1L0KA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l0kA00
1L71A 1C6EA 123LA 3C7YA 4IAPA 3SB6A 1PQMA 1LGUA 158LA 1JTNA 1PQOA 3HTDA 1LLHA 2RB1X 1CX6A 2ANVA 1QTZA 3DN3A 166LA 1L05A 4I7NA 184LA 1L89A 4I7KA 171LA 1QUGA 4I7PA 1C61A 3NY8A 3FI5A 1L91A 1L34A 1L87A 172LA 188LA 1KY1A 1LWKA 3GUPA 249LA 2QARC 163LA 168LA 178LA 1D3JA 205LA 3DMVA 4EJ4A 4ARMA 1L52A 1L28A 108LA 1C6GA 261LA 1L21A 256LA 114LA 1K28A 236LA 1L75A 4I7LA 185LA 3GUKA 4I7QA 1L85A 1L65A 2OU9A 1C6DA 1L02A 1G07A 259LA 241LA 3CDQA 112LA 3PBLA 125LA 1C67A 104LA 1L81A 1CV5A 3HTBA 1XJUA 3LZMA 2OTYX 1CVKA 1L76A 1C6KA 3SBBC 1QT7A 2B73A 109LA 230LA 1G0KA 2B6ZA 1QUHA 3K2RA 1KNIA 4E97A 150LA 3OE6A 3HU9A 1L98A 3OE9A 2HUKA 223LA 4EKPA 3JR6A 1JTMA 1L74A 3C7WA 1SWZA 213LA 3L2XA 244LA 4ARQB 4DKLA 3HH6A 120LA 1QTCA 1SX2A 4W56A 165LA 1L00A 1C6JA 1LWGA 1G0JA 175LA 1CU2A 174LA 1P5CA 1QTDA 2CUUA 192LA 187LA 1QS5A 3C7ZA 3CDOA 2F32A 3CDTA 1DYGA 252LA 1CU5A 1L97A 1G1VA 2Q9EA 1L66A 1L08A 1L18A 4I7JA 1T8FA 3V2WA 167LA 161LA 3UONA 156LA 3EMLA 1L33A 218LA 1L58A 3DMZA 198LA 1L86A 2OE4X 118LA 231LA 1P37A 2OU8A 1L12A 3GUMA 199LA 1C66A 1C6TA 2B6XA 2L78A 1P46A 233LA 142LA 1L23A 195LA 1KW5A 1L99A 1G0PA 224LA 245LA 1DYDA 1L01A 1OWYA 1L93A 3C8SA 211LA 3SB8A 149LA 144LA 1L59A 1TLAA 210LA 1C6IA 1QTBA 1DYFA 4W58A 140LA 1CUQA 3F8VA 1L48A 3GULA 212LA 2B6WA 2B7XA 4I7OA 4LDLA 4W52A 214LA 1LYFA 4K5YA 1C6BA 1QT5A 2LZMA 189LA 1QT6A 1L03A 137LA 1D3FA 1L95A 243LA 239LA 3SB7A 234LA 4GRVA 1EPYA 3OE8A 1C68A 4LDEA 3CDVA 3DN2A 3L64A 201LA 3D4SA 2B74A 1L45A 4AQNA 226LA 3CDRA 2OTZX 1L42A 4YXCA 1L07A 1L09A 1XJTA 107LA 3VW7A 3HTGA 2LCBA 1DYBA 1P2LA 4ARLA 4YXAC 1L31A 2OE9X 1CUPA 3HUKA 1L49A 2Q9DA 1LYJA 253LA 3HDEA 229LA 2RBSA 1LI3A 1L11A 2B72A 1CV1A 4W55A 4I7SA 1L57A 1CU3A 2RAYX 1L35A 1C6CA 2NTGA 1OVHA 2F2QA 4EPFA 4PK0A 1L37A 3HT7A 1L17A 1LPYA 183LA 255LA 148LE 1L38A 173LA 2RAZX 3GUNA 110LA 1P7SA 4LDOA 3RUNA 1G0MA 3G3XA 1ZURA 220LA 1L10A 3HUAA 1L30A 2OE7X 4DJHA 4PJZA 103LA 2B6YA 1L72A 3GUOA 3SBAA 262LA 197LA 3HH5A 1CU0A 1L22A 3DN6A 164LA 1C6NA 3DN4A 