1L12A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGNWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l12A00
1L52A 3LZMA 115LA 1L17A 1L13A 160LA 4W54A 3DMXA 1L85A 2RB1X 3SBBC 1L24A 2ANXA 1L27A 4EPFA 159LA 3UONA 1CV5A 1D3MA 1OWYA 240LA 2RBPA 1L61A 252LA 3HH6A 161LA 1QSQA 1L86A 108LA 1C6FA 1LWKA 156LA 257LA 253LA 1L42A 1QTCA 3HDFA 3HUAA 3L64A 1L76A 1CV4A 4AQNA 2B74A 1LLHA 1EPYA 3DN6A 1OVKA 147LA 2NTGA 1OWZA 2OU8A 165LA 151LA 1P5CA 1DYFA 1QS5A 3OE0A 123LA 1SSWA 3V2YA 3HT9A 111LA 1L16A 2B75A 213LA 1DYBA 1D2WA 1C6HA 183LA 1P64A 1QT4A 1ZWNA 233LA 3RZEA 1L39A 3SB5A 1L93A 1KW5A 3PDSA 180LA 1P3NA 1L15A 3C8QA 1CUQA 238LA 4LZMA 1D9WA 1L09A 2Q9EA 1CU0A 1L98A 1L68A 1L56A 255LA 1DYGA 1XJUA 158LA 1L11A 2LC9A 3OE6A 2ANVA 1L34A 127LA 215LA 226LA 1L49A 1L92A 1L37A 1L80A 4S0WA 1L94A 3HUKA 1L08A 1L64A 1QUGA 1G0QA 2B6ZA 189LA 126LA 3C7ZA 3DN8A 1L50A 1DYAA 1LGUA 176LA 1L14A 1QTDA 1CV3A 1D2YA 244LA 2F32A 3DN1A 192LA 246LA 173LA 3NY8A 1L96A 254LA 2B6YA 3C83A 1L58A 1CTWA 1LYJA 184LA 234LA 155LA 1L59A 236LA 4ARPA 2HUMA 229LA 1C6MA 1C60A 1LW9A 3GUJA 1C6NA 3HH5A 1L36A 174LA 2RBRA 3HT8A 1L44A 242LA 175LA 1K28A 2B6TA 4I7TA 166LA 1L60A 1C6BA 1B6IA 3HDEA 1CVKA 3HWLA 243LA 1LGXA 2OEAX 186LA 1LYFA 187LA 191LA 1JTMA 1L01A 2F47A 181LA 1G0KA 4W51A 150LA 1SX2A 2OTZX 251LA 2QARC 197LA 210LA 1LYIA 230LA 4PK0A 4EKPA 3C7YA 3GUKA 1L31A 1QSBA 2B72A 1PQDA 3G3WA 1LYGA 3FA0A 225LA 198LA 4I7RA 218LA 227LA 219LA 3DNAA 196LA 2RBQA 4ARMB 4EKSA 1CUPA 1I6SA 1LI6A 1T8AA 3G3VA 1C6IA 1DYCA 1C6JA 1G1VA 185LA 1DYDA 1L19A 149LA 3GUOA 1QTZA 1L25A 2IGCA 1L0KA 3CDVA 167LA 4EPIA 1CV0A 1LI2A 1L21A 1C69A 1P2RA 1PQMA 239LA 2RBOA 247LA 1OVHA 1P56A 221LA 1LI3A 4DJHA 3HUQA 1LYEA 1C61A 1XJTA 1L22A 1L81A 1L46A 3DMZA 2OU9A 1QT8A 3C7WA 205LA 1D3FA 2LZMA 258LA 163LA 1G0LA 249LA 260LA 1C6CA 171LA 2LCBA 4I7KA 3SN6R 1L55A 1SSYA 3FADA 1L53A 3QAKA 4I7QA 172LA 1L05A 4W56A 1L07A 2Q9DA 169LA 3C81A 1QT3A 1C66A 1C6KA 2B73A 1L43A 1CV6A 139LA 1L65A 1L00A 4W58A 122LA 223LA 2RBNA 152LA 1L06A 1L23A 148LE 241LA 110LA 4W55A 1QUOA 1L70A 190LA 140LA 