1L12A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGNWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l12A00
2OE4X 1L09A 3VW7A 1QUGA 2B7XA 4LDLA 1KS3A 1SX2A 200LA 129LA 3C81A 3CDTA 1CV5A 234LA 1P2RA 1LYIA 3HU8A 1CV6A 1G0KA 3HUAA 1CTWA 3DMXA 4ARQA 1QT6A 180LA 3C8QA 2HULA 1L86A 211LA 1QTHA 262LA 4K5YA 3HT9A 2OE7X 1P3NA 3C82A 4W52A 1QS9A 1L43A 1L51A 252LA 3EMLA 1P2LA 243LA 3HH4A 2O7AA 1L06A 2RB2X 3FA0A 1QS5A 1L01A 1L79A 1C65A 1LPYA 3C8SA 2LZMA 2LC9A 160LA 2A4TA 1L50A 3F9LA 2QARC 195LA 1L82A 3HU9A 4W56A 3SBBC 1DYDA 4IAPA 4EXMA 3SB6A 1L25A 1L83A 1XJTA 3PDSA 1LGXA 1G0MA 1C61A 1C6IA 3OE8A 4EJ4A 257LA 1PQDA 2RB1X 236LA 1XJUA 1QTCA 1T97A 1LWGA 3HT6A 3HTDA 229LA 2O79A 4YX7C 1CUPA 1SSYA 1P37A 1L22A 1L29A 4OO9A 3GULA 1L85A 7LZMA 138LA 1L0KA 1L56A 1L11A 1C6EA 216LA 1L52A 3GUMA 3G3XA 4PJZA 3C7WA 3HDEA 4ARPA 1G07A 184LA 2RBSA 3HH3A 1L19A 127LA 1OWYA 3GUNA 3DN6A 3V2WA 2RBNA 1C63A 1SSWA 3CDVA 1QT4A 3GUIA 1L68A 1QTZA 1L61A 1LI6A 213LA 1LYEA 3L2XA 1L60A 3RZEA 3HTFA 4ARJA 169LA 254LA 2RBRA 2B70A 1L41A 1C66A 1L39A 198LA 161LA 130LA 3DN4A 1L55A 222LA 139LA 109LA 1LYDA 2L78A 2ANVA 1L65A 1G06A 4I7TA 155LA 125LA 2F32A 1L62A 1P5CA 2OU9A 3NY9A 115LA 2B6YA 1L32A 1L37A 1L14A 1L69A 1QUHA 4EKSA 147LA 1JQUA 3SB8A 1L16A 251LA 3DNAA 1P6YA 4ARMB 172LA 1L35A 1C6QA 128LA 1C69A 3HH5A 176LA 3FADA 1G0JA 1L05A 1LYFA 1P64A 163LA 174LA 4W59A 3LZMA 1CU0A 2OTYX 122LA 1L91A 1L98A 240LA 250LA 188LA 218LA 2B74A 3DMZA 258LA 3DN1A 144LA 1QTVA 197LA 3HT7A 157LA 1QT5A 1L76A 239LA 3JR6A 2HUMA 1L24A 2OTZX 141LA 4I7OA 1P56A 1L27A 1SX7A 1L02A 2NTGA 165LA 1JTNA 3G3WA 1L10A 220LA 3HTGA 1D3FA 3DN2A 1ZYTA 1L03A 4I7QA 173LA 4W55A 1C6MA 210LA 1OV5A 219LA 245LA 260LA 1B6IA 1CU5A 126LA 1LYJA 199LA 1L07A 2B6ZA 1L45A 2Q9EA 4LZMA 1L97A 4ARLA 221LA 186LA 4I7RA 1P7SA 3SN6R 1QUDA 4W58A 102LA 6LZMA 1C62A 113LA 1KW5A 1L59A 1CU3A 1L89A 1L71A 185LA 167LA 1C6DA 2Z6BA 1L0JA 1KY1A 192LA 1C60A 4I7LA 1D9WA 1DYAA 1L75A 1L92A 1OWZA 247LA 2OE9X 149LA 1PQIA 1L73A 3GUKA 1TLAA 1NHBA 1LWKA 3DN8A 3C7ZA 4I7PA 189LA 1L49A 1C6BA 1LI3A 226LA 232LA 