1L38A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQEKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l38A00
1L85A 109LA 200LA 1PQIA 1PQOA 1C6JA 1L15A 3GUKA 252LA 4I7RA 1L44A 191LA 1G06A 2B7XA 1L41A 1D2YA 4I7PA 4IAPA 4DAJA 1L80A 1L57A 102LA 137LA 1L21A 177LA 1L89A 1L05A 199LA 2ANVA 1L32A 211LA 1L25A 129LA 1C6KA 3HWLA 1SX7A 201LA 1L55A 3SB7A 248LA 1SWYA 4EPIA 1L24A 3NYAA 1C6AA 3G3WA 192LA 1P6YA 1P2RA 1OV5A 215LA 250LA 1LI2A 1SX2A 4OO9A 4ARJA 2RB1X 3QAKA 1L49A 3HT8A 259LA 1L03A 4ARQA 1L18A 1OWYA 115LA 1C6TA 127LA 228LA 1C6LA 1QSQA 111LA 2Q9DA 1C6NA 1LYGA 1CUQA 3FA0A 2O4WA 170LA 245LA 217LA 2ANXA 1PQMA 1P56A 183LA 4LZMA 2OE4X 3SB9A 1L87A 3RUNA 140LA 152LA 1L22A 1P37A 255LA 1CV6A 4W55A 1C6PA 3RZEA 2B6WA 220LA 1L83A 1L39A 4GBRB 1P64A 146LA 1I6SA 1C62A 4E97A 229LA 1L50A 3F8VA 4I7LA 4EJ4A 3HT9A 3HUKA 1QS9A 3NY8A 188LA 103LA 3SB6A 1L99A 143LA 1LW9A 3F9LA 3PBLA 4I7MA 1L08A 141LA 1KW7A 1G0KA 1G0LA 2HULA 184LA 1L16A 1L81A 1T8GA 176LA 1LGXA 3V2WA 1L34A 238LA 225LA 244LA 2F2QA 2NTGA 2IGCA 1QT8A 1L28A 241LA 2HUMA 3SBAA 1L61A 3GUOA 4LDLA 174LA 2B6TA 234LA 197LA 4W59A 4LDEA 3DNAA 3C80A 1LI3A 1KNIA 218LA 112LA 2B73A 3HT7A 1LYIA 195LA 260LA 3HTBA 4ZPUA 3HTGA 1QSBA 1G0GA 167LA 1C6EA 1C60A 1P46A 3L2XA 1C68A 1C64A 1L0JA 3OE6A 3HUAA 1OV7A 1T8AA 1CX6A 168LA 222LA 108LA 3DKEX 1L11A 1DYDA 1TLAA 1L14A 1CV1A 4LDOA 3DN8A 3C8SA 3HH3A 2B6ZA 1KS3A 1JTMA 2A4TA 1L98A 257LA 2QB0B 4I7SA 1L91A 4S0WA 1DYBA 1L23A 1D3JA 3DN4A 1LWKA 1L26A 162LA 2OU9A 2OTZX 1QS5A 3D4SA 2LCBA 1P36A 3GUJA 261LA 3DMZA 1T6HA 1L93A 4W58A 1CX7A 4PK0A 1C66A 1CU0A 4PJZA 1ZURA 2RH1A 1L73A 4ARPA 1L53A 189LA 181LA 1L37A 1L00A 1QTZA 1QT7A 5I14A 3SB8A 142LA 1L63A 1QT4A 1L97A 4YXCA 1L31A 2LC9A 1DYGA 144LA 1L13A 1L95A 139LA 1LYEA 3JR6A 4ARMB 219LA 1CU3A 1C67A 1L06A 1C69A 3G3VA 2CUUA 1G1WA 4W54A 3HUQA 249LA 1WTHA 1G0PA 3EMLA 1QUHA 169LA 1QT3A 2RBRA 242LA 232LA 1CU6A 1D9WA 1LGUA 2B74A 1L51A 1C6HA 1C6BA 1QT6A 160LA 1LYFA 1CV3A 1L33A 104LA 3HTFA 3C7WA 3HH4A 3HU9A 205LA 3GULA 1L84A 1L77A 3PDSA 1L96A 1G0JA 1JQUA 1L92A 1L79A 