1L45A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l45A00
1OYUA 2B6XA 137LA 187LA 1L69A 1T8GA 4EKQA 1C6CA 1L42A 2O7AA 1DYFA 1L51A 2O4WA 1L85A 171LA 129LA 3C8RA 1L17A 1DYDA 4I7QA 3C7YA 1L59A 174LA 1C62A 4GBRB 1L67A 1L34A 1L89A 4LDOA 2RBPA 1PQMA 1P46A 128LA 1C6LA 2NTHA 3HH5A 1L30A 104LA 4IAPA 122LA 3DN0A 2F2QA 1SX7A 1DYEA 157LA 1L04A 162LA 1QUDA 181LA 1B6IA 1QS9A 211LA 4I7TA 1ZYTA 4W54A 1LYHA 4ZPUA 210LA 1QT6A 1WTHA 1L77A 262LA 3G3VA 169LA 1L63A 1L74A 1L0KA 1C6QA 1L65A 1L60A 183LA 1OWZA 1LI6A 1C6GA 1L88A 255LA 251LA 1L66A 1QTZA 1OV7A 182LA 1L96A 1QUHA 143LA 1L24A 4EKPA 3CDTA 1G0PA 3NY9A 1L02A 1L71A 1C69A 6LZMA 239LA 1DYAA 3JR6A 1L57A 2B6ZA 244LA 1C6FA 1L86A 2Q9EA 1LGWA 4ARPA 221LA 164LA 2LZMA 1G1WA 2RBQA 1L13A 1QT7A 230LA 228LA 1P56A 1L61A 1QSQA 1QT4A 200LA 1D9WA 3C8SA 2ANXA 1G07A 1LYIA 1LGUA 1L91A 1CV1A 3DMVA 170LA 243LA 3PDSA 1QT5A 1SX2A 1SSYA 1L56A 2OTZX 3GUKA 140LA 209LA 176LA 236LA 145LA 242LA 216LA 1L0JA 1QTDA 217LA 3GUIA 2OU0X 2RAZX 4I7NA 1CX6A 1P2RA 3DMXA 1LI2A 120LA 1CU2A 3G3XA 115LA 172LA 3HT9A 4S0WA 3HU9A 3C8QA 168LA 1KS3A 1L50A 3VW7A 3HDEA 3SB5A 1L44A 1L19A 3F8VA 1T8AA 1L54A 2OE9X 4PJZA 1SWZA 1P7SA 4W55A 2IGCA 1L99A 3DN8A 1L05A 3DN3A 3HT7A 1L11A 1L06A 1L47A 3V2WA 1L01A 3C80A 1JTNA 159LA 1CVKA 233LA 2B6TA 3CDQA 1CV5A 3HH3A 3HWLA 4EKRA 1CU0A 166LA 3CDRA 4DKLA 241LA 161LA 4PK0A 5LZMA 2O79A 1L92A 1XJUA 3GUOA 1L52A 163LA 213LA 4W58A 3OE6A 1C6PA 158LA 1D2YA 1L31A 2F47A 1OVJA 1PQDA 2RB1X 1C6DA 1LYGA 155LA 1NHBA 4W53A 2RBOA 250LA 1T6HA 1P6YA 2F32A 1L87A 3F9LA 156LA 1C61A 4I7JA 4EPFA 7LZMA 2QARC 4EXMA 3HUKA 2RAYX 178LA 2RB0X 3NYAA 1LYJA 3C83A 3C81A 3GUNA 150LA 3OE8A 1L40A 1L83A 1QTBA 3GUPA 103LA 1G06A 1L28A 1L00A 1G0JA 1G0KA 1LYEA 1LYFA 240LA 1LLHA 257LA 3HH6A 1OWYA 1CU3A 1PQOA 1OVHA 1L18A 3RZEA 3SN6R 1L09A 165LA 3HTDA 1G0GA 206LA 177LA 1L98A 112LA 2B72A 246LA 1L82A 