1L06A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGEWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l06A00
184LA 1KS3A 2RAZX 1L12A 192LA 3JR6A 6LZMA 222LA 1CX6A 3SB8A 1P6YA 146LA 4W51A 1G1WA 2A4TA 157LA 1L77A 2LCBA 3G3WA 1L08A 3HH4A 4I7LA 1PQKA 4ARJA 260LA 1C63A 3OE0A 3HTDA 1EPYA 1C6AA 2RH1A 4YXCA 199LA 4W55A 1P56A 4S0WA 1L21A 1PQOA 1L05A 3CDOA 2F32A 1C6PA 243LA 1T8FA 3DN0A 1C62A 4EPIA 3C7WA 4I7NA 1P36A 2HUKA 251LA 140LA 1L29A 2RBQA 1L17A 1G06A 1L55A 1L49A 3C83A 4EKRA 158LA 190LA 1T8GA 2RBPA 1L91A 236LA 242LA 119LA 4EPFA 4PJZA 1L92A 112LA 111LA 1P37A 1L89A 1LLHA 4YXAC 1DYCA 1C6GA 1LI6A 1LW9A 254LA 4I7PA 1L45A 1QT3A 4I7QA 2RB1X 1QSBA 1L14A 224LA 152LA 1L66A 1DYGA 2B73A 3K2RA 3C8SA 1LYHA 1D9WA 1C61A 1C6TA 1C69A 1L86A 3GUNA 1L73A 7LZMA 148LE 1L13A 1I6SA 1G0MA 2B74A 3OE8A 1L10A 123LA 107LA 1G0LA 186LA 259LA 2F2QA 155LA 137LA 1CU0A 174LA 2B75A 3SBBC 4I7JA 110LA 1D3JA 1LI2A 1P2LA 1L98A 4W59A 3OE9A 1LYDA 1QTZA 1B6IA 1OVJA 1L48A 3NY8A 1L64A 1QT4A 2OEAX 1OYUA 1QTDA 1DYEA 2LZMA 3G3VA 3DMVA 2RB2X 1L24A 177LA 4LDLA 4DAJA 1KY1A 126LA 1G0QA 1QUHA 2NTGA 2OU9A 115LA 1L25A 244LA 2B70A 1L36A 2Z6BA 1DYBA 1L84A 188LA 1L0JA 245LA 2B6ZA 2OE9X 1L42A 1L60A 175LA 2O4WA 2RAYX 167LA 216LA 1LGUA 2OTYX 1C65A 1L53A 1L58A 1G07A 1L70A 1L90A 165LA 4W58A 2RBSA 221LA 120LA 4EKPA 1L39A 1L22A 1QS5A 1OV7A 1L83A 3HTGA 125LA 1L30A 213LA 1G0JA 4W56A 114LA 3LZMA 1OWYA 1C67A 1C6HA 2B6TA 144LA 1L50A 3SBAA 200LA 3HH5A 206LA 1L11A 169LA 231LA 247LA 160LA 223LA 211LA 2ANVA 215LA 255LA 3GUOA 195LA 1L68A 1KW5A 2LC9A 3SB5A 130LA 1DYFA 1L34A 2Q9EA 1L18A 142LA 149LA 256LA 127LA 4ZPUA 1CU5A 4PK0A 3CDTA 233LA 1L80A 4ARQA 129LA 162LA 3DN2A 4OO9A 1L47A 4IAPA 198LA 4W57A 150LA 1WTHA 1L82A 4W52A 3NYAA 1L85A 1LYFA 1D3FA 113LA 1CX7A 2CUUA 4ARPA 1L00A 164LA 1CU6A 1OVKA 3GUJA 2HULA 1KNIA 1L65A 237LA 1D2YA 1CUPA 1QT6A 3SB7A 168LA 1L06A 1CVKA 3DN8A 4ARQB 1L62A 1OV5A 1P64A 170LA 1QTBA 1ZYTA 1C66A 1DYAA 3HTBA 2RBNA 3RUNA 3C82A 4LDEA 2QB0B 1L27A 1CUQA 249LA 1C6FA 1L35A 138LA 205LA 1ZWNA 1L61A 2RBOA 2O79A 4AQNA 