1L03A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGCWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l03A00
198LA 1LYHA 155LA 1P2LA 234LA 4I7LA 4ARLA 4EKRA 257LA 3ODUA 3DN8A 1L47A 3GUPA 231LA 172LA 228LA 4LZMA 173LA 1L67A 1LI3A 142LA 1JTNA 3K2RA 118LA 1QTZA 1C62A 1QTVA 241LA 3G3XA 4K5YA 151LA 1L11A 3HWLA 2NTGA 3GUKA 1C66A 1ZURA 3C8RA 1SWYA 1L35A 1LGWA 1OV7A 213LA 1L88A 3HT7A 1QT3A 2HULA 1T6HA 4AQNA 2RH1A 1CV4A 4ARJA 1CV0A 1NHBA 1L75A 2F32A 1L22A 4W56A 3EMLA 215LA 1L39A 3NY9A 146LA 104LA 2RBSA 1T8GA 2O4WA 262LA 2Z6BA 3QAKA 254LA 1L31A 223LA 185LA 3HTGA 209LA 1QT5A 1LYFA 2ANXA 1L34A 1L86A 1QT6A 3FI5A 1L57A 1L30A 3SB7A 3SB6A 210LA 253LA 233LA 1L19A 3D4SA 3HT8A 1P5CA 1L97A 1D3NA 2RB1X 1L84A 1L96A 4EJ4A 2B6WA 184LA 226LA 1G1VA 3HU9A 1G06A 3DMVA 1L80A 211LA 1C6EA 255LA 3HT9A 1L62A 4E97A 3HH6A 3HDEA 152LA 125LA 1L02A 4I7NA 2B74A 221LA 1OV5A 235LA 1L03A 1CV6A 4I7TA 197LA 4ARQA 242LA 261LA 191LA 1SSWA 1L79A 131LA 1P56A 4YX7C 1OYUA 245LA 149LA 119LA 1DYCA 1C65A 2OE7X 1KY0A 224LA 2B6ZA 113LA 1CV1A 115LA 1L16A 2B7XA 1L61A 1L01A 2Q9DA 138LA 159LA 3HU8A 1L09A 2RBOA 3DN3A 1DYGA 1OVJA 110LA 157LA 1CUQA 1QSBA 1DYFA 2CUUA 1XJTA 1CVKA 1L52A 1L27A 4I7QA 139LA 3UONA 3RZEA 1L44A 1QTCA 3OE6A 2RBNA 3SB9A 1L60A 1L74A 4DJHA 1CV5A 3CDRA 1L14A 1P7SA 1L45A 1TLAA 1B6IA 1P64A 1QT8A 3CDOA 3HUAA 1LWKA 1L05A 3SBAA 1P37A 1L81A 3L2XA 2B75A 1SWZA 168LA 2LZMA 2OTYX 1L42A 3DN1A 1DYEA 4I7MA 1C6LA 1L15A 2OTZX 1QTHA 3C8SA 249LA 1D3FA 1L0JA 3V2YA 2OE4X 3GUMA 3F8VA 1L37A 1QTBA 2QARC 1OVKA 1LWGA 1KY1A 3L64A 4W57A 3PDSA 1L85A 230LA 4W51A 4DAJA 1L08A 4I7PA 1DYDA 3C7WA 4LDEA 1L91A 1JTMA 256LA 1C6IA 3RUNA 4DKLA 1L21A 2RAYX 3HTBA 1I6SA 128LA 1L59A 1G0MA 3DN2A 3SB8A 1L25A 1OVHA 160LA 188LA 3HUQA 3DN4A 183LA 3GULA 3SB5A 1L23A 1L63A 258LA 3C7YA 1L89A 141LA 4GBRB 1L77A 1L72A 196LA 1P46A 126LA 1JQUA 1LYEA 3VW7A 1QTDA 1L50A 1L40A 1L64A 186LA 248LA 1LYGA 3DKEX 3FADA 206LA 2LC9A 190LA 107LA 1G0GA 1D3JA 192LA 4ARPA 1L76A 163LA 1CUPA 1LW9A 1L18A 1G1WA 1L32A 4YXAC 1L29A 189LA 4W54A 1C6KA 4EKSA 156LA 3GUNA 