1L04A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (159-161)AH1 (3-11)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH5 (93-106)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l04A00
1CV3A 165LA 4LDEA 118LA 3C7ZA 1P7SA 1P37A 1D2YA 2RB0X 4W52A 1L92A 189LA 1D3NA 1CV4A 1KY0A 1PQOA 1OV7A 1C6TA 1L85A 252LA 1C6QA 2OE4X 4W57A 1G0QA 181LA 1L62A 2RB2X 1L60A 1L84A 3OE9A 4ARMA 2B7XA 1L11A 2OU9A 110LA 3C8QA 2B74A 4EKQA 1P56A 251LA 183LA 1L99A 260LA 1PQDA 104LA 3EMLA 3RZEA 3OE8A 1L94A 238LA 5I14A 3F8VA 4YXCA 1C68A 1KS3A 4LZMA 1L09A 1L65A 2RBOA 192LA 1T8FA 184LA 1G1VA 102LA 261LA 1D2WA 3DMXA 1QT6A 1LPYA 1L36A 4W58A 144LA 1L77A 2B6XA 4ARLA 250LA 2O79A 3NYAA 156LA 1JTNA 1L04A 2B73A 1LGUA 1QT5A 1DYBA 4YXAC 3C8RA 1C6DA 1OWZA 2B72A 1G0MA 1L19A 3NY8A 220LA 3GUJA 240LA 3CDRA 1C60A 2RBNA 3HUQA 3HT9A 161LA 1QS5A 2RBSA 1L56A 3RUNA 233LA 2IGCA 4GBRB 2LZMA 200LA 145LA 1L37A 1CU6A 2OEAX 199LA 1LI2A 1L88A 1C67A 1I6SA 1L46A 1EPYA 246LA 3SB7A 1OV5A 4LDOA 2OE7X 1C63A 258LA 222LA 114LA 140LA 1LYGA 3HH5A 3DN6A 4IAPA 4W55A 1QSBA 1PQKA 3HDFA 1LYIA 2NTHA 3JR6A 1QT7A 247LA 1CUQA 3NY9A 166LA 1T8AA 3OE6A 1QT4A 4PJZA 3PDSA 1DYFA 198LA 2RB1X 175LA 1L76A 1LGXA 4W59A 3DMVA 1C6NA 1L43A 1LI3A 228LA 2HUMA 3V2WA 1G0PA 3HUAA 3LZMA 3UONA 1L67A 230LA 1L24A 1CX7A 1L03A 1L45A 1P3NA 3FI5A 4I7PA 1L73A 1KW7A 1L31A 3SB9A 3D4SA 111LA 2L78A 1T8GA 1L06A 3HTDA 3SB6A 211LA 1SWYA 212LA 2B6WA 4EPIA 1LWKA 1CUPA 213LA 1L55A 1SX7A 1QTCA 3HDEA 1L64A 1G07A 1SSYA 170LA 1T97A 210LA 3HT7A 1P6YA 245LA 2RBPA 1CV0A 2B6TA 3HU8A 113LA 3F9LA 185LA 4I7LA 3C83A 3DN2A 1L51A 164LA 3HTGA 4I7NA 3GUOA 2LCBA 1C6CA 244LA 1C6PA 2CUUA 4EPFA 3DN8A 1L39A 1QTHA 1L52A 1L07A 3C7WA 1L58A 1PQMA 1OWYA 1C6IA 249LA 1CV6A 1L05A 1L29A 1LYJA 257LA 4DKLA 150LA 1C61A 141LA 1L53A 148LE 176LA 142LA 232LA 1CX6A 1L0KA 1L01A 2A4TA 1L57A 3DN0A 214LA 4W53A 1L71A 3HT6A 1LLHA 254LA 2OU8A 4W54A 1LYEA 139LA 1KY1A 1QTVA 1WTHA 223LA 129LA 3DN1A 3SB8A 3HUKA 1L23A 2Z6BA 122LA 229LA 146LA 1DYCA 1L82A 1PQJA 2OE9X 3HH4A 1CV1A 1L98A 1L21A 1L41A 1L18A 1L26A 107LA 125LA 1L17A 1LI6A 