1L13A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGRWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l13A00
1CUQA 1L67A 2RAYX 249LA 4I7LA 3HT9A 160LA 4GBRB 1L96A 2O7AA 130LA 1L64A 175LA 1L03A 3SBBC 1LI3A 1C60A 3HUKA 1G06A 3HWLA 205LA 120LA 146LA 1C64A 253LA 220LA 3OE6A 3HDEA 3SB6A 3L2XA 1L61A 4ZPUA 2OE7X 1L69A 1P36A 102LA 1D3FA 1P7SA 3PDSA 4ARQB 3CDRA 141LA 4W59A 1QS5A 1L43A 1C66A 3C82A 174LA 118LA 1QTBA 3C8RA 4I7SA 1D3MA 2B75A 262LA 1L27A 3C80A 3QAKA 110LA 1JTNA 166LA 1CV3A 1L12A 1DYAA 226LA 3G3VA 2RB2X 2RBQA 3FI5A 3C8QA 196LA 1L71A 1L02A 1QT8A 1G0KA 2B7XA 1LGUA 3G3WA 1L99A 1DYEA 1L44A 218LA 4EKRA 2RH1A 1L84A 1L98A 243LA 1C6QA 1L90A 1OVKA 142LA 1L29A 197LA 165LA 2HUKA 1QTZA 1L33A 4S0WA 1SX2A 2RBRA 3HH6A 3CDVA 1L70A 224LA 2CUUA 4EKQA 3SN6R 3EMLA 115LA 2B74A 257LA 2A4TA 1OVJA 3C83A 1C68A 1C65A 131LA 3SB8A 1ZURA 1L30A 236LA 1L60A 4EXMA 149LA 244LA 151LA 1QT3A 2LCBA 1C6HA 1L55A 1L89A 1WTHA 2OU9A 2Q9DA 4I7JA 3V2WA 1CTWA 1L62A 152LA 2RBNA 1C6CA 1QTDA 1OV7A 219LA 1C6TA 1LGWA 1OWZA 260LA 1DYCA 2ANVA 2O4WA 3F9LA 4LDLA 1L32A 1CVKA 2OTZX 1L94A 238LA 1C6AA 5I14A 3DKEX 3JR6A 2B73A 1DYFA 4ARMA 2RBSA 1LGXA 140LA 127LA 246LA 3C7YA 1L34A 1QS9A 1L08A 1CV4A 1L93A 4DKLA 3HTFA 198LA 2B6ZA 3PBLA 1LYHA 1QT6A 2LZMA 1L75A 3HU9A 242LA 1CU5A 1L97A 223LA 3UONA 4YXAC 1LYFA 1G0QA 1C6LA 2RB0X 2F32A 4YXCA 114LA 1C6DA 1L74A 1KY1A 4W52A 2OTYX 184LA 1G0MA 4W53A 188LA 1L35A 4EPIA 1TLAA 3SB7A 255LA 4IAPA 1XJTA 4I7NA 1L0JA 1OV5A 1CU2A 229LA 4I7TA 180LA 3CDTA 2LC9A 182LA 2ANXA 233LA 3DN2A 1L63A 3OE0A 206LA 1DYDA 1L24A 1I6SA 3GUNA 3LZMA 1LYJA 1L09A 1QSQA 3NY9A 107LA 108LA 1QUGA 1L01A 1L87A 109LA 1L04A 1L37A 1ZWNA 2B70A 1L22A 1LYEA 1CU3A 247LA 3DMVA 234LA 1D9WA 4W54A 1XJUA 1L10A 1L50A 252LA 170LA 1C6PA 241LA 2QB0B 3DNAA 2OU8A 1C67A 3D4SA 148LE 5LZMA 143LA 2NTGA 7LZMA 1EPYA 1L00A 3DN3A 147LA 3GUOA 4PK0A 4GRVA 3HTGA 113LA 1LI6A 225LA 1LPYA 209LA 3HTDA 138LA 1NHBA 1PQIA 251LA 1L40A 1L39A 178LA 156LA 1L86A 1LW9A 3DN4A 221LA 227LA 1LI2A 1T8FA 129LA 1L14A 3DMZA 4OO9A 4AQNA 4ARPA 4LDEA 1KW7A 1OVHA 158LA 