1L05A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (159-161)AH1 (3-11)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH5 (93-106)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l05A00
3V2YA 1L91A 1CU6A 1DYDA 1L06A 215LA 1CX6A 1L07A 4GBRB 2RBOA 3DMVA 238LA 1EPYA 4ARLA 1QSBA 140LA 1T8AA 218LA 2B70A 1G0KA 1C66A 1L76A 1P64A 257LA 240LA 213LA 1PQKA 1P2RA 2RB1X 1C6FA 1C60A 198LA 1P6YA 1L81A 1CV5A 3GUKA 231LA 170LA 1L12A 1DYFA 247LA 1QTCA 3NY8A 4YXCA 3C80A 3HUQA 1C6KA 3GUJA 4S0WA 4LDOA 226LA 3F8VA 2Q9DA 1LI6A 2HUMA 200LA 1G0PA 1P56A 3CDTA 3DNAA 1TLAA 2ANVA 3DN0A 1L88A 3GUMA 4I7QA 199LA 2CUUA 3HU8A 1L72A 109LA 1L96A 1L41A 2RBQA 220LA 2B72A 5I14A 2F32A 1L62A 242LA 108LA 4W59A 2OE7X 4DAJA 3CDQA 4EKQA 3OE8A 3ODUA 126LA 2B73A 1L64A 1P46A 1LGXA 143LA 1D9WA 252LA 1L69A 3C8QA 1L92A 3C7WA 223LA 3DKEX 1L08A 1QT4A 1SWZA 137LA 1DYGA 4W57A 3DN4A 1L20A 3GUOA 1K28A 102LA 4LDLA 183LA 1L52A 3C82A 1LWKA 1P3NA 1QUDA 212LA 1C6QA 1L77A 4I7LA 1LYHA 1QUOA 1L74A 4DJHA 147LA 3SB8A 166LA 148LE 1L79A 4E97A 1L90A 1PQOA 1L15A 1L47A 237LA 2RH1A 2QB0B 3HTBA 1C6CA 4I7KA 1OV7A 232LA 3HT9A 4GRVA 3D4SA 1P7SA 114LA 4I7MA 3SB7A 104LA 191LA 2OE9X 1OYUA 3C8SA 262LA 2RB2X 1CU2A 1L97A 196LA 1B6IA 3HT6A 2ANXA 1L18A 1QT6A 1L66A 1L82A 4I7NA 162LA 173LA 4EKSA 4I7RA 1L53A 1L05A 1QSQA 1T97A 4LDEA 3HH4A 1KNIA 3DN8A 144LA 1JTMA 4EPIA 2Q9EA 119LA 156LA 1CUPA 1DYEA 1L68A 1SX2A 1QUGA 2NTGA 4ARMB 1D3NA 255LA 241LA 1L43A 110LA 1QTVA 150LA 1L39A 261LA 122LA 1L99A 1L0JA 151LA 1G1VA 177LA 3C83A 1L00A 239LA 3L2XA 1L11A 1C69A 2QARC 235LA 1QTDA 3HDEA 1L31A 229LA 259LA 3RUNA 3SB5A 4DKLA 4W53A 1P5CA 1L63A 260LA 219LA 3HUAA 1G06A 1KY0A 2HULA 3GUIA 4EJ4A 3DN6A 172LA 230LA 4PJZA 197LA 171LA 4ARPA 1L42A 1L40A 1L86A 3PDSA 1P2LA 1CV1A 1L73A 2L78A 2B6ZA 1L22A 3DN1A 1LYJA 217LA 1DYBA 1P36A 1D3MA 1L04A 3CDOA 1LGUA 1QT7A 1C65A 1C68A 1DYCA 3HWLA 1L55A 