1L13A 1L00A 147LA 1K28A 3DMZA 1G1WA 186LA 1L20A 2HULA 1C6EA 1L02A 3SB5A 4I7KA 216LA 155LA 2RH1A 1G06A 1D3JA 1CU5A 225LA 1G0GA 1ZYTA 3HU9A 205LA 1G0LA 196LA 1C6KA 169LA 3ODUA 1CVKA 1QSQA 1C6GA 1LW9A 1L47A 1QS9A 1L28A 1L35A 1T6HA 3GULA 255LA 108LA 1JTMA 1SWZA 2F47A 130LA 1L14A 4I7SA 234LA 3GUNA 1L93A 4I7OA 126LA 1B6IA 4I7QA 3K2RA 3HH6A 127LA 2O7AA 178LA 162LA 187LA 1P5CA 1XJUA 248LA 235LA 1L48A 201LA 2F32A 4AQNA 1QUOA 1C62A 158LA 219LA 1L34A 4W56A 1C6HA 3GUIA 1L27A 2QARC 2ANVA 1LYFA 1L68A 1P2RA 2B70A 2OTYX 4I7RA 123LA 1CU0A 1L96A 1QTZA 1L16A 256LA 1C6LA 167LA 163LA 1L90A 1DYEA 109LA 1JQUA 3HWLA 160LA 1KW5A 4DAJA 131LA 1NHBA 218LA 1OVHA 3SN6R 3GUMA 1CU3A 1PQIA 1L97A 1QUGA 1C65A 3PBLA 1G0JA 1D9WA 190LA 1DYAA 1L69A 1L75A 143LA 4I7JA 1QT3A 137LA 1C6FA 4ARJA 3C7YA 1L49A 120LA 1C6AA 3HH3A 128LA 1L40A 4S0WA 237LA 4EKRA 3FADA 215LA 1C6MA 1L50A 206LA 2RBRA 1L25A 3G3VA 1CU2A 253LA 7LZMA 4I7MA 3SBBC 2QB0B 1C6JA 1CV5A 2B6ZA 4W51A 1LGWA 4YX7C 262LA 1L66A 195LA 1LYHA 4K5YA 1C6BA 1P46A 1G0KA 4EJ4A 103LA 3C81A 3C82A 1CTWA 115LA 3DN4A 2OU0X 1KNIA 1L22A 1L91A 119LA 3DN3A 151LA 259LA 1L15A 2NTGA 224LA 1L0JA 2RBQA 4ARMB 1L38A 1L87A 2RAYX 3DNAA 1DYGA 1L10A 1L70A 1L42A 2Q9EA 1L30A 1P36A 2HUKA 1L61A 3VW7A 1L54A 239LA 1C66A 1OYUA 2O4WA 3CDQA 5LZMA 1ZURA 242LA 4OO9A 2RAZX 3GUKA 2OTZX 3C80A 236LA 1L83A 2F2QA 1P64A 209LA 168LA 1L33A 152LA 3CDTA 1QTDA 3V2YA 3DKEX 1OVKA 3QAKA 4EKSA 1QUHA 173LA 1L72A 188LA 4E97A 1L12A 3L64A 4DJHA 3CDOA 1D3MA 1P2LA 226LA 3HT8A 1L89A 1XEPA 1C69A 3SBAA 221LA 1L86A 157LA 4ARPA 1QTBA 2B6YA 4PK0A 4LDLA 1L80A 182LA 1DYDA 1L08A 3HTFA 1C64A 243LA 149LA 1L95A 6LZMA 177LA 1L32A 1L74A 2ANXA 2LC9A 227LA 174LA 4EKPA 1QUDA 3G3WA 4ARQA 171LA 3G3XA 1TLAA 4EXMA 112LA 217LA 3GUPA 180LA 4I7TA 172LA 3OE0A 1XJTA 3CDVA 1SX2A 1L79A 1L44A 1ZWNA 1L59A 1LWGA 1SSWA 159LA 241LA 231LA 4ARQB 3HTBA 1LYDA 138LA 1L81A 3C8SA 197LA 1D3FA 4ZPUA 2B75A 3FA0A 1OVJA 4GRVA 1L63A 3L2XA 191LA 1QT8A 2Q9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z18A 1P37A 1LJEA 1D2YA 2RB0X 5DL9A 4W52A 189LA 3WUNA 3TMVA 1D3NA 3QNGA 