1L30A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKLVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l30A00
245LA 2NTGA 161LA 4W52A 1L70A 1L80A 227LA 1L71A 241LA 172LA 1L32A 1L27A 1C62A 1L93A 4EPFA 115LA 3GULA 1PQJA 2RBNA 1KW7A 4W56A 1QTBA 190LA 181LA 1L84A 4PK0A 3SB5A 4W57A 251LA 1ZURA 200LA 1SWYA 141LA 1L48A 3OE9A 2B70A 191LA 1LPYA 1C6HA 3SB7A 1JTNA 4EJ4A 1PQDA 3DMZA 4I7PA 149LA 247LA 1XEPA 2F47A 152LA 237LA 128LA 3FI5A 2F32A 3HT6A 243LA 3SB9A 1L77A 1L49A 1CV0A 112LA 1C61A 1G0LA 2OTZX 138LA 1DYGA 3HTDA 182LA 4ARMB 1QTCA 1T8GA 3NY9A 1T6HA 4W58A 1L39A 1G1VA 2OEAX 1L45A 156LA 1L01A 249LA 240LA 5I14A 1QT4A 1QUHA 1L50A 1ZWNA 1L99A 210LA 2HUMA 1DYBA 174LA 3GUOA 221LA 120LA 1CV6A 4I7TA 176LA 1QUGA 2OU0X 3HDEA 4S0WA 162LA 1L94A 1DYDA 4I7NA 1SSWA 3F8VA 1DYFA 229LA 2Q9EA 3HTGA 1C67A 1P7SA 1QT3A 1DYCA 3HH4A 1P6YA 2QB0B 3QAKA 7LZMA 118LA 1L35A 246LA 2B6ZA 186LA 192LA 3HT7A 3L64A 261LA 1C63A 3C83A 1L10A 3FADA 1OWZA 3HTFA 3NY8A 1KW5A 3FA0A 122LA 1CUQA 110LA 1L38A 123LA 3OE0A 1L30A 1XJTA 3HWLA 3HTBA 165LA 3DKEX 180LA 1P46A 139LA 1KNIA 1L21A 1LYIA 214LA 160LA 1L95A 3PBLA 4DKLA 253LA 224LA 3DMXA 2ANVA 3VW7A 3OE6A 1D3NA 1OV7A 1CV1A 1L69A 232LA 4ARLA 155LA 1D2YA 119LA 1OVHA 1L25A 1L51A 1L56A 3K2RA 1L41A 184LA 222LA 1L65A 1DYEA 4ARQB 1LWKA 1P64A 1PQKA 1L26A 1P3NA 1D3MA 3V2WA 2RBPA 197LA 158LA 1P37A 1PQOA 1C6PA 1L29A 2RB2X 218LA 3HUQA 4GRVA 248LA 177LA 258LA 1L40A 1ZYTA 3G3VA 234LA 1L20A 1L64A 198LA 4DJHA 1QT6A 3PDSA 171LA 262LA 1QUOA 220LA 188LA 1QS5A 129LA 1OYUA 2F2QA 170LA 1QSBA 2B6TA 1L92A 3EMLA 4I7KA 1L60A 3HT8A 1C6TA 187LA 4I7SA 2B6YA 201LA 2RBRA 3NYAA 228LA 3DNAA 3HH3A 1L88A 1PQMA 2B72A 242LA 2OTYX 1L79A 4I7MA 1QT5A 2O4WA 1QTDA 196LA 238LA 3CDRA 1C6EA 4EPIA 233LA 1L06A 1C69A 1KS3A 3D4SA 2B73A 140LA 1CX6A 1L68A 4K5YA 4ARJA 213LA 3HH6A 146LA 3G3XA 1P5CA 252LA 3GUKA 151LA 1K28A 3C82A 3CDOA 4YXCA 3SN6R 1L08A 3CDQA 1CTWA 2OU9A 3HDFA 4I7LA 3HH5A 1CU2A 1L28A 159LA 1L66A 4IAPA 167LA 239LA 1QT8A 1L0KA 2RAZX 3DN0A 4EKSA 1L73A 1PQIA 3ODUA 1L47A 1L23A 2Q9DA 4ARPA 4LDOA 1L83A 1LYHA 