1L32A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKSVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l32A00
1L54A 1P37A 1SSWA 256LA 147LA 3SN6R 1C6NA 3FI5A 142LA 4W53A 3OE8A 4PK0A 1QT8A 4YXCA 3L64A 257LA 2RAYX 1L37A 1CV1A 3GUPA 3HDFA 5LZMA 3G3XA 139LA 2OU8A 108LA 128LA 1QS5A 4ARPA 148LE 1P2RA 3GULA 210LA 216LA 1LYFA 110LA 3LZMA 163LA 188LA 1DYAA 4I7KA 1KS3A 1CV0A 1L03A 1C6HA 1L49A 1L88A 1PQDA 1L0KA 3DN4A 4I7JA 1TLAA 4ZPUA 2RB0X 1QTCA 2OEAX 3C8QA 1C6IA 1L42A 4GBRB 1G0GA 250LA 1L13A 4LDOA 151LA 4DAJA 126LA 145LA 1C63A 2B6YA 2B72A 1L07A 158LA 173LA 1I6SA 1L51A 2Z6BA 191LA 1JQUA 1L63A 3C7WA 1B6IA 1ZWNA 231LA 1L53A 3SB5A 1G1WA 1L69A 1C65A 2HUKA 1C62A 227LA 1L0JA 1PQMA 1CV4A 2NTHA 1L55A 1DYEA 3C82A 6LZMA 2B6XA 3PBLA 2B70A 184LA 1L46A 1C66A 1DYDA 1QS9A 1PQIA 3DN3A 2Q9DA 1L92A 3HH6A 3ODUA 2RB1X 1L29A 1L80A 1PQOA 2O7AA 1T8GA 4EPFA 1KW7A 4W59A 5I14A 1C6EA 1D2WA 1C64A 1JTMA 1EPYA 1L99A 103LA 1OV5A 2RBQA 237LA 249LA 4W51A 1L66A 262LA 2OTZX 1L01A 1ZYTA 1QUGA 197LA 4ARLA 1KW5A 1L64A 1CX7A 1L62A 242LA 1L89A 1L72A 1P5CA 1LLHA 3G3WA 1SX2A 219LA 166LA 4ARQB 3HWLA 4EKSA 1L96A 1CUPA 1WTHA 3C81A 1XEPA 140LA 187LA 1L77A 254LA 146LA 4EXMA 149LA 3F9LA 248LA 1L14A 2B74A 2RBPA 4I7QA 1DYGA 185LA 138LA 3JR6A 3SB6A 182LA 260LA 2Q9EA 1P56A 3HT6A 3HUQA 1L71A 1LYHA 230LA 3HT8A 1L87A 1T8FA 1L83A 253LA 3DNAA 1L21A 1ZURA 2RBNA 192LA 4DKLA 1L36A 1LWKA 119LA 247LA 1L09A 3GUMA 4E97A 2B6ZA 1L90A 1QT7A 201LA 1L84A 1C6GA 1L05A 1L23A 1D3FA 161LA 233LA 1G0MA 3V2YA 1NHBA 221LA 1QSBA 3NY9A 3UONA 1L11A 122LA 1L56A 218LA 3L2XA 3GUJA 2O79A 1L61A 1L58A 3QAKA 206LA 168LA 1C6KA 243LA 1L43A 3OE9A 1L33A 1QTBA 3SBAA 234LA 1L73A 1L74A 1L08A 155LA 1L17A 1LPYA 225LA 3K2RA 127LA 240LA 169LA 1OYUA 3HH3A 1C6DA 1CV5A 1P36A 1CU2A 1L26A 3HH4A 3GUIA 3HU8A 4YX7C 2HULA 1QUOA 1QT5A 167LA 4LDEA 3RZEA 1K28A 1C6TA 238LA 1LGXA 3DMZA 236LA 4YXAC 3SB8A 3CDVA 2ANVA 130LA 186LA 1D2YA 1QUDA 3OE6A 129LA 3HUAA 3HT7A 120LA 213LA 1LI3A 1D3JA 1L68A 214LA 229LA 1SWYA 220LA 211LA 2L78A 2RB2X 170LA 3CDQA 3GUKA 1C69A 4ARQA 1L47A 1LYJA 1G0JA 