1L0KA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l0kA00
1L65A 4W52A 1L32A 1LW9A 4EPFA 1L20A 2B6XA 3NY8A 1CV0A 3GULA 138LA 1P2LA 1L69A 1PQOA 2B6TA 3C81A 3DN2A 4I7KA 1L47A 1L50A 1L0KA 198LA 1C6LA 1P36A 1G1WA 148LE 214LA 2HUKA 1L92A 1LI6A 3DN4A 1D3MA 1C67A 1G0MA 1LGXA 260LA 3C7ZA 246LA 3CDOA 1OWYA 3HH5A 1L52A 1C69A 4YXCA 187LA 4ZPUA 223LA 2O4WA 1LLHA 1CVKA 1SX2A 4W55A 104LA 1SSYA 1P56A 1L11A 210LA 174LA 2F47A 2B70A 3FADA 129LA 1C63A 1L93A 1XEPA 1L61A 2OU8A 2F2QA 2RBSA 3SB6A 1DYBA 4PK0A 1L06A 3C82A 2OEAX 4W59A 144LA 1L09A 3HH3A 2CUUA 1L23A 125LA 1L19A 1L76A 4DKLA 252LA 103LA 1C6KA 256LA 3SB7A 3GUJA 1L66A 1LYIA 1NHBA 247LA 261LA 172LA 5I14A 181LA 1L00A 1L98A 1L86A 4ARQA 1L54A 167LA 1L60A 1B6IA 250LA 159LA 3HUQA 4LZMA 1L43A 3G3VA 236LA 137LA 1L90A 1L58A 3HT8A 3F8VA 1QUDA 4W54A 1L57A 1LGUA 1CU0A 249LA 3HDEA 1ZWNA 1C6EA 232LA 2QARC 4W51A 4EKRA 1L07A 4I7LA 1L25A 1CUQA 1L15A 254LA 1L05A 1L0JA 4EKSA 2Z6BA 1L71A 1QT4A 1L41A 231LA 1QT7A 1L17A 4I7QA 3OE6A 2NTHA 145LA 1CU2A 3HH4A 3VW7A 2F32A 1L49A 1C6GA 229LA 4ARMA 1L27A 4ARJA 2OU9A 1L44A 2RBPA 1T8FA 3L64A 4S0WA 2B7XA 230LA 1L51A 1QSBA 1C64A 4I7SA 1L81A 1SWZA 3HUAA 3HH6A 253LA 2OTYX 157LA 3C83A 2L78A 150LA 1KW7A 1LPYA 1L95A 3HTFA 1L18A 1C60A 1L16A 2LC9A 2NTGA 2RH1A 1L63A 1L82A 1L87A 220LA 4YXAC 156LA 111LA 3DMVA 1L03A 1D9WA 1CUPA 1L96A 2LZMA 1D3JA 188LA 162LA 1L36A 4W53A 235LA 1C6CA 3DKEX 4K5YA 1SX7A 131LA 2OTZX 241LA 1DYFA 4ARPA 3HU8A 237LA 1L79A 1D3NA 3HT9A 139LA 1PQDA 1OV7A 1L42A 1XJTA 119LA 1C66A 1P7SA 244LA 4DJHA 1XJUA 4OO9A 176LA 2B74A 3PDSA 4EKQA 212LA 4IAPA 251LA 152LA 1C6AA 2RBRA 3C7YA 248LA 1L35A 1CX6A 1C61A 115LA 1L56A 1K28A 2B6ZA 2A4TA 206LA 1QTVA 3GUIA 1G1VA 1G0LA 1L39A 147LA 1C6HA 234LA 113LA 1L31A 1CTWA 169LA 3DNAA 3G3XA 1L70A 110LA 4W56A 1QS9A 1L53A 259LA 126LA 2B73A 3OE9A 1SSWA 1CV6A 178LA 120LA 1CU6A 4ARLA 1LYJA 4LDEA 183LA 3L2XA 1DYDA 3NYAA 1L68A 1OVKA 2QB0B 3C7WA 3GUMA 1DYGA 2IGCA 1QT3A 216LA 219LA 1L85A 224LA 1QSQA 3G3WA 3HTGA 1OVHA 3QAKA 2OE4X 102LA 2RBNA 109LA 1L84A 2O79A 1LYHA 3DMXA 228LA 