1L17A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNVFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l17A00
4I7RA 252LA 1KW7A 4EKSA 3CDQA 1QT6A 2IGCA 4W57A 199LA 3CDTA 3OE9A 1LGUA 2OU9A 1D3FA 1L22A 1JTNA 1PQJA 151LA 1G0LA 1OWZA 1L06A 1LLHA 4LDLA 1QT5A 248LA 3HH5A 220LA 3V2YA 1L87A 205LA 2B75A 1L88A 3GUOA 1L42A 4I7KA 4ZPUA 216LA 196LA 1C6FA 1L37A 1CX6A 1QS5A 2B70A 3HT8A 219LA 2B6WA 2RBRA 2RBOA 4IAPA 1LYHA 191LA 4EXMA 113LA 187LA 1T97A 2RB2X 1QT7A 1OYUA 1CUPA 4OO9A 4W52A 1LYJA 1G07A 1P36A 1QTCA 1L95A 258LA 1L69A 4W51A 3RZEA 1C61A 3SB9A 225LA 3DN2A 1D3JA 3JR6A 1L65A 4GRVA 1KW5A 3PDSA 1C6TA 3QAKA 1L66A 127LA 224LA 3GUKA 1L11A 3GUIA 2OE4X 1LGXA 1P3NA 1C6GA 3C7WA 145LA 1OWYA 1KS3A 2LC9A 1P5CA 1G0QA 2B6XA 1L51A 1P7SA 1C60A 1L45A 3FA0A 3HDEA 1L55A 4YX7C 189LA 229LA 3HTBA 1C6HA 157LA 1L68A 5I14A 1OVHA 1G0KA 1L16A 3L64A 1L67A 1G0JA 1L31A 185LA 163LA 1L23A 1LYFA 245LA 238LA 4EPIA 1L97A 1L70A 1L79A 198LA 4W59A 112LA 162LA 3HT6A 1OV7A 1DYEA 1L92A 4I7LA 1L91A 1L62A 1NHBA 1L28A 1L81A 2B7XA 1L59A 1SWZA 1L36A 235LA 3OE6A 1T8GA 1CU2A 1L08A 1L71A 3G3WA 138LA 1L25A 1G06A 1CV5A 1L56A 1D9WA 1L52A 182LA 3GUNA 4I7SA 178LA 2L78A 131LA 1SWYA 4I7QA 169LA 139LA 1L64A 1L20A 2CUUA 1XJTA 2O7AA 2O79A 4DJHA 1B6IA 1DYCA 4EKPA 1L50A 215LA 3C8QA 111LA 4PJZA 3DN6A 1L53A 1L72A 1L04A 1C6JA 3C7ZA 2HUMA 1PQOA 3DN0A 1K28A 1T8FA 1LI6A 1L47A 141LA 144LA 1CV0A 1L61A 1TLAA 147LA 1L19A 2RBSA 160LA 126LA 2RAZX 1QTDA 1L43A 123LA 1L07A 1L27A 1L90A 1PQDA 3HH6A 184LA 1L98A 3GUPA 1L38A 3C80A 1QTVA 4I7PA 4AQNA 172LA 3HU8A 1L75A 1C6CA 1L49A 1L39A 1LYGA 2B73A 119LA 1L10A 186LA 177LA 108LA 233LA 1CUQA 2B6TA 3OE8A 3HUQA 3HH3A 250LA 1L21A 212LA 170LA 143LA 3HUKA 2A4TA 125LA 2NTGA 3HU9A 1L40A 2OTZX 1PQIA 243LA 175LA 3ODUA 2O4WA 2RAYX 211LA 1CX7A 1L76A 2OE7X 4ARPA 1L58A 1L30A 1KNIA 110LA 1LPYA 1P64A 1CV4A 2QB0B 4EKRA 166LA 1P46A 