1KY1A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ky1A00
2OTYX 1L02A 173LA 1KW5A 1CU2A 144LA 1L59A 2B6TA 2Q9DA 3CDVA 184LA 1OYUA 3GUNA 1SWYA 2RBRA 2B73A 3OE6A 178LA 3FA0A 145LA 1G0GA 1QT6A 1C6JA 4W56A 1CX6A 1T6HA 262LA 3D4SA 3SBBC 192LA 1C61A 3V2WA 183LA 4W54A 1DYEA 1C6IA 4DKLA 3FADA 164LA 1C6HA 1C6PA 1LYGA 3HH6A 1C62A 1G0JA 2Q9EA 3HT9A 1L15A 1L38A 4W55A 1L0JA 1XJUA 3C8RA 4ZPUA 3DN0A 1CV3A 4ARMB 1C6DA 1G06A 248LA 1PQMA 240LA 1C6LA 215LA 3HU8A 187LA 2A4TA 2RAZX 3OE0A 104LA 243LA 1P37A 1L03A 2B72A 151LA 113LA 1OV5A 5LZMA 175LA 4IAPA 225LA 1DYBA 241LA 123LA 3C83A 195LA 4W57A 258LA 2B6XA 2B6YA 103LA 1L96A 4EPFA 3F9LA 130LA 3DNAA 1L72A 261LA 4I7LA 1L89A 1D2WA 148LE 1QT8A 252LA 1L75A 4I7TA 1L21A 2ANVA 180LA 233LA 1G0PA 213LA 1C60A 1L85A 1LI6A 1L30A 2RB1X 245LA 1CU6A 110LA 155LA 3L64A 227LA 1C6TA 1PQIA 3C8SA 1L84A 2LC9A 3GUMA 2RBQA 2RBSA 1C6GA 2RAYX 1L92A 3HDEA 1DYCA 3VW7A 251LA 1L44A 3RUNA 115LA 1C66A 3NY8A 2QB0B 4I7SA 3HH4A 1CV4A 1QT4A 2NTHA 4YX7C 1L68A 149LA 2OE4X 3DN1A 3HH3A 1CUPA 1PQJA 3HU9A 1L45A 2F32A 1DYAA 157LA 1L82A 3CDOA 4YXCA 1C64A 1L06A 1L34A 1CV6A 1EPYA 230LA 2LCBA 1CV0A 158LA 1SX7A 4ARJA 4I7PA 191LA 3HUKA 3G3WA 1G1WA 1L10A 1XJTA 6LZMA 1L14A 3DKEX 1C69A 254LA 174LA 1G1VA 1L54A 3CDRA 259LA 1L19A 2CUUA 1L70A 112LA 1G0MA 1QTCA 5I14A 4LZMA 1LI2A 1L22A 4EKRA 4ARQA 1C6NA 1L09A 2QARC 3HUAA 107LA 4K5YA 1L76A 1P36A 1CVKA 119LA 1C6EA 140LA 223LA 147LA 1QUHA 3SB6A 1KS3A 1NHBA 1D9WA 2RBNA 1QT5A 172LA 4W53A 256LA 3RZEA 238LA 1L20A 189LA 1L47A 1P6YA 3GUKA 1JTMA 1TLAA 4PK0A 4I7JA 1L80A 3QAKA 1SSWA 231LA 211LA 1CTWA 3V2YA 1T8GA 1CUQA 4S0WA 2LZMA 244LA 206LA 1QTZA 4EJ4A 255LA 177LA 3G3VA 253LA 1L13A 2OTZX 1L61A 1LW9A 199LA 1L67A 2Z6BA 1L99A 3SB5A 1LI3A 2RB0X 3K2RA 1QTVA 160LA 161LA 1L16A 1L18A 224LA 4EPIA 1L48A 1P2LA 1L57A 3PDSA 167LA 1LPYA 1QTBA 1SSYA 1LWGA 1L33A 1L41A 3HT8A 1LGUA 1P46A 2B6WA 1L40A 1P64A 1SWZA 198LA 1LLHA 1L01A 3CDTA 3FI5A 1LYDA 2O79A 2OE7X 3SBAA 2B7XA 137LA 1L55A 1L31A 1JQUA 200LA 1L39A 4W58A 1P56A 170LA 166LA 4ARQB 1L90A 197LA 3PBLA 4I7RA 