1SWZA 2RAZX 1L74A 1QUOA 1D3NA 1L58A 1DYFA 1L94A 1CTWA 1QTBA 1KW5A 4W57A 3LZMA 3CDTA 3OE0A 2HUKA 3CDOA 3CDVA 1PQDA 155LA 231LA 3C8RA 1XJUA 1C6IA 1L47A 1T8FA 2RBSA 6LZMA 1LWGA 1SSWA 210LA 7LZMA 4EKRA 1C6DA 4W52A 3NY9A 1L90A 1SSYA 3C83A 3C82A 150LA 213LA 226LA 1L40A 1NHBA 171LA 1L0KA 2OE9X 1CUPA 1QTDA 149LA 3SN6R 4DJHA 123LA 1CVKA 1L27A 119LA 1L07A 240LA 4I7NA 1C6CA 1G07A 1L76A 3C7ZA 2OE7X 1T97A 148LE 1OWZA 1DYEA 3HH5A 1L52A 156LA 1PQJA 4I7TA 258LA 221LA 120LA 237LA 233LA 3HU8A 3DN6A 187LA 1ZWNA 185LA 1L42A 1L54A 1L68A 1LYHA 125LA 1DYAA 1LPYA 3L64A 1L10A 1L04A 182LA 147LA 209LA 2F32A 3FI5A 1XEPA 2B72A 224LA 3OE8A 107LA 1KY0A 254LA 2QARC 1P5CA 3C81A 3G3XA 114LA 2RAYX 3V2YA 4I7KA 3VW7A 3ODUA 118LA 1P7SA 113LA 1L66A 1L20A 3C8QA 3HH6A 126LA 1QUDA 230LA 1G0QA 1C6GA 1D2WA 2RBPA 3OE9A 4I7OA 3CDQA 4K5YA 2OU8A 2Z6BA 1CV5A 2OU0X 4EPFA 1L36A 128LA 262LA 4EKSA 1L48A 1G0MA 1C6QA 206LA 3C7YA 1OVJA 1L67A 4ARQB 172LA 236LA 2O7AA 1L29A 2RBQA 1L02A 4YX7C 151LA 1ZYTA 251LA 2O79A 1CU2A 3HDFA 1QTHA 110LA 239LA 3GUMA 1QTVA 4ARMA 1P3NA 2RB0X 4EKQA 253LA 1LYDA 3SB5A 1CV4A 3DN3A 1L09A 4I7QA 1L56A 1D3FA 138LA 122LA 3DN1A 3FADA 2B6XA 178LA 1JTNA 4I7JA 1G1VA 1K28A 1L82A 2OTYX 1PQKA 131LA 1L01A 157LA 1D3MA 1OYUA 2B70A 3GUIA 130LA 1CV0A 190LA 3DMVA 2LZMA 2RB2X 180LA 186LA 3DN2A 1L45A 1L30A 1L38A 2B6YA 1DYCA 1KY1A 1L60A 2RBNA 1L70A 1EPYA 5LZMA 163LA 1LGWA 2Q9EA 4W51A 3GUPA 3CDRA 161LA 212LA 1L71A 3HT6A 4DKLA 1QT5A 4EKPA 196LA 223LA 243LA 4ARLA 3DN0A 1QTCA 1C6FA 2RBOA 4AQNA 1L62A 2NTHA 1LLHA 2B75A 1L19A 246LA 214LA 1XJTA 173LA 1B6IA 166LA 1OVHA 1L43A 3UONA 1L65A 1OVKA 3HDEA 3HTDA 1LYJA 145LA 1C63A 1QUGA 4GRVA 1L12A 235LA 1L88A 2L78A 165LA 216LA 4W56A 4W53A 4YXAC 159LA 158LA 1LI6A 3GUNA 1L75A 164LA 198LA 1CU5A 4EXMA 1C6MA 1L35A 1L72A 3K2RA 1L69A 3DMXA 175LA 1C65A 1L64A 256LA 1P2LA 1L17A 1L86A 247LA 3SBBC 1L46A 1C61A 2F47A 227LA 1L59A 2OEAX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
