1L01A

Structural studies of mutants of the lysozyme of bacteriophage t4. the temperature-sensitive mutant protein thr157 (right arrow) ile
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRAGIWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H1 (159-161)AH1 (3-11)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH5 (93-106)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural studies of mutants of the lysozyme of bacteriophage T4. The temperature-sensitive mutant protein Thr157----Ile.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l01A00
1DYDA 3HUAA 1L66A 2F2QA 3DMXA 1C61A 2B6WA 156LA 1G0GA 1TLAA 4K5YA 1L45A 1D3NA 1JTNA 1L14A 2OU8A 1LYJA 3FA0A 164LA 4I7JA 4ARMB 2Z6BA 1L27A 1L83A 261LA 1KS3A 151LA 1L79A 176LA 2QARC 2B6TA 3GULA 2RAZX 3G3VA 4ARQA 3C7YA 2RBNA 1L52A 3C7WA 1XEPA 2RB2X 1L41A 3GUOA 1C6TA 258LA 238LA 197LA 1L02A 3NY9A 1KW7A 170LA 242LA 2B6ZA 2ANVA 247LA 1QS9A 2B74A 2LCBA 3DNAA 1T8FA 199LA 2RAYX 1C64A 2RBPA 2F32A 1QUOA 1L04A 1L56A 1L0JA 3C81A 4I7MA 1L46A 125LA 3NYAA 4W57A 4ARJA 142LA 224LA 1LYIA 250LA 1C68A 3C7ZA 109LA 256LA 1L22A 1L23A 2B70A 237LA 2A4TA 1KNIA 1CV1A 1C63A 1KY1A 1L53A 1QTCA 1L86A 1L76A 3GUJA 1CU3A 1L60A 1C62A 102LA 1L28A 1L10A 3OE9A 113LA 1C6CA 2NTGA 3EMLA 1L19A 143LA 1L48A 1CUQA 4LDEA 1L21A 245LA 223LA 2OE4X 1L07A 4LDOA 1OYUA 1L36A 1L82A 168LA 4LZMA 1C6IA 3DN3A 2Q9DA 3SB8A 1C6NA 4PJZA 1L97A 3F9LA 1QTZA 1L67A 1L29A 220LA 209LA 1DYFA 3RUNA 4W53A 1SWYA 3L64A 3C82A 1OVJA 161LA 1K28A 253LA 1EPYA 2OEAX 3HT7A 1KW5A 3ODUA 1QT8A 4AQNA 1L85A 3DN2A 1G0LA 1G0QA 3HWLA 1L64A 1L44A 1L75A 1L87A 1DYEA 3C8QA 3JR6A 171LA 1P2LA 1L40A 3CDQA 3C80A 3HDFA 1QT3A 4I7NA 1L20A 1LI2A 1L15A 3PBLA 1P37A 1C6HA 212LA 1P5CA 219LA 1L74A 4W56A 1L57A 3PDSA 3FADA 4I7QA 1LGWA 1CU0A 1L09A 1ZURA 150LA 152LA 4S0WA 1C6FA 1D3FA 3OE0A 1QTVA 1LWKA 1L50A 259LA 1QT5A 1PQMA 144LA 1L31A 1CV6A 1DYGA 1L99A 4E97A 1T6HA 195LA 1PQKA 191LA 3RZEA 1L84A 1LYHA 1SX7A 3NY8A 1D3MA 180LA 1CX7A 2B73A 2QB0B 1P36A 3OE8A 1L65A 129LA 1LI6A 1L90A 107LA 130LA 1G07A 2O4WA 1LGUA 1C6KA 254LA 2OU9A 4EKQA 187LA 127LA 1G0MA 1L89A 3DN6A 1L54A 1L24A 1L72A 1L39A 3HTDA 158LA 4I7RA 3G3WA 3SB6A 3DN4A 1PQOA 3DMZA 3GUKA 