5LZMA 216LA 1KY0A 3DN1A 4EXMA 4PJZA 1KY1A 1C6FA 163LA 250LA 1C64A 3C7ZA 3HUAA 4W54A 1D2WA 2RBOA 3GUIA 1LI6A 1XJUA 254LA 1C6KA 4LDEA 1B6IA 1SX7A 1QTZA 113LA 3GUPA 244LA 164LA 1QTHA 103LA 1CV5A 212LA 3DN2A 4ARMA 1C6GA 4I7RA 1L11A 2LZMA 1DYAA 137LA 1L85A 2B6WA 215LA 3HU8A 1OWYA 126LA 1L57A 2RAYX 1LYGA 1SWZA 2NTHA 1CVKA 1OVKA 1G0GA 1CU5A 1L63A 1L19A 1G07A 2OE7X 1L13A 1WTHA 4LDLA 1L12A 4E97A 3CDTA 2L78A 1L54A 1L76A 1T97A 148LE 3DN8A 131LA 1L42A 125LA 2RBQA 1L55A 1L07A 2Z6BA 4AQNA 2RH1A 1L53A 1C6JA 259LA 1G0QA 4EKQA 2B6XA 2OE4X 260LA 1JQUA 1L58A 1CU0A 175LA 1LW9A 1P36A 1QS9A 1C6QA 1C6MA 2A4TA 1G0KA 3JR6A 1SX2A 209LA 4W55A 1OV5A 3GUJA 1L44A 1L90A 1L67A 1C68A 1L00A 1L15A 2OU8A 1CX7A 1C60A 3GUNA 1L02A 1L36A 1L16A 144LA 3HUKA 169LA 1P56A 3CDVA 1G06A 6LZMA 4I7JA 1L89A 3DN3A 1L98A 104LA 2O79A 4LZMA 1L31A 3HT9A 107LA 109LA 1T8AA 1L52A 157LA 217LA 130LA 231LA 1L81A 205LA 114LA 2RB0X 4YX7C 1QTVA 1LYJA 235LA 4ARQA 3C8SA 3C80A 3HU9A 1QT7A 1L87A 1D9WA 2B75A 147LA 2LC9A 255LA 2OE9X 1D3JA 3DN4A 1LYEA 4EKRA 142LA 145LA 2IGCA 127LA 3F9LA 4OO9A 3SB6A 199LA 1L18A 1C6DA 1LYFA 3DMVA 1CUPA 1I6SA 3OE8A 3SBBC 1G1WA 1L05A 2O7AA 1L46A 2HUKA 2ANXA 1SSYA 1QSQA 3C8QA 257LA 1C6BA 1L0JA 211LA 1P2LA 1CV3A 3C7WA 3SB8A 2RBSA 1L34A 1L96A 1CV4A 4W53A 219LA 1L03A 2LCBA 1G0PA 2B7XA 4W51A 1L75A 3C81A 1G0MA 1L86A 1JTMA 150LA 3C7YA 183LA 1LLHA 1L82A 1D3FA 3SBAA 195LA 1QUDA 1LGXA 2B74A 1CU6A 256LA 230LA 3RZEA 102LA 1C66A 1G0JA 1L14A 1L59A 1LWGA 173LA 3L2XA 1NHBA 225LA 4I7QA 4DAJA 223LA 1L24A 1LI2A 206LA 4GBRB 4EKPA 1T8FA 1L97A 2HULA 2RB1X 4W59A 1OVJA 1L09A 1L33A 1L74A 3C8RA 4YXAC 3V2YA 3G3WA 3DN6A 1LYDA 1L61A 143LA 1C6NA 108LA 1C6AA 166LA 1L91A 189LA 226LA 1C6CA 1CU3A 1L62A 1C65A 1L17A 1L04A 1EPYA 2QARC 236LA 4ZPUA 1L37A 1LI3A 178LA 1LGWA 3RUNA 111LA 1L43A 2CUUA 1LGUA 1L22A 1C6IA 3LZMA 3GUMA 3UONA 1C6LA 1TLAA 1P2RA 1L72A 185LA 4I7OA 168LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETEA 1L70A 4TSBA 1L80A 3AGHA 172LA 1C62A 1L93A 4FJRA 1KW7A 1QTBA 190LA 3WW6A 3SB5A 200LA 2B70A 1OUFA 1JTNA 1QTKA 1B5UA 1IP5A 1PQDA 