1L35A

Structure of a thermostable disulfide-bridge mutant of phage t4 lysozyme shows that an engineered crosslink in a flexible region does not increase the rigidity of the folded protein
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a thermostable disulfide-bridge mutant of phage T4 lysozyme shows that an engineered cross-link in a flexible region does not increase the rigidity of the folded protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l35A00
119LA 4W54A 178LA 1C6QA 4OO9A 4W52A 1OWZA 1G06A 224LA 1L00A 1C60A 1SWYA 3RUNA 175LA 1LYHA 3HTDA 2B6XA 4ARMB 192LA 112LA 1TLAA 216LA 4EKRA 2RB2X 1L67A 1C6LA 3K2RA 167LA 1SWZA 3GUOA 2B70A 4EKSA 1LYGA 2RAYX 1L22A 1L61A 1L98A 248LA 1DYGA 2CUUA 1QUOA 3D4SA 1C61A 1C6DA 1QSQA 2L78A 2LZMA 256LA 1C68A 4W53A 1L21A 210LA 228LA 188LA 3NYAA 1D2WA 3G3XA 1P64A 2HUKA 3FI5A 1L23A 1L62A 3FA0A 1LI2A 1L69A 1ZYTA 1C6BA 1CV6A 1DYBA 4I7RA 2O7AA 138LA 4I7KA 3HH4A 3GUIA 1KW5A 4W59A 259LA 1P2LA 1L20A 205LA 3SB6A 255LA 3F9LA 237LA 243LA 2QB0B 1KY0A 3DN4A 198LA 3SBBC 1C62A 1G1VA 1CU5A 218LA 3CDVA 209LA 1CV1A 2ANVA 1PQDA 3GUPA 1C6MA 239LA 122LA 2OTZX 1CV5A 1P7SA 2F2QA 1L28A 3C8SA 3ODUA 2B75A 1L81A 1L87A 1L17A 1L27A 1XEPA 3SB5A 5LZMA 1T8AA 1NHBA 3DN1A 252LA 1L64A 3DN2A 3QAKA 235LA 183LA 1L90A 1C6JA 3FADA 1G07A 3L2XA 1L83A 1L47A 1XJUA 4LZMA 1C63A 1D2YA 1L51A 1CU0A 2HUMA 4DAJA 181LA 103LA 5I14A 2ANXA 1LW9A 3HH3A 3HT8A 1L30A 3NY9A 4LDOA 1L74A 123LA 157LA 1L01A 4EKPA 1CV0A 3DMXA 4ARQA 1L95A 250LA 4ARLA 1L57A 1L89A 1L91A 1D3JA 1OV7A 147LA 2B7XA 7LZMA 142LA 3HU8A 4E97A 1L45A 4EXMA 1P6YA 240LA 2NTGA 3HWLA 2LC9A 3NY8A 3F8VA 152LA 1OWYA 249LA 2OEAX 1L26A 104LA 3SB9A 2RBOA 165LA 1CU3A 3DN6A 1L19A 1L96A 1L0KA 1QUHA 1CV3A 2B6WA 1QUGA 114LA 4W58A 1LGWA 2OTYX 2OU9A 1CX6A 6LZMA 184LA 1D3FA 143LA 1L40A 1L11A 1L24A 1C6IA 1L71A 2RBPA 3RZEA 1L35A 1L73A 2RH1A 190LA 137LA 1DYEA 102LA 4LDLA 1C64A 4W57A 4I7SA 211LA 4GRVA 1CX7A 2LCBA 145LA 1P56A 1L36A 1QS9A 212LA 1L76A 257LA 3EMLA 3CDOA 151LA 1L04A 1L05A 139LA 2RAZX 182LA 1L53A 144LA 1P3NA 2Q9DA 2B6TA 2RB1X 1LI6A 1L77A 158LA 1C67A 3C80A 163LA 1ZURA 1KNIA 1WTHA 3DN3A 1D3NA 1LYEA 1C65A 1L14A 3C81A 166LA 