LLHA 2HUKA 149LA 2IGCA 183LA 4ARMA 1C6PA 1L07A 3GUPA 168LA 1QT7A 2Z6BA 1C68A 217LA 1L79A 1QT6A 2LC9A 180LA 220LA 3DN3A 151LA 2RBNA 122LA 205LA 3CDVA 3NY8A 1QS9A 198LA 4K5YA 186LA 4I7QA 1K28A 1TLAA 3HH4A 3DMVA 2O79A 1C6KA 1XJTA 3C7WA 1L52A 240LA 1D3MA 4PK0A 3HT9A 160LA 1T97A 159LA 1L47A 2F32A 1LI2A 1LYEA 2RH1A 1C64A 2OU8A 2Q9EA 1C6TA 1L73A 2QB0B 1L28A 3DN8A 1CX7A 4ARPA 4YXAC 1L17A 1D3FA 184LA 210LA 148LE 215LA 1I6SA 1L77A 229LA 1XJUA 1L91A 1SX7A 140LA 1L33A 3OE8A 2RB0X 1P56A 1EPYA 1L21A 1C6NA 4LDOA 120LA 255LA 4IAPA 4EPIA 1CVKA 214LA 3DNAA 1LWKA 245LA 128LA 2OE7X 158LA 3K2RA 147LA 178LA 1L96A 1L53A 1PQDA 137LA 1CU2A 195LA 1L72A 4I7PA 1L95A 3DN4A 3RZEA 4ARQB 1G0QA 4EXMA 145LA 4I7OA 1L03A 1L86A 2OE9X 1DYGA 4ZPUA 237LA 1L65A 2LZMA 3DMXA 2Q9DA 238LA 257LA 1L04A 1C6BA 3GUNA 3HT6A 1L51A 113LA 1G07A 1L60A 1CU6A 1OWYA 1L39A 223LA 3HTDA 1LYJA 4EPFA 1L49A 3HU8A 2CUUA 2OU0X 1XEPA 3DMZA 1L16A 119LA 1G0MA 1L11A 218LA 1L48A 3DN2A 2B6ZA 2L78A 3C7ZA 1C60A 1QTCA 1D3NA 3EMLA 1OYUA 3FA0A 3G3WA 1QTHA 104LA 1C6MA 1L55A 3FI5A 209LA 146LA 109LA 1QT5A 3OE0A 1L32A 3JR6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM5A 1KY0A 2BLYA 4KXIA 3C8QA 2I26L 221LA 1LHIA 1LZ5A 1QTDA 1PQMA 227LA 3FI7A 1L24A 1UIDA 1GBZA 1GFUA 1L88A 1WTMA 4WLTA 1DI4A 3CT5A 142LA 3DN0A 1PQIA 2CJLA 170LA 4D9ZA 3VW7A 3GUOA 4NSIA 189LA 1GB0A 1LJEA 141LA 2FYCA 1L13A 3GULA 2W1LA 3G3AB 156LA 5LAGA 1L34A 3K3TA 4H9EA 1L57A 4YXCA 1L46A 1LZBA 1L36A 1L63A 3GUJA 1D9UA 1L23A 3B6LA 1L18A 4W54A 1CJ6A 2IHLA 4W56A 4W55A 3A6CY 1B5XA 3HH6A 1SX2A 1VDPA 3RZ4A 4LFXA 252LA 1LKSA 1TCYA 4IJ4A 3L2XA 1LJKA 4NSJA 3B0KA 3T6UA 236LA 200LA 1QTVA 4CFOA 1L81A 3PBLA 1B5WA 4B4EA 4LZMA 3AZ6A 1LYYA 4WO6A 4PRQA 1LSEA 1QSQA 2ANVA 4EKRA 4PRUA 1GFHA 4LDEA 1B6IA 1L0KA 1GB7A 4KL7A 6LZMA 3SBAA 1LZ1A 2I25L 1REMA 1GBWA 3W6DA 1CV1A 4ZIXA 2OU9A 4E97A 1LGUA 1KXYA 1GFKA 1UC0A 1RE2A 3IJUA 1DYEA 1C43A 3QE8A 1LSBA 3C83A 1QUHA 261LA 4EKSA 3L64A 1LPIA 1JTNA 2OE4X 2MEDA 4YM8A 5ILFA 1JSFA 1C46A 3OE9A 5B06A 1GE2A 2RBRA 4W52A 4WLDA 1W6ZA 3HTFA 3BKVA 1WQMA 144LA 110LA 5AMYA 3SB7A 4ARJA 4NSHA 2ZWBA 4Z41A 3A91A 1QIOA 4H9IA 165LA 1DXJA 1GDXA 4TTDA 3CDRA 201LA 243LA 1GB3A 1L06A 1L99A 3OE6A 1HEWA 4WOAA 1IR9A 1GB9A 3P65A 115LA 2MEGA 2HU3A 5EBHA 5FELA 4WM4A 4GRVA 1INUA 4HTKA 1OUEA 4NWHA 5E4PA 4EJ4A 4H9FA 181LA 4FDYA 2B7XA 1C69A 1JJ3A 1C6FA 3C82A 4NGOA 1LZ9A 1L15A 1SSWA 2D6BA 1QUDA 1AZFA 4C3WA 3GUIA 1L30A 3B0OA 1WQPA 1VDSA 5DL9A 3HWLA 2RB1X 1C6LA 1JSEA 130LA 167LA 190LA 1GFVA 2BQAA 2F30A 1YKXX 4GN3A 1F0WA 187LA 1CU0A 4WM6A 3TMWA 1DI5A 1L09A 1OQMA 2B6WA 3GUKA 2BQGA 4LYZA 2HEEA 1QTKA 3WU7A 102LA 5I54A 1JTOL 4HV2A 1ZVYB 1LSYA 1UIEA 3NY9A 4WLYA 2EIZC 3W6AA 4HPIA 182LA 4OO9A 3W3EA 2W1YA 1B7PA 1SWYA 2BAAA 