1L28A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKGVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l28A00
1T8GA 1C6BA 1QUOA 1T97A 1L08A 1L34A 1L87A 1PQJA 4EPFA 148LE 1ZYTA 1LGXA 3FA0A 1KNIA 1G0JA 4PJZA 219LA 222LA 3CDOA 3PDSA 4YXCA 1QT8A 1G1WA 4W53A 111LA 245LA 1XJUA 1C6AA 129LA 2F2QA 3HDEA 4W52A 1G0PA 1L45A 242LA 2B73A 217LA 3DN4A 1L75A 234LA 3EMLA 3HTDA 4W56A 1LLHA 1L33A 1PQIA 2B74A 1CX7A 1LI3A 4IAPA 142LA 4W55A 3RUNA 166LA 1C6NA 1LI2A 2B6YA 2LCBA 175LA 250LA 1CV6A 215LA 1L07A 1L90A 1L67A 1L48A 1L01A 4I7JA 4EXMA 107LA 147LA 3HU9A 3C7YA 3SB7A 2B6TA 3ODUA 1C66A 1DYGA 1L49A 1L41A 189LA 1QSBA 1L19A 2NTGA 2LZMA 1LWKA 1XEPA 2Q9EA 3NYAA 247LA 1C6MA 261LA 1CTWA 173LA 1G0GA 165LA 171LA 1L06A 2B70A 1L85A 232LA 1C6LA 1L62A 1CU6A 1OV5A 167LA 3GUKA 223LA 1T6HA 4W51A 3SB6A 1ZURA 2HULA 249LA 1EPYA 1C63A 1C60A 3HH4A 3QAKA 1L91A 2A4TA 1QTVA 3G3XA 241LA 1G0MA 118LA 1K28A 1QTHA 2OU0X 1WTHA 122LA 1G07A 3PBLA 3HT7A 1JTNA 1L21A 2HUKA 4I7SA 1L55A 2LC9A 1C6TA 196LA 1CU5A 108LA 227LA 1L96A 205LA 1L05A 1ZWNA 4GRVA 1NHBA 3C81A 1L43A 182LA 3HH6A 3HTGA 1CU3A 4EKQA 240LA 151LA 190LA 1L50A 1L58A 224LA 131LA 3SN6R 3V2YA 1SWYA 1OVHA 3DMVA 1L25A 145LA 2RBQA 212LA 248LA 243LA 220LA 1L64A 1KY1A 2B72A 244LA 3C8SA 252LA 4I7KA 1L37A 3DN3A 1L42A 1P3NA 225LA 1L26A 3OE8A 1L39A 1KS3A 2RB0X 1QSQA 201LA 1L17A 3HT6A 1T8AA 130LA 1D2WA 1DYDA 3DNAA 1L95A 1KY0A 3CDTA 3HU8A 4W57A 1L57A 235LA 2ANVA 200LA 231LA 3F8VA 1L18A 213LA 1C6GA 1QT3A 1L71A 123LA 3DMXA 3HTFA 1QS5A 254LA 1DYBA 168LA 1L32A 1L83A 1OVKA 3L64A 1LYHA 218LA 4W58A 3D4SA 4AQNA 1KW7A 1L40A 2RB1X 1SX7A 1SSYA 1P2LA 2F32A 1P2RA 2RBNA 3C8RA 119LA 1OYUA 1PQMA 137LA 1C6EA 1L14A 138LA 1L31A 2OTZX 2O4WA 3C80A 1L24A 226LA 1L72A 2Q9DA 1L81A 4I7LA 4I7QA 1L29A 237LA 1C61A 1L56A 1SX2A 3SB9A 221LA 1QS9A 3HT8A 3GUOA 1L86A 256LA 3CDRA 1L51A 4I7PA 1I6SA 1LWGA 1LW9A 255LA 1L13A 185LA 1D9WA 1L99A 1C6FA 4I7TA 1D3MA 3GUIA 2L78A 2RBPA 2B75A 1L53A 158LA 2OTYX 3DN0A 103LA 1L47A 1D3FA 1L73A 4ARQB 4DKLA 1PQDA 206LA 2RBRA 1D2YA 1LPYA 114LA 3OE6A 4I7MA 1C64A 156LA 3K2RA 