1L05A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l05A00
255LA 180LA 2RBSA 3SN6R 217LA 4YXCA 233LA 197LA 1G06A 1QTVA 2B74A 2B70A 3D4SA 1L65A 1L76A 232LA 104LA 149LA 1LYHA 3HDFA 1C6QA 1SX7A 1L31A 1L07A 240LA 2B72A 3HH3A 3OE0A 2B6ZA 1L60A 4ZPUA 3HDEA 3OE6A 212LA 214LA 1QUHA 1OWYA 3HTDA 189LA 3HU8A 3NY9A 141LA 2OE4X 1C6JA 3GULA 1C6BA 224LA 4W57A 1C66A 1QS5A 160LA 1C64A 1L36A 1L88A 111LA 1KY0A 1QTDA 1L92A 192LA 1I6SA 173LA 1L16A 1L61A 3GUIA 1L52A 3HT8A 251LA 1L27A 1P7SA 115LA 1L04A 3QAKA 4LDEA 3DN6A 3DMXA 171LA 1L21A 1C67A 1L90A 1QUOA 1G0JA 1L93A 2RBRA 1CV3A 4EXMA 3LZMA 3GUPA 1LWKA 1OV5A 3DN2A 1L48A 3FA0A 1L0KA 1L62A 174LA 3UONA 1C68A 147LA 3HUKA 1L59A 1L98A 164LA 1L58A 3CDVA 260LA 3L2XA 109LA 178LA 3DMVA 4AQNA 1L64A 1L85A 2NTGA 2OTZX 1C63A 246LA 1L08A 244LA 1L11A 1L68A 1L42A 1C6AA 1LYIA 3GUJA 1P2LA 4IAPA 113LA 1CUPA 2A4TA 1L95A 4I7NA 1L01A 1L79A 1CU5A 129LA 1SSYA 4ARLA 2B7XA 254LA 1D2WA 1L66A 257LA 4GRVA 1L40A 1CV4A 140LA 3GUNA 1L05A 1LYGA 3PDSA 1L80A 250LA 1C6MA 122LA 2HUKA 4DJHA 4I7TA 1LI3A 218LA 2RBNA 127LA 4OO9A 4PK0A 107LA 128LA 1L13A 226LA 258LA 3RUNA 256LA 4I7MA 1SSWA 3HH4A 243LA 4I7JA 1L18A 2QB0B 3DN4A 236LA 201LA 1DYBA 102LA 1L84A 175LA 142LA 3OE8A 4I7LA 4PJZA 1C6LA 2IGCA 1L35A 1DYAA 4W56A 237LA 1L43A 4YX7C 206LA 1L69A 3L64A 146LA 2F47A 1CU6A 1D3FA 4ARMB 2O79A 3C82A 205LA 3FADA 3C81A 1C6TA 222LA 181LA 1C6NA 1D3JA 1C6PA 110LA 1L09A 2OTYX 3C80A 1L30A 1L02A 1L67A 182LA 1L82A 1LI2A 2QARC 249LA 1L72A 1T6HA 216LA 4LDOA 1L19A 1LYDA 3GUMA 1L17A 1L53A 3DN0A 1L22A 1LW9A 261LA 4ARQB 161LA 1G0PA 2RB1X 3GUKA 119LA 3HTBA 1SWZA 1C61A 2RB2X 1DYGA 1T8AA 4ARPA 137LA 1TLAA 169LA 1KY1A 3SB8A 4I7OA 3DN8A 1L77A 1OVJA 125LA 1JTMA 1G1WA 225LA 172LA 187LA 1D9WA 1L03A 223LA 239LA 2RB0X 2B6TA 1CX6A 1KW5A 1L86A 1DYDA 1L74A 213LA 2RH1A 1C6FA 1L54A 1LYEA 3DMZA 2O7AA 219LA 1T8FA 4I7QA 2OE9X 3C8SA 1D3MA 3NYAA 1QS9A 1PQIA 1CX7A 1P6YA 247LA 156LA 1QT4A 1L96A 1PQKA 1LGXA 1C6GA 1LI6A 1OVKA 1C6DA 1QT3A 1CUQA 176LA 2B6XA 3CDRA 3HUQA 1D3NA 1L41A 2OU9A 3PBLA 139LA 221LA 2B75A 230LA 