1OVHA 4E97A 1L46A 2B6XA 1PQIA 181LA 201LA 4I7KA 1D2WA 3UONA 4EKSA 1KW7A 147LA 191LA 1L33A 1CV1A 3DN3A 4GBRB 1L95A 4W54A 1QT5A 141LA 1CV3A 1L93A 3GUKA 1L63A 2RB0X 3C8RA 3DN4A 3HT9A 145LA 3HT8A 262LA 2NTHA 1LYIA 4ARMA 1C6LA 1L28A 1PQJA 1L52A 3HUKA 1C6EA 1L81A 4I7MA 4EJ4A 3SB9A 3D4SA 3GUMA 131LA 3C81A 1L88A 2OTZX 3GUIA 1P2RA 3L64A 1D3MA 3DN1A 103LA 161LA 1L20A 252LA 139LA 1CU2A 1QTHA 178LA 3CDRA 3HH6A 104LA 1L09A 1L32A 1L15A 4LDOA 3C7ZA 1JTNA 3V2WA 4I7RA 1P7SA 209LA 1P46A 4ARMB 2F47A 210LA 3PDSA 3V2YA 3L2XA 3PBLA 4K5YA 2O7AA 1G1VA 1PQMA 1T97A 1L71A 1L26A 226LA 1L96A 4LZMA 166LA 3VW7A 1LGWA 2ANXA 1L16A 1L69A 3HT6A 1PQDA 143LA 1T8AA 1CU3A 1L54A 128LA 4I7SA 4DKLA 189LA 4EXMA 1QT8A 1QTVA 232LA 3EMLA 1C6CA 151LA 1G0KA 109LA 3FA0A 1LPYA 2OE7X 4YX7C 1T6HA 1QTCA 2B6WA 1C6KA 1L59A 1LGXA 1C6IA 1C6MA 3DKEX 1SX2A 220LA 1CV0A 240LA 3HU8A 2B72A 183LA 217LA 1L44A 1L76A 1L99A 3DMZA 3FI5A 1C6NA 1C64A 1QUDA 196LA 3SN6R 2OU0X 1QUOA 3ODUA 246LA 2IGCA 3F8VA 173LA 229LA 1L72A 172LA 3F9LA 1NHBA 3HT7A 250LA 3RZEA 1CTWA 182LA 3CDVA 3OE6A 1KY0A 1L02A 3DN6A 258LA 238LA 171LA 122LA 3C8QA 1L0KA 234LA 1LYEA 4I7OA 1CV5A 3DNAA 1CV4A 239LA 218LA 1L87A 2B6YA 3GUPA 2OE4X 1C6JA 156LA 1LYGA 1DYDA 1SSYA 102LA 3HUAA 3HU9A 219LA 1LYJA 1SSWA 212LA 228LA 5LZMA 159LA 1XJUA 3HTFA 1JQUA 3C7YA 2OU8A 1C6DA 1L57A 3SB6A 176LA 1K28A 253LA 1LWKA 197LA 1C6BA 248LA 1L04A 241LA 2RBRA 227LA 4DJHA 3HH3A 1L43A 4I7TA 1P5CA 1L03A 3HWLA 1L38A 1TLAA 1OWZA 3GULA 3QAKA 1XJTA 185LA 1QSQA 1L40A 1P3NA 1C68A 1SWZA 3NY9A 1D3NA 1L67A 1C60A 1L74A 4W53A 118LA 1JTMA 1LI3A 1CV6A 4ARLA 1L41A 3G3XA 5I14A 1QS9A 180LA 225LA 1L31A 1L75A 2B7XA 1XEPA 163LA 1L19A 1L97A 1L07A 187LA 3HDEA 2QARC 1L01A 1SX7A 235LA 2L78A 1QT7A 261LA 2Q9DA 1QUGA 1G0PA 1SWYA 108LA 1L94A 1L56A 2HUMA 1L23A 3C80A 3CDQA 1L37A 4EKQA 1LWGA 230LA 214LA 3DMXA 257LA 3HDFA 1L79A 3HUQA 1C6QA 1ZURA 3FADA 4GRVA 1L51A 1G0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5QA 5KXLA 3JR6A 6LZMA 1CX6A 1P6YA 2HTXA 4WLDA 1L77A 4NG1A 1UIAA 3G3WA 4NFVA 1RFPA 3HTDA 1LJ4A 2RH1A 1B5UA 1A4VA 