1L27A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKDVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l27A00
1L73A 1L20A 1L96A 242LA 253LA 1L10A 4W54A 3G3WA 1L29A 4EXMA 2RBRA 1PQMA 1QTBA 1JTMA 2B70A 192LA 4EKRA 1L34A 1L06A 3C8SA 151LA 1G07A 1KS3A 3HUQA 1L47A 144LA 1QTHA 243LA 233LA 3HH5A 217LA 1L12A 241LA 2F32A 1CU2A 163LA 1LYJA 3C7ZA 3HT7A 4I7LA 115LA 1L39A 1QTDA 1T97A 1L0KA 1L14A 1ZWNA 152LA 169LA 1C68A 2OU8A 4YXAC 6LZMA 103LA 181LA 176LA 4I7KA 4DKLA 4I7PA 259LA 4LDLA 1CV6A 174LA 3SBAA 262LA 3HH6A 3HTBA 213LA 1L60A 2B74A 188LA 1L40A 4I7NA 1P46A 1L28A 2B6XA 4AQNA 148LE 1L13A 3HTGA 1L26A 3SN6R 3DN2A 3G3XA 1DYGA 1SWYA 2B75A 4YXCA 1L31A 4W58A 1OVHA 1C6IA 141LA 3HH3A 1P37A 4W56A 3SB6A 3C8RA 3F8VA 1L54A 1KY0A 4I7TA 1JQUA 1G0JA 1QTCA 2Z6BA 4YX7C 3VW7A 1LPYA 237LA 1QSQA 111LA 3ODUA 138LA 4E97A 2OTYX 1DYCA 1QS9A 104LA 3G3VA 110LA 3FA0A 1CU0A 210LA 1QS5A 4ARJA 125LA 1L67A 1WTHA 1L05A 3DMXA 3JR6A 1L75A 1L17A 1L82A 1G0KA 3K2RA 4PJZA 126LA 1C6MA 5I14A 2A4TA 2LCBA 4I7RA 7LZMA 3HWLA 201LA 168LA 177LA 1SSYA 218LA 164LA 221LA 1PQDA 108LA 1L89A 1XJUA 1CV5A 1PQKA 4K5YA 1CU5A 3C83A 4PK0A 3L2XA 1C66A 1L32A 238LA 1L95A 1L66A 1OVKA 4EPIA 2B6ZA 1L65A 1L70A 1G1WA 1L79A 1C65A 4I7QA 1CV3A 3NY9A 3GUJA 1G06A 107LA 1L84A 1QUDA 158LA 1L18A 1L21A 187LA 1L15A 1JTNA 102LA 118LA 3C8QA 4GBRB 1L49A 1KW5A 4W55A 1LYIA 3SBBC 114LA 249LA 3HUKA 172LA 1L19A 1L97A 170LA 123LA 4S0WA 1LI3A 240LA 1T8AA 3HDFA 1CV1A 2OTZX 214LA 1T8FA 3HTDA 156LA 230LA 251LA 3D4SA 4ZPUA 1L63A 234LA 1C6DA 3GUMA 1D2YA 3GUNA 1L93A 1QT3A 1CV0A 3C80A 3FADA 160LA 4DJHA 1L98A 2RBNA 3HU8A 4GRVA 1DYEA 1L56A 2F2QA 180LA 142LA 2ANXA 4EKPA 3GUKA 1QT4A 1QT7A 1L08A 3HH4A 1G0MA 2NTHA 261LA 2RB0X 1L24A 1CUPA 1L62A 1ZYTA 1C6QA 1LYDA 1KY1A 3HT8A 4LDEA 3DMVA 166LA 222LA 245LA 1D9WA 2ANVA 1C69A 2RBOA 1CU6A 1OV5A 257LA 2OU9A 3HU9A 119LA 1P3NA 1SX7A 211LA 150LA 1QUGA 167LA 3V2YA 1KW7A 1L74A 1DYAA 1K28A 4EJ4A 246LA 1D3MA 200LA 255LA 1C63A 1L09A 185LA 239LA 1DYFA 260LA 3C7YA 1OV7A 3FI5A 1L00A 2F47A 2RAZX 3DN4A 1L03A 2OU0X 3GULA 1CTWA 1DYDA 1C6EA 