1L00A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFAMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-79)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l00A00
1LYJA 236LA 1L47A 1CTWA 1L42A 1L66A 1PQOA 1CU3A 1CU6A 1L19A 1L75A 2RB1X 1D3FA 3GUJA 145LA 201LA 230LA 2NTHA 1L88A 126LA 1L81A 1PQDA 1SX2A 2B72A 3JR6A 3G3XA 125LA 2Q9DA 1G07A 3SBBC 1LI6A 1CU0A 1L98A 3SBAA 3LZMA 1C6FA 1QTBA 120LA 1L37A 3FA0A 178LA 4W52A 1JTMA 4I7RA 1KY1A 1C6CA 4W59A 254LA 4I7SA 2HUMA 3FADA 127LA 1L94A 3C7ZA 3GUPA 3GUMA 1L84A 2F2QA 1T97A 3DN3A 1L02A 1CV4A 3C7WA 4W57A 1L08A 232LA 1L10A 1L64A 1SSYA 210LA 4S0WA 1C6IA 1G0MA 4EPIA 156LA 2Q9EA 147LA 1QT8A 1P37A 1C6QA 243LA 146LA 138LA 2F47A 226LA 3CDRA 1LWKA 1L92A 3HTGA 1C62A 1L20A 1KW5A 1L25A 4YXAC 1L62A 3UONA 1L12A 4I7OA 1L87A 3C82A 1QT6A 173LA 4LZMA 1P2RA 3EMLA 2RH1A 1P64A 1L52A 1L28A 1T8GA 196LA 1L54A 2OTZX 1L59A 4EKRA 1G0GA 1SX7A 4DKLA 1QSQA 3FI5A 220LA 218LA 3GUNA 1L49A 1L21A 1L36A 2OEAX 5LZMA 1L61A 3DN1A 1LGUA 1CV0A 3ODUA 1L60A 163LA 1P46A 1L18A 2RBRA 252LA 1C60A 1OVKA 4I7NA 223LA 3DN0A 1L74A 1L77A 113LA 1ZYTA 231LA 4W55A 3HH5A 3CDVA 1P3NA 1L56A 224LA 1L55A 2IGCA 110LA 1L05A 161LA 3C8SA 4I7PA 1L85A 1L45A 205LA 1DYEA 162LA 187LA 1L24A 1QUDA 258LA 2QARC 2RBOA 1L33A 1L93A 1PQIA 2QB0B 3CDTA 191LA 1D9WA 1C6BA 1CVKA 3F9LA 1QUHA 1L13A 4AQNA 244LA 129LA 3RUNA 1C6KA 1L68A 183LA 3HT8A 1C68A 3HDEA 1L41A 1L76A 4ARMB 3V2WA 1SWZA 1L72A 2OE7X 1L06A 251LA 2LCBA 2B6ZA 1L31A 143LA 3HU8A 1L80A 2HULA 1QS9A 103LA 140LA 1DYBA 1XJTA 1C6LA 128LA 1LGWA 2OU9A 1L30A 209LA 4W51A 1C66A 235LA 168LA 1C69A 234LA 1L38A 1C67A 3HWLA 111LA 192LA 1L44A 3HTBA 4I7QA 4DAJA 199LA 1LGXA 3L64A 1K28A 2B6YA 198LA 1KW7A 182LA 130LA 4PK0A 1LYDA 114LA 1G1WA 1QTDA 262LA 1WTHA 172LA 151LA 119LA 4DJHA 1L26A 1P2LA 1QTZA 2RAZX 157LA 245LA 1L70A 227LA 109LA 1CU5A 2ANXA 3SB5A 1CUPA 1LYEA 1L11A 4LDEA 186LA 241LA 1D3JA 1L27A 2B73A 2B6WA 1LYHA 1OWYA 233LA 3HT7A 4GRVA 197LA 2NTGA 1SSWA 4EKSA 3OE8A 4GBRB 1L71A 1L57A 115LA 2B74A 122LA 3HUAA 217LA 1LLHA 1CUQA 1T8FA 2B6XA 1XEPA 2RBQA 118LA 1G06A 2LZMA 4ARQA 