1L36A

Toward a simplification of the protein folding problem: a stabilizing polyalanine alpha-helix engineered in t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Toward a simplification of the protein folding problem: a stabilizing polyalanine alpha-helix engineered in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-12-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l36A00
234LA 2F32A 3HU8A 4ARMB 4ARQB 1LYEA 1XJTA 120LA 215LA 1SX7A 1C6KA 3HTFA 1L67A 173LA 1L07A 4W58A 1P2RA 1C63A 1L37A 261LA 102LA 1L93A 1TLAA 1LYFA 3DN3A 1L27A 4EKSA 1L68A 1L09A 2RBRA 3HWLA 2B6WA 2OE7X 1L44A 151LA 4LDLA 1L06A 254LA 3HDEA 2LC9A 1L60A 1D3JA 1D2WA 2RAZX 231LA 1PQJA 1DYBA 2NTGA 161LA 1QUHA 192LA 229LA 3G3WA 1L48A 3G3XA 1L46A 244LA 2OU8A 3C7WA 1L77A 1L69A 3DN8A 1QUGA 252LA 4LZMA 1T97A 1G06A 2A4TA 4ARLA 235LA 4EKRA 1L38A 226LA 144LA 2RBQA 1OVJA 4YXAC 3SBBC 1KW5A 1L28A 4W56A 1L63A 2O79A 1QT7A 1C62A 1OYUA 1G0QA 1L40A 205LA 248LA 3C7ZA 108LA 199LA 1L87A 185LA 1LGUA 242LA 127LA 1CV3A 246LA 1L10A 1SSWA 1C6LA 1QT5A 191LA 1T8FA 1QS9A 2RBSA 1D2YA 1KY1A 213LA 4W53A 3OE9A 1QT4A 3L2XA 3DN0A 5I14A 3HDFA 1L00A 220LA 1L75A 3C8QA 1L57A 1EPYA 1CUQA 259LA 1L92A 3GUPA 141LA 1L13A 3NY8A 2LCBA 148LE 111LA 1KS3A 3C81A 1G0GA 1DYDA 3GUNA 1L51A 1CV1A 1P7SA 2CUUA 1SWYA 2B6XA 1L30A 3SN6R 224LA 168LA 1L58A 258LA 2RB1X 245LA 262LA 190LA 1C6AA 1DYEA 212LA 2OE9X 1OV5A 2F2QA 1L98A 3DN1A 1QTVA 1C6MA 1KW7A 1L50A 2OTZX 125LA 3C8SA 3PDSA 3RUNA 1CX6A 209LA 177LA 183LA 3GUMA 3OE6A 1L26A 1C6HA 149LA 4ARJA 1DYCA 243LA 1L99A 1PQKA 1G0LA 238LA 4ARQA 1CV4A 1DYFA 1L79A 198LA 1CVKA 1C64A 1C69A 3C8RA 3F9LA 1L15A 1LLHA 201LA 218LA 217LA 1L83A 4DJHA 216LA 1L76A 163LA 2B7XA 3ODUA 3HUAA 4I7KA 1LI2A 3SB6A 1C67A 1QTCA 1LYDA 223LA 112LA 1NHBA 159LA 1PQDA 2Q9EA 3CDQA 1KNIA 2OU0X 1L85A 2B6ZA 188LA 1CV6A 200LA 3LZMA 164LA 7LZMA 1L71A 210LA 3HT6A 170LA 214LA 1L20A 3SB5A 1LPYA 4EJ4A 189LA 143LA 