1L85A 4ARPA 122LA 1CX6A 2OE7X 2OEAX 149LA 3NYAA 1L72A 2B6YA 1QT5A 1L77A 216LA 1G0LA 1SX2A 236LA 1L11A 1L88A 2IGCA 1C6JA 1L0JA 3DMZA 182LA 1L91A 1L45A 3GUIA 113LA 197LA 244LA 227LA 220LA 1LGWA 3GUPA 1OVJA 4EKQA 178LA 1L86A 1QUOA 1T8GA 3CDOA 1LYHA 3HUAA 258LA 127LA 1L41A 1L57A 1LI6A 1P36A 1NHBA 2B6WA 1T6HA 1LWGA 3QAKA 254LA 1P2LA 2B73A 1QUHA 3DNAA 4W57A 3RUNA 1LGUA 219LA 1P64A 1P6YA 1L33A 1C6BA 2RBPA 183LA 130LA 215LA 2Q9DA 191LA 1CUQA 3DN1A 1SSWA 1L80A 232LA 4EKSA 3CDQA 1L83A 256LA 1L35A 1LW9A 1L68A 1C6NA 1C62A 129LA 209LA 1L50A 1L69A 2Q9EA 3EMLA 1L53A 1OWZA 3OE8A 1PQOA 3PBLA 1C6HA 224LA 212LA 137LA 3V2WA 1LGXA 2HUKA 1L16A 1C6LA 4I7MA 1L90A 206LA 3OE6A 1LWKA 1C6PA 1P5CA 1P2RA 2RBSA 5LZMA 3PDSA 2LZMA 1L92A 2O4WA 4I7SA 3CDTA 1LYFA 1G0GA 1L43A 1C6AA 1L48A 2L78A 3HT6A 3LZMA 3HDEA 1L36A 3HTFA 2RH1A 3CDVA 1EPYA 1L44A 205LA 1L55A 231LA 165LA 1L81A 2RBQA 184LA 1B6IA 109LA 1L52A 1QT8A 1L30A 1CVKA 1P7SA 1L37A 3HT9A 147LA 157LA 4IAPA 226LA 4LDOA 1L07A 162LA 1L64A 2RAYX 3UONA 4ARLA 3C82A 250LA 190LA 195LA 189LA 3DN8A 2B6TA 4W51A 1D3NA 1C6GA 1CX7A 1C6KA 1D2WA 3CDRA 3NY8A 4I7JA 1TLAA 1ZURA 1L46A 3L64A 175LA 2CUUA 1QT6A 155LA 120LA 3OE9A 1C6TA 3OE0A 1L02A 252LA 198LA 1L87A 161LA 1D3JA 1LYGA 3GUOA 186LA 1L25A 3DN6A 2QB0B 1CU3A 145LA 1P56A 3DN0A 3SB7A 229LA 1XEPA 3SB9A 1D3FA 1PQJA 228LA 1L94A 1CV4A 173LA 1L22A 1C6FA 1QSBA 1QTVA 3C7WA 1PQIA 1L51A 247LA 4EPFA 1G0PA 1C60A 3RZEA 1L42A 1L58A 1LLHA 1DYBA 2HUMA 1OYUA 139LA 112LA 146LA 196LA 1L27A 3F9LA 1C61A 1KNIA 1G1VA 1OWYA 1L61A 1L59A 1L01A 4W59A 2QARC 140LA 2OE4X 2RB1X 4LZMA 199LA 1C67A 4OO9A 1L38A 4ARQA 1L99A 3SB8A 2OE9X 2RB2X 4ARQB 1C64A 2LC9A 2B7XA 235LA 128LA 1C6CA 1L76A 4ARMA 4W53A 3DN3A 4ARMB 1LI2A 2O7AA 171LA 1G0QA 4I7OA 223LA 1I6SA 2B72A 225LA 1L71A 1XJTA 2HULA 1L04A 131LA 2O79A 1L23A 3SB5A 3DKEX 1SWZA 1LYEA 3C81A 4W52A 159LA 248LA 1QTZA 143LA 2NTGA 4DAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 1L20A 1L10A 4W54A 3G3WA 4EXMA 3BKVA 2RBRA 3W6CA 1PQMA 1HF4A 1VATA 192LA 4EKRA 4ZFPA 3TXJA 5LVIA 243LA 3HH5A 1L12A 1HSWA 5KY1A 1HENA 