1L52A 181LA 3PDSA 3HTDA 215LA 1OVKA 3DMVA 2QARC 1G06A 102LA 226LA 1L82A 180LA 1CV6A 3GUNA 1OWZA 4I7PA 1CV3A 152LA 137LA 1QTHA 4S0WA 1KY0A 4W52A 3CDOA 1LYEA 2OE9X 1P64A 1L59A 1C60A 212LA 200LA 2RBRA 3DN0A 1D3NA 1LW9A 1L31A 104LA 1C6LA 4I7LA 125LA 178LA 1LGWA 2LCBA 1PQJA 2LC9A 1P3NA 1L75A 2B6TA 1L57A 1L39A 107LA 1L28A 2O4WA 4OO9A 228LA 4LDLA 1L41A 176LA 123LA 1DYCA 241LA 1C67A 1QT6A 3G3VA 111LA 1QTDA 3HTFA 246LA 7LZMA 239LA 3DMXA 1L35A 1OVHA 4I7SA 3C8RA 1L12A 1QT4A 1G0QA 1C6MA 1G07A 113LA 1L10A 4IAPA 1LGUA 1L02A 159LA 1D9WA 4K5YA 109LA 222LA 1L22A 1L30A 1L24A 131LA 1L60A 1KNIA 3HU9A 1L20A 3SB9A 143LA 1OV7A 2A4TA 4W54A 2NTGA 2OU9A 3C80A 175LA 1XJUA 4ARMB 1C6QA 1CU6A 1L93A 2RH1A 2OE4X 1LI2A 4DJHA 1L38A 1SX7A 1L86A 3F8VA 4I7RA 1QUHA 3C83A 1L34A 1L98A 1LI6A 195LA 1CX6A 198LA 189LA 1C61A 261LA 235LA 244LA 177LA 1C6PA 1L18A 3DKEX 1KY1A 223LA 1DYFA 1CUQA 4EPIA 1LYIA 1L32A 4ARJA 209LA 1P6YA 1L81A 3GUOA 156LA 3EMLA 4W57A 190LA 4AQNA 2B6WA 2OE7X 3D4SA 1L06A 217LA 157LA 114LA 3C8SA 3CDTA 2B75A 1CTWA 4W55A 1L97A 144LA 3RUNA 141LA 1LWGA 4I7NA 174LA 150LA 1C6FA 1QTZA 2F47A 1L04A 3C7ZA 252LA 251LA 3HDEA 258LA 1LYDA 1L70A 2ANXA 1L67A 224LA 3DN8A 1DYBA 2QB0B 3CDRA 3SB7A 1QTVA 2OU0X 4LZMA 2F32A 1D3MA 3HH5A 4W56A 1C6BA 1OVJA 1L40A 2IGCA 3C7YA 3DN6A 115LA 1CU0A 1L76A 1L94A 255LA 2B73A 2LZMA 1CU3A 3HT9A 3FA0A 1OWYA 4GRVA 1L95A 172LA 1SWZA 1C6CA 4EKPA 245LA 1L00A 1L44A 1C6JA 1QSQA 1L15A 1CU5A 1JTNA 1SSYA 2RAZX 2RBOA 1T8AA 2OTYX 3FADA 3NY8A 4EKQA 2RBSA 196LA 1L25A 1G1VA 1T97A 2F2QA 171LA 165LA 1L79A 1L27A 1PQKA 4EKRA 160LA 1C6AA 4I7TA 4I7MA 3HUKA 1G0LA 1L85A 232LA 112LA 1L45A 3DN1A 2CUUA 3HTBA 3OE0A 1L65A 259LA 4ARMA 1G0PA 162LA 3V2WA 3SBBC 3VW7A 1P2LA 1L19A 1L48A 118LA 4PJZA 199LA 3DN2A 3NYAA 4W58A 2B7XA 1XJTA 205LA 1L50A 1C68A 4EJ4A 1G0KA 1L91A 1P46A 1QT3A 183LA 1LYGA 1T6HA 4I7OA 1CVKA 1L16A 164LA 1P7SA 3HTGA 2HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L54A 1C6NA 142LA 2DQAA 4XJGA 4PK0A 4YXCA 2ZYPA 2RAYX 5LZMA 5LVJA 3OJPA 1UIBA 1P2RA 210LA 3LZMA 1IP2A 4I7KA 1KS3A 1FKQA 1CV0A 1L03A 