176LA 1ZYTA 3C7ZA 1LGXA 4EXMA 177LA 111LA 2O7AA 1L68A 1LYDA 1G0PA 3DNAA 3HUKA 244LA 1L94A 3SN6R 148LE 1ZWNA 161LA 1D2YA 3C8QA 129LA 1C6TA 1C60A 1C6GA 3CDQA 1L49A 1QUHA 1L54A 1PQMA 1LPYA 4PK0A 250LA 1C6NA 3SBBC 164LA 1CX7A 1G0JA 1L13A 3JR6A 1LLHA 4EKPA 247LA 4ARQB 1QSQA 2LCBA 2HUMA 3DN6A 2RB2X 3HTFA 1L24A 3HDFA 1KS3A 3NYAA 127LA 1L98A 1L69A 1C64A 114LA 3HH5A 1C6MA 3C83A 238LA 180LA 3GUOA 4W52A 1L93A 237LA 1L20A 2OU0X 229LA 4EPFA 1SSYA 1PQDA 122LA 1C68A 4I7JA 1CX6A 1G0KA 4I7OA 1L38A 259LA 4EKQA 1L10A 1CU2A 3PBLA 195LA 2QB0B 3FA0A 3GUIA 4OO9A 103LA 1L46A 1L56A 2RBRA 2IGCA 1KW7A 158LA 165LA 227LA 252LA 4LDLA 1P36A 3DN0A 181LA 2A4TA 1CTWA 1LYIA 2RAZX 187LA 1QT7A 2B70A 243LA 1L00A 1OWZA 1L43A 200LA 4I7KA 1QS9A 1DYBA 1L92A 4W53A 1L33A 1LI2A 1G0QA 1WTHA 225LA 1CU0A 3G3VA 1L82A 1QS5A 1DYAA 1L36A 150LA 1XJUA 1QUDA 3CDVA 3V2WA 130LA 219LA 1P2RA 4ARMA 171LA 236LA 140LA 2OE9X 3C80A 1L41A 147LA 2RB0X 212LA 182LA 4ARMB 201LA 3LZMA 1L53A 1L48A 2F2QA 1D3MA 1D9WA 1LI6A 2Q9EA 2OU8A 1T97A 174LA 162LA 1KW5A 1L58A 1L71A 1QUGA 1LGUA 1CU6A 1L66A 120LA 1C63A 2RBPA 199LA 169LA 4I7RA 3C82A 1CU5A 3NY8A 3CDTA 4YXCA 1K28A 1L73A 1SX7A 4S0WA 1L55A 166LA 1L90A 1L07A 218LA 4GRVA 1C69A 1KNIA 1P3NA 1EPYA 2NTHA 1L51A 2B6XA 1P6YA 2B73A 1LYJA 2B6YA 6LZMA 145LA 4IAPA 1XEPA 3OE0A 4I7SA 1L87A 175LA 4EPIA 217LA 3F9LA 178LA 1C6CA 216LA 3DMXA 1G0LA 1T8AA 1L65A 1SX2A 1OWYA 143LA 2L78A 170LA 1C6FA 1C61A 222LA 246LA 2HUKA 251LA 3OE8A 1L95A 4W58A 1L12A 5LZMA 1G07A 239LA 3DMZA 1PQOA 1PQJA 144LA 167LA 3G3WA 3OE9A 1QUOA 2RBQA 2B6TA 123LA 7LZMA 3C81A 1L04A 232LA 2ANVA 1QT4A 108LA 1L06A 4LDOA 4PJZA 4W55A 3HTDA 3HT6A 1L0KA 1C6JA 1L83A 1T8FA 240LA 1C6PA 2F47A 109LA 1L26A 1D2WA 2OEAX 1L17A 3HH3A 214LA 1C6QA 1L70A 1CV3A 1C6AA 2B72A 137LA 3GUJA 2O79A 4W59A 220LA 2OU9A 3HH4A 1C6BA 5I14A 1L99A 112LA 205LA 1PQIA 1CU3A 4ZPUA 1PQKA 1C67A 1C6HA 1C6DA 1L28A 260LA 102LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
