1L22A

Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQGRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l22A00
2B75A 4AQNA 2OU0X 3GUMA 1L95A 3HTBA 1L54A 4EKSA 2B6TA 1LYHA 1L62A 192LA 166LA 1L68A 1PQMA 146LA 112LA 4W53A 213LA 3HWLA 1LYFA 1B6IA 182LA 1LYEA 1CVKA 2B6WA 3HDEA 206LA 157LA 3ODUA 4DAJA 224LA 1C6JA 1P3NA 3HH3A 129LA 1L76A 1D3NA 3FA0A 3HT6A 217LA 2RAZX 171LA 1G0KA 4YXCA 1T97A 1L24A 169LA 259LA 1P64A 1QT8A 1L83A 1L81A 1G0PA 3DMVA 4ARMB 4GBRB 4W52A 3JR6A 4I7QA 143LA 3C81A 1P6YA 220LA 2RBSA 2B72A 4GRVA 230LA 4EJ4A 3DKEX 3QAKA 1L94A 4ARPA 4W57A 1L67A 178LA 4DJHA 1L43A 1CU3A 1DYDA 109LA 2O7AA 4W56A 123LA 1D2WA 1LLHA 1L45A 1C6PA 151LA 1PQKA 1QTZA 4I7PA 1C6HA 1CU0A 260LA 198LA 1LYJA 1L38A 2L78A 1L20A 1KNIA 1C6TA 1PQJA 3OE8A 1L85A 1OWYA 1CUQA 1SWZA 2RB1X 1PQOA 108LA 1C60A 3HUQA 1SSWA 3SB5A 2HULA 4EKPA 1ZYTA 205LA 186LA 3GUNA 1C63A 1L26A 1L50A 188LA 170LA 3V2YA 1QTVA 1ZURA 145LA 2RBPA 168LA 2OEAX 141LA 3OE9A 1I6SA 1QT7A 3DN3A 1D9WA 3F8VA 3HUKA 1L28A 160LA 4ARQA 248LA 3HT7A 1G0JA 1L32A 1KW5A 1L97A 200LA 2HUKA 3C7WA 3GULA 1L07A 1ZWNA 1L37A 173LA 2B6YA 2QARC 1NHBA 1QT3A 184LA 1C6KA 1L05A 1L61A 1L44A 1L65A 113LA 185LA 2OE4X 3V2WA 3L2XA 238LA 1L53A 1G07A 1LWKA 3C8QA 126LA 1EPYA 1L51A 1L92A 3HUAA 1L82A 2B6XA 210LA 174LA 1CV3A 1C6DA 140LA 236LA 1DYBA 1L71A 1L49A 3C7YA 5I14A 1L69A 257LA 115LA 1P46A 233LA 209LA 4I7OA 261LA 2IGCA 1L18A 3UONA 1C67A 249LA 1P2LA 1T6HA 3GUIA 3G3XA 2RBOA 246LA 190LA 2NTHA 1L79A 1C68A 2OE7X 1L03A 138LA 241LA 2B6ZA 1L25A 1CV4A 1P7SA 149LA 1PQDA 2F2QA 214LA 1PQIA 1L22A 3C80A 4EXMA 1C64A 1L96A 122LA 1L99A 3NY8A 3DN0A 1LGXA 4W58A 2B7XA 3DNAA 104LA 1OV7A 221LA 4EKQA 1L59A 3HT9A 4ZPUA 1SSYA 211LA 1C6LA 2HUMA 2OU9A 4I7JA 107LA 120LA 2A4TA 1L90A 227LA 2RH1A 3VW7A 2RBQA 262LA 2B74A 130LA 2RB0X 4I7TA 3DMZA 3RZEA 1C6AA 256LA 1L27A 191LA 1C6BA 1G0GA 2RAYX 148LE 167LA 3C8SA 2LCBA 3SBBC 4K5YA 177LA 2OTYX 142LA 1L75A 1L64A 139LA 162LA 1L89A 222LA 247LA 3F9LA 1LI3A 1G0LA 1L87A 1L60A 1L11A 223LA 3C82A 3CDTA 1QT6A 172LA 3OE6A 147LA 1L47A 2F47A 1L02A 