1L02A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGAWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l02A00
1P2RA 1G06A 140LA 3K2RA 1CU6A 257LA 1L30A 1G1WA 1OWYA 1LYJA 1PQKA 1L0KA 1LPYA 1K28A 1L84A 1L87A 1CX7A 1C6CA 222LA 157LA 1C6NA 1T8GA 2B6TA 4ARPA 1L42A 2B74A 3FA0A 1QS5A 189LA 4I7TA 1D3NA 130LA 1CV5A 4GRVA 4YXCA 2B7XA 1JTMA 1CV3A 1OVJA 4OO9A 3C7ZA 143LA 211LA 112LA 2O7AA 253LA 1L04A 1L73A 1DYAA 2Q9EA 3CDRA 210LA 3G3WA 3HUAA 137LA 149LA 1QT5A 1QUHA 177LA 4I7RA 3FI5A 7LZMA 223LA 233LA 167LA 4EKQA 1QT7A 2RB0X 209LA 228LA 1G1VA 4W57A 127LA 1LYFA 1KY1A 1L80A 215LA 3DN0A 3ODUA 1L48A 2LZMA 3C8SA 3C82A 113LA 1ZYTA 3GUJA 238LA 1KW7A 1L46A 3OE6A 1L39A 234LA 3GUPA 4I7SA 1T97A 123LA 1G0GA 1CU3A 4PK0A 122LA 4YX7C 1D2WA 1L90A 1D3FA 1L47A 3F9LA 4W55A 187LA 1QTCA 3FADA 4PJZA 1L57A 1G0QA 3QAKA 2HUKA 1DYDA 126LA 1L06A 1L89A 3DN4A 1L07A 2ANVA 1LYGA 188LA 2NTGA 164LA 1OV5A 3DN2A 3SN6R 1P56A 214LA 1C60A 186LA 2F32A 4ZPUA 3PDSA 4EKSA 1C6TA 2CUUA 1DYEA 1T8FA 239LA 3C8RA 2B6XA 3GUMA 1CU0A 1CUQA 150LA 144LA 218LA 118LA 1L10A 227LA 2B72A 4LDLA 1L93A 220LA 5I14A 250LA 2L78A 3RUNA 1DYGA 2RB1X 246LA 2RBNA 1C63A 1LGWA 109LA 2RBQA 3OE0A 4W59A 2B70A 1D9WA 1L62A 1XJUA 3RZEA 2F47A 4ARJA 1L34A 1L49A 3G3XA 4I7MA 1L29A 2F2QA 4I7JA 125LA 1PQDA 1L52A 1L01A 1L79A 1TLAA 181LA 225LA 1L24A 245LA 1L92A 1JTNA 247LA 3DMXA 248LA 3DKEX 3HDFA 1C67A 1L70A 3HT8A 1P46A 231LA 4W58A 3DN8A 2RBRA 3DMVA 107LA 1QTDA 197LA 4E97A 1L60A 4ARMB 226LA 4S0WA 1L05A 1ZWNA 1LYDA 1T8AA 1L75A 3G3VA 1LW9A 1L53A 1C66A 1L66A 1SWYA 1L77A 221LA 115LA 1C6GA 1L17A 1L27A 155LA 3CDOA 4I7LA 212LA 1L74A 1C6PA 1L96A 4W52A 3GUOA 103LA 1L67A 1OYUA 259LA 4I7KA 4EKPA 159LA 1T6HA 3L64A 1L02A 3SB9A 1C6DA 4EPFA 1DYFA 3HTFA 1L09A 1L45A 241LA 3LZMA 4YXAC 1L14A 1LI2A 1QTZA 1L51A 1LLHA 3SBAA 2QARC 1WTHA 196LA 1LGXA 4ARQA 1L03A 170LA 1CV1A 3C8QA 1C6QA 249LA 1B6IA 1LYEA 1L63A 2Z6BA 156LA 1SX7A 3HH5A 114LA 4LDEA 1SSWA 2RBOA 1L19A 1KS3A 244LA 1L64A 180LA 3L2XA 1L23A 1C65A 2OU9A 1L20A 1QUGA 236LA 2O4WA 1I6SA 206LA 3NYAA 1QT4A 184LA 3UONA 4EJ4A 129LA 