258LA 1P56A 4EKSA 1G1VA 1CV1A 1L48A 144LA 1QT7A 1L23A 1CX6A 1PQOA 2HUMA 1L28A 1L68A 245LA 240LA 2B6TA 195LA 2F47A 4ARJA 2RAZX 104LA 1L41A 4K5YA 4W58A 1L82A 4W51A 1L53A 1P46A 1CUPA 6LZMA 3NY8A 1C6JA 4ARQA 3C7ZA 1QT5A 1SWZA 3GUJA 215LA 1P2RA 1C6FA 201LA 2HULA 3GUPA 3DN0A 1C6IA 4EPFA 261LA 3DN1A 3HT7A 250LA 3F8VA 1L81A 1XEPA 4EKPA 1LWKA 1CV6A 1C6MA 1CU6A 4W55A 2L78A 3G3XA 199LA 125LA 1C69A 1KNIA 167LA 1KS3A 4DJHA 123LA 1PQDA 3SB5A 1P2LA 1L79A 1G07A 1L59A 4I7RA 111LA 256LA 2B72A 1L76A 200LA 1T8GA 150LA 1L47A 173LA 1T6HA 3K2RA 1L05A 2NTHA 4PJZA 3OE8A 1PQMA 3L64A 2IGCA 161LA 4W56A 1L21A 1SSYA 187LA 3DN8A 228LA 2OE4X 1SSWA 3RZEA 1L38A 3RUNA 3CDOA 176LA 2B6XA 112LA 1C6NA 1L52A 1L46A 2Z6BA 159LA 3OE9A 4I7QA 1QTHA 3FADA 1CU0A 1SX7A 128LA 1QTVA 248LA 212LA 3GUIA 4LZMA 126LA 222LA 2RBPA 192LA 1L15A 119LA 237LA 3HT6A 1L11A 2RBOA 217LA 1L85A 1L18A 239LA 3GULA 3C7WA 1L20A 1L66A 168LA 2F2QA 1D3JA 1C62A 1OYUA 3SB9A 1L72A 4W57A 3HH4A 1L31A 1L51A 1PQJA 4LDOA 211LA 1L17A 171LA 4ARMB 1LLHA 145LA 1LYGA 1QUOA 1C61A 1P3NA 4EJ4A 164LA 1KY0A 4I7MA 1QT4A 191LA 1P6YA 1OWYA 1D2WA 1B6IA 1L65A 210LA 1LWGA 1L36A 1L25A 3V2YA 4E97A 1P37A 1L42A 1L0KA 139LA 1L54A 1T8AA 3HTBA 1K28A 189LA 3DN6A 2OU0X 231LA 1DYBA 3FA0A 1G0GA 1CX7A 3SBAA 2OE9X 3DMXA 216LA 3HDFA 235LA 4I7KA 1L45A 2O79A 137LA 1L56A 4I7OA 214LA 1L91A 1QUDA 1QUHA 181LA 1L80A 1C6KA 1LYDA 2Q9EA 163LA 1CV0A 3HU8A 1L83A 4I7PA 259LA 2RB1X 3HUAA 254LA 3HT8A 1G0PA 1L88A 1T97A 1ZYTA 1C6EA 1C6GA 232LA 1L16A 1L49A 1L95A 122LA 1L13A 169LA 185LA 1SWYA 1CV5A 4YX7C 3HUQA 3C81A 1C63A 3HH3A 3VW7A 1P5CA 157LA 183LA 1L26A 1L77A 1G0LA 3ODUA 1JTMA 3CDQA 172LA 1JQUA 3NYAA 190LA 155LA 1L73A 1C6BA 1L58A 1L92A 230LA 1G0JA 1QSBA 1L19A 1L57A 1G1WA 2QARC 1L06A 2B6YA 3HH5A 1QTCA 1LYIA 1P64A 103LA 1KW5A 3GUKA 1D2YA 4DAJA 3GUMA 4ARLA 3C8SA 162LA 2B6WA 177LA 186LA 2OEAX 213LA 1L07A 1DYGA 1D3NA 1PQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEFA 2H9JA 5LA5A 2D4JA 1LSAA 249LA 4I7LA 3HT9A 5LA8A 1L96A 5LVIA 3SBBC 1C60A 205LA 120LA 1UIGA 4WLDA 146LA 2BQOA 4ET8A 5II3A 2OE7X 