1L18A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNYFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l18A00
1L53A 2RB1X 3FADA 180LA 1L08A 1XEPA 2B72A 2OEAX 4I7MA 1L14A 2LCBA 1C64A 1L33A 1KY0A 1P46A 195LA 1L36A 1C65A 1L43A 1SSYA 4LDLA 1OVJA 2RBRA 1JTMA 1L81A 1LGXA 1L04A 4W52A 257LA 3FA0A 4ARMA 1L47A 3G3VA 1P7SA 4S0WA 233LA 3GUOA 3C82A 4EPFA 144LA 238LA 1KW7A 1CU0A 227LA 1CV4A 199LA 1C6DA 4I7QA 230LA 3C7ZA 1D9WA 3VW7A 1QUHA 3GUMA 4W58A 1P2LA 164LA 1L61A 232LA 1C6MA 1L97A 5LZMA 1L91A 1P56A 223LA 3SB6A 1L62A 3C7WA 215LA 225LA 4YX7C 3EMLA 102LA 1CV0A 2B6XA 1L86A 1QTBA 113LA 1LYHA 3CDVA 2HULA 142LA 1ZWNA 2LZMA 1CUPA 1OV5A 3K2RA 189LA 4K5YA 131LA 1CVKA 1KNIA 1L20A 1L67A 1L94A 211LA 2OU0X 4W51A 190LA 156LA 1KY1A 1P36A 1CX6A 187LA 1C6CA 3HWLA 243LA 1L64A 140LA 1DYBA 231LA 176LA 250LA 213LA 4LDEA 1LYIA 4AQNA 1L13A 1L39A 1XJUA 3HT9A 2RB0X 2HUMA 1L66A 4W55A 3SN6R 3G3WA 3SBBC 4ARMB 1K28A 3GULA 216LA 165LA 3NY9A 1L15A 3HT6A 3OE6A 1L88A 3SB9A 224LA 3OE8A 2OTZX 1LPYA 219LA 1L71A 188LA 1QTHA 143LA 151LA 119LA 1G0QA 1L03A 1L98A 1QT7A 2O7AA 4ZPUA 3HTFA 4EKQA 2F47A 1T8FA 1WTHA 4ARPA 1LYFA 1L77A 1L12A 2RBQA 1L30A 1SX2A 1QTVA 1G0LA 214LA 1L31A 1L0JA 104LA 246LA 155LA 210LA 1C6NA 3OE0A 4LDOA 1L59A 1C60A 108LA 2RBSA 147LA 4PJZA 115LA 1OWYA 226LA 1QT3A 3SB7A 152LA 120LA 1CV3A 1L0KA 1G0KA 1QTZA 1CU5A 158LA 1L89A 1L69A 2B6ZA 3F9LA 4I7TA 7LZMA 130LA 1C6IA 149LA 2O79A 2RAZX 1L96A 1L63A 1L72A 2QARC 4DKLA 1L07A 229LA 3GUNA 2RBPA 1LI6A 1L79A 1OVKA 1L50A 1T8GA 4GBRB 4W54A 2OE4X 110LA 163LA 2Q9EA 107LA 1L02A 2F32A 1OV7A 1C6QA 1L54A 1L65A 2L78A 3HH5A 1L84A 1C6AA 1G0GA 3CDOA 1L82A 3JR6A 201LA 1I6SA 248LA 1QT6A 4I7PA 2B7XA 103LA 1L24A 3GUIA 1L28A 261LA 1P37A 3RUNA 1D3NA 1KS3A 2Q9DA 1C69A 1L51A 1L46A 1QUGA 234LA 1QSBA 2B70A 1OYUA 1CU6A 157LA 1L58A 114LA 2B74A 1C6TA 1ZURA 1SWYA 2O4WA 4ARLA 1L34A 1L42A 111LA 1TLAA 4EKPA 3NYAA 4YXAC 128LA 242LA 1L17A 217LA 3DKEX 1QSQA 1T6HA 3CDRA 1L55A 2B6TA 1CV5A 2B75A 1L27A 3F8VA 1D3MA 3HT8A 1CV1A 168LA 191LA 1C61A 205LA 118LA 181LA 1L38A 251LA 1LYEA 2QB0B 1G1WA 