1L30A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKLVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l30A00
2B6TA 1CV4A 1CU2A 113LA 1L40A 1LI2A 1L64A 246LA 3HWLA 4I7TA 1C6EA 3JR6A 1T8FA 3C82A 157LA 2RB1X 156LA 1QT5A 192LA 3FI5A 6LZMA 1L00A 3SB9A 3HT8A 1L66A 3C8SA 3DN4A 7LZMA 3GULA 3L2XA 2Q9DA 5I14A 1CV5A 1L80A 206LA 2IGCA 4ARQB 1L72A 1L77A 1QUGA 1G1VA 1L13A 1KY0A 1DYBA 1LGWA 3GUKA 1C6IA 1LW9A 1DYFA 1ZYTA 162LA 3EMLA 2RBSA 183LA 1QTBA 3SB7A 4I7OA 1L71A 160LA 1C6PA 3FADA 1C6FA 3C83A 1L24A 1L45A 216LA 4W54A 1L06A 1G0PA 3G3XA 4GRVA 4ARMB 250LA 3F9LA 2HUMA 3QAKA 210LA 4AQNA 1PQMA 1L03A 1C6QA 1QSBA 177LA 150LA 1G0GA 2F47A 161LA 181LA 139LA 104LA 1L65A 220LA 1L50A 2RH1A 2B70A 3DMVA 5LZMA 223LA 1LWKA 4K5YA 1L70A 1L82A 2OE4X 1CV3A 3C7YA 197LA 1L98A 3SB6A 1G0QA 253LA 3OE8A 4EPFA 1L68A 142LA 1CUQA 1C65A 1L23A 1L53A 1T8AA 242LA 3GUMA 111LA 1G0KA 236LA 4ARPA 1L81A 3V2YA 1C60A 1L29A 1L39A 1D3FA 1L94A 1L34A 1CX6A 118LA 257LA 1L26A 1L05A 3HTBA 4LDLA 1P6YA 187LA 1L95A 115LA 3OE0A 4EKQA 1L74A 1LGUA 248LA 1L27A 1C6GA 3C80A 1KNIA 1P5CA 4I7JA 1QT6A 3RUNA 2B74A 4LDOA 1B6IA 1OVJA 1L84A 2B6WA 4W59A 1KS3A 1L93A 243LA 163LA 2RBRA 4YXCA 2OU8A 1TLAA 222LA 2QARC 1D3JA 1L86A 4ZPUA 3C7WA 138LA 3HTFA 141LA 1L62A 239LA 4EKSA 2B6XA 1L75A 1LI6A 3F8VA 1L43A 1C64A 175LA 3DN6A 1L04A 3HT9A 1CTWA 3DN3A 2RB0X 166LA 235LA 4I7PA 1QSQA 4LDEA 145LA 1QT7A 119LA 3DMXA 1L09A 1JTNA 1T97A 3NY8A 112LA 1OWYA 1L35A 2HUKA 261LA 1L67A 1G0LA 1PQIA 2RBQA 1C6KA 1LYFA 1C6MA 2F32A 2B6YA 130LA 3HH5A 3DKEX 3HUAA 3GUPA 1L90A 245LA 1PQOA 2CUUA 3SBBC 129LA 1CX7A 1L52A 1P7SA 1C6AA 2O4WA 1L91A 3G3WA 3CDTA 3DNAA 3GUOA 1K28A 2OE9X 1L60A 1G0JA 1L32A 1OV7A 4W52A 1OWZA 4DAJA 2B73A 1CUPA 4ARQA 4I7KA 1C6BA 1C63A 1C6CA 1L08A 1JQUA 1PQKA 1P2LA 184LA 258LA 3G3VA 189LA 1L56A 2ANXA 159LA 114LA 1D3MA 2OU9A 1L30A 128LA 229LA 174LA 238LA 3OE6A 1L37A 1L17A 1L55A 1L28A 1L58A 1KW7A 218LA 4YX7C 1LYHA 4W53A 1G0MA 3DN0A 1CU0A 1L73A 188LA 1L61A 1CVKA 171LA 1QT4A 1L76A 4ARMA 2B7XA 109LA 1L97A 4PK0A 1L0JA 137LA 232LA 3NYAA 198LA 4I7LA 