1ZMYL 1LYJA 3GXKA 1L39A 1L0KA 1FLYA 4KL7A 103LA 181LA 4I7KA 4EOFA 1Z55A 259LA 1LSCA 2BPUA 1GE0A 262LA 3HH6A 4WM1A 213LA 1IWXA 2G4QA 1L40A 1FLQA 1P46A 1UACY 1L28A 5LAGA 194LA 4I0CA 1SWYA 1LSBA 1UCOA 1OVHA 2BQBA 3HH3A 4W56A 3C8RA 1JQUA 2Z6BA 1VDPA 5FSTA 3VW7A 237LA 1YKXX 1GFTA 138LA 1BVXA 1DYCA 1QS9A 4NGYA 1TCYA 5I54A 3CSQA 1YAQA 3QE8A 1LJNA 1CU0A 1QS5A 3HBDA 125LA 1L05A 4ETEA 1L82A 3ZEKA 3K2RA 5D5CA 2A4TA 4WM2A 2ZNXY 3HWLA 201LA 4DC4A 177LA 2Z18A 1SSYA 4KXIA 164LA 1ZVHL 1YL0X 3WMKA 2MEDA 1WVUA 4LYCA 1GB3A 3AW7A 1LJIA 4PK0A 1NMMA 1UIAA 1L66A 3P66A 2EQLA 4OWCA 4EPIA 3WPLA 3WXUA 1LJ3A 1L65A 1CV3A 1MELL 1RFPA 3GUJA 4OOOA 4RDSA 1LYZA 5KXXA 1BGIA 1GB0A 1L21A 1L15A 3TXHA 1UUZC 1QIOA 4NSGA 5AMYA 2HEAA 1GFUA 1LKRA 3TXBA 1KIQC 1L97A 4GN5C 240LA 4DD9A 3HDFA 1CV1A 1DPXA 214LA 230LA 4ZIXA 1GF4A 4NHTA 1L63A 1YKZX 1D2YA 1LMOA 4Z41A 1B9OA 1B5VA 1GBSA 1NWGA 1DYEA 1HEWA 142LA 4MSTA 4EKPA 3HH4A 3TXKA 1G0MA 3LYOA 1AZFA 261LA 1CJ7A 4DQ5A 2Z2EA 1L24A 2MEBA 1ZYTA 1LYDA 2DQCY 4XN6A 5DL9A 1C69A 1GFEA 4TTDA 1YAPA 3AB6A 5LYTA 4H92A 4QY9A 4DD3A 1C08C 1K28A 200LA 1L09A 1J1XY 185LA 1BB6A 1NQIA 1GBOA 4DDAA 5IELA 3FI5A 1L00A 2F47A 2RAZX 3DN4A 1BQLY 4HJYA 4NHSA 1C46A 1LZ6A 4NFVA 1CX6A 2OEAX 149LA 2B6YA 1L77A 216LA 3WL2A 1SX2A 1C6JA 4B0DA 3DMZA 3GUIA 3QNGA 4J1AA 4YF2A 1V7SA 4NIJA 2FYDA 1L86A 4LFXA 1IC4Y 1QSWA 5KXNA 1LZGA 1HNLA 2DKVA 1XGPC 1IIZA 258LA 1HEPA 1P36A 1T6HA 4WO6A 3DNAA 4GCBA 4W57A 3RUNA 4EMNA 3TXEA 1DKKA 3WH1A 4PHIA 4DDBA 1SSWA 1L80A 4ETAA 1GFGA 3CDQA 1L35A 1REYA 3A34A 1C6NA 1RJCB 1C62A 1UIDA 1SLYA 1LSDA 209LA 3LYMA 1L53A 4P2EA 1C6HA 1WQQA 5F9XA 1CKDA 3G3BB 1LMPA 3OE6A 2Z12A 1CKGA 1IR9A 1JJ1A 1GF3A 5KXLA 5F14A 3WUNA 1GFRA 1WTNA 1LSPA 1L48A 3HT6A 3LZMA 3P4ZA 1L36A 2RH1A 1L44A 205LA 4YENA 1L55A 1L81A 4DYGA 1L30A 1WQRA 3RT5X 1CVKA 1P7SA 4CHXA 1L07A 1LYSA 4C5FA 4NG8A 250LA 4WLXA 190LA 2ZQ3A 1GB2A 1UIFA 189LA 1LHHA 1C6GA 3NY8A 4XJDA 1GE2A 4I7JA 1TLAA 1JJ0A 1ZURA 1L46A 4WM3A 1XEIA 175LA 1LSAA 3W6AA 1EQ4A 4QEQA 155LA 120LA 4NHIA 252LA 198LA 1L87A 4AGAA 4H9EA 3GUOA 3DN6A 5LIOA 145LA 1GBWA 4RLNA 2MEEA 