1L42A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLEIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l42A00
2OTYX 3UONA 3L64A 2B70A 1CU3A 3CDTA 1L08A 220LA 2B74A 3C8QA 1QSQA 1L81A 157LA 4EPFA 1L22A 186LA 1L02A 190LA 165LA 1CV1A 1QT3A 1G0KA 111LA 1OVKA 189LA 1L64A 185LA 1ZURA 1DYFA 1K28A 1C6CA 115LA 1PQJA 1C6BA 1CTWA 1CX6A 1L28A 1CV4A 227LA 4EKQA 1C61A 1L44A 3DN8A 1KS3A 1L33A 3HT9A 1C6FA 3C8SA 3DN0A 1L63A 4I7KA 1LPYA 4I7JA 1L17A 1CUPA 3SB6A 3G3VA 3DNAA 2LCBA 1L49A 1D9WA 1P2LA 3SN6R 3DKEX 1L43A 1P3NA 4W53A 1C68A 235LA 1G0QA 241LA 211LA 122LA 3C7WA 2O79A 2B6XA 3HTGA 1C64A 1L67A 4K5YA 191LA 1D3FA 1LI6A 1L12A 4EKRA 166LA 1QUHA 4GBRB 1L07A 212LA 2O7AA 1L32A 1C6HA 1L68A 149LA 2OTZX 131LA 1C6DA 1C6LA 2IGCA 256LA 1L53A 2ANXA 1C62A 159LA 2RB0X 1D3MA 4I7QA 2OU0X 1C6IA 3DMZA 196LA 1L71A 1L00A 1OWYA 1C6JA 3HU8A 1L30A 1PQDA 1LYGA 1L27A 4YXCA 249LA 1KNIA 142LA 244LA 2F2QA 1L77A 3SB7A 1L26A 1L84A 141LA 1QS5A 3HT7A 3SBBC 1T8AA 1OYUA 1L92A 1P36A 2RAZX 4I7MA 1XEPA 178LA 2OU8A 175LA 1L04A 156LA 2HUKA 1QT8A 1T97A 206LA 1L10A 3JR6A 4W56A 252LA 140LA 2B75A 3DN2A 1LYFA 4IAPA 1SWYA 1LLHA 2A4TA 2ANVA 242LA 1LWKA 1L42A 170LA 112LA 1L59A 173LA 1DYCA 3CDRA 3FADA 137LA 1QSBA 3F9LA 2LC9A 3HH4A 1OWZA 108LA 1T8GA 4LDLA 251LA 151LA 114LA 4PK0A 226LA 172LA 197LA 3HU9A 233LA 222LA 3NY8A 261LA 1C60A 4E97A 1XJTA 1L95A 3GUNA 4I7PA 5LZMA 240LA 3HTDA 1QT6A 1SSWA 4ARMB 1P56A 3GUJA 1G0PA 214LA 1L39A 3HH3A 1QUGA 3HT8A 3RUNA 225LA 1C67A 1L89A 229LA 4ARJA 2B7XA 3C80A 232LA 2HULA 184LA 162LA 216LA 1CUQA 4OO9A 4EPIA 4I7SA 2OU9A 2RH1A 4W59A 1C65A 1QUDA 3GUOA 2QB0B 180LA 1C69A 2LZMA 113LA 1L54A 1L40A 1C6TA 1LW9A 3DN6A 2RBOA 1P37A 218LA 2Q9EA 3HDEA 1JTMA 1DYDA 1P7SA 1L75A 1LYEA 2QARC 3QAKA 1L66A 253LA 1QTHA 3FA0A 1L80A 243LA 2NTGA 2F47A 4EXMA 1B6IA 1L21A 1L72A 1P6YA 148LE 1TLAA 4YX7C 1NHBA 3V2WA 4W58A 1QTDA 3NYAA 1L25A 1LYIA 231LA 1L45A 228LA 3SB5A 210LA 2RBQA 3PBLA 187LA 1G1VA 1L06A 1LYHA 1T6HA 199LA 1L05A 1L50A 1L69A 4W55A 1DYBA 195LA 3FI5A 3GUPA 3L2XA 119LA 201LA 3PDSA 1OV7A 120LA 1L93A 262LA 4DKLA 1L96A 