201LA 2OTYX 6LZMA 4IAPA 3GUIA 1OVKA 3HU9A 120LA 128LA 1NHBA 1L65A 1L56A 1QUOA 1LYIA 3CDVA 1C6KA 4LDOA 254LA 1L12A 1CV6A 2OEAX 3C7YA 190LA 2HULA 258LA 1G0KA 251LA 224LA 1JQUA 185LA 1L15A 1L28A 262LA 3SBBC 256LA 3NY8A 2RBPA 3CDQA 1P37A 1L18A 3DN1A 3C81A 1P2LA 139LA 4EPIA 158LA 3HT9A 1P5CA 3NY9A 2OU0X 1KY0A 3HUKA 2OE4X 1C6AA 3C80A 1QT8A 1QTHA 2B6ZA 2B6WA 1L61A 1L98A 1L54A 232LA 119LA 1QT6A 1L59A 3CDTA 3JR6A 1QUDA 4W54A 2RAZX 4ARMA 173LA 3HH4A 1L33A 1L69A 1C6IA 1QT3A 2O79A 1L37A 4W53A 2QB0B 1CV4A 1P64A 1PQJA 3F8VA 1CX6A 145LA 230LA 3HTBA 3SB7A 242LA 3HDEA 1LWKA 1OV7A 1PQOA 2B6YA 2LC9A 5LZMA 1SWZA 1L31A 1QSQA 1C68A 1L71A 217LA 4DAJA 161LA 3SB8A 192LA 1L88A 1L97A 4ARLA 3GULA 229LA 3OE8A 1L08A 162LA 1P6YA 138LA 1C61A 1G0MA 199LA 3V2YA 108LA 111LA 1LI3A 152LA 252LA 1L58A 2OU8A 3GUNA 1KNIA 1OWZA 1XJTA 174LA 1L76A 3SB5A 1C6MA 1QTVA 3HTGA 2OTZX 3DN6A 3HUQA 4I7QA 1QTBA 1DYCA 213LA 147LA 3DNAA 3EMLA 260LA 1L41A 1CUPA 1LI6A 1ZURA 1L38A 1L91A 1QSBA 3HH6A 4EKRA 1G0LA 1G07A 240LA 1XEPA 2RH1A 3VW7A 1L22A 1LWGA 1C62A 1LYHA 1L55A 2LCBA 1L43A 3HU8A 219LA 216LA 1CU5A 4DKLA 1L00A 1C6HA 131LA 3HH3A 2HUMA 191LA 1D2YA 1L16A 4LZMA 198LA 1C6BA 171LA 1PQIA 261LA 176LA 4I7OA 1L50A 2RAYX 1L44A 146LA 151LA 2A4TA 1L13A 4ARQB 160LA 1L68A 1G0JA 1L32A 4K5YA 1CV0A 1L95A 1P3NA 4W56A 169LA 1D3MA 1C69A 4W51A 2B75A 3GUKA 205LA 1CU2A 1C64A 1L94A 1C6EA 1L25A 3SB6A 1L26A 1LGUA 4DJHA 141LA 1QS9A 178LA 1EPYA 2RBSA 1L36A 1L35A 175LA 182LA 1C6JA 2OE7X 3C83A 3HT7A 255LA 3HWLA 2Q9DA 4EXMA 104LA 110LA 165LA 1C6FA 1L86A 1L40A 1P36A 1SSYA 163LA 195LA 1OVHA 3DN3A 1PQMA 2IGCA 243LA 3PBLA 2B73A 3DMZA 1L0JA 183LA 1L83A 2ANXA 2RB2X 2NTHA 4I7NA 1G0PA 4AQNA 3D4SA 1P7SA 1L99A 1SX2A 142LA 1DYBA 1KW5A 1L21A 1D3JA 172LA 1L11A 1L72A 148LE 168LA 102LA 2OE9X 3HT6A 200LA 4GBRB 166LA 3OE9A 1CVKA 1C6LA 1L81A 237LA 4I7PA 1L85A 3V2WA 1CTWA 3C7WA 3HTDA 1L82A 235LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB5A 3K2RA 2BQMA 1L30A 5KXTA 1G1WA 3LYTA 1VATA 2ZQ3A 3WXTA 1JUGA 3FA0A 1JKDA 4GCEA 4ETAA 3LZ2A 4ANRA 4LFXA 1BWIA 1JTMA 1TDYA 3WU7A 