1L29A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKHVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l29A00
2Q9DA 2OU9A 228LA 1JTMA 2B6YA 1L63A 1G0MA 1L99A 3DN8A 1L28A 111LA 4E97A 188LA 1P36A 3GUIA 1XJUA 1P56A 1G0QA 1L87A 112LA 177LA 2RBRA 143LA 4ARQA 1K28A 1P46A 246LA 3GUKA 157LA 1QTHA 4ARJA 2HUKA 1OVJA 1PQDA 2OTZX 4I7TA 3HTFA 205LA 1PQKA 209LA 150LA 3HDEA 173LA 161LA 3DN1A 3DMXA 1D3FA 211LA 1C6HA 1QUGA 1L20A 186LA 3FADA 3DN0A 2Z6BA 3G3VA 2O79A 3C81A 1L33A 235LA 1ZURA 1L68A 2OEAX 4I7PA 1L0JA 3C8SA 1L23A 1G0KA 1OWYA 1P2LA 1LI2A 4EKRA 2HUMA 4YXCA 241LA 231LA 1D9WA 4I7MA 1DYFA 2OU8A 1DYBA 3GUNA 3DN6A 4DJHA 3C7WA 1QTDA 4I7OA 244LA 1KY0A 2IGCA 1L04A 1C69A 1C6IA 3D4SA 1L85A 1L70A 1KNIA 1P5CA 1C66A 2RBSA 3CDQA 1CV5A 4W58A 4YXAC 206LA 2RB0X 139LA 1LYEA 248LA 3F9LA 3JR6A 1L45A 120LA 3CDOA 3PBLA 3K2RA 233LA 3NYAA 3G3XA 4K5YA 1L34A 1L41A 256LA 190LA 3HUQA 1L49A 2RBNA 1L90A 3C8RA 180LA 1L81A 1L92A 2LC9A 2OTYX 3HH5A 1ZWNA 1P37A 4I7JA 1SX7A 1LYGA 1L66A 1L13A 2B75A 2RAZX 4S0WA 146LA 3DNAA 1PQJA 1C6GA 1L73A 1L02A 1SSWA 258LA 1LWKA 243LA 2B74A 1L94A 1C61A 251LA 191LA 3UONA 122LA 1L47A 1C60A 1L57A 3V2WA 3SB9A 1L15A 219LA 237LA 3RUNA 230LA 3FI5A 3HWLA 109LA 1QT7A 125LA 2O7AA 1L46A 107LA 145LA 166LA 242LA 2OE9X 4GRVA 1L05A 168LA 123LA 1WTHA 1L22A 182LA 1SWZA 261LA 1L27A 1KY1A 1CU6A 1L07A 192LA 1DYEA 249LA 1G0JA 1L69A 1L61A 1L18A 1G07A 2Q9EA 225LA 218LA 1EPYA 1TLAA 2QB0B 1L19A 1L96A 3DN2A 1CU3A 1L10A 187LA 1L83A 4W51A 3F8VA 1LLHA 1L29A 3GUOA 4I7QA 1C6BA 1LYHA 3SB7A 152LA 1CX7A 1LGWA 1C6EA 178LA 1L60A 3HH4A 1DYDA 1DYGA 3SB8A 3SBBC 1L59A 1L43A 1KW5A 3CDTA 3HT6A 1QUHA 3C83A 1LI6A 3GUJA 1G06A 147LA 165LA 253LA 1G0LA 1L16A 3HDFA 1SSYA 2B72A 198LA 4W56A 3DN4A 1SX2A 4EKSA 255LA 4ZPUA 1L09A 1L93A 4I7SA 4PJZA 212LA 1L32A 217LA 257LA 1L72A 1T8GA 1CUPA 1D3JA 1L31A 1OWZA 1C68A 3HT9A 1QSQA 1QUDA 1L97A 224LA 3RZEA 262LA 240LA 138LA 3OE9A 1L21A 4I7KA 4EPIA 1JQUA 2ANVA 1L39A 1L51A 2LCBA 1LPYA 1L12A 1QS9A 1D3NA 2OE7X 1L36A 1L35A 1C63A 1P7SA 2RH1A 104LA 1CVKA 1P2RA 4EKQA 1L48A 1QT3A 