1L15A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGVWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l15A00
1L27A 4I7PA 3G3XA 4I7JA 1P5CA 2IGCA 147LA 2RB1X 262LA 2Q9EA 235LA 2RH1A 3GUPA 1L33A 3SN6R 1L58A 230LA 1L65A 211LA 234LA 3GUKA 3GUJA 4PK0A 1TLAA 190LA 1L94A 2OTZX 2RBSA 1L18A 1L50A 1C6AA 3DNAA 1LW9A 4I7SA 127LA 184LA 200LA 1QT5A 1L17A 3C83A 220LA 1CV4A 1K28A 1L45A 109LA 1CVKA 1G0LA 1PQIA 1L01A 137LA 1L93A 1LYDA 257LA 1ZWNA 183LA 252LA 3HH6A 1C6KA 1L64A 1QTZA 3C8QA 172LA 144LA 1L96A 167LA 1L84A 1L38A 1QTDA 1P2RA 1OV5A 4AQNA 2ANXA 1L08A 216LA 192LA 1P64A 4ARQA 1L69A 1L14A 2B6WA 3V2YA 2RBRA 1C6TA 139LA 1L87A 3HUQA 4W59A 112LA 1P7SA 1L23A 2B7XA 4EPFA 209LA 1DYGA 1L13A 1L72A 3VW7A 3HTGA 1D3NA 226LA 1OVKA 151LA 4YXCA 199LA 163LA 4I7LA 4ARQB 4W56A 1L02A 4I7MA 149LA 155LA 1L34A 1LYIA 2B74A 173LA 1PQMA 4K5YA 1L15A 1L11A 6LZMA 1XJUA 2RB2X 2LC9A 4I7OA 1C6JA 170LA 2RBNA 1P46A 111LA 1C6FA 201LA 130LA 242LA 1CV6A 2B6ZA 2OE7X 103LA 1L40A 159LA 1CU3A 256LA 1QUOA 1P6YA 1T8FA 1KS3A 1QT4A 1KW5A 248LA 245LA 1C64A 1L63A 3OE0A 4LDEA 181LA 1L28A 254LA 2F2QA 118LA 221LA 227LA 4W57A 3HT9A 3HWLA 1SWYA 1C6GA 1DYCA 1L42A 1KW7A 3SBAA 1ZURA 218LA 1C6NA 1PQOA 1C68A 1D2WA 243LA 1KNIA 5LZMA 176LA 3DKEX 224LA 1CX6A 205LA 1CU5A 261LA 215LA 1P56A 1L62A 1EPYA 1L32A 2O7AA 3UONA 3V2WA 4LDLA 1L25A 3DN4A 2QB0B 197LA 166LA 2LZMA 2NTHA 3OE6A 3RZEA 1NHBA 3HTDA 3HDFA 4ARPA 250LA 2A4TA 255LA 3EMLA 4W52A 1L85A 2OE9X 3GUNA 1L31A 1QS9A 4EJ4A 4I7NA 2HULA 4ZPUA 4I7KA 1QTHA 1L35A 1LLHA 128LA 120LA 1C60A 162LA 3FADA 3OE9A 182LA 1ZYTA 1LYFA 1DYBA 1L0KA 4I7QA 238LA 1L39A 186LA 2RB0X 1C67A 1KY1A 1L67A 4YX7C 2O4WA 1L60A 2Z6BA 1L44A 3CDQA 1L05A 3RUNA 1L59A 253LA 1L56A 1OWZA 1XJTA 219LA 232LA 1WTHA 174LA 2OEAX 1D3JA 3F8VA 1C6CA 3DN3A 1LI3A 178LA 143LA 4LZMA 1L10A 2OU9A 146LA 113LA 1L49A 156LA 4IAPA 1C6IA 1C6HA 259LA 3C80A 2OU0X 177LA 3CDTA 7LZMA 4E97A 3DN8A 1OV7A 1SSWA 1LGWA 1L73A 142LA 152LA 108LA 2B6YA 3HH3A 2F32A 1D9WA 3F9LA 4I7TA 237LA 3C7ZA 2NTGA 1C61A 233LA 1L80A 1CU6A 1DYFA 3HUKA 1QT8A 4S0WA 2RAZX 210LA 