1L84A 1L68A 1L14A 3C8QA 1L26A 235LA 4ARMB 1L94A 3QAKA 1T97A 180LA 143LA 4LZMA 1KY0A 206LA 228LA 227LA 1L39A 1P3NA 3HH4A 186LA 1C69A 3C82A 162LA 1PQJA 1WTHA 5LZMA 1CTWA 1L56A 1LYHA 4EKSA 222LA 2B75A 3DN8A 4EXMA 1CV6A 1L0KA 1LYGA 1C6MA 1T8AA 3DN0A 1C6QA 4ARPA 3HU8A 1L36A 1DYAA 1L96A 1SSWA 4ZPUA 1L51A 1ZYTA 3V2YA 257LA 177LA 1L82A 3HTFA 1QTHA 4OO9A 7LZMA 1CV4A 2RBRA 3C8RA 1D3MA 139LA 176LA 1LI2A 1QS9A 1D2WA 3HH3A 1I6SA 1B6IA 4S0WA 1L15A 1QT4A 3F9LA 1L90A 1L92A 129LA 147LA 3G3WA 2O79A 3GUIA 155LA 3HWLA 181LA 4W51A 1QUOA 1XEPA 1DYCA 3G3VA 248LA 1L13A 1QT8A 200LA 5I14A 1L62A 1G1WA 2HULA 2NTHA 216LA 157LA 151LA 146LA 1C60A 1P36A 4W59A 4I7MA 1L69A 1T6HA 102LA 1OVKA 2QB0B 237LA 1PQDA 1KW7A 225LA 3ODUA 1L32A 1L44A 1C63A 2HUMA 2Z6BA 3NYAA 238LA 126LA 240LA 3HT6A 209LA 3NY9A 1L43A 3RZEA 1QUDA 1L80A 3GUJA 3SB9A 1L73A 1C6AA 1D2YA 1T8GA 1G0LA 2B70A 3SB5A 1L04A 119LA 4I7TA 217LA 4ARQA 170LA 3C81A 3SN6R 127LA 1L25A 1L79A 4W54A 1KS3A 258LA 2RBPA 1DYEA 1OWZA 3HUQA 1C65A 3C80A 130LA 1NHBA 2OEAX 2ANXA 1LI6A 1L64A 2F47A 1L0JA 2RH1A 1L46A 2A4TA 2IGCA 4EKQA 1D3NA 1QT3A 2RBOA 1G0GA 1C6HA 4DAJA 131LA 3FADA 1LYEA 196LA 1G06A 1LYDA 1L29A 2RB0X 4W53A 122LA 6LZMA 3PDSA 1L61A 111LA 3HT9A 1CV3A 2OU0X 1SSYA 1L06A 4ARJA 1P64A 232LA 1C6PA 1OYUA 160LA 1L70A 1L88A 246LA 2B6TA 3DN1A 182LA 1L16A 1L24A 2LC9A 1L77A 2RBQA 3DNAA 4EKRA 141LA 1LW9A 1C64A 1LGWA 1OV7A 115LA 4I7RA 1L55A 1CU6A 1OV5A 169LA 191LA 1C62A 1L27A 1L19A 1LGXA 2RB2X 1OVJA 1L53A 3C83A 1CV0A 1P2RA 1SX7A 3FA0A 1C6FA 1QSQA 1L67A 1CX7A 152LA 1L60A 1D9WA 3HDFA 159LA 2O7AA 221LA 260LA 1PQIA 3DKEX 247LA 1SWYA 1L41A 1L40A 4YX7C 128LA 4EPIA 1L83A 1LYIA 219LA 138LA 2O4WA 1L50A 1C6LA 1L54A 3DMXA 145LA 1L63A 1PQKA 1QSBA 1G0QA 215LA 2RBNA 4W57A 254LA 3HT8A 1L47A 113LA 251LA 1QTVA 3OE0A 1JQUA 1ZWNA 1L20A 1P6YA 4GBRB 190LA 1P56A 242LA 250LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I6ZA 1C6EA 1BWHA 3SB6A 1PQOA 1WQRA 2W1XA 1H87A 3WPKA 166LA 3ATNA 4I7NA 4NFVA 4AGAA 2B5ZA 4I7PA 4J1AA 4PRUA 2RSCA 1HFZA 188LA 4RW2A 3TXFA 1BB3A 2EIZC 2DQHY 178LA 