4ARMA 165LA 150LA 1CX7A 3GUPA 215LA 2OU8A 3HU9A 1C65A 1CUPA 128LA 1L14A 4EPFA 1OWZA 1L36A 103LA 1P5CA 1QUDA 1L19A 225LA 1D3MA 1C6EA 253LA 1G0MA 199LA 1C69A 4W51A 1K28A 1QTDA 1L16A 3RUNA 2RBNA 3DMXA 1LGWA 244LA 3SBAA 216LA 3DN4A 1L34A 1L57A 4YXAC 4W59A 3CDVA 1G06A 1JQUA 1CV5A 1CU2A 3K2RA 2F32A 196LA 2RBRA 4S0WA 1SWYA 119LA 1L48A 180LA 1D3JA 1L91A 252LA 2B73A 201LA 226LA 118LA 3CDRA 3LZMA 2O4WA 1CU6A 127LA 2OTZX 1LWGA 3NYAA 228LA 4DKLA 1QT5A 1SX2A 1C62A 1KS3A 1KY0A 4YX7C 2ANVA 3EMLA 1CTWA 229LA 189LA 3C7ZA 1L58A 1L74A 1L77A 218LA 1OV5A 131LA 1DYCA 1C6QA 3SB9A 1C61A 242LA 1LW9A 3DN1A 4I7LA 4PK0A 3HT8A 1T8AA 1D3FA 197LA 3HH6A 1LI6A 1OVHA 164LA 1L10A 1C6NA 1L06A 2NTGA 3G3VA 3HH5A 4ARJA 3GUJA 181LA 245LA 1L72A 2OE9X 1QUGA 1KW7A 219LA 234LA 159LA 175LA 1L01A 1L56A 1L33A 1L86A 1LYGA 1L55A 3FADA 1L41A 3GUKA 237LA 1LYDA 4W55A 137LA 3PDSA 1L30A 2Q9EA 3HTDA 1CV6A 3G3WA 4LDOA 1T8GA 1XJUA 4PJZA 3NY9A 4LDEA 1L0JA 2LC9A 3C8RA 1L88A 1L80A 4I7SA 2Q9DA 1QTBA 1L08A 3D4SA 4I7NA 1QS9A 125LA 1WTHA 239LA 1L31A 1DYAA 1L40A 1QUHA 1P36A 1C6CA 1T8FA 3DN6A 3OE0A 1L98A 1L04A 2ANXA 1L70A 1CV1A 3HTGA 4EKRA 102LA 1L73A 176LA 187LA 258LA 2QB0B 4IAPA 1SX7A 1LI2A 1LGUA 3CDQA 2RB2X 1DYFA 1G0QA 6LZMA 1L12A 2Z6BA 1QS5A 250LA 1CU5A 195LA 3HTFA 1L35A 1L52A 4ARQB 1OVKA 1L29A 1LYIA 1G1WA 1L63A 3CDOA 1C6MA 231LA 163LA 3DN8A 114LA 1P2RA 3DN2A 111LA 254LA 3FI5A 4LDLA 4I7MA 1L09A 1L23A 1QSQA 1LPYA 3HDFA 1L93A 1QSBA 240LA 4ARLA 161LA 4LZMA 3HH4A 1CX6A 1P56A 1CV0A 1OVJA 243LA 156LA 1L84A 183LA 2O79A 5LZMA 3GUOA 3C83A 1C66A 4E97A 3L64A 2LZMA 212LA 110LA 3HU8A 251LA 158LA 7LZMA 1TLAA 1KY1A 1XJTA 1QUOA 1C6GA 1G1VA 255LA 2CUUA 1L21A 3SB8A 3PBLA 1QTHA 1DYEA 232LA 3SB6A 4EPIA 1L66A 144LA 3SB7A 2B70A 1XEPA 235LA 1P37A 4I7KA 155LA 1JTMA 1OYUA 1C6IA 1L17A 3SN6R 1D2YA 1QT4A 1JTNA 1L39A 1L46A 4I7RA 1L13A 1C6FA 1L42A 1L00A 1L0KA 1L15A 152LA 4W54A 1QTCA 4OO9A 1DYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B75A 1YKXX 1JITA 3HTBA 4J1AA 2LZ2A 4DT3A 1L62A 192LA 166LA 1LMNA 213LA 3HWLA 2MEHA 1B6IA 4DD3A 1HFZA 1UUZC 