1LYEA 1D2YA 1JTMA 3SBAA 1C6IA 3DN4A 168LA 1QSBA 254LA 1XEPA 4E97A 1ZYTA 4DAJA 1DYAA 122LA 260LA 1QUOA 3C8SA 1QT8A 3PBLA 3HTGA 1L0JA 1L83A 1PQMA 1QTHA 2HUKA 2LCBA 159LA 3L2XA 4EPFA 1QSQA 2Q9DA 1L46A 231LA 3DMVA 2F2QA 4K5YA 1LGWA 4ARMA 3GUJA 1D3NA 1JQUA 2ANXA 1SSYA 1L94A 3HUAA 1C6PA 255LA 3VW7A 1D3MA 259LA 1L15A 1DYFA 3C81A 4W56A 4DKLA 102LA 176LA 247LA 223LA 1L13A 2RBPA 4LZMA 1L89A 4EKQA 2RBNA 1L80A 1P2RA 5LZMA 1L0KA 2RB1X 1C6EA 4I7NA 3EMLA 115LA 1LYIA 1L09A 1G1WA 1P6YA 2Z6BA 3GUMA 2LZMA 1L17A 3UONA 3DN8A 239LA 4ARLA 3NY8A 167LA 3OE0A 4ARMB 1CTWA 3DN1A 256LA 4GBRB 1C6MA 3G3XA 1C6QA 1L93A 1LI3A 1ZURA 200LA 3HH4A 120LA 146LA 1L32A 3DMXA 1C6LA 114LA 1L29A 1L05A 3C83A 240LA 3DN3A 103LA 173LA 2OU0X 4LDEA 1P37A 232LA 1DYDA 171LA 206LA 1T8AA 1G1VA 1P2LA 3CDVA 1QT4A 3FADA 161LA 3CDOA 244LA 137LA 2B72A 3C82A 230LA 1SX7A 1C66A 1LYDA 109LA 1KY1A 192LA 1I6SA 2B6ZA 7LZMA 2OEAX 3D4SA 214LA 3SB7A 1CU5A 1L86A 1T6HA 1OVJA 1OV5A 1C6KA 1C64A 195LA 218LA 1L82A 1L14A 262LA 1LWKA 1L48A 174LA 1WTHA 1ZWNA 1QUGA 1G0MA 1L34A 1LI2A 4PK0A 1L12A 4YXCA 1C6BA 1C6DA 1G0PA 2RBQA 3DKEX 129LA 1SX2A 1L35A 1L77A 236LA 1G0GA 2RB0X 1L26A 4EJ4A 1DYBA 197LA 3DNAA 1C62A 1DYGA 1EPYA 1L00A 1P56A 6LZMA 140LA 3C8RA 1C6AA 3K2RA 155LA 221LA 4W54A 226LA 251LA 1L85A 228LA 2OTYX 3C7YA 201LA 1CVKA 3SN6R 1LWGA 4I7JA 2B74A 164LA 107LA 1QUHA 1L63A 2HULA 1PQKA 3GULA 1L18A 4W58A 1L41A 2Q9EA 1XJUA 3HDFA 1C68A 1L73A 3F9LA 1L44A 261LA 1L60A 1D2WA 152LA 3RUNA 209LA 1L99A 150LA 118LA 253LA 1L24A 2F32A 3G3VA 3FI5A 1L03A 1L54A 4YXAC 217LA 2OU8A 257LA 1QT3A 227LA 3HTDA 183LA 4ARJA 165LA 190LA 1QUDA 249LA 1SSWA 4I7MA 1OVKA 188LA 1KY0A 3HWLA 4ARQA 1QS9A 181LA 3SB8A 4LDOA 4S0WA 213LA 222LA 2B6YA 1C6NA 3HT7A 3F8VA 2RH1A 3NY9A 128LA 2QARC 3SBBC 246LA 4I7OA 1L84A 3V2WA 1C69A 1L01A 3CDRA 1CV3A 1CV6A 1CV1A 104LA 1C63A 158LA 3HTFA 148LE 237LA 2ANVA 2F47A 1C65A 