1L00A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFAMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l00A00
1QTVA 2NTHA 1QTZA 191LA 2OTZX 1DYEA 3F8VA 1LI6A 1C6DA 181LA 4K5YA 125LA 3HT8A 158LA 140LA 1C62A 1G07A 1L76A 1L15A 139LA 1B6IA 1PQOA 213LA 209LA 3HT6A 260LA 252LA 3G3VA 175LA 1C6EA 1SX2A 226LA 3CDQA 1L38A 1QSBA 1ZWNA 199LA 228LA 3L64A 253LA 3OE0A 3HU8A 142LA 1L47A 1T8AA 258LA 1L77A 1CU6A 165LA 2B6TA 4I7OA 1L87A 229LA 1KW7A 255LA 3FI5A 3PBLA 4ARMA 1D2YA 236LA 2RBOA 1L23A 3C81A 3SB7A 2B73A 1LYJA 1L46A 3HUAA 1CU0A 1KNIA 2LC9A 138LA 3HDEA 1L44A 4ARJA 4EJ4A 234LA 3GUMA 3DN6A 1DYGA 1G1VA 146LA 4W53A 1L80A 1L42A 1LW9A 2Q9DA 183LA 2OE7X 2QARC 4LZMA 1LYHA 3DMVA 1D2WA 1L97A 3OE9A 149LA 3C8SA 2RBRA 1L70A 1L26A 3HUKA 3DN2A 1L41A 1SWZA 1C64A 131LA 1OYUA 1P37A 1QT4A 2RH1A 1QTCA 2B6XA 3DN3A 235LA 3SBBC 1L61A 151LA 2RB0X 1L33A 1L54A 1D3FA 1L88A 3C7WA 195LA 2LZMA 6LZMA 1L10A 1T8FA 1L58A 173LA 1L86A 1QTHA 1DYDA 198LA 1L67A 1L07A 4IAPA 233LA 1L69A 3V2WA 239LA 1L27A 1L32A 3RUNA 1LPYA 1L06A 109LA 1L0KA 3RZEA 150LA 187LA 1P3NA 1ZYTA 1L71A 1L31A 1PQDA 4OO9A 1XJUA 1L29A 3HH3A 130LA 1LYIA 1PQMA 238LA 1C6MA 216LA 1PQIA 2B6WA 3GUJA 1XEPA 107LA 1C60A 1L64A 3CDTA 1LYGA 1QSQA 1L79A 3GUIA 212LA 2ANVA 103LA 1C6NA 1L12A 1QUHA 1XJTA 1P7SA 2A4TA 4W58A 1SWYA 1G0JA 215LA 2RAZX 4EKRA 4W54A 1C68A 4EPFA 113LA 1QUDA 1C6PA 1QT5A 3C7ZA 196LA 2ANXA 1L05A 189LA 1L28A 1OVJA 221LA 1OV5A 1T97A 3NY9A 4I7NA 2L78A 3C7YA 1CX6A 1L65A 1LGUA 4YXAC 1CUQA 118LA 1QT8A 3HT9A 1JTMA 3DN8A 4LDEA 3G3XA 159LA 112LA 4GRVA 2RAYX 1QS9A 4EKPA 3L2XA 2B74A 1L62A 1L75A 4E97A 5I14A 232LA 1G0MA 1L66A 3GUNA 1L53A 1L56A 1PQJA 1CV5A 3G3WA 160LA 1L35A 1L36A 4W56A 2O4WA 3F9LA 1L74A 211LA 170LA 1G0QA 3DMXA 1CV1A 224LA 1LI3A 1L17A 4W55A 217LA 1G0KA 1L21A 3HH6A 1L18A 2RB2X 1C6LA 1L82A 1L63A 2HULA 1JTNA 1JQUA 1L49A 4W57A 1L85A 4I7QA 119LA 1G0GA 1L94A 2RBQA 4ARQB 1L55A 4LDLA 1DYAA 231LA 156LA 3VW7A 240LA 3C83A 4ARLA 1QTDA 104LA 3SB6A 2O79A 123LA 1D3NA 114LA 1CVKA 3JR6A 1OV7A 3C8QA 1L83A 4EKSA 214LA 1C6KA 256LA 2F2QA 2Z6BA 4I7KA 1LYDA 122LA 178LA 3SB8A 1C6HA 155LA 1G0PA 4EXMA 3C8RA 1D3JA 3NYAA 157LA 137LA 1CTWA 1OWYA 246LA 2Q9EA 143LA 7LZMA 1L24A 1L00A 1G0LA 257LA 