3DMZA 1L66A 2RH1A 2OEAX 4DAJA 4I7NA 3DKEX 256LA 187LA 3HH6A 232LA 1CU5A 3QAKA 1QTHA 1QT3A 107LA 1C61A 1C6QA 1L21A 1L35A 1C6TA 227LA 1L81A 157LA 4I7TA 3C82A 1LI3A 2Q9DA 2LZMA 1G1VA 1L73A 110LA 1L22A 1P56A 1WTHA 3GUJA 1C6IA 1L96A 1L29A 4I7JA 3HUKA 1L33A 1LGXA 1QTDA 113LA 128LA 150LA 1C6FA 1G0KA 4GBRB 1D3FA 1L39A 1G1WA 2NTHA 4EPFA 1ZYTA 1ZWNA 3HT8A 1L54A 147LA 253LA 3UONA 1G07A 1JTNA 1P46A 123LA 1QTZA 130LA 206LA 122LA 4PK0A 1L61A 2B74A 1PQOA 126LA 1P64A 103LA 3FI5A 3HH3A 1CU6A 2B6TA 131LA 182LA 3SB8A 165LA 3F8VA 186LA 1QSQA 1L02A 3RZEA 1C6EA 3SBAA 115LA 1L04A 3DN2A 4I7PA 4EKPA 2OU9A 180LA 1D3NA 2B75A 4IAPA 2ANXA 178LA 1DYGA 2B72A 1QT8A 1QT6A 171LA 3CDRA 2Z6BA 3HT9A 155LA 2HULA 1L12A 142LA 109LA 2F47A 1P6YA 233LA 114LA 1L32A 211LA 228LA 3DN4A 1LWGA 221LA 1L89A 1QSBA 2B6YA 1PQMA 3GUKA 3V2WA 2HUKA 1P2LA 4ARMA 2OTYX 1LGWA 1T8GA 2RBNA 3NY9A 3FADA 1CX7A 1L0JA 1C65A 4I7QA 1C6GA 1L91A 2L78A 1D9WA 129LA 4ZPUA 1D3MA 1L90A 2B73A 197LA 1QTBA 1P5CA 4GRVA 1B6IA 1ZURA 3DMXA 1OWZA 1I6SA 4W57A 1CV0A 1QUOA 1LI6A 1LW9A 137LA 2RBOA 3EMLA 1L72A 174LA 3SB9A 4EPIA 1CTWA 1L70A 1SSYA 1L43A 1LYHA 4W55A 1L24A 3DN6A 3D4SA 1T6HA 3DNAA 146LA 1C6JA 1L45A 169LA 1L88A 4EKQA 1T8AA 3VW7A 1L97A 255LA 181LA 230LA 1C66A 1L95A 1C6DA 3HTGA 3JR6A 3GUIA 4YXCA 3DMVA 1DYAA 145LA 1L86A 1L36A 4LDOA 1OVHA 1CU0A 1JQUA 160LA 1L23A 172LA 4LDEA 4W59A 184LA 4OO9A 3L64A 3V2YA 2HUMA 1CU3A 1L08A 4K5YA 1CV5A 1G0PA 2B70A 3G3VA 166LA 195LA 1L03A 1LYJA 225LA 138LA 1L11A 247LA 1L59A 2ANVA 3K2RA 4E97A 4I7MA 3CDVA 139LA 4I7SA 3HTBA 1C6NA 4PJZA 5LZMA 1LYIA 4YX7C 176LA 4I7OA 241LA 222LA 156LA 1L34A 1P3NA 1L62A 1L05A 1LWKA 2O7AA 6LZMA 3CDOA 3OE0A 196LA 1LYGA 104LA 1L84A 1C6BA 1OVKA 239LA 1L14A 3GUOA 1XJUA 1L41A 3C7YA 140LA 3SB7A 1L64A 167LA 257LA 1QS5A 4DKLA 1L49A 1L55A 1SX2A 1C6CA 175LA 1L80A 1L47A 1L25A 3C83A 251LA 4W52A 1L01A 1L31A 2RB2X 2IGCA 236LA 1L18A 2RBPA 3HUQA 3HT7A 1JTMA 4W54A 1G0MA 