1L38A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQEKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l38A00
1G0JA 1QUOA 249LA 4EPFA 1PQOA 1G0KA 3QAKA 258LA 3HUAA 149LA 1D3NA 184LA 3NYAA 1T97A 107LA 165LA 1QTCA 3DKEX 1D9WA 1P64A 1QUGA 2F32A 110LA 2LZMA 2OTZX 2B6YA 199LA 147LA 1P36A 196LA 1QT6A 1XJTA 1DYEA 145LA 3HU9A 2OE4X 1G07A 3FADA 1LYJA 1L57A 115LA 1C64A 1L67A 1C65A 1L64A 1P5CA 1T6HA 4YXAC 1CV3A 186LA 210LA 1L51A 1L18A 3DMXA 218LA 3HWLA 259LA 1LI6A 2ANXA 4I7LA 166LA 3G3WA 3HT8A 1T8FA 1XJUA 3G3XA 4W55A 1EPYA 1LYHA 1D2WA 1L89A 1L96A 1LWKA 162LA 2QB0B 1KW7A 1L02A 246LA 130LA 1C6TA 4PJZA 3HDEA 189LA 230LA 1C6BA 3HTGA 1CX7A 1XEPA 1CV0A 4AQNA 1L81A 4I7OA 3FA0A 1QTHA 226LA 1LYFA 3C7YA 1L92A 171LA 174LA 1C6DA 1LWGA 3DN1A 3CDRA 1C62A 1QSBA 4PK0A 152LA 1JTMA 191LA 1WTHA 1L72A 2B72A 1L35A 1L80A 1LI2A 237LA 141LA 3DN8A 231LA 1QTBA 2A4TA 3EMLA 1C61A 2OEAX 3PBLA 4W56A 1L36A 4W58A 2B6XA 1D3JA 2Q9EA 4I7KA 5LZMA 1L93A 1LLHA 233LA 160LA 1KNIA 4LDLA 3DN3A 4EPIA 1PQIA 1L12A 4OO9A 1L49A 2RBNA 2CUUA 169LA 1LPYA 3K2RA 3RZEA 1L0JA 4EKRA 102LA 3DN0A 1L54A 1L62A 201LA 4I7QA 1L06A 4I7PA 239LA 1QTDA 109LA 3C8QA 1L07A 206LA 1L25A 1L99A 144LA 250LA 255LA 3V2WA 1DYCA 1ZWNA 1C63A 1L61A 3HTDA 1L17A 1L63A 3C83A 1L76A 1C6AA 209LA 1DYAA 1L39A 257LA 2HUMA 113LA 4GRVA 2HULA 2Q9DA 1C6QA 1L26A 4EKPA 4I7SA 4ARMA 2RH1A 195LA 217LA 180LA 1L10A 3HTFA 167LA 1LW9A 1P2RA 1CU2A 205LA 2B6WA 1L04A 4ARPA 138LA 4W57A 3L2XA 1ZYTA 1CV6A 2OU8A 188LA 1L45A 2RB1X 1L15A 1CUQA 3CDVA 4LDOA 245LA 261LA 3GUJA 1OVJA 172LA 3CDOA 244LA 1PQKA 1PQMA 1L95A 1JTNA 256LA 1QTZA 2NTHA 4DJHA 2RBQA 185LA 227LA 7LZMA 1SWZA 126LA 1L29A 1DYFA 2HUKA 1L43A 1QSQA 1L55A 125LA 216LA 252LA 3C7WA 222LA 1T8AA 1QUDA 3C82A 1PQDA 1L97A 4I7MA 1L68A 241LA 3DMVA 131LA 3C81A 3DMZA 1L38A 151LA 112LA 4DKLA 4EJ4A 157LA 4LZMA 1T8GA 4W51A 3V2YA 2QARC 1QS9A 1OYUA 1G0MA 1L16A 108LA 1LYEA 253LA 1SSWA 3UONA 1L69A 3F9LA 3HDFA 111LA 163LA 213LA 4W53A 137LA 1LI3A 1L00A 1G1WA 1L74A 254LA 214LA 1L37A 4W59A 1P2LA 2RBPA 3GUNA 122LA 1L09A 242LA 3GULA 119LA 1C69A 