1L37A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFENSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l37A00
139LA 1L23A 241LA 2O4WA 210LA 3V2WA 1QT5A 1LGXA 3C7YA 5LZMA 1SX2A 3SB7A 1PQKA 199LA 1CTWA 103LA 1CU2A 1ZURA 2IGCA 4DJHA 2OE4X 3DN8A 1DYCA 141LA 5I14A 1CV3A 1L80A 1XEPA 4K5YA 1L02A 1T97A 232LA 4ARQB 1LYJA 3GUMA 1L83A 220LA 3C80A 1B6IA 4LDOA 1KY0A 3SBAA 4I7PA 4S0WA 4YXCA 1L45A 3OE0A 3NY8A 1C66A 3HU9A 1L56A 1G0GA 1D9WA 1NHBA 2B6XA 138LA 1L0JA 166LA 1L65A 246LA 1LI3A 4GBRB 1C6NA 4EPIA 129LA 1OVHA 1G0PA 1G1WA 1L33A 218LA 261LA 4GRVA 1KS3A 4I7NA 1PQMA 226LA 2B73A 1L94A 1G1VA 1L27A 1L43A 1QT4A 1L12A 262LA 4I7OA 1L72A 231LA 1L10A 3SB9A 3DN4A 2ANXA 1L34A 113LA 1L30A 1L66A 3NY9A 1L17A 1XJUA 1L62A 4I7QA 131LA 4ARQA 1L58A 3LZMA 143LA 1CV4A 1L13A 149LA 3DN0A 1LI6A 1G0MA 1C65A 1T6HA 1L67A 3HTBA 178LA 3OE9A 1LW9A 1C6FA 1OV5A 1L82A 1LGUA 1L86A 3K2RA 212LA 4ARLA 1C6EA 126LA 1OV7A 1KY1A 3HTGA 1P2LA 4W52A 1P5CA 2F47A 4I7MA 165LA 3F8VA 167LA 4AQNA 1L05A 1L50A 1D2YA 1SX7A 1L79A 3JR6A 1L70A 3SB6A 1OWZA 163LA 3RZEA 3HT7A 182LA 1LYFA 186LA 1CU3A 198LA 4I7LA 1CV1A 4EKRA 1L25A 145LA 190LA 200LA 247LA 1L03A 137LA 2B6TA 1L84A 1SSWA 1L61A 3HUAA 3C83A 250LA 1QTCA 174LA 1G07A 238LA 3SB8A 4W57A 1L09A 1L08A 127LA 1L32A 1G0QA 4I7SA 1L04A 1LYDA 206LA 1L24A 1L64A 1T8GA 2B72A 4EPFA 1P56A 3DKEX 1CU0A 1L41A 1CV5A 234LA 1T8AA 3FADA 3GUIA 228LA 3HT6A 107LA 152LA 1WTHA 4ARPA 6LZMA 2B6ZA 157LA 257LA 1LWGA 1DYEA 168LA 3CDVA 4LDLA 1JTMA 1QT6A 1D3FA 159LA 1C63A 3UONA 1L48A 1P7SA 4I7KA 1L81A 1SWZA 4LZMA 2RBQA 2Q9DA 1C6GA 1P64A 1QT7A 216LA 2QARC 255LA 1P6YA 2B6YA 120LA 142LA 3HWLA 195LA 217LA 4ARJA 1L97A 1L40A 1C6BA 1K28A 1LYIA 1LYEA 1D3NA 239LA 1JTNA 1L71A 1P46A 3DN2A 1L28A 1ZWNA 227LA 160LA 1QS9A 2QB0B 2RBSA 1L06A 3HUQA 1C68A 3GUOA 1C6MA 1C6PA 1XJTA 4LDEA 180LA 4EKQA 4PK0A 161LA 2RB0X 1L44A 4W54A 4EXMA 2OU8A 3C8SA 2Z6BA 1G0JA 1C6QA 1L11A 1CX7A 3CDOA 181LA 130LA 2CUUA 1T8FA 1L75A 2HUKA 108LA 3GULA 4ARMB 155LA 3L2XA 1CUQA 3PBLA 144LA 2Q9EA 4I7TA 1QSBA 236LA 1CU6A 102LA 1L38A 1L0KA 1L16A 1CV0A 123LA 