1DYCA 1L26A 262LA 2RAZX 3HWLA 1XJUA 3C7WA 1L10A 4K5YA 1L99A 196LA 2OEAX 167LA 220LA 3G3VA 3HT6A 1QT6A 1QSQA 2ANVA 1CVKA 123LA 1L46A 1CU0A 3SB5A 2Q9EA 4EKSA 2RBPA 103LA 1C6HA 1C60A 228LA 177LA 185LA 1L32A 1L57A 162LA 242LA 1QUDA 1G0MA 4W53A 1L25A 145LA 3HTGA 231LA 3CDTA 4W58A 1LYJA 1C6IA 1KS3A 126LA 1L28A 259LA 1CU2A 2RBOA 3HT9A 3SB7A 1C62A 1PQOA 252LA 4DKLA 1CU3A 1XEPA 3G3XA 1C69A 1L00A 1P37A 1DYFA 1LLHA 3V2WA 1CV6A 1JTNA 1L83A 1CV5A 1L39A 1L33A 1ZWNA 1PQDA 210LA 229LA 1QT7A 163LA 155LA 4EKQA 5I14A 1G0LA 5LZMA 1L97A 1L38A 234LA 4I7RA 3OE9A 1P2RA 4W51A 199LA 1B6IA 166LA 4W59A 1L81A 241LA 1P46A 1G0QA 188LA 1K28A 215LA 1EPYA 1L51A 209LA 1L14A 118LA 3HH6A 4W54A 3K2RA 1G1VA 2L78A 1L71A 152LA 1L06A 1OYUA 4YXAC 195LA 3FI5A 2LCBA 1QT5A 3NY8A 3RZEA 2RBQA 3C7ZA 3SB9A 1G0GA 3F9LA 1LGUA 1L0JA 1L12A 186LA 151LA 1OWZA 1C65A 170LA 3C83A 3SB6A 150LA 4EJ4A 2F2QA 1L70A 1QUGA 2OU0X 248LA 4GBRB 1G0KA 114LA 2LZMA 3SBAA 1T97A 1OVHA 1ZYTA 4I7KA 3DN3A 2B73A 3DKEX 253LA 1PQMA 184LA 4DAJA 1LYFA 4I7SA 157LA 165LA 1D2YA 1C6CA 1CV0A 1L34A 1QTCA 1L91A 1P5CA 1L24A 3SBBC 4EPFA 1NHBA 3C7YA 191LA 1L20A 3ODUA 148LE 1CV1A 3VW7A 1L55A 2Z6BA 4LDLA 1T8GA 108LA 131LA 1L47A 159LA 3CDOA 1WTHA 138LA 3C8QA 3CDQA 1L49A 168LA 4ARJA 4W55A 1QTHA 4EPIA 2OU8A 1L73A 1SX2A 3DNAA 2OE7X 1P36A 1L50A 4ARMA 4EKPA 1XJTA 1L29A 198LA 3C8RA 3JR6A 238LA 1KNIA 2HULA 2B6YA 2F32A 1L94A 1JQUA 130LA 1SWYA 245LA 2CUUA 2NTHA 3G3WA 1QTBA 3HT7A 1L63A 1G07A 1QSBA 2HUMA 1PQJA 211LA 1L37A 4ARQA 1L87A 4W52A 1L44A 1C6EA 7LZMA 1L45A 1LPYA 1QTZA 1QT8A 190LA 1LGWA 3HUAA 3HH5A 158LA 2O4WA 235LA 3HTFA 4E97A 3DN1A 1P3NA 1L89A 1C6KA 2LC9A 2Q9DA 1CTWA 3V2YA 6LZMA 143LA 1KW7A 1ZURA 3HU9A 1L75A 3F8VA 112LA 2RAYX 1DYEA 3GUOA 183LA 1P64A 1L23A 4S0WA 1L56A 200LA 1L15A 4I7PA 1P56A 1OV7A 1LWGA 2B6WA 4LZMA 120LA 3EMLA 4EKRA 144LA 227LA 2ANXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
