1L38A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQEKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l38A00
1L68A 1CTWA 2O4WA 3PBLA 4PJZA 1JTNA 1D3NA 1KS3A 4LDLA 1DYAA 1KW7A 3SB8A 1L08A 3NY9A 1SWZA 3D4SA 2F32A 1LI3A 1L92A 2QB0B 2Q9EA 3DN3A 140LA 1C6EA 2OU0X 4ARLA 1P56A 4ARPA 185LA 2LC9A 165LA 259LA 1CX7A 4K5YA 3FA0A 1L62A 1L14A 1P7SA 248LA 249LA 4I7SA 2B6ZA 1XJUA 3HH4A 1T6HA 234LA 1L20A 4YXAC 1LYDA 3NYAA 1T97A 191LA 152LA 253LA 5I14A 1OVHA 1L30A 176LA 3HTGA 2RBPA 108LA 3HUKA 1L19A 1QT5A 2B6WA 1L56A 1CV6A 4ARJA 1CUQA 3SBBC 1QT8A 2B75A 1OV7A 1EPYA 1L03A 1LWKA 1SWYA 1JQUA 2OTZX 1LPYA 3C83A 233LA 1C6HA 1QT6A 3DMVA 1PQDA 1L75A 1PQOA 4EXMA 1C63A 1L23A 1PQJA 213LA 3GUMA 1L91A 2Q9DA 4EKPA 4I7RA 3HUQA 1L07A 3DN0A 3G3WA 3C8SA 1L60A 183LA 128LA 2RBQA 3OE8A 184LA 3F9LA 1LYIA 1L11A 187LA 2OE9X 1L16A 3L2XA 1C69A 1C68A 2QARC 1LWGA 1L96A 3F8VA 4W58A 1L43A 1L58A 1L85A 2Z6BA 3HH6A 1CX6A 212LA 119LA 1L05A 178LA 120LA 1CUPA 1L31A 146LA 1C60A 1CU2A 1L04A 1C6GA 2RB1X 127LA 1L28A 188LA 1LYGA 1D9WA 1G0MA 1L42A 103LA 199LA 1K28A 1P36A 2RBSA 4I7KA 4ARQA 261LA 1L12A 1QTBA 1L02A 2OU9A 1P46A 1P3NA 2F47A 4I7NA 1DYFA 151LA 1OVJA 4I7LA 1P37A 1C6FA 3V2YA 1L69A 1L34A 4S0WA 1L64A 1C6MA 1L66A 3FI5A 1PQIA 1QS5A 4W59A 107LA 1QS9A 3JR6A 1SX7A 1T8FA 1G0KA 144LA 142LA 1DYGA 1DYEA 1P2RA 2OEAX 2HUMA 1G0JA 189LA 3CDOA 2OTYX 214LA 1QTHA 1L55A 173LA 155LA 1PQKA 4W54A 223LA 1QTVA 1ZURA 1L09A 1QT4A 238LA 1L01A 1L54A 3C8QA 3L64A 161LA 2RBNA 1P6YA 1OV5A 162LA 159LA 3DN2A 206LA 3UONA 2RAYX 3GUNA 2F2QA 172LA 1L0KA 216LA 2ANXA 3CDTA 254LA 255LA 1G0LA 1C6JA 3LZMA 1T8GA 1C65A 3HDEA 110LA 160LA 256LA 1L73A 1L53A 1L97A 3OE0A 1C6PA 1ZWNA 4W53A 4I7OA 3K2RA 1L51A 1OYUA 2ANVA 3DN8A 4W52A 1B6IA 147LA 1L76A 3OE9A 1OWYA 181LA 1C6BA 1L98A 3RUNA 200LA 131LA 3GUKA 145LA 4I7PA 3SBAA 3VW7A 1L99A 1KNIA 1LLHA 3HT6A 115LA 4YX7C 138LA 156LA 1LYHA 1L41A 3C80A 1L32A 1CV1A 2RB0X 1L50A 1L93A 3C7ZA 3GUPA 1C67A 1L24A 114LA 237LA 2B6TA 4W57A 7LZMA 141LA 235LA 125LA 3HUAA 3SB9A 1L72A 226LA 1L33A 258LA 257LA 4DAJA 1D3FA 1G07A 111LA 109LA 