102LA 1P7SA 1IC4Y 3CSQA 3J4GA 4ETAA 4W59A 1C66A 5L3IA 3C82A 1MELL 1IOTA 1QTBA 3C8RA 5K7OA 1OQMA 3QAKA 4MSTA 1GBYA 110LA 4NWHA 1L12A 3FE0A 2EKSC 226LA 4HTKA 4KXIA 2RBQA 2LYZA 196LA 1L71A 1FKQA 1NMMA 6LYZA 1GAZA 4HTNA 1DYEA 5FCPA 4AGAA 3TMXA 4RLNA 3LYMA 1GB8A 4NEBA 197LA 165LA 2HUKA 1YKZX 1JJ1A 1SX2A 1UC0A 1NHEA 5DM9A 4YF2A 1IWZA 224LA 1ZV5L 4XJFA 3A93A 1GWDA 131LA 5FHWA 1L30A 4H8YA 4MCKA 4LT1A 3D3DA 4GN4A 151LA 4WM2A 1L89A 3ATNA 1OUCA 1IWWA 1CTWA 2XBSA 1DQJC 2RBNA 1WVUA 219LA 4GCEA 1FDLY 2ANVA 2IHLA 1ZVHL 2B73A 1DYFA 1LGXA 5JENB 1GB5A 3TXEA 4NGYA 1CV4A 5KXWA 1V7SA 1UICA 5LVJA 1D6QA 5M1YA 4AXTA 223LA 1OP9B 4OWBA 3WU8A 4I8SA 5LAFA 2RB0X 1L74A 4H8XA 1KY1A 4W52A 1LMQA 1XFPL 4EPIA 4NGLA 1LSGA 1HELA 3LYZA 5I4XA 1QIOA 233LA 3DN2A 1L63A 5DN5A 206LA 5KXKA 1GXXA 1I6SA 3GUNA 1LHHA 1YAMA 1QSQA 107LA 108LA 1FKVA 1QUGA 1L01A 1L87A 2FBBA 1CJ6A 1L22A 1RI8B 234LA 5FSTA 1C43A 1L50A 252LA 3TXFA 4Z3MA 2QB0B 5LYMA 1HHLA 5LZMA 5ILFA 2NTGA 1HEOA 1EPYA 5C6JA 4OOOA 2Z12A 4GCBA 209LA 2HEEA 1L39A 1L86A 1VDSA 3A91A 8LYZA 227LA 4BADA 1T8FA 1LYSA 2DQHY 1L14A 1XGQC 4LDEA 1LJNA 1OVHA 1P56A 4EKSA 1L48A 1TBYA 4B1AA 1L41A 4U3XB 1L82A 1OUGA 4W51A 1L53A 1P46A 3TXHA 3K3TA 1GDWA 1LZEA 4NGVA 1JHLA 5DN4A 1AZFA 5IELA 3GUPA 2I6ZA 5I4WA 1HMLA 3DN1A 1YROA 5KXRA 4DQJA 1YL0X 1OUIA 1XEPA 4H1PA 3RZ4A 4PGJB 2GV0A 3WVYA 2WARA 1B7RA 1CKGA 3LZ2A 4ETBA 2LZ2A 1LKSA 4B4EA 1GE3A 111LA 2B72A 150LA 5DL9A 3WUAA 3K2RA 4R6CA 4DDAA 4ETCA 1UIEA 1G7IC 3BKHA 1XEIA 1PQMA 5B06A 2EPEA 1QUTA 3RUNA 3CDOA 1G7HC 2BQGA 5L3HA 1C6NA 2BQBA 1B7PA 4DD2A 1GFEA 2AUBA 1GPQC 2ZWBA 5A3ZA 132LA 1XGRC 2BQMA 2MEGA 4D9ZA 3A3RX 5D5CA 4XJGA 1LZYA 2W1YA 5KXLA 3GULA 1L20A 1CJ7A 1WTMA 1D3JA 3A6CY 3SB9A 3HH4A 3F6ZA 4LDOA 4LYZA 1CKHA 4NHTA 5KXMA 171LA 1LLHA 1B7SA 1FLQA 4H9IA 1GDXA 5APEA 164LA 1B5YA 4RW1A 1L65A 2BQEA 2F30A 5L9JA 1L36A 4G49A 3ZVQB 2BLXA 5KXYA 1IWUA 3AZ6A 189LA 4LYMA 3W3EA 5HLLA 2LYOA 3P68A 1LYDA 5KXNA 4ZFPA 1BHZA 4LT2A 4TTDA 1T97A 5LIOA 232LA 1L95A 169LA 1LMCA 3C81A 3VW7A 1P5CA 5EBHA 183LA 1HSXA 3TMUA 1L77A 1G0LA 1JTMA 3CDQA 172LA 1JQUA 1GE0A 3NYAA 190LA 