180LA 3A95A 1BVKC 2BQLA 233LA 1INUA 5KXTA 1G06A 4CFOA 2B74A 3OJPA 3D4SA 1L65A 232LA 149LA 3LZTA 1C6QA 5J7CA 3P68A 3HH3A 1IP6A 2Z2FA 132LA 1L60A 4LYZA 2ZNWY 3B6LA 1IWTA 3OE6A 212LA 5KXMA 214LA 1AKIA 4QDNA 5KXKA 1C6JA 3GULA 4WO6A 1C66A 1QS5A 160LA 1C64A 1L36A 1I1ZA 2F4AA 4ETCA 251LA 3WU9A 3WULA 171LA 1L90A 1IP2A 5E4PA 1GE3A 4W94A 4ET8A 4EXMA 3LZMA 5E9RA 1L0KA 4H9EA 4GCCA 1LHJA 1C68A 4DD3A 4DYGA 3HUKA 1L59A 1L98A 2HEDA 164LA 1J1PY 4GCFA 4DD0A 109LA 1LYOA 1ZV5L 2BQGA 3RT5X 244LA 1L11A 3GUJA 2CDSA 1QDTA 4ZEEA 1CUPA 2ZWBA 1B7PA 4I7NA 1L01A 1L79A 3AGGG 1FKVA 4RLNA 254LA 1JJ0A 1B9OA 1IOQA 1GB0A 3P65A 1HNLA 1B7MA 1Z55A 2ZQ4A 2LHMA 250LA 1C6MA 122LA 4DJHA 4L41A 5AMYA 5KY1A 127LA 1G7MC 3HBEX 1JHLA 3J4GA 128LA 1L13A 1OUEA 258LA 1YIKA 1LZBA 3WXUA 5B1FA 3WL2A 5II3A 3A67Y 3WU7A 1GBZA 142LA 4H8ZA 4I7LA 1C6LA 5L3IA 1L35A 3TXEA 1DYAA 1JKCA 1VDSA 4W56A 5EBHA 1KIRC 2F47A 1CU6A 1NBZC 5F81A 3A91A 205LA 1BVXA 1C6TA 5KXPA 1RE2A 1NQIA 1GF5A 1RJCB 4DC4A 4H1PA 4LFPA 182LA 2QARC 1LZDA 1VDQA 216LA 1WQOA 1GE4A 3WH1A 1L17A 1DXJA 4OWEA 4Z41A 3QY4A 4ARQB 161LA 4UWNA 2CWIA 1REMA 2RB2X 5LIOA 4ARPA 137LA 4WOAA 4HTQA 4I7OA 2ZIJA 3AZ4A 125LA 1JTMA 5APFA 1G1WA 4LGKA 3AB6A 4G4CA 1CX6A 4QY9A 1L86A 1DYDA 3K3TA 1GWDA 5FCPA 219LA 1T8FA 4DD7A 2OE9X 3LZ2A 4Z98A 4ETAA 1JEFA 3B0OA 4TSCA 1LGXA 3TXHA 1JKDA 1QT3A 1C6DA 2B6XA 2EQLA 3HUQA 3T36A 3TMXA 5APDA 1LSZA 1L26A 1C46A 1PS5A 1C10A 3EO5A 3AW7A 3WMKA 207LA 167LA 1GE0A 1JIYA 3G3VA 2G4NA 1LYSA 1HHLA 3IJVA 2PC2A 123LA 5APEA 1LJKA 4II8A 103LA 1C6HA 1FLUA 4H91A 1IVMA 185LA 4N8ZA 2H5ZA 4WM6A 1HSXA 4G49A 2BQFA 154LA 5FEKA 145LA 1LMCA 2YBLA 4WLTA 5LVHA 3VWOA 5LYZA 1CU2A 3SB7A 4NWHA 252LA 3SP3A 3A3QA 3G3XA 1LYZA 1C69A 1P37A 3V2WA 1L83A 1GFJA 5KXZA 5IDDA 5I14A 3LYOA 3P64A 1GE1A 5LZMA 1L38A 2EKSC 234LA 4W51A 4W59A 3CSRA 3WU8A 1P46A 1KXYA 188LA 1EPYA 4LT0A 209LA 1ALCA 118LA 3HH6A 4OWHA 1OQMA 1G7LC 1G1VA 3N9AA 4RDSA 1UACY 2L78A 152LA 195LA 1HSWA 2DQEY 2LCBA 1GF3A 4NY5A 3RZEA 1XEJA 2LYMA 2RBQA 5A3ZA 1LZCA 1NHEA 2D4IA 4FDYA 1GFKA 1J1XY 1CKCA 1JUGA 170LA 2Q0MX 1DZBX 1TAYA 1T6VL 3C83A 150LA 4EMNA 2BQAA 1G0KA 1UC0A 1CJ9A 3SBAA 4I7KA 1GFEA 3DN3A 4H9CA 2LZ2A 3AYQA 1JJ3A 5ILCA 1PQMA 1VATA 4GCBA 5FHWA 4I7SA 157LA 1UIAA 1CV0A 1QTCA 3C7YA 