4W55A 3CQLA 4PJ2C 1L05A 5II3A 1XGUC 4EPIA 1D9UA 2HUKA 5A3EA 1GEZA 1G06A 158LA 3P64A 4J1AA 2FYDA 5D5CA 190LA 1FN5A 207LA 1L91A 242LA 2MEFA 4PJZA 1LSZA 1GB3A 1GF3A 4YXAC 1DYCA 1LI6A 2Z12A 5HMJA 1LMAA 5L3IA 2A7FA 3WPJA 1UIEA 1LYHA 5D5FA 2CWIA 4H9AA 1L73A 1I6SA 1WQPA 4ETBA 1BB4A 1JSFA 259LA 2BQJA 1LZNA 137LA 1B5VA 174LA 2Z2FA 1D3JA 1P2LA 1QTZA 1EQ5A 1LZ1A 1YANA 1B6IA 5KXWA 4OOOA 4B4EA 3A8ZA 3LYZA 4H92A 2OEAX 3A3RX 1QTDA 1NBYC 1LZDA 3G3VA 4TSBA 177LA 4LDLA 1WVUA 1G0QA 1QUHA 2OU9A 1FDLY 2Z6BA 1IWUA 1B7QA 1L84A 245LA 3T36A 1L42A 1QSWA 175LA 2F4GA 1LGUA 2OTYX 1C65A 4B4JA 165LA 1UIBA 2RBSA 221LA 4EKPA 1L22A 1GB5A 3HTGA 1L83A 125LA 5DLAA 4W56A 3LZMA 4IJ4A 2D6BA 1C67A 1C6HA 3LYOA 2CGIA 1J1OY 1L11A 4DQ7A 1GFAA 3CT5A 247LA 1LSDA 4M6DA 223LA 2ANVA 5I53A 1LYSA 3BKVA 3GUOA 1JKDA 2LC9A 1G7MC 3J6KA 5HLLA 1DYFA 4WO9A 4DYGA 2Q9EA 1LYZA 3WYHA 149LA 2ZWBA 1E8LA 4GCEA 4ZPUA 1CU5A 1GF5A 1HHLA 4ARQA 4WLTA 3LYTA 1L47A 4R0FA 1IORA 4W57A 2Q0MX 1GB6A 1WTHA 1L82A 1L85A 4CFPA 1GFTA 4W94A 5HQ1A 3A3QA 3IJVA 1OVKA 2LYMA 3IWRA 5KKIA 1UCOA 1QT6A 3SB7A 2BQBA 4HP0A 1LJIA 1QIOA 4XADA 4NGIA 1NDGC 3A67Y 3HTBA 4LZTA 3RUNA 1H87A 4PRUA 205LA 2O79A 1JTTL 4NGOA 1L46A 1BQLY 3AW6A 4XENA 1PQIA 1D2WA 4XYYA 1LJHA 1CV1A 1NQIA 4W54A 2G4QA 1CV3A 3GUKA 1LSAA 3HT9A 3C8RA 3WW6A 5C6JA 4NGYA 1AT5A 4M4OA 1L81A 4I7MA 3ULRA 1OUEA 4LYMA 4EOFA 2DQJY 1F0WA 3D4SA 3DN1A 1IP5A 139LA 3CDRA 178LA 2DKVA 3N9EA 104LA 1L32A 2BQMA 3K3TA 4I7RA 1QUSA 3ZEKA 1VATA 3W6FA 3L2XA 3MGWA 1G1VA 1WQQA 1T97A 1JITA 2IFFY 1VAUA 2BQOA 1LGWA 4LFPA 3HT6A 2BQFA 1T8AA 1CU3A 4I7SA 1UIGA 1QT8A 1QTVA 3EMLA 1WQNA 3GXKA 1GBSA 3FA0A 1LPYA 1BB6A 1UIHA 1BGIA 1QTCA 2I6ZA 2B6WA 3CT1A 1G7IC 1LGXA 2LZTA 3QE8A 4HJZA 2VB1A 1P2CC 4KXIA 1GB0A 1T3PA 5FELA 1LMTA 2ZQ4A 1JIYA 1L76A 1QUTA 1XEIA 1C6NA 1CJ7A 1C64A 4J1BA 1QUOA 3ODUA 3A96A 3F9LA 4ML7A 4H9BA 4HPIA 3CDVA 3TXFA 238LA 4WM5A 4YOPA 1D0KA 1JSEA 5F14A 1L0KA 1QSAA 1LYEA 1BVXA 1CV5A 5FHWA 239LA 4HTNA 1L87A 1QTKA 4NHSA 5DN4A 1JKCA 3HU9A 219LA 1SSWA 3W6DA 3HTFA 1JQUA 1DI3A 1HFZA 3W6CA 3OK0A 176LA 4B49A 1C6BA 4NGWA 2HEBA 