1L25A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKAVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l25A00
4I7RA 1OV7A 1L55A 1OVKA 2L78A 1DYAA 3F8VA 1L47A 1P46A 115LA 1LYJA 3SB7A 1OV5A 4I7JA 3HH5A 1KY1A 3GUMA 3CDOA 1L25A 1L48A 1G0JA 235LA 186LA 1SWYA 1C6IA 111LA 238LA 1L04A 1L69A 1CUPA 1L02A 3SBBC 145LA 3GUPA 3OE6A 4ARPA 1L22A 229LA 4EKQA 141LA 1TLAA 227LA 3NY9A 2B72A 4W55A 1L76A 223LA 4ZPUA 131LA 245LA 4DJHA 127LA 195LA 4DKLA 1C63A 2A4TA 247LA 239LA 1QUDA 178LA 212LA 1CV5A 3C8RA 3GUNA 1ZYTA 152LA 1C6DA 1L68A 243LA 1L27A 130LA 240LA 1LYDA 1DYDA 2RBRA 1NHBA 3DN0A 4OO9A 2RB1X 1L95A 1L42A 222LA 3RZEA 157LA 1G1VA 3FI5A 2ANXA 3K2RA 4I7QA 225LA 3GUKA 1SSWA 251LA 1OVHA 3OE0A 1EPYA 1L09A 123LA 1LYIA 219LA 1DYCA 148LE 120LA 1P56A 214LA 3HH4A 256LA 2NTHA 1G0MA 168LA 4PK0A 1L85A 1PQOA 1L82A 3HT7A 1L37A 3CDVA 170LA 1L83A 1SX7A 7LZMA 1T8AA 1QTVA 1L71A 1C62A 4YX7C 1C6KA 1L87A 1C60A 1L15A 128LA 1B6IA 3QAKA 1L73A 4AQNA 1L0KA 1T97A 4ARLA 4E97A 4I7LA 1L08A 1G0QA 102LA 1L29A 1L21A 1L72A 1L92A 1LGXA 1T8FA 2HUMA 260LA 1L34A 3SB9A 3DMVA 1L50A 3G3WA 122LA 1L59A 183LA 1G1WA 1C6NA 3PBLA 3DN2A 2OU8A 2RBPA 2F2QA 1P7SA 1CU6A 1KS3A 3HDEA 4PJZA 3VW7A 224LA 228LA 3G3XA 1L00A 1L28A 1L35A 1LW9A 3SN6R 1LYFA 253LA 129LA 3DNAA 200LA 1L57A 1L03A 1L97A 1C6MA 1L60A 3HUQA 1PQJA 218LA 2B6ZA 3NY8A 1T6HA 3DN3A 1SSYA 2O79A 4W54A 1CU3A 4I7PA 3HWLA 1PQKA 1QUGA 1G0KA 2O7AA 2OU0X 3GULA 4W58A 236LA 2QB0B 2RBOA 3CDRA 1QT5A 126LA 3C8QA 4I7SA 146LA 1L39A 230LA 3HH3A 3DMXA 1JTMA 1OWZA 4LZMA 1L07A 4ARQA 182LA 175LA 2RBQA 3L64A 167LA 1LYHA 4W53A 4GRVA 1CV1A 4I7NA 1L33A 1CV0A 1DYFA 1L75A 244LA 113LA 1CU2A 4EJ4A 1L52A 210LA 1L61A 171LA 1CTWA 4YXAC 1D3MA 3D4SA 1G07A 4LDLA 1DYGA 1OWYA 4K5YA 1DYBA 3SBAA 107LA 4EPFA 3NYAA 1L45A 1LGWA 1DYEA 1C66A 1C6JA 4W52A 1JTNA 2ANVA 149LA 2Q9EA 1C6BA 1QT4A 2B7XA 4IAPA 1L96A 4ARMA 174LA 