1L04A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l04A00
1L65A 1LGXA 1QTVA 155LA 143LA 7LZMA 1L08A 201LA 165LA 1L89A 1C6LA 2RB1X 3FA0A 1L44A 1L54A 1C6NA 164LA 4EXMA 1L50A 1L06A 1L33A 1D9WA 1QUHA 4EJ4A 171LA 4W54A 1T97A 1L10A 2B72A 2OE9X 1JTMA 3CDRA 1P56A 1C6GA 127LA 1L35A 3SB7A 1L79A 137LA 1L21A 4ARPA 104LA 1L0KA 191LA 3C81A 3D4SA 1CU0A 3C8SA 192LA 1L29A 256LA 2RBSA 2B74A 2B7XA 1CV3A 174LA 225LA 262LA 3GUMA 230LA 1C60A 4EKRA 3GUPA 200LA 1PQDA 2ANXA 4IAPA 2OEAX 1D3MA 1C6HA 1LLHA 253LA 2QARC 1L34A 166LA 2O79A 1ZURA 2B75A 1OV5A 3DKEX 2F32A 2Q9DA 1L09A 234LA 1QT5A 3C82A 1L45A 1CV0A 4YXCA 1CUPA 1L03A 1L57A 3HUQA 4W57A 3DMVA 1C6AA 1L25A 2LC9A 1SWYA 172LA 3C8RA 2RB2X 152LA 3HT6A 4I7MA 186LA 1C68A 1D2YA 1L64A 220LA 3CDVA 112LA 3NY9A 1I6SA 233LA 2Z6BA 167LA 150LA 1DYAA 238LA 2O4WA 3F9LA 1L55A 1C6BA 4DAJA 1L31A 1CU2A 3SBBC 4I7QA 1C69A 1L46A 2NTHA 1L93A 3G3VA 4ARMB 1KW5A 3PDSA 1OWYA 1L95A 1PQMA 1QSQA 1CV1A 5LZMA 1L18A 5I14A 102LA 189LA 3EMLA 1C62A 1CVKA 144LA 1L0JA 1QT7A 1G1WA 182LA 1LYGA 3DN0A 1T8FA 1L51A 3DN8A 1L39A 1PQKA 1QS5A 1T8AA 1C6CA 1L16A 1L01A 2HULA 4LZMA 1L52A 1G0GA 1L94A 1SX7A 1WTHA 3UONA 1L77A 139LA 1L61A 1SX2A 214LA 2OU9A 4I7LA 1L66A 3GUOA 210LA 205LA 1C6FA 1SWZA 181LA 252LA 123LA 1L70A 1L72A 1ZYTA 3C80A 250LA 1KS3A 2OU0X 1L76A 2LZMA 1KY1A 1SSWA 1L37A 2RH1A 3HTGA 1QTHA 1CU3A 3SB6A 3K2RA 1TLAA 146LA 1L92A 157LA 1L62A 2HUMA 245LA 1LGUA 1LW9A 251LA 3OE8A 3SB9A 1CV4A 1LI6A 213LA 1L81A 1T6HA 223LA 3HH4A 4GRVA 4PK0A 4LDLA 1KW7A 1OYUA 2B73A 3L2XA 1L04A 142LA 1KY0A 1L02A 217LA 1D3NA 2HUKA 3OE9A 1L90A 2QB0B 1C67A 120LA 1L22A 163LA 1L48A 1L27A 1LWKA 1L67A 1OVJA 3VW7A 2L78A 3FADA 231LA 2F47A 3RZEA 1L32A 2OTYX 151LA 187LA 1LI2A 3HTFA 176LA 3HUAA 257LA 4W52A 3HT9A 1C6MA 1L20A 1L23A 2Q9EA 131LA 1QSBA 3GUJA 188LA 236LA 4ARMA 4K5YA 261LA 114LA 1QTZA 3HWLA 1OVHA 244LA 1LYHA 209LA 211LA 1L05A 1C6TA 3V2YA 3DN2A 128LA 1L11A 3OE6A 1LYFA 226LA 1QT6A 107LA 3C7ZA 254LA 1L60A 218LA 1L19A 1QUGA 4DJHA 125LA 177LA 1L38A 1DYBA 3HH3A 197LA 1CX6A 212LA 1NHBA 221LA 1L96A 2RBOA 