1OV5A 1P2RA 2RB0X 1L46A 206LA 1PQJA 1L92A 128LA 4DKLA 4EPIA 1JTMA 1QTVA 1G0QA 3GUJA 1PQOA 4W55A 3DN8A 1CU2A 1I6SA 1L16A 1L97A 245LA 140LA 1L15A 169LA 1L56A 244LA 1L49A 2HULA 3HTFA 1KS3A 1CUPA 1G0PA 1L63A 110LA 2B72A 1LYFA 1P5CA 4YXCA 1G0LA 2OE7X 1QT5A 1PQIA 141LA 2OU8A 3PBLA 172LA 1L06A 1L10A 111LA 3C83A 260LA 2A4TA 1QTBA 131LA 3HTGA 258LA 221LA 1KY1A 217LA 1L54A 1L44A 233LA 3OE6A 3C7YA 3CDRA 1QTCA 3GUMA 1L84A 1L93A 227LA 1L86A 1LGXA 1T6HA 126LA 156LA 230LA 1C6CA 1LWGA 4W56A 2RBQA 1CVKA 196LA 3G3VA 3V2WA 3SBAA 164LA 1L88A 3GUKA 1L25A 4K5YA 1QSBA 4I7LA 113LA 1C6TA 4I7QA 3HUAA 4IAPA 1L75A 120LA 1C69A 1OVJA 2F47A 4ARPA 1L33A 3HDFA 1CTWA 4I7MA 1L18A 253LA 1LI3A 1B6IA 1LYIA 162LA 1G0MA 3HDEA 3VW7A 108LA 174LA 1L72A 4ZPUA 200LA 246LA 4YX7C 247LA 1L52A 251LA 1L13A 1QTDA 148LE 219LA 4ARQB 3JR6A 262LA 2B73A 1LYDA 2IGCA 1L94A 1G1WA 4PJZA 1L31A 1SSYA 223LA 1LGUA 115LA 3C7ZA 4S0WA 1LWKA 185LA 1L58A 109LA 2B74A 220LA 2B6ZA 2O4WA 1CV4A 4GBRB 177LA 1L79A 2RBSA 1T8GA 187LA 1PQKA 4ARMA 1SSWA 1C6NA 4EKQA 1DYCA 3C7WA 4EJ4A 1XJTA 4I7JA 1QT8A 127LA 3GULA 1P36A 1L08A 160LA 1P37A 4ARJA 1CU6A 2B6YA 1L68A 1EPYA 125LA 3DMZA 1K28A 1QT6A 2Q9EA 199LA 1L07A 3CDQA 3OE0A 3HH5A 201LA 1DYDA 2OE4X 3LZMA 1G0GA 1ZWNA 1LYJA 170LA 3G3WA 3HH6A 2RBRA 4I7NA 1L66A 241LA 1KW7A 4I7PA 3HT9A 1C6PA 1QT3A 2OE9X 4DJHA 3HT6A 1L39A 1L43A 213LA 1C66A 225LA 130LA 3HUKA 3C8QA 2NTHA 4YXAC 1C6AA 3C8RA 1T8FA 1L38A 150LA 3V2YA 229LA 222LA 3DKEX 3UONA 2OU0X 1L34A 242LA 180LA 3HU9A 168LA 254LA 1T97A 1G0KA 3SN6R 1C6FA 195LA 1C6GA 4I7TA 1G0JA 3L64A 1OYUA 1OVHA 155LA 191LA 4PK0A 3OE8A 1L65A 1L85A 1L50A 1P46A 1L99A 1QUDA 1QS5A 3HUQA 107LA 3GUNA 1DYAA 1LPYA 1L12A 1OVKA 1L03A 1JQUA 1SX7A 4AQNA 3DMVA 3OE9A 234LA 2RBNA 1L41A 3HTBA 4LDEA 238LA 1L32A 1C6KA 1L82A 146LA 161LA 189LA 1C6HA 176LA 3SB8A 1C6EA 1L37A 1L42A 1DYFA 226LA 3SB7A 2Z6BA 3DN0A 1L59A 3HT7A 1L70A 1L02A 1QT4A 159LA 1JTNA 149LA 171LA 1QTZA 4EPFA 197LA 2O79A 3C82A 1L0JA 215LA 1L09A 1L60A 1SX2A 118LA 3PDSA 173LA 1D9WA 1D3MA 1L48A 1PQMA 129LA 1LLHA 3CDTA 4W51A 2QARC 4I7OA 1L80A 214LA 3DNAA 186LA 1QTHA 1L29A 2F32A 261LA 1L55A 236LA 232LA 1CUQA 1QT7A 231LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
