1L0KA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l0kA00
4W57A 4YXAC 4IAPA 3FADA 1L50A 1L94A 1D3JA 1L84A 2OU0X 1LLHA 4W51A 1QTBA 183LA 4LZMA 3GULA 1QTZA 1L55A 2B6TA 3C82A 1SWYA 1L26A 1QUHA 3SB7A 3GUOA 4EPIA 4ARQB 169LA 226LA 1L02A 1L76A 1C6HA 3DMVA 1P64A 3HT9A 3F8VA 2B6XA 1L0JA 222LA 4AQNA 1L33A 3C83A 1L32A 164LA 1LGXA 3HT7A 1L15A 1C68A 1P2RA 1B6IA 1LYIA 2HULA 2RBNA 1P56A 1C6EA 232LA 160LA 206LA 1G0JA 1K28A 3HTBA 1D2YA 231LA 143LA 1CV5A 1I6SA 1L09A 140LA 3NYAA 3HU8A 3K2RA 1L54A 146LA 235LA 170LA 2RH1A 4W54A 2B6YA 1L30A 3HH5A 197LA 3DMZA 2F47A 3C8RA 237LA 4W58A 1OVJA 114LA 215LA 1CTWA 3DN0A 163LA 1L31A 1LYGA 1G0PA 1L10A 1SWZA 1L60A 212LA 217LA 4I7OA 4ARMB 1P6YA 3LZMA 250LA 156LA 108LA 2A4TA 2ANXA 1CV3A 2NTHA 3HH3A 224LA 168LA 4I7KA 1LI2A 1L27A 125LA 3CDRA 1L44A 1C6AA 1LYHA 3GUNA 1OWZA 3GUMA 1C6FA 104LA 3FA0A 4I7LA 1LGUA 1C61A 4EXMA 3DNAA 3JR6A 1L51A 103LA 1L08A 1L00A 4ARPA 3C7YA 4W53A 3G3VA 1WTHA 4LDOA 1P46A 178LA 1OYUA 3HTGA 1CUPA 2QB0B 4K5YA 3C8SA 3V2YA 1QSQA 1T8GA 220LA 230LA 1CV0A 3DN6A 1C6PA 1G06A 4I7MA 111LA 1CU2A 2LZMA 127LA 3NY8A 181LA 186LA 1L37A 1OV7A 1JTNA 4ARQA 142LA 1L53A 145LA 3L2XA 1L03A 1L66A 1L93A 1L23A 209LA 2OTZX 3HUQA 2OU9A 3OE0A 2RB1X 158LA 165LA 1L14A 4EKPA 1L99A 1D2WA 2B72A 1L0KA 1L35A 234LA 4PJZA 1L36A 4W52A 3OE8A 3NY9A 1L59A 3HH6A 4EPFA 236LA 1C67A 2RAZX 1D3FA 1G0QA 1TLAA 1L85A 2RB0X 1L65A 1L34A 225LA 1L17A 1LYEA 1C6BA 1PQKA 1L41A 176LA 1L80A 122LA 1QT8A 2Z6BA 2Q9DA 1LPYA 1ZWNA 2RBOA 2LC9A 3SBBC 4W56A 180LA 1SSYA 4GBRB 1L97A 1QUOA 188LA 1QT6A 1DYFA 1L69A 1LI3A 1C66A 1L39A 1L73A 1L29A 1KW7A 201LA 4ZPUA 4ARMA 1QTHA 1LW9A 1DYGA 1L04A 1L62A 3HT6A 3HWLA 1L77A 252LA 173LA 3CDTA 1OWYA 1CV4A 1C6DA 1KY0A 1XJTA 1L87A 2RBPA 1L47A 2QARC 1D3MA 190LA 1D9WA 148LE 1KY1A 2O4WA 3SB9A 2OU8A 1LYDA 1C6NA 1L49A 2RBQA 3HH4A 1G1VA 174LA 1C69A 1L81A 262LA 2L78A 1L19A 257LA 3DKEX 1C63A 1QTDA 4LDLA 1L48A 3SB6A 4DKLA 1L24A 3DN2A 1L71A 120LA 3HTFA 1L05A 187LA 261LA 205LA 1QT7A 5I14A 107LA 137LA 216LA 1L79A 3C80A 4EKQA 210LA 213LA 144LA 109LA 1P5CA 1KW5A 