248LA 5AMYA 1GE4A 1L03A 4G4HA 3HWLA 1TLAA 1W6ZA 1SWZA 1L67A 118LA 1CV6A 1FLUA 4QEQA 180LA 5B59A 1XEPA 4ZEEA 1DPXA 1SX7A 1QT7A 1SWYA 108LA 1L23A 3CDQA 3G3BB 1NDMC 4EKQA 1IP2A 1LZ8A 1MLCE 1ZURA 4HV1A 3V2YA 2LZ2A 184LA 2RAZX 1HENA 3AB6A 2MECA 1LSEA 1B7MA 1G1WA 4NHTA 157LA 2D91A 3A90A 2DQGY 3HH4A 1L08A 2ZYCA 3VWOA 153LA 1GEVA 4TX7A 1TDYA 5DN5A 2X0AA 1EPYA 1C6AA 1GAZA 5FDJA 199LA 4LYOA 1PQOA 4DD0A 1CKFA 1LHMA 2F32A 1LPIA 243LA 1JKBA 3C7WA 5KXXA 140LA 1PS5A 2RBQA 2ZNXY 1L17A 1KXXA 2HECA 1T8GA 119LA 1BWJA 3BKHA 4GCDA 1LCNA 1LLHA 1LW9A 3CSRA 2PC2A 4LT1A 4PRQA 152LA 4HSFA 2B73A 2RSCA 4CGEA 3P65A 1C61A 4WO6A 1L86A 3GUNA 134LA 148LE 1G0MA 1LKSA 1LZ9A 4DQJA 186LA 4C3WA 155LA 1JWRA 5E4PA 1FLQA 1O23A 4NGVA 1JKAA 1CKHA 1LI2A 3RU5A 4OWAA 1G7JC 4W59A 1OVJA 2LYZA 1LYOA 1L64A 1QT4A 4XJFA 5APFA 1OYUA 4OW1A 2LZMA 2BQGA 2RB2X 1KY1A 126LA 2NTGA 1GBZA 1L25A 1L36A 1HFXA 3M3UA 2HU3A 1L0JA 1GPQC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5I5Q A;  5KXL A;  3JR6 A;  6LZM A;  1CX6 A;  1P6Y A;  2HTX A;  4WLD A;  1L77 A;  4NG1 A;  1UIA A;  3G3W A;  4NFV A;  1RFP A;  3HTD A;  1LJ4 A;  2RH1 A;  1B5U A;  1A4V A;  4W55 A;  3CQL A;  4PJ2 C;  1L05 A;  5II3 A;  1XGU C;  4EPI A;  1D9U A;  2HUK A;  5A3E A;  1GEZ A;  1G06 A;  158L A;  3P64 A;  4J1A A;  2FYD A;  5D5C A;  190L A;  1FN5 A;  207L A;  1L91 A;  242L A;  2MEF A;  4PJZ A;  1LSZ A;  1GB3 A;  1GF3 A;  4YXA C;  1DYC A;  1LI6 A;  2Z12 A;  5HMJ A;  1LMA A;  5L3I A;  2A7F A;  3WPJ A;  1UIE A;  1LYH A;  5D5F A;  2CWI A;  4H9A A;  1L73 A;  1I6S A;  1WQP A;  4ETB A;  1BB4 A;  1JSF A;  259L A;  2BQJ A;  1LZN A;  137L A;  1B5V A;  174L A;  2Z2F A;  1D3J A;  1P2L A;  1QTZ A;  1EQ5 A;  1LZ1 A;  1YAN A;  1B6I A;  5KXW A;  4OOO A;  4B4E A;  3A8Z A;  3LYZ A;  4H92 A;  2OEA X;  3A3R X;  1QTD A;  1NBY C;  1LZD A;  3G3V A;  4TSB A;  177L A;  4LDL A;  1WVU A;  1G0Q A;  1QUH A;  2OU9 A;  1FDL Y;  2Z6B A;  1IWU A;  1B7Q A;  1L84 A;  245L A;  3T36 A;  1L42 A;  1QSW A;  175L A;  2F4G A;  1LGU A;  2OTY X; 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