1J1XY 2O7AA 1L04A 2Q9EA 3G3WA 1IEEA 1HEMA 1QUHA 4I7RA 3FI5A 7LZMA 167LA 1QT7A 2LHMA 1LYFA 1KY1A 215LA 3WPLA 5KXZA 238LA 4RDSA 234LA 4ET8A 1G0GA 3WYHA 1CU3A 4PK0A 4PPOA 1IC4Y 1L47A 1I1ZA 1LMOA 1IWTA 2DQEY 4NHSA 1YKYX 3B6LA 3FADA 3WVXA 3DN4A 2ANVA 3TXJA 1VAUA 1GFUA 2FYDA 2NTGA 164LA 5E9RA 4WLXA 1UUZC 1LHMA 1C60A 186LA 3TMUA 4EKSA 3TXGA 1KXYA 1LZYA 239LA 1LZDA 1D0KA 3C8RA 1REZA 3WUMA 4GCDA 4D9ZA 1XGQC 227LA 4LDLA 4PRUA 220LA 4H93A 5I14A 1UIHA 2AUBA 1IWWA 3RUNA 2RB1X 4R6CA 3E3DA 4RLNA 4WLTA 2B70A 5I5QA 3RZEA 4ARJA 3AZ5A 3G3XA 1TEWA 2F2QA 1QTEA 1GWDA 5HMJA 2MEGA 1L01A 5KKIA 2HTXA 3WULA 4XYYA 6LYZA 2HU1A 1LSYA 5FEKA 1C67A 3HT8A 4EOFA 107LA 1QTDA 1GB3A 1L60A 1L05A 3G3VA 6LYTA 1IR9A 115LA 3AW7A 4NGWA 4DYGA 1UIEA 3GUOA 2MEEA 4TTDA 5A3ZA 1OYUA 259LA 1D9UA 3WPJA 159LA 1F6RA 2H9JA 1T6HA 5KXXA 1GEZA 3HTFA 1GFTA 4GN5C 3T6UA 1LI2A 1B7SA 1BHZA 1LLHA 2QARC 1GFKA 1LGXA 170LA 3LN2A 1LHIA 1L63A 1LZ4A 1INUA 3HH5A 3BKVA 5LVHA 180LA 4UWUA 2OU9A 1L20A 1B5XA 1QT4A 129LA 2OTYX 4XJIA 1YANA 1LJHA 1HEWA 4OWBA 3HU9A 128LA 4B4JA 1JJ3A 7LYZA 4E3UA 2WARA 3CDVA 2Z38A 4LZTA 4LDOA 3P4ZA 5DN5A 1LJFA 1VDQA 1NWGA 1FKQA 1DQJC 2EIZC 2EPEA 1JSEA 3NY8A 3CDQA 2YBIA 2PC2A 1VFBC 2OU0X 4LT0A 1KY0A 1IP7A 3HUKA 2OE4X 1C6AA 3CSRA 1LZSA 1QTHA 2B6ZA 1ZMYL 1HFXA 3A34A 3EMSA 2HEAA 4H1PA 119LA 3JR6A 4PGJB 1GPQC 4U3XB 1OUDA 4NGYA 1NMMA 1LYSA 3HH4A 1C6IA 1QT3A 2O79A 1L37A 1CV4A 1QDTA 5LVKA 5FHWA 5EBHA 1CX6A 1GAYA 1G7LC 1QSQA 217LA 161LA 3SB8A 1DZBX 1L97A 4ARLA 229LA 1FLYA 3OE8A 3CB7A 138LA 1C61A 5HMVA 3EBAB 199LA 1D6QA 4O34A 1QDRA 3V2YA 2OU8A 4KPMA 4I8SA 3A6BY 3SB5A 1C6MA 1QTVA 3HTGA 4AXTA 4ETBA 1OUEA 4ETCA 3DNAA 5LVGA 1CUPA 1LI6A 4WM1A 3AGIA 1G07A 1IC7Y 2RH1A 1LZCA 1IWUA 2I25L 1C62A 1LYHA 1L55A 1UIFA 2YBHA 2A7FA 1LHKA 1YQVY 3HBDA 3HH3A 2HUMA 191LA 1IWVA 1GF7A 171LA 4XJBA 1PQIA 261LA 4DD3A 4WO6A 2RAYX 1JISA 5HLLA 146LA 151LA 1L13A 4ARQB 1YAPA 1L32A 2B5ZA 1I56A 2I6ZA 1C45A 1CU2A 1C6EA 2Z2EA 4OOTA 1O23A 2D4JA 1WQPA 3SB6A 2YBLA 1GEVA 1IP3A 5I4YA 1DPWA 1OUJA 4H8YA 178LA 2Z37A 1VEDA 4I0CA 2CDSA 182LA 1IP2A 1BB7A 3C83A 1GBXA 1GXV2 5KXNA 