1L11A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGLWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l11A00
1DYGA 3GUKA 1KS3A 2B72A 1C69A 1QT3A 3D4SA 1L62A 1PQOA 1KNIA 1L35A 1L12A 3HU9A 1C6EA 1L73A 2HUKA 1QTZA 1L0JA 1LYHA 3FA0A 2RBQA 3GUNA 1DYCA 3F8VA 2IGCA 1L69A 3C7YA 1OWYA 1C60A 1G0KA 233LA 1LYFA 1L94A 1DYEA 141LA 1CV6A 257LA 1P7SA 1PQMA 1CU3A 1LYIA 4OO9A 1L48A 2LCBA 176LA 3HDFA 1G0PA 1L16A 1L84A 1EPYA 244LA 1L18A 4I7NA 1KW7A 103LA 1C64A 1G06A 201LA 2O79A 1QTDA 1D2WA 1CV1A 3C83A 1C6JA 3DKEX 4EXMA 3HDEA 1QUHA 1SWZA 131LA 1L30A 1L36A 1QTVA 1L50A 1CV5A 3NY8A 1L14A 4EKPA 2B6YA 1L99A 3L2XA 3RUNA 1C6IA 4ARPA 120LA 1T6HA 2RBOA 4W55A 1QTCA 1L37A 3SB8A 1I6SA 1L60A 1QT5A 1L81A 2F2QA 3HH6A 1L28A 1OWZA 4ARMA 1L40A 2Z6BA 4W53A 1C6NA 3DN4A 1T8AA 196LA 1OVJA 3C7WA 1C6HA 1L45A 214LA 5LZMA 225LA 2B6TA 4I7QA 1P2RA 1L54A 1LLHA 1LGWA 3NYAA 206LA 127LA 1L39A 2B6ZA 1L13A 1D3MA 219LA 1DYBA 2QB0B 227LA 4I7TA 7LZMA 4ARLA 1QUGA 1CX7A 256LA 1L96A 3HU8A 1PQDA 4S0WA 1CV4A 182LA 1L31A 1L74A 3G3XA 3OE8A 3HT8A 1L68A 2B74A 1SSWA 1L98A 1L65A 2OE9X 1SWYA 1L91A 4I7JA 3HTGA 1OV7A 4AQNA 3CDQA 2Q9DA 126LA 1L09A 216LA 1LYDA 218LA 3HUKA 1L93A 1QT4A 4I7MA 1L46A 2B73A 114LA 1DYDA 1P6YA 3HTBA 2RBRA 224LA 229LA 4ARJA 237LA 104LA 1L75A 2RAYX 1L63A 1G0GA 1P5CA 2RAZX 2RBPA 110LA 1P2LA 2OTZX 3DMVA 137LA 3CDOA 1SX7A 2B75A 1C6DA 242LA 1L76A 260LA 3SB5A 3NY9A 187LA 3CDRA 1G1WA 4LDLA 220LA 3OE9A 199LA 1L21A 217LA 195LA 205LA 1C6FA 3HUQA 111LA 1P36A 1T8GA 4W54A 162LA 3HT6A 4W56A 4LDOA 1L02A 4ZPUA 4DKLA 1D9WA 115LA 3UONA 1L01A 2LC9A 1OV5A 4I7SA 107LA 3HH3A 177LA 3GULA 221LA 125LA 167LA 1L43A 3FI5A 1T97A 250LA 4IAPA 1OVHA 1L90A 3SB9A 3SN6R 1C66A 1CTWA 3HTFA 1G0JA 3C80A 2LZMA 2B6WA 1QT6A 2A4TA 1C6CA 1P3NA 3CDVA 109LA 4GBRB 4YXCA 1L08A 209LA 1L61A 1L26A 1QSQA 3SB6A 235LA 178LA 1D3NA 1L56A 3DMXA 1L22A 3PDSA 146LA 4W52A 5I14A 1L80A 192LA 1C62A 4I7RA 1KW5A 1C68A 3SBAA 1KY1A 1D3FA 1OVKA 2OE7X 156LA 238LA 190LA 1QTHA 239LA 3DNAA 2QARC 4W58A 139LA 232LA 4EKQA 241LA 1PQJA 1L20A 1L11A 3DN0A 119LA 1L07A 4I7KA 1L25A 1L15A 