1P36A 2OU9A 119LA 172LA 2F32A 258LA 3DN6A 1L88A 1TLAA 1LYHA 2ANVA 3V2YA 1LWKA 1L63A 1L46A 2A4TA 1L39A 211LA 1L96A 2RAYX 1DYFA 240LA 1PQOA 223LA 2NTGA 3DNAA 1QTZA 3HDFA 188LA 1PQJA 225LA 3G3VA 4YXAC 3L64A 1CUPA 109LA 147LA 1ZYTA 1G0KA 1QTVA 2B75A 3QAKA 251LA 187LA 1JQUA 3OE6A 1CX6A 3PDSA 4ARMA 4I7RA 1QUDA 1C6TA 4W55A 1L36A 7LZMA 4E97A 118LA 4EKPA 1L42A 1C6KA 150LA 2B74A 205LA 3DMZA 1L22A 164LA 1L01A 2OU0X 2O7AA 1LI2A 1DYGA 259LA 3HH4A 1L35A 189LA 243LA 3SBBC 2HULA 2RB2X 156LA 3D4SA 196LA 4YX7C 229LA 112LA 1L51A 3DN1A 125LA 151LA 1L55A 3DMXA 170LA 1L53A 3HU8A 115LA 1CVKA 1L93A 2OTYX 221LA 3F9LA 4EKSA 1C6AA 1EPYA 248LA 1C67A 3G3XA 1L98A 1C6HA 1C61A 1QTDA 104LA 2HUMA 1L91A 3SN6R 1DYAA 3FI5A 1C62A 4ZPUA 1C6JA 2RBPA 252LA 1L92A 2L78A 3C81A 3C8RA 245LA 177LA 1LPYA 2RBRA 1LYGA 222LA 1KNIA 1OYUA 1D2WA 1L26A 253LA 197LA 2LC9A 191LA 1D3MA 169LA 1L89A 1QTBA 1L19A 3ODUA 146LA 1QSQA 1SSYA 1L57A 4IAPA 3HH3A 1LLHA 3G3WA 237LA 1QUGA 175LA 3DMVA 1QT3A 2RAZX 3HT9A 1L60A 4DAJA 201LA 3OE8A 254LA 3HTDA 2B7XA 1OVKA 1C6CA 235LA 158LA 4PJZA 1L68A 1KW5A 249LA 1P2RA 3CDQA 1QUHA 3HDEA 2RH1A 233LA 4W51A 3VW7A 3FA0A 3GUNA 1L87A 1L77A 1C6LA 1QT8A 4EJ4A 3SB5A 256LA 1I6SA 1SWYA 3C82A 2OE9X 3HUKA 2RBOA 1P37A 1L07A 2OEAX 140LA 192LA 1L54A 1DYBA 3RUNA 1CV6A 2OE7X 1L31A 1CU5A 173LA 1OVJA 171LA 2LCBA 1G06A 1L49A 1L15A 3C7ZA 3GUKA 1KW7A 1C69A 1G0LA 3C7WA 185LA 2B6WA 1LGWA 214LA 3CDTA 2OTZX 1L00A 4W56A 111LA 1C64A 219LA 122LA 148LE 3GUPA 4DKLA 1L69A 2NTHA 183LA 1QS5A 2O79A 4I7JA 184LA 3NYAA 4OO9A 209LA 1C60A 1PQIA 1D3JA 3GUJA 2F2QA 1L37A 4W59A 1OWYA 1L73A 230LA 2LZMA 176LA 1C6IA 3C8QA 128LA 1L85A 1L29A 2RBNA 3EMLA 110LA 1L18A 1L20A 244LA 2RB1X 1QTHA 1L76A 1L21A 213LA 224LA 1QUOA 215LA 1L95A 1C6DA 1L52A 1L47A 1L74A 1L90A 3HH5A 3HT8A 114LA 1PQDA 3HH6A 2B70A 3DN3A 4W53A 3HTFA 4W58A 1L99A 162LA 242LA 260LA 1DYDA 1L59A 1L14A 1P3NA 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XSFA 4NHPA 3V2WA 1KIQC 1BQLY 1SX2A 2IGCA 3P68A 1IP5A 4B1AA 1G7LC 4K5YA 1L02A 1YROA 4ARQB 1KY0A 4WM1A 1FLQA 1L45A 5DN4A 3TXEA 5FHWA 