3DMZA 247LA 1VEDA 3LZTA 2F47A 3WUMA 128LA 2EIZC 1GB2A 2F32A 3CSRA 5HLLA 1GPQC 5D5FA 1T8GA 2D4IA 1HEOA 5I4WA 3NY9A 1ZMYL 4W58A 4ETBA 2EPEA 1E8LA 1GBXA 156LA 4B49A 1GB7A 2IFFY 5LXWA 2HEBA 2MEFA 221LA 1CV6A 4WM5A 1VDTA 1G7IC 2H9JA 162LA 1L94A 4LFXA 1UICA 1C67A 1LSYA 1DYCA 1GF8A 1V7SA 2QB0B 7LZMA 118LA 246LA 2GV0A 2EQLA 4H9HA 3D3DA 4WLYA 4DYGA 192LA 3EMSA 2DQEY 1C63A 3C83A 2FBDA 3A95A 3ZVQB 1GB5A 3NY8A 3M18B 4DQ5A 1IY4A 5KXZA 2YBLA 3OE0A 1ALCA 2HEDA 1XJTA 4WM1A 3WUNA 4DD3A 1LMTA 2LZTA 4HSFA 3SP3A 1NBZC 1FLWA 1GBWA 1L21A 3P65A 1LYIA 214LA 2BQLA 1LZAA 4LYTA 2DQCY 5L3HA 224LA 1D3NA 2BPUA 1CV1A 232LA 207LA 3TMXA 1L25A 3WVYA 1JTTL 1DYEA 4XJDA 1PQKA 4DDCA 1EQ4A 3W6CA 5KKIA 1LJNA 3D9AC 4QEQA 1TAYA 5KXLA 1QQYA 1PQOA 4XJGA 1C6PA 1GD6A 4H9FA 4GN4A 1IEEA 177LA 5AMYA 2BLXA 2YBNA 1NMMA 234LA 1L64A 262LA 1QUOA 188LA 3WPKA 1OYUA 1QSWA 170LA 1QSBA 3EMLA 1G7HC 4I7KA 2H9KA 4FDYA 4I7SA 4B1AA 2XQOA 3DNAA 1B5ZA 2LYMA 1DI3A 2BQOA 2O4WA 238LA 1REYA 1YAMA 1J1PY 1N4FA 1C69A 2F30A 1CX6A 4K5YA 4B4JA 2YDGA 3VWOA 1D0LA 1BB4A 4HPIA 3LYOA 1LKRA 3A6CY 3GUKA 1I20A 1LSMA 3IJUA 3T36A 3TXGA 3SN6R 1CTWA 1HHLA 4OWHA 1L66A 3A92A 1REXA 2ZIJA 2FYDA 1IP3A 1KIPC 3ODUA 1L23A 6LYZA 4NHPA 4N1EI 1IWWA 1DKJA 4NGYA 4L41A 5C6JA 1D2WA 2RBOA 3GUIA 4RDSA 5EBHA 4GCBA 1LI6A 5FEKA 1QTZA 4HPEA 113LA 1HELA 4RW2A 1QTHA 4LT3A 1VDPA 1CV5A 5KXMA 1YL0X 1C6GA 1GE4A 4I7RA 3WXTA 1L11A 4H92A 5F9UA 5I5QA 1LYGA 1O23A 4I0CA 1JSEA 1GF9A 1L13A 1AT5A 5L3IA 1REZA 2L78A 4H9IA 2F4AA 4OWAA 1B7SA 1L07A 2W1YA 1BVKC 1L53A 4N0JA 1G0QA 2B6XA 4OOOA 5LA8A 4MSTA 5JENB 1CU0A 4GN5C 1XGQC 5B1FA 1C6QA 3ZVQA 1CKCA 3A90A 1L00A 1WTNA 1CX7A 1C60A 3A96A 3OK0A 4J1BA 4TTDA 4HJVA 132LA 1B7MA 1Z55A 1IOTA 1DPWA 1IOSA 2VB1A 1BB3A 1JKAA 2O79A 4ZIXA 157LA 130LA 5ILCA 2XBRA 1KXXA 1DQJC 5E4PA 1RFPA 1AT6A 1IP1A 1LYJA 1JWRA 3CB7A 5LYZA 4UWVA 1QT7A 5LYMA 4WM3A 1D3JA 4W94A 1LZRA 1LYFA 4YOPA 5B1GA 1WVUA 3SBBC 1L46A 2HUKA 1FKQA 1QSQA 2A7FA 211LA 3J4GA 4NGVA 1P2LA 1GFUA 208LA 1L34A 5APEA 3WU8A 4B4IA 2LCBA 1W08A 1G0PA 1GB9A 2DQJY 3A93A 3HBDA 1JTMA 4AGAA 1GAZA 2DBTA 1OUAA 1C46A 3C7YA 4LT0A 