1D2YA 3DN2A 1LPYA 1LGXA 1P64A 1CUQA 142LA 140LA 1C65A 3HH4A 1L19A 1P56A 1T8FA 248LA 2OE4X 4K5YA 1QUOA 184LA 1ZWNA 200LA 6LZMA 3QAKA 3C8QA 3HWLA 211LA 4I7PA 1L87A 1XEPA 2F32A 262LA 1L70A 2NTGA 1JTMA 3JR6A 2F47A 155LA 249LA 1C6GA 210LA 1C6LA 4LDEA 130LA 1L29A 3FADA 3GUJA 2HULA 2O7AA 165LA 1PQKA 1L23A 1C6BA 1CU5A 1G07A 185LA 1L47A 3F9LA 261LA 3C7ZA 1LWGA 4E97A 1SSYA 2B7XA 1L77A 4GRVA 161LA 1L41A 1C6QA 1L92A 1CV0A 1G0LA 1L03A 1KY0A 2CUUA 2OEAX 149LA 1L49A 246LA 2OU8A 1C61A 1L44A 1TLAA 254LA 3HUAA 1L97A 2RB0X 102LA 1C67A 1B6IA 2RB1X 3SB7A 1CU0A 1C6TA 3HT9A 1L52A 2HUMA 4W51A 1C6PA 197LA 1QT8A 1L59A 3GUMA 252LA 213LA 1L33A 1L72A 123LA 2Q9EA 128LA 2RH1A 247LA 157LA 112LA 1ZURA 3OE6A 1L86A 2ANVA 4EPIA 1PQIA 4ARMB 4EKSA 1LI2A 259LA 143LA 228LA 1L42A 4I7OA 3K2RA 170LA 1L17A 171LA 4PK0A 1C63A 3C81A 4EKRA 4YXAC 191LA 1XJUA 1L32A 1NHBA 138LA 181LA 1OYUA 223LA 169LA 3L64A 1L89A 173LA 175LA 1LGUA 3C8RA 1L83A 1L71A 2B70A 3G3VA 1L64A 129LA 152LA 3DMZA 1P46A 2O4WA 1SX2A 1L10A 1QS5A 245LA 159LA 1L06A 1L79A 3HH5A 4ARQA 1JQUA 1ZYTA 1L58A 1L88A 108LA 236LA 1QS9A 118LA 1DYFA 180LA 1C6AA 1CU6A 1L05A 3C82A 3GUPA 1LW9A 198LA 3V2YA 113LA 1L85A 1CU2A 1G0MA 3LZMA 3EMLA 3ODUA 1CV3A 3GUOA 122LA 2L78A 4W57A 1L0KA 3RZEA 164LA 150LA 1JTNA 4I7LA 243LA 174LA 3DN8A 3SBBC 255LA 147LA 2OU9A 1L27A 1QSBA 3HT7A 1QUDA 1CUPA 231LA 230LA 183LA 253LA 151LA 2RB2X 4EPFA 1L82A 1XJTA 1LI6A 251LA 4PJZA 3C8SA 3HTDA 1C6KA 4DJHA 1L24A 172LA 158LA 1L51A 3G3WA 2RBNA 1CX6A 2OTYX 2NTHA 2ANXA 3DN1A 1K28A 3OE0A 3VW7A 1D3JA 1L34A 145LA 163LA 3DN3A 160LA 1P37A 1LYGA 1WTHA 2B6XA 1DYAA 186LA 222LA 3DN6A 3V2WA 1L67A 1CVKA 3GUIA 1C6MA 168LA 2RBSA 144LA 188LA 1L95A 1L53A 1LYEA 226LA 189LA 1L04A 1L66A 4DAJA 1L38A 240LA 1L00A 1QT7A 166LA 212LA 4W59A 215LA 148LE 234LA 1G1VA 1LYJA 1QTBA 1L55A 4EJ4A 1LI3A 4ARQB 1L57A 1LWKA 258LA 4YX7C 2OU0X 3CDTA 3PBLA 4LZMA 1G0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VAUA 4GN4A 3GUKA 1GE0A 1QT3A 1JSFA 1B7RA 2XBSA 2Z39A 1XGUC 1L0JA 2F2NA 3ZVQA 1LSMA 4A7DA 4C5FA 5II3A 1LZBA 1CV6A 1GF3A 2GV0A 1P7SA 