1L08A 3HH6A 1C6LA 1CV1A 1L23A 1C6HA 3C7ZA 3HUQA 1L32A 238LA 4W52A 1L98A 3DN6A 1D2YA 1CVKA 2B75A 3PDSA 1C6GA 1L84A 1L30A 3SB5A 1C6NA 1C68A 4ARQB 1ZURA 3HH3A 176LA 219LA 161LA 2ANVA 2OTYX 1L53A 1C6JA 4YXCA 114LA 4I7RA 3SBAA 1KY1A 1K28A 181LA 3ODUA 3CDQA 260LA 183LA 3LZMA 220LA 3SB7A 1LGUA 1L52A 173LA 1L40A 2RAZX 1L19A 159LA 4E97A 3HH5A 164LA 3SBBC 1L70A 1KY0A 1L13A 1I6SA 1L44A 2IGCA 1C6FA 3C8RA 1SSYA 3C80A 1L86A 2OU9A 1G0LA 1C6KA 1G0PA 1LYDA 229LA 142LA 2F47A 1L87A 3DN4A 190LA 4I7NA 1LYGA 2RBOA 1L75A 4ARJA 3GUOA 1CV4A 4DAJA 2RBRA 4I7JA 3NY9A 3HUKA 3HT7A 118LA 120LA 1LYIA 155LA 1L03A 170LA 4EXMA 3C8SA 4EKSA 228LA 3SN6R 143LA 1B6IA 1L73A 1G0QA 3L64A 177LA 1P6YA 3HU8A 3SB8A 4I7TA 3DNAA 2RAYX 127LA 2O7AA 3GUMA 2RB0X 1L34A 1L91A 2O79A 2F2QA 4ARLA 1LGXA 1L14A 1L79A 1CU0A 1DYGA 1L85A 4IAPA 1C6IA 1LGWA 3VW7A 192LA 1OWYA 1KW5A 1OV7A 168LA 1L59A 1C6MA 175LA 1L46A 1G1VA 1QS5A 2NTGA 129LA 3F8VA 221LA 1L60A 128LA 1DYDA 1L82A 1KS3A 1QTVA 4W54A 248LA 1P37A 1L11A 3DN2A 3OE0A 1L47A 1L56A 2Z6BA 3GUIA 1QT8A 2B7XA 1L27A 234LA 1L28A 1OVKA 150LA 1L31A 1L48A 3JR6A 1G0GA 139LA 1PQJA 2OE7X 198LA 1CU6A 6LZMA 1L83A 178LA 215LA 1DYBA 4S0WA 1C6CA 1C66A 3RUNA 1C6EA 2LCBA 1D3MA 1JQUA 2RB2X 1L90A 1L01A 1CX6A 1TLAA 5I14A 104LA 1CTWA 240LA 1L88A 1SWYA 1L58A 2LC9A 243LA 4ARQA 3GUKA 1L66A 3HT6A 1CU5A 247LA 251LA 3D4SA 1C6PA 1G06A 1L65A 146LA 1CU3A 1L0KA 140LA 1L22A 1L21A 2B74A 4ZPUA 2B70A 1L50A 4YX7C 2O4WA 1NHBA 1OVHA 223LA 1C60A 1QT7A 1CUPA 4K5YA 225LA 3SB6A 3OE9A 1L77A 212LA 2B6ZA 1D3FA 1L24A 1QT5A 232LA 3HH4A 1L41A 3CDTA 1L71A 211LA 1C67A 3HTBA 1QT3A 3G3VA 148LE 3NY8A 3OE6A 236LA 187LA 1SX2A 3GUPA 1SX7A 158LA 1L33A 156LA 1QUHA 103LA 1OV5A 4GBRB 123LA 1QT4A 4EKQA 2OU0X 2B6TA 1CV5A 182LA 1P56A 1L05A 3HT9A 235LA 2L78A 200LA 3OE8A 1L42A 3FI5A 4LDEA 262LA 4ARMB 1P3NA 1L20A 224LA 3SB9A 1OWZA 1P7SA 197LA 1L94A 1P46A 2B73A 2RBSA 2OE9X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D6BA 1F6RA 1DKKA 4UWVA 249LA 5ILCA 1AT5A 5F81A 1LZRA 1IC7Y 3WH1A 2C8OA 149LA 3P65A 3NYAA 5II3A 1T97A 4LT0A 5LAFA 1CKGA 3DKEX 1P64A 