3WUNA 1B0DA 4GCCA 1CVKA 2B6WA 3MGWA 2HUBA 3HDEA 3P64A 157LA 1JTOL 1B5XA 1C6JA 3WUAA 3AW6A 2YBHA 3B0KA 217LA 2RAZX 5I4XA 171LA 1T97A 3KAMA 1B5YA 1OP9B 1QUSA 1LZ4A 5FHWA 2N5ZA 2BQDA 1GFHA 4H8ZA 4HJVA 1L83A 4N9RA 5D5FA 4W52A 5L3IA 4GCBA 1LJEA 1LZ5A 1OUAA 1JTTL 1P6YA 2RBSA 3DKEX 1I56A 2BQLA 1CJ8A 3TXHA 1L67A 2VB1A 2DQCY 5B07A 1IVMA 1CU3A 4DQ5A 1LSBA 1IP5A 1L45A 4Z41A 1CNSA 1QTZA 4NGJA 1C6HA 1DI4A 1IWWA 1AT6A 1LSGA 1BB7A 2LZTA 1HNLA 1L38A 1QSWA 3B0OA 4WL6A 1CUQA 2HEAA 2RB1X 5KXNA 4RLNA 4EKPA 1ZYTA 3GUNA 3HBHA 3GXRA 170LA 5FSTA 3ATNA 5KXKA 1ZMYL 3V2YA 2RBPA 4WM6A 1HEOA 2D4IA 1GFRA 1HFXA 1YAMA 1D9WA 3HUKA 1IC5Y 1FKVA 3HT7A 1G0JA 3IJUA 1ZWNA 3P65A 3A93A 2QARC 1QT3A 184LA 1WVUA 4II8A 2YVBA 1L65A 3V2WA 4WLXA 1LJNA 4OOOA 1EQ5A 3RT5X 1GB2A 1OQMA 1TBYA 1GHLA 1PZYA 1CV3A 140LA 236LA 3C7YA 3AYQA 1LYZA 1LSNA 1HEMA 4ZIXA 4ETAA 5APEA 2HTXA 4J7VA 1GF9A 1P2LA 1T6HA 3G3XA 2BQBA 1NDMC 1LYSA 138LA 1GF7A 241LA 1GE0A 4WMGA 5I4WA 1IOSA 1UIFA 3P4ZA 1UIHA 149LA 1PQDA 5DLAA 1UIAA 3A96A 214LA 1L22A 4EXMA 3WPKA 4XJIA 3WH1A 4NEBA 3NY8A 1BGIA 3DN0A 2B7XA 3DNAA 2F4AA 3LZ2A 5LAGA 5KJ9A 2W1LA 4NFVA 1A2YC 1JUGA 3HT9A 1IORA 107LA 2RBQA 3EMSA 3DMZA 4HPEA 3N9AA 1CKGA 2FBBA 1TEWA 2Z2FA 1L27A 2CJLA 148LE 167LA 1LJIA 5F81A 1UA6Y 2YDGA 1HF4A 177LA 1L75A 139LA 2HEEA 1NBZC 3M3UA 3C82A 172LA 1YANA 3OE6A 147LA 2HEFA 3CT1A 3E3DA 1GEZA 5LVKA 4ARMA 5LAFA 4RW2A 150LA 3GUPA 3HU9A 2OU8A 1C65A 2BQEA 1CUPA 1I1ZA 1LMOA 4FDYA 103LA 1IWUA 1P5CA 4GN4A 1C6EA 1KXXA 5KXLA 1GFGA 4GCFA 2CWIA 5EBHA 1K28A 1QTDA 2RBNA 4YENA 1GF3A 4OWBA 4G4CA 244LA 1JJ3A 2ZQ4A 1L57A 1BQLY 4XENA 1JQUA 196LA 4S0WA 1BB5A 3WUMA 119LA 2B73A 226LA 3WXUA 3CDRA 4DDCA 1CU6A 1LJKA 2OTZX 1D6QA 5L3HA 3NYAA 1LZAA 4DD9A 1IC7Y 1KY0A 2ANVA 2ZNXY 189LA 3C7ZA 218LA 5IELA 1OV5A 1AM7A 4ETDA 4GLAA 1UC0A 242LA 5FDJA 1LW9A 4ZFPA 4X3BA 3HT8A 1JIYA 1OVHA 164LA 1L06A 3G3VA 4LYCA 4XADA 3W6DA 181LA 1L72A 1KW7A 3RW8A 3W6FA 4DD7A 175LA 1L56A 2XBRA 1B2KA 1L33A 1L55A 3W6CA 3GUKA 237LA 134LA 5K7OA 137LA 3W6BA 3PDSA 3LYMA 1WQOA 1CV6A 4LDOA 1C43A 1XJUA 4LYMA 4PJZA 2Q9DA 1QTBA 1WTHA 