1L02A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGAWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l02A00
3DN6A 1JTNA 1L05A 2OU0X 3DN1A 4S0WA 1P56A 1G1WA 251LA 4W53A 103LA 4I7RA 197LA 170LA 1B6IA 1C6QA 1L82A 3RZEA 1L36A 225LA 1L97A 3GULA 3NYAA 1P36A 1L38A 255LA 1L41A 5I14A 1L22A 1L89A 3SBBC 1L58A 1P2RA 1L37A 210LA 3SN6R 1C6FA 3C8QA 1L68A 1PQJA 2A4TA 4EPIA 230LA 1L39A 2RAYX 147LA 1L24A 164LA 183LA 169LA 4W51A 1L48A 3GUJA 262LA 234LA 187LA 1L49A 3L64A 1KW5A 1L19A 184LA 1L52A 3CDTA 2RAZX 1L26A 1L00A 2O79A 128LA 1C62A 1LGUA 3DMXA 1QUGA 1ZURA 3HH4A 1L60A 4K5YA 1L06A 1C6CA 108LA 3SB6A 1KW7A 1LI3A 250LA 3EMLA 2B74A 4DJHA 4ARLA 1G1VA 1LYHA 2OTYX 3RUNA 1L98A 4EKPA 1T97A 188LA 1L01A 4W54A 1KS3A 1CU3A 2NTHA 4W59A 226LA 1L13A 2OEAX 3LZMA 3ODUA 1KY1A 4IAPA 139LA 148LE 1C63A 1L65A 1LI2A 1D2WA 201LA 1C6JA 4W56A 1JTMA 1G0GA 4I7KA 155LA 2O4WA 162LA 3C8RA 3DNAA 4EPFA 1P37A 119LA 2B6YA 1DYCA 1G0MA 258LA 3HT9A 2RH1A 3HDFA 174LA 1SSWA 3HTFA 3OE0A 3SB9A 1L88A 3DN8A 3DN3A 3G3VA 1OV5A 1L27A 198LA 111LA 4W57A 1L91A 4I7MA 172LA 1LGXA 1QS5A 1CV0A 1L50A 1LPYA 1L45A 1WTHA 4EXMA 1LYFA 1OVHA 3GUOA 3FA0A 1L67A 191LA 1CX6A 1P5CA 2B6WA 196LA 2LZMA 4I7JA 1QSBA 1C69A 1CV6A 3HWLA 1DYFA 1LGWA 1PQMA 209LA 1P64A 156LA 4GRVA 150LA 1CU0A 180LA 1LYJA 2L78A 3UONA 1C6HA 1QUOA 1PQDA 137LA 2CUUA 1SWYA 205LA 4I7SA 3GUIA 130LA 1L77A 3HT6A 1SX7A 4ARMB 3OE8A 1T8FA 220LA 1C6IA 1P46A 4E97A 1G0LA 239LA 1DYEA 1L83A 1L79A 1L16A 2LCBA 2RB0X 233LA 1LLHA 4W52A 3SB7A 1L03A 163LA 3HTDA 1C6MA 112LA 1QT4A 2ANVA 1L34A 1L66A 4DAJA 127LA 1L08A 1CVKA 1L73A 212LA 2HULA 1L64A 1OV7A 192LA 1L96A 3F9LA 1SWZA 1D3NA 3DKEX 237LA 238LA 2B73A 2RB1X 3VW7A 4PK0A 1CV5A 1QTHA 152LA 3DN0A 185LA 4AQNA 1L40A 1G0KA 1QTCA 2RBQA 1L93A 3DN2A 1QT8A 3PBLA 129LA 1L21A 1CTWA 4YXAC 1L10A 3HUKA 1CU5A 176LA 1G0PA 1XJTA 1TLAA 1L53A 4I7TA 142LA 1P2LA 2OTZX 1C66A 3PDSA 145LA 1L70A 3QAKA 3GUPA 1C6AA 1L02A 253LA 4LDOA 3C83A 206LA 2B6XA 1PQIA 1L84A 3CDQA 1CV3A 3C7WA 3HT7A 1OYUA 3HU8A 1T8GA 217LA 219LA 157LA 4DKLA 3DN4A 1L75A 1QUHA 4YX7C 1I6SA 3HT8A 4LDLA 