3DN6A 1QTCA 4S0WA 1C68A 1C6EA 2OE7X 3L2XA 258LA 1SX2A 3SB8A 1D9WA 1P2LA 2RB2X 3PDSA 3C83A 237LA 164LA 1L44A 143LA 1C6AA 109LA 1L67A 3HTFA 3ODUA 248LA 234LA 3C82A 1C65A 1QT3A 3CDQA 1LWGA 1L38A 1L94A 3HTGA 160LA 3UONA 3HT6A 3V2WA 1C6TA 1C64A 4EPIA 1D3FA 257LA 1G06A 220LA 1QTDA 3HTDA 2OTYX 177LA 150LA 1L77A 1D2WA 1P37A 1L53A 1L43A 4W59A 1D3JA 1XEPA 1L13A 1ZURA 1L26A 1LI2A 1QT6A 2Q9DA 4ARQB 1KNIA 196LA 1L98A 1D2YA 1QTHA 3HU9A 4I7OA 1L23A 1G0LA 1QS9A 119LA 2B70A 1CUQA 3C7ZA 1L89A 1QUHA 2RAZX 1XJUA 3DN4A 1L93A 209LA 2OE9X 3EMLA 3V2YA 1OYUA 226LA 2RAYX 211LA 2RBSA 3C7WA 180LA 1L0JA 3OE8A 172LA 173LA 161LA 2F47A 259LA 1CVKA 142LA 1L30A 4YXCA 3HUAA 3FADA 1L64A 1L06A 110LA 3DN1A 1L36A 155LA 3GUIA 138LA 1C6PA 1CX7A 4ARMB 1L18A 1QSQA 3FA0A 2B6XA 249LA 1C69A 1C6HA 2HUKA 2HULA 241LA 1L63A 1L19A 1L10A 3HUKA 4DAJA 4EKPA 3LZMA 184LA 147LA 139LA 1CU0A 1L11A 3C8SA 1L90A 2LZMA 3GUOA 6LZMA 3C80A 1L99A 3HT8A 1G0GA 165LA 188LA 1L86A 217LA 118LA 221LA 1L24A 2B73A 1C6CA 250LA 3G3VA 1L91A 1XJTA 1LYEA 2RBNA 1LGUA 4W51A 1QT8A 1KW7A 199LA 1I6SA 1LYGA 1L58A 1PQIA 125LA 1PQMA 1L05A 2Z6BA 1C6LA 185LA 4I7TA 163LA 4I7MA 192LA 4LDEA 201LA 1CU5A 1QTBA 205LA 1L12A 1L81A 3GUJA 2RB0X 4I7KA 262LA 216LA 1L17A 1T8GA 1P5CA 2B74A 1P2RA 3HH6A 2OTZX 2NTGA 246LA 5LZMA 1C6FA 140LA 233LA 1L32A 4LDOA 169LA 1QT7A 2B6WA 213LA 2F32A 1L20A 1L70A 206LA 187LA 1P36A 232LA 1L16A 1L62A 2OE4X 242LA 1LLHA 1C67A 2OEAX 4GBRB 254LA 1QTZA 1L74A 1C61A 1CV3A 159LA 1CV4A 1L79A 2B6YA 1L49A 215LA 103LA 156LA 3HT9A 3JR6A 1P6YA 114LA 176LA 1C6GA 198LA 1L84A 1L46A 162LA 190LA 3HU8A 1JQUA 1L51A 4ARJA 1L80A 1L40A 1OVJA 158LA 2CUUA 1G0PA 144LA 1KY0A 197LA 4W57A 1L65A 1SWZA 137LA 1L41A 252LA 2LCBA 5I14A 1ZWNA 1K28A 104LA 151LA 181LA 1LWKA 2LC9A 1L31A 1L88A 1CX6A 3DMZA 1L56A 1L01A 1L54A 3HDFA 3RUNA 231LA 3HTBA 1P3NA 3F9LA 191LA 3C7YA 2B75A 1QS5A 