128LA 1LW9A 131LA 1QTCA 1JTNA 7LZMA 3SN6R 3HT7A 1DYAA 2RBOA 189LA 1LYFA 1CV3A 2NTHA 3FA0A 159LA 1QS5A 1L14A 4LDLA 1G1VA 1QT4A 2RB1X 1OVHA 1C6FA 259LA 3SBAA 149LA 1P6YA 1P64A 3C7ZA 126LA 1CU0A 2RB2X 2NTGA 222LA 1L84A 1L74A 1QT5A 1LI3A 2RAYX 1LGUA 3NY9A 227LA 4GBRB 1QT6A 1C6TA 1LYIA 4OO9A 3DMZA 167LA 140LA 1C6CA 2F47A 115LA 1L03A 1C67A 2B6WA 1D2WA 1L86A 1C6MA 1CV6A 1CV1A 213LA 232LA 1L56A 1L89A 234LA 3HH6A 3OE8A 4LDOA 162LA 169LA 2LZMA 3CDRA 1C6KA 2OE4X 4PK0A 3HU8A 175LA 4I7LA 1XEPA 4EKPA 1L06A 1L42A 4AQNA 4ARMB 1L00A 1L95A 3ODUA 1L25A 1LYJA 245LA 214LA 3V2YA 1L58A 1L17A 3C8QA 3HUAA 1T8FA 1LWGA 127LA 2L78A 4DKLA 118LA 1DYCA 1L65A 1KW7A 201LA 3L64A 1CUQA 2ANXA 1L30A 2B6TA 1SWYA 1C6NA 3OE0A 1C62A 4W57A 238LA 2CUUA 3HTDA 1G0GA 158LA 170LA 1L08A 229LA 1L40A 1I6SA 130LA 4LZMA 1L77A 1L98A 1CX6A 3EMLA 144LA 2OU0X 4W52A 1L54A 1NHBA 2O4WA 4I7NA 114LA 1ZYTA 1L80A 1B6IA 3SB5A 110LA 2F2QA 3HUKA 210LA 1L75A 1C6LA 4ARPA 1C6QA 3HT8A 1C6AA 1G0PA 4W54A 119LA 226LA 171LA 4ARQB 1L11A 3HTGA 4I7RA 3CDVA 103LA 184LA 1CTWA 1QTZA 1QTVA 174LA 4EJ4A 1QTBA 1LYDA 1L91A 1OVKA 1L0KA 3HH3A 215LA 4YX7C 1L55A 1PQIA 239LA 199LA 4W53A 2A4TA 2B7XA 1D3MA 2B6XA 1L82A 2QARC 1L79A 1QT8A 3GUPA 1L71A 3VW7A 221LA 2B73A 1C6JA 148LE 1OV5A 141LA 1C65A 181LA 1C6DA 1OV7A 3C7YA 4LDEA 2F32A 200LA 2RBQA 3DKEX 3PDSA 1C64A 196LA 1QUOA 1L38A 260LA 3OE6A 6LZMA 5I14A 1C6PA 1L37A 3QAKA 155LA 156LA 142LA 172LA 3DMVA 183LA 164LA 195LA 1L76A 1QSBA 1L24A 1G1WA 1PQOA 1D2YA 1L64A 3DN3A 4EPFA 1CV0A 4ARLA 1XJTA 1PQMA 1CU5A 5LZMA 4ARMA 160LA 247LA 3G3WA 3HU9A 3C82A 3GUMA 1L53A 1CU2A 1T6HA 236LA 3C80A 108LA 2RBPA 220LA 1OYUA 176LA 1L88A 223LA 1L67A 4W55A 216LA 102LA 1P3NA 1L44A 163LA 1L52A 1L50A 3GULA 4IAPA 151LA 1LGXA 254LA 3SB6A 197LA 129LA 250LA 4EXMA 1T8AA 1L26A 2HULA 4DAJA 1L01A 137LA 2B6ZA 3HTBA 113LA 3NY8A 2B70A 1CV4A 3L2XA 1T97A 185LA 1L62A 3LZMA 252LA 1KS3A 4W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EBHA 2OU9A 1CKCA 1YAOA 3DN8A 1BWJA 1HHLA 111LA 2G4QA 1P36A 1P56A 1G0QA 112LA 2RBRA 4B4IA 143LA 3TXEA 4P2EA 