1CKHA 1KY0A 2LZ2A 4ETCA 1OV7A 2BQLA 3A67Y 3TXIA 3IJUA 1EL1A 1L62A 4G4BA 3AYQA 4NFVA 3G3AB 1EQEA 4NHSA 3C8QA 2D6BA 2EKSC 183LA 1PQDA 5LAFA 2I6ZA 5KXKA 5I14A 2DQAA 4OOOA 4MR1A 184LA 1G1VA 4B1AA 4N9RA 2W1XA 4LGKA 1DKJA 4NGLA 3WYHA 4QY9A 144LA 5KXMA 1G7HC 1GXV2 2O79A 1L04A 3M18B 4GN4A 1LZGA 4TSBA 4WG1A 5KXWA 1LHJA 2D91A 4RLMA 4H9FA 4LT3A 3G3BB 5M1YA 1GF5A 2RBSA 1L56A 1JUGA 1HEQA 1WQNA 3ATNA 1OUFA 4TTDA 1BB5A 4C5FA 1VFBC 1I6SA 1EPYA 1LZ5A 4ETBA 5FSTA 1LYGA 3A93A 2NTHA 247LA 1CUQA 3PDSA 198LA 1L76A 1LGXA 3IWRA 1LZTA 4LYBA 2DQEY 1C6NA 1LI3A 1NWGA 4B0DA 3WXTA 2HUMA 5APCA 3A91A 1GD6A 4J1AA 5HQ1A 1IWXA 3SB9A 1JKBA 1L06A 1DZBX 4NSHA 1DQJC 5C6LA 5KXSA 1GB5A 2BQIA 1SWYA 212LA 4L41A 5II3A 4HJVA 1P6YA 2RBPA 1JPOA 2B6TA 3HU8A 1JTTL 1LSAA 1IOSA 3WPJA 1B7RA 1FKVA 4I7NA 4N8ZA 1HELA 2DKVA 2LCBA 3TXBA 2N5ZA 1INUA 2CUUA 1LHMA 1L52A 1FLWA 3P65A 1UCOA 4RW2A 1L58A 5IDDA 1OWYA 1CV6A 5KXLA 1LYJA 257LA 1CJ8A 150LA 1L53A 176LA 1L0KA 2A4TA 214LA 1B7SA 1RE2A 1LLHA 2FYCA 1KY1A 223LA 2BQCA 129LA 1NBZC 3DN1A 1QSAA 5B06A 122LA 146LA 1OUJA 2BQFA 1LJFA 5KKIA 1GB7A 1RCMA 1L00A 5KXPA 3WL2A 1LYZA 2EIZC 1C6EA 155LA 2RH1A 1JJ0A 1YAQA 1G0GA 1ZYTA 205LA 196LA 1C6KA 169LA 1KXXA 1QSQA 1HEMA 1C6GA 1T6HA 1DI5A 255LA 4I7SA 126LA 4FDYA 1B6IA 1LJ4A 4HJZA 1RJCB 5FEKA 178LA 3J4GA 1GAYA 1XJUA 201LA 4ET8A 219LA 1L34A 5KKJA 3GUIA 1IP7A 2QARC 5HNLA 123LA 256LA 1C6LA 1REYA 1DKKA 1JHLA 1LSCA 1V7SA 3WH1A 4NGIA 109LA 1Z55A 1WTMA 1NHEA 4X3BA 2Z37A 131LA 5I53A 2DQGY 1GBYA 3GUMA 2HEFA 2HEDA 3AJNA 1C65A 2F4GA 3PBLA 1D9WA 143LA 4QGZA 4I7JA 1GFAA 137LA 1C6FA 1BVXA 3C7YA 4NWHA 1L49A 3HH3A 1LZ1A 1IY4A 1D6QA 237LA 1C6MA 2MEFA 4P2EA 1H6MA 1IOTA 3SBBC 5I4XA 1LMCA 4W51A 5FDJA 5A3EA 3W6EA 3ULRA 3TXDA 4J0LA 4HV2A 1GB9A 1XFPL 3RU5A 1G0KA 1P46A 4EJ4A 3B0KA 3WU9A 1B7OA 2OU0X 4TUNA 4ET9A 3GXRA 1E8LA 1B5WA 4O34A 5E9RA 1L91A 3DN3A 4WM4A 151LA 1VATA 4XJHA 3A94A 3AZ4A 2NTGA 224LA 2RAYX 1GFTA 2Z12A 1L30A 1CJ7A 1LHHA 2BLXA 1YAPA 2MEIA 1C66A 2O4WA 5KXRA 3WUAA 1ZURA 2RAZX 3GUKA 2OTZX 2DQDY 3C80A 2YBLA 6LYZA 2F2QA 4UWNA 209LA 168LA 3CDTA 3V2YA 2Q0MX 4LYOA 1QUHA 