2RB0X 4ARJA 1L58A 3LZMA 1L94A 2OU8A 1LI2A 4I7PA 164LA 3K2RA 1LYGA 159LA 2B75A 1L38A 1L56A 1L65A 181LA 1L46A 3JR6A 4AQNA 1L45A 2LC9A 3HU9A 176LA 1L85A 1L71A 107LA 160LA 1CX7A 2B74A 3HTDA 1XJUA 3C81A 3FADA 3HH5A 3CDVA 185LA 2A4TA 3NY9A 113LA 1L75A 1OWZA 3SB9A 2B6WA 3SBAA 1PQJA 3HH3A 216LA 221LA 1L27A 163LA 4LZMA 180LA 4K5YA 4W52A 1C6IA 1KY1A 1C6BA 3OE6A 1LGWA 1L13A 4PK0A 1L87A 3UONA 3VW7A 1L02A 1L83A 129LA 1SX7A 1C6HA 2O7AA 1L36A 1L80A 1C62A 1L26A 1L50A 1L29A 2RBRA 3NYAA 1C64A 234LA 4W58A 4W54A 3F9LA 145LA 256LA 1PQMA 206LA 111LA 184LA 1QT3A 3DN2A 4ARQA 2LZMA 1G0QA 120LA 1ZWNA 2RAZX 3GUPA 4EKPA 1L67A 168LA 1D3FA 192LA 4YXAC 1L59A 3FI5A 1XJTA 227LA 118LA 1L30A 2B6YA 1C63A 210LA 2OTYX 1P37A 2O4WA 258LA 1LLHA 244LA 1KS3A 1CU5A 1C6JA 167LA 1C6AA 1C67A 1T8FA 4W55A 3C8RA 1T6HA 1L95A 1DYAA 1C6LA 128LA 225LA 2B6XA 1L10A 3C7YA 2RBPA 228LA 1WTHA 1G0GA 3SBBC 3G3WA 1QS9A 1LYDA 3G3VA 3QAKA 125LA 115LA 1KW7A 1T8GA 139LA 182LA 3HDFA 3SB6A 1I6SA 2HUKA 178LA 1G1WA 1NHBA 1QT5A 1SSYA 127LA 157LA 142LA 186LA 1CV6A 1OWYA 201LA 1L84A 2OE4X 3GULA 1L01A 1L19A 1ZYTA 2Z6BA 2F2QA 1QTHA 3DN3A 1LWGA 1QTBA 169LA 1JQUA 4I7OA 1LPYA 1G07A 2IGCA 1SSWA 149LA 1L09A 1L61A 3FA0A 152LA 146LA 243LA 112LA 1L25A 4EPFA 254LA 3DMZA 130LA 1PQIA 1D3JA 253LA 1L57A 1L03A 1L33A 188LA 4I7SA 1C61A 1CTWA 233LA 209LA 4I7JA 2B7XA 2NTHA 1CV3A 1QUHA 245LA 3HH6A 1L24A 174LA 1C6DA 190LA 249LA 3C7ZA 246LA 2OU0X 3G3XA 1L34A 4IAPA 4EKRA 1D2YA 4OO9A 1L0KA 3HT7A 165LA 2RBNA 1LI3A 187LA 1QS5A 4YX7C 155LA 3HTGA 2B6TA 1SWYA 1ZURA 1L51A 5LZMA 1L14A 4W51A 1L35A 1C6NA 1G0MA 236LA 1CVKA 123LA 1L28A 1L98A 131LA 1LW9A 1C6MA 1CU3A 1L54A 1OVKA 1L93A 1CV4A 1LYFA 1OVJA 1L17A 1L49A 3OE9A 161LA 189LA 1C6GA 3L64A 1XEPA 2OEAX 3SN6R 3RZEA 1L89A 3PBLA 4W56A 214LA 3HT8A 3EMLA 3V2WA 1QT8A 158LA 1CU0A 1LYIA 1L16A 222LA 1L70A 4EXMA 251LA 1OVHA 141LA 2F47A 195LA 4ARMA 1L32A 1D2WA 