1L45A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l45A00
3RUNA 238LA 3V2YA 4W54A 1L95A 1L55A 4ARJA 1OV7A 1QS5A 3GUKA 1L15A 217LA 1LW9A 3C7WA 2ANVA 1P56A 1C6BA 1CUPA 1TLAA 122LA 109LA 1QTBA 219LA 1QUGA 1JTMA 1KS3A 1C60A 3DMXA 2NTGA 3C81A 1QTHA 3SBAA 1G1VA 167LA 168LA 2F47A 1CX7A 244LA 1P64A 257LA 248LA 2B7XA 3SB6A 1QT4A 181LA 3SB9A 1L88A 246LA 1L71A 1P5CA 1L80A 128LA 1JTNA 3C8RA 1LI3A 1OVJA 1PQMA 1L73A 1L05A 249LA 1L87A 1L31A 235LA 1L14A 1C6LA 4IAPA 1LYDA 114LA 1P36A 113LA 3SB5A 129LA 1QT5A 1L27A 225LA 4ARPA 4DAJA 4EKQA 1L96A 1ZYTA 1L23A 1CV3A 3G3XA 1G0PA 1L52A 224LA 3G3VA 1SSYA 190LA 226LA 1L21A 142LA 189LA 1L90A 241LA 1L56A 2RH1A 2LCBA 1QTCA 2A4TA 1D2WA 1L00A 1L09A 2B72A 215LA 123LA 4AQNA 2Q9DA 184LA 2LC9A 1G07A 1QT8A 1L48A 160LA 1L57A 3DN0A 236LA 1L89A 4EKSA 233LA 230LA 1KW7A 2RB0X 1L46A 240LA 1L10A 1OWYA 3HDFA 2B6WA 7LZMA 1DYEA 1L08A 2CUUA 2OEAX 3DN3A 2RBSA 1CV1A 140LA 137LA 3HUQA 1G0GA 262LA 1K28A 186LA 4I7SA 115LA 242LA 102LA 256LA 1P6YA 253LA 1L69A 4W57A 211LA 185LA 3DN8A 2O4WA 1L74A 1L45A 1C6HA 3DMZA 146LA 261LA 3SB8A 4YXCA 1L50A 2RB2X 1L02A 161LA 3GUOA 3FA0A 3HH6A 1KY0A 1G1WA 3F9LA 175LA 1L70A 4I7JA 147LA 2Q9EA 187LA 1L93A 255LA 1LPYA 1QUOA 218LA 3DMVA 4W55A 4DJHA 1L16A 4W52A 2RBOA 1L13A 260LA 3DKEX 3GUIA 2Z6BA 4LDEA 1P2RA 126LA 1C61A 4PJZA 1L35A 5I14A 139LA 3CDRA 1L65A 108LA 1L29A 4E97A 1LYJA 1QUHA 163LA 3HH4A 3CDQA 3D4SA 3OE9A 1L94A 191LA 3OE8A 4S0WA 1L66A 1L51A 2RBPA 1L25A 1L84A 210LA 216LA 1QT7A 1L98A 2RB1X 1LYHA 3HU8A 3HTFA 1LI6A 131LA 254LA 1DYGA 3EMLA 104LA 3HTBA 1L40A 1T6HA 3UONA 1L22A 188LA 4LDOA 1D3NA 1QUDA 1LYFA 1L43A 3VW7A 2RBRA 155LA 1QSBA 4GBRB 3GUNA 1LYEA 2B70A 2RBQA 4I7KA 1C6IA 3DNAA 1CX6A 3C82A 1PQDA 127LA 171LA 1SX7A 3HH3A 2O7AA 1L33A 192LA 4ARMA 1G0QA 4EPIA 237LA 158LA 4ARQA 1EPYA 1L91A 234LA 3C7YA 3LZMA 1L81A 1C6TA 1L53A 2F2QA 2RAZX 119LA 3HTDA 1QTVA 3NY9A 3HU9A 1CU3A 1LYIA 4K5YA 1L67A 1L03A 1D9WA 1QTZA 3NYAA 4PK0A 1C6MA 3PBLA 4I7OA 1C6NA 3OE0A 1L68A 1T8GA 4EKRA 5LZMA 3K2RA 1G0MA 1SWZA 118LA 1L63A 1L01A 2B6ZA 148LE 1G0JA 