180LA 3NYAA 1L02A 3SB5A 149LA 1LW9A 4ARQB 1L33A 1CU6A 1L74A 234LA 2OE9X 142LA 3HT9A 210LA 1C67A 4W55A 3LZMA 4W53A 3SB6A 1L96A 156LA 1QTBA 241LA 2NTHA 1L57A 4I7TA 242LA 3DMZA 1CU0A 1QTZA 130LA 1CU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7MA 3B0IA 2Q0MX 199LA 1FLUA 1RI8B 3OE9A 4X3BA 151LA 1OWZA 1D9UA 1LLHA 3LYTA 1JKAA 3HH5A 1LAAA 3AB6A 3WVXA 1FBIX 3AZ4A 4HJVA 1ZVYB 1GB7A 1KIPC 4OWCA 3GUOA 1C6FA 4NHQA 3RU5A 1OUGA 3HT8A 1WTMA 4IAPA 1LYHA 9LYZA 2LYZA 1UCOA 4EXMA 5KKJA 1T97A 1OYUA 1PZYA 3N9CA 4W52A 4WLDA 1G07A 1P36A 1L95A 3N9EA 1L69A 1CJ6A 2EQLA 1C61A 5LYMA 3LZTA 225LA 4DD2A 4TWSA 3JR6A 1WVVA 3TXGA 2BAAA 2BQDA 1B7PA 1LZ1A 8LYZA 1LGXA 1P3NA 2ZQ3A 1C6GA 1GXXA 1OWYA 1KS3A 1C45A 1GF4A 3RZ4A 1G0QA 2F30A 2B6XA 2BQCA 3FA0A 1GF6A 4LT0A 229LA 1LSDA 3HTBA 157LA 1IOTA 5I14A 2ZYCA 1IC5Y 5HNLA 3EO5A 2BQJA 3LZ2A 2NWDX 245LA 1B5WA 1QTEA 238LA 1LJNA 2HUBA 5L9JA 1L70A 4N5RA 1YKZX 198LA 1OUHA 112LA 4EOFA 1OV7A 3LN2A 1DYEA 1L92A 1L91A 1LJFA 4LFXA 1I56A 1UIBA 1L28A 5LVGA 1GF5A 2B7XA 1L59A 3WPJA 4RW1A 4GLVA 1F6SA 1L36A 4LT3A 235LA 3AGIA 3TMUA 1CKHA 1LJGA 1T8GA 3A3RX 2DBTA 3WU9A 1CV5A 4LYZA 1D9WA 1IWUA 4NY5A 4I7SA 178LA 2L78A 4GN3A 131LA 1SWYA 7LYZA 4I7QA 1L64A 1L20A 3A91A 1HEPA 2O7AA 1DI3A 3M18B 215LA 1UIHA 1YL0X 3TXIA 1LMOA 2EIZC 4N1EI 1HC0A 3DN0A 2W1YA 1K28A 1T8FA 1JJ0A 144LA 1DZBX 1KIQC 2YBIA 3E3DA 147LA 160LA 1J1PY 2RAZX 1PQDA 3BKVA 1L98A 5LVKA 3TXKA 3C80A 1WQOA 1QTVA 4I7PA 172LA 4P2EA 1NF5A 1B7QA 5KXMA 1C6CA 1L39A 108LA 2B6TA 4WMGA 1YAMA 1IR8A 212LA 1UA6Y 4GN5C 170LA 2A4TA 2NTGA 2OTZX 175LA 1CX7A 1LMAA 2OE7X 4D9ZA 1KNIA 110LA 1LPYA 1CV4A 2QB0B 1LYEA 3SBAA 1EQ4A 3DN4A 2FBDA 4HTNA 1VATA 1OUBA 3VWOA 260LA 1CKGA 3C8SA 1QTHA 2G4PA 3CSQA 1XFPL 1Z55A 2I6ZA 231LA 4DD7A 4W96A 3GUJA 4HPEA 5KY1A 4QY9A 2FYDA 1L94A 1LSBA 3HUAA 255LA 4YENA 1DYFA 176LA 2LYOA 1GBWA 1E8LA 2RBPA 4EKQA 4I0CA 1XGQC 5LXWA 4WG1A 1L0KA 