3QAKA 3ODUA 1G0GA 215LA 2A4TA 112LA 196LA 4LDEA 1C6DA 3DN1A 1SSYA 2B72A 1CU6A 1L0JA 1G0PA 252LA 1L86A 205LA 1G1WA 2B6XA 1LI2A 4ARQB 260LA 1T8AA 3DNAA 2OU8A 2B73A 3C7WA 1LGWA 1P5CA 244LA 4IAPA 1C64A 1DYBA 3GULA 6LZMA 1KW5A 1D3MA 1L45A 166LA 3GUIA 1L87A 186LA 130LA 241LA 230LA 250LA 169LA 1L27A 4OO9A 220LA 3SB6A 1C6CA 1L21A 1L79A 3SB7A 3DMXA 164LA 1L26A 1L65A 1LYJA 1QT7A 2RB2X 1OVKA 1CV5A 3HWLA 2RBRA 3HT7A 143LA 1L39A 1L52A 1L46A 4W56A 1I6SA 3NY8A 1QSBA 2HUKA 1L90A 210LA 2NTHA 1L67A 2O7AA 1C6LA 2CUUA 3CDRA 4EKSA 1QUHA 1L80A 1XJTA 4I7JA 177LA 104LA 1L94A 2B7XA 2B70A 3HT9A 1L10A 4PK0A 1L36A 201LA 3DMZA 5LZMA 3HTBA 1L88A 3FADA 222LA 1C62A 170LA 1CV3A 4EKRA 1C66A 1KY0A 3HTFA 219LA 2L78A 1L22A 1L59A 1QUOA 3HH5A 4EPIA 1XEPA 1C6NA 3RZEA 1ZYTA 4EJ4A 4DJHA 2O79A 1L18A 1OWZA 1CU3A 4YXCA 228LA 4EKQA 1L00A 1CV4A 1L77A 158LA 2RH1A 1L63A 3HH3A 182LA 3HTDA 1P2LA 1L89A 1QTCA 3PDSA 3GUOA 3HU8A 123LA 122LA 1L25A 245LA 1L35A 139LA 4I7QA 192LA 1LYEA 1L49A 118LA 1LI6A 1G06A 167LA 1QUGA 2HULA 1C6TA 2OE4X 1L29A 239LA 1QTZA 1L15A 113LA 1G1VA 225LA 3DN6A 1D2YA 232LA 148LE 251LA 4EPFA 1D3JA 1L82A 1QTDA 2LZMA 129LA 1P64A 236LA 4LZMA 1CU0A 4DKLA 1PQMA 3C81A 217LA 1L83A 1L38A 1L44A 3C8RA 2RBOA 3SN6R 231LA 2B74A 2B6YA 4ARMB 195LA 221LA 1D2WA 2NTGA 3V2WA 1L13A 149LA 4GBRB 1LYFA 1L71A 1C61A 1C6AA 262LA 168LA 198LA 4E97A 1QUDA 1CU5A 224LA 1L47A 150LA 1C6IA 2OE7X 247LA 171LA 1L37A 4ARMA 1LGUA 243LA 227LA 1L95A 1LGXA 3DN4A 2IGCA 1KY1A 1QSQA 3CDVA 3HDFA 1TLAA 3GUJA 175LA 1C6KA 211LA 229LA 174LA 4W51A 4W55A 1L48A 1L74A 3HU9A 1L17A 3G3VA 4GRVA 1NHBA 4ZPUA 1WTHA 1L61A 3C82A 4AQNA 1L81A 126LA 1L06A 1L57A 1C6QA 240LA 1JTMA 218LA 1L40A 3EMLA 197LA 3G3XA 1DYDA 1SSWA 242LA 1L84A 3SB5A 3DKEX 102LA 3CDQA 190LA 157LA 163LA 4I7TA 3OE6A 1CV0A 209LA 137LA 2LCBA 180LA 1L70A 4I7MA 1LW9A 1SX2A 1QT3A 246LA 1CVKA 1DYCA 1G0QA 4LDOA 2RAZX 3HT8A 3C7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L68A 1QDRA 5I4WA 1F10A 4PJZA 1YAMA 2Z38A 1KW7A 1DI4A 3NY9A 1SLYA 1IP7A 1SWZA 1HFXA 3DN3A 2HU3A 1L92A 140LA 1OUJA 4ARLA 185LA 4K5YA 