247LA 254LA 1L95A 200LA 243LA 1L82A 2RBSA 1G0KA 1L70A 4I7NA 1C6MA 1L25A 1C6CA 159LA 1P3NA 1C6IA 248LA 3EMLA 6LZMA 4ARJA 1L90A 214LA 3RZEA 1SX7A 4DJHA 1L83A 1T8FA 110LA 1NHBA 3C7WA 1QT3A 2NTGA 3PBLA 3QAKA 1LGWA 182LA 2OEAX 1JQUA 1P7SA 1CU0A 3CDQA 3L64A 1QSBA 189LA 4W55A 5LZMA 1P37A 1L64A 3C7ZA 1L06A 3HDEA 3GUJA 128LA 185LA 151LA 1L45A 1L88A 1C65A 3GUIA 4PK0A 3HUAA 119LA 1L07A 1OVKA 242LA 2CUUA 1JTMA 152LA 1L89A 1C6JA 3FI5A 2LCBA 1L92A 2B6WA 1C6QA 3DN4A 4EJ4A 1DYAA 1XEPA 4I7TA 1DYCA 1LYFA 3HT8A 4GRVA 1QS5A 3HU9A 4LDEA 3SBAA 253LA 1L75A 3C81A 2HUMA 4I7QA 4DAJA 118LA 1OVHA 1CU6A 1LWKA 3VW7A 191LA 1LYJA 1CU3A 2IGCA 3GUPA 1L28A 1L72A 4S0WA 1D3NA 1QTCA 184LA 2B7XA 1CUQA 1L67A 1ZURA 1L40A 255LA 1L13A 1QUDA 1OV5A 3V2WA 3PDSA 2O79A 1DYEA 166LA 1L18A 102LA 2RBRA 4I7RA 3HTDA 1DYDA 155LA 138LA 1P36A 211LA 2OTYX 3OE6A 3DN3A 1L20A 1XJUA 7LZMA 3DMXA 2B70A 1SX2A 3HDFA 2B74A 3DN8A 139LA 195LA 1QTVA 1C6TA 1QT5A 1L22A 238LA 3GUKA 198LA 161LA 1G0LA 1C6KA 1L21A 112LA 129LA 4I7SA 2F2QA 1G07A 3OE9A 1LWGA 1T6HA 3SB8A 126LA 147LA 2HUKA 259LA 1L68A 4I7PA 3DN1A 4E97A 3G3XA 1L43A 1CVKA 1PQIA 233LA 171LA 196LA 218LA 167LA 1KS3A 141LA 172LA 2RAYX 2RB2X 1P2LA 228LA 1CV6A 2OE7X 4ARLA 2ANVA 4YXCA 1L86A 1L11A 1ZYTA 3C8QA 130LA 1G0GA 1PQJA 1L96A 1C64A 241LA 4OO9A 2Q9EA 1CU5A 150LA 223LA 3G3WA 3F9LA 227LA 2OE9X 2B75A 1CV1A 1L63A 3CDOA 1L52A 1L12A 2F32A 2O7AA 1L57A 1L01A 4EKSA 1L58A 3UONA 1G0MA 162LA 219LA 3ODUA 1EPYA 1SSWA 131LA 4YX7C 1L46A 1L91A 1PQOA 256LA 199LA 1CX7A 113LA 239LA 4I7JA 3SB5A 240LA 1KNIA 1L42A 3D4SA 1C6GA 2OE4X 1CX6A 123LA 1L16A 3CDVA 1T8AA 245LA 177LA 229LA 4EKRA 1L98A 115LA 221LA 3SN6R 246LA 1C6LA 1C60A 157LA 192LA 249LA 3HUKA 4W59A 260LA 1PQMA 1L74A 1G1WA 1L38A 1C62A 1QT4A 149LA 1DYBA 1L56A 1L61A 244LA 1LI6A 1PQDA 1QS9A 1QUGA 258LA 2B6ZA 2B73A 3RUNA 251LA 1T97A 175LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YXAC 132LA 4OOOA 1L50A 2BQKA 1D9UA 1L84A 1B7OA 3AJNA 4DD0A 1D6QA 4Z3MA 1SWYA 4H94A 3WW5A 3GUOA 5II3A 4EPIA 2IHLA 5LA8A 169LA 226LA 1IX0A 4WM2A 3HT9A 3WPKA 1BWHA 