1LGXA 254LA 3D4SA 1L58A 3HTFA 1G0JA 1P64A 3F8VA 4EKSA 238LA 129LA 2B6TA 1CV3A 2B6ZA 3CDOA 1LYDA 4GRVA 239LA 2OE7X 1L36A 4ARMA 125LA 1KW7A 1L62A 1L82A 3G3XA 2B6YA 1L29A 1L97A 1DYAA 1LWGA 1CV5A 3GUKA 1CU6A 215LA 1C66A 1CU0A 1PQMA 1DYGA 3C81A 1D2WA 1QT4A 126LA 4LDOA 4W57A 1L88A 4AQNA 103LA 1C6KA 3HUKA 1SWZA 1L03A 1L56A 143LA 1P46A 1PQOA 4ZPUA 123LA 167LA 6LZMA 1JQUA 127LA 3HH6A 1WTHA 1QTZA 1JTNA 2HUMA 150LA 147LA 1L37A 3C7ZA 4LDEA 1L38A 1QUOA 3GULA 3HWLA 3OE6A 1L23A 3HH5A 1G0LA 163LA 1L18A 3GUMA 1L47A 2OE9X 164LA 1L94A 155LA 1KY1A 1L20A 5I14A 1LGUA 1L91A 1L01A 1CVKA 2OEAX 118LA 2RBNA 248LA 4DJHA 1L34A 2RB2X 177LA 161LA 200LA 1L98A 4I7OA 1L13A 2Z6BA 4ARQB 107LA 3C8RA 1I6SA 3HDFA 1EPYA 1G0GA 1L55A 1C6EA 128LA 160LA 1L73A 1L31A 1PQKA 3G3WA 110LA 3V2YA 258LA 104LA 169LA 1QTBA 4DAJA 2B6WA 237LA 1QT7A 1L41A 182LA 1SX7A 139LA 2RBRA 3VW7A 192LA 1C6AA 4W54A 1L99A 198LA 3C82A 1L19A 1L57A 2L78A 2RBPA 3CDVA 223LA 3CDQA 145LA 1C6GA 1C6QA 1PQIA 1L65A 1QS9A 4I7LA 4W52A 4ARPA 1L70A 1CV0A 176LA 1L11A 2B73A 4S0WA 1L24A 259LA 3SB8A 1C6MA 1CV6A 4EJ4A 217LA 1KW5A 1D2YA 1SX2A 1L09A 205LA 3GUIA 183LA 3C83A 2RBSA 4EKPA 3DN4A 4I7TA 257LA 1G07A 1CX7A 1ZYTA 2RAYX 181LA 3DMVA 209LA 1L76A 3NY9A 2F32A 3OE0A 1LI2A 130LA 1ZWNA 4LZMA 3RZEA 1P2RA 4PJZA 1LI3A 1L16A 1L0JA 188LA 4I7RA 1C6PA 1L51A 1OVJA 2CUUA 1DYEA 250LA 2OE4X 1C6NA 1L52A 158LA 1L83A 246LA 1C63A 3C7YA 2O4WA 3ODUA 144LA 1L15A 2NTHA 3DMXA 1LGWA 1D3JA 1QTVA 255LA 2RB1X 4W51A 224LA 234LA 247LA 1L48A 4ARQA 2Q9DA 1L0KA 102LA 3HUQA 1T8FA 1G06A 1LYJA 138LA 1KY0A 3SBAA 1QT5A 230LA 146LA 245LA 2B72A 3EMLA 1OVHA 109LA 152LA 1CU2A 1L74A 4I7NA 3HTBA 3DN1A 3SB9A 213LA 7LZMA 1QTCA 1CU5A 1L87A 236LA 1L35A 1SSYA 1L61A 1G1WA 1D3NA 3HT6A 4YXAC 1L79A 1L85A 171LA 1L90A 219LA 1L60A 1P5CA 1L86A 3OE8A 4ARLA 221LA 260LA 3DN3A 3HUAA 3K2RA 168LA 1OV5A 3LZMA 1G0MA 1L46A 3OE9A 1XJUA 1L14A 174LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FKVA 3W6BA 1IY3A 1CU3A 4ETCA 1GBOA 4LYTA 1VDSA 4A7DA 157LA 1YKXX 4EPFA 2BQJA 1QT3A 1G0KA 189LA 185LA 2DKVA 1ZURA 1LJIA 4C3WA 3WPKA 