1L15A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGVWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l15A00
3NY8A 190LA 145LA 1L70A 3GUOA 230LA 125LA 1T8AA 1L29A 249LA 3CDQA 1SWYA 198LA 196LA 3HTFA 3DN4A 1L12A 3JR6A 142LA 1L06A 1L85A 1L53A 2LC9A 1JTNA 1OVKA 2QARC 213LA 4ARLA 1L82A 1LYIA 1C65A 3GUMA 168LA 4W53A 1D2WA 3C80A 1L48A 231LA 1L71A 1C63A 2Q9EA 2B75A 1L41A 1L47A 1L57A 2L78A 163LA 4I7NA 1L21A 169LA 242LA 1L97A 170LA 1QT3A 129LA 104LA 2CUUA 120LA 238LA 1P2RA 4LDEA 1C68A 1L91A 1L30A 2OEAX 1L24A 1LYGA 1L51A 1NHBA 1SSYA 1C6DA 1CV4A 2OE7X 4ARPA 1LGXA 1CUQA 1PQDA 1L99A 4I7MA 6LZMA 4W57A 189LA 1OWYA 4GRVA 157LA 1L18A 1QT5A 167LA 1C6GA 1QTDA 201LA 3C7YA 1QUHA 147LA 3HWLA 2F47A 1L55A 1CV3A 4AQNA 1CV5A 3L64A 1L0KA 2OE9X 1D3MA 3CDOA 1LW9A 123LA 4ARQA 1SX7A 1L44A 178LA 4LDOA 108LA 143LA 3GUKA 192LA 1C6PA 1L04A 1L45A 1P36A 119LA 1ZYTA 3HT7A 1L73A 188LA 1B6IA 2NTGA 1P56A 1G1VA 3C83A 2IGCA 110LA 215LA 3EMLA 3SBAA 2HUMA 1L00A 3PDSA 2OTZX 1C6AA 1SX2A 2OU0X 131LA 4DKLA 1D2YA 2RBOA 3V2WA 4W58A 3DMXA 1LLHA 3G3XA 1OV5A 128LA 1L31A 3HT8A 146LA 4W59A 1D9WA 4EJ4A 1P6YA 225LA 191LA 3ODUA 1XEPA 3RZEA 1LI6A 1P3NA 229LA 3C81A 222LA 233LA 3GULA 224LA 3HH4A 212LA 247LA 1KS3A 1C61A 1L02A 1C6EA 1L52A 1L65A 2ANVA 3C8RA 3DN0A 3CDVA 3OE9A 4EPIA 1L34A 127LA 3HH5A 1P64A 137LA 2Q9DA 3C82A 130LA 1L77A 173LA 235LA 3SBBC 1OVHA 3HU9A 1L50A 1OYUA 1CV1A 1L40A 4I7LA 4DJHA 1G07A 1QUGA 3CDTA 7LZMA 197LA 1G06A 1CUPA 161LA 1T6HA 1L90A 1G0KA 3DN8A 1CX7A 1C69A 1L13A 1L54A 149LA 1SSWA 1L22A 165LA 1L32A 1L11A 2HUKA 181LA 5I14A 1L38A 228LA 187LA 195LA 2RB0X 3LZMA 252LA 1QS5A 180LA 1ZWNA 1L96A 1DYAA 1L36A 234LA 2RB2X 3HUQA 4ARMA 1L28A 3UONA 1L35A 1L81A 186LA 4DAJA 1L26A 3C7WA 239LA 4LDLA 1PQJA 1L01A 1L08A 4I7TA 3RUNA 3F9LA 138LA 1OVJA 141LA 1PQIA 221LA 4EPFA 152LA 199LA 148LE 1WTHA 109LA 3DMZA 3SB7A 162LA 3HT6A 1QT7A 1L83A 2ANXA 160LA 1L09A 3C8QA 150LA 1LGUA 1L43A 174LA 1L05A 3HTDA 3OE6A 4W54A 3F8VA 1L74A 1CU3A 1QT8A 2Z6BA 1C6QA 4I7PA 115LA 1L59A 1QT4A 226LA 236LA 1CV6A 1DYCA 2OU9A 4YXCA 2B72A 