119LA 2CDSA 3ULRA 4M6DA 1B5UA 4OO9A 1IVMA 4WM1A 5LAGA 2W1MA 5A3ZA 4ET8A 4Z41A 3CT1A 4PPOA 1LTMA 3AGHA 5D5FA 4NWEA 3K2RA 3W6BA 1B7NA 2ZQ4A 4DD3A 5KXYA 5KXPA 2CUUA 4NIJA 3D4SA 1C6DA 1UIDA 4TUNA 1LMTA 1DI4A 4CFOA 1JTPL 3P65A 1GFUA 1CJ6A 4GLAA 1NDMC 4TSBA 228LA 2LYOA 1FLWA 134LA 3RNXA 3FI5A 1VAUA 3FA0A 2A7FA 1L69A 3W6FA 5I4XA 2Q0MX 1DYBA 138LA 4I7KA 4G4BA 4NGIA 3LN2A 4LFPA 1T3PA 1L20A 205LA 1YAOA 1CKFA 3DN4A 1C62A 2YBLA 1CU5A 218LA 4IASA 1B5VA 3LYZA 5I53A 1LHMA 4LYCA 239LA 3RT5X 122LA 1CV5A 2BQAA 2YSSC 2F2QA 1UCOA 1LJIA 3N9AA 1GHLA 3C8SA 3WW5A 1L27A 3SB5A 3AB6A 2BQLA 3DN1A 3QAKA 252LA 3DN2A 2YDGA 183LA 3L2XA 5L3HA 1JPOA 3A91A 1GB6A 4XENA 1LW9A 4ZIXA 3OK0A 1B5XA 4CJ2A 3CSQA 2BLXA 1L01A 1LZTA 1GBOA 1L95A 2MECA 4ARLA 1L89A 1D3JA 147LA 3F6ZA 1LAAA 3HU8A 1GFTA 4DQ5A 1L45A 1P6YA 2NTGA 4DD7A 1JIYA 2RBOA 2WARA 1CU3A 3DN6A 1L19A 3A90A 2BQGA 1TEWA 1QUHA 1HF4A 4W58A 1LGWA 1PZYA 1XEJA 1L11A 1L24A 2H5ZA 1RCMA 2RBPA 190LA 1IX0A 1IP6A 1LJ3A 2HTXA 1D0LA 4LDLA 1IP5A 2IHLA 4GRVA 1CX7A 2LCBA 4QDNA 145LA 139LA 1QDRA 1UIGA 4H9IA 1BB7A 1L53A 2RB1X 1LI6A 1GWDA 1LMQA 3C80A 2DQEY 5J7CA 163LA 1LJKA 1WTHA 3C81A 1IOSA 1OV5A 2BLYA 3A34A 4ET9A 4DKLA 1JTMA 1REZA 2DQCY 4MR1A 4W55A 4HJZA 4LYBA 5APFA 1I6SA 4LT2A 1L49A 1CJ8A 1L63A 4NSJA 1LYFA 1GE3A 2F2NA 2MEAA 1IC7Y 1LYSA 260LA 1LZEA 1AM7A 1YAMA 1YAPA 1HFYA 258LA 1UC0A 2DQAA 233LA 1L44A 1L84A 1L93A 1VDTA 2D4JA 4PRQA 3WUMA 2LYMA 5KXNA 1GF4A 1L88A 1QSBA 5E4PA 4OWBA 120LA 1C69A 1GFVA 1OVJA 2LZ2A 4ARPA 1HEPA 1DI3A 1L33A 3HDFA 4FJRA 1L18A 2BQIA 1JJ0A 1GFEA 3RZ4A 3ATOA 4B0DA 5F14A 3HDEA 174LA 1LMCA 5I54A 3AGGG 4HSFA 4YX7C 1L52A 251LA 2IFFY 148LE 4KXIA 4LT1A 3JR6A 262LA 5HMVA 3IJUA 1UBZA 4OW1A 4KT3A 1G1WA 1L31A 2ZILA 223LA 1LWKA 4B4EA 4GBRB 1L58A 2B6ZA 220LA 2ZNWY 4LYMA 2RBSA 1D0MA 2MEEA 187LA 1PQKA 4ZFPA 1LZYA 4EKQA 4UWNA 1DYCA 1LSBA 1LZ8A 4NGWA 127LA 3GULA 1P36A 1HFXA 1RE2A 1C46A 1JKCA 5FDJA 1QT6A 2H9KA 3WXTA 5B05A 5HLLA 1J1XY 1LYJA 2DQDY 2RBRA 4ZEEA 4GCBA 4NHQA 1NWGA 4MSTA 1L39A 213LA 4J7VA 4TTDA 1DI5A 1LZDA 2DQGY 4G4CA 3HUKA 4OOOA 1L38A 2OU0X 4GN5C 242LA 3G3BB 4GCDA 3HU9A 168LA 254LA 2FYCA 1JWRA 1C6FA 3T6UA 