1LHIA 195LA 1OUDA 4NIJA 1B7PA 2MEDA 2B74A 4LYCA 4NGZA 3TMWA 4LYMA 1YKXX 5IELA 1L59A 5KXSA 5HMJA 223LA 206LA 4HTNA 1IWYA 1LZEA 2D91A 5LVIA 5DN4A 1L09A 1L33A 4TUNA 2HEEA 3DN6A 1LYDA 1L61A 1C6NA 1I56A 1LSAA 1C6AA 226LA 4Z46A 1CU3A 1C65A 1F6SA 3W6FA 1L04A 1LJEA 3WULA 236LA 3N9CA 1LHJA 4H91A 4LYOA 2C8PA 4WM6A 1L22A 4BS7A 3LZMA 3UONA 1TLAA 1P2RA 5I4XA 2F4GA 3RZ4A 4R6CA 1B0DA 2NTGA 1JPOA 227LA 1L71A 1VFBC 1PQJA 2A7DA 4LT1A 1ZVHL 2MEAA 5HMVA 181LA 4RLMA 1ZURA 1L48A 4PPOA 3A6BY 1C6HA 3SB7A 1ZV5L 149LA 1B5WA 1LSPA 3WYHA 1XEPA 1WQNA 4G4BA 237LA 3HT6A 4XJIA 243LA 3SB9A 1BQLY 3RT5X 3W6AA 1CV0A 2LYZA 112LA 1C61A 2OTZX 3RW8A 1JHLA 5KXTA 4DD1A 1QSAA 1QTCA 5KXRA 1D6QA 1QT4A 1QUHA 1FKVA 4G9SA 2HUMA 3GUOA 120LA 4RW1A 1HENA 1REMA 4S0WA 5KXKA 2G4PA 1SSWA 1DYFA 229LA 2X0AA 3HTGA 1IVMA 1HEQA 3KAMA 1LJHA 4DD9A 4TSCA 1P6YA 3QAKA 1L35A 1UIEA 1GAYA 3N9EA 186LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETE A;  1L70 A;  4TSB A;  1L80 A;  3AGH A;  172L A;  1C62 A;  1L93 A;  4FJR A;  1KW7 A;  1QTB A;  190L A;  3WW6 A;  3SB5 A;  200L A;  2B70 A;  1OUF A;  1JTN A;  1QTK A;  1B5U A;  1IP5 A;  1PQD A;  3DMZ A;  247L A;  1VED A;  3LZT A;  2F47 A;  3WUM A;  128L A;  2EIZ C;  1GB2 A;  2F32 A;  3CSR A;  5HLL A;  1GPQ C;  5D5F A;  1T8G A;  2D4I A;  1HEO A;  5I4W A;  3NY9 A;  1ZMY L;  4W58 A;  4ETB A;  2EPE A;  1E8L A;  1GBX A;  156L A;  4B49 A;  1GB7 A;  2IFF Y;  5LXW A;  2HEB A;  2MEF A;  221L A;  1CV6 A;  4WM5 A;  1VDT A;  1G7I C;  2H9J A;  162L A;  1L94 A;  4LFX A;  1UIC A;  1C67 A;  1LSY A;  1DYC A;  1GF8 A;  1V7S A;  2QB0 B;  7LZM A;  118L A;  246L A;  2GV0 A;  2EQL A;  4H9H A;  3D3D A;  4WLY A;  4DYG A;  192L A;  3EMS A;  2DQE Y;  1C63 A;  3C83 A;  2FBD A;  3A95 A;  3ZVQ B;  1GB5 A;  3NY8 A;  3M18 B;  4DQ5 A;  1IY4 A;  5KXZ A;  2YBL A;  3OE0 A;  1ALC A;  2HED A;  1XJT A;  4WM1 A;  3WUN A;  4DD3 A;  1LMT A;  2LZT A;  4HSF A;  3SP3 A;  1NBZ C;  1FLW A;  1GBW A;  1L21 A;  3P65 A;  1LYI A;  214L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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