115LA 1CJ8A 208LA 1HNLA 3IJUA 1CTWA 227LA 1KS3A 3P68A 1HFYA 4I7KA 4H9CA 1OUDA 1L17A 1GB2A 1LZ4A 3W6EA 3AZ7A 3DNAA 1L49A 1P2LA 3DKEX 3FE0A 4W53A 4YM8A 1C68A 235LA 4PRQA 3KAMA 166LA 2YSSC 2CGIA 4YENA 1L32A 1C6HA 1NKHA 1C6LA 2IGCA 256LA 2LYOA 1C62A 2RB0X 1D0LA 1D3MA 1OUAA 1C6IA 3DMZA 1L00A 2CDSA 3WUNA 1IP1A 1JSEA 2ZIJA 1L30A 1PQDA 2LYZA 1LYGA 4YEOA 154LA 4H93A 4H9HA 3SB7A 3QNGA 1HEOA 1L84A 4ET8A 2MEDA 1QS5A 4WG7A 3HT7A 3SBBC 4YF2A 1L92A 2RAZX 4I7MA 4IJ4A 1F6SA 1B5WA 1L04A 3WH1A 1OUGA 2HUKA 4GCFA 1L10A 4W56A 2BQGA 1C08C 2EKSC 1UIEA 3TXIA 242LA 1LWKA 1IWZA 4XADA 4WM4A 173LA 4I8SA 1OUCA 3F9LA 3A6CY 3J4GA 2BLXA 4PK0A 226LA 1LSBA 1UBZA 1BB6A 1LJEA 1BB4A 2HU1A 1GE1A 261LA 4MR1A 4E97A 4I7PA 4WLYA 1P56A 3GUJA 3A3RX 4GN4A 1UUZC 5LYZA 2Z2EA 2ZNXY 1IWVA 4WM1A 3HT8A 3P4ZA 1C67A 4H8XA 1CKFA 4DD0A 1GFTA 1GB7A 3TXJA 232LA 184LA 2FYDA 4OO9A 4EPIA 2OU9A 1IC4Y 2RH1A 1QUDA 5IHGA 1IWTA 3A90A 1GE0A 1GFKA 1C45A 1IWUA 180LA 207LA 2LZMA 1LJKA 2BPUA 3EBAB 3DN6A 4HPIA 3HBDA 1IWXA 4KT3A 1TDYA 4DQJA 3G3BB 1QTHA 1LZ6A 1YROA 4HSFA 1P6YA 1TLAA 4YX7C 1NHBA 4W58A 1RFPA 3WUMA 4ET9A 4AGAA 1JTPL 1GFGA 3WPJA 1LZ5A 5M1YA 2RBQA 1LYHA 199LA 1L50A 2W1MA 5I4YA 1DYBA 195LA 1GF7A 3FI5A 3L2XA 4LT3A 1YANA 201LA 2HEFA 3P64A 1XGTC 4Z46A 3M3UA 1B7OA 5LA5A 2BQAA 1IOSA 4HJZA 5KKIA 1JISA 1CV3A 4LYZA 3AGHA 3K3TA 2OE7X 4PPOA 4UWUA 2C8OA 1L29A 1DYAA 1CV5A 3GUKA 1PQMA 1QT4A 4LDOA 1EQ4A 1ZVYB 4W57A 1L88A 1GEZA 5KJ9A 3HUKA 2FBBA 1F6RA 1SWZA 2YDGA 4ETAA 1L03A 2A7FA 2X0AA 143LA 1P46A 1DQJC 127LA 1IOTA 2HECA 2DQCY 1QIOA 1L37A 1NBYC 4XJHA 2BQKA 4BS7A 1L47A 1L94A 5I14A 1LGUA 4NGKA 4X3BA 1OUIA 4Z98A 2OEAX 3WU9A 3BKVA 177LA 4ARQB 1GXV2 1I6SA 3HDFA 1G0GA 193LA 160LA 1ZMYL 2MEIA 5HLLA 1DXJA 3V2YA 4B4JA 4CHXA 1LSPA 2Y8PA 2B6WA 4EOFA 3QE8A 3TXEA 1SX7A 3LZ2A 1JTTL 139LA 4NGOA 192LA 198LA 1IVMA 3C82A 2XBRA 1L19A 223LA 1OQMA 1PZYA 1C6QA 5KXZA 1CV0A 4TSBA 4NGLA 1I56A 1GXXA 4GCBA 2BQOA 3W6FA 1E8LA 4OWCA 3DN4A 4HV1A 257LA 1HERA 1CX7A 1ZYTA 4NHTA 3EO5A 4NEBA 4NGZA 1BVXA 2RAYX 181LA 2MEFA 4G49A 1L76A 3NY9A 1LKSA 5EBHA 1P2RA 4OW1A 1BGIA 1B5ZA 4KXIA 