1D3NA 5I14A 1L0KA 2Z6BA 3V2YA 2A4TA 1L65A 166LA 169LA 1C6MA 152LA 3DNAA 1LPYA 108LA 1C65A 1QT4A 1OYUA 150LA 215LA 261LA 1L22A 214LA 2B75A 1L00A 3HT9A 2LC9A 1TLAA 1QS5A 3GUKA 221LA 2RAYX 1C6AA 176LA 1SWYA 3G3WA 1C6EA 1L48A 1L07A 1L17A 1P36A 2O7AA 3SB6A 2RB0X 3SN6R 112LA 1QSBA 1DYCA 1KS3A 1G0PA 1OVJA 4PJZA 1KY0A 1QT3A 1XJUA 1L14A 1QUOA 4IAPA 177LA 1L29A 3C7YA 2RBPA 1QTCA 1ZURA 148LE 142LA 149LA 3CDQA 1L82A 1L15A 1T6HA 184LA 3PBLA 1L63A 247LA 175LA 1OWZA 4YX7C 4W54A 1C64A 2OE4X 2L78A 1C6JA 1L73A 1L34A 1D2WA 242LA 257LA 4W58A 181LA 1C6TA 2O4WA 1PQKA 250LA 2B6TA 1L67A 141LA 4OO9A 4I7MA 4I7LA 104LA 3HUQA 6LZMA 1L79A 2F32A 185LA 2RB2X 2B7XA 1DYAA 1CX6A 240LA 1L46A 2OTYX 1LYIA 102LA 2OU0X 1I6SA 239LA 3GUOA 1L04A 1L50A 1L86A 174LA 3DN8A 1G0LA 1L0JA 107LA 1L01A 2HUKA 3SB9A 2O79A 2ANVA 1G0QA 4K5YA 4ARPA 1T8AA 3L2XA 248LA 4I7KA 1LI3A 1L90A 1L83A 2CUUA 1D2YA 155LA 3NY8A 1C63A 3NYAA 1L03A 3SB7A 1L69A 170LA 3D4SA 1CV3A 3K2RA 1QT7A 2B70A 189LA 1L23A 1JTNA 1P5CA 3HH3A 3DN4A 1C61A 1LYGA 212LA 171LA 3QAKA 144LA 4ARLA 1L16A 3PDSA 3CDOA 1L35A 238LA 211LA 165LA 1C6DA 1L91A 3DN6A 255LA 3SB8A 3GUIA 190LA 1L58A 1CV1A 137LA 1L89A 1LI2A 1OV5A 3C8QA 3DMXA 4E97A 159LA 164LA 2RBNA 4W53A 1L99A 1L43A 158LA 200LA 3HTDA 3VW7A 1ZWNA 3HH4A 3DN2A 225LA 3C8RA 4EXMA 1L96A 1C6HA 1L53A 213LA 1QTVA 4ARQB 4EJ4A 1LWGA 3GULA 3G3VA 1NHBA 3HUKA 3OE0A 4ZPUA 4I7JA 160LA 4LDOA 3OE9A 3RZEA 259LA 3HTFA 253LA 4EPFA 2OU8A 195LA 139LA 1EPYA 4LDLA 1DYFA 1CV5A 1P6YA 237LA 3DMVA 131LA 1B6IA 1L97A 1C6GA 260LA 3C81A 3DMZA 4ARMA 2OE9X 4W56A 216LA 1OV7A 3HDFA 222LA 1QTHA 3HH6A 1C6PA 4I7TA 1P56A 1CX7A 4ARJA 1PQMA 3C80A 3F8VA 1DYGA 1D3MA 2RBSA 1G0KA 206LA 3C83A 180LA 1CV6A 1JQUA 7LZMA 1G1VA 1DYDA 1CU2A 3NY9A 249LA 1P7SA 3HU9A 3DKEX 256LA 1C6NA 1PQJA 1L09A 1L32A 228LA 4YXCA 3OE6A 188LA 1L39A 4EKPA 1KNIA 1LYFA 1QUGA 167LA 246LA 1G0JA 219LA 1L95A 229LA 3HT6A 123LA 1QT5A 1L40A 4EKQA 1LW9A 1OVHA 1L51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBZA 1PQOA 1NDGC 2MEHA 2NTHA 1L88A 1PQDA 1NDMC 1YANA 1SX2A 5KKIA 1LTMA 1WQMA 1G07A 2DQJY 4DQ5A 1HERA 