1L11A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGLWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l11A00
171LA 1DYDA 3GUIA 245LA 1CU3A 1L88A 1P46A 1B6IA 243LA 1L03A 143LA 181LA 4I7KA 1PQMA 1L94A 1P64A 3DN2A 4EPIA 170LA 1L13A 1L58A 220LA 1L52A 1L17A 2B70A 3V2YA 233LA 1L46A 249LA 1DYGA 218LA 259LA 1LI6A 254LA 3HTGA 4LDEA 1C6JA 1L32A 1L35A 1CU2A 1P2LA 1L29A 169LA 1L05A 1T8GA 3F8VA 1OYUA 1C6QA 2LZMA 128LA 1C6IA 206LA 1CV1A 2OE9X 1OWYA 3DMZA 3HT8A 2B7XA 209LA 3HUAA 3HWLA 1G0PA 1QSBA 2LC9A 3L2XA 3VW7A 1L01A 3HU8A 221LA 3DN8A 1PQKA 3GUPA 3HTDA 1L25A 1QUGA 1CV4A 1L82A 1CU6A 247LA 1L23A 4ARLA 1L80A 2B6WA 261LA 4I7SA 172LA 1CV3A 1CUPA 1LWGA 2B75A 3K2RA 1I6SA 1D3FA 1QTVA 1C6DA 2RB0X 1C64A 1L60A 1L90A 1G1WA 1L40A 1L10A 212LA 2RBRA 1C6MA 2OU0X 102LA 175LA 256LA 1C61A 1LGWA 1CVKA 2NTHA 1JQUA 4YXAC 3CDVA 1G07A 4ZPUA 1C60A 1D9WA 231LA 110LA 1P36A 184LA 1OV7A 1L54A 201LA 197LA 3HT6A 1L00A 257LA 248LA 2F2QA 4W51A 3HH4A 122LA 118LA 138LA 1C65A 2HUMA 3C8SA 4I7LA 4DKLA 4ARQB 1L69A 183LA 1QUDA 3QAKA 4W56A 141LA 1CTWA 1P3NA 1KNIA 191LA 1L63A 1SX7A 3SB8A 158LA 1L31A 3ODUA 4IAPA 1DYFA 1L21A 1KW7A 1OVKA 3L64A 262LA 4PK0A 2OTYX 227LA 139LA 4W54A 1LI2A 1L64A 2IGCA 1L83A 3CDTA 226LA 2OE7X 123LA 1PQIA 1P2RA 244LA 1L41A 127LA 1LYDA 1CX7A 4ARQA 4E97A 1LYJA 3HDEA 3C7ZA 1C68A 1QTCA 234LA 1LLHA 1L38A 119LA 1L62A 165LA 214LA 1L28A 1QTHA 1LGUA 2A4TA 232LA 2RAZX 1CUQA 2ANXA 3G3VA 3DN6A 1CX6A 1C66A 1C6AA 1CV6A 246LA 4I7JA 1D2WA 1G1VA 3FA0A 6LZMA 161LA 250LA 4EKPA 3DKEX 1L87A 223LA 1CU0A 1L0KA 151LA 1L96A 219LA 1C6KA 3NY9A 1P56A 3CDQA 1QSQA 1PQDA 3OE6A 160LA 2F32A 1SSYA 155LA 1L33A 1KY1A 4I7MA 1L14A 108LA 4W57A 2RBNA 111LA 4EKQA 1L75A 1L59A 1OV5A 1L37A 1L76A 1P5CA 1EPYA 215LA 2Q9EA 3RUNA 113LA 3PDSA 120LA 1L44A 3HT7A 1QUOA 2OU8A 1L74A 1QS9A 1QUHA 2Q9DA 3GUJA 2O4WA 3OE0A 1ZWNA 1L08A 1C6GA 238LA 1T8AA 1L07A 140LA 1T8FA 239LA 3DNAA 4I7NA 1C6BA 4W55A 4I7PA 1L19A 4LZMA 3GUOA 1C6FA 1L61A 1T97A 1WTHA 3HUQA 236LA 129LA 1L92A 1C6NA 1KS3A 4I7OA 4AQNA 1L68A 3DN0A 1L77A 1ZURA 4EKRA 192LA 3DMVA 1SWZA 1LYEA 