3DN1A 1LPYA 231LA 256LA 2HULA 4EKRA 213LA 107LA 1CV1A 4S0WA 3HDEA 3C81A 196LA 3SB8A 1LI3A 103LA 1DYAA 1L16A 3HUQA 3FA0A 1P36A 255LA 1QUOA 165LA 1QT8A 225LA 1L96A 3DMZA 1L20A 1L25A 158LA 149LA 3GUNA 4E97A 1PQDA 126LA 2NTHA 1L51A 4I7QA 3SBAA 1OYUA 123LA 237LA 1C68A 230LA 102LA 1DYCA 4W57A 3PDSA 1L48A 228LA 147LA 2LCBA 200LA 3CDOA 212LA 144LA 1D2YA 1L87A 1G07A 4DJHA 140LA 4LZMA 1OVHA 167LA 3HTDA 1P3NA 249LA 1P37A 1L88A 1D9WA 1L15A 1T6HA 2Q9EA 108LA 1QTZA 1ZWNA 3HTGA 1C67A 1KY1A 254LA 120LA 1L47A 3V2WA 1QTVA 1C62A 1I6SA 170LA 1LYGA 169LA 209LA 1SSYA 1L38A 1C69A 4I7RA 4I7NA 1ZURA 4W58A 4EPIA 1P46A 2RAZX 1C6JA 2A4TA 1XJTA 2Z6BA 3ODUA 173LA 233LA 3CDRA 1G06A 1QT3A 1C6HA 201LA 1L63A 1OVKA 1CU5A 4IAPA 2OTYX 1EPYA 1XEPA 4W51A 4I7MA 1L79A 1C6DA 1P64A 1L83A 259LA 3HT6A 1DYEA 4GBRB 1C6TA 1SWZA 1LYJA 1QS9A 1P56A 1L44A 3HU8A 1QTHA 3HUKA 1SWYA 3HH6A 178LA 1WTHA 205LA 1L07A 252LA 2RBPA 1L42A 190LA 3GUIA 3LZMA 226LA 247LA 2O79A 1XJUA 1C61A 1CU3A 2LC9A 262LA 1L18A 3HU9A 1QTCA 3HDFA 1L57A 240LA 1D2WA 241LA 4YXAC 3HH4A 1L10A 1C66A 1QUHA 1KW5A 1CV0A 1LLHA 1L59A 122LA 1LYIA 1OV5A 151LA 1L33A 148LE 2B72A 3NY9A 214LA 2QB0B 4DKLA 1DYDA 3RZEA 195LA 1L01A 2B6ZA 2RAYX 3C7ZA 4I7SA 155LA 191LA 1L54A 1QUDA 2OTZX 3VW7A 211LA 219LA 224LA 125LA 185LA 1L49A 1PQJA 227LA 1D3NA 1LYEA 1L02A 3CDQA 1L46A 1L0KA 2ANVA 221LA 2O7AA 1L22A 1CU6A 4PJZA 215LA 3D4SA 3HH3A 4EXMA 251LA 2F2QA 2RBNA 3UONA 3CDVA 1L99A 1L11A 176LA 1L92A 110LA 1T8GA 3PBLA 164LA 1JTMA 217LA 2LZMA 1DYGA 3OE9A 131LA 260LA 1L19A 1L12A 1SX7A 2B75A 152LA 1LGXA 4EKPA 1CV6A 1L69A 4ARLA 4OO9A 1QS5A 1L21A 234LA 127LA 2OEAX 4ARJA 143LA 3K2RA 2RB2X 3L64A 1L14A 1LWGA 1NHBA 1L36A 182LA 180LA 3SB5A 4W56A 1QTDA 146LA 3GUJA 2L78A 1C6LA 3C8RA 1L85A 199LA 1L41A 2OE7X 4W55A 2RBOA 168LA 186LA 3DN8A 1L89A 3HT7A 1P2RA 3C8QA 1SSWA 172LA 2OU0X 4EJ4A 1LYDA 3DN2A 244LA 1SX2A 3SN6R 2NTGA 1L31A 1G1WA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSPA 1DI4A 2B6TA 4ZEEA 4TSCA 1CU2A 4GCDA 5KJ9A 1HFYA 1OUBA 246LA 4I7TA 1C6EA 2AUBA 156LA 1QT5A 4RDSA 3FI5A 4WL6A 