1L56A 1G0GA 1D9WA 4G4HA 1IWZA 1L65A 1C6NA 1XGTC 1OUEA 4EPIA 1L33A 2D91A 4LYMA 4LT2A 1GB8A 4I7NA 1LZGA 2B73A 2I25L 1L27A 1BGIA 1LYZA 231LA 1L10A 1JHLA 2ANXA 113LA 1L66A 1B7SA 1L17A 1GFJA 1L58A 3LZMA 4YOPA 149LA 1LI6A 1T6HA 3HTBA 4G4CA 3WPJA 1LW9A 1L86A 4XJBA 4NHIA 1NDMC 1C6EA 4E3UA 1GFKA 4YM8A 4W52A 4PGJB 2F47A 4I7MA 1IP2A 1L50A 5FELA 1D2YA 4CHXA 1WQOA 1FLYA 1GBWA 1NWGA 3JR6A 3SB6A 2RSCA 4LT0A 3W6FA 4TSBA 1ZVHL 3HT7A 2EKSC 186LA 2YBHA 1GB0A 1CU3A 1IVMA 1LHJA 137LA 4KL7A 133LA 1F0WA 2BQNA 1VDTA 2ZQ4A 3A90A 174LA 1OUFA 1G07A 1HMLA 1LZ6A 4B4IA 1GXXA 1EQEA 3HBDA 1GFUA 1WVVA 4PPOA 1LYYA 1UUZC 4TSCA 1CV5A 234LA 1T8AA 1LZEA 1WQNA 152LA 1XGUC 4ARPA 4H9BA 5LIOA 3A96A 1FN5A 4LDLA 4HJZA 2F2NA 1L48A 2MEGA 1IP4A 2RBQA 4NWEA 1HF4A 1QT7A 1IP6A 1LZ5A 3TXJA 1LSEA 2B6YA 142LA 1YL0X 2ZNWY 4HTKA 4YF2A 195LA 217LA 5AMYA 4IASA 4OW1A 1L40A 3ATOA 4WLDA 4NHSA 3TMUA 1QS9A 4NSJA 2A7DA 1LSDA 2HUBA 2RBSA 4J1BA 2DQGY 1XJTA 1LZDA 3RW8A 5ILFA 1LKRA 1JJ1A 1B5UA 1OP9B 4B4JA 1IY4A 1G0JA 1L11A 2Q0MX 2CUUA 4KPMA 132LA 1NHEA 4Z41A 1B5VA 144LA 1L38A 3MGWA 1VDQA 5LYTA 2C8OA 5K7OA 172LA 1TLAA 5LAFA 2ANVA 3TMVA 5LVKA 4GCEA 1L46A 4RLMA 1JUGA 1L39A 4WLXA 5E9RA 1XEKA 3G3BB 223LA 1D0LA 2NTGA 3DNAA 1LMCA 1GDXA 3G3VA 5FSTA 3WW5A 1ZYTA 1LZCA 1QTVA 2YVBA 4BADA 1D6QA 4UWVA 3QAKA 135LA 251LA 4ARMA 1ZV5L 4I7RA 4WM3A 1O23A 7LZMA 5HNCA 118LA 5KXNA 3AYQA 3RT5X 3DMZA 1GB5A 1DI3A 2ZNXY 1LI2A 4H93A 1IR7A 3FI7A 1QUSA 4B4EA 1I1ZA 1L35A 189LA 243LA 3CQLA 4L41A 156LA 5I5QA 229LA 1L51A 3DN1A 1L55A 1HEPA 3HU8A 5KXOA 2BQEA 115LA 3F9LA 2Z19A 3WU7A 4Z3MA 5KXYA 4KT3A 6LYTA 3G3XA 1LMTA 1LSZA 1REXA 2HUMA 1FLUA 1DYAA 1CKHA 4ZPUA 2RBPA 5LVJA 4NY5A 1DQJC 3C8RA 177LA 1LPYA 2D4KA 4C3WA 222LA 2ZILA 1D2WA 1REZA 4DYGA 1D3MA 1L89A 1T6VL 3RU5A 4DC4A 4RW1A 1B7RA 1ZMYL 1CKFA 5KKJA 4ETEA 5I53A 4OWBA 1LLHA 1MLCE 3G3WA 1QUGA 1B5XA 175LA 1LSNA 3HTDA 2B7XA 2EQLA 1LSYA 2D4JA 158LA 1NF5A 1L68A 249LA 1B2KA 1P2RA 1QUHA 233LA 2X0AA 3VW7A 2XJWA 3FA0A 3GUNA 1L87A 1UA6Y 1C6LA 4H90A 2BQLA 1W08A 256LA 1LZ1A 3WULA 3C82A 3A92A 3CT5A 1GFTA 1GB2A 4N1CC 4LYOA 2OE7X 5F16A 5D5FA 