225LA 1OWZA 235LA 3FI5A 166LA 130LA 1L85A 2HUKA 109LA 3HU9A 4GRVA 1G0QA 148LE 4EXMA 1DYCA 195LA 230LA 1LWKA 7LZMA 125LA 196LA 1L34A 2OTZX 3C80A 190LA 2B6ZA 4DAJA 1KW5A 2OEAX 1QT7A 1QT4A 1C69A 187LA 1L49A 1LYIA 3SB6A 1XJUA 1D2YA 3SBBC 1L97A 1C6TA 1L15A 1L26A 186LA 1G0KA 2RBOA 177LA 260LA 2HULA 1L73A 3C7WA 3UONA 3C82A 1L04A 1QTBA 205LA 3JR6A 1G0MA 5LZMA 4W52A 1CV0A 1L0JA 2Z6BA 1NHBA 2B74A 1L93A 1L65A 1L27A 137LA 3D4SA 1L72A 1TLAA 1LW9A 173LA 240LA 1L79A 2O79A 3C8QA 1L39A 145LA 1QT3A 2F47A 2RBPA 1G0LA 126LA 3EMLA 3HUKA 3LZMA 1JTMA 3DMXA 4S0WA 3CDOA 1D3JA 180LA 199LA 4YX7C 241LA 1L20A 164LA 3C7YA 163LA 1QTDA 1C62A 4YXCA 1L06A 4OO9A 176LA 4I7TA 3OE9A 104LA 1LPYA 217LA 4W59A 1QTZA 1D3NA 229LA 1LYHA 4K5YA 1SWYA 1C67A 4W53A 1L18A 3GULA 4PJZA 107LA 156LA 1L91A 2B72A 4ARMB 2RBSA 1L81A 3F9LA 237LA 258LA 1C6PA 3DN3A 1KY0A 1P6YA 3C83A 4ARJA 1QT5A 3RZEA 114LA 1L48A 1L43A 5I14A 1CU5A 3PBLA 1D3MA 251LA 1L24A 4LDLA 112LA 1G0GA 3CDRA 1T6HA 211LA 1L51A 162LA 2LCBA 142LA 147LA 1JTNA 1LI3A 1L70A 3HDFA 182LA 1C63A 3G3XA 4I7RA 4ARMA 1OVJA 1L22A 3NYAA 1L57A 1C6LA 1ZYTA 1C6HA 253LA 198LA 210LA 1QS5A 3OE8A 4I7QA 1L56A 3HH3A 1SSWA 1DYEA 3NY8A 2CUUA 3G3WA 2QB0B 3C81A 3SN6R 2RBQA 189LA 1L09A 1L84A 1L55A 3DN4A 1G0JA 1L99A 1L36A 3C8RA 1L95A 1LGXA 4EKSA 2B6XA 4LDOA 2L78A 1L12A 1L30A 1L47A 3FADA 131LA 152LA 4ARPA 159LA 1LYGA 1L89A 1L11A 2OU9A 2RH1A 222LA 1P37A 3V2WA 1DYBA 3HTBA 3SB9A 1L02A 216LA 2B6YA 150LA 2ANVA 1XJTA 2O7AA 1QT6A 3GUKA 1L86A 146LA 1L66A 2QARC 2RB2X 1C6EA 4GBRB 228LA 2OE4X 149LA 1G06A 1L42A 3HH6A 1OVHA 1L98A 1DYAA 200LA 3HH5A 3HT9A 168LA 157LA 1L71A 3GUMA 144LA 4W58A 2RB1X 1CV5A 1PQOA 188LA 1L53A 242LA 1L67A 3GUNA 1SX2A 3SB5A 1XEPA 2B73A 103LA 3DN1A 178LA 4EJ4A 213LA 2B6TA 2NTGA 4DJHA 4EPFA 1QT8A 255LA 1L16A 3SB7A 167LA 1P7SA 3SBAA 3HTFA 174LA 1C6CA 1L50A 2RAYX 1K28A 1PQJA 252LA 185LA 224LA 1L45A 115LA 1LYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H9KA 171LA 1BB6A 1GBYA 1DYDA 4TTDA 4H93A 4I7KA 4LT0A 4R6CA 1GF0A 1GB2A 3V2YA 233LA 1L46A 3WU7A 1LI6A 1C6JA 1L32A 1GFGA 1L35A 1CU2A 