1QT3A 1CV1A 1T6HA 1L30A 3HWLA 1CU2A 123LA 249LA 3GUPA 3HH6A 2B6WA 1L18A 4AQNA 1PQJA 1C64A 3SB5A 103LA 1PQMA 1L26A 4I7MA 4DAJA 4DJHA 1G0PA 1D2YA 182LA 158LA 2LCBA 4EKQA 261LA 2B73A 1L84A 2OU0X 2B72A 5I14A 1L48A 1C6NA 1C6CA 1D3NA 225LA 1DYGA 209LA 1SWZA 1L36A 1L04A 3GUOA 1L15A 227LA 3HUKA 2RBQA 4ARMA 1L00A 119LA 3SB7A 1CV4A 4I7SA 1OVKA 1CV3A 2OU8A 1OYUA 1L72A 231LA 1C68A 131LA 2OEAX 1L44A 1T8GA 241LA 1C6FA 166LA 1I6SA 1L23A 238LA 237LA 1L31A 2NTHA 1L66A 108LA 1G1WA 1D3JA 3DN3A 1L88A 1SWYA 3G3VA 4YXCA 1QUOA 4DKLA 1L47A 4LDOA 142LA 2RAYX 175LA 196LA 2B6XA 235LA 1L58A 150LA 246LA 4I7NA 4PK0A 4YXAC 3D4SA 191LA 120LA 1CV0A 242LA 1L13A 107LA 1C6JA 3RUNA 1CVKA 4W57A 1L08A 255LA 1L63A 156LA 1DYEA 1K28A 114LA 1DYFA 1QTDA 3ODUA 4EPIA 1T8FA 1L93A 1C6HA 3UONA 1L95A 3NYAA 4I7JA 183LA 2B6TA 1QT7A 190LA 1LGUA 1L40A 170LA 1L81A 162LA 1L54A 256LA 3OE9A 1L42A 3C83A 3K2RA 1L53A 3F8VA 1JTMA 214LA 148LE 1L12A 1QSQA 1L20A 2HUKA 4EKPA 1ZURA 1L34A 3CDOA 1LYHA 1QTBA 4I7KA 4ARQB 3CDRA 1EPYA 3C7YA 1KY0A 3GUJA 3HT8A 4ZPUA 1LYGA 259LA 3QAKA 177LA 1C6GA 206LA 1L38A 4S0WA 3DN0A 1PQOA 3NY8A 1C6PA 4LDEA 1QT8A 3OE6A 1C6LA 152LA 1G1VA 2RH1A 1C6KA 1CUQA 1DYCA 230LA 1L99A 181LA 1G0QA 4EKRA 1L80A 3C8RA 2F47A 1L33A 111LA 1CX6A 233LA 2Q9DA 1CX7A 1L28A 1L77A 168LA 1L70A 1LI2A 1L57A 3HUQA 4E97A 110LA 1CU6A 212LA 1T8AA 1G0LA 1C67A 112LA 1L46A 3HDFA 1L67A 1KNIA 1XEPA 4W51A 3CDQA 187LA 1L90A 3V2YA 1C6TA 2RB0X 1L74A 1LW9A 1KW7A 178LA 244LA 223LA 1PQKA 140LA 164LA 248LA 2RBPA 159LA 1LLHA 1L64A 3DMVA 215LA 104LA 151LA 1DYBA 1L21A 1WTHA 1C6AA 1L96A 3C80A 2F2QA 145LA 4GRVA 171LA 1L94A 253LA 2CUUA 3L64A 3HTBA 3OE0A 217LA 1L17A 118LA 3SB9A 3PBLA 4W54A 2B75A 2RBOA 5LZMA 137LA 3SBAA 2QB0B 228LA 2ANXA 1LGWA 1QSBA 201LA 1OVJA 1P46A 2O4WA 224LA 1L87A 143LA 3DKEX 1OVHA 1D2WA 1D3MA 205LA 146LA 4W53A 2IGCA 1OV7A 3FI5A 1G0GA 4EPFA 1P36A 2RAZX 1ZWNA 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7SA 2ZYPA 194LA 2B7XA 3C81A 2YBIA 3CDTA 1JTOL 2LZTA 1LZYA 1CV6A 1LSMA 4WLYA 262LA 1VEDA 1XGTC 1P3NA 135LA 243LA 3HH4A 4B4EA 1L06A 2RB2X 