2B6YA 199LA 5F14A 1P36A 4FJRA 4GN4A 4D9ZA 1GE3A 3HU9A 1JHLA 2NWDX 1L57A 4LZTA 3M18B 1C64A 1L67A 1P5CA 1T6HA 4CGEA 1CV3A 186LA 4N9RA 1L18A 1WVVA 4XJBA 259LA 5B06A 1XGPC 1LMPA 4PPOA 2A7DA 4N0JA 130LA 4LT1A 1C6TA 4PJZA 2EQLA 1XEIA 3HTGA 1GFEA 1DI5A 1UIAA 1XEPA 1V7SA 4I7OA 3FA0A 1D0LA 3A34A 226LA 2YBHA 4NG8A 5HNLA 5K7OA 1CKDA 1WQRA 4PK0A 2DQHY 191LA 1GE0A 2B72A 1LI2A 1L80A 3WVYA 1NF5A 231LA 3WPJA 2A4TA 5D5CA 2BLYA 2OEAX 3GXRA 5LVIA 1L36A 1D3JA 1NBZC 3N9AA 4AXTA 233LA 2BQCA 4LDLA 2MECA 3DN3A 4EPIA 1GBSA 1L12A 1JKBA 1BGIA 3K2RA 4L41A 3DN0A 1LJHA 201LA 153LA 3EBAB 109LA 154LA 1LZTA 1L07A 3TMWA 1TCYA 4XJIA 5IHGA 1L25A 1XFPL 250LA 255LA 3V2WA 1AZFA 1ZWNA 1KIRC 4TX7A 4EOFA 209LA 1XGTC 2LYZA 3B6LA 4GRVA 1JJ1A 1GPQC 6LYTA 4H93A 2AUBA 194LA 1L04A 4ARPA 3L2XA 4DDCA 1L45A 5B59A 4LDOA 245LA 4GCEA 172LA 3CDOA 4NWEA 4B1AA 185LA 4LFXA 1GXXA 1IY4A 1SWZA 1IR8A 4NSHA 3P4ZA 3WUAA 1L55A 1KXXA 2MEAA 222LA 1T8AA 1LSBA 3LZ2A 5JENB 3T36A 241LA 5DN4A 4NSGA 3LZTA 3A8ZA 4LZMA 1QDTA 1QS9A 5L3IA 1UCOA 5IDDA 3F9LA 213LA 137LA 1L00A 2MEGA 1B5ZA 4W59A 1LOZA 1OUJA 2ZIJA 122LA 242LA 4PGJB 3GULA 4KPMA 1C6LA 1L23A 1C6HA 3C7ZA 4NIJA 1PS5A 5EBHA 1L98A 1D2YA 3J6KA 3PDSA 1L30A 4DD2A 5C6IA 5A3EA 219LA 4PHIA 4ET9A 1VDPA 1JKDA 1C6JA 4BS7A 1XEKA 3SBAA 1GF8A 1B7NA 4H92A 1GDXA 2HEFA 4EMNA 3ODUA 1IP1A 183LA 1L52A 1JITA 1L40A 5KXOA 1AM7A 1IO5A 164LA 1I6SA 3TMVA 3WXTA 3TXHA 3C8RA 3P64A 1SSYA 3C80A 5FEKA 2OU9A 1G0LA 4H90A 5D5FA 1VDQA 2Z38A 2LZTA 3GUOA 3HT7A 118LA 4NGVA 1BWHA 4HTQA 1LMAA 5APFA 1CKHA 4WM1A 5DM9A 1L03A 170LA 1YKZX 4DDBA 3A96A 228LA 143LA 1JTTL 1G0QA 3L64A 3SB8A 4U3XB 1JPOA 1C7PA 2O7AA 2RB0X 3HBDA 207LA 2O79A 3CSQA 3IJUA 4NFVA 1EQEA 4BADA 1E8LA 192LA 1OV7A 1BB5A 1C6MA 1L59A 1FLWA 3BKHA 2HEDA 2Z2EA 3F8VA 1ZVYB 4ETDA 1L60A 3WXUA 1DYDA 1KS3A 132LA 2XQOA 3WW6A 1REXA 4XJHA 2HEBA 1L56A 2D4JA 1NMMA 2B7XA 150LA 1L31A 1DPWA 3JR6A 2ZQ3A 4TSCA 1PQJA 2ZYCA 215LA 5B1GA 4ET8A 2RSCA 1NKHA 1FDLY 3RUNA 4HJYA 4QEQA 2G4NA 9LYZA 1JQUA 2RB2X 1L90A 1L01A 1CX6A 4ZIXA 243LA 3GUKA 1L66A 3HT6A 1GWDA 146LA 1CU3A 1L0KA 4DQJA 1L21A 1L50A 4YX7C 