1L07A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGFWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l07A00
1OYUA 1L91A 3HH5A 1LWKA 4I7LA 3HU8A 215LA 1L88A 1PQOA 159LA 1OV7A 3V2YA 1C68A 137LA 1L83A 3QAKA 1QUDA 1PQIA 212LA 1L73A 4W57A 3HTFA 4W52A 1L38A 1G0PA 166LA 3HDFA 3SB7A 3DN0A 1OWZA 4YXAC 1L10A 4LZMA 2L78A 4DKLA 1QTVA 3DMZA 3HTDA 1QUGA 1L95A 4DJHA 1DYEA 4I7MA 123LA 167LA 1ZWNA 1L01A 3C7WA 1QTCA 1L45A 214LA 1C6AA 1L84A 201LA 111LA 2B6WA 1LYIA 1L03A 3HU9A 1KNIA 4LDEA 3CDVA 4W59A 211LA 205LA 140LA 3DKEX 151LA 1LGUA 2OTYX 162LA 222LA 1L13A 1L54A 2QARC 1L29A 1C61A 1C6HA 1PQMA 240LA 4EKQA 1L63A 199LA 2Q9EA 247LA 5LZMA 2F32A 2B7XA 150LA 1DYAA 1JTMA 2LCBA 1LI3A 160LA 3GULA 3GUMA 1L44A 257LA 243LA 1L07A 1L52A 1L90A 115LA 3DN2A 3HUKA 145LA 1EPYA 2RBPA 2B6TA 113LA 128LA 3GUNA 228LA 4OO9A 1PQJA 1CV3A 1L99A 147LA 1D3FA 4W54A 118LA 254LA 1C6DA 219LA 4ARMB 184LA 1L66A 1SX7A 1T8AA 163LA 1L86A 1C65A 1C6JA 237LA 1L93A 4I7RA 1JQUA 1P5CA 1JTNA 1QSQA 1C64A 129LA 245LA 1OV5A 4EKPA 1QTBA 259LA 1PQDA 253LA 3HT9A 4I7OA 5I14A 2HUKA 3L64A 172LA 1L42A 3OE0A 1QT6A 1T8GA 126LA 125LA 1L53A 1L28A 1G1VA 3SB5A 1KS3A 155LA 1L89A 1L23A 1QS5A 2RB2X 1CU5A 1SWZA 191LA 1L69A 3GUKA 1L06A 1T8FA 3PDSA 148LE 1L12A 1L26A 2HUMA 2Z6BA 108LA 139LA 4LDOA 1L71A 1L05A 185LA 173LA 1CVKA 1L97A 1DYCA 1C69A 3OE9A 3V2WA 3GUOA 1P46A 4I7KA 1L40A 3UONA 1QT3A 1L24A 3SB6A 1C6FA 175LA 1L51A 1L43A 2F47A 1B6IA 3F9LA 2B75A 2RBSA 1L49A 1DYBA 1SWYA 1CTWA 1C6QA 2B72A 1KW7A 1LW9A 244LA 3OE6A 3PBLA 1L0KA 261LA 1OWYA 3RUNA 1ZYTA 3LZMA 1T6HA 4GRVA 1G0LA 248LA 3HUAA 152LA 206LA 4W53A 1L74A 149LA 3FI5A 3HH6A 1L25A 249LA 1L82A 3DN6A 4W58A 4ARLA 1L32A 1C6PA 4W51A 170LA 241LA 2B73A 1QSBA 218LA 1OVKA 262LA 3HT6A 2Q9DA 1CX7A 236LA 1L72A 2OTZX 4EKSA 1L18A 2RAYX 1P3NA 1P64A 3RZEA 2RBNA 221LA 3VW7A 239LA 1L33A 1LYHA 2HULA 196LA 1L80A 1L67A 1WTHA 3DNAA 1CU3A 2RB1X 1KW5A 1LGWA 4YXCA 192LA 1L09A 141LA 1L34A 4GBRB 1I6SA 2RH1A 2RBOA 4ARQB 119LA 1L17A 146LA 1QT7A 7LZMA 1L65A 3K2RA 1L22A 1LI6A 1ZURA 1CU6A 1L87A 1CU0A 164LA 3HTGA 