1L05A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l05A00
1L96A 1G1VA 1L26A 1L06A 1L00A 3L2XA 129LA 249LA 1G06A 2F2QA 3C83A 1L85A 4GBRB 3C8RA 191LA 1C67A 1L40A 1L77A 3HDEA 1JTNA 1LYIA 156LA 152LA 1OYUA 3OE9A 225LA 3GUMA 248LA 4W55A 3G3VA 1CU0A 1L29A 1QS9A 1P56A 1LGUA 1LI2A 1P36A 1L57A 1L71A 1C6PA 1CVKA 3HH5A 2RBRA 1CV4A 171LA 137LA 223LA 163LA 1DYDA 200LA 3OE6A 3DN1A 4I7OA 3UONA 198LA 162LA 120LA 1L10A 1QT8A 3DNAA 3DMZA 177LA 3DN4A 1KW5A 1L60A 140LA 1D3NA 1KNIA 1G0MA 1L32A 1L33A 213LA 2OU8A 169LA 1QT7A 1QT4A 1L09A 2RB1X 3HT8A 1L83A 2OE4X 1L42A 1L91A 1CX6A 138LA 3C81A 3DKEX 1LPYA 2CUUA 3F8VA 3HWLA 1L28A 1L27A 1L14A 1OV5A 1LWGA 195LA 1L66A 1P7SA 1L38A 2B6TA 1PQOA 6LZMA 1NHBA 3HU8A 2B7XA 2ANVA 205LA 2RBSA 1L89A 180LA 3RZEA 1L08A 1C6FA 1L0JA 261LA 3HH6A 1SX2A 3D4SA 1L73A 1T6HA 1P46A 3C80A 2NTHA 1L52A 3CDRA 178LA 1PQMA 241LA 1SSWA 246LA 3K2RA 1L21A 253LA 4EKSA 4LDOA 1QTZA 4AQNA 1L02A 2RH1A 130LA 4EPIA 1C6LA 3GULA 4W54A 240LA 3C82A 1CV3A 3HDFA 183LA 1L84A 3GUPA 3JR6A 1L47A 192LA 1QT3A 1C6JA 224LA 2IGCA 119LA 1C6CA 3V2WA 209LA 211LA 3HUQA 1C6KA 1LI3A 1CU6A 1P3NA 2OTZX 1L54A 197LA 1CU3A 242LA 258LA 1L01A 4GRVA 1C69A 4I7SA 161LA 1P2LA 1KY0A 151LA 4EXMA 1C63A 2LZMA 4ZPUA 3RUNA 256LA 3FI5A 1L18A 1ZWNA 4E97A 1L82A 219LA 1QTVA 210LA 1WTHA 1L46A 2B72A 2B70A 1L50A 1L97A 4YX7C 1XEPA 4W57A 1CV0A 1L74A 1ZYTA 217LA 1L67A 1XJTA 1D3FA 1LYFA 206LA 1LWKA 190LA 2RB0X 170LA 1G0LA 4I7NA 1G0PA 1C66A 2L78A 1C6GA 1C6MA 1L69A 149LA 1L92A 1L49A 1T8AA 1KY1A 4EJ4A 1DYBA 173LA 4ARPA 185LA 1L64A 1PQIA 3GUJA 3CDOA 1L45A 3C7ZA 2RAYX 1L95A 118LA 1SWZA 2QARC 1L68A 1L07A 243LA 196LA 3CDQA 199LA 218LA 3OE8A 4EKPA 1ZURA 1C68A 189LA 1QTDA 3HTBA 1L41A 1C6QA 3L64A 4I7TA 1C60A 1C6NA 1L99A 262LA 3NY8A 2OU0X 3C7YA 1OWZA 3HTGA 108LA 181LA 3SN6R 1D9WA 2B6WA 176LA 175LA 1D2WA 131LA 215LA 4PJZA 3NY9A 1LLHA 1L15A 1L22A 1G1WA 233LA 3HTFA 1QUOA 3DN2A 255LA 1L35A 127LA 1DYFA 1LYJA 1SSYA 2HUKA 5LZMA 4W51A 3CDTA 1P5CA 165LA 4ARLA 4DAJA 238LA 141LA 1L03A 114LA 1C6HA 148LE 3DMXA 235LA 1T97A 1OV7A 4LZMA 237LA 