1L59A 257LA 1CV5A 119LA 184LA 1P3NA 231LA 205LA 236LA 1C6QA 4YX7C 233LA 241LA 1LYGA 177LA 4YXAC 4W51A 182LA 251LA 4I7OA 1C6LA 190LA 239LA 1L71A 1OVHA 1QTBA 1OV5A 186LA 189LA 1QT7A 2OE7X 2HULA 3HH3A 1G1VA 1L13A 1LYDA 157LA 1LYFA 3VW7A 1L61A 1L03A 2B72A 2RH1A 4W52A 4ZPUA 4EKRA 7LZMA 1L91A 1L51A 249LA 217LA 128LA 4W59A 3HT6A 1L80A 1L34A 4ARMA 1T8AA 3GUNA 181LA 1JTMA 114LA 3K2RA 1P6YA 3DMVA 235LA 1LYEA 178LA 3CDOA 1C67A 169LA 1L92A 1L94A 4DAJA 192LA 1QUDA 3HH4A 1NHBA 2OTYX 185LA 1G0PA 1L32A 1L69A 2RBOA 4I7SA 2O7AA 4ARLA 139LA 1CTWA 123LA 1PQIA 1C6GA 2HUKA 1L35A 3DN0A 4GBRB 4EXMA 172LA 1QUGA 3HDEA 255LA 1CV4A 1C69A 2LZMA 201LA 4DKLA 141LA 4OO9A 1LI3A 1L12A 1L33A 196LA 1L01A 248LA 1C6AA 4ARPA 4IAPA 230LA 4I7TA 1L77A 1ZYTA 1B6IA 1PQJA 3QAKA 1XJUA 1P46A 1L62A 227LA 1P64A 213LA 165LA 216LA 1L18A 1L11A 3DKEX 2Q9EA 218LA 1L06A 111LA 1L38A 118LA 1L88A 1SWZA 1DYBA 1QSBA 232LA 1LGXA 1PQDA 3SBBC 1C65A 2RBSA 1QTHA 4EKSA 131LA 1L08A 1L49A 115LA 2HUMA 1L17A 244LA 3V2WA 1L98A 4GRVA 3SN6R 206LA 2ANXA 163LA 3C83A 3FI5A 2NTHA 2RBQA 126LA 1C60A 240LA 1OV7A 166LA 1SSWA 1QT4A 1T97A 1L30A 146LA 1G0KA 1LW9A 4EKPA 1P2RA 1L47A 3HH6A 4W54A 5I14A 1L0KA 1WTHA 1CV0A 3CDRA 1L93A 4YXCA 1L43A 183LA 1D9WA 210LA 3DN8A 1CU2A 246LA 1LLHA 228LA 221LA 3D4SA 173LA 138LA 1DYAA 2OU0X 1L26A 1CVKA 5LZMA 1L25A 3GUIA 147LA 1G06A 1C6DA 1L00A 214LA 1C6MA 1SSYA 159LA 1L58A 3HTFA 215LA 122LA 3HU9A 3OE6A 1L70A 4W58A 229LA 1JQUA 1C66A 2F47A 1SX2A 167LA 1L68A 1T8GA 243LA 1KY0A 1LWGA 112LA 2OE9X 4EPIA 3HUKA 1G0JA 4EJ4A 2OTZX 2RB0X 3HH5A 160LA 1L42A 4I7LA 3C8RA 3CDVA 1D2WA 3UONA 225LA 104LA 148LE 1QTDA 3F8VA 3HT9A 3SBAA 2B7XA 3LZMA 3HT8A 1D2YA 4LDLA 1LPYA 3CDTA 110LA 3L2XA 2B75A 1C6BA 108LA 1CU5A 2B6XA 2RBRA 1L63A 2B6YA 140LA 252LA 4ARQB 260LA 1CV3A 1XJTA 4EPFA 1QS5A 262LA 3C8SA 1C6EA 2LC9A 137LA 222LA 1OWZA 1QUHA 1ZWNA 3DN1A 1L81A 3HU8A 1QT6A 3V2YA 2O79A 1CUPA 198LA 4W55A 1P7SA 4I7PA 1C6PA 1CX6A 1DYCA 155LA 120LA 3HUQA 1QSQA 200LA 1P56A 3HTBA 3GUPA 234LA 1L37A 4DJHA 1I6SA 1L73A 1OVKA 145LA 103LA 1L16A 3SB9A 1L96A 211LA 2RB1X 188LA 3SB5A 149LA 1CU6A 2IGCA 175LA 1OWYA 3G3XA 1L55A 4I7KA 174LA 1C6JA 4PK0A 1D3JA 6LZMA 3HTGA 3GUMA 1G1WA 