1L13A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGRWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l13A00
254LA 1C65A 1L43A 115LA 171LA 1LGUA 1L19A 223LA 2B74A 3C81A 4OO9A 4I7PA 1L62A 3C7ZA 1G0LA 3CDRA 112LA 118LA 1QUHA 1L58A 3GUIA 3SBBC 236LA 3FI5A 1L61A 3CDTA 3C8RA 5LZMA 3RUNA 142LA 4W54A 262LA 1L18A 2NTHA 3G3XA 228LA 1G0PA 4ARPA 1CV3A 3HTGA 102LA 1L91A 1C63A 1LYFA 3DN1A 1L01A 1L85A 2OTYX 1LI3A 177LA 130LA 1NHBA 3HH6A 1DYBA 1L10A 2HUMA 1LYIA 1L72A 1OV5A 1CV0A 1L48A 1L40A 1P5CA 3GUKA 2L78A 1QTBA 3DMVA 3F9LA 3JR6A 2RBOA 1SWYA 1C67A 1C6CA 2OE9X 1L02A 1CU5A 1SSWA 1DYAA 1L44A 2B6ZA 1L21A 1P2LA 4EKQA 1L84A 3HUQA 3NY9A 1G1VA 241LA 1QSBA 1C6KA 165LA 167LA 1L86A 1OVJA 1L05A 233LA 158LA 1P37A 3G3WA 2OEAX 3HUAA 3SB7A 255LA 138LA 235LA 3SN6R 1QT6A 4ARQA 231LA 1C6QA 1CTWA 1P2RA 148LE 2RBQA 3DKEX 1LWGA 1QTDA 1G1WA 3HTFA 226LA 1DYFA 1C6EA 4YXAC 4EKPA 123LA 1L42A 3DN0A 1P36A 3GUJA 3V2YA 196LA 237LA 1L0KA 3DNAA 4DAJA 218LA 1L29A 4EXMA 3FADA 1L99A 1L27A 1LI2A 224LA 1XJUA 4S0WA 131LA 3PBLA 1L20A 1L25A 150LA 1L77A 4ARMB 3C7WA 4I7RA 1T8GA 114LA 249LA 2OE7X 1T8AA 1L75A 192LA 108LA 1L50A 170LA 3FA0A 3C80A 1C6BA 1L26A 1L49A 250LA 251LA 161LA 220LA 1LYGA 4ARJA 1LGWA 1K28A 1L11A 1QT7A 181LA 4LZMA 141LA 1LYEA 120LA 1PQMA 4I7JA 3CDQA 1SX2A 1L81A 1CV4A 200LA 1G06A 2QARC 4PK0A 125LA 1C6GA 2RB2X 1G0QA 3ODUA 152LA 219LA 4DKLA 4I7SA 212LA 3L64A 1L90A 216LA 1L74A 6LZMA 1ZURA 1L95A 1L87A 159LA 1L92A 257LA 1QT5A 3HTBA 1L15A 222LA 1L31A 2NTGA 4I7MA 1L33A 3L2XA 1JTNA 198LA 1DYCA 2OU8A 1L64A 2B6WA 1D2WA 4GRVA 2RBRA 2RAYX 1KS3A 1L09A 3HT8A 3PDSA 1D2YA 1XEPA 3GULA 1L67A 1DYGA 1C60A 164LA 1QT3A 110LA 173LA 1G07A 172LA 4EKSA 3HU8A 1C6FA 4W56A 4EKRA 3C8QA 3DN6A 1L97A 1L34A 4I7NA 4IAPA 191LA 3OE8A 1L69A 1P56A 1L60A 209LA 2HUKA 1C6HA 1C6TA 169LA 2B7XA 1QTVA 1L68A 1QTZA 1G0JA 1B6IA 156LA 1LGXA 163LA 3LZMA 1C6DA 1G0MA 1TLAA 3QAKA 206LA 3SBAA 3SB5A 1PQKA 5I14A 3NYAA 3HH3A 1L28A 137LA 1L63A 1G0GA 234LA 197LA 4W59A 2RBNA 205LA 2RB0X 4W55A 1L65A 1PQOA 129LA 175LA 1L47A 253LA 162LA 7LZMA 244LA 1L35A 248LA 