4NGWA 3EO5A 1H6MA 3HDFA 1G0PA 1L84A 1EPYA 4DD9A 4I7NA 3AGIA 1C64A 1YAPA 2A7DA 4DQJA 1QTDA 1DKKA 3WMKA 1C43A 1B7OA 1CV1A 4BS7A 4XJGA 1SWZA 1HFZA 5LXWA 2MEBA 4GCEA 4CJ2A 4OOTA 1CV5A 1ZVYB 3NY8A 4EKPA 3AZ4A 5KXLA 4LYZA 4YM8A 4DD3A 1T6HA 1FLQA 4PPOA 5I4WA 1L37A 1VATA 1L28A 1PZYA 1LKSA 1GF8A 4HJYA 1LSEA 1YROA 2YBIA 214LA 1VDTA 1P2RA 4LGKA 1LGWA 4II8A 127LA 5L3HA 5KY1A 1B5UA 1L13A 1DYBA 2QB0B 1QUGA 4QEQA 256LA 4B4JA 1GBZA 1OUDA 4GLVA 1D6PA 1PQDA 4S0WA 4NGOA 2DKVA 5FELA 2I6ZA 4NSHA 1L68A 4WM2A 1GXXA 1C7PA 1DPXA 4WLTA 1SWYA 3AGHA 4I7JA 1UIEA 1LYDA 1G7HC 4I0CA 4G4BA 3WH1A 5ILFA 114LA 2BQDA 4ZEEA 4OOOA 2RBRA 3D9AC 4XENA 2B5ZA 1IWZA 4XJDA 104LA 1L75A 1UBZA 4NG1A 1CJ7A 1NKHA 4EOFA 1REZA 1GB9A 1UCOA 132LA 5F9UA 2IHLA 1C6DA 4NGLA 187LA 1G1WA 1IWUA 1XGTC 3A90A 2YVBA 195LA 205LA 3ATNA 4W54A 162LA 1GFRA 4N8ZA 4W56A 1L02A 2CDSA 4DKLA 4R6CA 115LA 1L01A 1OV5A 177LA 221LA 4CFOA 4NEBA 4DDCA 135LA 1LHJA 1UUZC 1LJGA 1XEIA 4XN6A 1XEKA 1WTNA 1AT5A 5KXXA 2HEFA 3AYQA 4LFXA 4H9BA 4RW1A 178LA 1D3NA 1L56A 1BVKC 1NQIA 4W52A 1JJ3A 1KIRC 1QTHA 2EKSC 3W6FA 4ZIXA 1G7LC 2QARC 4D9ZA 3A6BY 1WQOA 2BQJA 1L07A 4N1EI 4WG7A 1BGIA 1LPYA 1LGXA 3W6DA 1CUQA 140LA 1C65A 1L19A 1LMCA 4K5YA 1QUOA 1HFYA 1ZWNA 200LA 4YEOA 4H8XA 3A91A 1OUFA 4WM5A 211LA 1L87A 262LA 1L70A 3JR6A 1GBOA 1JUGA 1T3PA 2ZYPA 1GHLA 4LYTA 4TWSA 4QGZA 1MLCE 1JKAA 1L29A 3GUJA 2NWDX 4LYCA 2HULA 2O7AA 4BADA 4EMNA 3IJUA 4DQ5A 1L47A 261LA 2F30A 4E97A 1SSYA 1JITA 3HBEX 1IOQA 4LFPA 1C46A 1C6QA 1QDRA 4YENA 1KXYA 1G0LA 4XYYA 1WVUA 1L44A 1TLAA 3HUAA 1C67A 3M3UA 5I5QA 4HPEA 2HUMA 1GPQC 4HJZA 3TMXA 1GEZA 1FBIX 4NFVA 1L72A 128LA 1BWIA 4YOPA 5B05A 247LA 1A4VA 1BQLY 112LA 4N9RA 2ANVA 3AZ6A 4ARMB 4EKSA 1GE3A 1LI2A 2MEFA 4I7OA 3K2RA 2ZNWY 1L17A 1IIZA 171LA 2CWIA 1B5XA 3C81A 4EKRA 1REXA 1IP6A 3A94A 2MEIA 1NHBA 1B9OA 138LA 1IY4A 1OYUA 1OUGA 1DI5A 169LA 2YBMA 4NSJA 1D0LA 1CKDA 152LA 3A67Y 4NSIA 5AMYA 2O4WA 5K7OA 1L10A 159LA 1L06A 1L79A 1JHLA 1L58A 2X0AA 4DDBA 108LA 5B1GA 2LZ2A 3AW6A 4UWNA 1LKRA 1CU6A 1CNSA 3GUPA 1GEVA 5KJ9A 113LA 2W1XA 2W1LA 3LZMA 1LSCA 1HMKA 3WPLA 122LA 2L78A 