1C6KA 3OE6A 1D2YA 259LA 1SSYA 1QTBA 1L86A 4W58A 3HUQA 3DMVA 4ARQA 120LA 1DYBA 1EPYA 1C6LA 1QT6A 2RBNA 2HUKA 2OU8A 175LA 4GBRB 1L09A 3SB8A 3G3XA 151LA 4I7QA 1LWKA 1QTZA 125LA 2QARC 114LA 1L95A 3SBAA 3C80A 1L15A 141LA 221LA 1L43A 144LA 3HH6A 1L47A 1L42A 1LYEA 1L30A 1LWGA 1L0JA 1C65A 1KY0A 3NY8A 3V2YA 107LA 2LC9A 3CDOA 1QT5A 3K2RA 1L11A 1PQKA 3JR6A 1G07A 1C6BA 4ARPA 2RBRA 1L46A 171LA 181LA 1D9WA 240LA 2OU9A 1ZYTA 1L55A 1QTDA 1L18A 1L28A 158LA 3C82A 173LA 2QB0B 1L54A 1L44A 1C67A 2RBPA 1D3FA 1L35A 131LA 2O7AA 3HH3A 4I7PA 1K28A 113LA 1C61A 247LA 1C6EA 2B6TA 1LW9A 2HUMA 1L87A 254LA 4PJZA 3HTBA 223LA 3D4SA 1L20A 228LA 1L94A 1CV4A 236LA 1L61A 186LA 1DYGA 2B72A 2F47A 3G3WA 3FI5A 4EJ4A 2OE9X 110LA 4ARJA 1L14A 3HDEA 218LA 1C68A 1L12A 161LA 245LA 232LA 1L0KA 3NY9A 1L62A 224LA 3GUKA 167LA 1C6PA 1L51A 178LA 1L25A 229LA 1P7SA 7LZMA 1L69A 3OE9A 1CU2A 1OVJA 1DYAA 1QT3A 4ARMA 1L31A 3HTGA 4EKRA 195LA 1OVKA 2Q9EA 1C6TA 115LA 1QT7A 213LA 3C7ZA 1C6DA 2RB2X 1L80A 2IGCA 4EKQA 1JQUA 1QS9A 4ZPUA 2RBOA 2ANXA 1SX2A 1L56A 1C6NA 1G0QA 1LYDA 143LA 2B7XA 1LI6A 1L99A 2B75A 1OWYA 4LDEA 6LZMA 1L71A 2NTGA 3CDVA 1ZWNA 1L17A 1P6YA 1L57A 1XJUA 242LA 3V2WA 216LA 215LA 2B6ZA 2RBSA 1G0JA 252LA 1L74A 1C60A 2OE4X 3HU9A 260LA 1L90A 4ARQB 160LA 1C6GA 1G06A 168LA 3DMZA 1QUDA 149LA 1DYDA 4YXCA 2B70A 214LA 1L92A 1L32A 231LA 1L07A 2F32A 4LZMA 1L29A 4OO9A 1QSQA 248LA 261LA 3F8VA 3HH5A 256LA 246LA 1LYIA 3C7YA 227LA 3C81A 190LA 1PQOA 2F2QA 1L85A 165LA 4I7OA 1CUQA 159LA 257LA 1L04A 138LA 3GUMA 1NHBA 1D3JA 4W55A 1XEPA 146LA 3L2XA 122LA 235LA 140LA 118LA 3SB5A 199LA 3CDRA 1OWZA 126LA 4EKSA 102LA 3HUAA 1L63A 1L59A 123LA 1C64A 1QTVA 1L23A 2OE7X 182LA 109LA 249LA 241LA 3C8SA 166LA 1T8AA 2Q9DA 243LA 1CV1A 244LA 2Z6BA 1L72A 4I7LA 104LA 1L81A 1CU6A 1KNIA 1CX7A 5LZMA 1CUPA 4I7NA 1D3MA 1L33A 3GUNA 1T6HA 177LA 200LA 1LYGA 1P3NA 211LA 189LA 1L76A 222LA 3FADA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN6A 4WL7A 1OUFA 3N9EA 1GE2A 4RLMA 1ALCA 2XQOA 4N1EI 2HECA 3ZVQB 4W53A 1NHEA 4NGYA 3P68A 197LA 1BB4A 3GULA 3TXDA 1VDQA 4DQ5A 193LA 