1C60A 3QAKA 4YXAC 4I7SA 108LA 4ARJA 151LA 1D3FA 2OTYX 1CUQA 1L64A 1L75A 195LA 4LDLA 3OE9A 1L81A 3SB7A 118LA 1L23A 2B74A 248LA 2HUKA 3PBLA 1SWYA 4I7KA 3C82A 175LA 3OE0A 234LA 2B6WA 191LA 4DAJA 1L26A 1CTWA 114LA 3HUAA 4I7PA 126LA 1L33A 1L12A 148LE 1G1VA 1DYBA 3DN6A 5I14A 1KW5A 3HT6A 141LA 2OEAX 1CX7A 190LA 1QTHA 1L84A 247LA 2L78A 1OV5A 199LA 1QT8A 229LA 1L14A 1P36A 1QS5A 3FI5A 1XJTA 1C6NA 223LA 130LA 1ZWNA 1CUPA 2Z6BA 1C6AA 1XEPA 3CDOA 3FA0A 3HTBA 3C7WA 138LA 3HUQA 1L25A 2B7XA 237LA 1L43A 1JQUA 2LC9A 196LA 3DN2A 2B6YA 3D4SA 2OE7X 1QUGA 252LA 125LA 184LA 4I7MA 4W56A 254LA 3HTGA 2LCBA 180LA 222LA 1LWKA 1L29A 1L22A 218LA 4ARMB 4ARQB 2B75A 2Q9DA 3GUMA 111LA 245LA 1C6IA 4W51A 2OE4X 258LA 1LWGA 4W59A 107LA 1C6MA 4W52A 1SSWA 3DMZA 1L76A 3FADA 1C65A 1C63A 1L08A 1I6SA 119LA 1KY1A 1L32A 235LA 1L48A 1ZURA 259LA 1CV0A 1L27A 212LA 1OVKA 3SB8A 4E97A 1DYCA 1LGXA 1L36A 1CU5A 2RB2X 1CV6A 1L07A 2A4TA 1L41A 1C68A 1PQKA 1T97A 1CV3A 1KW7A 1L21A 3G3WA 4LDEA 185LA 2OU8A 220LA 1D3JA 1P3NA 1C66A 205LA 4GRVA 109LA 3HT8A 2B73A 1L39A 1C6JA 4I7RA 113LA 173LA 1L94A 1DYGA 1C6EA 1L62A 147LA 3CDVA 1QT3A 4K5YA 188LA 4EJ4A 1G0LA 1K28A 1C6TA 197LA 1L97A 2CUUA 1TLAA 3SB6A 1LPYA 4ARLA 231LA 149LA 1G0MA 142LA 3UONA 3SBBC 131LA 4LZMA 152LA 1L45A 3NY8A 1D3NA 1L38A 2RH1A 1PQIA 2B70A 1JTMA 1L70A 232LA 160LA 2QB0B 1QUOA 224LA 238LA 3EMLA 110LA 261LA 1C64A 1L68A 2OU9A 3L64A 3HH4A 1L10A 1D2WA 2RBNA 1L49A 144LA 1L58A 1G0QA 4EKSA 192LA 4YXCA 3C7ZA 201LA 1L15A 225LA 226LA 1P2LA 3GUJA 3HDFA 260LA 3DN4A 3GULA 1L20A 1D3MA 167LA 1P64A 4I7LA 1P5CA 2HUMA 1P37A 1QSBA 1QTVA 1LW9A 1KY0A 3SB9A 3K2RA 1L93A 219LA 3DNAA 4EPIA 102LA 4I7OA 249LA 1EPYA 2RBSA 189LA 186LA 1L79A 1C6BA 4W57A 1L90A 1PQJA 1CV4A 1L55A 1L72A 256LA 1LYDA 1CU6A 1L53A 4DJHA 3DN1A 3DKEX 3RUNA 1C6HA 1L16A 2RBRA 2NTGA 3SBAA 227LA 1L03A 1QTCA 123LA 4ARMA 3V2YA 1L35A 