131LA 1L76A 3C7YA 2L78A 1L24A 1CU0A 1L46A 3PDSA 2ANVA 1LYJA 3D4SA 4EKQA 4YXAC 175LA 3DMVA 1L57A 1QUHA 4W58A 1G0JA 119LA 1L00A 1L37A 1L83A 222LA 1QS5A 228LA 1D3FA 1CV1A 1QT3A 249LA 3GUMA 1L09A 217LA 2Q9DA 3C8SA 225LA 185LA 1QT6A 165LA 2OTYX 1G1VA 1LYHA 4I7RA 4EKSA 1LGUA 1DYEA 1L12A 104LA 1D3MA 1CX7A 1P37A 1LWKA 3NY9A 1L03A 4GRVA 1L47A 189LA 1C6LA 188LA 4EPIA 1SSYA 239LA 3SBBC 1L82A 229LA 2O79A 251LA 241LA 148LE 1L0JA 164LA 1L79A 1G0GA 4EKPA 236LA 3HH4A 3C81A 3G3VA 126LA 158LA 2HUKA 2RBPA 1QT7A 3L64A 1L55A 4DAJA 191LA 1QUDA 169LA 1L04A 1PQKA 240LA 4EXMA 1C62A 2LCBA 141LA 1L98A 1L90A 1QUGA 213LA 180LA 3CDRA 1LYEA 1LI2A 3G3WA 3HT8A 1KY0A 171LA 4PJZA 145LA 3HTBA 3HU9A 3NYAA 2OU8A 1QTBA 187LA 1DYDA 1OVJA 258LA 2B75A 196LA 3JR6A 1CUPA 1L16A 1B6IA 3HT7A 1L06A 1C6DA 1L70A 1PQDA 1L54A 246LA 1OWYA 3ODUA 3HH5A 4DJHA 1L51A 1L20A 1C6PA 244LA 2RBQA 1CV5A 3GUOA 3FI5A 1CV0A 150LA 1C69A 1QSQA 1T6HA 1PQJA 3L2XA 2B73A 4GBRB 1L22A 1G1WA 3GULA 102LA 2HUMA 3CDOA 1C6EA 223LA 206LA 2B72A 1QTVA 3DN2A 1SX7A 4DKLA 1D2YA 1L91A 212LA 4W51A 1L74A 1L30A 123LA 1C6MA 4LDOA 3DN1A 1L89A 2F47A 3GUIA 3HU8A 2QARC 168LA 1L77A 1CV3A 2RAYX 1P36A 1CUQA 1T8GA 1L95A 4W54A 1OVHA 1QSBA 3LZMA 129LA 1L29A 157LA 1P2LA 160LA 3SB8A 3SB5A 4EKRA 3HDEA 3C7WA 3DN0A 1T97A 3SB7A 1G07A 1C6BA 1L48A 2RBOA 1G06A 1LYGA 3OE8A 1L19A 1L68A 3DMZA 1L07A 3HTFA 214LA 1DYAA 110LA 2CUUA 1CTWA 4ARJA 1JTMA 247LA 3SB6A 4W53A 1XEPA 1LGXA 1P3NA 4ARLA 3QAKA 1C65A 1G0KA 1L21A 1C63A 1T8AA 3HUAA 260LA 4W55A 140LA 1LI6A 3PBLA 125LA 3CDVA 1JTNA 1L36A 1G0MA 1JQUA 1SWZA 3HT6A 1C66A 1L75A 115LA 1L61A 1L88A 1L92A 1SX2A 1L99A 2B70A 3NY8A 1LWGA 3FA0A 138LA 4ARMA 4OO9A 2B6TA 3DMXA 3SB9A 2B6XA 3K2RA 1C6QA 1G0QA 3C8RA 3C82A 1G0PA 198LA 161LA 1L53A 1I6SA 2OE4X 1L66A 1OYUA 1L52A 114LA 195LA 1LPYA 1L86A 5I14A 1L43A 1L41A 1QTCA 107LA 1L81A 1CU2A 1L97A 3DN6A 4ARMB 1L26A 122LA 1L71A 231LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1OY 4HTNA 1IWVA 262LA 2HECA 2Q9EA 235LA 1BGIA 4WG7A 1WTMA 1L33A 3WUMA 230LA 1LMNA 234LA 4PK0A 5E4PA 1GF3A 5KXPA 5APCA 1LZEA 5F14A 