1EL1A 2RB1X 4I7NA 4ETEA 115LA 1LYIA 1P6YA 1G1WA 3ULRA 4PRUA 4UWUA 4H92A 2XBRA 1CKDA 3LYZA 1CTWA 4H9HA 1IY4A 1GXV2 1LI3A 3W6DA 3AGGG 1GEZA 1I1ZA 4H1PA 1C6LA 1HEWA 240LA 1W08A 3B0OA 173LA 1IWWA 2OU0X 4LGKA 1B5XA 5FELA 1DYDA 206LA 1F10A 1YL1X 1QT4A 1C7PA 5KXNA 4M4OA 1GD6A 5APCA 1HERA 2B72A 4OWBA 109LA 1KY1A 1UIDA 192LA 2OEAX 4RLNA 5LYTA 1L82A 1LWKA 1L48A 174LA 1WTHA 3WVYA 3WW5A 4WM4A 1LZSA 1LI2A 1LZYA 4ML7A 1L12A 3QY4A 1QTKA 3TXBA 1HFXA 5D5CA 2RBQA 3DKEX 1L35A 1G0GA 2RB0X 4DD3A 1EPYA 1L00A 1LSAA 1REXA 1IP2A 3SN6R 1REYA 2CJLA 2G4NA 1LMNA 1G7JC 107LA 1IC4Y 2B5ZA 5HMJA 1IO5A 5APDA 3HDFA 1C68A 1L44A 3AYQA 2VB1A 3CQLA 4C3WA 209LA 118LA 1L24A 1MELL 3G3VA 1JPOA 1BWIA 5C6IA 4H94A 1XEKA 1L54A 4O34A 3J4GA 1LSYA 2OU8A 1QT3A 2Y8PA 1LJKA 4B49A 1IC7Y 4ARJA 4LYBA 165LA 194LA 1SSWA 1TEWA 2CWIA 3TMVA 1EQEA 4LYCA 1UC0A 2BQKA 1XGUC 3HT7A 2RH1A 4I7OA 1LMQA 4BAFA 1L01A 1GFJA 1LZBA 104LA 158LA 1ALCA 2XJWA 1O23A 1L02A 1XGRC 2CDSA 1CU6A 1IP4A 2OE9X 1GBOA 5B06A 1JKDA 1F0WA 1C67A 156LA 3CSZA 1LSCA 1RFPA 3WPLA 1V7SA 5F9UA 242LA 4LT2A 1P2CC 5I4WA 1CU0A 2GV0A 1CU3A 4I7RA 3EMSA 4EKSA 1GF8A 2HEFA 1B7SA 4XADA 4W57A 1LGUA 2OU9A 1L22A 1JTNA 1WQPA 1UBZA 2EKSC 1LPIA 1QT5A 1FKQA 4HSFA 3V2YA 3ZVQB 1L87A 4DDBA 4KXIA 1L88A 2DQAA 1GFVA 1L37A 1UIEA 2B70A 5LAFA 2RBRA 1LZEA 1PS5A 2HU1A 3WYHA 3IJVA 3A8ZA 1LYJA 3RZEA 1JSEA 2ZIKA 1GB8A 3T36A 4BADA 1KW5A 3PDSA 1L66A 4RW2A 5KXOA 3GUKA 1GE4A 3WXTA 3ATOA 3C7WA 4GCEA 2D91A 1OP9B 1DI4A 4KT3A 1GE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QUG A;  1G0M A;  1L34 A;  1LI2 A;  4PK0 A;  1L12 A;  4YXC A;  1C6B A;  1C6D A;  1G0P A;  2RBQ A;  3DKE X;  129L A;  1SX2 A;  1L35 A;  1L77 A;  236L A;  1G0G A;  2RB0 X;  1L26 A;  4EJ4 A;  1DYB A;  197L A;  3DNA A;  1C62 A;  1DYG A;  1EPY A;  1L00 A;  1P56 A;  6LZM A;  140L A;  3C8R A;  1C6A A;  3K2R A;  155L A;  221L A;  4W54 A;  226L A;  251L