2IGCA 255LA 108LA 2OU9A 2B6TA 1KW5A 1L14A 4EKRA 4EXMA 1LI3A 1QUOA 3SB6A 189LA 2O4WA 3CDTA 1P64A 3DN8A 1LI6A 3SB5A 2RH1A 4W56A 3OE9A 112LA 2QARC 1PQDA 1C6QA 1WTHA 1D3NA 1CV6A 166LA 1LPYA 1QSBA 261LA 1L66A 3DKEX 3C81A 4EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KKJA 1YANA 1L47A 3P4ZA 115LA 1VFBC 1BB6A 3HH5A 5JENB 1WVUA 1J1PY 1VDPA 4WL7A 5APDA 1SWYA 111LA 1UC0A 1NF5A 1L04A 5KXMA 1L02A 3SBBC 2LZTA 4J1BA 5L3IA 3A6CY 145LA 3GUPA 5I53A 2MEBA 141LA 2B72A 4ZPUA 223LA 3TXDA 1LSPA 1UA6Y 4DKLA 1C63A 2A4TA 5ILCA 1LSAA 247LA 1QUDA 212LA 3AJNA 1IY4A 1QSAA 1FBIX 152LA 1L68A 1A2YC 4ETCA 3WU8A 3M3UA 5KXYA 1D0LA 1LYDA 2ZWBA 1GF3A 1NHBA 4H92A 2RB1X 1GFRA 1G1VA 3VWOA 1GDXA 3AGGG 5IELA 225LA 5DLAA 3WUMA 1OUIA 2BQCA 1EPYA 123LA 3AB6A 4YM8A 4DD2A 219LA 4B4EA 2ZQ4A 4BADA 2NTHA 1RFPA 4XADA 4PK0A 3D9AC 1L85A 1GB6A 1B7MA 1L82A 3HT7A 1T8AA 1QTVA 2BQHA 1HEWA 5DN5A 1C6KA 2B5ZA 1L87A 3LYMA 1L73A 4AQNA 1YL1X 4H9HA 1LHJA 1L29A 1TCYA 5KXZA 1L72A 1LGXA 1QUSA 4H9EA 1QSWA 1LSBA 1CKFA 3DMVA 3T36A 4KT3A 4WG7A 1IWWA 1XSFA 1C6NA 4AXTA 1OP9B 2BQDA 4WLXA 3RNXA 1IP5A 1LYYA 1LZCA 4HJZA 2F2QA 2FYCA 4PHIA 1IR8A 4PJZA 4G4BA 4CFOA 1LZAA 1L28A 2G4QA 2IFFY 1IP7A 1LW9A 3DNAA 1FLQA 4HPIA 1L60A 1MLCE 1T6HA 3DN3A 1SSYA 1BB5A 3HWLA 2H5ZA 4UWNA 2O7AA 2OU0X 8LYZA 1JKCA 1L39A 4NHPA 3DMXA 182LA 175LA 1LAAA 1JUGA 244LA 113LA 5KXWA 1B5UA 1GF7A 4LT2A 4LDLA 1DYGA 1OWYA 3EO5A 3NYAA 1ALCA 1UBZA 5FDJA 1DYEA 4W52A 1LZDA 1C6BA 4GCEA 4IAPA 1OUEA 3EXDA 174LA 4DD1A 1C68A 1C6EA 2OE7X 3L2XA 3QE8A 5B07A 2GV0A 1SX2A 1P2LA 1QDRA 3J6KA 1SLYA 1C6AA 109LA 1JJ3A 4WO9A 3W6AA 5C6JA 1C65A 1FN5A 4WM6A 1BWJA 1L94A 1PZYA 3HTGA 2LHMA 3HT6A 1LJNA 3ZVQA 5FEKA 1G06A 2BQGA 2YBNA 4OWBA 2Z12A 4DWXA 2D91A 2LYMA 1KXXA 5B1GA 5L3HA 2EIZC 1QT6A 1QTHA 1D2YA 2Z2EA 1G0LA 1LJKA 119LA 1CUQA 1L89A 1IIZA 2X0AA 1G7LC 1LOZA 1C08C 1GFKA 3EMLA 4NHSA 1EQ4A 3C7WA 3OE8A 4RW2A 