234LA 4ARLA 1EQ5A 3DN8A 1AT6A 2BQNA 1JIYA 4LZMA 3A3RX 1JTTL 1RFPA 4EMNA 4I8SA 3K2RA 118LA 1QTZA 2I25L 1GPQC 4B49A 1B7SA 2DQGY 1C66A 1ZURA 3C8RA 3D3DA 213LA 1L88A 1G7JC 1IP1A 4AQNA 3ZVQB 4ARJA 1HFZA 1G7MC 3EMLA 5APFA 1L39A 3HFMY 3A92A 1B7NA 4GCEA 2IHLA 1LMQA 5LVIA 2RBSA 1T8GA 2O4WA 262LA 4TSCA 1L31A 209LA 1QT5A 1LYFA 1L34A 3FI5A 1L57A 1B7RA 1L30A 1LSDA 3SB6A 233LA 2MEEA 1HHLA 4OOOA 3HT8A 4LZTA 1OUHA 2RB1X 1L96A 4PGJB 1IY4A 4DQ7A 255LA 3HH6A 1LZCA 1LHLA 1KXXA 1YKYX 1WQNA 2IFFY 4AGAA 1O23A 1OYUA 4H1PA 4WO9A 1C65A 3G3AB 224LA 115LA 1CNSA 1EQ4A 3VWOA 3TMUA 1CVKA 3UONA 4YENA 4WG7A 3J4GA 1L14A 4CJ2A 1TLAA 4YM8A 1LMPA 1UIFA 3WU8A 1LWKA 4XJFA 1L05A 2C8OA 3SBAA 2ZWBA 3L2XA 4H93A 2LZMA 3P66A 1NDGC 1L42A 4ML7A 2LYOA 1ZVYB 1LHJA 4CGEA 1DYEA 1D6QA 1LMCA 4I7MA 3TMXA 1C6LA 3C8SA 4YOPA 1IWWA 1D3FA 4HTNA 3N9EA 1GB0A 2DQJY 1HC0A 4W57A 5DN4A 1LKSA 4I7PA 3W6FA 1DYDA 2DBTA 5KXWA 4LDEA 4PHIA 1L91A 1B5XA 1FBIX 1C6IA 4J0LA 4C3WA 4DKLA 1C08C 3WUMA 160LA 188LA 3HUQA 3GXRA 1LJJA 3SB5A 4LFXA 1REZA 2EQLA 3IJUA 1HEMA 2C8PA 1QTDA 186LA 3DKEX 206LA 1BVKC 1OQMA 1G0GA 3QE8A 4MCKA 4DDBA 2ZIKA 1D3JA 1LSYA 1FKVA 1L18A 1L32A 5HNLA 3GUNA 176LA 1ZYTA 3C7ZA 1LGXA 4EXMA 3WVYA 4HJVA 1D0MA 1L94A 1KIPC 5FEKA 1XGUC 148LE 1ZWNA 1C6TA 1C60A 1BQLY 1T3PA 2W1YA 4HSFA 1YL0X 1G0JA 1L13A 1YANA 1LLHA 4EKPA 194LA 1NQIA 1NWGA 2BQHA 3DN6A 2RB2X 4HTQA 1JSEA 4WLXA 3TXKA 1KS3A 4LYBA 1L69A 2X0AA 1C64A 1C6MA 4NG1A 4RW1A 3TXJA 4N5RA 4M4OA 4NHIA 4W52A 237LA 5LAFA 1L20A 1LHHA 229LA 5KXYA 5KXPA 1LZNA 3J6KA 1V7TA 1CX6A 1A4VA 5IHGA 1GF9A 1Z55A 3A91A 4EKQA 1L10A 1CU2A 4B4IA 1LOZA 1C43A 1JKAA 5I4YA 195LA 2YBNA 4U3XB 2RBRA 2F4AA 1RE2A 252LA 3CSRA 4P2EA 1P36A 1MELL 1GHLA 1CTWA 1LYIA 2XBRA 2B70A 1IWXA 4B4EA 1QS9A 1GBZA 2HU1A 1L33A 1G0QA 1WTHA 4NG8A 1LSNA 1DYAA 1L36A 4Z41A 1LSBA 2HUBA 4DDCA 4H9CA 219LA 1P2RA 4IJ4A 1OUAA 3C80A 1UA6Y 2DQHY 3WW5A 1FN5A 4DYGA 182LA 1YAOA 201LA 133LA 4KXIA 2BPUA 1L48A 4OOTA 1IWTA 5D5CA 2BAAA 2HEAA 5LIOA 4MSTA 1L71A 1QUGA 1LGUA 1CU6A 5KXOA 2RBPA 169LA 4NHTA 3AYQA 1K28A 4LT0A 1IOQA 2BQIA 1DI3A 2DKVA 1UBZA 1L90A 5I4XA 218LA 3LZ2A 1LJGA 1F0WA 5HMJA 1CKHA 5LVHA 2G4NA 4PRUA 6LZMA 1KIRC 1UC0A 1LZ4A 4IAPA 3N9AA 1LJHA 1YAQA 