2RBPA 1QSBA 1CU5A 4EKSA 1P5CA 1DYGA 3GUJA 4EKRA 1DYEA 4LZMA 257LA 1P37A 1L68A 1L39A 1L92A 3HUAA 241LA 4W56A 1LYJA 3HDEA 1DYBA 3GUIA 3G3WA 237LA 4EXMA 1PQKA 3DN1A 3SB9A 1C6BA 251LA 3NY9A 1KW5A 1L88A 1TLAA 3VW7A 3DNAA 3SB8A 2RAYX 1C6MA 1C6LA 3DN2A 1CTWA 1KY0A 112LA 3DN3A 177LA 3HTBA 260LA 256LA 2OTYX 1L75A 1L64A 1L72A 1CU2A 122LA 2B6XA 1L79A 2LCBA 4IAPA 219LA 1G0PA 4K5YA 2RBSA 3FA0A 232LA 4S0WA 2RBQA 126LA 1QTBA 1T8FA 1L0JA 2O4WA 3NYAA 184LA 2NTHA 227LA 1L80A 1T8GA 1OV7A 1QTZA 2RBRA 1C6TA 1QT6A 1L20A 1L58A 4I7RA 1C6NA 5LZMA 1LWGA 214LA 1L87A 1L98A 1CU0A 107LA 4ARMB 1L67A 1L62A 1C6JA 1G0MA 1QTVA 4W55A 1L27A 1XJUA 1D3JA 250LA 3FI5A 2RH1A 1I6SA 171LA 1L33A 1C60A 1L07A 2RAZX 1SWZA 4I7SA 1PQOA 1L76A 1G1WA 1KY1A 1LGWA 1L49A 1L46A 261LA 1KNIA 1L42A 166LA 155LA 3HT9A 4W52A 244LA 1CU6A 1QSQA 210LA 3HUKA 220LA 2F2QA 1QTCA 164LA 3CDRA 3GUNA 3G3VA 3C7ZA 1OWZA 1L10A 3C8SA 3OE0A 2B73A 4ARQB 2A4TA 1L37A 1D3FA 2RBNA 151LA 1L56A 2QB0B 209LA 3HU8A 1L89A 1L14A 1QUOA 1ZURA 2B70A 1L25A 1L69A 2RB1X 4EKQA 1JTMA 4E97A 1L60A 2O79A 4OO9A 183LA 159LA 3OE8A 1C62A 4EKPA 4I7KA 2O7AA 4I7JA 1C6KA 1LI3A 1EPYA 1LYHA 1QS9A 3HH3A 1L84A 1C6IA 2B6ZA 1LWKA 254LA 2B74A 111LA 1L93A 211LA 1LPYA 144LA 1G0LA 1P46A 3HTGA 216LA 1C6HA 3SB6A 4I7OA 113LA 3DMVA 1C6CA 218LA 1DYFA 114LA 246LA 2OE4X 206LA 3SB5A 240LA 205LA 1L63A 258LA 4ARJA 1L86A 1C6FA 243LA 1QTHA 1LYEA 2HULA 4ZPUA 2OU8A 223LA 1G0GA 1XJTA 200LA 3HDFA 1C64A 1L19A 1D3NA 1L94A 1G0QA 2B6YA 1P7SA 1L23A 103LA 1K28A 1LYFA 248LA 3QAKA 1LYDA 139LA 102LA 156LA 1PQMA 176LA 1P2LA 259LA 255LA 253LA 1QUDA 2F32A 3HH6A 1L17A 1C66A 217LA 3DN6A 2B6WA 1JQUA 140LA 1DYDA 1L16A 4GBRB 1C67A 245LA 1L03A 1CVKA 262LA 185LA 4I7QA 4PK0A 1CV0A 1G0JA 175LA 182LA 1L15A 2B7XA 3V2YA 1T97A 1L61A 4PJZA 4YXAC 4YX7C 2LZMA 1CX6A 2B6TA 118LA 1L95A 3SN6R 3D4SA 3GUPA 1L66A 3PBLA 3DKEX 1KW7A 172LA 3FADA 4W51A 1LI2A 3K2RA 158LA 3L2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL1X 1DPXA 3RZ4A 125LA 3CDQA 1L29A 249LA 1L12A 2B5ZA 1L85A 1LJJA 1JTNA 4H8ZA 1C65A 1E8LA 1LJEA 5FDJA 2DQFC 