1L68A 3HH6A 1D3FA 1L22A 3GUKA 245LA 1L48A 184LA 3DMXA 1C6FA 1L52A 1G07A 2OU9A 4ARQA 4I7OA 1L19A 1P2RA 1C6BA 1L49A 3C7YA 1KW5A 1L99A 3HH3A 3HDEA 1C67A 2ANXA 3DN1A 109LA 256LA 3DNAA 1C68A 178LA 1L23A 222LA 141LA 1LLHA 4IAPA 3V2YA 3GUPA 3HUAA 1D2YA 3HTBA 1LGUA 3PDSA 1LYGA 1PQDA 3HH4A 3UONA 1C63A 3C81A 1LI2A 192LA 2B6YA 1L09A 249LA 2HUKA 1C6GA 1OVHA 196LA 4I7KA 1LWKA 3SBAA 1L01A 4W59A 3C8SA 1G0MA 3NY8A 1L56A 255LA 3SB8A 127LA 1G1VA 1L00A 4YXCA 212LA 206LA 1QT8A 1SWZA 1L21A 1SX7A 1L11A 139LA 170LA 4EKRA 1D2WA 4I7LA 3V2WA 161LA 169LA 1DYDA 3L64A 3C80A 3HDFA 171LA 1PQKA 4ARQB 258LA 1QUOA 4DAJA 235LA 1PQJA 1L75A 209LA 3C8QA 4W56A 160LA 3G3XA 228LA 1JQUA 1L16A 1CX7A 3HTGA 259LA 3DMZA 1JTNA 3HU9A 1DYCA 1LYJA 1DYGA 4GRVA 2RH1A 1P5CA 4ARJA 221LA 1OWZA 200LA 1L95A 1L26A 1C6JA 3GUJA 2NTHA 4I7JA 3HTDA 4W57A 3PBLA 3DMVA 3DN3A 1L57A 1DYEA 6LZMA 1QTCA 1CUQA 1C6PA 237LA 1L45A 166LA 1L40A 3DN6A 1L60A 4PK0A 3C8RA 2LC9A 1LWGA 146LA 145LA 2RBNA 175LA 167LA 3DN4A 1QS9A 1L92A 1L44A 1NHBA 1G06A 2F2QA 3HUQA 1QTDA 1L35A 252LA 1T8AA 1L93A 5I14A 198LA 4EPIA 1L80A 150LA 129LA 4DJHA 241LA 1C6KA 254LA 1DYAA 4W53A 1XJTA 112LA 3DN8A 1G0PA 240LA 1DYFA 162LA 1QS5A 1C6LA 2RBOA 4I7NA 123LA 1L32A 1LI3A 1C66A 1LW9A 3HU8A 3RZEA 2B73A 1QT4A 1L85A 4E97A 4EKSA 4EJ4A 126LA 1CU2A 1LYDA 1P64A 1T97A 1QT5A 185LA 183LA 262LA 3CDTA 2B6WA 3CDQA 2NTGA 173LA 253LA 122LA 218LA 1C6HA 3OE9A 3DN0A 1L06A 2OE7X 2A4TA 3D4SA 3HUKA 1P6YA 1PQOA 4LZMA 1L74A 1D3JA 247LA 1CU3A 1C62A 1P3NA 3LZMA 1L05A 1G0JA 1L18A 239LA 186LA 137LA 1L90A 3L2XA 172LA 174LA 1L29A 1L41A 1L10A 1L70A 220LA 138LA 1CV6A 244LA 1PQIA 177LA 3ODUA 1B6IA 1CTWA 4OO9A 1L25A 260LA 197LA 236LA 2Z6BA 148LE 4I7RA 3HT7A 1L37A 2RAYX 3QAKA 2OE9X 4I7SA 3FI5A 1EPYA 1ZYTA 3DN2A 182LA 1SSWA 2OU8A 2RB2X 1L76A 3SB5A 1LGWA 1L73A 1L83A 1QUDA 2ANVA 3C83A 2IGCA 159LA 1L87A 125LA 2OTYX 4EXMA 1C6EA 2CUUA 1PQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZEA 2BQBA 3FADA 2OEAX 4GN5C 4LT1A 1C64A 1KY0A 1P46A 4NGYA 1C65A 2Z12A 1OVJA 3FI7A 3WXUA 2AUBA 1L81A 1LHIA 4W52A 3W6EA 5LVHA 5KXZA 