1L62A 5LYTA 1DPXA 1WQRA 4I7SA 2B6ZA 1YKXX 4G49A 1GHLA 4H94A 4YXAC 2G4PA 1LJ3A 253LA 2AUBA 4OWAA 2A7FA 2B6WA 4N9RA 1FN5A 1CV6A 4ARJA 1OV7A 1IOSA 1EPYA 2D91A 1QTEA 1BVKC 3D3DA 1QT6A 2C8OA 1C10A 1PQOA 4HPIA 2DQCY 2MEBA 2Y8PA 1HEWA 4KT3A 2DQDY 183LA 2DQEY 128LA 2RBQA 1LYIA 1L11A 187LA 2OE9X 5FDJA 1JITA 1REZA 1OUIA 3WVYA 1J1PY 4N1CC 4LT3A 2Z6BA 3K3TA 5I53A 212LA 4EMNA 120LA 1P2CC 5KXTA 1FLUA 1LCNA 1LHIA 2RB1X 127LA 5DL9A 1IC7Y 4WLYA 1L42A 4PPOA 199LA 1K28A 4I7KA 4ARQA 4DDAA 1L12A 1L02A 4H9FA 1IO5A 1IOCA 2F47A 4DD2A 1OVJA 2IFFY 1L69A 3TXIA 1L64A 4WM4A 1B5ZA 1LSAA 4I8SA 4WM6A 4HJVA 2LYMA 1LSMA 5APFA 4TSBA 4LYBA 2HUMA 2LZ2A 1G0JA 2DQHY 4WMGA 1GF6A 2BPUA 155LA 223LA 4KPMA 2GV0A 1QT4A 3C8QA 1GDWA 4HPEA 1IY4A 2RBNA 162LA 4AXTA 1B7QA 3OK0A 1QTKA 4TX7A 1B7NA 3CSQA 2XQOA 2RAYX 4J1BA 1CJ7A 2YBJA 2F2QA 4DQ7A 5I4XA 2DQGY 5E9RA 255LA 1T3PA 1C6JA 1B7LA 5E4PA 256LA 1L53A 2D4IA 2YBMA 1L51A 5LXWA 5KXXA 2ANVA 3LYZA 1L76A 4H8ZA 3OE9A 1C6BA 1GAZA 200LA 1B5XA 3GUKA 2C8PA 1L99A 1KNIA 4NWEA 115LA 4YX7C 4QGZA 1GFTA 138LA 5HNLA 4DYGA 1V7SA 5APDA 4D9ZA 1L32A 4NIJA 2RB0X 1YKZX 1IWZA 1LSBA 4H9IA 2B6TA 5C6LA 2NWDX 3SB9A 1IX0A 1L33A 3W6DA 1BB6A 1NWGA 3LN2A 1LZCA 3CB7A 5I5QA 215LA 1LZ4A 2CGIA 1G7IC 5KXSA 3DN1A 1XGRC 2B72A 1L0JA 1I56A 205LA 1GB3A 3BKVA 5LIOA 1T8AA 4LZTA 4DDCA 3C7WA 4DT3A 244LA 2MEIA 1GFKA 1TAYA 1GE2A 166LA 1N4FA 5LVGA 5JENB 4OO9A 1C7PA 4DD3A 3TMUA 1GEZA 1LZ9A 3SB7A 1JTTL 4CGEA 1B5UA 1QDTA 164LA 5A3EA 1LYJA 1QT7A 1CV5A 1D0LA 2RBRA 3HT7A 5FELA 1L39A 1L46A 4H9BA 4H93A 210LA 2NTHA 2A7DA 2O7AA 1C6LA 1IC5Y 5KXYA 1GDXA 1QSWA 3QY4A 2HUBA 1CKHA 1HERA 4NGJA 4I7JA 177LA 1CNSA 2CWIA 2HECA 2Z12A 1L10A 6LYZA 4H9EA 4OWCA 1GWDA 3DMZA 5HQ1A 1LYZA 3A91A 4CHXA 1C62A 5KXWA 1CV3A 1HNLA 2YBHA 4LT2A 4RLNA 2D6BA 3HTFA 1BB5A 1UIEA 4EPIA 4NWHA 1UBZA 1VFBC 4NGKA 1L00A 1G7MC 3HH3A 4XJFA 4GN4A 3EXDA 3W6CA 1RE2A 4J0LA 2LZTA 3GUOA 122LA 1L25A 2YDGA 1L35A 5DM9A 3F6ZA 2ZQ4A 4Z3MA 3FI7A 4NHIA 1HFYA 2OE4X 1L29A 1UIAA 1OUCA 1L15A 1NKHA 1UIHA 3LZ2A 5LINA 4HTKA 1UACY 2XJWA 4EPFA 3A6CY 1L82A 1QTDA 4DKLA 4ZFPA 3TXJA 4LT0A 231LA 2B74A 