3HT7A 1C6IA 201LA 1PQJA 3OE0A 123LA 177LA 1ZURA 3GUKA 7LZMA 1G0JA 2RBQA 1CX7A 1G06A 1L64A 1QT5A 211LA 2HULA 189LA 1OYUA 192LA 1LI2A 1L94A 213LA 2OE9X 1KY0A 221LA 3SB5A 1C6QA 1LYGA 4PJZA 1L34A 151LA 3PBLA 108LA 4I7JA 1T97A 1KW5A 1LWGA 205LA 163LA 2B6WA 196LA 160LA 107LA 3CDVA 1L22A 3HTBA 3RZEA 112LA 1L38A 4E97A 197LA 142LA 1L26A 1C6DA 1L74A 1C68A 1L33A 3DN8A 3HTDA 233LA 225LA 1L45A 240LA 1L12A 195LA 175LA 1QT8A 1EPYA 1G0KA 1L73A 1L89A 1L01A 1G07A 1SWYA 255LA 1QTCA 3RUNA 158LA 1L46A 1L88A 1D3FA 3OE8A 1L55A 1P46A 1QTHA 2Q9EA 4I7RA 1PQMA 3D4SA 1L24A 1T8GA 1L80A 2Q9DA 4EXMA 1DYCA 1C62A 1CV3A 1L14A 3V2WA 4I7OA 1QTBA 2LCBA 171LA 4W58A 173LA 215LA 4LDOA 114LA 1P37A 186LA 1KS3A 184LA 1P5CA 226LA 239LA 2OU0X 2B72A 3SB8A 1C6TA 4GBRB 262LA 1DYEA 1LYEA 1CV5A 3NY9A 191LA 1G0QA 1KY1A 1LI3A 3HWLA 3K2RA 3EMLA 1P64A 3SBAA 258LA 1G0PA 200LA 3FI5A 3GUPA 1OV5A 1CV4A 3GUOA 1L10A 1C6MA 1QTDA 1T8AA 1L99A 1L37A 1C6NA 190LA 1L40A 1D2WA 1LYDA 1KNIA 222LA 3JR6A 168LA 1OWZA 3C80A 1L08A 1L62A 1G0GA 3FA0A 1CU5A 1T6HA 3SBBC 4I7NA 3SN6R 5LZMA 3LZMA 161LA 1P3NA 2RB1X 118LA 1C6PA 130LA 1L28A 1L67A 1JQUA 1C6BA 2ANXA 4EKPA 242LA 2HUMA 1PQKA 122LA 1L04A 3SB9A 3C8RA 4I7MA 1L59A 1L77A 238LA 3C8SA 209LA 243LA 1QUGA 4EJ4A 1DYAA 257LA 149LA 1L91A 1D2YA 3V2YA 128LA 166LA 182LA 1LYFA 2B75A 2ANVA 4LDLA 1TLAA 1QTZA 3HUKA 245LA 170LA 2O7AA 1JTNA 1L29A 127LA 3DMZA 4YX7C 1I6SA 2RAZX 227LA 2RB0X 3ODUA 2B6YA 1L48A 4ARQB 185LA 4I7TA 3CDRA 2OE7X 1JTMA 1L83A 1L97A 1L13A 1OVJA 1ZYTA 3F9LA 3HU9A 4DAJA 3CDTA 1C6FA 3HT6A 4GRVA 3DN3A 1L72A 180LA 2RB2X 146LA 1CU3A 1QS5A 165LA 1L21A 1PQIA 4I7PA 1LGWA 3DN0A 141LA 4W57A 3DN6A 3HDFA 6LZMA 1LWKA 1QUHA 1C6JA 3GUNA 4AQNA 1P2RA 2RAYX 218LA 199LA 3UONA 1L30A 1QUOA 3CDQA 1WTHA 155LA 1L02A 4EPIA 4ARMB 3DN1A 2RBOA 143LA 3C8QA 217LA 140LA 1C65A 164LA 1QT6A 1P6YA 1L75A 1CV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I0CA 4W52A 1L32A 3W6BA 1L20A 4YF2A 3DN2A 4I7KA 1C6LA 1VDPA 1P36A 1G1WA 4DD0A 214LA 1LJNA 1L92A 2FYDA 1YILA 3DN4A 4QGZA 4DC4A 1JKBA 1GFHA 1LGXA 260LA 1GF4A 5KXZA 