1QS5A 1L01A 1QTEA 1LZ8A 1F6RA 1UIAA 2LC9A 1L50A 4NGWA 1L82A 3HU9A 1DYDA 4UWUA 4DDAA 1WQNA 3SB6A 1GB6A 1VDQA 2I25L 1L83A 1XJTA 3KAMA 1NWGA 229LA 2Q0MX 2O79A 1HF4A 1B5VA 1SSYA 1P37A 1L22A 4YF2A 3GULA 2BQIA 1L56A 3ZVQB 1L11A 1INUA 4HP0A 1C6EA 4NSIA 4TX7A 1D0MA 3GXKA 1LZ9A 184LA 1OUEA 2LHMA 4NHSA 4XENA 127LA 1OWYA 4NHPA 3GUNA 3WPKA 2DQGY 3V2WA 2D4IA 1GFJA 1SSWA 2BQKA 1QTZA 5LAGA 1LI6A 3MGWA 1GBZA 1L60A 3RZEA 4ARJA 254LA 4DQ7A 1F6SA 3TXKA 1LJIA 4CGEA 1C66A 1NBYC 2YDGA 3DN4A 139LA 1BB7A 4I7TA 1B5UA 1GF7A 1JJ1A 115LA 1WVVA 2B6YA 1BB6A 3EBAB 1L69A 1QUHA 2W1YA 4EKSA 3F6ZA 1CKGA 1LHLA 2Z38A 3SB8A 3AZ4A 5A3ZA 4ARMB 5HNCA 1C69A 4R6CA 1GE3A 1IC5Y 4LYZA 4GN3A 1OP9B 4N9RA 1EL1A 1LSAA 3AJNA 1CU0A 1JSFA 4LFXA 1YROA 188LA 3LHMA 3W6FA 197LA 3CQLA 1L76A 3JR6A 3AGIA 2HUMA 1LHJA 4WG1A 5APDA 1LSEA 1LZNA 1QDRA 4TTDA 1SQ2L 1UUZC 1D3FA 1C6MA 1LTMA 4BADA 1IWTA 1UIHA 1LYJA 1L07A 4LZMA 1CKFA 4ARLA 2LYZA 4UWVA 3A3QA 4NHIA 3T36A 4W58A 3EMSA 102LA 6LZMA 1LMQA 3WMKA 1L71A 1LYOA 3FE0A 185LA 1C6DA 5KXTA 1L0JA 1KY1A 192LA 1HFXA 149LA 1PQIA 2FYDA 1LHIA 4AXTA 1L73A 4NGLA 4W94A 3LYOA 1UCOA 1EQ4A 1IC7Y 3CT0A 1LI3A 232LA 1DKKA 134LA 1CV1A 4LYBA 4LYOA 2W1LA 4LT2A 1BWIA 5DN4A 3GUPA 1REYA 4NGKA 3W6DA 3HH6A 5T3FA 6LYTA 4I7MA 4QDNA 3LZTA 4YEOA 1UACY 2FBBA 1L84A 2BPUA 5I14A 2YBJA 2IHLA 1SWZA 1L36A 1L04A 3QNGA 3D9AC 227LA 1GAYA 4NGIA 4ARMA 1L00A 3SB7A 2CJLA 1CV3A 4H92A 231LA 1L44A 2BAAA 1WQOA 2BLYA 2EKSC 1LJ4A 3K3TA 1L23A 1OQMA 108LA 3QY4A 1O23A 4DD9A 3A8ZA 1SWYA 4DKLA 1L47A 4LDOA 4G4HA 1JJ0A 2B6XA 235LA 1JJ3A 4G49A 246LA 4YXAC 3D4SA 1GWDA 120LA 1LZBA 242LA 4N0JA 107LA 3RUNA 4ETCA 1CVKA 4W57A 2H5ZA 1HHLA 1QTDA 1JUGA 2HEEA 1T8FA 2Z18A 1LSFA 3HFMY 5II3A 4I7JA 3NYAA 183LA 5E9RA 1AKIA 190LA 2DQHY 5IDDA 1LAAA 1L81A 4N5RA 4WOAA 4DDCA 3OE9A 1L42A 2EPEA 3C83A 3K2RA 1JTMA 2EQLA 1HFZA 4RW1A 148LE 1L12A 2HUKA 1L20A 4EKPA 1LMAA 1LYHA 1TBYA 4XN6A 1ZVHL 1YANA 3C7YA 1KY0A 3WXTA 4LFPA 4HSFA 1GFUA 2BLXA 3QAKA 4CFOA 1IR7A 1QDTA 2PC2A 4H9HA 3A95A 4P2EA 5M1YA 1KXWA 1CUQA 3E3DA 181LA 1G0QA 4EKRA 1L80A 3C8RA 1KXYA 1GB9A 2Q9DA 233LA 3AZ7A 