4EJ4A 1D3JA 2FBBA 4P2EA 2LYMA 4ARMA 1PS5A 1WQPA 108LA 1L21A 256LA 236LA 3LN2A 185LA 3QY4A 1GF5A 4I7QA 1L85A 1LCNA 1GWDA 4C5FA 4G9SA 1C6DA 2CGIA 5FSTA 5I53A 112LA 2LZ2A 4DDAA 5F81A 2OTYX 1C6KA 109LA 4I0CA 1LPIA 4TX7A 1QUHA 1IP2A 1GF3A 150LA 4NGIA 2HUKA 223LA 2IHLA 1JTPL 3C7WA 5KXXA 2YSSC 3HH6A 2XJWA 4H8ZA 4G4HA 5LVHA 1C6JA 3KAMA 2XQOA 1IX0A 1WTNA 3N9EA 3N9CA 5HMVA 1QTDA 192LA 187LA 1QS5A 3C7ZA 3CDTA 1DYGA 1FDLY 1L97A 2ZQ3A 4DDCA 1J1PY 4H93A 1L66A 3EMLA 132LA 1L33A 231LA 3W6FA 1L12A 3A94A 3GUMA 2L78A 3W6CA 4Z98A 195LA 4XJFA 1GF0A 1OWYA 1L93A 1YAOA 1OP9B 3W6EA 3C8SA 1NWGA 1B7LA 1DYFA 3CT0A 4W58A 1CUQA 4ZFPA 1NHEA 1BQLY 1JITA 1LYFA 3W6AA 1C6BA 2LZMA 4H9EA 4DYGA 1GB0A 1NBZC 1J1XY 243LA 5LA5A 239LA 3SB7A 5KXRA 3OE8A 1LSFA 1AT5A 3DN2A 1DPWA 5KXTA 3AZ4A 2D6BA 3P64A 1L09A 1XJTA 107LA 2F4AA 1DYBA 2D4KA 1L49A 1HEOA 1AZFA 2MECA 2RBSA 4XJGA 2B72A 4W55A 1LSDA 1L57A 3CB7A 4I7SA 2RAYX 1L35A 1GF8A 1VDQA 4PK0A 4KT3A 4RDSA 5KKIA 4HTKA 1IR8A 1L38A 173LA 4GLAA 1OUJA 4H1PA 1G0MA 3G3XA 2YDGA 1YKYX 3BKHA 4DD7A 220LA 2BLYA 1L10A 2OE7X 4PJZA 103LA 3SBAA 1L72A 3GUOA 1BB6A 262LA 1SQ2L 3N9AA 3HH5A 1L22A 3DN6A 1DI3A 1L84A 1L26A 5LVGA 4ARMB 143LA 3HH4A 186LA 3SP3A 1C69A 3P65A 1PQJA 1GB3A 1OUBA 4NSGA 1C6QA 4GN4A 1SSWA 4ZPUA 1L51A 3V2YA 1AM7A 3HTFA 1IORA 5KJ9A 1JJ0A 4WM6A 2RBRA 2X0AA 1JPOA 3HH3A 1QT4A 5DN4A 3G3WA 1DKKA 1GF6A 1GEZA 2O79A 155LA 1QUOA 3G3VA 1RCMA 1VDTA 1JSEA 1B5VA 1UCOA 1CJ7A 5DLAA 1GE3A 4J1BA 5I14A 5I54A 2NTHA 3ULRA 1A4VA 4KXIA 3QE8A 3J4GA 1P36A 2CDSA 4NWHA 3AZ6A 4NG1A 1J1OY 1HEQA 1HNLA 4OOTA 1PQDA 1LJGA 1GFRA 3ODUA 1L44A 2HUMA 1CKCA 126LA 3HT6A 209LA 1GFVA 1LZAA 1L43A 3RZEA 1LZEA 4GCDA 1LMAA 1QUDA 2CJLA 1T8GA 2B70A 119LA 4IASA 2YBLA 1GDWA 1LHIA 127LA 1GBWA 3ATOA 4WLYA 2RBPA 4OWEA 1DYEA 1OWZA 2DKVA 4UWUA 3WL2A 5APDA 1L64A 4NGWA 2LHMA 1N4FA 3OJPA 4XJBA 1NBYC 1YAPA 4EMNA 4PHIA 1W6ZA 1FLUA 1LZSA 4EKQA 3TMXA 1HELA 1CKFA 4DAJA 1JKBA 1L29A 3WYHA 1B7MA 6LZMA 5HQ1A 4W96A 1L61A 1SSYA 1EQEA 4ARJA 1LKSA 4TSBA 1B5UA 2BQNA 4NHIA 160LA 1LYZA 4AXTA 1GB5A 1GFUA 1L77A 1INUA 4DD2A 1IEEA 2Q0MX 