5LA8A 110LA 1L40A 1SSYA 5AMYA 195LA 5J7CA 1WQOA 3QNGA 2IGCA 2DQDY 1JITA 2B73A 3DMZA 1L0JA 1L83A 4B4EA 4NGLA 4AQNA 1G0PA 1LSEA 1P7SA 4CJ2A 1L99A 1DYBA 1L21A 1IP6A 3B0OA 3WU8A 4QEQA 1IR8A 1YKZX 200LA 5LAGA 1LJKA 1MELL 1CTWA 2ZYCA 1HNLA 1AZFA 1L82A 3HFMY 4AGAA 4TSCA 1FLWA 1OWYA 4NSIA 3J4GA 1LPYA 2YBNA 1UCOA 1LKSA 1LZBA 1L84A 2MEAA 1CX7A 5KXSA 4ML7A 1L42A 3TXHA 1QS5A 189LA 1GF4A 1JPOA 3CQLA 1CV5A 2B7XA 1CV3A 4OO9A 2VB1A 1NF5A 112LA 1LSBA 1MLCE 1OQMA 4WG7A 1IVMA 3CDRA 1REMA 2DQJY 4MSTA 3EXDA 1LHLA 3RNXA 5LYZA 149LA 3ZVQB 4GN4A 177LA 4EKQA 209LA 228LA 4W57A 4GLAA 4N9RA 1L80A 3ODUA 1L48A 3HBHA 3FE0A 1HELA 3C8SA 4NGIA 3C82A 1LSNA 3A3RX 1OUIA 1KW7A 1L46A 3OE6A 1LSZA 3A91A 1L39A 1PZYA 2BQFA 4I7SA 3SP3A 1JTTL 1HSWA 4LFPA 122LA 5L3HA 1LZ6A 1YAQA 1YROA 4DD9A 1G0QA 3QAKA 2HUKA 1DYDA 5M1YA 4DWXA 1B7MA 1OV5A 3DN2A 4YENA 1P56A 2ZQ4A 4ZPUA 4XJFA 5FSTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB5 A;  3K2R A;  2BQM A;  1L30 A;  5KXT A;  1G1W A;  3LYT A;  1VAT A;  2ZQ3 A;  3WXT A;  1JUG A;  3FA0 A;  1JKD A;  4GCE A;  4ETA A;  3LZ2 A;  4ANR A;  4LFX A;  1BWI A;  1JTM A;  1TDY A;  3WU7 A;  1J1X Y;  2O7A A;  1L04 A;  2Q9E A;  3G3W A;  1IEE A;  1HEM A;  1QUH A;  4I7R A;  3FI5 A;  7LZM A;  167L A;  1QT7 A;  2LHM A;  1LYF A;  1KY1 A;  215L A;  3WPL A;  5KXZ A;  238L A;  4RDS A;  234L A;  4ET8 A;  1G0G A;  3WYH A;  1CU3 A;  4PK0 A;  4PPO A;  1IC4 Y;  1L47 A;  1I1Z A;  1LMO A;  1IWT A;  2DQE Y;  4NHS A;  1YKY X;  3B6L A;  3FAD A;  3WVX A;  3DN4 A;  2ANV A;  3TXJ A;  1VAU A;  1GFU A;  2FYD A;  2NTG A;  164L A;  5E9R A;  4WLX A;  1UUZ C;  1LHM A;  1C60 A;  186L A;  3TMU A;  4EKS A;  3TXG A;  1KXY A;  1LZY A;  239L A;  1LZD A;  1D0K A;  3C8R A;  1REZ A;  3WUM A;  4GCD A;  4D9Z A;  1XGQ C;  227L A;  4LDL A;  4PRU A;  220L A;  4H93 A;  5I14 A;  1UIH A;  2AUB A;  1IWW A;  3RUN A;  2RB1 X;  4R6C A;  3E3D A;  4RLN A;  4WLT A;  2B70 A;  5I5Q A;  3RZE A;  4ARJ A;  3AZ5 A;  3G3X A;  1TEW A;  2F2Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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