1L48A 1L41A 2EPEA 163LA 4PJ2C 4I7NA 169LA 242LA 1GE0A 4ETBA 5LA8A 1J1PY 120LA 4RLNA 1JHLA 1P2RA 1REYA 3K3TA 4GCDA 2AUBA 1L24A 2F2NA 1WQPA 4NG8A 1QIOA 1KIQC 1CV4A 1TEWA 1LGXA 4LYBA 4E3UA 1BWIA 1OP9B 1OWYA 5ILCA 1IOQA 1AKIA 4NGVA 4LYOA 1C6GA 3C7YA 1QTDA 201LA 1NWGA 2HEEA 147LA 2F47A 1LJIA 1LSMA 4KXIA 4WLTA 1L0KA 2OE9X 3CDOA 1GD6A 1C45A 4ARQA 4OWCA 4NHSA 108LA 1DZBX 1HMLA 4N8ZA 4GN3A 1P36A 1FLUA 1JITA 1P56A 4HTQA 1GFVA 1LYOA 1SX2A 4Z98A 2RBOA 3V2WA 4W58A 4ZIXA 5LVGA 1OV5A 3HT8A 146LA 4XJGA 1D9WA 4YM8A 5B06A 4BAFA 1UACY 1GFGA 191LA 1XEPA 3RZEA 1JISA 229LA 224LA 3P66A 1ALCA 212LA 247LA 2BQOA 3A96A 4ET8A 1D6QA 3WUNA 2CGIA 1KS3A 1L65A 1L34A 3WU9A 153LA 2BQNA 2Q9DA 2Z19A 1L77A 2BQFA 5LIOA 1JKDA 3HU9A 1XFPL 1CV1A 4DD0A 1OUAA 1GB6A 4H93A 1IVMA 1IC4Y 3ZVQA 3W6AA 1QUGA 3GXKA 4DDCA 197LA 1CUPA 161LA 2BQAA 1L90A 1C69A 1L13A 1LMOA 1L32A 2G4PA 1L11A 4UWUA 3A8ZA 5E4PA 1B7QA 1BWHA 1C10A 2DQGY 187LA 195LA 2RB0X 3LZMA 252LA 3RU5A 1UIBA 4HV1A 3AB6A 1ZWNA 1L96A 1B7MA 1L36A 3ATOA 3HUQA 4ARMA 2IFFY 4DAJA 3LZ2A 3WPLA 4CGEA 3CT0A 4ZEEA 1GF5A 1GWDA 4EPFA 152LA 1LSYA 9LYZA 2FBBA 148LE 1B5VA 1FLYA 3DMZA 2A7DA 160LA 150LA 1L43A 1TCYA 4N1EI 174LA 1L05A 4W54A 2HEBA 4LYZA 1L74A 1CU3A 4OW1A 1C6QA 1L59A 226LA 3HBEX 3A91A 4II8A 1GBWA 1QSBA 3CSQA 4EKSA 3RT5X 4H9EA 2HEFA 5B05A 4LZMA 1B7SA 1L39A 5KXOA 1LYJA 3GUIA 1B5WA 237LA 251LA 4H9BA 4H8XA 2GV0A 4ETDA 1NHEA 3SB8A 1C6MA 1CTWA 112LA 3W3EA 177LA 3HTBA 2CWIA 1L75A 1F10A 1L64A 1LSBA 3LN2A 1D0LA 1GFHA 4ETAA 3EMSA 4NHIA 122LA 2B6XA 1G0PA 1IP4A 3FA0A 4CFPA 1NF5A 132LA 1LJ3A 2NTHA 3TMUA 1LHKA 1T8GA 1G7LC 2RBRA 1B5ZA 1IWYA 3TXIA 1LWGA 107LA 1LSAA 1L27A 4NHQA 4KPMA 154LA 4HTKA 2Q0MX 2FYDA 2YBMA 1L07A 4HPEA 4NSIA 3RNXA 5KXKA 1LHHA 2BLYA 2RSCA 1QUSA 1L42A 3TXGA 3LYTA 2ZYCA 4XJDA 1QSQA 220LA 1TDYA 2Z37A 1IP7A 3GUNA 4IATA 4LZTA 3G3VA 3C7ZA 4QDNA 3A90A 4XJHA 193LA 1IY3A 1L37A 1CJ8A 1FKVA 4NHPA 2EQLA 5I54A 1L89A 1L14A 1QUOA 1D0MA 1ZURA 1JJ0A 5DN4A 2B70A 1L25A 1P2CC 5B07A 1C08C 159LA 4G4HA 5LAFA 4EKPA 1LHJA 4I7JA 4DD3A 1IORA 1C6KA 1EPYA 1LYHA 1QS9A 2LYZA 1B7RA 2B6ZA 