1IY4A 4DD7A 6LZMA 1L00A 1LHKA 1QUTA 3GULA 3AGIA 1CV5A 1JUGA 2IGCA 1RI8B 1T3PA 1OUHA 4GLVA 1DYBA 4PRQA 1QDTA 1IWYA 1XSFA 1GFVA 5I4WA 4H9IA 3SB7A 1WVUA 4UWUA 3FADA 1C6FA 1OP9B 216LA 3A6CY 2XBSA 5APEA 2N5ZA 1JIYA 1QSBA 2HTXA 1G0GA 139LA 1UIEA 1FKVA 1L50A 220LA 5LA8A 134LA 2BQLA 4NSGA 4HTQA 1L70A 1F6RA 1CV3A 4ZFPA 1DI5A 2YSSC 1CUQA 1WQNA 4H94A 1L81A 4LYTA 4I0CA 1XEKA 1L39A 2W1XA 1GEZA 4NGKA 1CX6A 1VATA 1IWXA 3HTBA 3BKVA 4DDCA 1P6YA 3WPLA 4H9EA 3A3RX 4EKQA 1LGUA 4N1EI 1P5CA 4I7JA 4H8XA 1JTTL 1GBOA 1HELA 5KXXA 2B6WA 2LHMA 1KS3A 1GB0A 163LA 2RBRA 4YXCA 1NHEA 2OU8A 3A94A 1D3JA 3C7WA 1BWJA 239LA 3MGWA 1GB6A 1KIQC 1A4VA 1C45A 3HT9A 5LIOA 1DKKA 235LA 5DLAA 1MLCE 1LPIA 4LDEA 1GBZA 3W6FA 4O34A 1WQMA 1NMMA 1OWYA 2Z18A 1JISA 1L35A 2HUKA 5KXPA 1INUA 2F32A 4R6CA 5C6JA 3HUAA 4D9ZA 4HV2A 2CUUA 1RJCB 1P7SA 2O4WA 1L60A 1OV7A 4NEBA 4NHIA 4W52A 4NGYA 4DAJA 1CUPA 5E9RA 4ARQA 2D91A 1QQYA 4ETBA 1LJIA 1C63A 1GF8A 3GXRA 5L9JA 5LVJA 1YAQA 2ANXA 159LA 1GB2A 2Z12A 4BAPA 4H91A 1IP5A 229LA 238LA 4XJGA 1L17A 1L55A 1B7OA 3N9AA 5J7CA 1KW7A 1KIRC 2F2NA 1L73A 1YL1X 1HEMA 1LSDA 4GN5C 1L76A 4TUNA 4ARMA 2B7XA 109LA 1I1ZA 4YENA 4PK0A 4XN6A 2DBTA 137LA 4LT0A 3NYAA 4I7LA 4H9BA 4YF2A 2FYCA 5LINA 1GFRA 1REXA 2BQKA 4S0WA 3WUMA 4H1PA 2DQAA 196LA 1LI3A 5KKIA 1D6PA 1DYAA 1KXXA 3TXBA 3HUQA 3FA0A 1LZDA 4KT3A 1QT8A 4LZTA 2MEEA 2EQLA 4ETAA 4BAFA 1IC5Y 149LA 4MCKA 3GUNA 3J4GA 1T6VL 1PQDA 4CFPA 126LA 1LMPA 2NTHA 3E3DA 2MEFA 1IP3A 2G4PA 1C7PA 2FBDA 4NWHA 4G4BA 1C68A 1V7SA 3HFMY 4W57A 1GF9A 4I8SA 2B5ZA 5KXYA 147LA 1XGTC 1W6ZA 2LCBA 212LA 144LA 1L87A 4B1AA 1PZYA 3AZ7A 5LXWA 1GXV2 2Q9EA 1QTZA 1IWWA 1GBWA 254LA 2YVBA 4H92A 4NFVA 4WM1A 3WMKA 3B0KA 4LT1A 5I5QA 1OUEA 2BQDA 209LA 1DQJC 2Z39A 4I7NA 1ZURA 2EIZC 3G3BB 193LA 1IORA 2BQFA 1NDGC 2RAZX 4LT3A 3LYOA 3ODUA 4R0FA 1EQ4A 1GD6A 1NBZC 1C6HA 1HEWA 2XTHA 1AKIA 5I54A 3WU9A 1HMLA 1L79A 1HERA 1P64A 1LJNA 1UA6Y 259LA 2RSCA 3HT6A 4OWEA 5HMVA 1YANA 2DQEY 5KXTA 4ML7A 2W1YA 3HU8A 1BGIA 178LA 1WTHA 2RBPA 1GEVA 1IOSA 2D6BA 247LA 2IFFY 2LC9A 262LA 3HU9A 1QTCA 3HDFA 241LA 3FI7A 3CSQA 