1C6JA 1CV5A 1C6AA 1L82A 3C8QA 4W51A 1L11A 183LA 1ZURA 4W58A 1D3JA 1L59A 165LA 1L36A 1DYCA 1B6IA 3ODUA 2OU0X 1L39A 3SBBC 1LYGA 1C6PA 1PQOA 3FI5A 247LA 1C67A 1L42A 1L86A 1QTDA 3HT6A 1KY1A 1CU5A 206LA 1L75A 1CV6A 3C7ZA 141LA 107LA 144LA 1L30A 120LA 205LA 4GRVA 1D2YA 1C64A 103LA 1SWYA 243LA 4ZPUA 1G06A 1CUQA 3QAKA 4W56A 3GUJA 1CU6A 1DYBA 1LGWA 1PQIA 3HTGA 169LA 1LWGA 152LA 149LA 1CU2A 1XJUA 213LA 2LZMA 1OV5A 228LA 1PQKA 1C69A 1L34A 1L37A 2QB0B 177LA 1LGUA 1T8FA 111LA 1KW5A 1L24A 1C6GA 1L83A 3HDEA 221LA 1CV4A 1LWKA 1QT6A 4I7MA 1P2LA 1C6DA 1C66A 229LA 1L49A 3C80A 1L54A 1L18A 3DN6A 3RZEA 4EJ4A 1I6SA 3L64A 159LA 259LA 1C6QA 1OVKA 1QS9A 2B6XA 2NTHA 1L44A 2L78A 1SSWA 4YXAC 4I7NA 1T8AA 1D3FA 4LZMA 3L2XA 3HT7A 1OWZA 1QSQA 1SX2A 227LA 197LA 1P37A 1CTWA 2B6TA 3DN1A 1DYAA 3FADA 3DN2A 195LA 3HUKA 4EXMA 3GULA 170LA 223LA 1L92A 1P46A 4ARLA 1ZWNA 4I7TA 1C6FA 3SN6R 4I7RA 2OE7X 2QARC 3C83A 1XJTA 1C62A 3JR6A 6LZMA 2OTZX 1L79A 2OU9A 1L41A 3HT8A 130LA 2F32A 1L64A 198LA 125LA 1CU0A 3HT9A 239LA 252LA 2HULA 4W53A 173LA 1DYFA 1L77A 3CDTA 4LDLA 1L47A 4I7LA 2RBNA 3GUPA 250LA 3G3WA 162LA 3NY8A 222LA 4OO9A 112LA 1LGXA 3HUAA 1P3NA 4W59A 1C68A 1WTHA 231LA 3HWLA 4DKLA 1L60A 2HUMA 1P7SA 174LA 1C65A 245LA 2B6YA 196LA 1JQUA 180LA 251LA 138LA 1L0JA 157LA 110LA 172LA 2B73A 1OYUA 209LA 1L26A 143LA 2B75A 1L72A 2OE9X 1L28A 1C6CA 3CDOA 2O79A 199LA 1G0KA 4I7QA 3PDSA 2OE4X 1PQJA 3CDVA 1LI2A 3GUMA 1L85A 3F8VA 1L12A 1G0LA 1L97A 212LA 1L32A 1DYDA 2RAYX 1CV0A 4ARMB 1NHBA 4I7PA 4ARQB 4YX7C 176LA 3C8SA 2IGCA 156LA 1L62A 3SB7A 1CVKA 1L38A 182LA 1LLHA 4EKPA 1T97A 201LA 1L06A 3HH5A 4EPFA 178LA 1L19A 1KNIA 1L17A 150LA 151LA 3V2WA 1L99A 2OU8A 214LA 1QT3A 2HUKA 3DN4A 166LA 1L76A 258LA 2ANXA 1L0KA 1L61A 1C63A 1L58A 1L07A 200LA 145LA 1C6KA 3OE6A 1L20A 1OVHA 1C6EA 232LA 220LA 2B74A 2OTYX 164LA 1XEPA 1L04A 1D3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