1LGXA 2NTGA 2B70A 3SB5A 1P2RA 3DNAA 1L93A 147LA 1LWKA 2F32A 127LA 218LA 1CV6A 251LA 177LA 3HTGA 2OU8A 2RB1X 2CUUA 1QS5A 1D3MA 1P46A 1QUGA 3LZMA 1L34A 111LA 1CUPA 1T6HA 3HUQA 259LA 1PQKA 1K28A 1OVHA 1P2LA 4I7SA 1LI2A 166LA 167LA 169LA 3ODUA 3HH5A 2HUKA 1C6CA 1C66A 3DMZA 2RBNA 230LA 3CDRA 1OWZA 1G1WA 2RBPA 3HTFA 3C80A 1C63A 190LA 4EPIA 4DJHA 3SB9A 1CV3A 222LA 3CDOA 4W59A 1SX7A 2RBSA 1L16A 206LA 4I7JA 205LA 1QTBA 1P56A 3GUKA 261LA 171LA 225LA 201LA 4AQNA 1QUOA 227LA 162LA 1L14A 250LA 1T8GA 1CU5A 3HU9A 182LA 1C6GA 1LYEA 1LGWA 1L03A 3HH4A 145LA 1L02A 1KY0A 4ARPA 2F47A 1L30A 1L96A 3SBAA 1DYBA 4PK0A 223LA 237LA 180LA 242LA 115LA 1CV0A 1L13A 3QAKA 2IGCA 1C67A 152LA 1C6JA 161LA 1L45A 3OE8A 1L52A 1DYFA 4I7LA 126LA 163LA 1L40A 2B6YA 1CU2A 2OE9X 1NHBA 4PJZA 1C6FA 3V2YA 1L51A 128LA 220LA 2OE4X 4I7TA 1L19A 1L60A 3HWLA 1KS3A 3DN1A 1KW5A 1KY1A 249LA 4S0WA 141LA 1C61A 1C6IA 1C65A 186LA 1OVKA 200LA 5LZMA 3DN0A 4I7MA 210LA 2O7AA 1P64A 1LLHA 1I6SA 1SSYA 102LA 1L90A 2B6ZA 2OU9A 3GUPA 1CX7A 3C82A 1C6QA 3K2RA 4DAJA 176LA 1CV4A 1L09A 1C6AA 110LA 1L0JA 241LA 1P5CA 4DKLA 2B72A 1L48A 4GBRB 1L57A 4W52A 1L11A 1L98A 3NY8A 3HTBA 1L73A 1L22A 144LA 2OEAX 1QT6A 1SSWA 262LA 219LA 1L68A 1L84A 1L20A 4I7RA 245LA 3HTDA 1L04A 3FA0A 4ZPUA 248LA 4ARMB 1TLAA 108LA 1LWGA 1L25A 3DKEX 3HDFA 1L92A 254LA 1LYFA 3EMLA 4EKQA 1L37A 1L99A 1L91A 1DYCA 120LA 1QT3A 2B75A 1L08A 2HUMA 185LA 4LDOA 1L43A 188LA 184LA 1P36A 1G06A 3D4SA 1C6BA 1L59A 3GUOA 4YX7C 1P6YA 3HT7A 244LA 1CU3A 3SN6R 3GULA 1WTHA 243LA 3DN4A 197LA 4W51A 3UONA 1L95A 174LA 1ZURA 3PDSA 192LA 1QT7A 3CDVA 4YXCA 168LA 1L39A 2QB0B 1C69A 2LCBA 164LA 3FADA 1L01A 1L89A 2OTYX 4ARQA 148LE 1D9WA 247LA 1C6TA 2OU0X 3OE6A 129LA 1L81A 1L50A 4I7PA 2B7XA 1L72A 1EPYA 172LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W08A 1QTZA 2YVBA 2OTZX 1W6ZA 2X0AA 4K5YA 3CQLA 3HT8A 158LA 213LA 1BB3A 260LA 252LA 175LA 1C6EA 1LZSA 1L38A 1QSBA 4GCBA 1JKAA 199LA 228LA 1GHLA 3B0KA 3EMSA 3WXUA 2DQEY 142LA 4HTNA 1GB9A 1T8AA 4E3UA 258LA 3MGWA 1SQ2L 1HMKA 4N9RA 3BKHA 5KXMA 4QY9A 1KW7A 5LA5A 3SB7A 1L23A 2YBNA 1LYJA 1LSCA 1XEJA 4ZFPA 1LKSA 1YAPA 1GE2A 1GXV2 3KAMA 3HDEA 1LZAA 1OUAA 2H9KA 2HU3A 4XJGA 4ARJA 4GCEA 1GDWA 146LA 1L80A 