2OEAX 1L59A 2A4TA 157LA 2B75A 1QTHA 1QSBA 2F32A 1C6EA 1L04A 2OU9A 4I7LA 113LA 4YXCA 1KS3A 1CV6A 2OE9X 3FA0A 174LA 1G0KA 1L75A 1L80A 229LA 1C6TA 1C65A 1L11A 1OWYA 1DYAA 254LA 184LA 1C6BA 182LA 1L31A 1D3MA 1XJUA 2Q9DA 160LA 2B73A 4I7PA 3SB5A 3GUOA 109LA 4LDLA 1QUGA 252LA 232LA 2O7AA 2B74A 4I7JA 2HULA 259LA 2RBPA 4I7MA 145LA 1L72A 4IAPA 1PQJA 102LA 115LA 247LA 1LGWA 3QAKA 107LA 3HT9A 188LA 1L36A 4ARQB 216LA 1LW9A 1L30A 164LA 3FADA 3HUKA 1C6AA 168LA 2O4WA 1T8FA 7LZMA 250LA 245LA 1D2YA 1QTBA 2B6XA 122LA 212LA 1SWYA 1L23A 2Z6BA 234LA 3GUKA 1LYDA 3HUAA 146LA 112LA 4W53A 1C64A 3G3WA 3DN0A 1CV5A 3DN8A 4OO9A 3GUNA 3NYAA 1L94A 244LA 1L76A 1L25A 4W56A 1PQKA 4ARMA 111LA 1P6YA 4W52A 1OVKA 1L88A 2RAZX 1G0QA 2QB0B 3CDVA 1L81A 1L13A 186LA 4I7KA 187LA 1G0JA 1L12A 2OTYX 4S0WA 1L17A 1L55A 150LA 1L93A 222LA 3HH4A 1L65A 1G0GA 4ARQA 1DYGA 1L05A 2ANXA 1LGXA 158LA 1L34A 1T8GA 155LA 1L51A 128LA 2RBOA 260LA 3VW7A 159LA 1SX7A 3C8SA 1KW7A 3EMLA 4PK0A 220LA 4I7RA 2RBNA 231LA 214LA 123LA 167LA 4EPFA 4W58A 3HH3A 1L86A 4ARJA 226LA 1PQDA 103LA 1D3JA 1DYEA 1EPYA 172LA 1L90A 1L58A 1L63A 1QUDA 2F47A 144LA 4YXAC 3DMVA 1I6SA 1L87A 3PDSA 1JTMA 1L0KA 3SB8A 1L70A 1QT5A 4EKRA 1CTWA 3OE0A 230LA 1QUHA 3SB6A 1LYGA 2LCBA 1CV1A 3C7WA 3LZMA 227LA 3GUIA 1L24A 1L39A 1CX7A 1P64A 1L19A 1L53A 1L20A 142LA 251LA 1LI6A 2O79A 1QTCA 3HT7A 2NTGA 143LA 3SBAA 4W59A 4DJHA 2RB2X 1C6DA 1K28A 257LA 1DYCA 1JQUA 3HU9A 4ARMB 3G3XA 4LDEA 1CUPA 221LA 3SBBC 4K5YA 1L79A 1TLAA 3ODUA 3V2YA 4EKQA 139LA 1L37A 1C62A 1CUQA 1CU2A 2LC9A 1C61A 1L56A 166LA 4DKLA 2OE7X 5I14A 1L62A 3SB7A 1OVJA 239LA 1L16A 3HT6A 4I7QA 1L98A 1B6IA 126LA 110LA 1QS5A 3C8QA 3SB9A 3F9LA 125LA 228LA 2B6YA 1P2RA 2Q9EA 104LA 1OVHA 201LA 2RBQA 1CU5A 1P37A 1L43A 147LA 1L44A 3DN3A 1C6IA 2HUMA 3DN6A 3HTDA 3PBLA 2B6ZA 1LYHA 1QSQA 1G07A 1L61A 1L48A 1QT6A 236LA 1LYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L26A 4LT2A 129LA 3SP3A 2YBHA 5APCA 5HQ1A 3AW6A 1LOZA 4NHQA 5HMJA 4HSFA 5KKIA 1LZ5A 3B0OA 4WM3A 3TXJA 1IOSA 1P36A 1C6PA 3HH5A 2RBRA 5HMVA 1B0DA 4OW1A 3DN1A 1LZBA 