1L09A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGHWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (159-161)AH1 (3-11)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH5 (93-106)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l09A00
1L95A 2RBRA 4I7OA 1LGWA 102LA 112LA 1L46A 1OYUA 1QTDA 1L59A 184LA 1L29A 3NY9A 4I7MA 3GUOA 3HUKA 4ARJA 3DMXA 1QTHA 243LA 181LA 1D3NA 1SSWA 1L71A 1CTWA 195LA 1L69A 1C63A 4W53A 3HUAA 225LA 126LA 131LA 3SB6A 1L87A 1T6HA 218LA 4DKLA 1L34A 4I7TA 160LA 1L66A 3HH3A 1L51A 223LA 1L23A 3HTBA 1L12A 185LA 4W51A 219LA 3SB7A 166LA 1L81A 3C7ZA 1L45A 3DMVA 1QSBA 1XEPA 4W52A 1G0PA 187LA 1PQMA 1P46A 1QT6A 1SSYA 162LA 4I7KA 3EMLA 2RBOA 1L72A 1C6JA 4IAPA 1PQJA 1QSQA 1L48A 1SX7A 1LYJA 1LYEA 4EPFA 188LA 1CU0A 1L00A 1L33A 3DMZA 2B6ZA 1LI6A 1L82A 1L88A 1OV5A 3C82A 1P7SA 143LA 4DAJA 1L53A 1L56A 2B6YA 2OU8A 3QAKA 1DYCA 1L64A 4ARMB 1L32A 1PQOA 170LA 4EPIA 2QARC 1LI2A 214LA 1G0KA 1QUGA 215LA 139LA 173LA 1L07A 1NHBA 2B74A 4ARPA 1C6AA 2RBPA 3DNAA 177LA 172LA 1CX6A 1LWKA 3DKEX 1G0MA 1G0LA 1L61A 2A4TA 3L64A 1PQIA 239LA 3C80A 3D4SA 3HDFA 159LA 169LA 191LA 1CU6A 1PQKA 4I7RA 104LA 3HUQA 2RBSA 3DN1A 1L02A 3GUMA 3HTGA 3HWLA 4W58A 3HU8A 2B6XA 3SBBC 4EKPA 142LA 4I7JA 3RUNA 1T8FA 257LA 1G0GA 1C6BA 1L73A 3SB9A 3V2YA 118LA 1QTCA 4YXAC 1CUPA 2ANXA 174LA 2B75A 2RAYX 113LA 1T8AA 1C6QA 4W56A 1QT4A 3OE9A 1KY0A 1L13A 1L25A 1C67A 1XJUA 1L77A 1JQUA 3HTDA 150LA 4PK0A 1L98A 1ZURA 1XJTA 119LA 1L99A 1T97A 2O7AA 1C64A 1EPYA 1L11A 1L62A 200LA 249LA 110LA 2B6TA 1C6DA 176LA 1L75A 2B7XA 227LA 253LA 3SB8A 1OWZA 1P2RA 1L41A 262LA 1P64A 1LWGA 1L05A 258LA 3SBAA 192LA 3VW7A 252LA 3C8SA 1LPYA 1L04A 244LA 3CDOA 1D9WA 1CV1A 111LA 4LZMA 1LYFA 213LA 1L55A 245LA 2B70A 1DYEA 3G3XA 3GUNA 180LA 3DN3A 1L15A 247LA 2RBNA 127LA 1P6YA 1SWYA 209LA 1L68A 144LA 3G3VA 3HH4A 3FA0A 3SB5A 254LA 2B72A 4I7NA 1D3MA 122LA 1QT5A 205LA 1SX2A 1L0KA 196LA 4W55A 1L06A 1LYGA 1OV7A 5I14A 147LA 1L35A 1L31A 222LA 1OVJA 2B73A 221LA 3HTFA 3PDSA 1D3JA 1DYGA 1L84A 246LA 2F2QA 1QT7A 1L80A 1L86A 3GUIA 1L58A 3HT7A 3CDRA 3LZMA 1L67A 129LA 161LA 4GRVA 3NYAA 