1L31A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKRVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l31A00
184LA 1L56A 262LA 1L63A 125LA 205LA 4I7KA 3OE0A 253LA 3HUKA 224LA 1CU6A 177LA 3D4SA 1QTDA 183LA 4OO9A 2F32A 2OU0X 1L44A 1QT7A 211LA 1L13A 1CV1A 4W56A 1LYFA 3DMVA 2B75A 143LA 113LA 2RAZX 1LLHA 215LA 2OEAX 3EMLA 1OV5A 1LYIA 1L40A 110LA 1L21A 4IAPA 1QS5A 3HTGA 2OTZX 1KW7A 4ARPA 147LA 1I6SA 139LA 3OE9A 1LYGA 141LA 1G1VA 231LA 234LA 4DKLA 218LA 233LA 1L04A 3K2RA 3HU8A 4EPIA 169LA 1C6HA 3GUKA 1B6IA 3FA0A 1JTNA 1L16A 1L92A 2QARC 1JTMA 1QTHA 1QTCA 1CU2A 1QSQA 254LA 256LA 3DN8A 1L83A 1L11A 146LA 1L99A 214LA 258LA 145LA 1L42A 1CV6A 1L75A 1L0JA 3F9LA 1PQJA 3C83A 3G3VA 1OVKA 1C6AA 4EJ4A 3L64A 1P2LA 245LA 2B72A 4LDEA 3SB8A 4AQNA 148LE 261LA 2NTGA 3DMZA 102LA 157LA 2OE4X 4E97A 1PQOA 191LA 1C6PA 1DYGA 1C6QA 1L68A 4PK0A 196LA 1DYDA 1QS9A 2B74A 1CUPA 151LA 3SBAA 1L12A 1LYHA 1D3FA 4LZMA 199LA 3CDOA 1L22A 1L81A 192LA 1L76A 4I7MA 4EPFA 112LA 3L2XA 2RBQA 127LA 1L37A 1D3JA 1L09A 1CV5A 250LA 3C8SA 2B7XA 6LZMA 123LA 1L98A 1L67A 1C6TA 3HT7A 163LA 3GUPA 4YX7C 1P46A 1P6YA 4I7OA 104LA 4ARQB 3C82A 1L74A 1SX7A 1L10A 236LA 4I7SA 2LC9A 4LDLA 4PJZA 242LA 1CU5A 201LA 2B6WA 2B6YA 1P2RA 2OE9X 1XJTA 2HUMA 209LA 1L85A 2RB0X 1L64A 1DYAA 1L66A 252LA 190LA 1CV0A 1QT6A 249LA 3HH5A 1L47A 1KW5A 3C8QA 1C6EA 1C62A 221LA 3CDVA 2LCBA 166LA 1L01A 2NTHA 1LI2A 1P5CA 2OU9A 3OE6A 251LA 1L71A 3C8RA 1QT5A 1L20A 4I7PA 1LW9A 3HDEA 1L49A 210LA 1JQUA 5I14A 2RBPA 1G0JA 1L33A 4I7NA 1L00A 144LA 1SSYA 257LA 1KY0A 1PQDA 3C80A 206LA 3JR6A 115LA 3DMXA 3SB6A 2O4WA 1L02A 119LA 187LA 1PQMA 142LA 4ZPUA 3C7WA 1CU3A 213LA 2A4TA 1C68A 2Q9EA 2B6ZA 3C7ZA 3NYAA 165LA 168LA 1CX6A 1SSWA 2OU8A 131LA 181LA 103LA 1L53A 3FADA 1T6HA 3GUOA 3HH4A 1L84A 1XEPA 1C6CA 2B6XA 1QT3A 225LA 235LA 3GUIA 4DAJA 1C6IA 1G06A 259LA 1C65A 3NY8A 2HULA 7LZMA 1L25A 140LA 1L27A 1G0QA 4DJHA 1TLAA 3HT9A 4W57A 3V2YA 239LA 1OYUA 137LA 1L23A 3HT6A 3RZEA 1L58A 3CDTA 3OE8A 156LA 1L65A 1PQIA 176LA 126LA 3GUJA 3NY9A 1L08A 1KS3A 161LA 229LA 186LA 3VW7A 