1CX7A 4LGKA 3CB7A 168LA 4C5FA 1L57A 5K7OA 1IWXA 3EXDA 1IX0A 1T8AA 3WPLA 2XTHA 1GBSA 4H9AA 1IO5A 4W51A 1H87A 5F9UA 1OUFA 5JENB 1C6TA 1OUBA 3A91A 248LA 2RBPA 5I4YA 2W1XA 4ET9A 3DMVA 1BB3A 5LYMA 1DYBA 2ZWBA 4J7VA 1ZMYL 1IOSA 2IFFY 3LN2A 1IP5A 3L64A 4CHXA 1NBZC 3SB9A 5LVJA 2B75A 1DZBX 1HEWA 4NG1A 2QB0B 1LGWA 3WYHA 201LA 4HV2A 143LA 4WL7A 1D3MA 1FBIX 2BQHA 5L3HA 1JHLA 1IP6A 1G0GA 2Z12A 1P36A 4GBRB 7LYZA 193LA 2OE4X 4DD2A 5LVHA 4LDLA 1GB3A 1KIRC 1CV5A 1GD6A 1LYIA 1UBZA 1GBOA 1G0KA 5KXSA 1GE0A 1QT6A 3C8QA 2HULA 4H90A 1L86A 4K5YA 4OW1A 4DQ5A 1C46A 3C82A 4W52A 1QS9A 5LINA 5C6IA 1GBWA 5KKIA 1LHMA 2YBLA 1DPWA 1BHZA 2LZMA 2QARC 2MEBA 1LPIA 1B5ZA 3TXIA 3SBBC 1LKRA 4IAPA 1J1XY 1C61A 1C6IA 1CJ7A 4PJ2C 3A6CY 1PQDA 1HERA 1XJUA 1HC0A 2Z2FA 1GB5A 3HTDA 2DBTA 2HU3A 4H9BA 1LMTA 5LA8A 3WU7A 138LA 4I8SA 4XJDA 1L0KA 1LJNA 1L52A 1LZ4A 5ILFA 3HDEA 5F81A 1G07A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7S A;  2ZYP A;  194L A;  2B7X A;  3C81 A;  2YBI A;  3CDT A;  1JTO L;  2LZT A;  1LZY A;  1CV6 A;  1LSM A;  4WLY A;  262L A;  1VED A;  1XGT C;  1P3N A;  135L A;  243L A;  3HH4 A;  4B4E A;  1L06 A;  2RB2 X;  1QS5 A;  1L01 A;  1QTE A;  1LZ8 A;  1F6R A;  1UIA A;  2LC9 A;  1L50 A;  4NGW A;  1L82 A;  3HU9 A;  1DYD A;  4UWU A;  4DDA A;  1WQN A;  3SB6 A;  1GB6 A;  1VDQ A;  2I25 L;  1L83 A;  1XJT A;  3KAM A;  1NWG A;  229L A;  2Q0M X;  2O79 A;  1HF4 A;  1B5V A;  1SSY A;  1P37 A;  1L22 A;  4YF2 A;  3GUL A;  2BQI A;  1L56 A;  3ZVQ B;  1L11 A;  1INU A;  4HP0 A;  1C6E A;  4NSI A;  4TX7 A;  1D0M A;  3GXK A;  1LZ9 A;  184L A;  1OUE A;  2LHM A;  4NHS A;  4XEN A;  127L A;  1OWY A;  4NHP A;  3GUN A;  3WPK A;  2DQG Y;  3V2W A;  2D4I A;  1GFJ A;  1SSW A;  2BQK A;  1QTZ A;  5LAG A;  1LI6 A;  3MGW A;  1GBZ A;  1L60 A;  3RZE A;  4ARJ A;  254L A;  4DQ7 A;  1F6S A;  3TXK A;  1LJI A;  4CGE A;  1C66 A;  1NBY C;  2YDG A;  3DN4 A;  139L A;  1BB7 A;  4I7T A;  1B5U A;  1GF7 A;  1JJ1 A;  115L A;  1WVV A;  2B6Y A;  1BB6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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