4ARQA 1L95A 1L37A 4AQNA 3LZMA 1KNIA 127LA 4OO9A 3ODUA 1L46A 198LA 146LA 139LA 1LI3A 3L2XA 1T8FA 253LA 214LA 1C6KA 1L73A 1C67A 3HU8A 2ANVA 215LA 2HULA 1L80A 4YX7C 3HTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XJWA 2CWIA 4ML7A 4X3BA 5DN5A 1LSFA 1T8GA 2MEEA 4EKQA 4RLNA 2O7AA 1L51A 5DM9A 4B4EA 1L85A 4YEMA 4I7QA 3LYZA 4GBRB 1L67A 1PQMA 1LSMA 1IO5A 1L30A 1MLCE 5KXTA 207LA 1L04A 3IWRA 1QS9A 4GLAA 1QT6A 1WTHA 1B5UA 1NHEA 1L65A 4OWAA 1GFEA 1GAYA 4HJVA 255LA 251LA 1QDTA 5I4YA 5D5FA 143LA 4HV1A 244LA 1L86A 1NMMA 1LGWA 3TMUA 2LZMA 2RBQA 4NGYA 4NGVA 1QT7A 3WYHA 4NEBA 1L61A 3C8SA 2ANXA 4WM3A 1LGUA 4XJHA 170LA 3RZ4A 2ZILA 4ET8A 3TXFA 209LA 2H9JA 1OQMA 176LA 145LA 3BKHA 242LA 2ZNXY 1GF4A 4HSFA 4J0LA 216LA 217LA 3GUIA 4I7NA 1CU2A 1LZCA 115LA 5LA5A 3QE8A 3HU9A 4DD9A 1CKFA 2FYDA 4WM6A 1KIQC 1P7SA 3ULRA 4I8SA 3DN3A 1L05A 1L11A 5LA8A 1LZ4A 3F6ZA 1LJFA 159LA 1UBZA 233LA 1OUEA 4J1AA 3K3TA 2YBMA 3HH3A 3CDRA 4PK0A 3WW5A 5LZMA 1IOSA 1IC4Y 1AZFA 3MGWA 3ZVQA 4ZEEA 3ATNA 4NGJA 4W58A 3OE6A 1L31A 2LYMA 2G4PA 4HJYA 1C6DA 155LA 1NHBA 5LVGA 2DQJY 1T6HA 1JUGA 1LMPA 1EQEA 1FKQA 1L87A 3AZ7A 1LTMA 5L3IA 3HUKA 178LA 2Q0MX 1AT6A 1L83A 1F10A 1GFKA 8LYZA 5KY1A 4NHTA 1TDYA 1LHMA 1O23A 1OVHA 1L18A 1G7HC 3SN6R 5B07A 206LA 1BWHA 2B72A 1DPXA 3LYTA 1FLQA 4ARJA 1WQPA 1I56A 4HTQA 4LDLA 3OE9A 1DI5A 1B2KA 3OK0A 5LXWA 2HUKA 1LCNA 1NKHA 2EQLA 4HTKA 4H94A 5LVJA 2ZYCA 1GBWA 4Z41A 5LVKA 234LA 3W6FA 5LVHA 114LA 1KXXA 2HEBA 2HEFA 3CSQA 1DYBA 1Z55A 2MEDA 3HT6A 1CX7A 1V7TA 1QTHA 1L84A 1XGTC 199LA 1QT8A 1LJKA 1KXWA 3VWOA 3WPJA 1XJTA 1IOTA 4KPMA 3HFMY 1CUPA 1C6AA 133LA 1IP6A 3FA0A 1MELL 1HFYA 2DQDY 2LC9A 3WPKA 5EBHA 1HERA 2BQDA 125LA 184LA 4I7MA 5LYZA 2ZIKA 3HTGA 1C45A 1LZ5A 4PHIA 4PRUA 1LWKA 4NGWA 218LA 4ARMB 2Q9DA 2I6ZA 3GUMA 5IHGA 4NGIA 5C6LA 3B72A 258LA 3LYMA 1UA6Y 1LWGA 3TXKA 107LA 4YEOA 1C6MA 1SSWA 1C65A 2H5ZA 2Y8PA 1L48A 