1VAUA 3TXHA 1LJEA 5IHGA 4ZPUA 2BQLA 4DQ7A 3A92A 3TMVA 1DPWA 1P56A 5KXLA 210LA 174LA 1LSEA 2ZYPA 1DPXA 2EIZC 1PZYA 2RBSA 3SB6A 5LAFA 4MSTA 1L06A 4HTNA 2OEAX 1IOCA 4W59A 144LA 2CUUA 125LA 5IELA 1IP6A 3CSRA 1L19A 256LA 3AGIA 3FI7A 1LHLA 3GUJA 1L66A 1LYIA 1NHBA 181LA 1IWWA 4WLDA 2EKSC 5LINA 3P68A 3CT0A 3P66A 5LVHA 1IP7A 2LZTA 137LA 1IWVA 1QUDA 4W54A 3W6AA 1L57A 1LGUA 1HERA 1CU0A 3HDEA 1LSDA 4AGAA 1C6EA 4EKRA 4WLTA 4I7LA 1D9UA 1D0KA 4DD2A 5KXTA 1CUQA 1L15A 2MEAA 1L05A 2Z6BA 2BQIA 2VB1A 1QT4A 5B05A 5LVIA 1G7LC 1LSAA 231LA 1IR9A 2D4KA 3VW7A 2F32A 4H91A 229LA 4ARMA 1LPIA 1L27A 5L3HA 1LKSA 1UIEA 1T8FA 3L64A 1BB4A 230LA 1GB8A 2A7FA 1WQMA 3HUAA 3HH6A 1IC4Y 157LA 150LA 1KW7A 5F9UA 3HTFA 4B0DA 4R6CA 1L63A 1JKAA 4WL6A 1CNSA 1GXV2 1GFGA 1L96A 1GDWA 2LZMA 1HELA 1D3JA 3A34A 1BVKC 1HFXA 4W53A 235LA 4Z46A 3W3EA 1GBYA 1GE2A 1LJGA 241LA 1BB7A 4Z41A 1QQYA 1BVXA 1BWHA 3HT9A 139LA 244LA 1C66A 1P7SA 1XEIA 3WPJA 4NSGA 1XJUA 3T6UA 4H9HA 4XJFA 3LHMA 4IAPA 152LA 3C7YA 1C61A 1N4FA 5LAGA 1OUGA 1C43A 1LZ5A 1G0LA 1JITA 113LA 2MEIA 1L31A 1NHEA 5APCA 1VDQA 169LA 3G3XA 1QS9A 4PGJB 1OUHA 259LA 126LA 3T36A 1UIBA 2Z38A 178LA 3B72A 2FBBA 4H90A 120LA 134LA 1CU6A 4ETDA 1HENA 4NGLA 3L2XA 1LSFA 1MLCE 3C7WA 4FJRA 1GF8A 216LA 2CJLA 4WLXA 4H1PA 1OVHA 3AZ4A 102LA 4GCBA 1YKXX 1NF5A 201LA 1LZ9A 5F16A 123LA 4LYMA 2HEDA 2YDGA 1ZURA 7LZMA 1NKHA 1G06A 211LA 1L64A 3A93A 1A4VA 1L94A 3SB5A 4ML7A 5I4WA 4KT3A 1L34A 1LSNA 2DQGY 5C6IA 2B6WA 1EQEA 3CDVA 1LCNA 5LYZA 3TXKA 1L26A 1C6DA 1C68A 3DN8A 5II3A 3HTDA 233LA 4N1EI 1L45A 2DQAA 5ILFA 175LA 4ETCA 2IFFY 1EPYA 2AUBA 1SWYA 1GBSA 1QTCA 3G3BB 1B5XA 1UIAA 3QY4A 2I6ZA 1D3FA 1L55A 1DKJA 1QTHA 2Q9EA 9LYZA 2BAAA 5KXMA 4LGKA 1GFVA 1C62A 1LYYA 1CV3A 1B5UA 1L14A 1UC0A 3AGGG 1JJ3A 4W58A 173LA 3A95A 1SQ2L 1SLYA 114LA 1BQLY 3QE8A 1V7SA 1HFZA 2BLYA 4C5FA 262LA 3NY9A 1REYA 191LA 1KY1A 1IP2A 4WM1A 5F9XA 4DQJA 3QNGA 3A96A 1OV5A 1L10A 3M3UA 4H9CA 1T8AA 1L99A 2HEFA 2HTXA 1YAQA 1KNIA 3JR6A 1OWZA 3C80A 1L08A 1B7MA 1KXYA 1G0GA 1LJIA 3SN6R 4I7NA 1P3NA 1GFEA 3N9EA 3LN2A 1B5ZA 1YANA 1C6BA 3KAMA 