3HU9A 248LA 1C6MA 1L42A 146LA 1L16A 2OEAX 1C62A 1KY1A 3DN0A 3HDEA 201LA 1L01A 1L74A 1L93A 199LA 1L50A 1G1VA 2RBQA 4S0WA 2OTZX 1L09A 1LGUA 1L20A 1LYIA 1L22A 1C66A 1TLAA 4I7PA 1L97A 2RB1X 3G3WA 3GUKA 1C65A 138LA 3C7YA 1C69A 1P36A 4EXMA 130LA 1L39A 1CU3A 4ARLA 1D2YA 125LA 1L18A 1L89A 1QTZA 3GULA 198LA 128LA 3FI5A 1C6EA 1L26A 1LYDA 3HH5A 1CV0A 2B6WA 2F32A 2HUKA 1PQDA 2NTGA 3GUPA 1SWZA 2LZMA 151LA 1L76A 189LA 3DN8A 1L96A 1C6TA 1DYBA 115LA 4EKRA 1OVKA 1G07A 2NTHA 1ZWNA 163LA 1L57A 1L30A 1L03A 2RB2X 1QS9A 3HT6A 6LZMA 1G0QA 255LA 1QUHA 4ARQA 212LA 1CUQA 1L49A 3OE6A 2OE7X 3CDVA 1C6CA 1L94A 4I7QA 109LA 1L14A 206LA 145LA 3NY8A 1L37A 2OE9X 1QT8A 2Q9DA 220LA 167LA 1P5CA 217LA 1C6IA 2RH1A 3DN6A 1C68A 233LA 2Z6BA 7LZMA 2QB0B 1CU5A 4GBRB 1QTBA 3UONA 4EKSA 1ZYTA 2LC9A 4W54A 171LA 237LA 137LA 1L91A 1CV4A 183LA 231LA 1P2LA 2IGCA 1DYAA 1CV5A 156LA 1WTHA 4PJZA 1L90A 1L92A 1C6GA 240LA 1L19A 1CU2A 1DYFA 165LA 1C6PA 1L38A 259LA 224LA 235LA 149LA 230LA 1QUDA 2CUUA 1B6IA 1JTMA 1L21A 1L28A 2LCBA 4I7SA 251LA 186LA 1KW7A 1LGXA 228LA 4W59A 1K28A 260LA 1OWYA 3HT8A 2L78A 3GUJA 1I6SA 3HH6A 1KS3A 3C83A 211LA 3DN4A 1C6KA 232LA 229LA 1L40A 4YXCA 4E97A 3OE0A 3CDQA 1L52A 1L36A 1LYHA 158LA 1LW9A 155LA 1LLHA 4I7LA 182LA 256LA 1L83A 1L08A 1L79A 3PBLA 178LA 2Q9EA 1DYDA 250LA 1C6LA 1L85A 1L27A 1L47A 1G06A 3C81A 3JR6A 1L60A 114LA 2O79A 2HULA 4LDEA 4YX7C 216LA 2OU0X 1L24A 1JTNA 175LA 2OE4X 108LA 4EKQA 1LI3A 210LA 4ARMA 5LZMA 103LA 1P37A 1L17A 1D2WA 2RB0X 1L63A 236LA 3C8QA 2O4WA 234LA 164LA 1L43A 148LE 4EJ4A 168LA 1G0JA 1G1WA 1C60A 197LA 1QTVA 1T8GA 1C6FA 1KW5A 2OU9A 1CVKA 1QUOA 3OE8A 3L2XA 120LA 1CX7A 1QS5A 3CDTA 4LDLA 1D3FA 1L70A 1L10A 4DJHA 141LA 238LA 3DN2A 4ARQB 107LA 1P56A 1QT3A 3C8RA 2ANVA 1L54A 4W57A 1L0JA 152LA 4LDOA 1L65A 1CV3A 1OVHA 1CV6A 140LA 2RAZX 1C61A 242LA 3K2RA 3C7WA 2F47A 2OTYX 4OO9A 4ZPUA 3SN6R 190LA 123LA 1C6HA 3F9LA 3ODUA 226LA 1KNIA 2HUMA 3V2WA 157LA 3HT9A 1L44A 3RZEA 261LA 1P3NA 1C6NA 4K5YA 3FADA 241LA 4AQNA 3F8VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L95A 102LA 1OYUA 1L29A 4CFOA 3HUKA 1DI5A 1D3NA 1SSWA 4H9EA 2YSSC 