4ARMA 3G3VA 3WVYA 227LA 1CV4A 4H90A 199LA 5C6LA 1D9WA 4DWXA 3GUMA 4NGIA 3G3AB 1GF9A 4ETCA 5FCPA 3HBHA 1VAUA 1L97A 4ETBA 223LA 3SB6A 3C7WA 4C5FA 215LA 4TSCA 4YX7C 102LA 1CV0A 5LYZA 1UA6Y 1KXYA 3CDVA 2HULA 142LA 4WO9A 1GF0A 2XTHA 4K5YA 4XJGA 1KNIA 4B49A 4W51A 5A3EA 156LA 1T6VL 1JIYA 1L64A 1GFUA 1LYIA 1LZYA 4AQNA 1HERA 1L13A 4J1AA 3LN2A 1LHLA 5FDJA 1L66A 5HMJA 4ARMB 2Z39A 165LA 2EIZC 1I1ZA 6LYZA 3OE8A 1LZ1A 5T3FA 1JSFA 1LSBA 2YBJA 5APEA 1WVVA 3WUNA 1KIPC 1HEQA 4XJFA 1UBZA 188LA 4LT0A 151LA 4H8YA 5E4PA 1YL1X 2O7AA 4ZPUA 4GN4A 3A3QA 4ZFPA 1A2YC 1LZSA 1T8FA 2MEBA 4XJHA 3TMWA 1IC7Y 1CJ6A 1BVXA 4NGKA 2BQFA 1CKCA 2BQHA 3OE0A 104LA 155LA 4LDOA 1C6NA 1L59A 1QDTA 226LA 2MEEA 3SB7A 120LA 2HEAA 1L0KA 4NEBA 4I7TA 7LZMA 1C6IA 3EBAB 149LA 4EMNA 2RAZX 1GBZA 3N9AA 2QARC 1L63A 1L72A 1VDQA 2CGIA 3GUNA 4DD9A 1L50A 3B0OA 2DQGY 5LAGA 4GBRB 4W54A 1H6MA 1XEJA 2OE4X 2DQFC 2Q9EA 4WM6A 1LMOA 107LA 2D4IA 1BQLY 1L54A 2Q0MX 4MR1A 201LA 1I6SA 4I7PA 2B7XA 103LA 1L24A 261LA 1RJCB 1HFXA 2FYCA 1KS3A 3OJPA 2DQAA 4N9RA 4BAPA 1L46A 1QUGA 4FDYA 4GCEA 1G7IC 114LA 1OUEA 1N4FA 2O4WA 4QGZA 4DT3A 5I54A 242LA 4HPIA 5B07A 2B6TA 1SQ2L 5L9JA 3F8VA 1D3MA 4HSFA 5I4YA 191LA 1HSXA 1C61A 4MSTA 1LYEA 3WL2A 1L68A 3LYTA 4TTDA 1CKFA 245LA 184LA 1G07A 5LYTA 2OU9A 4ARQA 1GFVA 1L19A 3B72A 3CB7A 1C6BA 4NHTA 2ANXA 1ZV5L 1L23A 1DQJC 1LLHA 3HUAA 1IP7A 2F2NA 1SLYA 3HH4A 1IWVA 2LZTA 4UWVA 1FN5A 1B0DA 1L09A 249LA 2HUKA 5KXNA 1GB0A 3RT5X 4I7KA 1L01A 1IOSA 1L56A 255LA 2Y8PA 3QNGA 4DQJA 4H1PA 3QY4A 1LYSA 1KXWA 1I56A 1L11A 1B5WA 1BB5A 1DYDA 3C80A 1LMCA 1B2KA 4ARQB 1JKCA 1QUOA 235LA 1L75A 2IHLA 2EQLA 5I5QA 5B59A 1GBOA 1IOQA 2YBHA 1DKKA 1BWHA 2YBIA 4NY5A 4PRUA 2H5ZA 4HV1A 1V7SA 3W6CA 3HTDA 1AT6A 2BQDA 3DN3A 4GCFA 1J1XY 237LA 1L45A 4NSGA 4NSJA 2WARA 5IHGA 3AGHA 1LWGA 175LA 1L92A 1L44A 1LJFA 4XADA 1QTEA 1NHEA 1YIKA 1HEPA 2Z2FA 4H9FA 150LA 4DJHA 4OWEA 4HTNA 4DD3A 1XJTA 1G0PA 1LZ4A 4TWSA 4TUNA 3HU8A 3RZEA 4PJ2C 1HEWA 2B73A 1QT4A 1J1PY 4EJ4A 3WUAA 3LZTA 5C6JA 1CKGA 1UICA 3EO5A 2CDSA 1F0WA 1V7TA 3T6UA 1LMPA 1G7MC 3ZVQA 1REMA 1QT5A 1C7PA 3TMXA 2H9KA 262LA 