1L27A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKDVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l27A00
226LA 1C69A 1L06A 3GUOA 186LA 4ARMA 3VW7A 1DYGA 1C6FA 1PQMA 3OE9A 1L92A 2B6XA 3DN2A 219LA 1L18A 3OE0A 4EPIA 4PJZA 1L37A 251LA 1P7SA 191LA 3FA0A 1G1WA 1P37A 1L55A 3JR6A 3CDQA 125LA 1EPYA 1QT3A 1CTWA 1B6IA 3F8VA 4W55A 4W53A 1P3NA 2RAYX 4EKQA 1D3MA 1C6AA 2B6WA 1L56A 1L24A 3HT7A 1L85A 1CV3A 2B7XA 5LZMA 189LA 1L45A 1L97A 214LA 2O7AA 158LA 2O79A 1KS3A 130LA 1CV5A 1SSYA 3L64A 4I7RA 3L2XA 2B74A 3DNAA 1L48A 171LA 1LYJA 1L22A 1PQDA 237LA 155LA 1L52A 3NYAA 4I7SA 1L59A 211LA 1L43A 2HUMA 1L17A 2HUKA 3V2YA 1L33A 103LA 166LA 1JTMA 190LA 3GUPA 1ZYTA 1C6NA 1L20A 3HDFA 3F9LA 139LA 256LA 254LA 1L35A 157LA 1CV4A 1C63A 1OVJA 221LA 4EPFA 3HH3A 3DKEX 1G0MA 3CDVA 1T97A 1C60A 1L99A 1QUGA 253LA 1DYCA 1P6YA 225LA 1OV7A 3G3WA 4PK0A 115LA 3DMZA 3HDEA 3EMLA 5I14A 2OU8A 1QTDA 2RBPA 1P56A 1G0LA 3QAKA 7LZMA 3V2WA 1G1VA 152LA 1L62A 206LA 1L09A 2B70A 1L42A 1L89A 2F32A 1C6QA 1L73A 3SB5A 1L71A 3UONA 167LA 1QS5A 198LA 3OE8A 2B6ZA 3HH5A 209LA 1G0PA 1PQKA 223LA 3HH4A 216LA 1L95A 231LA 4ARQA 3RUNA 200LA 1D2WA 2RB0X 3G3VA 3C8QA 3ODUA 1L64A 2ANXA 1C61A 4K5YA 4EXMA 118LA 1L11A 2OE9X 1L66A 149LA 1QUOA 1KY1A 1P36A 2IGCA 107LA 3D4SA 3HT6A 2A4TA 1CVKA 3HUAA 109LA 1L82A 1D3FA 3G3XA 112LA 146LA 2B6YA 1DYAA 1L61A 1L69A 2OU0X 1L70A 1KNIA 1L74A 184LA 1T8GA 1I6SA 162LA 3C83A 1L84A 1C64A 2HULA 1QTZA 210LA 252LA 2B72A 1P5CA 1QUHA 4DJHA 141LA 1KY0A 131LA 4LDLA 245LA 1L21A 215LA 3C8RA 1L44A 2OTYX 234LA 1P2RA 187LA 1C6CA 3DN8A 1LPYA 1C6KA 3SBBC 169LA 1L58A 2LCBA 1L86A 185LA 3HWLA 1JQUA 178LA 1L03A 3SB6A 1C6PA 1LGUA 244LA 1CU2A 222LA 2L78A 4GBRB 3SB8A 1OVKA 4YXAC 2RBRA 201LA 108LA 1LYGA 126LA 1QTBA 3GUMA 239LA 1L26A 168LA 1L16A 224LA 1G0QA 1L25A 1L0JA 4I7OA 4OO9A 2Z6BA 1LWGA 3C81A 1SWYA 1L49A 150LA 1CU6A 1CUQA 140LA 1PQIA 3C7ZA 1L63A 4ARLA 1QSBA 1K28A 129LA 1L87A 122LA 4LDEA 180LA 1C6EA 1G06A 4I7JA 3PDSA 1L79A 259LA 2QARC 147LA 220LA 1G0KA 229LA 1OVHA 2NTGA 113LA 250LA 2B75A 195LA 1L50A 1C66A 3DN4A 143LA 3CDRA 