4H93A 1JTOL 5LIOA 4I7LA 243LA 3DN8A 4OWBA 3SBBC 1GB0A 5FDJA 3HT7A 4PGJB 1CJ6A 2RB2X 1VDQA 1LZ4A 1LI6A 1G7IC 1DZBX 2G4QA 172LA 4LT3A 1UA6Y 4QY9A 4CHXA 4DD7A 3DN1A 3LYMA 5KXRA 3VW7A 1D3JA 3WULA 1WTHA 2B6XA 4H9HA 3V2WA 3TMVA 3P4ZA 2BPUA 3WVXA 1TEWA 2FBBA 2XQOA 1LSZA 1LSYA 2D91A 1LHIA 1IC5Y 3AZ5A 4H91A 4DC4A 226LA 1B5WA 1LHKA 1L66A 1HEOA 1LYOA 240LA 4WLDA 166LA 1GB8A 1J1XY 1QTBA 5APEA 3FE0A 1LYYA 3HFMY 1NDGC 1LZTA 2MEEA 1GFEA 4ARQB 1GFJA 4YX7C 1LMPA 4LZMA 1G0QA 1EL1A 1BB7A 2B72A 3D4SA 3W6EA 3HU9A 1L12A 1WVVA 4AGAA 5C6LA 3WL2A 4G49A 1L73A 1LYHA 3FA0A 2LYOA 1IC4Y 3GUNA 3A93A 1DYCA 1L69A 3C7YA 1OWYA 1C60A 1G0KA 233LA 1LYFA 257LA 5I54A 1GFTA 1D0KA 1LYIA 3LN2A 1L48A 2DQAA 1L16A 5FSTA 5KXPA 1IOTA 4WL6A 2BQKA 2D4IA 3A8ZA 3G3BB 1C6JA 1JKDA 2DQIY 2H9KA 1QUHA 2XJWA 2YDGA 1L30A 1LJ3A 1CKGA 1L14A 4LT1A 5KKJA 4HSFA 3N9CA 5LVIA 4LYOA 1D9UA 1L99A 1C6IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VAU A;  4GN4 A;  3GUK A;  1GE0 A;  1QT3 A;  1JSF A;  1B7R A;  2XBS A;  2Z39 A;  1XGU C;  1L0J A;  2F2N A;  3ZVQ A;  1LSM A;  4A7D A;  4C5F A;  5II3 A;  1LZB A;  1CV6 A;  1GF3 A;  2GV0 A;  1P7S A;  4NGW A;  3EO5 A;  1H6M A;  3HDF A;  1G0P A;  1L84 A;  1EPY A;  4DD9 A;  4I7N A;  3AGI A;  1C64 A;  1YAP A;  2A7D A;  4DQJ A;  1QTD A;  1DKK A;  3WMK A;  1C43 A;  1B7O A;  1CV1 A;  4BS7 A;  4XJG A;  1SWZ A;  1HFZ A;  5LXW A;  2MEB A;  4GCE A;  4CJ2 A;  4OOT A;  1CV5 A;  1ZVY B;  3NY8 A;  4EKP A;  3AZ4 A;  5KXL A;  4LYZ A;  4YM8 A;  4DD3 A;  1T6H A;  1FLQ A;  4PPO A;  5I4W A;  1L37 A;  1VAT A;  1L28 A;  1PZY A;  1LKS A;  1GF8 A;  4HJY A;  1LSE A;  1YRO A;  2YBI A;  214L A;  1VDT A;  1P2R A;  4LGK A;  1LGW A;  4II8 A;  127L A;  5L3H A;  5KY1 A;  1B5U A;  1L13 A;  1DYB A;  2QB0 B;  1QUG A;  4QEQ A;  256L A;  4B4J A;  1GBZ A;  1OUD A;  4GLV A;  1D6P A;  1PQD A;  4S0W A;  4NGO A;  2DKV A;  5FEL A;  2I6Z A;  4NSH A;  1L68 A;  4WM2 A;  1GXX A;  1C7P A;  1DPX A;  4WLT A;  1SWY A;  3AGH A;  4I7J A;  1UIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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