1CV5A 3HT7A 6LZMA 258LA 1L85A 1G0JA 3CDRA 1L27A 1LI2A 1SSYA 165LA 1P2LA 1L75A 4ARPA 1LYGA 1L76A 195LA 2NTHA 174LA 3JR6A 157LA 200LA 1G0QA 1C6CA 1C6LA 2QB0B 102LA 1LWGA 1QTDA 3C81A 1C6TA 1L94A 1G06A 176LA 1L08A 246LA 1K28A 1L55A 3L2XA 4EKRA 1L47A 197LA 1D2WA 256LA 3SN6R 213LA 1L98A 209LA 3DN4A 1L70A 1QT8A 190LA 1L20A 3HTBA 4K5YA 1L39A 4ZPUA 142LA 216LA 2NTGA 1DYFA 1C6KA 1L21A 1L92A 1L64A 1L36A 3C7YA 2LC9A 171LA 2CUUA 1QTZA 4PK0A 1P6YA 127LA 223LA 3C8RA 1XJTA 104LA 4ARMA 1QTHA 1CV4A 4W55A 224LA 1LPYA 4AQNA 1L00A 238LA 1LYEA 3G3XA 180LA 220LA 2B74A 3GUJA 1L57A 1L58A 1OVJA 1D3NA 3OE8A 1CU2A 1D3JA 2O4WA 235LA 4YX7C 1SSWA 130LA 2ANXA 1CV6A 110LA 1C6GA 1LYFA 158LA 231LA 3SB8A 4I7JA 3SBAA 4EJ4A 2OU8A 1G07A 120LA 1L68A 1G1WA 1QT5A 2OE4X 3GUIA 227LA 3CDTA 230LA 114LA 189LA 1KY1A 3C8QA 4EPIA 1L41A 1L35A 1LLHA 3DN8A 2B6ZA 3DN3A 1CX6A 3HWLA 2F2QA 1C66A 103LA 1LYJA 181LA 2B6XA 1CUPA 1L11A 3NY8A 3F8VA 4PJZA 3DMXA 2B70A 112LA 2RBRA 4I7PA 1SX2A 1L79A 122LA 1NHBA 225LA 1L77A 1L48A 3C80A 3HH4A 1CV1A 229LA 1DYDA 143LA 1L37A 1P37A 4DAJA 4EPFA 1G0GA 1C62A 1C63A 232LA 4I7NA 3HH3A 2RB0X 1P36A 1DYGA 210LA 1C6NA 107LA 4EXMA 1C67A 1D3MA 1QS9A 1QT4A 168LA 1L14A 3G3WA 3SB9A 4S0WA 1L60A 1L62A 3G3VA 4E97A 260LA 2IGCA 234LA 217LA 3DMVA 251LA 1L56A 1TLAA 226LA 1D2YA 3NY9A 1P7SA 4I7SA 4I7QA 1C6IA 2A4TA 1G0MA 3ODUA 178LA 1L96A 3FADA 233LA 252LA 2RAZX 1L59A 1CV0A 2O79A 2OE9X 1L15A 4W56A 3C83A 1L19A 2OU0X 1L46A 3CDOA 3GUPA 1L02A 2OU9A 1L30A 4ARJA 1PQKA 188LA 1LYDA 2LZMA 242LA 1XJUA 1CUQA 4ARQA 1C6BA 1QUHA 2RBQA 1C6MA 3C7ZA 3HT8A 1L61A 1L81A 3FA0A 3NYAA 144LA 3DN1A 138LA 2O7AA 1QUOA 1XEPA 1L50A 109LA 2B6YA 1L0JA 4IAPA 1L04A 3HDEA 1KY0A 198LA 1C6EA 177LA 1G0KA 3SBBC 2ANVA 182LA 3HUQA 156LA 169LA 2OEAX 3D4SA 3CDQA 1LGXA 183LA 4LDLA 187LA 3EMLA 4I7TA 186LA 1D9WA 131LA 1P56A 1T97A 3C82A 1L31A 250LA 1OVHA 1L16A 161LA 3C8SA 1P2RA 1C60A 255LA 2OE7X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A95A 1OYUA 1WTNA 5A3ZA 1YANA 1TBYA 5APCA 1LZDA 5DM9A 5C6JA 4NGZA 3AW6A 4CGEA 166LA 1KIQC 5II3A 1E8LA 5AMYA 