3SN6R 1KXWA 2I26L 5HLLA 1KXYA 3A94A 3TMUA 1IWZA 3LYZA 4H8ZA 4IATA 3L64A 1GDXA 3TXEA 3F6ZA 3A95A 3W6EA 1C62A 3OK0A 3DMXA 3W6AA 4HPIA 4XJHA 5A3ZA 5KXRA 1QIOA 3SB6A 1OUEA 4XJDA 1G1VA 1T97A 4KXIA 5I5QA 2BQKA 1CU3A 4W59A 4BAFA 1L13A 3LZMA 3ODUA 2MEIA 4HSFA 4IAPA 3B0IA 1C63A 1EQ4A 2YSSC 1LZ9A 5C6JA 1C6JA 4HJYA 2Z18A 1LHHA 1C45A 5LAFA 4XJGA 1LJ4A 3C8RA 3DNAA 119LA 2B6YA 5APFA 1DYCA 2DQDY 2BQMA 258LA 4W96A 4YENA 1LYYA 3P65A 2CWIA 3HBHA 3DN3A 1L27A 5LA5A 1G7IC 1L91A 1B7QA 4I7MA 1LGXA 1PZYA 5IHGA 5T3FA 5KXOA 1LPYA 1LYFA 1OVHA 1FLUA 1LZTA 1CX6A 1QSBA 4J0LA 1C69A 1CV6A 3HWLA 2BQDA 1GE3A 154LA 1B7RA 209LA 4HV1A 156LA 180LA 1LYJA 3TMVA 1GF7A 2CUUA 1HELA 4LYCA 205LA 4I7SA 5LVKA 3A8ZA 3HT6A 1T8FA 1C6IA 1GEZA 239LA 3M18B 1UICA 4TSBA 1JUGA 1VATA 1UA6Y 1YKZX 4WM6A 1A4VA 233LA 4NG8A 1LLHA 1HEPA 1HNLA 1ZV5L 1YAPA 3TXBA 208LA 4WO6A 1GBOA 2Z38A 2HULA 4GLVA 1HERA 237LA 2HEBA 4B1AA 4B49A 1B7PA 152LA 3DN0A 185LA 3AYQA 1L93A 1YILA 3TXJA 4DDAA 1CJ6A 3HBEX 129LA 1CU5A 2RSCA 1DPXA 1IP5A 3WL2A 1F0WA 1FBIX 2OTZX 1C66A 3PDSA 4H9IA 3J6KA 1GBZA 1LYSA 2BQGA 1B7OA 4I0CA 253LA 3C83A 206LA 2B6XA 1VAUA 1LMOA 4LYZA 4PPOA 1L84A 4C3WA 2LZ2A 4NHIA 1GF6A 3EBAB 1LSPA 1KIQC 4DDCA 1IWUA 1GB8A 1D2YA 4N5RA 3DMVA 3AW6A 1IP7A 1YKXX 120LA 1EPYA 2CJLA 2OU8A 175LA 2LYZA 1QSWA 4GBRB 3SB8A 2BLXA 151LA 1YAMA 4I7QA 1QTZA 1GXV2 2QARC 3C80A 4NEBA 1B5ZA 221LA 1L43A 2Z2FA 4HTKA 4UWVA 4WM1A 3NY8A 4DYGA 1GB3A 3JR6A 1G07A 1C6BA 1GFRA 2RBRA 1D9WA 1LJNA 5L9JA 1L28A 1XFPL 2O7AA 3B0KA 3HH3A 4X3BA 1C61A 254LA 4PJZA 1IWWA 4NIJA 1GFAA 1NDGC 4NGJA 5HQ1A 3D4SA 1L94A 1JKBA 1HENA 1BB7A 4NSJA 1BB5A 1ZVHL 1JKCA 5B07A 3BKVA 218LA 1C68A 1N4FA 161LA 4KPMA 3WMKA 245LA 1VFBC 232LA 1L0KA 1REYA 3GUKA 3WVYA 3W3EA 3LZ2A 178LA 2W1XA 1WQMA 1IWVA 1UACY 3IJVA 1GWDA 1C6TA 115LA 4H8XA 2YBLA 1D9UA 3B72A 2IGCA 4I8SA 4GN3A 2Z37A 4H9BA 3LYTA 1G0QA 1JJ1A 2B75A 1OWYA 2DQIY 1KIRC 1L71A 3RNXA 3CDVA 4EMNA 1LZRA 2RBSA 1C6GA 3CT5A 168LA 4G4CA 1UCOA 2ZYCA 3AJNA 3MGWA 4YXCA 5HNCA 2F2NA 4IJ4A 1O23A 1LZYA 4OO9A 2YBJA 1G7JC 3LZTA 248LA 4XENA 3HH5A 1LYIA 3EO5A 2Z12A 1B7SA 5HNLA 