173LA 1L72A 194LA 188LA 3WVXA 4DJHA 4H92A 4TWSA 1D3MA 1P2LA 3HT8A 3A34A 4LFPA 3SBAA 157LA 1DI3A 4ARPA 1CKFA 1C08C 182LA 4BAFA 3HTFA 1REXA 1C64A 1UIAA 4HPEA 4G4CA 4EMNA 4NSGA 1GFJA 5I4WA 5L3HA 208LA 1QUDA 3G3WA 217LA 3GUPA 2ZQ4A 172LA 4NSJA 1L44A 1ZWNA 1QTKA 1SSWA 1GB0A 135LA 3LYTA 1GFUA 5B59A 4DYGA 1EQ5A 231LA 4ARQB 138LA 1YKXX 1B0DA 2W1YA 4ZPUA 2B75A 1OVJA 2BQEA 3QY4A 4WM3A 1I56A 1IC7Y 3EMSA 2Q9DA 1LZDA 1P7SA 4DDBA 5FHWA 4MSTA 4M4OA 5FELA 1L92A 2YBIA 3TXEA 4NG1A 1MELL 1PQOA 4ZFPA 1LPIA 5LINA 252LA 4N1EI 2ZIKA 181LA 2AUBA 4WLDA 4CHXA 1L84A 1OUCA 4ARMA 5C6JA 1L11A 1HF4A 2B74A 1LTMA 251LA 4OW1A 4NY5A 3EMLA 1IWYA 2DQHY 1C7PA 4AGAA 3OE8A 238LA 3F8VA 4LYCA 2BQGA 1GB6A 1KS3A 4LZMA 1L09A 1L65A 1T8FA 5K7OA 1D2WA 1JKDA 1VEDA 1QT6A 1L36A 1IP2A 3AW6A 250LA 4XJBA 2BQDA 4PGJB 1ZVYB 156LA 1JTNA 2B73A 1LGUA 2DQJY 1C6DA 4YM8A 1C46A 5KJ9A 2B72A 1G0MA 1YL1X 1L19A 3D9AC 3NY8A 3P4ZA 1G7IC 1LMTA 2HUBA 4WL7A 240LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z18 A;  1P37 A;  1LJE A;  1D2Y A;  2RB0 X;  5DL9 A;  4W52 A;  189L A;  3WUN A;  3TMV A;  1D3N A;  3QNG A;  1CKH A;  1KY0 A;  2LZ2 A;  4ETC A;  1OV7 A;  2BQL A;  3A67 Y;  3TXI A;  3IJU A;  1EL1 A;  1L62 A;  4G4B A;  3AYQ A;  4NFV A;  3G3A B;  1EQE A;  4NHS A;  3C8Q A;  2D6B A;  2EKS C;  183L A;  1PQD A;  5LAF A;  2I6Z A;  5KXK A;  5I14 A;  2DQA A;  4OOO A;  4MR1 A;  184L A;  1G1V A;  4B1A A;  4N9R A;  2W1X A;  4LGK A;  1DKJ A;  4NGL A;  3WYH A;  4QY9 A;  144L A;  5KXM A;  1G7H C;  1GXV 2;  2O79 A;  1L04 A;  3M18 B;  4GN4 A;  1LZG A;  4TSB A;  4WG1 A;  5KXW A;  1LHJ A;  2D91 A;  4RLM A;  4H9F A;  4LT3 A;  3G3B B;  5M1Y A;  1GF5 A;  2RBS A;  1L56 A;  1JUG A;  1HEQ A;  1WQN A;  3ATN A;  1OUF A;  4TTD A;  1BB5 A;  4C5F A;  1VFB C;  1I6S A;  1EPY A;  1LZ5 A;  4ETB A;  5FST A;  1LYG A;  3A93 A;  2NTH A;  247L A;  1CUQ A;  3PDS A;  198L A;  1L76 A;  1LGX A;  3IWR A;  1LZT A;  4LYB A;  2DQE Y;  1C6N A;  1LI3 A;  1NWG A;  4B0D A;  3WXT A;  2HUM A;  5APC A;  3A91 A;  1GD6 A;  4J1A A;  5HQ1 A;  1IWX A; 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