111LA 1L98A 1L60A 1L73A 1DYGA 4I7OA 1L97A 3HWLA 128LA 1KW7A 186LA 109LA 4I7NA 4PJZA 120LA 1L08A 176LA 2OE9X 1B6IA 232LA 1L63A 3DN3A 108LA 1LYEA 1LYHA 220LA 1OWZA 4ARMA 182LA 1LWKA 3SN6R 1L69A 1L51A 1L17A 142LA 4OO9A 3DN4A 260LA 219LA 102LA 171LA 127LA 1CU3A 1LYJA 4I7KA 4EKQA 201LA 3DMVA 1L37A 1L28A 1LGWA 3LZMA 1L87A 3CDQA 1QT7A 1T8FA 2L78A 1C63A 236LA 1L94A 250LA 2B6ZA 165LA 1P5CA 1D3NA 2F47A 235LA 1L58A 1C6AA 3GUOA 247LA 2ANXA 1G0QA 118LA 1PQDA 3HDFA 1C6FA 1L95A 1QT3A 1C6CA 4EKSA 1L52A 2OEAX 2RH1A 1L11A 3SB9A 246LA 239LA 1C6BA 4W51A 1CU5A 1QTHA 218LA 1CX7A 1L05A 4DAJA 1D3MA 3HH5A 3C81A 1OWYA 214LA 162LA 1QUDA 2OU8A 3GUIA 125LA 1KY0A 3C8QA 1L04A 1C65A 1G0LA 3G3XA 1QSBA 3DMXA 1PQKA 1I6SA 2B74A 131LA 169LA 1DYDA 1QUOA 1L77A 221LA 4LDOA 1JTNA 1D3FA 4LDEA 1C68A 1L65A 4E97A 4EXMA 1PQOA 4GRVA 205LA 1P3NA 1ZURA 2HUKA 1L91A 1L29A 7LZMA 138LA 1L88A 1T8AA 1L25A 212LA 1L27A 3HT7A 3HUQA 228LA 3HTFA 3HT6A 152LA 1L66A 3JR6A 4ARPA 2RBOA 4I7MA 1L81A 237LA 141LA 122LA 3DMZA 4W52A 1QS9A 1G0KA 3L2XA 1L35A 1LGXA 1CV5A 1P2RA 1L93A 217LA 181LA 1CV1A 1L32A 1L64A 1L83A 2O4WA 1L36A 2OU0X 1L00A 1C67A 3DN2A 1L74A 3UONA 139LA 1K28A 3HTGA 1L23A 229LA 4ARLA 3F8VA 1SX2A 2OU9A 143LA 3EMLA 1L71A 1P7SA 1CU0A 163LA 2HULA 190LA 1ZWNA 2NTGA 4AQNA 4YXAC 3DN6A 1LYIA 156LA 1KNIA 3HTDA 1OV7A 222LA 3OE8A 1OVHA 2RBPA 226LA 114LA 3ODUA 1L62A 3NY9A 3DN8A 1C6MA 1G07A 2RB2X 1L79A 4W59A 1L86A 2B70A 234LA 3GUJA 188LA 1L26A 1KY1A 249LA 3C7WA 146LA 1L12A 126LA 1L42A 242LA 3C7YA 1L49A 4DJHA 1XEPA 3GUPA 1L43A 1DYFA 4EKPA 1D2YA 3GULA 1C6KA 3NYAA 168LA 2F2QA 1OVKA 1L0KA 196LA 1OVJA 4I7QA 2HUMA 1L46A 1QUGA 1QTDA 2B75A 2O7AA 129LA 3C7ZA 4LDLA 209LA 1QSQA 1QS5A 1L50A 1ZYTA 1C6QA 159LA 3HTBA 1LYFA 3OE9A 2IGCA 210LA 1L56A 1T97A 216LA 1D3JA 185LA 150LA 1WTHA 1L07A 1L24A 4GBRB 3SB8A 3C82A 257LA 3C80A 3SB7A 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTYX 4QEQA 4J0LA 2Q9DA 1QIOA 2DQFC 2LZTA 1DPWA 3LHMA 4BAPA 1OYUA 3GXRA 1B7RA 1C6JA 4W56A 1UIEA 1YKZX 1LMCA 3EXDA 5FHWA 3V2WA 2MEGA 4WM1A 4WOAA 164LA 3HH6A 3AZ5A 