5B59A 1L27A 5KXMA 1BB3A 3AGHA 212LA 3SB8A 1LKSA 1L07A 2A4TA 1IC7Y 1LMQA 4DQ7A 1CV3A 1B7NA 1KW7A 1LJ3A 2IFFY 2DBTA 3G3WA 3TXBA 1IWUA 1GPQC 1CJ9A 4LFPA 3WH1A 1C66A 1B7PA 5K7OA 1VEDA 4I7RA 3W6BA 5F9UA 4EOFA 1C6EA 1PS5A 147LA 4K5YA 3KAMA 2MECA 6LYTA 2ZQ3A 4LGKA 4OOOA 231LA 4II8A 1G0MA 3UONA 3EMSA 4NWHA 3SBBC 152LA 1JTMA 2LZTA 3EMLA 132LA 261LA 1HSXA 1JJ1A 5APCA 5KXPA 1B5VA 3RNXA 5C6IA 4DD2A 3C7ZA 1GDWA 1IC5Y 3P68A 225LA 4NGLA 1JPOA 2D6BA 1UUZC 4MSTA 1NBYC 4CJ2A 1D3MA 167LA 1P64A 3A6CY 1P5CA 1IY3A 2HUMA 1E8LA 3EO5A 1BQLY 2EPEA 1YAPA 4W96A 219LA 4EPIA 102LA 2RBSA 2RSCA 4WLTA 3A93A 1IR7A 1YL1X 2CDSA 1L55A 2YBHA 4DJHA 3DN1A 1C6HA 4GN5C 3WULA 1IP7A 1FDLY 1GB3A 5LVIA 4KXIA 4N0JA 1KNIA 1B7RA 2F4GA 1L46A 139LA 3W3EA 5B1FA 3W6EA 1C67A 3HU8A 4XJIA 3WU8A 2YBIA 4GCEA 4YX7C 4XYYA 1OUDA 2D4KA 5I54A 1GBSA 1C6CA 5KXZA 2C8PA 2O4WA 4BAPA 3OJPA 3E3DA 1DYDA 1XGUC 4UWVA 3C7YA 1L59A 2MEGA 4W94A 1JKAA 4LDOA 2RBPA 128LA 4H93A 2BQCA 1LZ1A 2NTHA 4TSCA 4NHIA 3DN0A 4NHPA 1DYEA 1B7OA 162LA 4QY9A 4WO6A 2BQLA 2YDGA 1LSCA 3G3VA 1L63A 3SP3A 1C6QA 183LA 5J7CA 4YENA 1DI3A 1C6GA 3FE0A 1L66A 1QTZA 9LYZA 182LA 3CDTA 1LOZA 1L02A 4TUNA 1C69A 1DYAA 3JR6A 1L57A 2B6ZA 5KXYA 5T3FA 4QDNA 1TCYA 3A94A 4B0DA 1L13A 2LZ2A 230LA 1SLYA 1QSQA 1LJIA 1G07A 1LYIA 2W1YA 4YOPA 1SX2A 4A7DA 1BVKC 5DL9A 5KXXA 1L56A 3GUKA 4G4BA 140LA 1LZSA 1L0JA 2OU0X 2YVBA 1CX6A 4NHSA 5KXWA 120LA 1DQJC 3G3XA 1IWWA 172LA 3HT9A 4WG1A 4H8XA 1YKXX 1KS3A 1C46A 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1BGIA 1B9OA 237LA 4XJFA 208LA 196LA 2HU1A 3D4SA 1DKKA 5DLAA 252LA 1LMCA 4W56A 2I26L 1IORA 2LCBA 1YAMA 222LA 3CT5A 4ARQB 1T3PA 3M18B 4W51A 4C5FA 2OE4X 2MEHA 1IWVA 4LYTA 5JENB 2YBLA 3HBEX 4W59A 1GAZA 4W52A 4UWNA 1L76A 2HECA 2YSSC 3FADA 1JJ0A 2W1XA 1C63A 1I6SA 1V7SA 235LA 2ZYPA 1CV0A 3A67Y 1LSNA 1OVKA 1IP3A 1DYCA 1LGXA 2Z2FA 1L36A 4E97A 1CU5A 2RB2X 4RDSA 