1C64A 1D2YA 1P36A 122LA 1LYEA 1DYEA 175LA 1D3NA 4EKRA 216LA 2HUKA 2LZMA 109LA 4YXAC 3C81A 182LA 4W59A 1L43A 155LA 1L29A 2O7AA 1P56A 198LA 1L34A 1P3NA 1LPYA 188LA 2B73A 2B6TA 4I7JA 255LA 1OVHA 1CU0A 1LGXA 4W54A 138LA 1L30A 1LWGA 3SB5A 120LA 1L03A 2RB1X 114LA 2RBNA 1WTHA 152LA 1G0LA 1L36A 1L95A 1ZWNA 4ARMA 1G0MA 107LA 1L96A 162LA 1L24A 1C6JA 3PDSA 1L72A 1QTZA 4S0WA 3CDQA 1L55A 1OWYA 1CUQA 1L91A 4I7TA 3HWLA 1DYBA 1C63A 197LA 1LI3A 1CX7A 3SBBC 1QTBA 3CDRA 4LDOA 164LA 238LA 3FI5A 1C67A 4W51A 1L69A 1L0KA 1L28A 3HH6A 180LA 1QT8A 1C6FA 1LWKA 1L89A 3LZMA 4GBRB 3DN4A 5LZMA 1L06A 1L32A 3V2WA 2RBSA 240LA 1D9WA 1L88A 217LA 241LA 4W53A 1L97A 1OWZA 1G0GA 227LA 1QTVA 260LA 2F2QA 237LA 3UONA 1G0PA 2IGCA 1P7SA 1C60A 1CTWA 247LA 3F8VA 1L90A 220LA 3HH3A 4W58A 4I7LA 3DNAA 1D3MA 1L70A 1C6LA 4EKSA 1G07A 1T8FA 1DYCA 1L14A 1L60A 1QUDA 1QUGA 1L48A 3GUNA 1D2WA 1C69A 223LA 1LGUA 1PQKA 1C6MA 1L79A 3DN1A 3HTBA 167LA 150LA 1L38A 3PBLA 178LA 4YXCA 174LA 3HU9A 108LA 228LA 160LA 1LGWA 149LA 1DYFA 1KY1A 1LYDA 1C61A 2RBOA 3SN6R 1T8GA 158LA 226LA 1LYJA 232LA 1L39A 3G3XA 1G0KA 3RUNA 2RH1A 3C7YA 170LA 1L54A 212LA 4ARJA 2B70A 4ARLA 246LA 1L05A 1OV7A 2RB2X 1L31A 3HUQA 3QAKA 1C6NA 3DN0A 4K5YA 4EKPA 1L94A 248LA 1T8AA 1LI6A 130LA 230LA 1L52A 4GRVA 1L59A 2Q9DA 3HDFA 3HTDA 171LA 1SWZA 3HUAA 1CV3A 1QSBA 1L41A 3DN3A 1L51A 1KNIA 219LA 4EKQA 1C6GA 2O79A 4ARQA 1ZURA 1P64A 2OTYX 3DKEX 4I7RA 1L46A 189LA 1K28A 2ANXA 1G1WA 3SB9A 1L86A 244LA 1L57A 3HT8A 1L18A 1QT4A 2L78A 1CVKA 128LA 1L62A 1C6DA 1L07A 4W55A 1C66A 118LA 2RAYX 1C6KA 1EPYA 1L93A 1SX2A 1L17A 1T97A 1ZYTA 1L19A 185LA 1SWYA 1QUHA 1QUOA 1P37A 159LA 1L45A 1L77A 1CV4A 1XJUA 2CUUA 1L73A 3SB7A 111LA 173LA 1L15A 1C6BA 1L61A 4EXMA 3GULA 2ANVA 195LA 1L82A 2F47A 1L87A 172LA 1L35A 243LA 2Z6BA 1OVJA 200LA 3DN2A 1L80A 3G3WA 2OE7X 2RBRA 3HTFA 4W52A 4ARMB 1NHBA 3GUMA 4I7QA 3DN6A 129LA 3ODUA 1L50A 1L26A 222LA 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L56A 4ET9A 1L63A 5IHGA 3AZ4A 4W94A 2D4IA 4J7VA 2F30A 1LSPA 1QTDA 4IASA 3AJNA 5F81A 2F32A 2OU0X 2ZIKA 3TXKA 1L44A 