2DKVA 1LZTA 253LA 2ZNWY 5J7CA 1CKHA 218LA 1HFYA 4OW1A 1WTNA 1PZYA 4H91A 4CFPA 4ET8A 4ANRA 4AGAA 5HNLA 2BQAA 239LA 3P66A 2D6BA 1L41A 1L10A 2MEDA 4KL7A 4Z3MA 3WU7A 3A92A 1D9UA 1L25A 2Z6BA 2OE9X 1EPYA 1MLCE 1J1OY 5FHWA 2MEAA 1MELL 2LHMA 3W3EA 2DQEY 3E3DA 5HMVA 1JKDA 1ALCA 1XEIA 1JWRA 1IWXA 2ANVA 2IGCA 1UC0A 4PRQA 4WM3A 2LCBA 5KXYA 2HEBA 2ZQ3A 195LA 1AM7A 4X3BA 1LZ9A 1GHLA 1SSYA 4GCBA 2RBRA 1JHLA 4NGJA 3ZEKA 257LA 4NHSA 5KXSA 1L47A 3CSZA 4NHQA 2D91A 4S0WA 3GUOA 3WPJA 3OK0A 4EPFA 4YOPA 3WU8A 5KKJA 3C7ZA 1UIEA 5C6IA 1UCOA 1P2LA 164LA 2F4GA 3AGIA 2I26L 5LZMA 1P56A 1IWYA 3EMLA 1GB7A 2BQLA 1A4VA 5KJ9A 153LA 1LZ8A 1LYHA 4LYBA 3K2RA 1CUPA 4HJZA 1IY3A 131LA 4LZTA 211LA 1LJHA 2Z37A 3G3BB 190LA 1CX6A 4RW2A 3AZ7A 1GBXA 3BKVA 4EOFA 1XJUA 3HT9A 3N9CA 1JJ0A 4LFXA 2HUMA 3A6CY 1UIFA 3SBBC 3NY9A 3OE6A 3HT6A 3SB9A 1L88A 1G7HC 1GB8A 1YROA 3P64A 1AT5A 4RW1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZE A;  2BQB A;  3FAD A;  2OEA X;  4GN5 C;  4LT1 A;  1C64 A;  1KY0 A;  1P46 A;  4NGY A;  1C65 A;  2Z12 A;  1OVJ A;  3FI7 A;  3WXU A;  2AUB A;  1L81 A;  1LHI A;  4W52 A;  3W6E A;  5LVH A;  5KXZ A;  4ARM A;  3G3V A;  3WVY A;  227L A;  1CV4 A;  4H90 A;  199L A;  5C6L A;  1D9W A;  4DWX A;  3GUM A;  4NGI A;  3G3A B;  1GF9 A;  4ETC A;  5FCP A;  3HBH A;  1VAU A;  1L97 A;  4ETB A;  223L A;  3SB6 A;  3C7W A;  4C5F A;  215L A;  4TSC A;  4YX7 C;  102L A;  1CV0 A;  5LYZ A;  1UA6 Y;  1KXY A;  3CDV A;  2HUL A;  142L A;  4WO9 A;  1GF0 A;  2XTH A;  4K5Y A;  4XJG A;  1KNI A;  4B49 A;  4W51 A;  5A3E A;  156L A;  1T6V L;  1JIY A;  1L64 A;  1GFU A;  1LYI A;  1LZY A;  4AQN A;  1HER A;  1L13 A;  4J1A A;  3LN2 A;  1LHL A;  5FDJ A;  1L66 A;  5HMJ A;  4ARM B;  2Z39 A;  165L A;  2EIZ C;  1I1Z A;  6LYZ A;  3OE8 A;  1LZ1 A;  5T3F A;  1JSF A;  1LSB A;  2YBJ A;  5APE A;  1WVV A;  3WUN A;  1KIP C;  1HEQ A;  4XJF A;  1UBZ A;  188L A;  4LT0 A;  151L A;  4H8Y A;  5E4P A;  1YL1 X;  2O7A A;  4ZPU A;  4GN4 A;  3A3Q A;  4ZFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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