1G0JA 2MEDA 4W55A 3WW6A 5LXWA 3DN0A 1G06A 1B7QA 215LA 4DWXA 2A4TA 3OE0A 1GFVA 3RT5X 1P37A 1L03A 4H9AA 1QTKA 5B06A 2H9JA 1OV5A 2BQFA 4DQJA 3E3DA 4DC4A 1LSEA 3CT5A 2B6XA 1YROA 3DNAA 1LSPA 1L89A 1C45A 1IP1A 252LA 1IP4A 4EOFA 4DYGA 4GLVA 2ANVA 3CT1A 3A6CY 2BQJA 4NG8A 4OWAA 1L85A 1LI6A 2IHLA 227LA 2BQKA 4ET8A 2BQAA 1IP2A 2RBQA 3OJPA 1DYCA 3VW7A 251LA 1L44A 2BQNA 3W6DA 1PZYA 1QT4A 1L68A 1IWXA 149LA 1DKKA 2OE4X 3HH3A 3QNGA 1C64A 1L06A 1GF5A 1HC0A 1EPYA 1LSBA 1CV0A 1SX7A 5KXWA 1GB9A 4Z98A 4NWEA 3HUKA 4ET9A 1G1WA 1WQMA 1L10A 2BLXA 1XJTA 6LZMA 1LZDA 3CB7A 4GCFA 1LZBA 259LA 4BADA 1L70A 4ANRA 3WUMA 1I20A 4EKRA 1L09A 1JJ3A 1B5UA 4K5YA 4H8YA 1F6RA 1L76A 1CVKA 1DXJA 1JWRA 4NHIA 4RLMA 3A96A 3W3EA 1GFTA 1LSCA 1D9WA 1DI3A 2RBNA 4XJFA 4B4JA 1LZ8A 4NHTA 1A2YC 256LA 6LYTA 1L47A 1P6YA 1JTMA 4TUNA 2ZYCA 5F9XA 2Z19A 1TLAA 1L80A 1SSWA 4WO9A 3A6BY 1WVVA 7LYZA 1HFYA 3AJNA 5KXRA 1L13A 4WG1A 1LW9A 1L67A 3SB5A 3D3DA 4NGYA 1TBYA 1QTEA 3HFMY 1LZ9A 4NY5A 1RJCB 2H9KA 1OUEA 1GE4A 2EKSC 5D5CA 4EPIA 4UWVA 1GFGA 3FE0A 1L33A 1DZBX 3HT8A 1LGUA 2ZILA 3SP3A 3CDTA 3FI5A 1GE0A 1GPQC 5FELA 1INUA 1L55A 3N9CA 4YENA 1P56A 1QSWA 1REYA 2XBSA 2PC2A 197LA 3PBLA 1YQVY 4OWEA 111LA 1L98A 1L60A 5F14A 1L73A 5IELA 3AGIA 4C5FA 4CHXA 4NG1A 1YAPA 4I7NA 4PJZA 1LZ1A 4NGJA 232LA 1MELL 4MSTA 2ZQ3A 1LYHA 1LZ6A 1KIQC 5I53A 4ARMA 3B0KA 142LA 3DN4A 1B7SA 1NBYC 4DD0A 3AZ7A 171LA 4EKQA 1L37A 3BKHA 3CDQA 1QT7A 1YAOA 5KXNA 1XGPC 1CKFA 1P5CA 1IOSA 1D3NA 5A3ZA 1BWHA 235LA 2ANXA 1G7MC 3P68A 1IP5A 1UIDA 1UBZA 4X3BA 4W51A 4G4BA 3GXKA 4DAJA 1D3MA 3P4ZA 214LA 1QUDA 3GUIA 5KKJA 1UIFA 125LA 3CSZA 1KY0A 4NSHA 1C65A 1G0LA 1KXWA 1LHLA 4XJBA 2B74A 221LA 1JTNA 1D3FA 1LZAA 1TEWA 5I54A 1L65A 4E97A 1YL0X 3W6BA 2DQEY 3T36A 4ZEEA 205LA 1P3NA 4AGAA 2I26L 1L29A 212LA 1HSWA 3W6EA 3K3TA 1OUDA 1BB6A 3WW5A 4I7MA 1L81A 237LA 1VFBC 122LA 1UIAA 1L35A 2Q0MX 1GBWA 1P2RA 181LA 2I25L 154LA 1YAMA 4IATA 2O4WA 1GFJA 2OU0X 1C67A 1K28A 3IJVA 3TMWA 4FJRA 4RLNA 3ULRA 3HTGA 1P2CC 2WARA 2OU9A 1QSAA 1IC7Y 1Z55A 5IDDA 1L62A 3TXFA 1G07A 2RB2X 5LAFA 4DQ5A 1L86A 4J1BA 1IP7A 