4LZMA 1IP3A 1DYEA 154LA 1ZWNA 1YAOA 3WPKA 1C6AA 4WLXA 1LSCA 1REMA 1LYIA 4B4EA 4LDEA 5LIOA 205LA 3RU5A 222LA 2QARC 4BAPA 3A67Y 240LA 199LA 4HPEA 3W3EA 1ZMYL 5FHWA 5E9RA 3RT5X 1HSWA 4ZFPA 4DDBA 5J7CA 257LA 3DN2A 4H8YA 4N1CC 4Z41A 3B6LA 1LYSA 3J4GA 4OO9A 4E3UA 2BQIA 1BVXA 1GE0A 5I54A 3ATOA 1LYZA 2H9JA 4DT3A 2BQOA 4LYMA 1XEKA 1CJ8A 4RW1A 184LA 4J0LA 1YAQA 1AT5A 4ETCA 237LA 1L93A 2XJWA 1JQUA 1MLCE 1OV5A 2Z12A 1LJFA 4EKPA 259LA 1JEFA 1PQDA 3HT9A 4J1AA 1O23A 5LVGA 1KS3A 1L89A 1NQIA 2FBBA 1GFRA 4H92A 4H9FA 1CU5A 1SWZA 3ZEKA 1JKAA 1L26A 2YDGA 3OJPA 1L71A 1CVKA 1L97A 1IOCA 1DYCA 1HEWA 3TMVA 1QT3A 1OUCA 4P2EA 1YILA 1IP1A 1L43A 1B6IA 3F9LA 4DWXA 4B1AA 1SWYA 2B72A 1KW7A 2G4NA 3D9AC 3OE6A 1GD6A 2A7DA 3PBLA 1L0KA 2W1XA 1GFUA 1LMNA 4YM8A 3OK0A 4GRVA 1G0LA 3CT0A 149LA 1DPXA 3HH6A 3K3TA 1L25A 3FI7A 1JKBA 2YBLA 5HNCA 4ARLA 1L32A 2YVBA 4OWHA 2B73A 1QSBA 3LHMA 2H5ZA 1VATA 2Q9DA 1LJHA 1GF4A 3W6DA 2BQKA 3AGGG 1P3NA 3HFMY 1KXWA 1T6VL 2BQBA 1LJIA 196LA 1D0LA 1L80A 4H94A 3CSQA 3DNAA 3TMWA 4LGKA 4YXCA 1WQMA 2RBOA 119LA 1REZA 1L65A 1QUSA 1CU6A 1L87A 2YBNA 1G0JA 1SSYA 1LI2A 5C6LA 1F0WA 4DC4A 4ARPA 195LA 1GBOA 3JR6A 157LA 3IJVA 4B0DA 1G0QA 5LAGA 1VDQA 4IATA 1LWGA 5LVIA 1QTDA 1C6TA 1G06A 176LA 1L08A 246LA 2I6ZA 1L47A 3CSRA 4NSGA 1JSEA 1XGTC 1QSAA 2MEGA 4ET9A 2NTGA 1L92A 1L36A 2Z18A 3C7YA 4PK0A 2LHMA 4DDAA 5B59A 2Q0MX 1HC0A 5LVKA 4ARMA 4W55A 1B7PA 4AQNA 4LYCA 4DD9A 3G3XA 1UIAA 1UA6Y 1YL0X 5APDA 4N5RA 4NSJA 1I1ZA 1OVJA 3OE8A 1D3JA 2O4WA 1GDWA 235LA 1GEVA 1OUGA 4EJ4A 4YF2A 3A8ZA 120LA 1L68A 5LXWA 1G1WA 4OWBA 227LA 3CDTA 230LA 114LA 1L41A 3TXEA 2ZQ3A 1JIYA 153LA 4HJYA 1C66A 1LYJA 2ZILA 1IWYA 3F8VA 4U3XB 2MEIA 1XGRC 5LAFA 4LT3A 4BAFA 1F6SA 1L79A 1CKDA 2HEFA 1L48A 3HH4A 4OWCA 2DQGY 1A2YC 4I7NA 1DXJA 1DYGA 5HQ1A 1D3MA 168LA 1ZVYB 5KXNA 4QDNA 1UIHA 4N0JA 2YBMA 3DMVA 4WO6A 2BQMA 226LA 2FYCA 4I7SA 3LZ2A 1C6IA 3MGWA 1G0MA 3FADA 1H87A 1XFPL 1AKIA 5DN5A 4PHIA 4W56A 4HP0A 2OU0X 5IHGA 1TEWA 3N9EA 1SQ2L 1L30A 2OU9A 4ARJA 3TXFA 1LYDA 4XJDA 1EL1A 2GV0A 2ZWBA 1GAYA 1GB0A 3SP3A 3C7ZA 3HT8A 1UBZA 2W1MA 4KXIA 144LA 