3GUMA 3NY8A 1C6DA 180LA 186LA 3DMZA 1D3JA 258LA 260LA 3HWLA 176LA 1L66A 230LA 216LA 1B6IA 1L68A 4YX7C 4LDEA 2Z6BA 1PQKA 4ZPUA 1L79A 3HUQA 3V2WA 229LA 1C6PA 3GUJA 161LA 1C62A 246LA 1LI6A 3DN8A 3DN1A 3C7WA 4LZMA 155LA 4LDOA 1L94A 1L69A 4ARPA 3C8QA 177LA 233LA 170LA 4ARJA 4OO9A 169LA 228LA 1L10A 1CV0A 3OE9A 1L60A 2OE9X 3SBAA 3C83A 2OU8A 1L70A 1P36A 172LA 3HUAA 1P7SA 1OWZA 3C7ZA 1OWYA 1LYDA 1QUHA 1L38A 1CU0A 3LZMA 4LDLA 1C6KA 1G06A 1QT6A 4S0WA 1L98A 2RBOA 1LGWA 2QB0B 4DAJA 3JR6A 1L59A 1L88A 1G0KA 144LA 1CV1A 1LYJA 1TLAA 1L61A 163LA 4ARMA 3NY9A 4I7RA 2RH1A 4E97A 4EJ4A 2B6ZA 1CU2A 1L92A 2CUUA 1DYEA 1L0KA 253LA 3F9LA 178LA 1L93A 184LA 1DYCA 3CDQA 3SBBC 3SB8A 1QT7A 2HUMA 1L89A 1QTDA 1C6JA 102LA 1CV3A 115LA 1L30A 1L44A 259LA 2RAYX 3RZEA 3GUNA 181LA 2O79A 3GUPA 4I7OA 198LA 126LA 2RBSA 211LA 152LA 3UONA 2OE4X 5LZMA 2B6XA 188LA 162LA 1DYFA 238LA 3C82A 3HDFA 149LA 1P37A 7LZMA 1DYAA 4W54A 1QT5A 139LA 150LA 1C6CA 195LA 3HH3A 1L46A 1P46A 1C6IA 1L15A 2F47A 1L02A 3SB5A 1CV5A 2O7AA 1PQOA 1T8FA 104LA 1LGUA 1CUQA 197LA 1OVJA 3DKEX 239LA 1G0LA 1L77A 1QUDA 2B6WA 3HH5A 1L00A 4EPIA 112LA 160LA 1L35A 4DJHA 140LA 191LA 4I7NA 1KW5A 3VW7A 1QTBA 1LYFA 1SWZA 1P56A 1G1VA 1QTCA 1L11A 110LA 1P64A 3FADA 127LA 4EKRA 2RAZX 109LA 1L80A 5I14A 3HTBA 4GBRB 3HUKA 2OE7X 251LA 187LA 146LA 1LYGA 120LA 141LA 1LYIA 1L22A 1L27A 1L12A 1P5CA 1L82A 4YXAC 1L52A 1L63A 183LA 1C68A 1JQUA 199LA 1L23A 3FI5A 3OE0A 4ARMB 1C6QA 143LA 1C67A 2ANXA 2NTHA 3CDVA 1C6HA 3DN6A 192LA 164LA 174LA 3G3WA 3L2XA 4ARQA 1L36A 1LYEA 1JTMA 1XJTA 1L84A 1CUPA 257LA 2OU9A 1L76A 4K5YA 3G3VA 1L09A 2B7XA 4PK0A 262LA 4ARLA 4EKSA 1QUGA 1P6YA 1D3NA 159LA 113LA 1CX6A 236LA 1L04A 4EKPA 125LA 1C69A 128LA 1QT4A 1L54A 2IGCA 1C65A 1SSWA 210LA 1L65A 209LA 214LA 157LA 2QARC 2RB2X 1G0QA 1L74A 3DN2A 6LZMA 3GULA 1OV7A 1L28A 1CV4A 1L0JA 3HT9A 1L20A 4W59A 2OEAX 1L97A 1QTZA 1L03A 1L16A 1CVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T8GA 5JENB 1PQJA 1L87A 4EPFA 4WLDA 148LE 1ZYTA 1LGXA 4YOPA 4WG1A 1LJ4A 4PJZA 4P2EA 219LA 1ZVYB 1LJFA 1HERA 1WQMA 222LA 3PDSA 1QT8A 