3TXBA 141LA 4B0DA 4I7RA 1G7HC 1JJ3A 1LSGA 4WM1A 2RB2X 1QDRA 1OVJA 3WU9A 3C83A 1CX7A 152LA 4DQJA 4GCBA 1IP6A 3LYMA 3TMUA 1HFYA 1G7IC 2AUBA 4LYTA 3A8ZA 4YX7C 1LJ3A 2H5ZA 5LYTA 2Z18A 138LA 1LJ4A 5A3EA 1C6LA 145LA 4KPMA 254LA 113LA 1GE0A 4WL7A 1ZWNA 1GD6A 1QUTA 4W94A 2D91A 4YENA 3RZ4A 4ETDA 1LHHA 3C7YA 5IELA 5L3IA 1PQMA 1LLHA 2RB1X 1NF5A 3AZ5A 5II3A 1C61A 3FI5A 2ZNXY 1GE1A 1L87A 2ZIJA 1LWKA 3GUPA 168LA 4HV1A 5B59A 2MEFA 1IWTA 4N0JA 2D4IA 2HU3A 4WLTA 5C6LA 1IWVA 114LA 1L75A 1GFJA 1AT6A 1IC4Y 1LZRA 4PGJB 1L02A 3PBLA 1GB9A 1HC0A 125LA 104LA 5B05A 1IP4A 1CVKA 1IWWA 1C46A 1QT7A 2B73A 5JENB 135LA 4DT3A 3A3RX 230LA 2B6ZA 1JKDA 4NGLA 3WUAA 1LJKA 4H8XA 1F0WA 1KNIA 3TXKA 3OE9A 3A6BY 3TXDA 1B7RA 1LZ8A 1LMCA 213LA 3L2XA 4HPEA 120LA 4M6DA 4W56A 1LWGA 1G0JA 5K7OA 5KXZA 5HNLA 2CUUA 1IP3A 4B4IA 1JTTL 1G1VA 3P4ZA 2BQBA 1L08A 1YROA 3P68A 4I7JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2I6Z A;  1C6E A;  1BWH A;  3SB6 A;  1PQO A;  1WQR A;  2W1X A;  1H87 A;  3WPK A;  166L A;  3ATN A;  4I7N A;  4NFV A;  4AGA A;  2B5Z A;  4I7P A;  4J1A A;  4PRU A;  2RSC A;  1HFZ A;  188L A;  4RW2 A;  3TXF A;  1BB3 A;  2EIZ C;  2DQH Y;  178L A;  4EJ4 A;  1D3J A;  2FBB A;  4P2E A;  2LYM A;  4ARM A;  1PS5 A;  1WQP A;  108L A;  1L21 A;  256L A;  236L A;  3LN2 A;  185L A;  3QY4 A;  1GF5 A;  4I7Q A;  1L85 A;  1LCN A;  1GWD A;  4C5F A;  4G9S A;  1C6D A;  2CGI A;  5FST A;  5I53 A;  112L A;  2LZ2 A;  4DDA A;  5F81 A;  2OTY X;  1C6K A;  109L A;  4I0C A;  1LPI A;  4TX7 A;  1QUH A;  1IP2 A;  1GF3 A;  150L A;  4NGI A;  2HUK A;  223L A;  2IHL A;  1JTP L;  3C7W A;  5KXX A;  2YSS C;  3HH6 A;  2XJW A;  4H8Z A;  4G4H A;  5LVH A;  1C6J A;  3KAM A;  2XQO A;  1IX0 A;  1WTN A;  3N9E A;  3N9C A;  5HMV A;  1QTD A;  192L A;  187L A;  1QS5 A;  3C7Z A;  3CDT A;  1DYG A;  1FDL Y;  1L97 A;  2ZQ3 A;  4DDC A;  1J1P Y;  4H93 A;  1L66 A;  3EML A;  132L A;  1L33 A;  231L A;  3W6F A;  1L12 A;  3A94 A;  3GUM A;  2L78 A;  3W6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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