4J7VA 1GFGA 1B0DA 4ET8A 3DMVA 3OE9A 2C8PA 1NMMA 2MEEA 1C64A 1P37A 1QT4A 1B7LA 2NWDX 235LA 3SBBC 151LA 2RB0X 1MLCE 4IJ4A 1QSAA 5KXNA 1D3FA 1JTTL 1L58A 198LA 1DQJC 4IAPA 233LA 4NY5A 1CKHA 1L69A 1JJ0A 1GEZA 3RUNA 1OUDA 2BQIA 4LYBA 1LPYA 1L06A 109LA 1L0KA 3RZEA 187LA 1IC7Y 133LA 2HECA 1L29A 1LZ1A 4N1CC 2BQAA 4WO9A 2ZYCA 3EXDA 3GUJA 1DI3A 2BQHA 212LA 2ANVA 4I8SA 1QTKA 4LGKA 132LA 1LZRA 4WO6A 1G7JC 1G0JA 1LZTA 1LZYA 1B5YA 4HPEA 4EKRA 1C68A 3M18B 5B07A 1WQNA 1LTMA 1QUDA 3WPLA 2LZ2A 3TXGA 1QT5A 3C7ZA 3B0IA 1L05A 189LA 1IOTA 1OVJA 4LFPA 4B49A 2CWIA 1XGQC 1NDMC 1HFXA 2YDGA 1D9UA 1ZMYL 1QT8A 2ZILA 3DN8A 1HNLA 4LDEA 3G3XA 1G7LC 4NGKA 2RAYX 1QS9A 5FELA 1L75A 4LYCA 1YAQA 1CKGA 1L56A 1PQJA 1JTPL 4NGVA 3G3WA 1HEQA 1LSMA 3E3DA 5KXXA 1F6SA 1LI3A 4W55A 1YIKA 217LA 1DPXA 3AZ6A 1JQUA 4W57A 2YBJA 2BQJA 3WPJA 3C83A 5T3FA 1D3NA 4NGLA 1D0MA 3C8QA 4EKSA 214LA 1C6KA 3AZ7A 1GFKA 4WM2A 1G0PA 1CKCA 1NQIA 5LYZA 157LA 1CTWA 246LA 3A8ZA 143LA 1L24A 4J1AA 4DD1A 1LGXA 4H8XA 4MR1A 1GBYA 9LYZA 3A95A 3LZTA 2F32A 3AGIA 2OU8A 2CUUA 3CT1A 1QUGA 5I54A 1L34A 1G7MC 3HUQA 1P2LA 1YAOA 4CGEA 1LI2A 4M6DA 166LA 2H9JA 1C7PA 2Z2EA 1HEOA 1C66A 1HSXA 1LZ8A 2ZYPA 4BS7A 3DMZA 1WQOA 1G1WA 4FJRA 1IC5Y 4WLDA 2RBPA 3P64A 1C63A 4HPIA 1LSNA 4DJHA 3SB9A 4G49A 2EQLA 1SX7A 3A91A 4I7JA 1QTBA 1GBXA 1HF4A 1OUCA 225LA 4OWAA 4AQNA 3CB7A 1WQMA 5A3EA 2F30A 3A3QA 4OOTA 4G4CA 3W6CA 5B59A 4NSJA 5KXPA 1LSBA 1NBZC 1JJ1A 3AJNA 3SP3A 2YBMA 4ARPA 1IOSA 1L30A 1L96A 3SBAA 2A7DA 4UWVA 180LA 1CV0A 1L13A 4DD0A 4RLMA 1BB6A 1C67A 1EQ4A 1FLUA 1C6JA 1L45A 1DI4A 4DD7A 1BQLY 1XEKA 4DT3A 4NHIA 4EOFA 4NGWA 1B7OA 4KXIA 4NIJA 2OE9X 4PJZA 4OOOA 220LA 2OE4X 4I7TA 1LSPA 4CFOA 4DQ5A 4WOAA 1L60A 1UA6Y 3HWLA 2W1YA 2Z39A 1GE4A 3TMWA 186LA 4RLNA 1OQMA 3VWOA 2XJWA 210LA 1LLHA 102LA 1L90A 2B6ZA 1RE2A 4C5FA 4DAJA 1ZVYB 1LMOA 1IX0A 1GD6A 1HEPA 1XGUC 2B72A 3QNGA 2FYDA 1L98A 3NY8A 1YQVY 3HTBA 3WW5A 1IR8A 1L22A 4MSTA 1O23A 1GB8A 1SSWA 4H94A 4NWEA 3W6BA 1REYA 1NWGA 4ZPUA 1LPIA 3TMXA 1TLAA 2MEAA 5IDDA 3DKEX 3HDFA 254LA 2D4KA 1LYFA 3T6UA 1L99A 1DYCA 120LA 2B75A 1L08A 1BWIA 4PPOA 4M4OA 5FCPA 5KXOA 5KKIA 1C6BA 3GUOA 4LT2A 3A93A 1GF3A 1I20A 1WTHA 1CKFA 1QUSA 3A92A 1ZURA 3PDSA 192LA 1C69A 164LA 2OTYX 1UIFA 1QTEA 