1GFUA 4I8SA 5I4WA 2MEEA 4I7OA 5APDA 2F4AA 1DYFA 1LMTA 4WL6A 3OK0A 206LA 3SB5A 240LA 4GN5C 205LA 258LA 1L86A 4G9SA 1QTHA 4Z3MA 223LA 1G0GA 3HDFA 1JKBA 4XYYA 4YEMA 4WLDA 1P7SA 2Y8PA 5FELA 1UIDA 103LA 1CKCA 1HFYA 1LYDA 1PQMA 3HH6A 1P2LA 2F32A 4RW2A 1LZSA 1C66A 1HNLA 3DN6A 2YBLA 1DYDA 3LYMA 3M3UA 4NHTA 2DQDY 1OUIA 1CV0A 3V2YA 1T97A 1L61A 1WQMA 3ATNA 1GB2A 4ET9A 1B7LA 4PJZA 1CX6A 3D4SA 4QEQA 5KKIA 172LA 1HF4A 4NEBA 1LI2A 3J6KA 4R0FA 4YF2A 4IJ4A 3L2XA 1JTPL 4LGKA 1LYZA 2BAAA 190LA 4WOAA 4DD7A 145LA 1L70A 1T8AA 198LA 3AW7A 5D5FA 3JR6A 142LA 5J7CA 1L06A 1L53A 3M18B 1YKZX 1OVKA 4WM6A 1GPQC 4ARLA 2BQLA 2LYMA 5JENB 1IIZA 1L82A 1IO5A 1UIEA 3C80A 1F6RA 1IWVA 1MLCE 1PS5A 2DQEY 5HMVA 1C63A 2Q9EA 3CSRA 1LSDA 5B1FA 2Z2EA 2L78A 1L57A 1LSPA 1JJ1A 1L21A 1IEEA 4DT3A 1ZV5L 129LA 4LYMA 1LZRA 4MR1A 3OJPA 1GHLA 1LHMA 238LA 4X3BA 4R6CA 1HEMA 4J0LA 1IR7A 1SSYA 4LT2A 4ARPA 1KXXA 1UIGA 3IJVA 4WMGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YL1 X;  1DPX A;  3RZ4 A;  125L A;  3CDQ A;  1L29 A;  249L A;  1L12 A;  2B5Z A;  1L85 A;  1LJJ A;  1JTN A;  4H8Z A;  1C65 A;  1E8L A;  1LJE A;  5FDJ A;  2DQF C;  1L48 A;  1L41 A;  2EPE A;  163L A;  4PJ2 C;  4I7N A;  169L A;  242L A;  1GE0 A;  4ETB A;  5LA8 A;  1J1P Y;  120L A;  4RLN A;  1JHL A;  1P2R A;  1REY A;  3K3T A;  4GCD A;  2AUB A;  1L24 A;  2F2N A;  1WQP A;  4NG8 A;  1QIO A;  1KIQ C;  1CV4 A;  1TEW A;  1LGX A;  4LYB A;  4E3U A;  1BWI A;  1OP9 B;  1OWY A;  5ILC A;  1IOQ A;  1AKI A;  4NGV A;  4LYO A;  1C6G A;  3C7Y A;  1QTD A;  201L A;  1NWG A;  2HEE A;  147L A;  2F47 A;  1LJI A;  1LSM A;  4KXI A;  4WLT A;  1L0K A;  2OE9 X;  3CDO A;  1GD6 A;  1C45 A;  4ARQ A;  4OWC A;  4NHS A;  108L A;  1DZB X;  1HML A;  4N8Z A;  4GN3 A;  1P36 A;  1FLU A;  1JIT A;  1P56 A;  4HTQ A;  1GFV A;  1LYO A;  1SX2 A;  4Z98 A;  2RBO A;  3V2W A;  4W58 A;  4ZIX A;  5LVG A;  1OV5 A;  3HT8 A;  146L A;  4XJG A;  1D9W A;  4YM8 A;  5B06 A;  4BAF A;  1UAC Y;  1GFG A;  191L A;  1XEP A;  3RZE A;  1JIS A;  229L A;  224L A; 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