205LA 3CDRA 1L37A 1C6PA 3DMXA 250LA 1G0JA 2RAYX 103LA 1C6TA 224LA 1C6EA 248LA 2OU9A 3HTFA 175LA 1KW5A 3HUKA 138LA 1L48A 2OTZX 3GUNA 1CUQA 4ZPUA 7LZMA 3OE0A 1L21A 211LA 4I7TA 2RBSA 1L60A 1JTNA 1CV0A 2LCBA 1L23A 1LYEA 1G0LA 1PQDA 1OV5A 6LZMA 4ARQB 1L44A 2O79A 1QTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0OA 1HFYA 4H9CA 4YEMA 3QNGA 2AUBA 4XJDA 5KJ9A 5E4PA 3AZ7A 1QSBA 140LA 1T8AA 2B70A 5L3HA 3GXRA 1FKQA 1C66A 1L76A 257LA 4BADA 240LA 1JWRA 2RB1X 1P6YA 2Q0MX 170LA 247LA 4YXCA 3C80A 1C7PA 3HUQA 4NGOA 5II3A 5L9JA 3B0IA 226LA 2BQIA 4LDOA 1BWJA 5E9RA 3W6EA 2Q9DA 5B1FA 2HUMA 3CDTA 2ANVA 3DN0A 1W08A 4NGLA 3HU8A 1L72A 4H94A 1JISA 1GFJA 1L41A 2YBNA 2I6ZA 4HV1A 2D6BA 1GBYA 4CGEA 1LJEA 4EKQA 3OE8A 4NSJA 4H8XA 5KXRA 1G7MC 3TXEA 2B73A 143LA 3C7WA 4QDNA 4GLAA 1JKCA 3TXGA 1DYGA 2F4GA 1DI3A 102LA 183LA 3C82A 5I4XA 212LA 1LSEA 1AT5A 1QUTA 3F6ZA 3SB8A 1VEDA 2CWIA 166LA 1L79A 2Y8PA 1B5VA 4CFOA 1G7JC 2G4NA 2CGIA 1GB3A 1L15A 2YVBA 237LA 1C6CA 2HUBA 1GFKA 1UIAA 1F6SA 3D4SA 1P7SA 114LA 2XQOA 2BLXA 2OE9X 1LZBA 5ILCA 196LA 1CJ9A 1L18A 1RI8B 2ANXA 4GCFA 2ZQ4A 4I7NA 162LA 1GB2A 4EKSA 1IC4Y 4I7RA 3AW7A 1B7NA 1T97A 1WVUA 3DN8A 2N5ZA 2BPUA 1GBZA 1JJ3A 119LA 156LA 1GF8A 1QUGA 2ZQ3A 5FELA 1JEFA 1L43A 2HU3A 1V7SA 2DQDY 1L39A 1JKDA 151LA 2I26L 1OUIA 2QARC 259LA 1CJ8A 2B5ZA 3ZVQA 4DKLA 1GFGA 2Z37A 3IJUA 4PJ2C 1UIBA 2HTXA 5DN5A 4J0LA 4HSFA 4EJ4A 1OUGA 1DZBX 171LA 4ARPA 1L86A 2L78A 3IJVA 4H9HA 1IC7Y 3DN1A 1D3MA 1L04A 1WQMA 1LGUA 1DYCA 3HWLA 1CKFA 4WLDA 2RB0X 4G4HA 1LI2A 5KKIA 4RLMA 4WG1A 1L38A 3TXIA 1AT6A 4W96A 193LA 1IR8A 3JR6A 4IATA 1GHLA 3TXBA 1IP7A 1LJHA 3HTDA 5HNCA 1JJ0A 1XJUA 1JPOA 4GN5C 185LA 113LA 1OUAA 2ZIKA 3N9EA 2NWDX 3P65A 3HH3A 1L27A 5KXKA 1HENA 180LA 1KY1A 4UWVA 4ZIXA 4NGZA 4R6CA 5KXMA 1AZFA 1O23A 4W58A 2Z19A 1DKJA 5APCA 111LA 1TDYA 1NWGA 1MLCE 3LYTA 1J1OY 3AJNA 118LA 1QTEA 1N4FA 1CU5A 1C6JA 167LA 4WMGA 