2F2NA 2DQHY 4GN5C 3ZVQB 1TAYA 2DQFC 1C6NA 246LA 1GE4A 3ULRA 1L15A 4N5RA 2B5ZA 2RB1X 1LZAA 3E3DA 2BQNA 224LA 4C5FA 234LA 1L48A 2Q9DA 2ZIKA 1L0KA 5B05A 138LA 3A92A 4LGKA 1GFAA 146LA 3ATNA 152LA 4H8YA 1D0KA 2DQAA 1WQNA 1HEMA 213LA 2XQOA 1CU5A 2MEAA 3TMXA 1D0MA 5C6IA 3HT6A 3RZ4A 219LA 3OE8A 3WXUA 2I26L 1GB6A 1TEWA 2DQDY 3K2RA 3BKHA 4II8A 5C6JA 4IASA 1L46A 3OE9A 4H1PA 1L14A 2OTYX 1GAZA 1A2YC 2B70A 2B74A 1GWDA 1QSQA 2Q0MX 1LHMA 1LSCA 5F9UA 1YKZX 4XJFA 3TMWA 4CGEA 1DYFA 1QQYA 1YAQA 2D6BA 1C6CA 4NGIA 4XN6A 2HEEA 1REXA 1CV4A 4LYCA 1C61A 4B4EA 1B7LA 1L33A 1C6FA 3C8SA 4RLNA 4W94A 3N9EA 2RSCA 4RW1A 1LZTA 2F4AA 1F0WA 5KXXA 1D9WA 5JENB 4ETEA 5I4WA 2LZ2A 1D3FA 1L12A 1QUHA 212LA 3WMKA 4DD9A 5L3IA 1IC5Y 1GF4A 1L53A 1FLUA 1C10A 159LA 1CKCA 4XJGA 4I7QA 2OU0X 4WM5A 3IWRA 4I0CA 4L41A 3TXGA 1L27A 1FLQA 5DN5A 3W6DA 1REYA 1KNIA 244LA 3A95A 4WM2A 1FBIX 4KL7A 2W1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FKV A;  3W6B A;  1IY3 A;  1CU3 A;  4ETC A;  1GBO A;  4LYT A;  1VDS A;  4A7D A;  157L A;  1YKX X;  4EPF A;  2BQJ A;  1QT3 A;  1G0K A;  189L A;  185L A;  2DKV A;  1ZUR A;  1LJI A;  4C3W A;  3WPK A;  115L A;  1CJ8 A;  208L A;  1HNL A;  3IJU A;  1CTW A;  227L A;  1KS3 A;  3P68 A;  1HFY A;  4I7K A;  4H9C A;  1OUD A;  1L17 A;  1GB2 A;  1LZ4 A;  3W6E A;  3AZ7 A;  3DNA A;  1L49 A;  1P2L A;  3DKE X;  3FE0 A;  4W53 A;  4YM8 A;  1C68 A;  235L A;  4PRQ A;  3KAM A;  166L A;  2YSS C;  2CGI A;  4YEN A;  1L32 A;  1C6H A;  1NKH A;  1C6L A;  2IGC A;  256L A;  2LYO A;  1C62 A;  2RB0 X;  1D0L A;  1D3M A;  1OUA A;  1C6I A;  3DMZ A;  1L00 A;  2CDS A;  3WUN A;  1IP1 A;  1JSE A;  2ZIJ A;  1L30 A;  1PQD A;  2LYZ A;  1LYG A;  4YEO A;  154L A;  4H93 A;  4H9H A;  3SB7 A;  3QNG A;  1HEO A;  1L84 A;  4ET8 A;  2MED A;  1QS5 A;  4WG7 A;  3HT7 A;  3SBB C;  4YF2 A;  1L92 A;  2RAZ X;  4I7M A;  4IJ4 A;  1F6S A;  1B5W A;  1L04 A;  3WH1 A;  1OUG A;  2HUK A;  4GCF A;  1L10 A;  4W56 A;  2BQG A;  1C08 C;  2EKS C;  1UIE A;  3TXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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