A;  1L85 A;  228L A;  2OTY X;  3C7Y A;  201L A;  1CVK A;  3SN6 R;  1LWG A;  4I7J A;  2B74 A;  164L A;  107L A;  1QUH A;  1L63 A;  2HUL A;  1PQK A;  3GUL A;  1L18 A;  4W58 A;  1L41 A;  2Q9E A;  1XJU A;  3HDF A;  1C68 A;  1L73 A;  3F9L A;  1L44 A;  261L A;  1L60 A;  1D2W A;  152L A;  3RUN A;  209L A;  1L99 A;  150L A;  118L A;  253L A;  1L24 A;  2F32 A;  3G3V A;  3FI5 A;  1L03 A;  1L54 A;  4YXA C;  217L A;  2OU8 A;  257L A;  1QT3 A;  227L A;  3HTD A;  183L A;  4ARJ A;  165L A;  190L A;  1QUD A;  249L A;  1SSW A;  4I7M A;  1OVK A;  188L A;  1KY0 A;  3HWL A;  4ARQ A;  1QS9 A;  181L A;  3SB8 A;  4LDO A;  4S0W A;  213L A;  222L A;  2B6Y A;  1C6N A;  3HT7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7M A;  3B0I A;  2Q0M X;  199L A;  1FLU A;  1RI8 B;  3OE9 A;  4X3B A;  151L A;  1OWZ A;  1D9U A;  1LLH A;  3LYT A;  1JKA A;  3HH5 A;  1LAA A;  3AB6 A;  3WVX A;  1FBI X;  3AZ4 A;  4HJV A;  1ZVY B;  1GB7 A;  1KIP C;  4OWC A;  3GUO A;  1C6F A;  4NHQ A;  3RU5 A;  1OUG A;  3HT8 A;  1WTM A;  4IAP A;  1LYH A;  9LYZ A;  2LYZ A;  1UCO A;  4EXM A;  5KKJ A;  1T97 A;  1OYU A;  1PZY A;  3N9C A;  4W52 A;  4WLD A;  1G07 A;  1P36 A;  1L95 A;  3N9E A;  1L69 A;  1CJ6 A;  2EQL A;  1C61 A;  5LYM A;  3LZT A;  225L A;  4DD2 A;  4TWS A;  3JR6 A;  1WVV A;  3TXG A;  2BAA A;  2BQD A;  1B7P A;  1LZ1 A;  8LYZ A;  1LGX A;  1P3N A;  2ZQ3 A;  1C6G A;  1GXX A;  1OWY A;  1KS3 A;  1C45 A;  1GF4 A;  3RZ4 A;  1G0Q A;  2F30 A;  2B6X A;  2BQC A;  3FA0 A;  1GF6 A;  4LT0 A;  229L A;  1LSD A;  3HTB A;  157L A;  1IOT A;  5I14 A;  2ZYC A;  1IC5 Y;  5HNL A;  3EO5 A;  2BQJ A;  3LZ2 A;  2NWD X;  245L A;  1B5W A;  1QTE A;  238L A;  1LJN A;  2HUB A;  5L9J A;  1L70 A;  4N5R A;  1YKZ X;  198L A;  1OUH A;  112L A;  4EOF A;  1OV7 A;  3LN2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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