162LA 178LA 232LA 1PQOA 1SX7A 3VW7A 107LA 1L63A 1SWZA 1QT6A 3DMVA 2RBSA 1XEPA 4I7PA 4YXCA 1T97A 195LA 1L18A 1QTHA 3GUNA 3OE8A 1G0PA 3F8VA 118LA 212LA 3GUPA 1CU5A 113LA 2OTYX 3CDRA 4I7SA 1L95A 1QTVA 1L72A 1PQJA 1OYUA 4ARJA 1L73A 3C8RA 4GBRB 1L33A 1LPYA 1CV1A 3PBLA 1L32A 4PJZA 1JTNA 1C68A 4GRVA 4EKRA 4DKLA 4ZPUA 1L69A 1L75A 1G0JA 1C65A 3DN3A 250LA 1L99A 2O4WA 142LA 3DN0A 3ODUA 217LA 1ZYTA 1OVJA 2HULA 4W57A 3CDTA 1LWGA 144LA 1KW7A 1C6GA 1P37A 177LA 3JR6A 1C62A 157LA 216LA 1CX6A 3C8SA 138LA 3SB7A 3HTFA 1SWYA 3DN2A 1L41A 214LA 4E97A 170LA 4I7JA 2B70A 3G3XA 199LA 3HTBA 1C6DA 1L47A 1G06A 131LA 109LA 4I7LA 1L02A 2B6XA 248LA 2OE9X 145LA 1OV5A 1G0MA 1WTHA 1L30A 237LA 259LA 1CU6A 3SB8A 1QS9A 3SB9A 1L74A 1L20A 1C6LA 1CU2A 1C63A 2Z6BA 1P7SA 102LA 1L71A 1L89A 1L28A 224LA 200LA 168LA 261LA 2RAYX 1L91A 1C64A 4K5YA 4LDLA 7LZMA 3NYAA 1KY0A 1L88A 1C67A 1T8GA 4ARQA 1T8FA 1L40A 1QT7A 4DAJA 3HTGA 1L03A 1P36A 3EMLA 1CU3A 1PQIA 220LA 3HU9A 3L2XA 1L84A 130LA 1PQKA 2O79A 3HTDA 1L57A 4ARLA 2CUUA 4IAPA 4YXAC 3SB6A 1L79A 146LA 3NY9A 2F2QA 1NHBA 119LA 1QTBA 4EKQA 1L35A 1G0GA 1TLAA 3GULA 2QB0B 125LA 128LA 1L10A 1D3JA 1L54A 3HT6A 245LA 1T6HA 2B7XA 4I7OA 2OU0X 141LA 3C80A 2OE7X 1C6PA 120LA 1QUDA 3C82A 143LA 4W59A 1L12A 1L62A 1LYDA 1C6QA 4OO9A 1L90A 4EXMA 2O7AA 1OV7A 4LDOA 1LYHA 188LA 1JQUA 1L83A 3GUIA 1L04A 4ARQB 4W52A 2HUKA 3RUNA 1P46A 3DKEX 3F9LA 4I7NA 262LA 256LA 1L0JA 209LA 2RB2X 6LZMA 201LA 1DYEA 4I7MA 1L51A 211LA 112LA 4EJ4A 3CDQA 3OE9A 1CX7A 2A4TA 1L97A 1L82A 1ZURA 1L77A 164LA 1KY1A 4ARMA 1C6TA 3V2WA 1L38A 1G1WA 1P2LA 104LA 4LDEA 1G07A 2B6WA 2RH1A 5LZMA 137LA 228LA 103LA 1QUHA 1L29A 3DN4A 1LGWA 114LA 1L66A 231LA 1KS3A 1L87A 235LA 3CDOA 1QT5A 2L78A 5I14A 222LA 3FI5A 182LA 1L67A 1D3NA 2RAZX 1L45A 1C6AA 1L26A 3HU8A 1L48A 3SBAA 3HH3A 1C6EA 206LA 2NTHA 2OE4X 3HH4A 2RB0X 129LA 4YX7C 1P6YA 3HT7A 4W53A 3K2RA 3D4SA 1KNIA 3GUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VATA 5F81A 1V7TA 1L17A 5KXKA 1VFBC 1KIRC 3EBAB 1L27A 4NG8A 5APEA 2RBPA 4HPIA 1HEPA 161LA 1QSQA 3A96A 4G4CA 1LWKA 156LA 253LA 1QTCA 