238LA 4X3BA 1OV7A 1DI5A 4NGLA 217LA 1LW9A 3C7WA 4IASA 1G7IC 122LA 4WG7A 3AGGG 1LSPA 1GEVA 5KXZA 2NTGA 4DD1A 7LYZA 3SBAA 168LA 5LYMA 1P64A 1JHLA 1GB2A 5J7CA 181LA 1BB3A 4HTNA 1L80A 1IY4A 3C8RA 1B5ZA 1LPIA 1PQMA 1L05A 2I25L 1L31A 1L14A 1FLUA 1C6LA 3KAMA 2YBHA 4WM2A 1FLQA 1QT5A 1IWZA 1LTMA 225LA 1L23A 3LYTA 1GWDA 3G3XA 224LA 2BQOA 1GFVA 1SSYA 2CWIA 190LA 226LA 4TWSA 1LSMA 241LA 2A4TA 1IP2A 1L09A 1B7OA 215LA 2B72A 1OUJA 1IOTA 1HMKA 1G07A 1QT8A 3RT5X 3DN0A 4DDCA 4W94A 1LZ5A 2ZWBA 240LA 5LVHA 1L10A 3HBDA 1GF5A 1KXYA 3HDFA 1JTOL 1DYEA 1OUDA 2BQGA 2OEAX 1VDSA 2FYCA 4H93A 4DD7A 4GN3A 137LA 2F4AA 1LYSA 2DQCY 3B0KA 5FELA 262LA 4H9FA 5HNLA 4DDAA 5C6LA 4I7SA 5APCA 115LA 3WVYA 242LA 102LA 1L69A 2DQHY 1UIBA 211LA 3A92A 2Z37A 5IELA 1T6VL 1L45A 1SLYA 1GBZA 1RE2A 1LSAA 1NDMC 4J1AA 5APEA 5HLLA 1L70A 2MEBA 3W3EA 187LA 255LA 5L3IA 1OUCA 3F6ZA 1LPYA 1QUOA 3P65A 3BKVA 1C61A 139LA 5LVIA 1L65A 1L29A 1D6PA 1WQQA 2XQOA 4YENA 1UIAA 5LINA 1CKCA 3AGIA 1LI6A 1YAPA 3EMLA 5DN5A 2I26L 3UONA 1GFAA 2BQBA 4GBRB 3GUNA 1NF5A 1LMNA 1DKJA 5KXOA 1CX6A 3TXGA 171LA 4GLAA 3HH3A 1UICA 4ARMA 5HMVA 2BQMA 4ARQA 1EPYA 3LZTA 1C6TA 1L53A 1D9WA 2YBJA 4PK0A 1C6MA 1IP3A 3AZ5A 3OE0A 1L68A 1T8GA 3AW6A 2F2NA 4QEQA 1IOQA 2ZQ4A 1SWZA 2H5ZA 3A93A 1G0JA 4CHXA 2BQEA 3W6EA 1D0MA 153LA 1D3JA 1L59A 5C6JA 1LSZA 1GB9A 3HFMY 3HT6A 3GXKA 1CU5A 4RDSA 1GF0A 1VFBC 3C7ZA 1NKHA 141LA 4ET8A 1JSFA 1L30A 205LA 4XADA 3P64A 5KXPA 1HFZA 1C64A 1LCNA 1B5UA 4ZPUA 5EBHA 3QAKA 3GUJA 4WOAA 1B7SA 1LZ1A 3HTGA 3TXIA 4C3WA 1CU2A 213LA 2LZMA 1OV5A 4NWEA 228LA 177LA 3FI7A 4LYMA 2LZTA 1IR7A 1A2YC 221LA 4B1AA 1KIRC 4I7MA 3VWOA 1P2LA 1C6DA 1C66A 3C80A 1WQOA 5F9XA 1CKHA 1REYA 3P68A 2XBSA 4NG8A 1OVKA 1IR8A 1QS9A 1XGRC 1B7LA 2DQIY 1LJKA 4I7NA 1CKFA 3MGWA 4II8A 1CTWA 2Z38A 2GV0A 1KXXA 3FADA 1LZYA 3HUKA 4EXMA 1IIZA 1UA6Y 4Z3MA 5I4XA 4NGOA 3WXUA 1IWVA 4I7TA 3JR6A 2FBDA 1L79A 1XEJA 5KKIA 4LYZA 1LAAA 3HT8A 154LA 239LA 1JJ3A 252LA 2HULA 4A7DA 173LA 1DYFA 1LZEA 5B05A 5KXXA 2BQDA 3A94A 1LGXA 1LKSA 1GF9A 1P3NA 1B9OA 4QGZA 2MECA 1CKDA 3HWLA 2XBRA 2PC2A 1DKKA 174LA 2B6YA 2W1YA 4H9CA 251LA 4WLYA 1L0JA 1GB8A 3WU9A 2Z2EA 1YKYX 172LA 2HTXA 1C6CA 4WM3A 1I1ZA 2RSCA 1GB3A 1L85A 3F8VA 2D6BA 1L12A 1L97A 1I20A 1GB5A 1CV0A 4ARMB 1NHBA 