5KKJA 4ARJA 5LAFA 1JHLA 1C7PA 2CJLA 4NWEA 8LYZA 5KXRA 209LA 1NHEA 4N1CC 3ZVQA 4HTNA 161LA 3B72A 5IHGA 1JKAA 3DN1A 1CJ6A 1IWTA 1HFXA 4XJHA 3AGHA 1L68A 1LSMA 1L0JA 3C8SA 1OUEA 3A92A 1GF4A 5HNLA 4GCCA 1LJNA 1BB4A 1D9WA 2DQFC 2OU8A 3B6LA 3AGIA 2BPUA 1GBYA 3B0OA 1C6IA 3D4SA 2F4GA 1L70A 4DYGA 4LT2A 1CV5A 2RB0X 2A7DA 1BB7A 1GFGA 1GE2A 1L45A 4HTKA 1IOTA 4IASA 1GFTA 1G7IC 3A67Y 4NSHA 2EPEA 3G3XA 1LZ9A 3J6KA 256LA 2W1YA 2HEFA 4M6DA 3HH5A 4ETAA 1L66A 1GFRA 3DNAA 2BQFA 1GEVA 4B0DA 258LA 2HEEA 251LA 1WQMA 1GFHA 3IJVA 1C60A 4HV2A 1L57A 1LHHA 1L15A 4R6CA 1GF0A 3FI5A 3HWLA 1QT7A 5T3FA 145LA 1L05A 1IWXA 1LSNA 1B7NA 261LA 1WTHA 1GFEA 1GB9A 1SWZA 1L27A 1HFZA 1CU6A 1LOZA 249LA 1JWRA 1L18A 1G07A 2Q9EA 5LVIA 5LIOA 1B7RA 1L19A 4MCKA 1JSFA 4NSIA 3WPJA 1LLHA 4B1AA 1FKVA 1JSEA 2H9JA 5KXZA 3E3DA 1C6BA 1DPWA 2HEBA 1GAZA 1DYDA 3SB8A 3CT0A 1L43A 1IP2A 3HT6A 1B7OA 2ZNXY 1OUCA 165LA 4HTQA 3D3DA 1G0LA 1L16A 1D0LA 3HDFA 2BQLA 3CT1A 3DN4A 4MSTA 4EKSA 4I7SA 2HECA 1LJKA 4PJZA 3W6EA 4QEQA 1REXA 1UIEA 4TSCA 5B06A 1L31A 1OWZA 5A3ZA 1QSQA 1L97A 1HEWA 3LYZA 2YBNA 262LA 4KL7A 1I20A 4X3BA 1LZ6A 138LA 1L21A 4I7KA 4G4CA 1GFJA 4WG1A 2I6ZA 1UIDA 2ANVA 2LCBA 1DKJA 2OE7X 1L36A 1P7SA 1LJHA 1D6PA 1QSWA 1L48A 1B7SA 2ZYPA 4ET8A 4CFOA 2LZ2A 1LMTA 5KXNA 2BQBA 189LA 2MEHA 5LA8A 1LYFA 4H8YA 2NTHA 3FA0A 3AYQA 5C6IA 1O23A 4R0FA 1LAAA 1A2YC 1OVHA 1HSWA 154LA 2DQJY 1P64A 5B07A 5KJ9A 1L84A 1PZYA 5B1GA 2RAYX 4DD0A 5C6LA 4WL7A 1C6TA 167LA 4DD3A 4LT1A 1GXXA 3A8ZA 1F10A 1C6MA 1CV6A 1BGIA 3A3RX 5LAGA 2YBIA 3W3EA 5L3IA 1L89A 1YANA 234LA 3HH6A 2MEAA 1D0KA 2LZMA 4PRQA 1GBSA 4I7LA 4LT3A 4AQNA 3CSRA 1DI5A 3V2YA 1L58A 1L17A 4H9IA 1GB8A 1LWGA 1GB5A 1B5VA 1KW7A 1CUQA 3LYMA 2BQKA 1LMPA 1C6NA 3OE0A 4W57A 1LSDA 2CUUA 1YAMA 1CKHA 4PRUA 1L40A 1CKDA 1L77A 1JTOL 5ILFA 4PPOA 5I53A 1CX6A 3EMLA 1L54A 1ZYTA 1HMLA 2BQMA 110LA 2F2QA 4LYTA 4BS7A 4QGZA 1C6LA 4GCFA 3CSZA 1TDYA 4ARPA 4Z98A 1C6QA 3HT8A 5APEA 1L11A 3HTGA 5L9JA 3CDVA 1QTVA 174LA 4EJ4A 1QTBA 2C8PA 3TXGA 1OUDA 1WTMA 1B0DA 4YX7C 1LJFA 3ZVQB 1PQIA 4W53A 1GF8A 2B7XA 1KXYA 2B6XA 1B5XA 4D9ZA 3WMKA 