1V7TA 184LA 200LA 2HEEA 2Q0MX 1YIKA 3C83A 1GBXA 1C45A 1CV4A 109LA 1LZCA 2W1YA 1REYA 1LSFA 137LA 1LYDA 1NHEA 4H8XA 183LA 1HSXA 1UIFA 4I8SA 4C3WA 172LA 1IY3A 144LA 2BQMA 2BQIA 3GXRA 4H9HA 4WG1A 1NQIA 2YSSC 1B0DA 4DQJA 1F10A 1L38A 4CFPA 4AQNA 4HSFA 1L14A 4J7VA 1L87A 112LA 3HTGA 1CJ6A 226LA 5I4XA 151LA 4LT2A 5APDA 1LSZA 1HEMA 1L02A 1WQQA 1F0WA 1LAAA 1D6PA 2AUBA 2B74A 1PQMA 1L15A 4TTDA 3P65A 4I7OA 1GE4A 3AGGG 1CV6A 103LA 4ETDA 6LYZA 1L40A 1VATA 1P2CC 1OUIA 3T36A 159LA 256LA 1QUOA 1LJ3A 1QT4A 245LA 5KXNA 1L63A 2YBJA 1KIQC 3VWOA 1SWYA 1D9UA 3TXFA 1DYCA 4LT3A 5B07A 1OUHA 2X0AA 2ZIJA 5L3HA 5HMVA 3A94A 1D0LA 2YVBA 3DKEX 4N1EI 205LA 1P56A 2FBBA 5DN5A 4ETAA 3UONA 4LDLA 2I25L 1LSEA 2NTHA 3OE6A 5LINA 1GHLA 1HEQA 3FI7A 1DKJA 3LYOA 2A4TA 1LYYA 4ANRA 1DPWA 4W52A 2OE9X 1L31A 1NDMC 1T3PA 3W6FA 1ZVYB 1L35A 1LLHA 4WM2A 1IC5Y 128LA 162LA 4Z3MA 1GAZA 3FADA 1ZYTA 3AJNA 2BQAA 1DI5A 1L0KA 238LA 4RLMA 1GBSA 1C67A 3CT1A 4YX7C 2O4WA 1JSFA 4XYYA 5I4WA 2G4PA 1B7RA 1OWZA 1QDRA 1AT6A 5FCPA 5II3A 1YAQA 4GCEA 1XEIA 3WL2A 4IAPA 1UUZC 4UWUA 207LA 3TMWA 1C6HA 3W6DA 2MEAA 5I53A 1L73A 4NGVA 108LA 3HH3A 4NWEA 1B9OA 5KKIA 3LZTA 4YENA 1B2KA 2WARA 4MCKA 4S0WA 2BLYA 2B5ZA 4GCBA 4DD0A 210LA 131LA 1XGPC 1VDSA 3WPKA 1CU0A 1L46A 3B6LA 3RNXA 1EQ4A 3D4SA 1IP5A 2YBLA 175LA 4W58A 4BADA 1L37A 1N4FA 222LA 1FLUA 3QE8A 1CV1A 249LA 4H9IA 3GUMA 1IVMA 1GB8A 2Q9DA 3C8SA 185LA 1QT6A 1LYHA 4I7RA 4EKSA 1DYEA 1GF7A 1L12A 1D3MA 1LZTA 1CX7A 1P37A 2MEDA 4GRVA 1HFYA 1C6LA 1LSPA 1SSYA 2O79A 1B7MA 1CKDA 5KXXA 5FSTA 164LA 1G0GA 4EKPA 3HH4A 5LVJA 1NKHA 1L55A 4GCDA 1PQKA 5JENB 3P66A 4NY5A 1C62A 1IP2A 1QUGA 3CDRA 1LYEA 1LI2A 1LHMA 1KY0A 1QUSA 3KAMA 3NYAA 1KXYA 1UIDA 3WULA 5C6LA 2LHMA 4H9CA 1L06A 5KXWA 1HHLA 4H9EA 246LA 2MEBA 1NDGC 1JIYA 1C6PA 244LA 3FI5A 4A7DA 1FBIX 1G7HC 1PQJA 3A95A 1RE2A 1BHZA 3GULA 1IO5A 4H94A 1QTEA 1C6EA 4NHSA 5I5QA 1GB0A 1WQNA 4RLNA 1CKHA 1SX7A 2F4GA 5LA8A 4DKLA 5M1YA 3CT0A 5FDJA 2MEHA 2DQAA 4LT1A 5D5CA 1L89A 2D4KA 168LA 2ZQ3A 3CT5A 1T8GA 3ATNA 3AYQA 5KXMA 4W54A 1QSBA 1IWYA 2D4IA 2YBIA 1FN5A 2MECA 4EKRA 3HDEA 2F2NA 1G07A 3A96A 