165LA 4I7OA 5KXWA 4MCKA 1FLWA 1L04A 2BQEA 5AMYA 1HEWA 3A96A 1NHBA 3P66A 4RDSA 2YBHA 4NHQA 199LA 1JEFA 1LKSA 4PRUA 126LA 4TSCA 1NQIA 1EL1A 1C08C 3HUAA 1W6ZA 123LA 1L23A 109LA 1LPIA 243LA 2DQAA 1CU6A 1KNIA 1CUPA 3EMSA 3A90A 189LA 1HEOA 1L76A 1LMAA 3FADA 4S0WA 1BWJA 3N9AA 2HEFA 4GCFA 1YQVY 3A6CY 2LHMA 170LA 1C6QA 1L82A 2A7DA 3W6FA 1L36A 4DDBA 1L38A 1LZ5A 2D4KA 1L41A 2Z19A 5I14A 1L89A 4LFXA 3SBBC 1L58A 210LA 1CJ8A 1L68A 1PQJA 1AM7A 3AGHA 2RAYX 147LA 1L24A 164LA 4LYOA 4N8ZA 4WLYA 4Z3MA 169LA 4RW1A 1G7LC 3GUJA 1CNSA 262LA 234LA 5IDDA 1L19A 2Z2EA 1G7HC 1L52A 2G4PA 1LMCA 5D5CA 1L00A 1IOTA 1EQEA 1GE4A 1LZGA 1QUGA 1L60A 250LA 1NWGA 1C7PA 1HMLA 4DJHA 4ARLA 5KXXA 2OTYX 3RUNA 1BHZA 4EKPA 2XBSA 1L01A 3ZEKA 2NTHA 1GDWA 1GF0A 4XADA 1HEMA 1KY1A 5C6IA 1HSWA 148LE 3T36A 3WPLA 1D2WA 1LSZA 1IX0A 5F16A 1RE2A 1G0GA 4I7KA 4ETCA 4NWEA 1P37A 1OUGA 1DZBX 2EKSC 2G4NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN6 A;  4WL7 A;  1OUF A;  3N9E A;  1GE2 A;  4RLM A;  1ALC A;  2XQO A;  4N1E I;  2HEC A;  3ZVQ B;  4W53 A;  1NHE A;  4NGY A;  3P68 A;  197L A;  1BB4 A;  3GUL A;  3TXD A;  1VDQ A;  4DQ5 A;  193L A;  3SN6 R;  1KXW A;  2I26 L;  5HLL A;  1KXY A;  3A94 A;  3TMU A;  1IWZ A;  3LYZ A;  4H8Z A;  4IAT A;  3L64 A;  1GDX A;  3TXE A;  3F6Z A;  3A95 A;  3W6E A;  1C62 A;  3OK0 A;  3DMX A;  3W6A A;  4HPI A;  4XJH A;  5A3Z A;  5KXR A;  1QIO A;  3SB6 A;  1OUE A;  4XJD A;  1G1V A;  1T97 A;  4KXI A;  5I5Q A;  2BQK A;  1CU3 A;  4W59 A;  4BAF A;  1L13 A;  3LZM A;  3ODU A;  2MEI A;  4HSF A;  4IAP A;  3B0I A;  1C63 A;  1EQ4 A;  2YSS C;  1LZ9 A;  5C6J A;  1C6J A;  4HJY A;  2Z18 A;  1LHH A;  1C45 A;  5LAF A;  4XJG A;  1LJ4 A;  3C8R A;  3DNA A;  119L A;  2B6Y A;  5APF A;  1DYC A;  2DQD Y;  2BQM A;  258L A;  4W96 A;  4YEN A;  1LYY A;  3P65 A;  2CWI A;  3HBH A;  3DN3 A;  1L27 A;  5LA5 A;  1G7I C;  1L91 A;  1B7Q A;  4I7M A;  1LGX A;  1PZY A;  5IHG A;  5T3F A;  5KXO A;  1LPY A;  1LYF A;  1OVH A;  1FLU A;  1LZT A;  1CX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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