3RNXA 4ARQB 4YX7C 4H90A 176LA 1L62A 3SB7A 4ETBA 1QUSA 182LA 3HH5A 1GB0A 1L17A 4OOOA 150LA 4HPIA 5LVGA 4WM1A 5AMYA 3TXEA 5LVJA 1L99A 4LFXA 4OWCA 5HQ1A 1EQ5A 1L61A 1C63A 1L58A 1LJFA 4NHIA 3WVXA 4M6DA 3OE6A 1L20A 1NMMA 232LA 220LA 2G4PA 3WUMA 164LA 1GFKA 1IP1A 3V2YA 1ZMYL 1NHEA 4ZFPA 3J6KA 4ZEEA 1C6BA 1CUPA 1CJ9A 1LZBA 2BLXA 1HC0A 1JKAA 2HEBA 2DQFC 4WG1A 3AYQA 3DMXA 1GB7A 4U3XB 1HELA 167LA 1LZ6A 2F47A 244LA 2C8PA 1LHJA 1JWRA 1BVKC 1GPQC 3AZ7A 5I4WA 2B7XA 4NFVA 1RFPA 1L71A 1P5CA 128LA 1JTNA 2DQJY 249LA 235LA 1IWUA 1IWTA 4LGKA 2MEHA 114LA 1GF4A 113LA 4MR1A 129LA 4H8XA 1WQNA 4AGAA 1LHMA 4J7VA 3TXFA 4IATA 3G3VA 2EIZC 1L21A 2IHLA 2CDSA 1B2KA 1GFGA 2RH1A 3WW5A 1D2WA 2VB1A 4NWHA 4TTDA 1IY3A 123LA 4AQNA 5KXWA 1EQ4A 2LC9A 4XJGA 5FSTA 9LYZA 3LYMA 1L57A 3P66A 1MLCE 1L89A 1RJCB 233LA 4H9IA 3LHMA 230LA 1PZYA 1XGUC 5M1YA 1OWYA 4LFPA 1KIQC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 238L A;  4X3B A;  1OV7 A;  1DI5 A;  4NGL A;  217L A;  1LW9 A;  3C7W A;  4IAS A;  1G7I C;  122L A;  4WG7 A;  3AGG G;  1LSP A;  1GEV A;  5KXZ A;  2NTG A;  4DD1 A;  7LYZ A;  3SBA A;  168L A;  5LYM A;  1P64 A;  1JHL A;  1GB2 A;  5J7C A;  181L A;  1BB3 A;  4HTN A;  1L80 A;  1IY4 A;  3C8R A;  1B5Z A;  1LPI A;  1PQM A;  1L05 A;  2I25 L;  1L31 A;  1L14 A;  1FLU A;  1C6L A;  3KAM A;  2YBH A;  4WM2 A;  1FLQ A;  1QT5 A;  1IWZ A;  1LTM A;  225L A;  1L23 A;  3LYT A;  1GWD A;  3G3X A;  224L A;  2BQO A;  1GFV A;  1SSY A;  2CWI A;  190L A;  226L A;  4TWS A;  1LSM A;  241L A;  2A4T A;  1IP2 A;  1L09 A;  1B7O A;  215L A;  2B72 A;  1OUJ A;  1IOT A;  1HMK A;  1G07 A;  1QT8 A;  3RT5 X;  3DN0 A;  4DDC A;  4W94 A;  1LZ5 A;  2ZWB A;  240L A;  5LVH A;  1L10 A;  3HBD A;  1GF5 A;  1KXY A;  3HDF A;  1JTO L;  1DYE A;  1OUD A;  2BQG A;  2OEA X;  1VDS A;  2FYC A;  4H93 A;  4DD7 A;  4GN3 A;  137L A;  2F4A A;  1LYS A;  2DQC Y;  3B0K A;  5FEL A;  262L A;  4H9F A;  5HNL A;  4DDA A;  5C6L A;  4I7S A;  5APC A;  115L A;  3WVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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