1XFPL 1YANA 1JKDA 2LZ2A 1TBYA 3DMVA 4WG7A 1JITA 5APDA 1LTMA 143LA 1D0LA 1OUHA 3CB7A 3N9CA 3WW5A 1GB6A 1KW7A 147LA 4LZTA 1UUZC 1LYGA 1G1VA 1L04A 1LZ1A 3K2RA 4ZIXA 169LA 1LZ5A 4YEMA 3ZVQB 1B6IA 3WL2A 1L16A 4ZEEA 3RZ4A 1QTCA 2IHLA 1CU2A 3WU8A 4Z3MA 3DN8A 1L83A 3J4GA 1L11A 146LA 1WVUA 1L99A 1B5XA 214LA 145LA 1IWZA 1CV6A 1LCNA 4G4CA 2BQDA 3G3VA 1IP2A 1C6AA 1DI5A 1P2LA 261LA 1G7MC 3F6ZA 157LA 1PQOA 191LA 1C6QA 4C5FA 1CUPA 4DD3A 4PPOA 4PJ2C 4HV1A 4NG1A 3SP3A 127LA 2WARA 1L37A 1CV5A 250LA 1TCYA 4I7OA 1GFUA 1LJHA 236LA 1LSCA 2LC9A 1NDGC 2B6WA 1LYZA 1DYAA 1UA6Y 252LA 4LYZA 1QT6A 249LA 2A7DA 1KW5A 3C8QA 1C62A 4LGKA 5I53A 1XEKA 3IJVA 4WM1A 1L01A 1LI2A 1P5CA 1NWGA 8LYZA 251LA 3C8RA 1QT5A 1REXA 2MEAA 3HDEA 5IDDA 1FDLY 1LMCA 1HELA 4H1PA 1HNLA 3WH1A 1IO5A 3C80A 2EPEA 1KIPC 4KXIA 3WMKA 3WXUA 4DYGA 3C7WA 4IATA 2HEDA 1REMA 3C7ZA 3NYAA 168LA 2YBMA 2YDGA 4Z98A 1L53A 1T6HA 1L84A 1CKCA 2B5ZA 4QEQA 1I56A 3J6KA 225LA 4DAJA 1LHMA 3NY8A 5LA8A 1HHLA 4H9IA 1L27A 4TSBA 2G4QA 207LA 1TLAA 3BKHA 4W57A 1NDMC 4N0JA 1L23A 3RZEA 1QUTA 3CDTA 3WUAA 1L65A 176LA 4WL7A 3AGIA 229LA 2W1XA 3VW7A 122LA 2A7FA 1UIEA 175LA 1IP6A 1D3NA 1YQVY 1HFZA 109LA 4XJHA 2AUBA 3C81A 1TEWA 2MEDA 1L43A 1UBZA 2O7AA 1P56A 3MGWA 4DDBA 4I7JA 1LGXA 1HFXA 1L30A 1LWGA 1GFHA 1YL0X 5EBHA 5B07A 1G7IC 134LA 2BQGA 2MECA 4DDCA 2DQCY 1REYA 2ZILA 162LA 1LMQA 4CFOA 1QTZA 1HEQA 1L91A 3B0KA 1DYBA 1LSBA 1J1PY 4C3WA 1BQLY 1GWDA 197LA 5KXRA 3TXBA 4LT1A 1CX7A 3CDRA 1B5YA 1C67A 5LYMA 1G7HC 1L69A 3HH6A 3FI7A 4LYOA 4NHQA 5DM9A 1LWKA 3LZTA 5B59A 1L89A 5E4PA 1CJ7A 3TXFA 1B7RA 2DQJY 1LJ3A 4MCKA 1C10A 1L32A 3V2WA 5KXKA 2BLXA 1D9WA 1LAAA 217LA 4W53A 1L97A 1G0GA 4DD0A 1VDSA 4H9EA 2ZNXY 4O34A 4ETBA 2IGCA 1YKXX 2BQIA 4Z46A 247LA 3HBEX 1D0KA 1L90A 220LA 3B0IA 1MELL 3HH3A 1DKKA 3ZVQA 4W96A 1D6PA 4EKSA 4HJZA 1GF8A 3WUMA 3AGGG 1L60A 223LA 4NGVA 5KKJA 4WMGA 1IR8A 3DN1A 5A3ZA 1GF0A 4H9HA 178LA 2XTHA 1GB3A 2HU1A 5DN5A 160LA 1LGWA 1UIHA 3A8ZA 1TAYA 1QSWA 1C61A 1GF5A 2D6BA 1IEEA 3TXIA 232LA 3RUNA 2YBNA 1D6QA 3WU9A 1WQRA 3EBAB 4ARLA 1OV7A 1VDQA 1AT5A 1JSFA 1FN5A 