1L42A 1L56A 4I7RA 1CUPA 1L74A 1K28A 2QARC 3HH4A 4AQNA 219LA 3OE8A 249LA 3CDTA 1L53A 1L65A 240LA 1PQIA 4EXMA 3HU9A 1P36A 237LA 162LA 1OWYA 4I7LA 4W51A 1C60A 250LA 3FA0A 1L16A 3NYAA 1CU2A 2QB0B 3GULA 1L82A 3PBLA 1C68A 3HTDA 2RB0X 1C6PA 4S0WA 1L17A 158LA 1SWZA 2RAYX 1L52A 118LA 1P37A 3HH5A 1OV7A 1QUDA 1L94A 1XEPA 2OE4X 1KY0A 4ARPA 2O4WA 3C80A 1G0JA 1L0KA 1L19A 260LA 152LA 119LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTOL 234LA 2F32A 3HU8A 215LA 1XJTA 120LA 2IFFY 1C6KA 1LJEA 5LYZA 4DD2A 1L93A 4EKSA 1L68A 1L09A 4QY9A 2Q0MX 3HWLA 2B6WA 4NSJA 5HMJA 3HDEA 3ZEKA 1N4FA 1PQJA 1LHLA 2HUBA 2NTGA 1INUA 4LYZA 4C3WA 3RZ4A 1B5VA 192LA 4NWEA 4DYGA 5EBHA 229LA 1L48A 4H9BA 4P2EA 5B07A 1J1PY 1LSPA 1WQPA 1QUGA 5KXXA 2G4QA 3A8ZA 1G06A 2A4TA 1IR9A 4YENA 4EKRA 2EKSC 144LA 4H1PA 4YXAC 3SBBC 1KW5A 1L28A 4YM8A 1IP2A 205LA 185LA 1LZYA 3W6FA 3P68A 246LA 1QDTA 4H8XA 1SSWA 1C6LA 1T8FA 1XGTC 5F14A 213LA 2Z2FA 4W53A 3OE9A 4WL7A 3B0OA 1GBWA 4ETDA 1G7LC 4H92A 3C8QA 1EL1A 1A2YC 1IORA 3GUPA 2BQHA 2I25L 2ZNXY 3NY8A 1XFPL 4N1EI 4OWBA 1DYDA 1SWYA 2B6XA 1C6AA 212LA 1GFUA 4R6CA 3DN1A 4U3XB 1KW7A 4DD1A 2C8PA 2XQOA 4BADA 1NHEA 3C8SA 1CX6A 183LA 3AJNA 3GUMA 1LZ9A 1GFJA 1HSXA 4NHTA 1CJ9A 1L26A 5M1YA 4ZFPA 135LA 5F16A 1LCNA 1RFPA 1PQKA 4XADA 1CV4A 2BQEA 1DYFA 4DD3A 1LJGA 1CVKA 5II3A 4DJHA 1L76A 1GE2A 4AXTA 3SB6A 1GXV2 3RU5A 1QTCA 4NSHA 1LOZA 4OWCA 1NF5A 1LHMA 5KJ9A 2Q9EA 2NWDX 1GE4A 4QGZA 5KXKA 1L85A 3ZVQB 2A7DA 2ZQ3A 3WL2A 1QSWA 210LA 1AT6A 170LA 3W6DA 1GDWA 4WOAA 189LA 1LJKA 4WM3A 1GFAA 1LJ3A 4D9ZA 2DQDY 1DI5A 1D6QA 4C5FA 4R0FA 3A6CY 1QTHA 1C6QA 1IP6A 4DT3A 153LA 4WLXA 4DDBA 1YANA 4EOFA 2C8OA 2LZMA 1L73A 1L22A 5IELA 3P65A 3QY4A 2MEIA 1L29A 113LA 1GFTA 1VFBC 4BAPA 5DL9A 1B0DA 253LA 1JTNA 1HFXA 2CDSA 1YKZX 3IJUA 1QTZA 4H91A 3HFMY 3BKHA 126LA 4TX7A 3LZ2A 2YBHA 1UIHA 1E8LA 3HH3A 1CU6A 2B6TA 3E3DA 1QSQA 3RZEA 1IY3A 3SBAA 1L04A 3OK0A 3DN2A 3J6KA 3HBDA 180LA 3A67Y 5L3HA 