2HEBA 4W96A 1LZNA 1W08A 2B74A 3J4GA 1QSWA 4LYCA 1UIBA 3T36A 1LLHA 4YM8A 1GPQC 4NSGA 2LYMA 2NTGA 5KY1A 1OWZA 1IR7A 2MEAA 5B1FA 1DYFA 3B0KA 4E3UA 4II8A 2D4IA 3GXKA 111LA 3M18B 183LA 2MEIA 3RZEA 1KW5A 2DKVA 4DD7A 1L15A 3C8QA 1D9WA 3HBHA 4WM2A 1Z55A 1QUSA 1L56A 3QE8A 1HELA 2ANVA 1GDWA 226LA 2G4PA 2MEHA 4WOAA 4S0WA 3HUKA 1J1XY 1L08A 1L64A 4ET9A 1G0QA 189LA 2VB1A 1LYYA 5FDJA 2YDGA 4GCDA 5HQ1A 1AT6A 1F10A 3NY8A 1CTWA 1XEKA 2W1MA 3W6BA 1XEIA 4H9BA 4ARPA 1EQ4A 4N0JA 5M1YA 174LA 4N8ZA 3BKHA 242LA 1H6MA 175LA 1C10A 1K28A 2B6TA 1WQQA 2H9KA 4OWHA 3AGGG 1LGXA 186LA 1XEJA 1HEWA 1VDTA 2F47A 4M4OA 150LA 1SX2A 5LVKA 4XENA 4GLVA 1ALCA 3AYQA 5L9JA 1CKFA 2BQHA 1LYGA 3FA0A 1NQIA 4I7RA 1HEQA 4PRQA 4EKSA 1I6SA 4BADA 1GAYA 3G3VA 1LSPA 149LA 1QTZA 1YQVY 1L0KA 2Y8PA 4WM3A 1FLUA 1I20A 2ZNWY 4IJ4A 1OVHA 2IHLA 221LA 4DJHA 5KXPA 1XJTA 1G7HC 1H87A 4WG1A 1GB7A 1L46A 1QSAA 2DQEY 1LZCA 205LA 2LZMA 1FBIX 4ET8A 163LA 1G0LA 2BQJA 1OUGA 4I7KA 2ZYCA 2W1LA 172LA 1IWXA 2BQGA 1OP9B 1L07A 4EMNA 134LA 1O23A 208LA 2BQOA 1QT3A 1C6KA 2IFFY 3WUMA 3EO5A 1L65A 4GCBA 3WUNA 4W58A 2I6ZA 152LA 2ZIKA 1XGPC 1GAZA 110LA 3LYOA 4H1PA 5E9RA 5JENB 4L41A 1LMQA 4WL6A 4TTDA 1ZVHL 1LJGA 2BQAA 1SX7A 1SWZA 4ETEA 3DMVA 1AT5A 1GFVA 1HFZA 1XEPA 5DLAA 1T97A 195LA 1QTHA 1GBXA 4D9ZA 1YIKA 2BQIA 3GUPA 3HBEX 1GWDA 4RLNA 4LGKA 5FEKA 1DQJC 1JITA 4N5RA 1LMNA 1L72A 1PQJA 3AZ5A 4DD2A 3C8RA 3A3RX 3WW5A 4P2EA 1CV1A 4EKRA 3AZ7A 1QDTA 1LSBA 1IOTA 3IJUA 142LA 4NWHA 3A3QA 4LFPA 1G7MC 2EIZC 3P4ZA 1ZVYB 3CDTA 1LWGA 3CT1A 2Z39A 4N9RA 1KW7A 4FDYA 1P37A 3JR6A 4MSTA 3D3DA 1CX6A 3HTFA 1SWYA 4E97A 1L41A 170LA 1LJEA 2G4NA 1VAUA 2Z2FA 199LA 1G06A 2HEDA 4NGYA 4ETBA 109LA 4I7LA 1SQ2L 4KL7A 5KJ9A 4DD1A 1LSFA 4IATA 1OUFA 237LA 4YENA 1L30A 259LA 1CU6A 1QS9A 1XFPL 1L74A 1L20A 2Z6BA 2FYCA 1UA6Y 4ZFPA 1LZ4A 1L71A 4ML7A 5B05A 1L89A 1GFAA 168LA 1E8LA 261LA 4NWEA 1L91A 1CKDA 4K5YA 1KY0A 1GB0A 1L88A 2A7FA 4TSBA 4NHQA 1L40A 3TXJA 4XJDA 3EMLA 1TAYA 5KXXA 130LA 1V7SA 4UWNA 4OWEA 4NHSA 3HTDA 153LA 1J1PY 3SB6A 4YXAC 1JJ0A 2BLYA 1LTMA 4H9EA 1GB6A 3A90A 2QB0B 1OUCA 133LA 4NHIA 3WVXA 4B4IA 