4DQ7A 5ILFA 4EKPA 4GLVA 248LA 4CHXA 1GE1A 1L52A 2Q9DA 3HDFA 1SWZA 5KXPA 4LFXA 1LZ8A 2ZWBA 1L51A 4HJVA 1JWRA 4DD9A 219LA 1XGTC 1C6GA 1WQNA 3RW8A 1ZURA 1GF6A 4OWAA 3ATOA 1BB4A 4J1BA 5KXWA 1MLCE 5FHWA 1GXV2 1JISA 1L07A 1OUAA 4W55A 3D9AC 1L93A 5K7OA 1L17A 1OQMA 1SWYA 4PRUA 1QUOA 4DDAA 4G4BA 3T6UA 4M4OA 2CUUA 4ANRA 1L73A 3CT5A 5APCA 1L15A 1BWJA 2BQCA 4YF2A 2ANVA 2F47A 1L87A 5B1FA 4NHIA 1L35A 1GPQC 3HBHA 3W6BA 3RNXA 1P2CC 3D3DA 4W52A 4I0CA 1HEPA 3DN6A 1LMNA 1GAYA 222LA 5LYTA 184LA 262LA 5LVIA 4I7KA 4HTNA 3HUKA 2BQNA 1INUA 1WTNA 4HPEA 1QT7A 1J1OY 3W6CA 4W56A 1LYFA 3IWRA 3ZEKA 2RAZX 1LLHA 215LA 1LHKA 1OV5A 1WQQA 1IC4Y 4GCFA 1L21A 5T3FA 4NGKA 2OTZX 4G9SA 5FSTA 3OE9A 1C43A 1LSGA 218LA 2LYZA 1AM7A 1LSNA 5HMJA 4TX7A 4WG1A 3HU8A 4EPIA 1NBZC 1JTNA 2QARC 5I4YA 2DQFC 5D5CA 1L75A 1GFKA 4WM6A 1F6SA 4DWXA 1PQJA 3C83A 4MR1A 3SB8A 1IVMA 148LE 3DMZA 2OE4X 1C6PA 2D4JA 1L68A 1LKRA 4PK0A 1NMMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L56 A;  4ET9 A;  1L63 A;  5IHG A;  3AZ4 A;  4W94 A;  2D4I A;  4J7V A;  2F30 A;  1LSP A;  1QTD A;  4IAS A;  3AJN A;  5F81 A;  2F32 A;  2OU0 X;  2ZIK A;  3TXK A;  1L44 A;  1XFP L;  1YAN A;  1JKD A;  2LZ2 A;  1TBY A;  3DMV A;  4WG7 A;  1JIT A;  5APD A;  1LTM A;  143L A;  1D0L A;  1OUH A;  3CB7 A;  3N9C A;  3WW5 A;  1GB6 A;  1KW7 A;  147L A;  4LZT A;  1UUZ C;  1LYG A;  1G1V A;  1L04 A;  1LZ1 A;  3K2R A;  4ZIX A;  169L A;  1LZ5 A;  4YEM A;  3ZVQ B;  1B6I A;  3WL2 A;  1L16 A;  4ZEE A;  3RZ4 A;  1QTC A;  2IHL A;  1CU2 A;  3WU8 A;  4Z3M A;  3DN8 A;  1L83 A;  3J4G A;  1L11 A;  146L A;  1WVU A;  1L99 A;  1B5X A;  214L A;  145L A;  1IWZ A;  1CV6 A;  1LCN A;  4G4C A;  2BQD A;  3G3V A;  1IP2 A;  1C6A A;  1DI5 A;  1P2L A;  261L A;  1G7M C;  3F6Z A;  157L A;  1PQO A;  191L A;  1C6Q A;  4C5F A;  1CUP A;  4DD3 A;  4PPO A;  4PJ2 C;  4HV1 A;  4NG1 A;  3SP3 A;  127L A;  2WAR A;  1L37 A;  1CV5 A;  250L A;  1TCY A;  4I7O A;  1GFU A;  1LJH A;  236L A;  1LSC A;  2LC9 A;  1NDG C;  2B6W A;  1LYZ A;  1DYA A;  1UA6 Y; 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