1GB0A 1BB5A 3N9CA 2B73A 1QDRA 4DD7A 3DKEX 1QUOA 1L38A 4WO9A 6LZMA 2X0AA 4E3UA 155LA 156LA 5APFA 3ATOA 1AZFA 183LA 1L76A 2ZQ3A 1G1WA 4NWHA 5JENB 4M4OA 1C43A 4WL6A 4DQJA 1CU5A 4NGVA 247LA 5KXKA 3FE0A 1LZDA 5HNCA 3C82A 3GUMA 1CU2A 5LVKA 4XJDA 3RW8A 108LA 5M1YA 4XJIA 1L88A 3A6CY 216LA 1L44A 5IELA 3GULA 1J1XY 1HEMA 4XJBA 1OUFA 1LGXA 3GXKA 129LA 1LJIA 4W94A 2HULA 3W6AA 1BWIA 1CV4A 3L2XA 2YSSC 1NDGC 3AB6A 3LZMA 2ZNWY 1KS3A 4MR1A 4FJRA 1OUJA 4ETDA 6LYZA 4AGAA 1L63A 1VAUA 1REZA 1VDSA 5KXSA 4WLTA 4DDAA 188LA 1KXXA 5I4XA 2LYMA 3WVXA 1L87A 5I4WA 177LA 1K28A 246LA 5B05A 1QTHA 3BKHA 2OTZX 4I7TA 150LA 1I56A 3IWRA 2F4AA 5K7OA 1C6HA 1QUGA 4XJGA 186LA 1HMKA 2Z6BA 4NGJA 2O79A 1LZBA 2YDGA 3P65A 1ZURA 3W6FA 4I7PA 2RSCA 4NHQA 4DC4A 5II3A 4ZEEA 1LI2A 4EKRA 1LHMA 1QSAA 231LA 1XEKA 1DYFA 1IWYA 1XGQC 1DYBA 3GUNA 3DN6A 4DJHA 1QTDA 1IWVA 1XGTC 1KY0A 1GE3A 1C69A 1L04A 1OUAA 1L85A 4LFXA 206LA 5F9XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5EBH A;  2OU9 A;  1CKC A;  1YAO A;  3DN8 A;  1BWJ A;  1HHL A;  111L A;  2G4Q A;  1P36 A;  1P56 A;  1G0Q A;  112L A;  2RBR A;  4B4I A;  143L A;  3TXE A;  4P2E A;  5KKJ A;  4ARJ A;  5LAF A;  1JHL A;  1C7P A;  2CJL A;  4NWE A;  8LYZ A;  5KXR A;  209L A;  1NHE A;  4N1C C;  3ZVQ A;  4HTN A;  161L A;  3B72 A;  5IHG A;  1JKA A;  3DN1 A;  1CJ6 A;  1IWT A;  1HFX A;  4XJH A;  3AGH A;  1L68 A;  1LSM A;  1L0J A;  3C8S A;  1OUE A;  3A92 A;  1GF4 A;  5HNL A;  4GCC A;  1LJN A;  1BB4 A;  1D9W A;  2DQF C;  2OU8 A;  3B6L A;  3AGI A;  2BPU A;  1GBY A;  3B0O A;  1C6I A;  3D4S A;  2F4G A;  1L70 A;  4DYG A;  4LT2 A;  1CV5 A;  2RB0 X;  2A7D A;  1BB7 A;  1GFG A;  1GE2 A;  1L45 A;  4HTK A;  1IOT A;  4IAS A;  1GFT A;  1G7I C;  3A67 Y;  4NSH A;  2EPE A;  3G3X A;  1LZ9 A;  3J6K A;  256L A;  2W1Y A;  2HEF A;  4M6D A;  3HH5 A;  4ETA A;  1L66 A;  1GFR A;  3DNA A;  2BQF A;  1GEV A;  4B0D A;  258L A;  2HEE A;  251L A;  1WQM A;  1GFH A;  3IJV A;  1C60 A;  4HV2 A;  1L57 A;  1LHH A;  1L15 A;  4R6C A;  1GF0 A;  3FI5 A;  3HWL A; 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