9LYZA 1G1WA 5M1YA 1BWHA 2EQLA 1XJUA 2Z39A 129LA 4G4HA 4OWHA 3EXDA 1YILA 5F9UA 4DD9A 3EMLA 3HTDA 3A93A 1L33A 1PQIA 3CT0A 153LA 1CX7A 5I53A 2LHMA 4ET9A 1DZBX 1C6NA 1LI2A 2B6YA 2LCBA 1VATA 175LA 250LA 1CV6A 1L07A 1L90A 1L01A 107LA 1CKCA 3C7YA 2B6TA 2MEFA 1VDQA 1XGQC 3EO5A 1DYGA 4G9SA 4PGJB 189LA 3ATOA 5IELA 1LWKA 1XEPA 3AW6A 5B59A 2ZIJA 1L85A 4R6CA 4QEQA 1CU6A 1OV5A 5F14A 223LA 4H93A 1GFRA 1ZURA 1B5WA 4DDAA 1C63A 1C60A 1WQQA 3QAKA 1YAOA 2DQIY 1L21A 1XEJA 2HUKA 1BB5A 3LYTA 1LYSA 1C6TA 196LA 1BVKC 5FSTA 1L05A 4GRVA 3C81A 1L43A 4EKQA 2EIZC 4ET8A 1L50A 1IY4A 1JJ3A 1IC5Y 1OVHA 1CJ7A 1IOQA 145LA 1B7QA 1LCNA 220LA 4PJ2C 1BHZA 1LZAA 3C8SA 2G4QA 5APFA 1JJ1A 1YAMA 3LYMA 4I7KA 1L37A 1IWXA 1GB3A 1L42A 1P3NA 225LA 2Z12A 3OE8A 1KXYA 2B5ZA 1QSQA 1L17A 3HT6A 1T8AA 130LA 1D2WA 1DYDA 2HEFA 1LSYA 3CDTA 1L57A 1JHLA 235LA 3F8VA 4HJVA 1YL0X 1QIOA 1L71A 123LA 5AMYA 3HTFA 4DD2A 1QS5A 168LA 1CKFA 1OVKA 1YKYX 1UA6Y 4WM3A 4WO9A 3QNGA 1XEIA 4DWXA 1UIAA 1SSYA 1P2LA 4WM1A 1P2RA 2RBNA 1OYUA 3N9EA 4DD1A 4PPOA 5HLLA 2OTZX 1L24A 4MSTA 226LA 4TSBA 1GF8A 1YIKA 4N0JA 1J1XY 1LSMA 4EOFA 1IP2A 4L41A 1L56A 4I7PA 4LYMA 185LA 1D3MA 4IJ4A 1QTKA 1REZA 2N5ZA 1D6QA 1LJJA 3CSZA 3DN0A 103LA 1OUJA 1D0MA 1AZFA 1LPYA 3TXHA 5KY1A 5I5QA 5DM9A 156LA 2DBTA 4C5FA 1LOZA 3NY8A 1C6DA 1HEMA 1CKHA 5L9JA 1GBXA 3HWLA 176LA 3HBDA 1KXWA 2YVBA 3HBEX 4LDEA 2HUBA 1SLYA 2X0AA 1IR9A 1GB2A 1AKIA 1NKHA 1C6PA 3F6ZA 4DQ5A 2H5ZA 4II8A 1LI6A 5E4PA 3AB6A 3C7WA 1GEZA 4ARPA 1LMNA 3C8QA 5ILCA 4ARJA 1L10A 1DXJA 3OE9A 2OE9X 5LIOA 1L70A 1H87A 2CDSA 5KXSA 3OJPA 1G7MC 1QT6A 2CJLA 1BB7A 2YBJA 1LGWA 4DAJA 2FBBA 4A7DA 1G0KA 3D9AC 4WM2A 1LZCA 1LYJA 4NEBA 1JKDA 1LZGA 1PS5A 1HMKA 4EJ4A 3WU8A 4E97A 2HU3A 4NGOA 5KJ9A 3CSQA 1CU2A 1MLCE 1DYEA 1L0KA 5APDA 3WUAA 184LA 2HUMA 1QTDA 4RLMA 4NGVA 1LPIA 1B5YA 5LAGA 1YQVY 3RZEA 4NSJA 3AGHA 5A3EA 2Z19A 3WPJA 1LMQA 126LA 1JTTL 152LA 4C3WA 1QSWA 2B6XA 4XJGA 1DYAA 5APCA 2Q0MX 1CJ6A 2ZYCA 150LA 195LA 1RCMA 1EQ4A 1N4FA 1JTOL 4LT1A 4O34A 1OUAA 2DKVA 1CV5A 2Z2FA 4WLXA 2LYMA 1PQOA 4NSHA 1TDYA 4I0CA 1OVJA 3DKEX 3D3DA 1L77A 1QUDA 1IWZA 4EPIA 