198LA 1QT8A 4M6DA 177LA 3DN4A 1B7PA 5KXZA 4LYZA 1KNIA 1G0MA 1OQMA 169LA 1AT5A 5C6JA 1IWWA 1C46A 4DD2A 4G4CA 3A92A 1L83A 1L42A 1L91A 133LA 2DQAA 3C81A 1LPYA 1GDWA 3VWOA 1GEZA 1L27A 1L66A 3HU8A 2CJLA 3A91A 4GN4A 2ANVA 2HU3A 2HEEA 1UA6Y 3P66A 4YM8A 261LA 4NGVA 4H9AA 4DDBA 2BQGA 1LZAA 4UWUA 3AGIA 178LA 4EKSA 4LDOA 5II3A 1WVVA 5B07A 1LZYA 4H9FA 4M4OA 4W54A 240LA 3A3RX 1CV3A 1L84A 1JTOL 3TXBA 119LA 2I6ZA 2DKVA 4NSGA 4WM4A 2BQNA 4DT3A 2OTZX 5ILCA 4H8ZA 4KXIA 3WUAA 1VAUA 1L01A 1C69A 1KY0A 2A7DA 1OUAA 3RU5A 1C63A 2LZMA 1GF4A 4NSJA 2ZNXY 3J6KA 1L46A 1H87A 5DM9A 1DI3A 2CWIA 1N4FA 1CV0A 3A6CY 1GE0A 1A4VA 4BADA 4D9ZA 4H9HA 1GB7A 1GBXA 3WH1A 1LYFA 206LA 4Z3MA 4WM6A 4II8A 1L92A 4Z46A 1KY1A 1LSCA 1SLYA 4ARPA 2MECA 3C7ZA 3CB7A 1GD6A 1L95A 118LA 243LA 3ZVQB 1C68A 2ZNWY 1A2YC 1QTDA 3WVYA 1C6QA 3L64A 1C60A 3AYQA 262LA 3A67Y 1OP9B 4GCEA 4WLYA 2Z37A 2EPEA 108LA 3B72A 1I1ZA 4GN3A 1D9WA 2BLYA 5M1YA 1LZRA 5I54A 1G1WA 1YILA 4N1CC 2BQDA 1NDMC 1SSYA 2HUKA 3WU8A 5LZMA 1GB9A 1P2CC 1B5ZA 4LYBA 4ETEA 3ULRA 1B7MA 1GEVA 148LE 1HMKA 4QEQA 2XQOA 4LZMA 1L59A 157LA 2BAAA 1C6EA 1KS3A 3M3UA 4CJ2A 2OE9X 3CSZA 1L75A 1LZ8A 1L80A 1C6TA 1DYAA 3T36A 4N5RA 1L31A 1D3MA 1XJUA 3N9EA 4WM2A 2Q9DA 2B73A 1REZA 4B1AA 1DZBX 2B74A 4G4BA 4H91A 194LA 3CT1A 4DD3A 1NWGA 1WTMA 145LA 1L72A 1LMNA 3AZ6A 3HT9A 188LA 1L36A 3HUKA 1BGIA 1XGTC 1D2YA 1B7QA 1JKCA 212LA 3W6BA 1XGQC 5LA5A 3GUKA 3HUAA 1B5VA 146LA 3DN0A 3DN8A 3NYAA 1G7HC 244LA 1XEJA 4MCKA 4LT3A 1V7SA 3WPJA 5HLLA 4WL6A 4XJFA 1OVKA 4A7DA 2ZIJA 3B0IA 2QB0B 1EQEA 4NEBA 1L13A 1BWIA 1G0JA 4LZTA 1UIHA 3RT5X 1G7MC 4S0WA 3J4GA 4QDNA 1L55A 1L93A 1D0LA 5LVGA 1BVXA 222LA 1L65A 3ATNA 3IWRA 1FBIX 2ANXA 1LGXA 1L34A 1NBZC 1L51A 128LA 4ETBA 2FYCA 1SX7A 1DQJC 3CT0A 2FBBA 3EMLA 4FDYA 4PK0A 1JKAA 3AZ7A 1IO5A 123LA 167LA 4W58A 1JKBA 1L86A 2MEAA 103LA 2Q0MX 1D3JA 1DYEA 1OUEA 1DKJA 172LA 3TXKA 3EMSA 2F30A 1QUDA 2F47A 1LZGA 2NWDX 1GBYA 2MEEA 1ZV5L 1NBYC 1L0KA 3SB8A 3TMVA 2D4JA 1FKQA 1L70A 3OE0A 1B5WA 5B06A 1LYGA 1CV1A 4OWEA 1LZNA 3CSQA 1P64A 2DQGY 1L19A 1L53A 142LA 5KXRA 1LI6A 2O79A 3SBAA 