141LA 3C80A 1JTTL 1QUDA 1YL1X 3AGHA 1B9OA 4WO9A 4C3WA 2XBSA 1XSFA 1HSWA 1TCYA 1LYHA 1YAMA 1BVKC 1GXXA 1LPIA 3W6EA 3GUIA 1FKVA 1B5WA 2HUKA 1GF6A 4KT3A 4HTNA 1FLQA 5IHGA 1D0KA 5KXOA 5FHWA 3A6CY 4OWBA 1GDXA 201LA 4I7MA 3A8ZA 4DD0A 1ZMYL 4H8ZA 5DL9A 3OE9A 5L3HA 2A4TA 1P2LA 2LHMA 2HUBA 4LDEA 1G07A 1UC0A 3A94A 137LA 1IEEA 3B0OA 4LYMA 4OW1A 1GE4A 222LA 4G9SA 1D3NA 1B7LA 3SBAA 1IY3A 1C6EA 1TDYA 2OE4X 3HH4A 1LZRA 2RB0X 1IO5A 129LA 4QDNA 135LA 1I56A 4YX7C 1P6YA 1RCMA 3K2RA 1KNIA 2HEAA 4XYYA 1UBZA 2BQEA 1YROA 160LA 4TWSA 1B7RA 1B5XA 2RB1X 4H9FA 4OWCA 2ANXA 4EPFA 3UONA 1CV5A 1D3MA 1P2CC 252LA 1GBSA 3AB6A 3HH6A 1L86A 108LA 1B0DA 2BQNA 4HV2A 4GLAA 1CJ9A 1GB3A 1GF5A 1LYSA 1QUTA 1VDPA 1OVKA 1LZDA 5FSTA 151LA 1SSWA 1UIDA 3V2YA 1F0WA 4B1AA 8LYZA 1JJ1A 1P64A 1QT4A 1JJ3A 1YAQA 1L93A 2GV0A 3PDSA 1GFGA 1GB8A 1CUQA 5A3ZA 1JKCA 4PJ2C 1F6SA 1T3PA 4AGAA 255LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VAT A;  5F81 A;  1V7T A;  1L17 A;  5KXK A;  1VFB C;  1KIR C;  3EBA B;  1L27 A;  4NG8 A;  5APE A;  2RBP A;  4HPI A;  1HEP A;  161L A;  1QSQ A;  3A96 A;  4G4C A;  1LWK A;  156L A;  253L A;  1QTC A;  2HEB A;  4W96 A;  1LZN A;  1W08 A;  2B74 A;  3J4G A;  1QSW A;  4LYC A;  1UIB A;  3T36 A;  1LLH A;  4YM8 A;  1GPQ C;  4NSG A;  2LYM A;  2NTG A;  5KY1 A;  1OWZ A;  1IR7 A;  2MEA A;  5B1F A;  1DYF A;  3B0K A;  4E3U A;  4II8 A;  2D4I A;  3GXK A;  111L A;  3M18 B;  183L A;  2MEI A;  3RZE A;  1KW5 A;  2DKV A;  4DD7 A;  1L15 A;  3C8Q A;  1D9W A;  3HBH A;  4WM2 A;  1Z55 A;  1QUS A;  1L56 A;  3QE8 A;  1HEL A;  2ANV A;  1GDW A;  226L A;  2G4P A;  2MEH A;  4WOA A;  4S0W A;  3HUK A;  1J1X Y;  1L08 A;  1L64 A;  4ET9 A;  1G0Q A;  189L A;  2VB1 A;  1LYY A;  5FDJ A;  2YDG A;  4GCD A;  5HQ1 A;  1AT6 A;  1F10 A;  3NY8 A;  1CTW A;  1XEK A;  2W1M A;  3W6B A;  1XEI A;  4H9B A;  4ARP A;  1EQ4 A;  4N0J A;  5M1Y A;  174L A;  4N8Z A;  3BKH A;  242L A;  1H6M A;  175L A;  1C10 A;  1K28 A;  2B6T A;  1WQQ A;  2H9K A;  4OWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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