1LKRA 222LA 1C46A 2F4AA 1L33A 4PJ2C 1L32A 4M4OA 3K3TA 3P4ZA 1JJ3A 1C68A 4OW1A 4TSCA 1XFPL 4KPMA 5I4XA 1K28A 1JSFA 1MLCE 4LT1A 1B7MA 2YDGA 143LA 1BHZA 1I6SA 2BAAA 1L09A 140LA 1GFUA 4G49A 3WVYA 146LA 5FDJA 235LA 1BB3A 4G4HA 4WM4A 1RE2A 3A91A 1LYGA 1G0PA 1SWZA 1LSFA 1P6YA 1JJ1A 2BQGA 3LZMA 1GB5A 2A4TA 1LZTA 2ANXA 2DQIY 5APDA 5FHWA 2NTHA 5APCA 4UWUA 3TXDA 1L27A 1GE4A 3CDRA 1L44A 1D6PA 3DNAA 3FI7A 4HP0A 1XGUC 4H9CA 1REXA 4ARPA 3C7YA 4KT3A 3G3VA 1TDYA 1P46A 2RSCA 1OYUA 1LMOA 1GB9A 1CUPA 2G4NA 1HEWA 1HMLA 4XJDA 186LA 1CKGA 2ZIJA 1UIAA 2Z12A 1JITA 4KXIA 4N8ZA 4GN4A 145LA 1YANA 1L03A 4Z41A 209LA 3HUQA 4EKPA 2W1XA 3P64A 2B72A 2BQCA 5HNCA 1DXJA 5LVGA 1CKFA 236LA 4AGAA 2RB0X 1L65A 225LA 4RLMA 4H1PA 3W6BA 5LAGA 1GBSA 4EMNA 1QT8A 1LJKA 2Z6BA 1LZBA 3AW7A 1LSMA 1GB3A 1L69A 1LI3A 1QSWA 3ZVQB 1L73A 2BQBA 5LIOA 1E8LA 3TMUA 1JSEA 1C43A 1GB8A 3J6KA 3AB6A 4ML7A 2ZNXY 1OWYA 3ZEKA 4Z98A 148LE 2OU8A 4OWAA 2C8PA 1JEFA 1OUCA 4CFOA 3W6EA 4TUNA 2L78A 4NG1A 3DKEX 1QTDA 4LDLA 4DKLA 1L71A 1G7JC 1QT7A 2F4GA 5I14A 1J1PY 1L79A 3C80A 1IOCA 1GB2A 1LJIA 210LA 1FLYA 144LA 109LA 1KW5A 4B1AA 5KXXA 200LA 3OJPA 3BKHA 3TXBA 1DZBX 2ZQ3A 1L25A 1C6CA 1P3NA 1IVMA 248LA 3EMLA 1REYA 3IWRA 5B05A 1NHBA 1YKYX 4NIJA 4B4JA 1P7SA 1IP3A 4LYBA 4NGZA 1GE0A 1P37A 1IWWA 1KXWA 1Z55A 4LT2A 2CGIA 3GUJA 5LINA 151LA 1HENA 4QDNA 2H5ZA 5FEKA 152LA 2D6BA 4N9RA 1UA6Y 3GXRA 1DYAA 1XEPA 3TXKA 4WLYA 4YOPA 3AW6A 1LJFA 4WOAA 3WUAA 3SBAA 1B5XA 253LA 3WU7A 2DKVA 1IOSA 1LZ9A 118LA 4S0WA 5APEA 2MEHA 2DQDY 4WM1A 255LA 1QUDA 1OV5A 1YL1X 4H92A 9LYZA 4B4EA 4N1EI 4WLDA 1FBIX 1DYEA 3FE0A 1L18A 4GN3A 102LA 3HTDA 4RW2A 3TMXA 1FDLY 2FYCA 3DN3A 1L20A 3LZ2A 7LZMA 1JKCA 2BQAA 3IJVA 4G4CA 1L22A 3GUKA 4J0LA 1C7PA 1UC0A 4XYYA 1G07A 3SB8A 126LA 1REMA 1B5YA 3G3BB 1L68A 1DQJC 4HV1A 1CVKA 1PQIA 233LA 4X3BA 4BS7A 3GXKA 1LMTA 5B06A 2RAYX 4CGEA 228LA 1T6VL 4CJ2A 4DDCA 2ANVA 4HJYA 5LYMA 1IC7Y 1L11A 3C8QA 1QQYA 4PPOA 1L96A 241LA 2Q9EA 4YEOA 150LA 4ETDA 2D4KA 2F32A 3CSZA 1L01A 4HJZA 219LA 3ODUA 1EPYA 1VAUA 1QIOA 1UICA 256LA 199LA 1OUJA 240LA 2YBHA 1CKHA 1EQ4A 