1G7HC 1L87A 175LA 4H9EA 217LA 3F9LA 4H94A 1BWHA 1C6CA 1FKQA 2MEAA 3DMXA 1L65A 4B1AA 2G4PA 143LA 3P4ZA 170LA 4E3UA 1C6FA 4Z3MA 222LA 2HUKA 1IEEA 5LZMA 1UIHA 1F10A 2BQDA 2B6TA 2XJWA 2W1MA 5IDDA 2ANVA 1QT4A 5LAGA 4W55A 2FYDA 5E9RA 3HTDA 4ETCA 4UWUA 1IP6A 4I0CA 1L26A 2YBMA 214LA 3P65A 1B7LA 2B72A 4LYMA 1WTMA 3HH4A 1C6BA 1VDPA 1LYYA 4H90A 4WL6A 1CU3A 4ZPUA 2ZNXY 1C67A 1EL1A 1SLYA 260LA 198LA 155LA 1REMA 172LA 173LA 1HMLA 2LZ2A 1L67A 5HLLA 5F14A 241LA 2HEBA 4DD1A 2F4GA 4QEQA 3AW6A 4G4HA 1YKZX 1VFBC 2NTGA 1L35A 1NHBA 1UIEA 1L75A 2F32A 1L22A 3NY9A 146LA 5KXKA 1XEKA 4NGZA 3G3BB 1G7LC 1WQMA 2Z37A 4DD7A 5T3FA 2ANXA 1JWRA 1ZV5L 210LA 253LA 1QTKA 4KPMA 5KXSA 4NWHA 1L19A 3D4SA 1P5CA 1L97A 3CSQA 2Z38A 1LSAA 184LA 3HU9A 4G49A 1L80A 1C6EA 3HT9A 1L62A 4E97A 4MR1A 1G7IC 152LA 4I7NA 1LJ3A 1OV5A 3AZ5A 4I7TA 4ARQA 261LA 191LA 1L79A 1P56A 2D6BA 1BB3A 2Q0MX 245LA 119LA 4CFPA 2OE7X 1KY0A 1CJ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 234L A;  4ARL A;  1EQ5 A;  3DN8 A;  1AT6 A;  2BQN A;  1JIY A;  4LZM A;  3A3R X;  1JTT L;  1RFP A;  4EMN A;  4I8S A;  3K2R A;  118L A;  1QTZ A;  2I25 L;  1GPQ C;  4B49 A;  1B7S A;  2DQG Y;  1C66 A;  1ZUR A;  3C8R A;  3D3D A;  213L A;  1L88 A;  1G7J C;  1IP1 A;  4AQN A;  3ZVQ B;  4ARJ A;  1HFZ A;  1G7M C;  3EML A;  5APF A;  1L39 A;  3HFM Y;  3A92 A;  1B7N A;  4GCE A;  2IHL A;  1LMQ A;  5LVI A;  2RBS A;  1T8G A;  2O4W A;  262L A;  4TSC A;  1L31 A;  209L A;  1QT5 A;  1LYF A;  1L34 A;  3FI5 A;  1L57 A;  1B7R A;  1L30 A;  1LSD A;  3SB6 A;  233L A;  2MEE A;  1HHL A;  4OOO A;  3HT8 A;  4LZT A;  1OUH A;  2RB1 X;  1L96 A;  4PGJ B;  1IY4 A;  4DQ7 A;  255L A;  3HH6 A;  1LZC A;  1LHL A;  1KXX A;  1YKY X;  1WQN A;  2IFF Y;  4AGA A;  1O23 A;  1OYU A;  4H1P A;  4WO9 A;  1C65 A;  3G3A B;  224L A;  115L A;  1CNS A;  1EQ4 A;  3VWO A;  3TMU A;  1CVK A;  3UON A;  4YEN A;  4WG7 A;  3J4G A;  1L14 A;  4CJ2 A;  1TLA A;  4YM8 A;  1LMP A;  1UIF A;  3WU8 A;  1LWK A;  4XJF A;  1L05 A;  2C8O A;  3SBA A;  2ZWB A;  3L2X A; 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