3WW6A 169LA 1T8GA 1C6QA 1JSEA 206LA 4NHTA 1CV1A 154LA 2HU1A 3CQLA 1GEVA 2ZQ4A 3TMWA 4H9EA 2EQLA 4NIJA 1CJ8A 3HT8A 3HUAA 1QSBA 1YIKA 3VW7A 1B7RA 5L9JA 3RU5A 3DN8A 3RW8A 4DD3A 4LT1A 4YENA 2Z38A 133LA 1L80A 261LA 4O34A 5FHWA 172LA 3WPJA 3W6EA 1LWGA 1VAUA 1I6SA 2RB0X 1C64A 1GBZA 1L60A 2I25L 2BQAA 1W6ZA 4IJ4A 4NWHA 2LZ2A 2Z2EA 4H8XA 212LA 2IFFY 2Z12A 102LA 5B06A 1LJFA 1C61A 1LGWA 1CVKA 1IORA 1C60A 231LA 4H94A 110LA 184LA 1OV7A 4G4CA 248LA 3W6FA 1A4VA 4H1PA 3AB6A 1FLYA 3HH4A 1C65A 1GDWA 4G9SA 4N1EI 2GV0A 191LA 1L63A 1XGUC 1TDYA 1YROA 4UWVA 2H9JA 1L31A 1DYFA 1OVKA 1QSWA 1HNLA 262LA 3WULA 2OTYX 4D9ZA 1LZEA 1GB6A 1L83A 2OE7X 1PQIA 1LYDA 1CX7A 1LYJA 4LYBA 5KKIA 1C68A 1QTCA 234LA 4NHIA 5KXPA 1LLHA 2HEFA 214LA 2ZYCA 4WG1A 2ZILA 3ULRA 2Y8PA 1FKVA 1LZ6A 2ANXA 1C6AA 3WVXA 3ATNA 4KXIA 4I7JA 1YKYX 3DKEX 4L41A 1CU0A 1AT5A 4DWXA 1L96A 4WL7A 4R0FA 3FI7A 1PQDA 1LHIA 1JSFA 160LA 4DD9A 4CJ2A 1SSYA 5DN5A 108LA 1WQMA 2RBNA 1NDMC 1GFRA 4EKQA 1OV5A 5F9XA 1L37A 1L76A 1P5CA 3RUNA 4DYGA 2OU8A 1L74A 2G4QA 2ZNWY 3GUJA 4DT3A 5I4XA 2O4WA 1ZWNA 2YBIA 1LSYA 1T8FA 1ZVHL 1C6BA 4I7PA 1QTKA 1D0KA 1L61A 2AUBA 4J7VA 236LA 4PRQA 1CKCA 4I7OA 5F81A 4AQNA 1GXV2 1L68A 3DN0A 1SWZA 130LA 1B5XA 109LA 8LYZA 1LSBA 1QUTA 230LA 4DQJA 1LWKA 4CGEA 125LA 196LA 1CKDA 3GXRA 2BAAA 2B6ZA 5IELA 3TXJA 2RSCA 1QT7A 4HTQA 3B0KA 1OUJA 4AGAA 4HSFA 1VATA 1J1OY 5KJ9A 1CJ6A 1C6TA 1L15A 4LYOA 5D5CA 4ET9A 132LA 2RBOA 3AGGG 1UIDA 3C7WA 3UONA 4Z46A 1L04A 1QTBA 1B7SA 1LSGA 1LZRA 2I26L 1L93A 1L65A 3D4SA 1L72A 1LW9A 173LA 5C6JA 1L79A 5APEA 2HECA 5ILCA 3C8QA 2HTXA 2F47A 2RBPA 1G0LA 1BVKC 3A93A 1IWZA 1MLCE 4G4BA 2Z18A 3LZMA 3DMXA 4ETAA 1D3JA 1OUCA 180LA 4UWNA 1L20A 3C7YA 1FLWA 3T6UA 1F10A 1C62A 1L06A 1GBSA 176LA 1B5YA 1AT6A 4XYYA 4K5YA 1SWYA 1GPQC 4WLYA 1IOCA 1RFPA 1DPXA 4LZTA 1L18A 4ARMB 4NGVA 2BQDA 4KPMA 5KXRA 1LJKA 1LZ4A 4TX7A 4WM4A 5KXZA 3RZEA 5I14A 4MR1A 2G4PA 2LYOA 112LA 1GFAA 5HNCA 1T6HA 4ZFPA 3K3TA 3HDFA 2W1XA 1C63A 1B0DA 1OVJA 1L22A 3NYAA 1B5WA 1TCYA 1IY3A 2YSSC 4I7QA 5LAGA 1IY4A 1LMTA 1LMNA 1DYEA 1D0MA 2DQCY 1L84A 3WUNA 1KXYA 1GD6A 1L99A 1REXA 