109LA 5LVGA 1PQIA 1GFTA 3GUKA 252LA 4I7RA 1IIZA 1LZ9A 4IAPA 1LZEA 2Z39A 1L89A 1LZYA 1C6KA 1T6VL 4LYCA 1SX7A 1REXA 201LA 248LA 4EPIA 2BQCA 1L24A 4WM4A 3G3WA 4LYBA 3A95A 250LA 5KXYA 1SX2A 1NBYC 5I5QA 4ARJA 1L49A 4PHIA 4ARQA 1L18A 115LA 4KPMA 4KL7A 1LZ5A 2Z38A 1HELA 5B06A 1OUHA 3GXRA 4R0FA 1B7MA 3HFMY 2PC2A 1P56A 4H9CA 2DQAA 2OE4X 1L87A 3RUNA 5APFA 140LA 1GFAA 152LA 3A6CY 3RZEA 1OUDA 220LA 4GBRB 1UIHA 4N8ZA 1I6SA 1QTKA 4I7LA 4EJ4A 5KXOA 1VDQA 4NFVA 3IJVA 4I8SA 1VDSA 4NHTA 3SB6A 1LW9A 4I7MA 4ETCA 1G0KA 1G0LA 1L81A 1JKAA 1HSWA 5D5CA 1GB7A 2F2NA 4TTDA 2IGCA 1CNSA 133LA 174LA 197LA 1NHEA 4LDEA 1KNIA 112LA 5LVHA 3HT7A 4DDCA 1LYIA 1LHMA 195LA 1LSGA 4NHSA 1CKFA 2DQDY 1C60A 5J7CA 3L2XA 3T36A 5A3ZA 1T8AA 1CX6A 2Z18A 222LA 1LYOA 3DKEX 4TX7A 1IWXA 1KS3A 3RW8A 2BQGA 4LZTA 1DYBA 1L23A 1B9OA 5ILCA 3B0OA 3G3AB 2DQCY 1P36A 3WU9A 2FYDA 1T6HA 2HUBA 1HNLA 4HTNA 1CX7A 1GAZA 4H9EA 4FDYA 1BQLY 1JTPL 1B5VA 4W94A 3LZTA 4GCEA 5LAGA 3A8ZA 4N9RA 189LA 1L37A 1GBWA 3A90A 2BQIA 4XENA 1UIFA 5L3IA 4BS7A 2I26L 142LA 1L63A 1GWDA 1QT4A 3OK0A 1L97A 3WU7A 1EQEA 1JKDA 3JR6A 1CU3A 1C67A 4B4IA 134LA 2CUUA 3TXIA 3CT1A 1LZBA 3HUQA 4WLDA 1BWHA 1WTHA 4J1BA 1LMQA 1LSAA 1QT3A 242LA 1D9WA 1C6BA 1QT6A 2HTXA 160LA 5KKIA 104LA 3HTFA 5KXZA 3PDSA 5LYTA 4J1AA 4G4BA 1L96A 1L92A 1L79A 2RAZX 4DD9A 1L58A 4DT3A 1NKHA 3TXGA 1L94A 3CSQA 1CTWA 1KW5A 1NQIA 3WW5A 4NIJA 3CDVA 155LA 5DN5A 4WOAA 1T8FA 1L47A 1NF5A 1LTMA 7LZMA 1TAYA 1FBIX 1UUZC 5LXWA 1LSMA 1GBXA 4NGWA 150LA 1IP1A 3WMKA 226LA 5FEKA 171LA 1ZVYB 2OE9X 5JENB 3LYOA 1CUPA 1ZMYL 1SQ2L 1INUA 4QDNA 1LJGA 1WQPA 4I7NA 3C7ZA 5B1FA 2OE7X 1VFBC 2A7FA 1UACY 1PQJA 258LA 120LA 2CWIA 233LA 2DKVA 4HTKA 1JKCA 3DN6A 187LA 1ZWNA 3QY4A 2DQEY 1B7RA 5HNCA 1REYA 3WW6A 1B5XA 3HBDA 3WPJA 3A3RX 2YSSC 147LA 1D0LA 3W6CA 1D0MA 3OE8A 1NWGA 207LA 107LA 2QARC 3G3XA 2D4IA 113LA 1L66A 1YL1X 3HH6A 2HU3A 4I7OA 1JTTL 1YIKA 2RSCA 4WG7A 1L36A 3LZ2A 1L48A 1LCNA 2DQJY 3C7YA 4CGEA 2O7AA 4PRQA 1L29A 4E3UA 4YX7C 2MEGA 4DD2A 1D9UA 4UWUA 3P64A 3GXKA 1P3NA 1GF4A 1D0KA 4NGYA 6LYZA 3DN3A 1L09A 1ZVHL 1OQMA 2D4KA 3FADA 1QTEA 1C7PA 2MEEA 1G1VA 1GFHA 1K28A 1L82A 2OTYX 1DXJA 5F81A 2BQLA 1GE2A 5DM9A 1WQOA 1IWUA 186LA 3P4ZA 1VDPA 