2OU0X 2Z12A 4FDYA 3WULA 4H91A 1L50A 2B7XA 1EPYA 4NHQA 4B1AA 191LA 1C6DA 125LA 1G07A 5ILCA 1B6IA 4AXTA 3K3TA 3RW8A 1UICA 226LA 4GCCA 2LYOA 1ZWNA 1IC4Y 1C10A 4NG1A 1CU6A 1TBYA 4IASA 1OUGA 2B6TA 2CGIA 5KXRA 3ATOA 4YEOA 3TXDA 1LJJA 4I7OA 229LA 4ARMA 2Z18A 236LA 2BLXA 2RBOA 1GE3A 4NEBA 1MELL 4N1EI 4PHIA 3F6ZA 1GF7A 1UUZC 4D9ZA 3HUAA 1KIQC 1HFZA 1LHJA 2MEIA 2DKVA 4YM8A 4TX7A 4WL7A 4WM6A 1L44A 4OW1A 3RT5X 4HJZA 4WM5A 1GEVA 1G1VA 4W53A 2Q9DA 183LA 1LZEA 6LYTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2HUM A;  185L A;  4LDO A;  1L43 A;  188L A;  184L A;  1P36 A;  1G06 A;  3D4S A;  1C6B A;  1L59 A;  3GUO A;  4YX7 C;  1P6Y A;  3HT7 A;  244L A;  1CU3 A;  3SN6 R;  3GUL A;  1WTH A;  243L A;  3DN4 A;  197L A;  4W51 A;  3UON A;  1L95 A;  174L A;  1ZUR A;  3PDS A;  192L A;  1QT7 A;  3CDV A;  4YXC A;  168L A;  1L39 A;  2QB0 B;  1C69 A;  2LCB A;  164L A;  3FAD A;  1L01 A;  1L89 A;  2OTY X;  4ARQ A;  148L E;  1D9W A;  247L A;  1C6T A;  2OU0 X;  3OE6 A;  129L A;  1L81 A;  1L50 A;  4I7P A;  2B7X A;  1L72 A;  1EPY A;  172L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W08 A;  1QTZ A;  2YVB A;  2OTZ X;  1W6Z A;  2X0A A;  4K5Y A;  3CQL A;  3HT8 A;  158L A;  213L A;  1BB3 A;  260L A;  252L A;  175L A;  1C6E A;  1LZS A;  1L38 A;  1QSB A;  4GCB A;  1JKA A;  199L A;  228L A;  1GHL A;  3B0K A;  3EMS A;  3WXU A;  2DQE Y;  142L A;  4HTN A;  1GB9 A;  1T8A A;  4E3U A;  258L A;  3MGW A;  1SQ2 L;  1HMK A;  4N9R A;  3BKH A;  5KXM A;  4QY9 A;  1KW7 A;  5LA5 A;  3SB7 A;  1L23 A;  2YBN A;  1LYJ A;  1LSC A;  1XEJ A;  4ZFP A;  1LKS A;  1YAP A;  1GE2 A;  1GXV 2;  3KAM A;  3HDE A;  1LZA A;  1OUA A;  2H9K A;  2HU3 A;  4XJG A;  4ARJ A;  4GCE A;  1GDW A;  146L A;  1L80 A;  4J7V A;  1GFG A;  1B0D A;  4ET8 A;  3DMV A;  3OE9 A;  2C8P A;  1NMM A;  2MEE A;  1C64 A;  1P37 A;  1QT4 A;  1B7L A;  2NWD X;  235L A;  3SBB C;  151L A;  2RB0 X;  1MLC E;  4IJ4 A;  1QSA A;  5KXN A;  1D3F A;  1JTT L;  1L58 A;  198L A;  1DQJ C;  4IAP A;  233L A;  4NY5 A;  1CKH A;  1L69 A;  1JJ0 A;  1GEZ A;  3RUN A;  1OUD A;  2BQI A;  4LYB A;  1LPY A;  1L06 A;  109L A;  1L0K A;  3RZE A;  187L A;  1IC7 Y;  133L A; 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