112LA 160LA 1NQIA 1JKBA 3VW7A 1LHKA 1SWZA 1UIBA 1C43A 1OUDA 127LA 5I14A 1IWVA 3HTBA 3P68A 132LA 3WUMA 1BB3A 1LYGA 1GF4A 4H9BA 4OWCA 1L12A 4H8ZA 5KXWA 199LA 1L23A 1KIQC 4NHPA 4ARMB 2NTHA 1LSGA 192LA 164LA 2XBSA 1W6ZA 1BWIA 174LA 1L36A 1LYEA 1LZSA 1FLYA 257LA 4LFXA 4PK0A 3TXFA 262LA 4ARLA 4EKSA 1QUGA 1T6VL 1L04A 4EKPA 1REYA 1XGRC 4M6DA 1QT4A 1P2CC 1L54A 3QE8A 2BQLA 4CJ2A 5KKIA 5FHWA 3VWOA 4LT2A 1LMOA 2D4IA 1HFZA 1CV4A 3HT9A 2D4KA 3A3QA 1L20A 4I8SA 1QUOA 2YBHA 1OUFA 3WL2A 2F4AA 4PRQA 4HTKA 4GN5C 1KNIA 3LZ2A 1HELA 3WYHA 4YM8A 2I6ZA 2A7FA 2MEHA 4H1PA 1G7JC 1C7PA 2F2QA 3HDEA 4W52A 1G0PA 217LA 4OWAA 4LFPA 1GBWA 234LA 1GD6A 4LYTA 4W56A 1LI3A 5B1FA 142LA 4DD3A 1LJHA 3CB7A 207LA 1HEPA 2DQFC 1L48A 4EXMA 147LA 3SB7A 4B49A 1C66A 1UBZA 1GB9A 1L49A 1L19A 2LZMA 4D9ZA 3WVXA 2Q9EA 261LA 1C6MA 2D6BA 173LA 1REMA 1ALCA 3RU5A 2B70A 4LT3A 3RNXA 4W51A 2XTHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T8G A;  5JEN B;  1PQJ A;  1L87 A;  4EPF A;  4WLD A;  148L E;  1ZYT A;  1LGX A;  4YOP A;  4WG1 A;  1LJ4 A;  4PJZ A;  4P2E A;  219L A;  1ZVY B;  1LJF A;  1HER A;  1WQM A;  222L A;  3PDS A;  1QT8 A;  9LYZ A;  1G1W A;  5M1Y A;  1BWH A;  2EQL A;  1XJU A;  2Z39 A;  129L A;  4G4H A;  4OWH A;  3EXD A;  1YIL A;  5F9U A;  4DD9 A;  3EML A;  3HTD A;  3A93 A;  1L33 A;  1PQI A;  3CT0 A;  153L A;  1CX7 A;  5I53 A;  2LHM A;  4ET9 A;  1DZB X;  1C6N A;  1LI2 A;  2B6Y A;  2LCB A;  1VAT A;  175L A;  250L A;  1CV6 A;  1L07 A;  1L90 A;  1L01 A;  107L A;  1CKC A;  3C7Y A;  2B6T A;  2MEF A;  1VDQ A;  1XGQ C;  3EO5 A;  1DYG A;  4G9S A;  4PGJ B;  189L A;  3ATO A;  5IEL A;  1LWK A;  1XEP A;  3AW6 A;  5B59 A;  2ZIJ A;  1L85 A;  4R6C A;  4QEQ A;  1CU6 A;  1OV5 A;  5F14 A;  223L A;  4H93 A;  1GFR A;  1ZUR A;  1B5W A;  4DDA A;  1C63 A;  1C60 A;  1WQQ A;  3QAK A;  1YAO A;  2DQI Y;  1L21 A;  1XEJ A;  2HUK A;  1BB5 A;  3LYT A;  1LYS A;  1C6T A;  196L A;  1BVK C;  5FST A;  1L05 A;  4GRV A;  3C81 A;  1L43 A;  4EKQ A;  2EIZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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