4DD7A 2FBDA 3IJVA 1YAPA 4HSFA 1OVHA 1FLQA 1IP6A 4K5YA 2DBTA 4R6CA 212LA 2B6ZA 1JTOL 4NHIA 1L24A 232LA 1L41A 4WLDA 1GFJA 211LA 5KXPA 3ATOA 1GB5A 4N5RA 3W3EA 4GLAA 1SX7A 1A4VA 4GBRB 1FBIX 1CV5A 1OQMA 4XYYA 1P56A 235LA 3OE8A 200LA 3LHMA 3W6BA 3SB9A 1OWZA 1P46A 4OWEA 1F10A 1D0MA 3D9AC 4WM2A 4GN3A 4WMGA 4R0FA 1HERA 3HUAA 1UIHA 184LA 1GXV2 3A67Y 1EL1A 107LA 1LZ6A 1GE2A 4PRQA 147LA 1LZCA 196LA 1DYEA 2GV0A 1QDRA 1C08C 1FKQA 1YL0X 208LA 2YDGA 115LA 3W6EA 1REZA 1SLYA 2YBLA 1LMQA 1LKRA 3HWLA 1IP4A 2ANXA 4NEBA 166LA 5KXNA 2FBBA 3HT8A 1T8FA 1UIBA 1BVXA 4B0DA 1EPYA 4Z3MA 1LYHA 1JWRA 2MEFA 1D2WA 1L96A 1GFRA 3AZ7A 3W6DA 1JJ3A 1CKFA 3HDEA 230LA 1C6BA 1CX7A 1L92A 4ETEA 1C6DA 4YM8A 1VDTA 1WTHA 1L72A 2BLXA 1WQOA 2DQGY 4PRUA 1LSPA 3EMLA 1VAUA 1B2KA 2ZNXY 3PBLA 4W58A 4NHTA 4I7KA 1H6MA 1L93A 5F9UA 1LZ8A 160LA 3ZVQB 2PC2A 5LA5A 1L49A 4M4OA 4RW2A 1LPYA 3RZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D6B A;  1F6R A;  1DKK A;  4UWV A;  249L A;  5ILC A;  1AT5 A;  5F81 A;  1LZR A;  1IC7 Y;  3WH1 A;  2C8O A;  149L A;  3P65 A;  3NYA A;  5II3 A;  1T97 A;  4LT0 A;  5LAF A;  1CKG A;  3DKE X;  1P64 A;  2B6Y A;  199L A;  5F14 A;  1P36 A;  4FJR A;  4GN4 A;  4D9Z A;  1GE3 A;  3HU9 A;  1JHL A;  2NWD X;  1L57 A;  4LZT A;  3M18 B;  1C64 A;  1L67 A;  1P5C A;  1T6H A;  4CGE A;  1CV3 A;  186L A;  4N9R A;  1L18 A;  1WVV A;  4XJB A;  259L A;  5B06 A;  1XGP C;  1LMP A;  4PPO A;  2A7D A;  4N0J A;  130L A;  4LT1 A;  1C6T A;  4PJZ A;  2EQL A;  1XEI A;  3HTG A;  1GFE A;  1DI5 A;  1UIA A;  1XEP A;  1V7S A;  4I7O A;  3FA0 A;  1D0L A;  3A34 A;  226L A;  2YBH A;  4NG8 A;  5HNL A;  5K7O A;  1CKD A;  1WQR A;  4PK0 A;  2DQH Y;  191L A;  1GE0 A;  2B72 A;  1LI2 A;  1L80 A;  3WVY A;  1NF5 A;  231L A;  3WPJ A;  2A4T A;  5D5C A;  2BLY A;  2OEA X;  3GXR A;  5LVI A;  1L36 A;  1D3J A;  1NBZ C;  3N9A A;  4AXT A;  233L A;  2BQC A;  4LDL A;  2MEC A;  3DN3 A;  4EPI A;  1GBS A;  1L12 A;  1JKB A;  1BGI A;  3K2R A;  4L41 A;  3DN0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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