172LA 1GBOA 4YXCA 5FSTA 3AZ5A 1KXWA 3D3DA 1L36A 1GXV2 1KIRC 1L18A 4WO6A 1VAUA 4H9IA 6LYTA 249LA 1REMA 1C6HA 3CSRA 1WQPA 3B72A 1L63A 3WPJA 2I25L 4EKPA 147LA 139LA 6LYZA 4NIJA 3C8SA 2LZMA 1LYOA 4LYCA 1L99A 3G3BB 2MECA 217LA 2XQOA 4HJVA 4PRUA 3ZVQB 1GBWA 1HSWA 1LCNA 2CJLA 1GE4A 1GF9A 1IC7Y 135LA 2A7FA 1GBYA 1YKXX 1C6LA 192LA 2C8PA 1CU5A 1QTBA 205LA 1TDYA 1HMLA 1L12A 5HNLA 2HECA 1YIKA 1P5CA 2B74A 4H9FA 2NTGA 1BVXA 1IP4A 3WULA 1TAYA 5HMJA 4LDOA 169LA 1QT7A 2B6WA 1YL0X 2G4NA 1L70A 4XJFA 1P36A 1YAOA 4UWUA 2W1MA 232LA 1L16A 1UIFA 1VDQA 1DPXA 5F81A 3K3TA 4QDNA 1QTEA 3TXFA 2OEAX 1ZVHL 254LA 1QTZA 5APFA 1GWDA 1XEIA 2DQGY 1C61A 159LA 1F10A 2B6YA 215LA 2MEAA 1LMCA 1JTTL 198LA 3HU8A 4ARJA 1JQUA 1L51A 1LZ9A 1FDLY 1G7IC 1OVJA 144LA 2HEBA 1L41A 252LA 2LCBA 3A94A 3W6EA 3WPKA 5B05A 151LA 2XBSA 4B4IA 1L31A 1L01A 1HERA 3WVXA 4G4HA 1T6VL 4IJ4A 3C7YA 2IGCA 2HTXA 1LHMA 1LZ6A 4WG1A 255LA 1D0MA 3WVYA 1OUCA 189LA 1GE0A 112LA 5LAFA 2MEIA 1HEMA 4RDSA 4HPEA 3C81A 2HU3A 4HV2A 4I7RA 4OWCA 1OV7A 1OVKA 2Q0MX 3W6CA 1DYAA 4EOFA 1J1XY 1KIPC 4TSCA 5HQ1A 4G9SA 5HNCA 3LZTA 1XGUC 1IWTA 3CDOA 3N9CA 1L25A 1L48A 4XJBA 235LA 3M18B 4KPMA 4PGJB 1CUPA 4ARPA 5K7OA 229LA 2YSSC 227LA 1L76A 131LA 245LA 4O34A 4PPOA 3A8ZA 2ZIJA 2I6ZA 5KXOA 1UIHA 1CV5A 3C8RA 5DL9A 1LYZA 1C6DA 3WL2A 4GCBA 1JKAA 5HMVA 1L27A 4M4OA 1GBSA 1T3PA 1DYDA 2RBRA 1CJ6A 1D6QA 2BQOA 1GBXA 1LMTA 3TXKA 1L42A 222LA 1BWIA 2NWDX 1GFVA 2ANXA 3K2RA 5IDDA 4LT3A 1SSWA 251LA 1A4VA 1GAYA 4AGAA 4GLAA 4C3WA 4NGJA 4NHTA 1DYCA 1HENA 1JJ1A 1LTMA 120LA 1P56A 214LA 1LZRA 168LA 3WXUA 2EQLA 1PQOA 1JISA 1L37A 3QY4A 3CDVA 5KY1A 4YX7C 3A96A 1CJ9A 1L15A 3QAKA 128LA 1DKJA 4Z41A 4RW1A 1T97A 3HFMY 1OQMA 4NGOA 1LMNA 2DKVA 4L41A 3SB9A 3TXJA 122LA 1LZ8A 1L59A 1JIYA 183LA 1HEOA 1BB3A 4KL7A 2RBPA 4W94A 2F4AA 3HDEA 4N1EI 3AGHA 228LA 2ZNXY 3G3XA 2YBIA 1L35A 1IOTA 1LYFA 253LA 4W96A 1IWUA 2Z19A 