1P3NA 1P46A 2F47A 185LA 2B6YA 1L39A 1CUQA 2IGCA 1L51A 1L89A 2B70A 145LA 1QS9A 1OWZA 3EMLA 1L06A 1C6JA 2OU0X 2B72A 2ANVA 4EPIA 2B75A 243LA 1PQJA 195LA 2F32A 3D4SA 2LC9A 3SB9A 178LA 1CU3A 1WTHA 4YX7C 1QUGA 149LA 4EJ4A 1L59A 3SB8A 1L88A 2HULA 4ARLA 1SX7A 1L55A 1T6HA 3DN2A 122LA 2CUUA 1ZYTA 4DJHA 1LYDA 2RBPA 1L94A 3C8SA 1L07A 176LA 1PQDA 4W53A 221LA 261LA 4ARQB 3G3VA 3HTDA 113LA 2O79A 186LA 2RB1X 4E97A 180LA 213LA 189LA 4K5YA 1L0JA 1L03A 3RZEA 3VW7A 1L37A 188LA 1CVKA 1LW9A 1SWZA 1L76A 147LA 2Q9DA 1D3FA 155LA 4I7LA 3CDVA 2B6TA 3V2WA 1KW7A 1L56A 1C6NA 1L23A 3HT9A 242LA 146LA 3HT7A 139LA 1T97A 2Z6BA 240LA 3GUNA 111LA 1LWKA 1C6PA 256LA 4ZPUA 1L36A 2A4TA 127LA 1KNIA 2B6XA 229LA 1QTHA 157LA 2RBSA 1QUDA 3F8VA 1L41A 245LA 1L08A 3HUKA 1L45A 2RAZX 1C6LA 1L66A 1CU2A 4LDOA 1L22A 103LA 3HWLA 227LA 119LA 1L30A 2O4WA 3C82A 140LA 3C7YA 1I6SA 160LA 1QT4A 1L24A 1L38A 109LA 252LA 238LA 1L14A 217LA 3CDOA 144LA 143LA 1KW5A 1L93A 214LA 201LA 4YXCA 4EPFA 1QS5A 211LA 1C62A 2LCBA 259LA 2OU9A 4GBRB 239LA 1L54A 1L04A 1QUOA 4I7QA 3HDEA 2OE4X 2OTZX 1CV5A 1C61A 1L13A 1QSQA 2Q9EA 1EPYA 1L53A 3DMXA 4W52A 1KY0A 1LLHA 1ZWNA 1OWYA 183LA 1D3MA 2F2QA 1PQIA 1C64A 4ARMA 3DN8A 3DN3A 1C69A 1T8FA 1L16A 1KY1A 4LDEA 1LYJA 1CUPA 3GUPA 199LA 1L83A 151LA 1L46A 3HT6A 1C66A 1LI6A 1L32A 230LA 1JTMA 3OE6A 4W57A 1OYUA 1CU6A 1L80A 210LA 2QB0B 1G0KA 2LZMA 1DYEA 1L17A 166LA 1LPYA 1L96A 246LA 225LA 2O7AA 3DN4A 4I7KA 3DMZA 4W51A 247LA 107LA 1OVHA 1D9WA 3GUMA 4AQNA 2RH1A 3NY8A 3SB6A 1L00A 1LYHA 4I7OA 1P6YA 2B73A 3C83A 1OV7A 3HDFA 3OE0A 1C6MA 1CX7A 232LA 4I7TA 174LA 258LA 4LDLA 1C6AA 1QTCA 3HH5A 1L57A 190LA 4PJZA 3HU9A 1CV6A 1L98A 182LA 4W58A 3HH4A 1L82A 1SSYA 1L70A 1QT8A 1L79A 126LA 184LA 1C68A 1CV1A 1JQUA 3UONA 1XJTA 215LA 1L52A 260LA 1P64A 1L12A 1P7SA 187LA 3GUOA 3OE9A 1CU0A 1CX6A 2ANXA 1D3NA 1OVKA 1DYDA 128LA 3K2RA 168LA 1L71A 1L73A 104LA 1D3JA 1C6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GEZA 4G49A 4WOAA 4NGYA 223LA 2B74A 3C81A 4OO9A 5T3FA 1GB9A 1L62A 2CJLA 1XGQC 5KXZA 4MCKA 3D9AC 9LYZA 118LA 1KXXA 4NSJA 1KIQC 3SBBC 