3AZ7A 4GCDA 1C6FA 2EQLA 2Z38A 4W52A 178LA 1YL0X 1KY1A 1C6CA 4W59A 254LA 4NG1A 1JKAA 1UC0A 1YILA 4CGEA 1REMA 1DPXA 1T97A 3A3RX 1L02A 4W57A 1D0MA 4XJDA 1L64A 4O34A 4KPMA 2NWDX 1LZ4A 5HLLA 1LSCA 5LVHA 3T6UA 4H9HA 1C62A 1L20A 1L25A 1BB6A 1LSNA 5B1FA 1L62A 1L12A 4I7OA 2ZIJA 1P2RA 2RSCA 4CHXA 2C8PA 3WXUA 3OK0A 1L28A 3A6BY 1T8GA 1J1XY 2OTZX 2FBBA 1G0GA 1GWDA 1SX7A 4DKLA 4YF2A 5B06A 2IFFY 3GUNA 2BQIA 5IDDA 5LZMA 1LGUA 4N8ZA 4YEOA 1L18A 2RBRA 5APDA 3M18B 3G3BB 223LA 1L74A 1LSPA 5L3HA 3TXHA 1LSGA 3HH5A 3QE8A 5HNLA 224LA 4NHQA 4I7PA 1GFKA 1DPWA 1L33A 5A3ZA 1EL1A 5LAFA 191LA 3WW5A 3A96A 1CVKA 3F9LA 2FYCA 1L13A 244LA 129LA 1L68A 3HT8A 1WVVA 3HDEA 3TMXA 4B49A 2G4NA 2OE7X 1GE4A 4NY5A 1L06A 3LYZA 2B6ZA 1L31A 1QS9A 5II3A 4QEQA 1HMLA 1L30A 5LAGA 209LA 3GXRA 3EMSA 1LJEA 4YENA 2D4JA 1C66A 3QY4A 3CT0A 2IHLA 1B7PA 2LYMA 1GE1A 4KXIA 4OWCA 1L44A 3D9AC 2MEBA 3AGHA 3HTBA 4A7DA 2C8OA 2BQHA 3AYQA 4I7QA 199LA 3L64A 1XGQC 4PK0A 4N5RA 1G1WA 1QTDA 1JHLA 262LA 1JPOA 119LA 1L26A 1QTZA 4H9CA 1WQQA 1MLCE 2XBRA 1L70A 5F9UA 3SB5A 4U3XB 1UUZC 1LMPA 1D3JA 5LYMA 2NTGA 1IR9A 4EKSA 1JITA 3B0IA 115LA 1IEEA 2B74A 4IATA 1LLHA 134LA 1IX0A 1CUQA 2B6XA 118LA 3WVYA 6LYTA 1G06A 4OW1A 1L65A 1OUDA 3WUNA 193LA 3DNAA 4DT3A 3ZEKA 215LA 2MECA 194LA 4ET8A 3HT9A 2LC9A 1YKZX 2FYDA 2RAYX 176LA 4J1AA 4NGJA 112LA 3EO5A 1D9UA 1DZBX 4HP0A 1CKGA 1L14A 4NG8A 4NGVA 1TEWA 4ETDA 4G4CA 3SP3A 3WW6A 148LE 1KXYA 142LA 1LZ6A 4LYTA 3CDQA 1IOSA 1L82A 1QQYA 5APFA 4M4OA 2OE4X 3HBHA 4H9EA 1LSBA 2BQFA 1GDXA 1D2WA 242LA 1G7HC 1GB3A 181LA 4HTNA 4DD3A 1I56A 141LA 4H90A 3BKHA 3TXGA 3AZ4A 2YBNA 2I25L 4Z46A 104LA 5B05A 1GFGA 1XEIA 1F0WA 4UWUA 4XN6A 4G4BA 2B5ZA 1IP7A 207LA 3ATNA 5KXPA 1HHLA 2BLYA 2F32A 5FHWA 1OUGA 1LMTA 1IOTA 1QUTA 240LA 1PZYA 2DQEY 3D3DA 4LFXA 1IR8A 1LYIA 102LA 1I6SA 1B5VA 174LA 5KXSA 107LA 5F16A 4P2EA 1HELA 3AW6A 5ILCA 2O79A 1JKCA 3A91A 4H8YA 4B4IA 3ATOA 2HU1A 1JIYA 1REXA 2H9KA 2ZILA 3LYOA 1MELL 2W1YA 4H91A 3A95A 1LJIA 170LA 1L69A 1CV3A 1B5XA 1QT7A 189LA 3DN4A 1C61A 171LA 3QAKA 165LA 3A67Y 3DN6A 3SB8A 4LGKA 1CV1A 1DI4A 2BQBA 1RI8B 1TCYA 3W6CA 3A93A 4E97A 