161LA 1L26A 1L17A 1L14A 108LA 2RAZX 3PBLA 2F2QA 1L53A 1L56A 1G0LA 246LA 4I7RA 1CUQA 3HH6A 4PJZA 1P2RA 3HTDA 3L64A 227LA 4I7SA 1L59A 215LA 113LA 3GUNA 129LA 160LA 1C6JA 3DN6A 260LA 259LA 4W53A 1L87A 3DMZA 1LWGA 3HTBA 1QTCA 1L41A 4I7OA 1CX7A 1L28A 1P3NA 4W59A 1L58A 3HU8A 4ARQB 180LA 6LZMA 4S0WA 1XEPA 1CU5A 4I7PA 3HH5A 241LA 216LA 3C83A 1LYIA 1L74A 228LA 222LA 4ARLA 2OTZX 147LA 1XJUA 3DN4A 2OE7X 1L36A 4EPIA 1L83A 175LA 1D3FA 4EPFA 183LA 219LA 1L68A 1K28A 3HT8A 2RBRA 232LA 122LA 4LDEA 1L13A 1L80A 4ZPUA 162LA 2A4TA 1QT4A 242LA 198LA 1L40A 168LA 1L69A 3LZMA 2B6ZA 4YX7C 190LA 1QTBA 3CDQA 3GUKA 184LA 3SB8A 1L15A 3C7WA 248LA 4EKPA 1ZWNA 2B6YA 1D2WA 140LA 1L47A 1C6IA 1L84A 149LA 3NYAA 141LA 1LPYA 1L07A 4E97A 1L00A 4GBRB 3SN6R 3JR6A 3V2WA 247LA 1DYFA 1C6DA 4LDOA 1P64A 1L63A 4EKSA 2NTGA 4AQNA 1L49A 196LA 1L86A 235LA 2B6WA 1P5CA 1DYDA 2CUUA 3C8QA 2RB0X 240LA 4ARJA 1L91A 1L85A 1G0PA 4OO9A 2IGCA 4I7KA 2OE4X 119LA 249LA 229LA 1LYJA 170LA 1PQOA 1PQJA 1G0QA 195LA 110LA 1L42A 3DN3A 1G0MA 178LA 1CV5A 1C65A 1L12A 1QT8A 4W51A 3DMXA 3C7YA 239LA 1L24A 1G0KA 2ANVA 3NY8A 3GUIA 3HDEA 199LA 173LA 255LA 1L73A 145LA 111LA 1QUDA 1L98A 3SB5A 1KNIA 1EPYA 2B6XA 3ODUA 4ARQA 4DKLA 1C61A 1QTDA 1L88A 1PQIA 1DYCA 1P36A 2RBQA 1LGWA 2LCBA 2RBNA 224LA 1DYGA 3DN1A 1C6PA 1C63A 1P46A 1QUOA 3DNAA 2B6TA 1JQUA 3RUNA 3FI5A 1QS9A 169LA 118LA 1G0JA 4I7NA 1LYEA 3QAKA 4W56A 1G06A 1CTWA 1OVKA 4W55A 1LI3A 1L75A 2O7AA 2OU8A 1C66A 1CU6A 126LA 4W58A 4EKQA 258LA 1LYDA 103LA 1P7SA 1L82A 159LA 1P37A 206LA 1P2LA 1C64A 1QT3A 1T8GA 4I7JA 237LA 243LA 1P6YA 109LA 4I7TA 1OV7A 4YXAC 1C6QA 1CV6A 1G1VA 3G3XA 130LA 1OWZA 2RAYX 1C6EA 3CDOA 185LA 3F8VA 2B70A 3SBAA 148LE 115LA 1L43A 1XJTA 3CDTA 3G3WA 1L30A 3HU9A 138LA 1L71A 1D3JA 1B6IA 1L97A 3HT7A 1G07A 158LA 1JTNA 3OE0A 1SSYA 1L99A 3HUKA 156LA 3HDFA 1C6KA 1DYEA 3GULA 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L65A 7LZMA 165LA 1L44A 4Z46A 1GBZA 1L33A 2BQKA 2YBNA 1IOSA 1OUBA 6LYTA 2MEHA 5KXWA 1JTMA 4H9BA 3CDRA 1GE0A 4AGAA 4N0JA 4RW2A 1GB3A 5B07A 3WULA 1L0KA 191LA 4M4OA 