1L41A 1GB9A 3TXHA 1HEQA 7LYZA 1GDXA 5D5CA 6LYZA 1D3JA 1RJCB 1GXXA 1C6JA 113LA 1LJGA 1DYGA 1RFPA 4E3UA 1L62A 2BQJA 1GF3A 1L97A 2CUUA 2ZQ4A 2W1LA 1REZA 1TLAA 4PJ2C 4UWUA 2B5ZA 1GBOA 4LZMA 3IJVA 4XJDA 1D3NA 1LHKA 2DKVA 2RH1A 2B70A 4KL7A 2C8OA 224LA 238LA 3W6AA 1N4FA 110LA 3A96A 4HJZA 1OUBA 2BLYA 1L49A 1OUCA 1YQVY 1JJ3A 1FKVA 4EKSA 1FLYA 226LA 3GUJA 1QUSA 2FYCA 3DN4A 3TMXA 1P37A 4NG1A 4TX7A 135LA 5F9XA 1UIAA 1ZVYB 186LA 1GEZA 4H1PA 4WMGA 256LA 1LYDA 1CU6A 3DKEX 3RUNA 1C10A 2RBRA 227LA 2XBRA 4WO9A 1HEMA 4ARMA 4NFVA 1UC0A 4HTNA 1L95A 1L37A 1GBXA 1EQ5A 1XEKA 3RU5A 4NGKA 1HEWA 3TMWA 4H9BA 3WVYA 146LA 1BB6A 4OWHA 2LYOA 214LA 1IY4A 3W6DA 1L73A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XJW A;  2CWI A;  4ML7 A;  4X3B A;  5DN5 A;  1LSF A;  1T8G A;  2MEE A;  4EKQ A;  4RLN A;  2O7A A;  1L51 A;  5DM9 A;  4B4E A;  1L85 A;  4YEM A;  4I7Q A;  3LYZ A;  4GBR B;  1L67 A;  1PQM A;  1LSM A;  1IO5 A;  1L30 A;  1MLC E;  5KXT A;  207L A;  1L04 A;  3IWR A;  1QS9 A;  4GLA A;  1QT6 A;  1WTH A;  1B5U A;  1NHE A;  1L65 A;  4OWA A;  1GFE A;  1GAY A;  4HJV A;  255L A;  251L A;  1QDT A;  5I4Y A;  5D5F A;  143L A;  4HV1 A;  244L A;  1L86 A;  1NMM A;  1LGW A;  3TMU A;  2LZM A;  2RBQ A;  4NGY A;  4NGV A;  1QT7 A;  3WYH A;  4NEB A;  1L61 A;  3C8S A;  2ANX A;  4WM3 A;  1LGU A;  4XJH A;  170L A;  3RZ4 A;  2ZIL A;  4ET8 A;  3TXF A;  209L A;  2H9J A;  1OQM A;  176L A;  145L A;  3BKH A;  242L A;  2ZNX Y;  1GF4 A;  4HSF A;  4J0L A;  216L A;  217L A;  3GUI A;  4I7N A;  1CU2 A;  1LZC A;  115L A;  5LA5 A;  3QE8 A;  3HU9 A;  4DD9 A;  1CKF A;  2FYD A;  4WM6 A;  1KIQ C;  1P7S A;  3ULR A;  4I8S A;  3DN3 A;  1L05 A;  1L11 A;  5LA8 A;  1LZ4 A;  3F6Z A;  1LJF A;  159L A;  1UBZ A;  233L A;  1OUE A;  4J1A A;  3K3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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