171LA 2LCBA 1BWJA 1L49A 3C7ZA 1WQMA 3EBAB 2BQDA 2MECA 185LA 1GF7A 3WXTA 1HMKA 4P2EA 4WL6A 214LA 3CDTA 2YBMA 4XN6A 2FYDA 2DQJY 219LA 1C64A 1IWUA 2DQHY 3A6CY 4W56A 3GUPA 4N1EI 3CT1A 209LA 3J4GA 3W6CA 5FEKA 3WU8A 4GN3A 1FKVA 2LZMA 3IWRA 3C8QA 2RBNA 3EMLA 4H9CA 5L9JA 110LA 1LHIA 3K3TA 4W94A 4IATA 215LA 1IOCA 4DQ7A 1LHMA 4NGVA 2LYMA 1OUDA 4OOOA 4DT3A 2CWIA 1GXV2 3CSRA 3DN3A 4W53A 1YILA 2F30A 1GBOA 3KAMA 162LA 4ANRA 242LA 2XTHA 1L59A 1HELA 2H9JA 1P3NA 3CDRA 1PS5A 1YIKA 1GBYA 241LA 3WPLA 4Z98A 4HTQA 5LZMA 199LA 1CTWA 4H9HA 3N9CA 1CV3A 2MEFA 2BQIA 1T97A 232LA 2XBRA 3GUMA 220LA 4YXCA 1A4VA 1GHLA 2MEBA 3HU9A 3J6KA 1MELL 2B6XA 1L0JA 166LA 246LA 1LI3A 1LSGA 2HEBA 5B1FA 1OVHA 1G1WA 2H5ZA 4CJ2A 3SP3A 1EQ5A 4NHQA 4ETAA 1G1VA 1CKGA 1L43A 1GB6A 4I7OA 3SB9A 4PRUA 2D6BA 1H87A 4ZIXA 2BQJA 2EPEA 1UIGA 1LSCA 4PHIA 3WL2A 1XJUA 1L62A 4I7QA 131LA 143LA 2ZYCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XSF A;  4NHP A;  3V2W A;  1KIQ C;  1BQL Y;  1SX2 A;  2IGC A;  3P68 A;  1IP5 A;  4B1A A;  1G7L C;  4K5Y A;  1L02 A;  1YRO A;  4ARQ B;  1KY0 A;  4WM1 A;  1FLQ A;  1L45 A;  5DN4 A;  3TXE A;  5FHW A;  1L56 A;  1G0G A;  1D9W A;  4G4H A;  1IWZ A;  1L65 A;  1C6N A;  1XGT C;  1OUE A;  4EPI A;  1L33 A;  2D91 A;  4LYM A;  4LT2 A;  1GB8 A;  4I7N A;  1LZG A;  2B73 A;  2I25 L;  1L27 A;  1BGI A;  1LYZ A;  231L A;  1L10 A;  1JHL A;  2ANX A;  113L A;  1L66 A;  1B7S A;  1L17 A;  1GFJ A;  1L58 A;  3LZM A;  4YOP A;  149L A;  1LI6 A;  1T6H A;  3HTB A;  4G4C A;  3WPJ A;  1LW9 A;  1L86 A;  4XJB A;  4NHI A;  1NDM C;  1C6E A;  4E3U A;  1GFK A;  4YM8 A;  4W52 A;  4PGJ B;  2F47 A;  4I7M A;  1IP2 A;  1L50 A;  5FEL A;  1D2Y A;  4CHX A;  1WQO A;  1FLY A;  1GBW A;  1NWG A;  3JR6 A;  3SB6 A;  2RSC A;  4LT0 A;  3W6F A;  4TSB A;  1ZVH L;  3HT7 A;  2EKS C;  186L A;  2YBH A;  1GB0 A;  1CU3 A;  1IVM A;  1LHJ A;  137L A;  4KL7 A;  133L A;  1F0W A;  2BQN A;  1VDT A;  2ZQ4 A;  3A90 A;  174L A;  1OUF A;  1G07 A;  1HML A;  1LZ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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