125LA 1FLUA 239LA 4EOFA 4UWVA 4W94A 1QUHA 1T8FA 3DN6A 1L98A 4KPMA 1L04A 1V7TA 1W08A 1BVKC 4LFPA 4EKRA 4QGZA 176LA 187LA 2QB0B 1GB7A 1LI2A 5F9UA 1LGUA 1DYFA 193LA 2Z6BA 4H90A 195LA 3HTFA 1L52A 1L29A 1G1WA 1C6MA 1YL0X 163LA 5E4PA 3DN8A 2W1XA 3DN2A 3FI5A 1B7LA 4TX7A 1L23A 1QSQA 1LPYA 1GXV2 2D4KA 161LA 3HH4A 4LYTA 1LZTA 1CX6A 5FEKA 4CHXA 3WU8A 2X0AA 2G4NA 1I20A 1IR8A 3WULA 251LA 1LMPA 1TLAA 3ZVQA 4PRUA 5I5QA 1IOTA 3SB8A 135LA 1GFVA 1DYEA 3SB6A 1L66A 1WQRA 3SB7A 1XEPA 235LA 4H9EA 1P37A 155LA 4DQJA 1D2YA 1CKCA 2A7DA 2BLYA 1XGUC 1LZGA 4J1BA 4OO9A 1IWYA 2Z38A 1WVVA 2I6ZA 2A7FA 4HJZA 1GBSA 2BQMA 4LFXA 1L54A 3QY4A 1DXJA 3K3TA 112LA 4I0CA 1LYFA 1NF5A 1WQPA 5LVGA 5KXRA 3ODUA 1UBZA 4N1CC 1LSZA 3B0IA 4RDSA 3WVXA 4H92A 2BQFA 4NGZA 1G0PA 3A6BY 3WPJA 4LYOA 3OK0A 3B6LA 143LA 1GFTA 1JKDA 3TXGA 5APCA 4G4HA 4N1EI 2I26L 3WW5A 1XGRC 1L43A 1PS5A 4ET9A 4AGAA 1LZSA 4XJBA 5KXZA 1YAPA 1GDWA 1C6PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B75 A;  1YKX X;  1JIT A;  3HTB A;  4J1A A;  2LZ2 A;  4DT3 A;  1L62 A;  192L A;  166L A;  1LMN A;  213L A;  3HWL A;  2MEH A;  1B6I A;  4DD3 A;  1HFZ A;  1UUZ C;  3WUN A;  1B0D A;  4GCC A;  1CVK A;  2B6W A;  3MGW A;  2HUB A;  3HDE A;  3P64 A;  157L A;  1JTO L;  1B5X A;  1C6J A;  3WUA A;  3AW6 A;  2YBH A;  3B0K A;  217L A;  2RAZ X;  5I4X A;  171L A;  1T97 A;  3KAM A;  1B5Y A;  1OP9 B;  1QUS A;  1LZ4 A;  5FHW A;  2N5Z A;  2BQD A;  1GFH A;  4H8Z A;  4HJV A;  1L83 A;  4N9R A;  5D5F A;  4W52 A;  5L3I A;  4GCB A;  1LJE A;  1LZ5 A;  1OUA A;  1JTT L;  1P6Y A;  2RBS A;  3DKE X;  1I56 A;  2BQL A;  1CJ8 A;  3TXH A;  1L67 A;  2VB1 A;  2DQC Y;  5B07 A;  1IVM A;  1CU3 A;  4DQ5 A;  1LSB A;  1IP5 A;  1L45 A;  4Z41 A;  1CNS A;  1QTZ A;  4NGJ A;  1C6H A;  1DI4 A;  1IWW A;  1AT6 A;  1LSG A;  1BB7 A;  2LZT A;  1HNL A;  1L38 A;  1QSW A;  3B0O A;  4WL6 A;  1CUQ A;  2HEA A;  2RB1 X;  5KXN A;  4RLN A;  4EKP A;  1ZYT A;  3GUN A;  3HBH A;  3GXR A;  170L A;  5FST A;  3ATN A;  5KXK A;  1ZMY L;  3V2Y A;  2RBP A;  4WM6 A; 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