3SB9A 1GEVA 1PQJA 1L94A 1IWZA 3A6BY 1QSAA 1PQIA 4TX7A 1L51A 3P65A 1GE4A 2I26L 4N8ZA 1QDRA 5APEA 4EPFA 3RZEA 4WMGA 1L42A 1LLHA 1DYBA 1OYUA 196LA 1GF5A 5II3A 1L27A 3F9LA 5C6LA 1G1VA 4ZEEA 2H9JA 2G4PA 3TMWA 4BS7A 1L01A 1UC0A 140LA 5KXTA 1XEKA 4A7DA 3SB8A 1JKBA 4J1BA 2RB2X 5B07A 2LC9A 235LA 1C6CA 3ZVQA 2O7AA 1FKQA 1LHKA 2D4JA 4H9HA 1NBYC 1LZCA 225LA 3AYQA 4LYTA 131LA 3SB5A 1HEQA 1SWZA 3DKEX 5F16A 5IHGA 5C6JA 143LA 4WL6A 4WG1A 242LA 2HEEA 2FYCA 1HELA 1GFAA 2B70A 1BVKC 1LSFA 1L06A 1B5YA 1G07A 1DI5A 3WUMA 1JTTL 3HBEX 3HUQA 1L47A 144LA 1LZ5A 1E8LA 1JTOL 1GB5A 4LT0A 3BKHA 4H8ZA 1JITA 3TMXA 163LA 5DN4A 3TXFA 1T97A 2BQDA 2YBJA 4YEOA 152LA 2OU8A 4CFOA 4DKLA 2LYZA 1BWJA 2G4NA 1CV6A 5T3FA 174LA 3SBAA 4H8XA 2Z37A 4U3XB 3F6ZA 2B6XA 148LE 1KIPC 3SN6R 1IWTA 1DYGA 2B75A 1LHMA 2HECA 1L31A 2C8OA 4NGJA 1L54A 1B5ZA 1LSZA 4NSIA 1GBYA 1B7PA 1QSQA 4E97A 1VDQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L73 A;  1L20 A;  1L10 A;  4W54 A;  3G3W A;  4EXM A;  3BKV A;  2RBR A;  3W6C A;  1PQM A;  1HF4 A;  1VAT A;  192L A;  4EKR A;  4ZFP A;  3TXJ A;  5LVI A;  243L A;  3HH5 A;  1L12 A;  1HSW A;  5KY1 A;  1HEN A;  1ZMY L;  1LYJ A;  3GXK A;  1L39 A;  1L0K A;  1FLY A;  4KL7 A;  103L A;  181L A;  4I7K A;  4EOF A;  1Z55 A;  259L A;  1LSC A;  2BPU A;  1GE0 A;  262L A;  3HH6 A;  4WM1 A;  213L A;  1IWX A;  2G4Q A;  1L40 A;  1FLQ A;  1P46 A;  1UAC Y;  1L28 A;  5LAG A;  194L A;  4I0C A;  1SWY A;  1LSB A;  1UCO A;  1OVH A;  2BQB A;  3HH3 A;  4W56 A;  3C8R A;  1JQU A;  2Z6B A;  1VDP A;  5FST A;  3VW7 A;  237L A;  1YKX X;  1GFT A;  138L A;  1BVX A;  1DYC A;  1QS9 A;  4NGY A;  1TCY A;  5I54 A;  3CSQ A;  1YAQ A;  3QE8 A;  1LJN A;  1CU0 A;  1QS5 A;  3HBD A;  125L A;  1L05 A;  4ETE A;  1L82 A;  3ZEK A;  3K2R A;  5D5C A;  2A4T A;  4WM2 A;  2ZNX Y;  3HWL A;  201L A;  4DC4 A;  177L A;  2Z18 A;  1SSY A;  4KXI A;  164L A;  1ZVH L;  1YL0 X;  3WMK A;  2MED A;  1WVU A;  4LYC A;  1GB3 A;  3AW7 A;  1LJI A;  4PK0 A;  1NMM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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