3C8RA 4MSTA 6LYTA 5KXTA 4HP0A 2B6XA 2L78A 2BQBA 2D4JA 1ZVYB 1YILA 4BADA 4ZEEA 4OWCA 2W1YA 1XJTA 1IWTA 2MEHA 4A7DA 1L66A 1GB3A 1YKZX 2OE4X 4H8YA 5FELA 3HH5A 1H87A 5I5QA 3GUMA 4YM8A 1CV5A 2LYZA 3AZ4A 5KXKA 242LA 1L67A 1F0WA 1SX2A 4GCDA 4ETEA 4NGIA 2B5ZA 3N9EA 2B6TA 4EPFA 1QT8A 4X3BA 1C7PA 5B05A 4KT3A 1LZSA 5F9UA 4NSIA 1PQJA 1IWVA 3E3DA 4N5RA 224LA 1L45A 1OP9B 253LA 2HEAA 1LYFA 1TBYA 3GUIA 4GN3A 5B1FA 1CU3A 1L88A 1P46A 1B5VA 2N5ZA 3A94A 4NGLA 4LT3A 1PQMA 1L94A 3CSZA 3DN2A 2EPEA 5FEKA 1GFUA 4TUNA 220LA 1D6PA 1J1XY 1GAZA 249LA 1DYGA 3A3RX 259LA 1YL1X 1KXXA 1L29A 1L05A 3M3UA 3F8VA 1JJ3A 1XGPC 3A8ZA 4WMGA 2OE9X 1OWYA 5C6IA 3DMZA 1B9OA 4NY5A 209LA 5LINA 4WG7A 1REMA 5K7OA 1HFYA 2MEDA 3HU8A 3GUPA 1SQ2L 1HEWA 3W6AA 1L82A 4I7SA 4B49A 1CV3A 3QY4A 1IR7A 1VDTA 1CUPA 2H5ZA 1QTVA 1C6DA 1ALCA 1YQVY 2YBNA 2MEFA 1IP6A 1L90A 4G4HA 4WLDA 2RBRA 1WVVA 1C6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2H9K A;  171L A;  1BB6 A;  1GBY A;  1DYD A;  4TTD A;  4H93 A;  4I7K A;  4LT0 A;  4R6C A;  1GF0 A;  1GB2 A;  3V2Y A;  233L A;  1L46 A;  3WU7 A;  1LI6 A;  1C6J A;  1L32 A;  1GFG A;  1L35 A;  1CU2 A;  3WW6 A;  169L A;  1T8G A;  1C6Q A;  1JSE A;  206L A;  4NHT A;  1CV1 A;  154L A;  2HU1 A;  3CQL A;  1GEV A;  2ZQ4 A;  3TMW A;  4H9E A;  2EQL A;  4NIJ A;  1CJ8 A;  3HT8 A;  3HUA A;  1QSB A;  1YIK A;  3VW7 A;  1B7R A;  5L9J A;  3RU5 A;  3DN8 A;  3RW8 A;  4DD3 A;  4LT1 A;  4YEN A;  2Z38 A;  133L A;  1L80 A;  261L A;  4O34 A;  5FHW A;  172L A;  3WPJ A;  3W6E A;  1LWG A;  1VAU A;  1I6S A;  2RB0 X;  1C64 A;  1GBZ A;  1L60 A;  2I25 L;  2BQA A;  1W6Z A;  4IJ4 A;  4NWH A;  2LZ2 A;  2Z2E A;  4H8X A;  212L A;  2IFF Y;  2Z12 A;  102L A;  5B06 A;  1LJF A;  1C61 A;  1LGW A;  1CVK A;  1IOR A;  1C60 A;  231L A;  4H94 A;  110L A;  184L A;  1OV7 A;  4G4C A;  248L A;  3W6F A;  1A4V A;  4H1P A;  3AB6 A;  1FLY A;  3HH4 A;  1C65 A;  1GDW A;  4G9S A;  4N1E I;  2GV0 A;  191L A;  1L63 A;  1XGU C;  1TDY A;  1YRO A;  4UWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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