1FDLY 1C63A 1VDPA 1JKDA 2Z2EA 3HUAA 225LA 126LA 218LA 1RFPA 4OWEA 223LA 1L23A 4DD1A 3CSRA 3SB7A 166LA 1BWIA 1J1PY 5KY1A 1QSBA 4W52A 1P46A 162LA 3EMLA 4A7DA 2RBOA 4Z98A 1PQJA 4KXIA 1NQIA 1SX7A 3LYZA 4EPFA 188LA 1CU0A 3LHMA 3ZVQA 135LA 143LA 1L53A 2B6YA 2EIZC 4ARMB 3QY4A 170LA 1WQOA 3AGIA 1G0KA 5F81A 139LA 1UIAA 2Y8PA 2B74A 2W1YA 3LYMA 1ALCA 4GCFA 172LA 3WPKA 2XBRA 1G0MA 1G0LA 1L61A 5LYMA 5KXRA 1PQIA 3C80A 1LSYA 1CU6A 1HSWA 4I7RA 4XENA 3GUMA 3HTGA 4N8ZA 4PHIA 4W58A 2B6XA 142LA 4I7JA 1LKSA 1LMAA 2CJLA 3RUNA 2YBLA 1CJ7A 2IHLA 5LVKA 4HP0A 1IR7A 1T8AA 1GE0A 1C6QA 3OE9A 1AKIA 1L13A 1C67A 4WLYA 1GFAA 1L77A 1JQUA 3HTDA 3AW7A 4N1EI 1TEWA 154LA 5L9JA 1L11A 1L62A 2B6TA 1AT5A 1LZSA 1YQVY 1WQRA 1HEPA 5FEKA 1B7LA 1DZBX 3SB8A 1NWGA 2CGIA 1XGTC 1C45A 3P65A 1F6RA 5D5CA 1IOQA 1XGUC 1FLYA 1B5UA 3WXUA 4AXTA 2W1MA 4LT1A 4LZMA 1TAYA 1EQ4A 245LA 1IEEA 4ETAA 1JJ3A 3GUNA 4GN4A 5DL9A 2YDGA 2ZWBA 1SWYA 209LA 144LA 3G3VA 4PGJB 3EMSA 1QTKA 2BQAA 4RW1A 1FLQA 205LA 3W3EA 1SX2A 4WLDA 196LA 2PC2A 147LA 2DQAA 1L35A 1T6VL 1NBYC 2F2QA 3B0OA 1BB5A 5LYZA 1L67A 3TXGA 129LA 4GRVA 5II3A 3N9AA 4DDAA 1L42A 3A3QA 146LA 1B7QA 1L16A 2OEAX 3HBHA 1LZ8A 4H8XA 5LVIA 3IWRA 1JJ1A 3DN0A 1VATA 1L50A 1YANA 1G1VA 2RBQA 4S0WA 1L20A 1GHLA 1L97A 1D0MA 4GLAA 1GBXA 1GF6A 208LA 1L39A 1B7MA 1L26A 4WO6A 2A7DA 2HUKA 1EQEA 2MEBA 3EBAB 1B7PA 1WVVA 5LAFA 1L96A 1YL1X 1DYBA 2LZTA 1IOTA 1G07A 1ZWNA 1L30A 3WU8A 1IWZA 1YAQA 2RB2X 3TXIA 2C8OA 1FLWA 1WQPA 212LA 4WM2A 3CDVA 2DKVA 1GB7A 1LHKA 4DD9A 1DPXA 4WO9A 3A95A 2Z6BA 3BKVA 4G4CA 1ZYTA 5LVGA 1QSAA 2D4JA 237LA 2ZYPA 1LHLA 5APFA 183LA 2YBNA 4Z3MA 1CV5A 1AM7A 1JKBA 3M18B 4H9CA 1WTHA 3AJNA 1VDTA 2MEDA 2DQJY 1CU2A 1D6PA 1C6PA 1L38A 1GF0A 1SLYA 3AGGG 1QUDA 4ZIXA 1LSBA 1IORA 1A2YC 1KW7A 1LGXA 2MEIA 4YEMA 1C43A 1I6SA 4Z41A 1UBZA 3DN4A 1LSEA 1C6KA 2Z19A 229LA 4YXCA 3OE0A 3A8ZA 1C08C 4BAFA 1LLHA 4NGIA 1LSPA 2MEGA 1REXA 4GCDA 256LA 1L08A 1L79A 1SQ2L 2Q9EA 1YL0X 250LA 1L85A 1L27A 1L60A 1KXWA 4YX7C 4XN6A 4G4BA 1JTNA 175LA 1NDGC 1DKJA 2HTXA 5LZMA 4XJBA 5KXKA 1C7PA 1P37A 2DQEY 3TXEA 3N9CA 4H92A 2O4WA 4WMGA 168LA 1G0JA 1C60A 1GE1A 2OU9A 1CVKA 