5LYTA 3C8RA 1L95A 1I56A 4N9RA 1C45A 1C6LA 1ZVYB 2YDGA 3N9AA 1LYYA 3C7YA 2RBPA 1GDWA 1WTHA 1G0GA 3AGHA 3P66A 4UWNA 4D9ZA 4U3XB 5F9XA 2BQLA 1KW7A 1WQPA 182LA 1XGTC 1D9UA 1NBZC 5LYMA 1FLQA 1EQ4A 1NHBA 2H5ZA 127LA 3A93A 5KY1A 2I25L 1LPYA 1SSWA 1L09A 3FA0A 243LA 112LA 4EPFA 5HQ1A 5LAFA 1D0KA 1J1PY 4KPMA 1L33A 233LA 1XEJA 1CV3A 1QUHA 1IWUA 2W1LA 4QGZA 4RW2A 3VWOA 3WU7A 3J6KA 4ETEA 4IAPA 1YL1X 1BB4A 2RBNA 3N9CA 1LI3A 4YX7C 155LA 3HTGA 1SWYA 1LZAA 1L14A 3EMSA 1B5WA 1G0MA 1A2YC 4J1BA 1CVKA 1CKCA 1OVKA 1HSWA 1Z55A 2FBBA 3WU9A 1L17A 4DDCA 5A3ZA 3L64A 2OEAX 3P64A 1GFTA 1LHHA 1L89A 1GAZA 2LZTA 4LFXA 3HT8A 3EMLA 5DM9A 3V2WA 1CU0A 2MEHA 4C5FA 1IWXA 4FJRA 4EXMA 3ATNA 1D2WA 3A3RX 4PGJB 1DPWA 2BQJA 1C6PA 5KXZA 1HEWA 2RAYX 4G4BA 3HTFA 1KW5A 1BB3A 3HUKA 4ETAA 2OTZX 4IJ4A 3GUNA 1CUQA 4UWUA 5T3FA 1NMMA 3LZTA 3A3QA 3CT0A 4WM3A 3OJPA 2DQCY 4TUNA 1G0LA 1PQDA 6LZMA 1L44A 1LMNA 2O79A 1ALCA 3WPJA 1DYDA 1IP6A 3E3DA 2RBOA 5AMYA 3DMVA 238LA 5C6JA 1P64A 1PQKA 1XGPC 1C08C 198LA 4BAFA 1L81A 1IWTA 231LA 1DYFA 1QTCA 3KAMA 2LHMA 3AZ6A 3EBAB 1GE2A 1IWYA 1G0PA 1KXXA 3WW6A 3GUMA 4GLVA 3B6LA 1GFEA 4DDBA 207LA 220LA 1FLYA 1LMAA 2MEFA 4NEBA 2F32A 242LA 3ATOA 3LYOA 1IOCA 4DAJA 1LMTA 5APDA 126LA 1P46A 1LGXA 1D9WA 252LA 5M1YA 3C8QA 1L92A 1QT4A 137LA 4XJBA 4W57A 1OUHA 3DN4A 3GUOA 1K28A 2EIZC 4LDLA 1LWKA 1RCMA 1LSAA 4EOFA 1C6QA 1L77A 1L74A 4DJHA 3MGWA 1I1ZA 4Z3MA 3CQLA 148LE 1IVMA 1B2KA 2LYMA 1CKHA 1OUEA 4DD2A 1L90A 2BQMA 1LMQA 4A7DA 1GFHA 1P2CC 1XFPL 4GRVA 2HEDA 1IX0A 4I7MA 1OYUA 4OWAA 3C8SA 1CU2A 1GB5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0O A;  1HFY A;  4H9C A;  4YEM A;  3QNG A;  2AUB A;  4XJD A;  5KJ9 A;  5E4P A;  3AZ7 A;  1QSB A;  140L A;  1T8A A;  2B70 A;  5L3H A;  3GXR A;  1FKQ A;  1C66 A;  1L76 A;  257L A;  4BAD A;  240L A;  1JWR A;  2RB1 X;  1P6Y A;  2Q0M X;  170L A;  247L A;  4YXC A;  3C80 A;  1C7P A;  3HUQ A;  4NGO