191LA 3J6KA 4M4OA 1CV1A 4HJVA 1T8GA 1B7OA 138LA 1JTTL 1WTNA 4DD2A 3W6EA 1QTHA 2OU8A 1L73A 1SX2A 4HTNA 1L50A 2XBSA 4ARMA 4HPIA 1GPQC 4IATA 3ZEKA 198LA 1C43A 1NBYC 1E8LA 2B6YA 2YBIA 1JQUA 2BQNA 2BAAA 3G3WA 4DD1A 1GFTA 1QTBA 1L63A 1CKDA 1QSAA 1IC7Y 4AGAA 1CKFA 1G7JC 1L44A 1UIEA 1LPYA 1QTKA 190LA 1QSWA 1VDTA 1LMPA 235LA 1WVUA 3HTFA 1P3NA 1C6KA 194LA 1IY4A 3TXBA 1GAYA 1D0LA 3F8VA 1B5UA 2RAYX 4XJFA 3A34A 1DYEA 3GUOA 3TXJA 1P64A 1L23A 4S0WA 2CGIA 1GEVA 1SQ2L 2B6WA 3EMLA 144LA 4J1BA 4WLYA 2RBSA 1D6PA 1UIDA 3ATOA 3TMWA 3B0KA 3TXIA 1QTEA 5DL9A 4DD9A 1QTVA 1LJEA 1IP4A 1YKYX 2B70A 2HEEA 5KXXA 1L76A 5LVKA 3HDFA 5IHGA 4LYTA 3WPLA 1L31A 2B72A 1RCMA 3WXTA 2B6ZA 5L3HA 4H94A 4TUNA 3CT0A 4NGWA 1OWYA 189LA 3HU8A 141LA 4W57A 1C6BA 4I8SA 1OP9B 111LA 1I6SA 1L61A 3GUIA 3ULRA 2D6BA 3HT8A 1LSEA 2DQJY 4LDEA 3A90A 2F4GA 2MEFA 1WVVA 1FLWA 1YL1X 3D9AC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 180L A;  3A95 A;  1BVK C;  2BQL A;  233L A;  1INU A;  5KXT A;  1G06 A;  4CFO A;  2B74 A;  3OJP A;  3D4S A;  1L65 A;  232L A;  149L A;  3LZT A;  1C6Q A;  5J7C A;  3P68 A;  3HH3 A;  1IP6 A;  2Z2F A;  132L A;  1L60 A;  4LYZ A;  2ZNW Y;  3B6L A;  1IWT A;  3OE6 A;  212L A;  5KXM A;  214L A;  1AKI A;  4QDN A;  5KXK A;  1C6J A;  3GUL A;  4WO6 A;  1C66 A;  1QS5 A;  160L A;  1C64 A;  1L36 A;  1I1Z A;  2F4A A;  4ETC A;  251L A;  3WU9 A;  3WUL A;  171L A;  1L90 A;  1IP2 A;  5E4P A;  1GE3 A;  4W94 A;  4ET8 A;  4EXM A;  3LZM A;  5E9R A;  1L0K A;  4H9E A;  4GCC A;  1LHJ A;  1C68 A;  4DD3 A;  4DYG A;  3HUK A;  1L59 A;  1L98 A;  2HED A;  164L A;  1J1P Y;  4GCF A;  4DD0 A;  109L A;  1LYO A;  1ZV5 L;  2BQG A;  3RT5 X;  244L A;  1L11 A;  3GUJ A;  2CDS A;  1QDT A;  4ZEE A;  1CUP A;  2ZWB A;  1B7P A;  4I7N A;  1L01 A;  1L79 A;  3AGG G;  1FKV A;  4RLN A;  254L A;  1JJ0 A;  1B9O A;  1IOQ A;  1GB0 A;  3P65 A;  1HNL A;  1B7M A;  1Z55 A;  2ZQ4 A;  2LHM A;  250L A;  1C6M A;  122L A;  4DJH A;  4L41 A;  5AMY A;  5KY1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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