4HSFA 4GLAA 4XJIA 1L59A 5FEKA 5FSTA 3B0OA 2YBMA 4LFXA 3RZEA 195LA 1LHLA 2PC2A 1L54A 1XGRC 4NHPA 3VW7A 219LA 5HMJA 1KXWA 4QDNA 2HU3A 1ALCA 4HTKA 1LYEA 3SP3A 1GB8A 1L0KA 1LZ4A 4A7DA 3EO5A 2ANVA 4G4CA 1FBIX 1FLYA 4WOAA 4PJZA 1QTKA 251LA 4MSTA 1L99A 176LA 1C46A 3PBLA 1LJGA 1LKRA 1GXXA 217LA 2LZMA 4FDYA 1FKQA 2HECA 260LA 1L19A 2B75A 152LA 5HQ1A 1L69A 3M18B 4ARLA 4OO9A 1YL0X 2Z37A 4ETEA 1VDTA 1UIFA 127LA 3CB7A 1JEFA 4HV1A 1HSWA 4DD1A 1NHBA 5LVIA 1OUFA 3SB5A 4W56A 3D9AC 3AYQA 1C6LA 1L85A 1NKHA 1ZMYL 4Z41A 1LZ9A 2CWIA 2YBLA 4RLMA 168LA 5LAFA 4HPEA 5KXWA 1JWRA 172LA 1SX2A 3BKHA 4DD3A 1WQRA 3A96A 3A67Y 1C6NA 5B05A 1CV4A 207LA 1NWGA 4YOPA 1BB3A 2XBRA 3C82A 2RB1X 1UACY 1ZVYB 3A3QA 3HBDA 4H93A 1B5ZA 1QUSA 3DN4A 4PHIA 208LA 2Q9DA 4P2EA 4PGJB 206LA 4ARQB 1L72A 2WARA 1HFZA 1KY0A 1LW9A 1DYFA 1LHHA 4GCFA 4HPIA 4OWAA 5L3IA 4TTDA 1XGPC 3C83A 1L24A 3WULA 1B9OA 1L06A 1G0PA 4ARMB 1LOZA 1HEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSP A;  1DI4 A;  2B6T A;  4ZEE A;  4TSC A;  1CU2 A;  4GCD A;  5KJ9 A;  1HFY A;  1OUB A;  246L A;  4I7T A;  1C6E A;  2AUB A;  156L A;  1QT5 A;  4RDS A;  3FI5 A;  4WL6 A;  1IY4 A;  4DD7 A;  6LZM A;  1L00 A;  1LHK A;  1QUT A;  3GUL A;  3AGI A;  1CV5 A;  1JUG A;  2IGC A;  1RI8 B;  1T3P A;  1OUH A;  4GLV A;  1DYB A;  4PRQ A;  1QDT A;  1IWY A;  1XSF A;  1GFV A;  5I4W A;  4H9I A;  3SB7 A;  1WVU A;  4UWU A;  3FAD A;  1C6F A;  1OP9 B;  216L A;  3A6C Y;  2XBS A;  5APE A;  2N5Z A;  1JIY A;  1QSB A;  2HTX A;  1G0G A;  139L A;  1UIE A;  1FKV A;  1L50 A;  220L A;  5LA8 A;  134L A;  2BQL A;  4NSG A;  4HTQ A;  1L70 A;  1F6R A;  1CV3 A;  4ZFP A;  1DI5 A;  2YSS C;  1CUQ A;  1WQN A;  4H94 A;  1L81 A;  4LYT A;  4I0C A;  1XEK A;  1L39 A;  2W1X A;  1GEZ A;  4NGK A;  1CX6 A;  1VAT A;  1IWX A;  3HTB A;  3BKV A;  4DDC A;  1P6Y A;  3WPL A;  4H9E A;  3A3R X;  4EKQ A;  1LGU A;  4N1E I;  1P5C A;  4I7J A;  4H8X A;  1JTT L;  1GBO A;  1HEL A;  5KXX A;  2B6W A;  2LHM A;  1KS3 A;  1GB0 A;  163L A;  2RBR A;  4YXC A;  1NHE A; 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