4WL6A 1GFHA 1L71A 3TMXA 262LA 4DQJA 5L3HA 1JKCA 4E97A 4OWHA 247LA 171LA 2N5ZA 5I4YA 1JPOA 4X3BA 227LA 4HTNA 1AT6A 1LGXA 1KY1A 1QSQA 3HDFA 1TLAA 3GUJA 1C6KA 211LA 1LSYA 3ZVQB 2IHLA 1JJ0A 3GXRA 1L48A 1LHMA 3AW6A 4ZPUA 5APCA 1BQLY 1AZFA 126LA 1L06A 1C6QA 1TBYA 3RU5A 1IIZA 1TEWA 4GLVA 4B1AA 1KIRC 197LA 1UCOA 2XBSA 2VB1A 1SSWA 4NGYA 1L84A 3CDQA 2ZIKA 1GE0A 4I7MA 1CVKA 4G9SA 4GCDA 5LVHA 3HT8A 1YAPA 3WXUA 4BS7A 3C7YA 3LYTA 1ZVHL 5KKIA 2RSCA 5FEKA 1JTNA 1IWXA 4U3XB 5F14A 1KS3A 1LZYA 1L08A 3AGGG 1JISA 1LZ6A 2F32A 1LSFA 1HHLA 2OU0X 2LC9A 165LA 3KAMA 1KIQC 1G7HC 1GF5A 1CX7A 5F9UA 1YROA 1YAQA 4NGLA 1L14A 5AMYA 1LOZA 5B1FA 1P7SA 249LA 1LHKA 3HH4A 1T6HA 191LA 152LA 1OVHA 3HTGA 1IP6A 2ZWBA 4EOFA 2DQAA 1L19A 2F4AA 1LZ5A 4H92A 4MCKA 2B75A 4G4BA 3CQLA 1SWYA 4NGZA 1JQUA 2OTZX 2W1LA 5HNCA 2I26L 1PQDA 1HMLA 4XADA 1C63A 213LA 1UUZC 2Q9DA 3HUQA 1GB9A 4DD1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L68 A;  1QDR A;  5I4W A;  1F10 A;  4PJZ A;  1YAM A;  2Z38 A;  1KW7 A;  1DI4 A;  3NY9 A;  1SLY A;  1IP7 A;  1SWZ A;  1HFX A;  3DN3 A;  2HU3 A;  1L92 A;  140L A;  1OUJ A;  4ARL A;  185L A;  4K5Y A;  1L62 A;  5LYT A;  1DPX A;  1WQR A;  4I7S A;  2B6Z A;  1YKX X;  4G49 A;  1GHL A;  4H94 A;  4YXA C;  2G4P A;  1LJ3 A;  253L A;  2AUB A;  4OWA A;  2A7F A;  2B6W A;  4N9R A;  1FN5 A;  1CV6 A;  4ARJ A;  1OV7 A;  1IOS A;  1EPY A;  2D91 A;  1QTE A;  1BVK C;  3D3D A;  1QT6 A;  2C8O A;  1C10 A;  1PQO A;  4HPI A;  2DQC Y;  2MEB A;  2Y8P A;  1HEW A;  4KT3 A;  2DQD Y;  183L A;  2DQE Y;  128L A;  2RBQ A;  1LYI A;  1L11 A;  187L A;  2OE9 X;  5FDJ A;  1JIT A;  1REZ A;  1OUI A;  3WVY A;  1J1P Y;  4N1C C;  4LT3 A;  2Z6B A;  3K3T A;  5I53 A;  212L A;  4EMN A;  120L A;  1P2C C;  5KXT A;  1FLU A;  1LCN A;  1LHI A;  2RB1 X;  127L A;  5DL9 A;  1IC7 Y;  4WLY A;  1L42 A;  4PPO A;  199L A;  1K28 A;  4I7K A;  4ARQ A;  4DDA A;  1L12 A;  1L02 A;  4H9F A;  1IO5 A;  1IOC A;  2F47 A;  4DD2 A;  1OVJ A;  2IFF Y;  1L69 A;  3TXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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