5KKJA 1JUGA 2Y8PA 1LMQA 2LZ2A 1LZRA 5L9JA 2ZQ4A 229LA 1GB7A 1WQRA 3HBHA 1PQMA 1L74A 3LZTA 2Z2FA 3AGGG 2F30A 149LA 1L61A 4WM6A 3RUNA 1T97A 1NF5A 4P2EA 4W57A 2ZNWY 1GF6A 2FYDA 1L94A 1GBZA 1LLHA 4W51A 1QTBA 183LA 1IWZA 4C3WA 1QTZA 4IASA 1HHLA 3C82A 3SB7A 3EO5A 1NMMA 1L02A 1B7LA 1WQQA 3DMVA 1L0JA 4AQNA 5LVHA 5FSTA 4I0CA 1LGXA 3HT7A 2DQAA 1GB0A 1IWTA 1AM7A 2RBNA 160LA 1LSBA 4ET9A 1G0JA 1YAMA 1SQ2L 1LHJA 3HU8A 1BB6A 1L54A 1IWYA 2ZILA 2VB1A 3CSQA 3WYHA 4W54A 4DD1A 4HPEA 4HJVA 3HH5A 1GF9A 3C8RA 237LA 4LYMA 1OVJA 4RDSA 2MEFA 1CTWA 3DN0A 3TXEA 1B9OA 217LA 1CJ9A 4XADA 1JISA 4W96A 1GFGA 1V7SA 1FN5A 1NKHA 1B7QA 3SP3A 1QUTA 1HF4A 224LA 4G4BA 4DDBA 1LI2A 1C6AA 2A7DA 1GFKA 2I6ZA 1FLUA 6LYZA 1FKQA 1C6FA 104LA 5KJ9A 1HERA 3JR6A 2F2NA 5DN5A 3WVXA 4ETAA 1UACY 1L51A 1L08A 1LZSA 1LSPA 1HFYA 1TEWA 1WQMA 1LZ4A 3LN2A 5LYTA 4NSHA 4LDOA 1YROA 3HTGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YXA C;  132L A;  4OOO A;  1L50 A;  2BQK A;  1D9U A;  1L84 A;  1B7O A;  3AJN A;  4DD0 A;  1D6Q A;  4Z3M A;  1SWY A;  4H94 A;  3WW5 A;  3GUO A;  5II3 A;  4EPI A;  2IHL A;  5LA8 A;  169L A;  226L A;  1IX0 A;  4WM2 A;  3HT9 A;  3WPK A;  1BWH A;  1LKR A;  222L A;  1C46 A;  2F4A A;  1L33 A;  4PJ2 C;  1L32 A;  4M4O A;  3K3T A;  3P4Z A;  1JJ3 A;  1C68 A;  4OW1 A;  4TSC A;  1XFP L;  4KPM A;  5I4X A;  1K28 A;  1JSF A;  1MLC E;  4LT1 A;  1B7M A;  2YDG A;  143L A;  1BHZ A;  1I6S A;  2BAA A;  1L09 A;  140L A;  1GFU A;  4G49 A;  3WVY A;  146L A;  5FDJ A;  235L A;  1BB3 A;  4G4H A;  4WM4 A;  1RE2 A;  3A91 A;  1LYG A;  1G0P A;  1SWZ A;  1LSF A;  1P6Y A;  1JJ1 A;  2BQG A;  3LZM A;  1GB5 A;  2A4T A;  1LZT A;  2ANX A;  2DQI Y;  5APD A;  5FHW A;  2NTH A;  5APC A;  4UWU A;  3TXD A;  1L27 A;  1GE4 A;  3CDR A;  1L44 A;  1D6P A;  3DNA A;  3FI7 A;  4HP0 A;  1XGU C;  4H9C A;  1REX A;  4ARP A;  3C7Y A;  4KT3 A;  3G3V A;  1TDY A;  1P46 A;  2RSC A;  1OYU A;  1LMO A;  1GB9 A;  1CUP A;  2G4N A;  1HEW A;  1HML A;  4XJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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