3AB6A 1NHEA 5LA8A 1L29A 256LA 4DC4A 1BQLY 2RBSA 1C10A 2B74A 2B7XA 3W6BA 2X0AA 4HJVA 3GUPA 1PQDA 2OEAX 2ZNWY 3EMSA 1CKGA 4ET9A 1HSXA 1LLHA 2QARC 4BAPA 166LA 1YAPA 3LHMA 2BQGA 2O79A 1D0MA 1ZURA 3DKEX 1OV5A 3HBEX 4YXCA 4LFPA 2DQGY 1L03A 1DPWA 1HERA 4GCDA 3W3EA 1B5VA 1LSMA 4DD0A 1JKBA 3WUAA 172LA 2RB2X 152LA 3TXGA 4I7MA 1C68A 1REZA 4LYMA 3TXDA 1LJHA 1IWYA 1CKFA 1BB6A 1L55A 1GF0A 2NTHA 2A7FA 2PC2A 2MEIA 4W94A 5LZMA 1CKHA 1LJEA 1C62A 1CVKA 3WUMA 1IC5Y 1QT7A 1YL1X 1C46A 2YBJA 133LA 1GBWA 2HULA 1L01A 4NGKA 5KXPA 1WTHA 1L77A 1L61A 1JSFA 214LA 1HF4A 1D0LA 4ZFPA 3IJVA 1LKSA 1ZYTA 1WTMA 2LZMA 1CKCA 4LYOA 2Z18A 1QTHA 1CU3A 1EQ5A 3KAMA 245LA 1YAOA 3OE8A 1GE2A 4PGJB 4OWAA 4PK0A 4H9IA 1OYUA 4XJDA 142LA 1KY0A 4N8ZA 217LA 1UIFA 2HUKA 4GN4A 1L90A 2C8OA 1BB7A 1LHLA 1LZ8A 3CT1A 4DD2A 2L78A 231LA 3TXHA 5F16A 2OTYX 4EMNA 1RE2A 3WU9A 4DYGA 4QEQA 176LA 2Z38A 4W52A 1F6SA 1LCNA 134LA 3HT9A 4N1CC 131LA 188LA 4HP0A 236LA 5KXZA 4ARMA 4G49A 5M1YA 1OVHA 5I53A 1LYHA 1Z55A 5I4XA 4IJ4A 4DQJA 1O23A 1CJ7A 3WH1A 1QT6A 1QDTA 1LHKA 1NKHA 1LYSA 218LA 1LJKA 125LA 177LA 1NHBA 4H8YA 4H8ZA 3W6DA 1LZ6A 1L26A 3PBLA 1L56A 1WQPA 1V7TA 1CUQA 1TEWA 1XGRC 3CSZA 2BQDA 2RSCA 4PJZA 4PRQA 8LYZA 1JTTL 1B5XA 1L59A 4Z3MA 1LJ4A 4LGKA 4DQ5A 4W53A 1GAZA 1LWGA 9LYZA 1QTCA 1TDYA 4LT3A 1LMNA 4I7OA 5LVIA 4NGZA 1L58A 3TXKA 4ARQB 1HFZA 3HH5A 4B4EA 3C83A 3EXDA 3LYZA 147LA 3RT5X 2OE7X 4EPIA 1L83A 3P65A 4EPFA 4OW1A 1L68A 2RBRA 5KXSA 1FBIX 1KIPC 1L80A 1QT4A 242LA 1GBXA 198LA 2BQCA 4C5FA 1L69A 4WMGA 1GB2A 3A3QA 3TMXA 2B6ZA 3J6KA 4XJFA 2LYOA 3GUKA 4EKPA 1LMQA 2B6YA 1L84A 149LA 3WW5A 141LA 1L07A 2ZQ3A 4E97A 3V2WA 4ETAA 4H9CA 1FLUA 4G4BA 1XGQC 1LZCA 1AT6A 4GN5C 4QGZA 2NTGA 1L49A 1HMLA 1YIKA 1B5UA 1RI8B 1BB5A 4B49A 3SP3A 4OO9A 1IORA 2IGCA 4H90A 1GB6A 1PQOA 3J4GA 1G0QA 2LZ2A 4WLDA 1UIEA 3A6BY 1BGIA 1GB9A 3DMXA 3C7YA 4XENA 3NY8A 1LMCA 3GUIA 5KKJA 3HDEA 1LZ4A 173LA 5HNCA 111LA 4DKLA 1KXYA 1GB7A 1DYCA 3WXUA 2RBQA 2LCBA 3F6ZA 2HTXA 2RBNA 1DYGA 2F30A 1P46A 2B6TA 1JQUA 1LSCA 1IIZA 1H6MA 4I7NA 4W56A 5FELA 2BQMA 1LHMA 4R0FA 4W55A 1L75A 4PJ2C 