1BVKC 2YBNA 1G0JA 2XQOA 1B5WA 1P46A 1LZRA 207LA 1H87A 1LPYA 2Z19A 1L12A 5F9UA 1OUFA 3A96A 1GFRA 4P2EA 1W6ZA 1IOQA 2RBNA 4LFXA 193LA 238LA 146LA 161LA 2ZWBA 1OQMA 4H9CA 1LZAA 1LZ9A 1C6EA 1L37A 1L42A 2ZIKA 2XTHA 4OWEA 5E9RA 5LYZA 4ETCA 1CKCA 1YANA 1GB9A 1L70A 159LA 5IELA 1LSZA 149LA 1GPQC 135LA 1DPWA 197LA 4R6CA 3C82A 1SX2A 4LYTA 3WU8A 4RW2A 1PQMA 4W51A 4WLYA 4YENA 4G49A 3DNAA 4HJVA 1L29A 232LA 3WUNA 1CUQA 5DN4A 2DKVA 3T36A 1C6QA 3WULA 2DQHY 1B9OA 1G06A 1L00A 1GE0A 2HEEA 1LYHA 3P68A 1VDPA 3HTDA 5LA5A 1AZFA 1C6LA 3GUOA 1GB8A 1LJHA 5HQ1A 4XJGA 1E8LA 4DYGA 1L22A 1CKGA 1L61A 4NGKA 248LA 1QUOA 1I56A 3M18B 4DWXA 1ALCA 2L78A 3D9AC 1IO5A 4L41A 3AYQA 1C68A 4W53A 3A95A 4PGJB 3NYAA 1DQJC 3G3XA 1L62A 4DDAA 4H9AA 1ZYTA 4GLVA 5FCPA 1IY4A 2DQJY 3HH4A 3GUIA 4GN4A 4W59A 2BQBA 1FLQA 9LYZA 255LA 237LA 2Z2FA 1KY0A 1GFAA 4EOFA 3B72A 1GB2A 4HTNA 2FBDA 4Z3MA 2NWDX 4RLNA 5KXMA 1WTMA 1KXXA 1NHEA 5B1FA 1IC5Y 1QUSA 1P7SA 1WQOA 154LA 1LSYA 4LYZA 5KY1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 119L A;  2CDS A;  3ULR A;  4M6D A;  1B5U A;  4OO9 A;  1IVM A;  4WM1 A;  5LAG A;  2W1M A;  5A3Z A;  4ET8 A;  4Z41 A;  3CT1 A;  4PPO A;  1LTM A;  3AGH A;  5D5F A;  4NWE A;  3K2R A;  3W6B A;  1B7N A;  2ZQ4 A;  4DD3 A;  5KXY A;  5KXP A;  2CUU A;  4NIJ A;  3D4S A;  1C6D A;  1UID A;  4TUN A;  1LMT A;  1DI4 A;  4CFO A;  1JTP L;  3P65 A;  1GFU A;  1CJ6 A;  4GLA A;  1NDM C;  4TSB A;  228L A;  2LYO A;  1FLW A;  134L A;  3RNX A;  3FI5 A;  1VAU A;  3FA0 A;  2A7F A;  1L69 A;  3W6F A;  5I4X A;  2Q0M X;  1DYB A;  138L A;  4I7K A;  4G4B A;  4NGI A;  3LN2 A;  4LFP A;  1T3P A;  1L20 A;  205L A;  1YAO A;  1CKF A;  3DN4 A;  1C62 A;  2YBL A;  1CU5 A;  218L A;  4IAS A;  1B5V A;  3LYZ A;  5I53 A;  1LHM A;  4LYC A;  239L A;  3RT5 X;  122L A;  1CV5 A;  2BQA A;  2YSS C;  2F2Q A;  1UCO A;  1LJI A;  3N9A A;  1GHL A;  3C8S A;  3WW5 A;  1L27 A;  3SB5 A;  3AB6 A;  2BQL A;  3DN1 A;  3QAK A;  252L A;  3DN2 A;  2YDG A;  183L A;  3L2X A;  5L3H A;  1JPO A;  3A91 A;  1GB6 A;  4XEN A;  1LW9 A;  4ZIX A;  3OK0 A;  1B5X A;  4CJ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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