A;  5II3 A;  5L9J A;  3B0I A;  226L A;  2BQI A;  4LDO A;  1BWJ A;  5E9R A;  3W6E A;  2Q9D A;  5B1F A;  2HUM A;  3CDT A;  2ANV A;  3DN0 A;  1W08 A;  4NGL A;  3HU8 A;  1L72 A;  4H94 A;  1JIS A;  1GFJ A;  1L41 A;  2YBN A;  2I6Z A;  4HV1 A;  2D6B A;  1GBY A;  4CGE A;  1LJE A;  4EKQ A;  3OE8 A;  4NSJ A;  4H8X A;  5KXR A;  1G7M C;  3TXE A;  2B73 A;  143L A;  3C7W A;  4QDN A;  4GLA A;  1JKC A;  3TXG A;  1DYG A;  2F4G A;  1DI3 A;  102L A;  183L A;  3C82 A;  5I4X A;  212L A;  1LSE A;  1AT5 A;  1QUT A;  3F6Z A;  3SB8 A;  1VED A;  2CWI A;  166L A;  1L79 A;  2Y8P A;  1B5V A;  4CFO A;  1G7J C;  2G4N A;  2CGI A;  1GB3 A;  1L15 A;  2YVB A;  237L A;  1C6C A;  2HUB A;  1GFK A;  1UIA A;  1F6S A;  3D4S A;  1P7S A;  114L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3B0O A;  1HFY A;  4H9C A;  4YEM A;  3QNG A;  2AUB A;  4XJD A;  5KJ9 A;  5E4P A;  3AZ7 A;  1QSB A;  140L A;  1T8A A;  2B70 A;  5L3H A;  3GXR A;  1FKQ A;  1C66 A;  1L76 A;  257L A;  4BAD A;  240L A;  1JWR A;  2RB1 X;  1P6Y A;  2Q0M X;  170L A;  247L A;  4YXC A;  3C80 A;  1C7P A;  3HUQ A;  4NGO A;  5II3 A;  5L9J A;  3B0I A;  226L A;  2BQI A;  4LDO A;  1BWJ A;  5E9R A;  3W6E A;  2Q9D A;  5B1F A;  2HUM A;  3CDT A;  2ANV A;  3DN0 A;  1W08 A;  4NGL A;  3HU8 A;  1L72 A;  4H94 A;  1JIS A;  1GFJ A;  1L41 A;  2YBN A;  2I6Z A;  4HV1 A;  2D6B A;  1GBY A;  4CGE A;  1LJE A;  4EKQ A;  3OE8 A;  4NSJ A;  4H8X A;  5KXR A;  1G7M C;  3TXE A;  2B73 A;  143L A;  3C7W A;  4QDN A;  4GLA A;  1JKC A;  3TXG A;  1DYG A;  2F4G A;  1DI3 A;  102L A;  183L A;  3C82 A;  5I4X A;  212L A;  1LSE A;  1AT5 A;  1QUT A;  3F6Z A;  3SB8 A;  1VED A;  2CWI A;  166L A;  1L79 A;  2Y8P A;  1B5V A;  4CFO A;  1G7J C;  2G4N A;  2CGI A;  1GB3 A;  1L15 A;  2YVB A;  237L A;  1C6C A;  2HUB A;  1GFK A;  1UIA A;  1F6S A;  3D4S A;  1P7S A;  114L A; 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