3SB7A 162LA 1L95A 226LA 1L05A 2CUUA 2L78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEDA 153LA 1PS5A 4ANRA 4W94A 1GBOA 2FYCA 1L45A 4ARMB 1LYJA 164LA 3N9EA 4HPEA 2Z6BA 1C7PA 1L27A 261LA 3GULA 1NF5A 3WL2A 1BB7A 1JKDA 2BAAA 1OUBA 1GB8A 3GUOA 1L02A 1B7LA 1LMPA 3NY9A 4DWXA 2ANVA 1QS9A 1IWXA 1JSFA 2RAYX 1C64A 1FLYA 2BLYA 3WPJA 4H9AA 5LYTA 125LA 1LJIA 1B5XA 1LYIA 3C7ZA 109LA 1HC0A 1Z55A 1L22A 1L23A 2B70A 237LA 2A4TA 1B7OA 4B1AA 1QSWA 2HU1A 1QTCA 1L86A 1FLWA 1L76A 4TWSA 5KXYA 102LA 1N4FA 3OE9A 2NTGA 1GF9A 3A92A 143LA 3G3BB 1CUQA 4LDEA 2OE4X 4LDOA 4HTKA 3WXTA 1KIQC 1L82A 2BQCA 4QEQA 1C6IA 3CT1A 4XJFA 1LZRA 3F9LA 1L67A 1L29A 209LA 4DD3A 3WMKA 3C82A 2OEAX 1KW5A 1C08C 1QT8A 2DQEY 5DLAA 4AQNA 2F2NA 4DD2A 2W1XA 1L64A 4IJ4A 4NEBA 3C80A 4MR1A 4H94A 1P5CA 219LA 5C6LA 3GXRA 1L74A 4KPMA 1LZGA 4NFVA 2EQLA 1JKCA 1HNLA 1QTVA 1A2YC 259LA 1PQMA 4WLXA 144LA 5B07A 1J1PY 2AUBA 195LA 191LA 1VEDA 1IOTA 1I56A 180LA 1D6PA 194LA 107LA 1F6RA 187LA 1FBIX 4HPIA 127LA 3HTDA 1YAQA 4WL7A 1YILA 1P2CC 3GUKA 1YQVY 2Z12A 257LA 3AJNA 1TAYA 4LFXA 4YX7C 4PPOA 5EBHA 1JHLA 1GE3A 5F14A 1LHMA 4I7OA 239LA 1L71A 2DQDY 1QTBA 1GAZA 1OV5A 5D5FA 1W08A 2HULA 5IDDA 4LT3A 1VDPA 1RCMA 1L03A 1L51A 3B72A 128LA 3FE0A 3WUNA 4OWAA 1IWUA 4WLDA 1T6VL 181LA 1JTMA 4NHTA 114LA 1BB3A 1LYEA 1L92A 3ATNA 1LMNA 4B4IA 3AW6A 2D4JA 1NBZC 4CFOA 1L69A 1WQOA 1LSFA 1REZA 4B4EA 5F16A 3HFMY 1L35A 1REXA 172LA 4IATA 1DI5A 3VWOA 5I53A 4DKLA 4OO9A 1LI3A 1IP6A 1L33A 196LA 1YKZX 2DQJY 5HMJA 3A6CY 5L3HA 2MEFA 3AZ5A 4I7TA 1ZYTA 1B6IA 1GHLA 3QAKA 4QDNA 1P46A 3T6UA 4HV2A 2BQLA 1L18A 1L11A 3DKEX 2BQIA 1L06A 3D9AC 4GN4A 2YBJA 4XJBA 3P4ZA 1DXJA 4OWEA 1GE4A 1D0MA 1QSBA 232LA 1LGXA 5LVKA 5KXRA 1QTHA 1XFPL 2HU3A 4N0JA 2I26L 4YF2A 2MEDA 1VDTA 1LZ6A 4XENA 5I5QA 4PHIA 4HV1A 1LSEA 1UCOA 4YOPA 1OV7A 4I0CA 1LYZA 146LA 3W6CA 1LKSA 4XJIA 4YXCA 5FEKA 183LA 1D9WA 6LYTA 210LA 3DN8A 5KKIA 3TXIA 1LLHA 5KXKA 2BQKA 221LA 5B1FA 4CJ2A 1GEVA 2A7FA 1DYAA 1GFAA 1G7JC 3TXEA 1L00A 1C6MA 1JKBA 3A93A 4LYTA 2PC2A 3A96A 159LA 4WLTA 2Z37A 4NSJA 3HTFA 4GN5C 1CJ7A 5HLLA 1L68A 1MELL 1HEOA 1LMCA 2RSCA 3RU5A 3CQLA 3HUKA 2OTZX 1L42A 4I8SA 3CDVA 1LMTA 5ILFA 2B7XA 1LSGA 1LPYA 135LA 3A3QA 4ZFPA 5I54A 3L2XA 