1L73A 1L92A 4KL7A 1G0JA 4PJ2C 1HF4A 1DI4A 1L19A 1KXYA 1D2YA 4RW2A 3RU5A 3ULRA 1YAOA 1C7PA 2OEAX 2G4PA 2PC2A 1D3NA 1CUQA 1EQ5A 1DPXA 2RAYX 4R0FA 4Z41A 4YEOA 1L64A 1LMOA 3HUKA 1BQLY 4NY5A 1REZA 1RJCB 3TXJA 220LA 3HDEA 1GF3A 4NGJA 4X3BA 3W6FA 1D9UA 4LFPA 1L69A 1P36A 1LHKA 1GB0A 3PDSA 5HMJA 4ARQB 3CDRA 3N9AA 3RNXA 1LSCA 1QS5A 1L43A 174LA 1IC5Y 1HEQA 1DI3A 2B75A 3C80A 1IP1A 1B7OA 1JTNA 1CV3A 4CGEA 1I56A 1DYAA 1LZ8A 1AKIA 2RB2X 5IDDA 3WXTA 2B7XA 4WM3A 1L44A 2BQIA 1L84A 4N9RA 1LZGA 1L90A 1DKJA 142LA 1L29A 3HBEX 5F9XA 4H94A 1GF7A 2RBRA 3CDVA 4NSJA 4A7DA 1LJEA 4ETEA 4EKQA 1GFVA 1UACY 2B74A 4HSFA 1A4VA 257LA 1XGPC 1VFBC 1LZSA 1C65A 236LA 1L60A 4EXMA 1HC0A 149LA 1T3PA 3WPJA 1C6HA 2OU9A 1WTHA 2MEAA 4I7JA 2B5ZA 152LA 1C6CA 1DZBX 5B1GA 2ZYCA 1LGWA 2HEAA 2O4WA 4LDLA 3CSRA 1L32A 1CVKA 2OTZX 1L94A 133LA 3A94A 1IP3A 4B4IA 3JR6A 4H8ZA 4WL6A 2DQGY 4HV2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2MEF A;  2H9J A;  5LA5 A;  2D4J A;  1LSA A;  249L A;  4I7L A;  3HT9 A;  5LA8 A;  1L96 A;  5LVI A;  3SBB C;  1C60 A;  205L A;  120L A;  1UIG A;  4WLD A;  146L A;  2BQO A;  4ET8 A;  5II3 A;  2OE7 X;  102L A;  1P7S A;  1IC4 Y;  3CSQ A;  3J4G A;  4ETA A;  4W59 A;  1C66 A;  5L3I A;  3C82 A;  1MEL L;  1IOT A;  1QTB A;  3C8R A;  5K7O A;  1OQM A;  3QAK A;  4MST A;  1GBY A;  110L A;  4NWH A;  1L12 A;  3FE0 A;  2EKS C;  226L A;  4HTK A;  4KXI A;  2RBQ A;  2LYZ A;  196L A;  1L71 A;  1FKQ A;  1NMM A;  6LYZ A;  1GAZ A;  4HTN A;  1DYE A;  5FCP A;  4AGA A;  3TMX A;  4RLN A;  3LYM A;  1GB8 A;  4NEB A;  197L A;  165L A;  2HUK A;  1YKZ X;  1JJ1 A;  1SX2 A;  1UC0 A;  1NHE A;  5DM9 A;  4YF2 A;  1IWZ A;  224L A;  1ZV5 L;  4XJF A;  3A93 A;  1GWD A;  131L A;  5FHW A;  1L30 A;  4H8Y A;  4MCK A;  4LT1 A;  3D3D A;  4GN4 A;  151L A;  4WM2 A;  1L89 A;  3ATN A;  1OUC A;  1IWW A;  1CTW A;  2XBS A;  1DQJ C;  2RBN A;  1WVU A;  219L A;  4GCE A;  1FDL Y;  2ANV A;  2IHL A;  1ZVH L;  2B73 A;  1DYF A;  1LGX A;  5JEN B;  1GB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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