3DN2A 1L30A 1B7NA 1B2KA 1L60A 5C6JA 1L70A 3A96A 3GUPA 161LA 2ZIJA 4H94A 1L71A 4DKLA 4NHQA 5D5FA 1QT5A 3TMXA 4ARLA 223LA 1HEPA 2BQKA 3DN0A 2ZWBA 4XJGA 4ML7A 1IOQA 1H6MA 4ET9A 214LA 5L3HA 3W6DA 4UWVA 1IORA 1DI5A 166LA 3WULA 1OVHA 4PRUA 1OVKA 3HDEA 1C63A 1QUGA 1BB3A 4DC4A 5C6LA 1L12A 2YBMA 2LZ2A 4B1AA 4W56A 1C46A 2YVBA 2N5ZA 198LA 4LT3A 5KKJA 1GFRA 3K2RA 4WM3A 1JJ0A 1L86A 154LA 1GE3A 1B7SA 2DBTA 1L46A 4HPIA 200LA 1IC7Y 3M3UA 4YEMA 1L15A 191LA 1G06A 1O23A 1BB6A 4DQ5A 1L41A 1LSPA 4I7PA 1F6RA 4WMGA 1QIOA 5I4XA 1L57A 1L21A 177LA 3A67Y 3W6BA 129LA 1OUBA 208LA 4OWCA 4DYGA 3HWLA 4DWXA 2HEEA 3TXFA 1SWYA 1YAQA 2EPEA 3ULRA 1P6YA 5LVIA 1YAMA 4CHXA 5HMVA 4OO9A 3TMWA 3QAKA 2W1XA 4XADA 2MEHA 259LA 1C6TA 127LA 228LA 4G49A 2Q9DA 1C6NA 1LYGA 5KXSA 1CUQA 1GFJA 2ANXA 217LA 1ALCA 4A7DA 1XGUC 255LA 1CV6A 3FI7A 1Z55A 2B6WA 1L83A 1L39A 146LA 1QDRA 1LMAA 2BLYA 4E97A 135LA 3AW6A 3F8VA 4NGJA 5AMYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 109L A;  5LVG A;  1PQI A;  1GFT A;  3GUK A;  252L A;  4I7R A;  1IIZ A;  1LZ9 A;  4IAP A;  1LZE A;  2Z39 A;  1L89 A;  1LZY A;  1C6K A;  1T6V L;  4LYC A;  1SX7 A;  1REX A;  201L A;  248L A;  4EPI A;  2BQC A;  1L24 A;  4WM4 A;  3G3W A;  4LYB A;  3A95 A;  250L A;  5KXY A;  1SX2 A;  1NBY C;  5I5Q A;  4ARJ A;  1L49 A;  4PHI A;  4ARQ A;  1L18 A;  115L A;  4KPM A;  4KL7 A;  1LZ5 A;  2Z38 A;  1HEL A;  5B06 A;  1OUH A;  3GXR A;  4R0F A;  1B7M A;  3HFM Y;  2PC2 A;  1P56 A;  4H9C A;  2DQA A;  2OE4 X;  1L87 A;  3RUN A;  5APF A;  140L A;  1GFA A;  152L A;  3A6C Y;  3RZE A;  1OUD A;  220L A;  4GBR B;  1UIH A;  4N8Z A;  1I6S A;  1QTK A;  4I7L A;  4EJ4 A;  5KXO A;  1VDQ A;  4NFV A;  3IJV A;  4I8S A;  1VDS A;  4NHT A;  3SB6 A;  1LW9 A;  4I7M A;  4ETC A;  1G0K A;  1G0L A;  1L81 A;  1JKA A;  1HSW A;  5D5C A;  1GB7 A;  2F2N A;  4TTD A;  2IGC A;  1CNS A;  133L A;  174L A;  197L A;  1NHE A;  4LDE A;  1KNI A;  112L A;  5LVH A;  3HT7 A;  4DDC A;  1LYI A;  1LHM A;  195L A;  1LSG A;  4NHS A;  1CKF A;  2DQD Y;  1C60 A; 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