1QUOA 1QS5A 3CDTA 4LDLA 2BQDA 5E4PA 1LKRA 1UCOA 4OOOA 4DJHA 1WQMA 1QDTA 141LA 2HEAA 4N5RA 4ARQB 4L41A 1OQMA 3J4GA 1MLCE 107LA 1P56A 1QT3A 4B4EA 1AT6A 3C8RA 3G3AB 1L0JA 152LA 5KXYA 2XJWA 1KIRC 1C61A 5LXWA 4NFVA 242LA 3K2RA 1H87A 2F47A 3SN6R 123LA 3P68A 4LT0A 3ODUA 1KNIA 2HUMA 3CT5A 3HT9A 1P3NA 2BQLA 4ETBA 1J1XY 3F8VA 1B7OA 2RBRA 112LA 1L46A 1QTDA 1L59A 5KXTA 184LA 4DT3A 4ARJA 4WL6A 4C5FA 3DMXA 1WQQA 243LA 1CTWA 1FBIX 4H90A 5KXNA 1F6SA 3SB6A 1TBYA 2MEFA 1L87A 4DKLA 3WUNA 1L34A 4I7TA 1OUDA 3HH3A 1DXJA 219LA 2XTHA 1LJNA 3C7ZA 4H9HA 5B59A 3D9AC 1OUAA 1LJHA 4CGEA 1L72A 1C6JA 1L48A 1JTPL 3RW8A 3ZVQB 1QTEA 4HTQA 1GXXA 1L00A 1CJ6A 1BB4A 4DD2A 1IWUA 1L88A 2LYZA 1DYCA 1PQOA 1LI2A 215LA 4KL7A 1C6AA 2LZ2A 1B5ZA 1LWKA 3HBDA 1DKKA 2A4TA 3D4SA 159LA 2BLXA 2DQHY 1QDRA 3HUQA 2RBSA 1LSMA 4WG7A 5KKIA 1B5VA 1HEOA 4NSIA 3SBBC 1LSZA 1LZ1A 5FDJA 1REMA 2XQOA 1LZ6A 257LA 1JHLA 1L73A 1F0WA 5DM9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L95 A;  102L A;  1OYU A;  1L29 A;  4CFO A;  3HUK A;  1DI5 A;  1D3N A;  1SSW A;  4H9E A;  2YSS C;  1FDL Y;  1C63 A;  1VDP A;  1JKD A;  2Z2E A;  3HUA A;  225L A;  126L A;  218L A;  1RFP A;  4OWE A;  223L A;  1L23 A;  4DD1 A;  3CSR A;  3SB7 A;  166L A;  1BWI A;  1J1P Y;  5KY1 A;  1QSB A;  4W52 A;  1P46 A;  162L A;  3EML A;  4A7D A;  2RBO A;  4Z98 A;  1PQJ A;  4KXI A;  1NQI A;  1SX7 A;  3LYZ A;  4EPF A;  188L A;  1CU0 A;  3LHM A;  3ZVQ A;  135L A;  143L A;  1L53 A;  2B6Y A;  2EIZ C;  4ARM B;  3QY4 A;  170L A;  1WQO A;  3AGI A;  1G0K A;  5F81 A;  139L A;  1UIA A;  2Y8P A;  2B74 A;  2W1Y A;  3LYM A;  1ALC A;  4GCF A;  172L A;  3WPK A;  2XBR A;  1G0M A;  1G0L A;  1L61 A;  5LYM A;  5KXR A;  1PQI A;  3C80 A;  1LSY A;  1CU6 A;  1HSW A;  4I7R A;  4XEN A;  3GUM A;  3HTG A;  4N8Z A;  4PHI A;  4W58 A;  2B6X A;  142L A;  4I7J A;  1LKS A;  1LMA A;  2CJL A;  3RUN A;  2YBL A;  1CJ7 A;  2IHL A;  5LVK A;  4HP0 A;  1IR7 A;  1T8A A;  1GE0 A;  1C6Q A;  3OE9 A;  1AKI A;  1L13 A;  1C67 A;  4WLY A;  1GFA A;  1L77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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