1GBZA 4ETCA 2YDGA 4LYBA 2B6YA 2BPUA 4ARQB 4H9HA 4DD7A 4EPFA 3K3TA 5KXSA 7LYZA 1LJEA 3C8SA 1IC7Y 2B5ZA 1OWZA 1QUHA 4ETBA 1L81A 4LYCA 5E4PA 3HU8A 1LMAA 1IP5A 1NBYC 5JENB 1CX6A 1CKGA 1DYCA 1LSCA 3AZ7A 3HUQA 3T36A 1UIHA 1LSMA 1LSPA 3W6DA 2HUBA 103LA 1L96A 5HNCA 2DQAA 1JJ1A 3J4GA 1AKIA 5D5CA 1C6JA 4PK0A 1BGIA 1G1WA 226LA 1L05A 2CUUA 2L78A 1F0WA 3HUAA 4RLMA 1L66A 2F2QA 3ZVQA 6LYZA 1GFGA 1G0GA 4OWHA 5APCA 2OU8A 4O34A 1LZ1A 1L79A 1HEPA 2QARC 4H8ZA 5LINA 2RAZX 2F4AA 4M6DA 4ARQA 3C7YA 1XEPA 3OK0A 4NSGA 258LA 1IR9A 1QTEA 1WQMA 4LYZA 1KW7A 2B6ZA 242LA 1TBYA 3ATOA 4HTQA 2B74A 1GFHA 1HSWA 1L0JA 1FKQA 3C81A 1LZYA 1HEWA 4NHIA 5F9UA 2YBHA 224LA 1LHIA 256LA 1L53A 1GF4A 1O23A 3GUJA 1OUJA 1INUA 1CU3A 1L60A 3EMSA 3AGGG 4FJRA 1L10A 1HEMA 4RW1A 3EMLA 3HBEX 2BQHA 1L48A 1ZVYB 4W96A 5KXLA 1DI4A 1L21A 245LA 1C43A 223LA 4NHQA 4HP0A 4GCBA 1L36A 4OWBA 1XGPC 1IWYA 5KXTA 1QSAA 3AB6A 3DN3A 3SB8A 2Z39A 2Q0MX 1C6NA 1GB7A 4WO9A 1UC0A 4ETAA 4W53A 1IR8A 161LA 1K28A 1EPYA 3A34A 3HT7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HED A;  153L A;  1PS5 A;  4ANR A;  4W94 A;  1GBO A;  2FYC A;  1L45 A;  4ARM B;  1LYJ A;  164L A;  3N9E A;  4HPE A;  2Z6B A;  1C7P A;  1L27 A;  261L A;  3GUL A;  1NF5 A;  3WL2 A;  1BB7 A;  1JKD A;  2BAA A;  1OUB A;  1GB8 A;  3GUO A;  1L02 A;  1B7L A;  1LMP A;  3NY9 A;  4DWX A;  2ANV A;  1QS9 A;  1IWX A;  1JSF A;  2RAY X;  1C64 A;  1FLY A;  2BLY A;  3WPJ A;  4H9A A;  5LYT A;  125L A;  1LJI A;  1B5X A;  1LYI A;  3C7Z A;  109L A;  1HC0 A;  1Z55 A;  1L22 A;  1L23 A;  2B70 A;  237L A;  2A4T A;  1B7O A;  4B1A A;  1QSW A;  2HU1 A;  1QTC A;  1L86 A;  1FLW A;  1L76 A;  4TWS A;  5KXY A;  102L A;  1N4F A;  3OE9 A;  2NTG A;  1GF9 A;  3A92 A;  143L A;  3G3B B;  1CUQ A;  4LDE A;  2OE4 X;  4LDO A;  4HTK A;  3WXT A;  1KIQ C;  1L82 A;  2BQC A;  4QEQ A;  1C6I A;  3CT1 A;  4XJF A;  1LZR A;  3F9L A;  1L67 A;  1L29 A;  209L A;  4DD3 A;  3WMK A;  3C82 A;  2OEA X;  1KW5 A;  1C08 C;  1QT8 A;  2DQE Y;  5DLA A;  4AQN A;  2F2N A;  4DD2 A;  2W1X A;  1L64 A;  4IJ4 A;  4NEB A;  3C80 A;  4MR1 A;  4H94 A;  1P5C A;  219L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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