1W08A 1B5ZA 3FI5A 1YL0X 4H8ZA 5F81A 1BQLY 142LA 4J7VA 262LA 1CV3A 4AXTA 1L91A 1LYFA 1JWRA 1L85A 1WTMA 1AM7A 4WM4A 1V7TA 2XTHA 2BQAA 2C8OA 4C3WA 1GD6A 3GUKA 2BQIA 1LSFA 2DQFC 5J7CA 1IIZA 3N9EA 1L44A 1YANA 3A93A 1JUGA 3B0IA 1NBYC 3NY9A 1G1VA 1IOSA 2DQHY 4NHSA 3T36A 1C6KA 4N5RA 1GF7A 1L05A 233LA 1A2YC 1HMKA 3W6DA 3G3WA 2OEAX 3HUAA 235LA 3SN6R 3OK0A 1GE2A 4B4JA 2F30A 1LWGA 1G1WA 4YENA 4EKPA 1WQMA 123LA 1L42A 3ZEKA 1REMA 196LA 237LA 1W6ZA 2F4GA 3DNAA 4DAJA 1IOCA 1L27A 1C10A 1LI2A 224LA 4S0WA 4H8XA 1L20A 3EMSA 4PHIA 4ET8A 4FJRA 5LINA 4YEMA 4LFPA 1AZFA 1JPOA 108LA 4PRUA 1L50A 1HEOA 1LKSA 161LA 1LYGA 4GCEA 1K28A 1QT7A 3WXUA 1OQMA 141LA 1LYEA 1DQJC 1IOQA 1SX2A 4NHIA 1CV4A 1IWXA 1BHZA 1FDLY 3W6AA 1LSBA 4PK0A 1GWDA 2D4KA 219LA 2DQGY 212LA 3L64A 5DLAA 6LZMA 4NHQA 1L92A 159LA 1L15A 1LOZA 1L31A 2NTGA 4PGJB 1UIGA 1LSYA 2OU8A 2Z2EA 2B6WA 4GN5C 4H9CA 5F9XA 4EMNA 3VWOA 4ML7A 1QTKA 1LHKA 3HBHA 6LYZA 2DQEY 1G07A 1UBZA 4W56A 2YSSC 4I7NA 4IAPA 191LA 4NG8A 1GEVA 1LJEA 1L69A 2HUBA 4CFOA 2YBLA 1INUA 1L68A 1QDRA 1B7QA 5KXYA 1B2KA 1B6IA 2LZ2A 5DL9A 1LGXA 1UICA 1LMTA 1BWJA 5LIOA 206LA 3SBAA 3EBAB 4QY9A 1XGPC 5I14A 4HTKA 3M18B 4UWNA 197LA 4W59A 1PQOA 1DKJA 1L47A 1RE2A 4RDSA 2MEIA 4TX7A 248LA 1P3NA 1P46A 2F47A 4YM8A 4J1AA 1CUQA 2BQEA 1JTOL 2B70A 145LA 5FCPA 1L06A 1B7MA 1LZTA 4WLTA 3SB9A 178LA 1QUGA 5KXTA 4LYTA 5B1GA 1NBZC 3TXIA 2HULA 4ARLA 1SX7A 5HNCA 2DQAA 3P4ZA 1T6HA 4H9FA 122LA 4DJHA 2RBPA 3P65A 1QUTA 1B9OA 4W53A 1LMQA 4B4IA 4ANRA 1BB6A 4Z41A 3HTDA 2RB1X 189LA 5B59A 3RZEA 1F6SA 1OUEA 188LA 1SWZA 1LJNA 3CDVA 1GPQC 1IR8A 3LYZA 1KW7A 5ILFA 4LYMA 1G7LC 1C6NA 1EL1A 1IY3A 4XYYA 242LA 1G7MC 1DI4A 4WL7A 4KPMA 4C5FA 5LVIA 229LA 1QTHA 157LA 1OUCA 1LJGA 3F8VA 2LHMA 4I8SA 1L45A 2ZNWY 2MEAA 1LJKA 1C6LA 1QSAA 4XJHA 3CSZA 4LDOA 1IOTA 4ZIXA 4BADA 227LA 2O4WA 3A92A 4RW1A 4NGJA 1FLQA 1QT4A 252LA 1L14A 1KW5A 201LA 1IR9A 4EPFA 211LA 1C62A 2LCBA 239LA 5HMJA 1YILA 5C6JA 3HDEA 1I20A 4GN3A 3FE0A 5II3A 2BPUA 2F2QA 3F6ZA 4ARMA 1GB3A 5LAGA 3DN8A 2MEFA 5C6IA 1JTTL 1JJ3A 1L16A 1KY1A 1LSGA 4LDEA 1HERA 3WPJA 1GFVA 4G4HA 4NGVA 1IC5Y 