2D4JA 5L9JA 1HFYA 3G3VA 112LA 1T6HA 249LA 4MCKA 1JJ0A 2HULA 4W94A 1L41A 1LZEA 4RLMA 216LA 3NYAA 125LA 4DAJA 3RT5X 1FLYA 3ZEKA 169LA 4N8ZA 4W59A 192LA 2MEBA 2H9JA 1C65A 1BB3A 1L64A 2MEIA 2DQDY 3TMVA 5II3A 2XQOA 1L31A 1C6GA 1JQUA 256LA 3WU8A 168LA 1QT7A 5LXWA 1C68A 3VWOA 2MEHA 4NHQA 180LA 2Z18A 4H91A 205LA 2MEFA 3CDVA 1QS9A 1TBYA 3NY8A 198LA 5B1GA 1J1XY 3WPKA 1FLWA 4M6DA 1C6KA 1HC0A 3C7WA 1IWZA 1IIZA 240LA 4PK0A 4TSCA 4Z46A 3A67Y 2X0AA 1GBXA 1T97A 4HPEA 1L47A 2D4IA 2Q9EA 4NWEA 4H8YA 1C6TA 2QB0B 4TUNA 4OWAA 4H8XA 4ARPA 1H6MA 4OW1A 4A7DA 4FJRA 1LMQA 1D3FA 1A2YC 148LE 215LA 1I6SA 1QUTA 1XJUA 2WARA 1L91A 3WUNA 3CT0A 1LZYA 3OE8A 1JKCA 2W1MA 2Z2FA 4LDOA 1HFXA 1WTNA 4RW1A 3WYHA 3TXDA 3DNAA 245LA 1OUCA 147LA 4J1AA 2CDSA 178LA 1L96A 4U3XB 1L53A 4LT0A 5FHWA 2DQAA 3DN4A 4EXMA 1G0QA 1B7OA 4I7OA 1GFJA 2HEBA 1L86A 4G4BA 2OE9X 4ZPUA 238LA 257LA 2HU1A 1OUAA 1L51A 2XTHA 113LA 4P2EA 1OWYA 1LZAA 1WVVA 2GV0A 4EPFA 1IOTA 1JIYA 4LYMA 3TXHA 1IEEA 1XFPL 3DN2A 1YL0X 4CFPA 2L78A 3C7ZA 1OUJA 2Z2EA 1LMCA 4J7VA 5KXLA 1C6MA 209LA 1QT5A 4HTNA 3B72A 3A96A 1BB5A 1V7SA 2YDGA 2B73A 1G7IC 1PQOA 4QY9A 3C80A 3DN6A 4Z98A 1LSPA 2HEDA 127LA 114LA 132LA 1L98A 1LSNA 3J4GA 3HDEA 1EQ5A 4HSFA 1LSFA 3T36A 1CV6A 2RAZX 2BQKA 9LYZA 4II8A 1L19A 226LA 1JJ1A 1C7PA 1AKIA 5C6JA 2ZQ3A 4I8SA 1GFAA 2B75A 4GLAA 3HUAA 3W6EA 2OEAX 1I20A 1HMKA 1P2LA 1C6HA 3BKHA 1JISA 1QTEA 1L27A 1DYBA 2ZILA 2BLXA 1GXXA 3WULA 1L76A 5KXXA 1C66A 2DQHY 259LA 1CUQA 1D2WA 4R0FA 4OWCA 2CGIA 1C6QA 4ANRA 1G1WA 2HUBA 244LA 3CB7A 2ZYPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WM5 A;  1KY0 A;  2BLY A;  4KXI A;  3C8Q A;  2I26 L;  221L A;  1LHI A;  1LZ5 A;  1QTD A;  1PQM A;  227L A;  3FI7 A;  1L24 A;  1UID A;  1GBZ A;  1GFU A;  1L88 A;  1WTM A;  4WLT A;  1DI4 A;  3CT5 A;  142L A;  3DN0 A;  1PQI A;  2CJL A;  170L A;  4D9Z A;  3VW7 A;  3GUO A;  4NSI A;  189L A;  1GB0 A;  1LJE A;  141L A;  2FYC A;  1L13 A;  3GUL A;  2W1L A;  3G3A B;  156L A;  5LAG A;  1L34 A;  3K3T A;  4H9E A;  1L57 A;  4YXC A;  1L46 A;  1LZB A;  1L36 A;  1L63 A;  3GUJ A;  1D9U A;  1L23 A;  3B6L A;  1L18 A;  4W54 A;  1CJ6 A;  2IHL A;  4W56 A;  4W55 A;  3A6C Y;  1B5X A;  3HH6 A;  1SX2 A;  1VDP A;  3RZ4 A;  4LFX A;  252L A;  1LKS A;  1TCY A;  4IJ4 A;  3L2X A;  1LJK A;  4NSJ A;  3B0K A;  3T6U A;  236L A;  200L A;  1QTV A;  4CFO A;  1L81 A;  3PBL A;  1B5W A;  4B4E A;  4LZM A;  3AZ6 A;  1LYY A;  4WO6 A;  4PRQ A;  1LSE A;  1QSQ A;  2ANV A;  4EKR A;  4PRU A;  1GFH A;  4LDE A;  1B6I A;  1L0K A;  1GB7 A;  4KL7 A;  6LZM A;  3SBA A;  1LZ1 A;  2I25 L;  1REM A;  1GBW A;  3W6D A;  1CV1 A;  4ZIX A;  2OU9 A;  4E97 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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