4TWSA 2B72A 1QT6A 3CDRA 1IP4A 3A95A 142LA 109LA 2F47A 233LA 114LA 4WG7A 1JEFA 9LYZA 3DN4A 2MEDA 5LINA 221LA 1QSBA 1DPXA 1LJJA 1LSNA 2HUKA 4ARMA 1LZ8A 2OTYX 3A92A 1AM7A 5DN5A 1P2CC 1C65A 1C6GA 1NMMA 1JTPL 1QQYA 1L91A 1D9WA 129LA 2MECA 5LAGA 4ML7A 4GRVA 4X3BA 4CJ2A 1C7PA 1G7MC 1ZURA 5C6LA 5APEA 137LA 1LZ6A 1JUGA 4HTNA 4TTDA 1CJ7A 1L43A 1T6HA 146LA 1YAPA 3SP3A 2BQJA 4EKQA 255LA 181LA 1B5UA 2H9KA 1O23A 3GUIA 3DMVA 1YKYX 1HHLA 160LA 3WU8A 4LT0A 3D3DA 3TMUA 1B5WA 2HUMA 2YSSC 1CU3A 1YAOA 2Z12A 3AZ4A 1G0PA 3N9AA 1QUSA 5LVJA 1LYJA 225LA 138LA 2HEFA 4H8ZA 4CGEA 1EQ4A 1L11A 3TXIA 2ANVA 1LZTA 1JKDA 4G4CA 139LA 4I7SA 1GFVA 1UC0A 5LA8A 3HTBA 3WUNA 2N5ZA 4I7OA 1IP5A 1LSYA 1LSCA 222LA 1L34A 1LAAA 1GB3A 4MSTA 5FCPA 2CWIA 1LYSA 4ZEEA 1LSZA 1B5ZA 2BQBA 1L84A 4EMNA 1OVKA 3IWRA 239LA 2YBLA 4HTQA 5KXSA 3AB6A 1GB9A 1CKGA 4PRQA 5KXTA 1GF4A 1C6CA 1IWXA 5KXRA 4J1AA 1L01A 4RLNA 2IGCA 236LA 1LZCA 1L18A 1IWUA 2RSCA 3HT7A 3EMSA 1GFRA 1L56A 4NG8A 1CUPA 1LSEA 1K28A 3GXKA 1GFGA 2BLXA 1L53A 240LA 4TUNA 1LJ4A 3CT5A 1LYYA 5FSTA 1C08C 1LTMA 1YIKA 2ZYCA 4J0LA 1IOSA 2YBMA 4W51A 5KXNA 5C6IA 4Z98A 250LA 3TMVA 4H9CA 1L16A 1F6SA 1NBZC 4S0WA 4OOOA 1SQ2L 158LA 1SWZA 4B4JA 1L52A 4XJIA 3K3TA 3KAMA 2MEGA 1NDGC 1QUDA 1XEPA 5LAFA 1XGPC 4OOTA 4ARPA 1G0JA 1L0KA 1L19A 260LA 1LZNA 152LA 1F10A 1YKXX 119LA 1JISA 1TDYA 2Z37A 1LZBA 4ARQB 2D91A 1BHZA 1UIEA 3EBAB 4AGAA 3AGGG 1L07A 1LMTA 102LA 4CFOA 2F4AA 2DQGY 1WTNA 2OE7X 1L44A 2H9JA 2LC9A 3IJVA 1D3JA 1HENA 1GF7A 1D2WA 4IASA 4GCEA 1XGRC 1AKIA 3G3WA 4XJHA 3G3XA 3DN8A 3C7WA 4ET8A 252LA 4LZMA 1IP3A 4HV2A 226LA 3RNXA 4G9SA 3AYQA 4W56A 2ZNWY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JTO L;  234L A;  2F32 A;  3HU8 A;  215L A;  1XJT A;  120L A;  2IFF Y;  1C6K A;  1LJE A;  5LYZ A;  4DD2 A;  1L93 A;  4EKS A;  1L68 A;  1L09 A;  4QY9 A;  2Q0M X;  3HWL A;  2B6W A;  4NSJ A;  5HMJ A;  3HDE A;  3ZEK A;  1N4F A;  1PQJ A;  1LHL A;  2HUB A;  2NTG