1LPIA 1WQNA 1B5VA 1OYUA 1L80A 1RI8B 5LVKA 1XGRC 4WM6A 2LZMA 2O7AA 1L96A 4NSHA 5LYTA 4W51A 1GFKA 2RH1A 3NY8A 2XBSA 1WVVA 3SB6A 194LA 4GLVA 1OV7A 1LMOA 1C6MA 1FLUA 4TUNA 1GFJA 3N9CA 1JKAA 1L98A 182LA 1BB4A 5APDA 1LSPA 4XN6A 1SSYA 2BQHA 1L70A 4QEQA 5FSTA 4Z46A 4ZFPA 1JITA 4B49A 3WPKA 1IP2A 4WM2A 1P64A 1IP5A 1CX6A 4W96A 1NKHA 1D3NA 1UA6Y 5E4PA 1DYDA 128LA 3K2RA 2HEFA 4WLYA 4DD2A 1D3JA 3LN2A 171LA 1LGUA 1L19A 4I7PA 2G4PA 3AZ7A 1G0LA 1JKBA 112LA 1QUHA 4BAFA 1NMMA 3GUIA 3IJVA 1L61A 4O34A 4N8ZA 2NTHA 228LA 5DM9A 1G0PA 4IASA 1DZBX 102LA 1HFXA 3DN1A 2OTYX 1UIAA 5KJ9A 1DYBA 2HUMA 1G7HC 4J0LA 1XGTC 3W6CA 1CV0A 1P5CA 1MELL 1YQVY 2NWDX 4XJIA 1C6CA 1HEWA 2OE9X 4N9RA 1DYAA 4B4EA 4EKQA 3HUQA 241LA 1QSBA 4XADA 3G3BB 3A8ZA 1LZ4A 1VEDA 3SP3A 1QT6A 4LT0A 4ARQA 231LA 1C6QA 4A7DA 1GFGA 1TAYA 2PC2A 148LE 2RBQA 1KXYA 2RSCA 226LA 1DYFA 1UIEA 1YAPA 1GB5A 1P36A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GEZ A;  4G49 A;  4WOA A;  4NGY A;  223L A;  2B74 A;  3C81 A;  4OO9 A;  5T3F A;  1GB9 A;  1L62 A;  2CJL A;  1XGQ C;  5KXZ A;  4MCK A;  3D9A C;  9LYZ A;  118L A;  1KXX A;  4NSJ A;  1KIQ C;  3SBB C;  1W08 A;  1B5Z A;  3FI5 A;  1YL0 X;  4H8Z A;  5F81 A;  1BQL Y;  142L A;  4J7V A;  262L A;  1CV3 A;  4AXT A;  1L91 A;  1LYF A;  1JWR A;  1L85 A;  1WTM A;  1AM7 A;  4WM4 A;  1V7T A;  2XTH A;  2BQA A;  2C8O A;  4C3W A;  1GD6 A;  3GUK A;  2BQI A;  1LSF A;  2DQF C;  5J7C A;  1IIZ A;  3N9E A;  1L44 A;  1YAN A;  3A93 A;  1JUG A;  3B0I A;  1NBY C;  3NY9 A;  1G1V A;  1IOS A;  2DQH Y;  4NHS A;  3T36 A;  1C6K A;  4N5R A;  1GF7 A;  1L05 A;  233L A;  1A2Y C;  1HMK A;  3W6D A;  3G3W A;  2OEA X;  3HUA A;  235L A;  3SN6 R;  3OK0 A;  1GE2 A;  4B4J A;  2F30 A;  1LWG A;  1G1W A;  4YEN A;  4EKP A;  1WQM A;  123L A;  1L42 A;  3ZEK A;  1REM A;  196L A;  237L A;  1W6Z A;  2F4G A;  3DNA A;  4DAJ A;  1IOC A;  1L27 A;  1C10 A;  1LI2 A;  224L A;  4S0W A;  4H8X A;  1L20 A;  3EMS A;  4PHI A;  4ET8 A;  4FJR A;  5LIN A;  4YEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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