3DN1A 5D5CA 3LYTA 1QUOA 4H9AA 1LJEA 2B6YA 1L0JA 4ETEA 1C7PA 3WVXA 177LA 182LA 2FBDA 2OEAX 4B4IA 1LGXA 4LDLA 187LA 3EMLA 2PC2A 1OUHA 5LINA 2LYOA 1OVHA 4YEMA 4TSCA 1OUBA 4IASA 4NY5A 1CKCA 2BAAA 1C60A 3HH5A 1BB6A 3A94A 1JWRA 2MEFA 215LA 1LSYA 133LA 1BVKC 3V2YA 1IP6A 1C68A 137LA 1L83A 1QUDA 1PQIA 1CKHA 1L73A 4W52A 5KXRA 4H9EA 1LJ3A 1G0PA 3WYHA 1B2KA 3DN0A 1OWZA 1YKXX 4YXAC 1C10A 3TXDA 1RI8B 2BQFA 1BWHA 4H9IA 4DJHA 2DQDY 123LA 167LA 1QTCA 1L45A 1LKSA 1A4VA 5F81A 2MEHA 5KJ9A 3HU9A 3DKEX 4NGWA 5KXXA 2OTYX 162LA 2AUBA 1CNSA 1L13A 2BQNA 4G49A 2NWDX 1CKGA 3AZ5A 1PQMA 5I4YA 1L63A 5LZMA 1LKRA 3WPJA 4XJHA 3FE0A 3GUMA 1GFEA 1L44A 3GXRA 1LPIA 1IOQA 1L90A 145LA 1EPYA 4NEBA 2B6TA 1FLUA 1GB8A 4DDCA 3A93A 2X0AA 1LHHA 1PQJA 1CV3A 1IY4A 1RCMA 4W54A 4BS7A 4Z46A 3W6CA 254LA 219LA 4ARMB 1LMTA 1XGPC 1SX7A 2CGIA 163LA 1L86A 1GFGA 1C65A 2D4JA 1GDXA 1JTNA 1P5CA 3M18B 4GN3A 2HUBA 1GXXA 1TCYA 245LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A95 A;  1OYU A;  1WTN A;  5A3Z A;  1YAN A;  1TBY A;  5APC A;  1LZD A;  5DM9 A;  5C6J A;  4NGZ A;  3AW6 A;  4CGE A;  166L A;  1KIQ C;  5II3 A;  1E8L A;  5AMY A;  4LZM A;  1IP3 A;  1DYE A;  154L A;  1ZWN A;  1YAO A;  3WPK A;  1C6A A;  4WLX A;  1LSC A;  1REM A;  1LYI A;  4B4E A;  4LDE A;  5LIO A;  205L A;  3RU5 A;  222L A;  2QAR C;  4BAP A;  3A67 Y;  240L A;  199L A;  4HPE A;  3W3E A;  1ZMY L;  5FHW A;  5E9R A;  3RT5 X;  1HSW A;  4ZFP A;  4DDB A;  5J7C A;  257L A;  3DN2 A;  4H8Y A;  4N1C C;  4Z41 A;  3B6L A;  1LYS A;  3J4G A;  4OO9 A;  4E3U A;  2BQI A;  1BVX A;  1GE0 A;  5I54 A;  3ATO A;  1LYZ A;  2H9J A;  4DT3 A;  2BQO A;  4LYM A;  1XEK A;  1CJ8 A;  4RW1 A;  184L A;  4J0L A;  1YAQ A;  1AT5 A;  4ETC A;  237L A;  1L93 A;  2XJW A;  1JQU A;  1MLC E;  1OV5 A;  2Z12 A;  1LJF A;  4EKP A;  259L A;  1JEF A;  1PQD A;  3HT9 A;  4J1A A;  1O23 A;  5LVG A;  1KS3 A;  1L89 A;  1NQI A;  2FBB A;  1GFR A;  4H92 A;  4H9F A;  1CU5 A;  1SWZ A;  3ZEK A;  1JKA A;  1L26 A;  2YDG A;  3OJP A;  1L71 A;  1CVK A;  1L97 A; 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