4W59A 1IR9A 2HU1A 4DD1A 1JQUA 1GPQC 1QIOA 3SBBC 4OWAA 4OOTA 3TXHA 1FLUA 1GFUA 4DD9A 1L37A 6LYTA 1C62A 1CUQA 1CU2A 2LC9A 4DKLA 3D9AC 3WULA 4BAPA 1LSYA 2G4QA 2ZYPA 1L16A 4I7QA 3TXGA 2Z18A 126LA 3C8QA 2B6YA 4W94A 1OVHA 2RBQA 1HFYA 1UIFA 1L43A 5JENB 147LA 4XENA 3W3EA 1H6MA 3DN3A 4HTKA 1JJ0A 4LT1A 1IVMA 3PBLA 2B6ZA 1XGPC 1L61A 1LI3A 1KXYA 3LYMA 1L96A 2ZIKA 1HERA 1L06A 3WL2A 4E3UA 249LA 1LSBA 1LZTA 3HBHA 5DN4A 1REXA 3HDEA 1JTNA 1LYIA 1UACY 156LA 152LA 1CU0A 1LI2A 1L71A 1CV4A 1UIAA 4J1AA 1CNSA 1DYDA 200LA 3OE6A 120LA 1GF3A 3DNAA 2D4IA 5APDA 1KW5A 1L60A 2DQIY 140LA 3ATOA 1JHLA 5F9XA 1L32A 1QT7A 1LZSA 2W1YA 4P2EA 1B5XA 1L09A 1LZ6A 2RB1X 3AB6A 4MSTA 1LJ3A 138LA 3HWLA 1UIBA 2F2NA 1LWGA 195LA 3W6EA 4DDCA 1LAAA 3A94A 1B5UA 5LAGA 1GF0A 4NGKA 2DQEY 4NSHA 4TSCA 205LA 1L89A 180LA 1KXXA 1LSNA 1DKKA 1LHJA 2Z38A 1AM7A 3EXDA 1SX2A 3C80A 1L52A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L26 A;  4LT2 A;  129L A;  3SP3 A;  2YBH A;  5APC A;  5HQ1 A;  3AW6 A;  1LOZ A;  4NHQ A;  5HMJ A;  4HSF A;  5KKI A;  1LZ5 A;  3B0O A;  4WM3 A;  3TXJ A;  1IOS A;  1P36 A;  1C6P A;  3HH5 A;  2RBR A;  5HMV A;  1B0D A;  4OW1 A;  3DN1 A;  1LZB A;  198L A;  1QT8 A;  4M6D A;  177L A;  3DN4 A;  1B7P A;  5KXZ A;  4LYZ A;  1KNI A;  1G0M A;  1OQM A;  169L A;  1AT5 A;  5C6J A;  1IWW A;  1C46 A;  4DD2 A;  4G4C A;  3A92 A;  1L83 A;  1L42 A;  1L91 A;  133L A;  2DQA A;  3C81 A;  1LPY A;  1GDW A;  3VWO A;  1GEZ A;  1L27 A;  1L66 A;  3HU8 A;  2CJL A;  3A91 A;  4GN4 A;  2ANV A;  2HU3 A;  2HEE A;  1UA6 Y;  3P66 A;  4YM8 A;  261L A;  4NGV A;  4H9A A;  4DDB A;  2BQG A;  1LZA A;  4UWU A;  3AGI A;  178L A;  4EKS A;  4LDO A;  5II3 A;  1WVV A;  5B07 A;  1LZY A;  4H9F A;  4M4O A;  4W54 A;  240L A;  3A3R X;  1CV3 A;  1L84 A;  1JTO L;  3TXB A;  119L A;  2I6Z A;  2DKV A;  4NSG A;  4WM4 A;  2BQN A;  4DT3 A;  2OTZ X;  5ILC A;  4H8Z A;  4KXI A;  3WUA A;  1VAU A;  1L01 A;  1C69 A;  1KY0 A;  2A7D A;  1OUA A;  3RU5 A;  1C63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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