1L57A 1EQ5A 3AGIA 1PQJA 2B6ZA 4TX7A 4I7PA 1GE2A 4W58A 2RBOA 4XJGA 4I7SA 3QNGA 4DC4A 1LSCA 1JTMA 1LMQA 1L07A 1QDTA 5KXRA 2RBQA 167LA 2XBRA 2MEGA 4NSHA 3W6FA 3W6BA 1CV0A 1L75A 2ZYPA 1NBYC 1H87A 210LA 2EPEA 5KXTA 4ZFPA 4TWSA 1J1OY 2HEFA 3SBAA 1DYBA 3TXEA 1HELA 4WOAA 1OUJA 1C6JA 4WM4A 5E4PA 1JTNA 4DQ7A 5AMYA 2DQFC 1LKSA 4GCFA 4XJDA 1LMPA 1EL1A 4DDAA 4N9RA 2DQDY 1D9WA 143LA 248LA 3TXGA 4ET9A 3C82A 1KXYA 1JJ0A 2HEEA 1C64A 2PC2A 3WPLA 1W08A 1LPIA 1NQIA 1D3FA 257LA 3A90A 3HTDA 5LVIA 177LA 1L77A 1P37A 1L53A 1L43A 1WQOA 3RT5X 1LI2A 196LA 1L98A 1Z55A 3HU9A 1IWXA 4X3BA 2A7DA 1UIDA 3AZ6A 226LA 5LXWA 2RAYX 1OUAA 5A3EA 4LYBA 2F4GA 2F47A 259LA 3WMKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5KKJ A;  1YAN A;  1L47 A;  3P4Z A;  115L A;  1VFB C;  1BB6 A;  3HH5 A;  5JEN B;  1WVU A;  1J1P Y;  1VDP A;  4WL7 A;  5APD A;  1SWY A;  111L A;  1UC0 A;  1NF5 A;  1L04 A;  5KXM A;  1L02 A;  3SBB C;  2LZT A;  4J1B A;  5L3I A;  3A6C Y;  145L A;  3GUP A;  5I53 A;  2MEB A;  141L A;  2B72 A;  4ZPU A;  223L A;  3TXD A;  1LSP A;  1UA6 Y;  4DKL A;  1C63 A;  2A4T A;  5ILC A;  1LSA A;  247L A;  1QUD A;  212L A;  3AJN A;  1IY4 A;  1QSA A;  1FBI X;  152L A;  1L68 A;  1A2Y C;  4ETC A;  3WU8 A;  3M3U A;  5KXY A;  1D0L A;  1LYD A;  2ZWB A;  1GF3 A;  1NHB A;  4H92 A;  2RB1 X;  1GFR A;  1G1V A;  3VWO A;  1GDX A;  3AGG G;  5IEL A;  225L A;  5DLA A;  3WUM A;  1OUI A;  2BQC A;  1EPY A;  123L A;  3AB6 A;  4YM8 A;  4DD2 A;  219L A;  4B4E A;  2ZQ4 A;  4BAD A;  2NTH A;  1RFP A;  4XAD A;  4PK0 A;  3D9A C;  1L85 A;  1GB6 A;  1B7M A;  1L82 A;  3HT7 A;  1T8A A;  1QTV A;  2BQH A;  1HEW A;  5DN5 A;  1C6K A;  2B5Z A;  1L87 A;  3LYM A;  1L73 A;  4AQN A;  1YL1 X;  4H9H A;  1LHJ A;  1L29 A;  1TCY A;  5KXZ A;  1L72 A;  1LGX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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