4H9FA 3TXDA 4IJ4A 4ETEA 2F30A 1VDPA 1D6QA 1DQJC 3VW7A 1CNSA 225LA 4G9SA 1IP3A 5KXTA 3GXKA 4XENA 4W94A 4HPIA 4NGOA 4ETAA 4WM4A 259LA 1LJ3A 4WM1A 4LYOA 253LA 1LSMA 3DMVA 131LA 3P65A 3EXDA 3WU8A 3WUAA 3HDFA 5LXWA 1GB8A 3HH6A 1C6PA 4DC4A 4XJHA 4ARJA 1PQMA 1D3MA 3AZ6A 1G0KA 1IC4Y 1CU2A 3NY9A 249LA 4NGIA 3DKEX 256LA 5I4XA 1C6NA 1ALCA 4DWXA 1FLWA 3OE6A 1G7IC 1G0JA 1REYA 3HT6A 123LA 1EQ5A 5HQ1A 2I26L 1LYJA 1L47A 1BVKC 2HEAA 1L66A 1L19A 1L75A 2RB1X 1D3FA 1FN5A 3GUJA 230LA 4XJGA 126LA 1L81A 4LYMA 3JR6A 2DQHY 1C45A 135LA 1CU0A 4WL6A 3G3AB 1QTBA 1L37A 4TTDA 1LJKA 2MEGA 2HEEA 4WL7A 1WQRA 2G4QA 4TSCA 1FBIX 1GE0A 3B6LA 2HUMA 3FADA 9LYZA 127LA 4WLDA 4KT3A 3GUPA 3GUMA 4M6DA 4XYYA 5KXZA 1UIHA 232LA 1L10A 1SSYA 1GF9A 5FEKA 147LA 1QT8A 1P37A 2GV0A 4DQ7A 5DM9A 1C6QA 243LA 146LA 3EBAB 2F47A 2Q0MX 1LJGA 3CDRA 4H9BA 1LWKA 1L92A 3HTGA 1IWXA 4YXAC 1L87A 4LZMA 1QT6A 173LA 1LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBZ A;  1PQO A;  1NDG C;  2MEH A;  2NTH A;  1L88 A;  1PQD A;  1NDM C;  1YAN A;  1SX2 A;  5KKI A;  1LTM A;  1WQM A;  1G07 A;  2DQJ Y;  4DQ5 A;  1HER A;  3AZ7 A;  4GCD A;  1C6F A;  2EQL A;  2Z38 A;  4W52 A;  178L A;  1YL0 X;  1KY1 A;  1C6C A;  4W59 A;  254L A;  4NG1 A;  1JKA A;  1UC0 A;  1YIL A;  4CGE A;  1REM A;  1DPX A;  1T97 A;  3A3R X;  1L02 A;  4W57 A;  1D0M A;  4XJD A;  1L64 A;  4O34 A;  4KPM A;  2NWD X;  1LZ4 A;  5HLL A;  1LSC A;  5LVH A;  3T6U A;  4H9H A;  1C62 A;  1L20 A;  1L25 A;  1BB6 A;  1LSN A;  5B1F A;  1L62 A;  1L12 A;  4I7O A;  2ZIJ A;  1P2R A;  2RSC A;  4CHX A;  2C8P A;  3WXU A;  3OK0 A;  1L28 A;  3A6B Y;  1T8G A;  1J1X Y;  2OTZ X;  2FBB A;  1G0G A;  1GWD A;  1SX7 A;  4DKL A;  4YF2 A;  5B06 A;  2IFF Y;  3GUN A;  2BQI A;  5IDD A;  5LZM A;  1LGU A;  4N8Z A;  4YEO A;  1L18 A;  2RBR A;  5APD A;  3M18 B;  3G3B B;  223L A;  1L74 A;  1LSP A;  5L3H A;  3TXH A;  1LSG A;  3HH5 A;  3QE8 A;  5HNL A;  224L A;  4NHQ A;  4I7P A;  1GFK A;  1DPW A;  1L33 A;  5A3Z A;  1EL1 A;  5LAF A;  191L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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