2QB0B 3HUQA 1LI3A 3HT8A 4IAPA 4YX7C 1CX6A 4EKRA 1QUDA 1L10A 2Q9EA 192LA 4LZMA 2O4WA 1DYEA 1L15A 1L04A 1XEPA 1LYEA 1L39A 4W57A 1L0KA 3C8SA 230LA 3SB7A 227LA 1L12A 2RB2X 1LYIA 1L07A 3NY8A 261LA 1CUPA 2LC9A 4ARQB 165LA 1C65A 2RB1X 128LA 242LA 4GRVA 3C80A 1QTCA 1L19A 3HU9A 1DYDA 1SWZA 218LA 1L72A 1C6BA 1C6HA 4W56A 4LDOA 110LA 1CV6A 1LLHA 2F2QA 1T8AA 182LA 1C68A 1PQJA 1L29A 3DN0A 1LYHA 235LA 1L81A 3FADA 199LA 1QT7A 4I7MA 181LA 1L02A 1OWYA 3C82A 172LA 3HU8A 3SN6R 2OTZX 1D3NA 2LZMA 4I7KA 4ARMB 1C6IA 1L36A 1KW5A 1L01A 159LA 1C6LA 3HTFA 3SB9A 3HTBA 1LI6A 3HUKA 3HTGA 1L83A 164LA 173LA 170LA 151LA 1QSQA 2OU9A 1LYDA 4EKPA 241LA 4DAJA 2RBSA 1L54A 4AQNA 1QTHA 4EKSA 1L96A 4E97A 1JTNA 144LA 2Q9DA 4S0WA 3GUNA 2B73A 1L90A 1L80A 1KW7A 1ZURA 1P64A 1C6GA 240LA 4W54A 4W51A 1C6JA 1L46A 2OE4X 3HTDA 4EJ4A 238LA 255LA 1L76A 2CUUA 2RBQA 114LA 4ZPUA 137LA 4DKLA 1L32A 1WTHA 4ARPA 3HH6A 4I7TA 3CDTA 177LA 3FI5A 1CV1A 183LA 138LA 4W59A 1LYFA 1C6DA 4I7PA 228LA 1L77A 175LA 1L28A 1LW9A 1L31A 196LA 249LA 1C67A 127LA 1L13A 2RH1A 258LA 1LGWA 3DN1A 1L47A 1LI2A 1L68A 3C7YA 1L93A 3DN3A 1P2LA 1QT6A 260LA 1CU0A 248LA 1D2YA 1G0JA 3GUIA 161LA 1CU3A 1L30A 3CDOA 212LA 142LA 6LZMA 1C62A 3GUKA 3DN6A 3HT9A 2OEAX 120LA 174LA 3K2RA 1L60A 1SSWA 1L38A 2RBNA 1ZWNA 1DYBA 4I7NA 156LA 1G07A 197LA 2F47A 1CV0A 2ANVA 1CU5A 1LWKA 1DYFA 1C6TA 4ARJA 213LA 1C6MA 217LA 247LA 163LA 1NHBA 2B6TA 3LZMA 1G0GA 205LA 4W58A 1T8FA 104LA 188LA 1QT8A 243LA 1SX2A 3DMXA 1L40A 1L94A 1LGXA 4I7LA 1SX7A 1D9WA 1CX7A 1XJTA 145LA 1QTVA 1L00A 233LA 1L14A 1L91A 119LA 1L98A 1L88A 1L51A 1OYUA 1T6HA 246LA 102LA 1QT5A 236LA 2RAZX 3RZEA 3SBAA 2NTHA 1TLAA 1L67A 1L41A 1L75A 2OE7X 1OV5A 3GULA 1P46A 2RBOA 1PQOA 232LA 3PBLA 3NY9A 123LA 4W52A 262LA 176LA 4I7QA 4YXCA 3OE6A 1L23A 160LA 1L05A 1XJUA 3DMVA 1L65A 1QT4A 1L57A 148LE 257LA 111LA 3GUJA 1L27A 3C7WA 1L34A 1OWZA 1D3JA 1L08A 1QS9A 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP3A 1MLCE 1FN5A 186LA 1GFHA 1DYGA 5EBHA 2IHLA 3AW6A 4YENA 2B6XA 219LA 1L18A 3WH1A 5FEKA 251LA 1P7SA 3A93A 3FA0A 1G1WA 4C5FA 5C6LA 125LA 