1TEWA 3TXIA 3ZEKA 2YBMA 4ETEA 4ET9A 4MSTA 2HTXA 4BAFA 3HBHA 1I1ZA 214LA 4WM3A 2ZNXY 2CUUA 1YQVY 2CDSA 4TSBA 1GBOA 5HNCA 2N5ZA 4ARLA 2ZILA 1C65A 4HV2A 1G0KA 1LZSA 1T8AA 4W55A 1REZA 1UIGA 1BWJA 1L36A 2BQGA 1G0MA 1LHIA 1LZRA 132LA 2D4JA 4EMNA 1L75A 115LA 1L61A 4NGYA 1L88A 2MEGA 1YILA 1LZ1A 3NY8A 1HERA 4W94A 2IFFY 4B4EA 2B6XA 3A3QA 3K2RA 2EPEA 154LA 4QEQA 1SQ2L 1JJ0A 114LA 5I14A 3AW6A 1L43A 1LZDA 5FEKA 2YBHA 5B1FA 1A2YC 1LSMA 3G3XA 1P5CA 3WPLA 3WW5A 2RB1X 3MGWA 3HFMY 135LA 2RH1A 3SN6R 2F4AA 3N9EA 211LA 1UBZA 1IR9A 1YKXX 4B1AA 190LA 5F16A 1L94A 1BB5A 1L50A 4CJ2A 4WLXA 5ILFA 1LW9A 4I7SA 133LA 1OUFA 1UA6Y 4YOPA 1QT5A 1L17A 1LYSA 5APEA 1CKCA 1HNLA 1B5UA 1K28A 1L45A 1UCOA 2HU3A 4OOTA 1CVKA 4CGEA 1PQIA 3TMVA 4OWBA 1L01A 1ZWNA 252LA 1LMQA 1TDYA 1QTZA 1IOSA 4R0FA 3WXUA 134LA 1L96A 1IC4Y 1L84A 1GFRA 1OUGA 4NGWA 5KXRA 192LA 5FHWA 1P64A 1UACY 2H9KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1J1O Y;  4HTN A;  1IWV A;  262L A;  2HEC A;  2Q9E A;  235L A;  1BGI A;  4WG7 A;  1WTM A;  1L33 A;  3WUM A;  230L A;  1LMN A;  234L A;  4PK0 A;  5E4P A;  1GF3 A;  5KXP A;  5APC A;  1LZE A;  5F14 A;  1V7T A;  184L A;  200L A;  2HEE A;  2Q0M X;  1YIK A;  3C83 A;  1GBX A;  1C45 A;  1CV4 A;  109L A;  1LZC A;  2W1Y A;  1REY A;  1LSF A;  137L A;  1LYD A;  1NHE A;  4H8X A;  183L A;  1HSX A;  1UIF A;  4I8S A;  4C3W A;  172L A;  1IY3 A;  144L A;  2BQM A;  2BQI A;  3GXR A;  4H9H A;  4WG1 A;  1NQI A;  2YSS C;  1B0D A;  4DQJ A;  1F10 A;  1L38 A;  4CFP A;  4AQN A;  4HSF A;  1L14 A;  4J7V A;  1L87 A;  112L A;  3HTG A;  1CJ6 A;  226L A;  5I4X A;  151L A;  4LT2 A;  5APD A;  1LSZ A;  1HEM A;  1L02 A;  1WQQ A;  1F0W A;  1LAA A;  1D6P A;  2AUB A;  2B74 A;  1PQM A;  1L15 A;  4TTD A;  3P65 A;  4I7O A;  1GE4 A;  3AGG G;  1CV6 A;  103L A;  4ETD A;  6LYZ A;  1L40 A;  1VAT A;  1P2C C;  1OUI A;  3T36 A;  159L A;  256L A;  1QUO A;  1LJ3 A;  1QT4 A;  245L A;  5KXN A;  1L63 A;  2YBJ A;  1KIQ C;  3VWO A;  1SWY A;  1D9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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