A;  1INU A;  4LYZ A;  4C3W A;  3RZ4 A;  1B5V A;  192L A;  4NWE A;  4DYG A;  5EBH A;  229L A;  1L48 A;  4H9B A;  4P2E A;  5B07 A;  1J1P Y;  1LSP A;  1WQP A;  1QUG A;  5KXX A;  2G4Q A;  3A8Z A;  1G06 A;  2A4T A;  1IR9 A;  4YEN A;  4EKR A;  2EKS C;  144L A;  4H1P A;  4YXA C;  3SBB C;  1KW5 A;  1L28 A;  4YM8 A;  1IP2 A;  205L A;  185L A;  1LZY A;  3W6F A;  3P68 A;  246L A;  1QDT A;  4H8X A;  1SSW A;  1C6L A;  1T8F A;  1XGT C;  5F14 A;  213L A;  2Z2F A;  4W53 A;  3OE9 A;  4WL7 A;  3B0O A;  1GBW A;  4ETD A;  1G7L C;  4H92 A;  3C8Q A;  1EL1 A;  1A2Y C;  1IOR A;  3GUP A;  2BQH A;  2I25 L;  2ZNX Y;  3NY8 A;  1XFP L;  4N1E I;  4OWB A;  1DYD A;  1SWY A;  2B6X A;  1C6A A;  212L A;  1GFU A;  4R6C A;  3DN1 A;  4U3X B;  1KW7 A;  4DD1 A;  2C8P A;  2XQO A;  4BAD A;  1NHE A;  3C8S A;  1CX6 A;  183L A;  3AJN A;  3GUM A;  1LZ9 A;  1GFJ A;  1HSX A;  4NHT A;  1CJ9 A;  1L26 A;  5M1Y A;  4ZFP A;  135L A;  5F16 A;  1LCN A;  1RFP A;  1PQK A;  4XAD A;  1CV4 A;  2BQE A;  1DYF A;  4DD3 A;  1LJG A;  1CVK A;  5II3 A;  4DJH A;  1L76 A;  1GE2 A;  4AXT A;  3SB6 A;  1GXV 2;  3RU5 A;  1QTC A;  4NSH A;  1LOZ A;  4OWC A;  1NF5 A;  1LHM A;  5KJ9 A;  2Q9E A;  2NWD X;  1GE4 A;  4QGZ A;  5KXK A;  1L85 A;  3ZVQ B;  2A7D A;  2ZQ3 A;  3WL2 A;  1QSW A;  210L A;  1AT6 A;  170L A;  3W6D A;  1GDW A;  4WOA A;  189L A;  1LJK A;  4WM3 A;  1GFA A;  1LJ3 A;  4D9Z A;  2DQD Y;  1DI5 A;  1D6Q A;  4C5F A;  4R0F A;  3A6C Y;  1QTH A;  1C6Q A;  1IP6 A;  4DT3 A;  153L A;  4WLX A;  4DDB A;  1YAN A;  4EOF A;  2C8O A;  2LZM A;  1L73 A;  1L22 A;  5IEL A;  3P65 A;  3QY4 A;  2MEI A;  1L29 A;  113L A;  1GFT A;  1VFB C;  4BAP A;  5DL9 A;  1B0D A;  253L A;  1JTN A;  1HFX A;  2CDS A;  1YKZ X;  3IJU A;  1QTZ A;  4H91 A;  3HFM Y;  3BKH A;  126L A;  4TX7 A;  3LZ2 A;  2YBH A;  1UIH A;  1E8L A;  3HH3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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