1C66A 126LA 1LSFA 1P7SA 1L82A 1GB0A 1P37A 1T8GA 3WUNA 1IR7A 135LA 1UACY 5KXKA 5LYTA 237LA 1UCOA 2N5ZA 1P6YA 4YXAC 1XSFA 1C6QA 1CV6A 3G3XA 4J7VA 1OWZA 1LYZA 5LXWA 4NG1A 185LA 2B70A 3SBAA 148LE 3D3DA 1L30A 3HU9A 1GEVA 1D3JA 1B6IA 1L97A 1YAMA 2MEEA 1IR8A 158LA 1VDSA 2CDSA 1B7SA 1HEPA 1KIRC 3B0IA 5EBHA 5APDA 1INUA 3HUKA 4IATA 1LGXA 1VDPA 1C6LA 3FA0A 4WG7A 2HEDA 5T3FA 4W54A 1T97A 1WQMA 1L10A 1YANA 1LSPA 4E3UA 1C6GA 4MCKA 127LA 1XGUC 1C08C 2H9JA 4ARPA 1IWTA 104LA 3WVYA 1B7PA 4WG1A 3C81A 1GAYA 4DDCA 1ZMYL 4ZEEA 4UWVA 1GBSA 2Z12A 1JPOA 1HFXA 3WU8A 1GFHA 1QUSA 4EKRA 200LA 4IAPA 2DQAA 1PZYA 1UIBA 3T36A 153LA 4WM3A 4HSFA 1L09A 4WM1A 3C82A 2HU3A 1CV0A 2ZIJA 1L57A 3DMVA 1C6AA 2DQDY 1L25A 1SWYA 4KL7A 4N1EI 3P64A 4YF2A 4A7DA 3HT6A 4WLYA 1D2YA 2FBBA 4H94A 154LA 1IVMA 3AW7A 3AZ5A 1C6BA 4DAJA 1L31A 3SBBC 1L46A 4ARMB 3PDSA 1IWZA 1OWYA 1QSQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L65 A;  7LZM A;  165L A;  1L44 A;  4Z46 A;  1GBZ A;  1L33 A;  2BQK A;  2YBN A;  1IOS A;  1OUB A;  6LYT A;  2MEH A;  5KXW A;  1JTM A;  4H9B A;  3CDR A;  1GE0 A;  4AGA A;  4N0J A;  4RW2 A;  1GB3 A;  5B07 A;  3WUL A;  1L0K A;  191L A;  4M4O A;  3AB6 A;  1NHE A;  5LA8 A;  1L29 A;  256L A;  4DC4 A;  1BQL Y;  2RBS A;  1C10 A;  2B74 A;  2B7X A;  3W6B A;  2X0A A;  4HJV A;  3GUP A;  1PQD A;  2OEA X;  2ZNW Y;  3EMS A;  1CKG A;  4ET9 A;  1HSX A;  1LLH A;  2QAR C;  4BAP A;  166L A;  1YAP A;  3LHM A;  2BQG A;  2O79 A;  1D0M A;  1ZUR A;  3DKE X;  1OV5 A;  3HBE X;  4YXC A;  4LFP A;  2DQG Y;  1L03 A;  1DPW A;  1HER A;  4GCD A;  3W3E A;  1B5V A;  1LSM A;  4DD0 A;  1JKB A;  3WUA A;  172L A;  2RB2 X;  152L A;  3TXG A;  4I7M A;  1C68 A;  1REZ A;  4LYM A;  3TXD A;  1LJH A;  1IWY A;  1CKF A;  1BB6 A;  1L55 A;  1GF0 A;  2NTH A;  2A7F A;  2PC2 A;  2MEI A;  4W94 A;  5LZM A;  1CKH A;  1LJE A;  1C62 A;  1CVK A;  3WUM A;  1IC5 Y;  1QT7 A;  1YL1 X;  1C46 A;  2YBJ A;  133L A;  1GBW A;  2HUL A;  1L01 A;  4NGK A;  5KXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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