1B7OA 1LMAA 1HELA 5B05A 4RW1A 3K3TA 1D3MA 5IHGA 4IASA 3P68A 2B7XA 1EL1A 1GB8A 1GPQC 4NHTA 1A2YC 1IP6A 1LKSA 4EOFA 130LA 4QEQA 3L2XA 4NGIA 1L48A 4GN5C 1LYJA 1L22A 1PQDA 155LA 4NHQA 1L59A 3G3AB 4XYYA 2HUMA 2HUKA 4BS7A 1UIGA 1IORA 1IWUA 4O34A 139LA 1BHZA 1L35A 4LYZA 1C08C 4OWAA 4EPFA 3HH3A 3P66A 4B4EA 1OUFA 1JKAA 1T97A 1QSAA 2BQMA 1HENA 3DMZA 3A3RX 3EO5A 3EMLA 3TXBA 4NIJA 3A96A 152LA 1L62A 4WLTA 1FLWA 2B70A 5KY1A 1L42A 2X0AA 2F32A 1GDXA 1OUBA 1RI8B 1BWJA 1L73A 1LMNA 1L71A 1LJJA 3UONA 5E9RA 2BQAA 4ETAA 2B6ZA 133LA 3HH5A 5HQ1A 209LA 1GFAA 4B0DA 3FE0A 231LA 3B72A 3RUNA 4G49A 1D2WA 1GE0A 2RB0X 1L64A 3AB6A 1P36A 4DC4A 2MEIA 5I4WA 1OUCA 1GBOA 2MEBA 184LA 162LA 1LYYA 1C64A 1D6QA 2Z2EA 215LA 1L44A 2D4KA 4KPMA 1C6CA 2XTHA 1LPYA 2YDGA 1L58A 3IWRA 1L86A 2ZWBA 3HWLA 178LA 1L03A 1C6PA 1LGUA 4DDBA 244LA 1AKIA 222LA 1NKHA 4NG1A 1XSFA 1JJ1A 5F16A 2XQOA 3CT1A 1D9UA 168LA 207LA 1GE3A 4I0CA 2D4IA 1L25A 1L63A 1K28A 1B5UA 1G06A 5FHWA 3AGIA 147LA 1JKBA 3LYZA 3QE8A 220LA 1G0KA 4X3BA 229LA 1LYOA 113LA 5LINA 1IY3A 1UUZC 2ZQ3A 1L50A 3RW8A 1LI3A 4IAPA 4YX7C 2FBBA 1FBIX 1HFZA 1L10A 2D91A 192LA 1C7PA 1IC7Y 4W57A 4NHSA 227LA 2BQOA 2RB2X 1LZDA 3A94A 134LA 5FCPA 1FDLY 165LA 1GDWA 1SLYA 2FBDA 2H5ZA 1LJ3A 1GB5A 1GF5A 1ZVYB 5II3A 3WUAA 4W56A 1I56A 1IP1A 1CV6A 2DQFC 2C8OA 5LXWA 7LYZA 1L29A 3DN0A 1LJNA 1LYHA 3EBAB 199LA 4I7MA 4ML7A 3C82A 1OUJA 1LZCA 2I25L 3WU7A 5D5FA 1KW5A 1L01A 2A7FA 5FSTA 1EQEA 1LI6A 1VDTA 2OU9A 4MSTA 1YL0X 1HMKA 4UWVA 144LA 1L90A 1KW7A 4NY5A 1ZURA 1P64A 1JITA 2IFFY 4W51A 3TXJA 2W1XA 1L46A 238LA 4ETEA 1UIFA 4DKLA 1TBYA 5DM9A 3FI5A 1CV1A 2BQHA 1C6DA 4E3UA 4I7PA 3ULRA 1L28A 1JTPL 1LMCA 5JENB 4KXIA 196LA 249LA 5KXMA 4Z3MA 1L13A 1O23A 1JSFA 1B7LA 1D0MA 3CQLA 4M4OA 4MCKA 1LI2A 4PPOA 3DN3A 1QT6A 1TAYA 1JKDA 3GUIA 161LA 4WM4A 1L30A 1QUSA 1JKCA 4Z46A 1IP4A 2OEAX 2YBHA 1VDQA 2CGIA 1L60A 1DYBA 2F47A 1CU5A 1LWKA 3WXTA 1LMQA 3P4ZA 1IC4Y 1NHBA 5HNLA 2YBNA 4W58A 1KIRC 1DKKA 4DYGA 104LA 188LA 2EQLA 4CFPA 3A95A 1L40A 4I7LA 5KXTA 1SX7A 4RLMA 1F6SA 1DI5A 1CX7A 1XJTA 2MEFA 4NFVA 3CSZA 1T6HA 102LA 4WM3A 2RAZX 