3TXGA 4EKPA 2HUMA 5HMJA 122LA 4CJ2A 3C8RA 1L77A 209LA 1Z55A 3EMSA 5KXXA 2EQLA 182LA 4HJYA 208LA 3CQLA 1HF4A 245LA 3W6DA 2ZWBA 1LKRA 2YBHA 4L41A 3ODUA 4ARQB 4NGIA 4BADA 4RDSA 2HEEA 5LVJA 1L83A 4LFXA 1HEOA 3LZTA 1LJJA 1C6FA 1GHLA 3SP3A 1L72A 1L21A 1PQIA 4CFPA 1IEEA 2BQNA 4I7PA 3DN0A 141LA 4W57A 3WUNA 135LA 6LZMA 3RW8A 3J4GA 1LWKA 4AQNA 2BQEA 1P2RA 2RAYX 218LA 1WTHA 4EPIA 1BHZA 2BQDA 143LA 3TMWA 140LA 1XGRC 1P6YA 4KL7A 5B07A 1L75A 1IOTA 4NSIA 2MEGA 3GULA 1LZNA 1L69A 1IP4A 2DQJY 1L50A 4DDBA 2HUKA 3C7ZA 1UIDA 4YXCA 1FLQA 1GB5A 1GEVA 1IP3A 3B0IA 1LYSA 3OK0A 1SX2A 1LZBA 4YOPA 4W55A 1L11A 1UIHA 129LA 4IJ4A 1LJKA 2F2QA 1OUIA 1YKZX 3LYOA 1LMNA 3HH3A 1XGTC 1GFAA 2MEBA 252LA 1J1OY 3SB7A 1AT6A 4XJGA 5I14A 1LSBA 2F2NA 4ARQA 1G7HC 1L54A 1BGIA 159LA 1J1XY 4PRUA 1L43A 3WMKA 1VEDA 1WQRA 4NWHA 2D4IA 1ZWNA 4W51A 1OUJA 1L25A 254LA 5J7CA 1REZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I0C A;  4W52 A;  1L32 A;  3W6B A;  1L20 A;  4YF2 A;  3DN2 A;  4I7K A;  1C6L A;  1VDP A;  1P36 A;  1G1W A;  4DD0 A;  214L A;  1LJN A;  1L92 A;  2FYD A;  1YIL A;  3DN4 A;  4QGZ A;  4DC4 A;  1JKB A;  1GFH A;  1LGX A;  260L A;  1GF4 A;  5KXZ A;  1VAU A;  3TXH A;  1LJE A;  5IHG A;  4ZPU A;  2BQL A;  4DQ7 A;  3A92 A;  3TMV A;  1DPW A;  1P56 A;  5KXL A;  210L A;  174L A;  1LSE A;  2ZYP A;  1DPX A;  2EIZ C;  1PZY A;  2RBS A;  3SB6 A;  5LAF A;  4MST A;  1L06 A;  4HTN A;  2OEA X;  1IOC A;  4W59 A;  144L A;  2CUU A;  125L A;  5IEL A;  1IP6 A;  3CSR A;  1L19 A;  256L A;  3AGI A;  3FI7 A;  1LHL A;  3GUJ A;  1L66 A;  1LYI A;  1NHB A;  181L A;  1IWW A;  4WLD A;  2EKS C;  5LIN A;  3P68 A;  3CT0 A;  3P66 A;  5LVH A;  1IP7 A;  2LZT A;  137L A;  1IWV A;  1QUD A;  4W54 A;  3W6A A;  1L57 A;  1LGU A;  1HER A;  1CU0 A;  3HDE A;  1LSD A;  4AGA A;  1C6E A;  4EKR A;  4WLT A;  4I7L A;  1D9U A;  1D0K A;  4DD2 A;  5KXT A;  1CUQ A;  1L15 A;  2MEA A;  1L05 A;  2Z6B A;  2BQI A;  2VB1 A;  1QT4 A;  5B05 A;  5LVI A;  1G7L C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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