4TX7A 1B0DA 1LJGA 1BVXA 1LZ4A 2BQBA 1LMOA 1L12A 1L49A 5I5QA 1GF4A 3GUPA 5KXTA 2BQMA 1D2YA 1VAUA 168LA 1OUHA 2YBIA 1LHHA 5IHGA 2W1XA 2YVBA 2HUMA 3AGGG 5DLAA 4DT3A 1QSQA 4J7VA 5KXMA 216LA 185LA 4NHPA 5LA8A 3SB8A 1N4FA 3C80A 1L02A 1SLYA 4CFOA 1L59A 3CDVA 1JKDA 1TAYA 4NGOA 1SWYA 1LJIA 2B73A 3OE6A 4H8XA 1DI4A 1LZCA 2G4PA 1G0GA 4WL6A 1JKAA 1XEKA 1E8LA 1XGUC 1T6HA 1OP9B 262LA 3SBBC 4LYMA 1UIGA 4W54A 1DYEA 4DDAA 1BQLY 1YANA 4DKLA 5FCPA 1LYGA 4NSGA 1CJ6A 3HT9A 2BLYA 1LSYA 1ALCA 3N9EA 4HJVA 1GB2A 1C6DA 3LZ2A 2AUBA 5DL9A 1PQMA 1JJ0A 1XEJA 1IR9A 1OUJA 4E3UA 4PGJB 2HU3A 4OWCA 175LA 1LSFA 225LA 2HUBA 241LA 5APCA 1BGIA 1L96A 4I7LA 5F81A 261LA 5AMYA 1NBZC 1D0LA 1L75A 1L21A 1HFXA 3WPJA 4OOOA 3RU5A 1L30A 1CU6A 155LA 3L64A 1PQIA 1GBSA 3C8SA 1HEMA 1DI5A 3GUMA 1HSXA 2RBSA 1RI8B 1RFPA 3HDEA 4TTDA 1QDTA 4XENA 115LA 4NGWA 3ZEKA 3NY8A 2QB0B 4CFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OTY X;  4QEQ A;  4J0L A;  2Q9D A;  1QIO A;  2DQF C;  2LZT A;  1DPW A;  3LHM A;  4BAP A;  1OYU A;  3GXR A;  1B7R A;  1C6J A;  4W56 A;  1UIE A;  1YKZ X;  1LMC A;  3EXD A;  5FHW A;  3V2W A;  2MEG A;  4WM1 A;  4WOA A;  164L A;  3HH6 A;  3AZ5 A;  1G0J A;  2MED A;  4W55 A;  3WW6 A;  5LXW A;  3DN0 A;  1G06 A;  1B7Q A;  215L A;  4DWX A;  2A4T A;  3OE0 A;  1GFV A;  3RT5 X;  1P37 A;  1L03 A;  4H9A A;  1QTK A;  5B06 A;  2H9J A;  1OV5 A;  2BQF A;  4DQJ A;  3E3D A;  4DC4 A;  1LSE A;  3CT5 A;  2B6X A;  1YRO A;  3DNA A;  1LSP A;  1L89 A;  1C45 A;  1IP1 A;  252L A;  1IP4 A;  4EOF A;  4DYG A;  4GLV A;  2ANV A;  3CT1 A;  3A6C Y;  2BQJ A;  4NG8 A;  4OWA A;  1L85 A;  1LI6 A;  2IHL A;  227L A;  2BQK A;  4ET8 A;  2BQA A;  1IP2 A;  2RBQ A;  3OJP A;  1DYC A;  3VW7 A;  251L A;  1L44 A;  2BQN A;  3W6D A;  1PZY A;  1QT4 A;  1L68 A;  1IWX A;  149L A;  1DKK A;  2OE4 X;  3HH3 A;  3QNG A;  1C64 A;  1L06 A;  1GF5 A;  1HC0 A;  1EPY A;  1LSB A;  1CV0 A;  1SX7 A;  5KXW A;  1GB9 A;  4Z98 A;  4NWE A;  3HUK A;  4ET9 A;  1G1W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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