2EKSC 1L75A 2OE7X 232LA 5B1FA 2ZYCA 1L23A 4WM1A 1I20A 1XJUA 1QT4A 1QQYA 148LE 6LYTA 1IOCA 5KXOA 4ZEEA 5LVGA 1L34A 4HV2A 1OWZA 1D3JA 1L53A 1TDYA 2EPEA 4N5RA 226LA 1C69A 1LZ6A 1DPXA 3VW7A 1PQMA 3OE9A 1L92A 1LSPA 1GFTA 1L37A 1B5XA 191LA 3A90A 5KJ9A 1P37A 1L55A 3A34A 3CDQA 2I6ZA 1EPYA 5ILFA 1QT3A 1XGPC 1CTWA 4W55A 3HBEX 1L24A 5C6JA 1L85A 1YAMA 1C46A 1GBWA 5I54A 214LA 1KIQC 4DD7A 1LCNA 2O79A 4NGZA 3B0OA 2H9KA 3L64A 4HJYA 1REYA 1LZAA 3DNAA 4WO6A 5DL9A 1IR9A 3NYAA 4N9RA 4TSBA 3RT5X 1L43A 1B7PA 3V2YA 5HLLA 1FLUA 1GB6A 1ZYTA 1LJIA 1C6NA 1L20A 2AUBA 2YSSC 2F2NA 3HDFA 3F9LA 1QTKA 256LA 2XBSA 3AJNA 1UC0A 2DQJY 2A7DA 1LKRA 5F9UA 4DQ5A 1L99A 5M1YA 1NWGA 1DYCA 4H8ZA 4KL7A 3G3WA 1HSWA 5I14A 2OU8A 2RBPA 7LZMA 1MELL 3V2WA 4DD2A 3ZVQA 4ETBA 4GCFA 1L89A 4LT3A 1LMOA 1GWDA 2NWDX 4CHXA 167LA 1QS5A 3F6ZA 2Y8PA 4OWHA 1G0PA 1PQKA 223LA 3HH4A 216LA 5KXKA 2F30A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP3 A;  1MLC E;  1FN5 A;  186L A;  1GFH A;  1DYG A;  5EBH A;  2IHL A;  3AW6 A;  4YEN A;  2B6X A;  219L A;  1L18 A;  3WH1 A;  5FEK A;  251L A;  1P7S A;  3A93 A;  3FA0 A;  1G1W A;  4C5F A;  5C6L A;  125L A;  1B7O A;  1LMA A;  1HEL A;  5B05 A;  4RW1 A;  3K3T A;  1D3M A;  5IHG A;  4IAS A;  3P68 A;  2B7X A;  1EL1 A;  1GB8 A;  1GPQ C;  4NHT A;  1A2Y C;  1IP6 A;  1LKS A;  4EOF A;  130L A;  4QEQ A;  3L2X A;  4NGI A;  1L48 A;  4GN5 C;  1LYJ A;  1L22 A;  1PQD A;  155L A;  4NHQ A;  1L59 A;  3G3A B;  4XYY A;  2HUM A;  2HUK A;  4BS7 A;  1UIG A;  1IOR A;  1IWU A;  4O34 A;  139L A;  1BHZ A;  1L35 A;  4LYZ A;  1C08 C;  4OWA A;  4EPF A;  3HH3 A;  3P66 A;  4B4E A;  1OUF A;  1JKA A;  1T97 A;  1QSA A;  2BQM A;  1HEN A;  3DMZ A;  3A3R X;  3EO5 A;  3EML A;  3TXB A;  4NIJ A;  3A96 A;  152L A;  1L62 A;  4WLT A;  1FLW A;  2B70 A;  5KY1 A;  1L42 A;  2X0A A;  2F32 A;  1GDX A;  1OUB A;  1RI8 B;  1BWJ A;  1L73 A;  1LMN A;  1L71 A;  1LJJ A;  3UON A;  5E9R A;  2BQA A;  4ETA A;  2B6Z A;  133L A;  3HH5 A;  5HQ1 A;  209L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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