4LYOA 5F16A 1C6HA 1JWRA 2RB0X 3W6EA 2Z12A 2LYZA 4H9CA 4OWCA 2B6YA 158LA 1GD6A 1AT6A 4B4IA 2F2NA 4NSHA 1HF4A 2DQHY 4GN5C 2D6BA 1T3PA 2HUKA 1LKSA 1UACY 1CV4A 2DQGY 2NTHA 1L55A 4N5RA 4NWEA 3WPJA 1YKYX 1YIKA 4GCDA 5KXZA 5LAFA 2Q9DA 5KXMA 1L80A 2O7AA 3EMSA 5L3IA 4ETCA 3A8ZA 1OV5A 1GB2A 4WM5A 1KW5A 3J6KA 4II8A 4DQ7A 3A34A 2D4IA 2MEGA 1WTHA 4I0CA 2MEEA 1B7QA 3N9AA 254LA 4NSJA 3WUAA 248LA 2RBPA 4O34A 1HELA 1DYGA 4H9AA 185LA 1UBZA 1GE0A 3HT6A 1QTEA 2DQIY 1VDTA 153LA 4NG8A 5J7CA 230LA 3B0IA 4J1BA 1T8FA 1UIGA 3AYQA 1B5UA 1L21A 3TXBA 1ZURA 2RBNA 3LYMA 1LWKA 247LA 9LYZA 3WXUA 1L84A 1L05A 1FLWA 3P65A 4ETEA 2Z2FA 2FYCA 1IOCA 5KXYA 1QSBA 4KL7A 1RI8B 1B7RA 218LA 1MLCE 4PPOA 1L58A 3QAKA 206LA 1LZEA 243LA 4NGVA 4NHTA 1GFKA 234LA 225LA 3K2RA 4OOOA 1OUBA 1JPOA 2DQEY 3HH3A 1IC7Y 1CU2A 3D3DA 4N0JA 3GUIA 1JKCA 1UIDA 3HU8A 4L41A 1IWZA 5LAGA 167LA 4LDEA 1F0WA 3RZEA 4N1EI 5L3HA 1NBYC 1HHLA 4B49A 2I26L 1C6TA 1LZAA 1V7SA 4YXAC 2ANVA 186LA 5KXPA 3EXDA 2BQJA 3HUAA 5EBHA 1CKGA 5M1YA 1LI3A 214LA 1ALCA 2BLYA 4H93A 5FDJA 3CDQA 4H1PA 1NWGA 1L52A 181LA 4H8ZA 5II3A 5ILCA 4NGYA 3TMXA 2QARC 1LZ6A 4WMGA 3WW6A 4WL7A 4S0WA 1OUDA 1LYEA 2OE9X 4G4HA 4R0FA 1B5VA 1WQNA 4A7DA 5DN5A 104LA 1C6LA 1BWIA 3LYZA 1WTMA 2HU3A 1L57A 1GFVA 2F30A 2BQEA 2O4WA 2EPEA 176LA 1OUCA 1XGUC 5LVHA 111LA 1QTDA 4XJBA 1LSNA 4H9HA 1H6MA 4LT0A 4I7SA 3C8RA 1QT4A 1D0MA 1JISA 113LA 159LA 4M4OA 3CB7A 1LHJA 4NHSA 1L30A 1HEPA 1L24A 131LA 3HU9A 1JSEA 1LZSA 3SB9A 2MEIA 1B7SA 2OE4X 4WM6A 4DJHA 4ET8A 1IC4Y 1HSWA 4WO6A 4HP0A 1CX6A 4GLAA 1HMLA 189LA 4H9FA 5F14A 4WLTA 2AUBA 1B7OA 2BLXA 2YSSC 1DQJC 1JIYA 2XBSA 2LZTA 3W6FA 4ARJA 209LA 5KXWA 3A90A 1XSFA 4X3BA 4AQNA 5IDDA 4DDBA 2N5ZA 1L06A 114LA 5APDA 1L97A 1TAYA 3RUNA 5APEA 2BQFA 150LA 3C7ZA 1JTPL 252LA 1QIOA 4J7VA 2ANXA 1DYBA 1FDLY 2Y8PA 1ZV5L 1XGRC 4YF2A 4DD9A 3CDRA 3HH5A 1JJ3A 4RW2A 3DN6A 2IGCA 3C7YA 4WM2A 1L94A 255LA 4TX7A 3HT9A 1OWYA 3WUMA 172LA 1SWZA 3G3BB 1VDQA 2HEBA 1GF4A 1C6JA 1B7MA 1JTNA 1YL0X 1T8AA 2A7FA 1YILA 5LVGA 2MEBA 1G7MC 165LA 1L79A 1L27A 3W6DA 2W1XA 3WH1A 5KXKA 4I7MA 3HUKA 4DD1A 4HV1A 5KXSA 5LVIA 3HTBA 1L65A 3SBBC 3VW7A 5L9JA 118LA 5DM9A 2B7XA 2BQGA 1G0KA 1GFEA 1L91A 183LA 1HFZA 4I7OA 1GFTA 3TMUA 4LGKA 3L64A 2HEEA 4H94A 1CV1A 3F6ZA 3HDFA 4CJ2A 139LA 2OU8A 128LA 1B2KA 4LYMA 1IWWA 1LYFA 2ZQ4A 1LJEA 3P68A 1LZNA 1PQDA 1QTKA 1L0KA 3DN4A 1JJ0A 1GDWA 1J1PY 1FBIX 4ZPUA 5DLAA 2OEAX 3A92A 5JENB 4DD7A 2VB1A 1L13A 151LA 1FLUA 5HNLA 126LA 145LA 1C63A 1CKHA 4BAPA 2CDSA 2W1LA 173LA 1I6SA 1L51A 4YOPA 1DPWA 2NWDX 2HEFA 231LA 4DT3A 4EMNA 3WL2A 1L69A 227LA 1PQMA 2G4QA 3WU8A 2MEHA 2BQCA 3WXTA 2B70A 1QS9A 3DN3A 4NSIA 1GWDA 4WO9A 3ODUA 1F6SA 1L29A 5KXLA 2ZWBA 3CSQA 1OP9B 1IP5A 4W59A 5I14A 1C6EA 1WQMA 1EPYA 1LJFA 103LA 237LA 3AZ5A 1DI5A 4W51A 1L66A 1VAUA 262LA 2IHLA 3ATNA 1ZYTA 1BWJA 1QUGA 2W1MA 3A94A 4U3XB 1L64A 1CX7A 4NGKA 1KXXA 4LYZA 1HEOA 3G3WA 2BQLA 1HEMA 4EKSA 1DKJA 1L96A 1EL1A 1IP7A 1IC5Y 1LMAA 1L77A 4LT1A 1L14A 1RCMA 4I7QA 1QUSA 3SB6A 1RE2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L54 A;  1C6N A;  142L A;  2DQA A;  4XJG A;  4PK0 A;  4YXC A;  2ZYP A;  2RAY X;  5LZM A;  5LVJ A;  3OJP A;  1UIB A;  1P2R A;  210L A;  3LZM A;  1IP2 A;  4I7K A;  1KS3 A;  1FKQ A;  1CV0 A;  1L03 A;  4LYO A;  5F16 A;  1C6H A;  1JWR A;  2RB0 X;  3W6E A;  2Z12 A;  2LYZ A;  4H9C A;  4OWC A;  2B6Y A;  158L A;  1GD6 A;  1AT6 A;  4B4I A;  2F2N A;  4NSH A;  1HF4 A;  2DQH Y;  4GN5 C;  2D6B A;  1T3P A;  2HUK A;  1LKS A;  1UAC Y;  1CV4 A;  2DQG Y;  2NTH A;  1L55 A;  4N5R A;  4NWE A;  3WPJ A;  1YKY X;  1YIK A;  4GCD A;  5KXZ A;  5LAF A;  2Q9D A;  5KXM A;  1L80 A;  2O7A A;  3EMS A;  5L3I A;  4ETC A;  3A8Z A;  1OV5 A;  1GB2 A;  4WM5 A;  1KW5 A;  3J6K A;  4II8 A;  4DQ7 A;  3A34 A;  2D4I A;  2MEG A;  1WTH A;  4I0C A;  2MEE A;  1B7Q A;  3N9A A;  254L A;  4NSJ A;  3WUA A;  248L A;  2RBP A;  4O34 A;  1HEL A;  1DYG A;  4H9A A;  185L A;  1UBZ A;  1GE0 A;  3HT6 A;  1QTE A;  2DQI Y;  1VDT A;  153L A;  4NG8 A;  5J7C A;  230L A;  3B0I A;  4J1B A;  1T8F A;  1UIG A;  3AYQ A;  1B5U A;  1L21 A;  3TXB A;  1ZUR A;  2RBN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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