1L46A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAERVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l46A00
1ZURA 140LA 1LW9A 1JQUA 3DMXA 1D3NA 3V2YA 209LA 3HU8A 1L34A 1C6CA 234LA 1L03A 3SB5A 1CV6A 1P6YA 2HUKA 1T8FA 4GBRB 1P36A 1C6KA 1CV3A 5LZMA 256LA 4W58A 1QSQA 1CV5A 1L61A 1C62A 3PDSA 4I7KA 1L87A 1QTDA 252LA 1D2YA 254LA 2RB1X 1SX7A 233LA 248LA 2B6WA 4OO9A 1C64A 1DYGA 1L84A 1L59A 1L80A 1ZYTA 2QARC 3HTGA 157LA 3C7WA 2HUMA 1L70A 1K28A 1L07A 1B6IA 259LA 1KY0A 1QTVA 1SSWA 1L48A 168LA 1LYFA 226LA 235LA 2F47A 1L85A 4ZPUA 253LA 1L69A 3GUPA 3DN4A 172LA 222LA 3JR6A 1I6SA 1L47A 1ZWNA 167LA 219LA 1QT5A 161LA 1C6AA 1G0KA 1DYFA 1C63A 1QS9A 1SX2A 3FADA 1D3MA 4W54A 3GUIA 171LA 1CX7A 1G0LA 1PQDA 1LI6A 2O7AA 1C6MA 1L79A 4I7MA 1QS5A 3VW7A 2OTZX 1L31A 5I14A 3F8VA 3OE8A 1LYHA 151LA 1L20A 4EXMA 1L24A 1L15A 122LA 2RBOA 1LYGA 2RBNA 1L82A 1PQOA 1C6IA 1L90A 1L83A 1QUDA 1L10A 3HH5A 1G07A 249LA 1SWYA 2RB0X 1P7SA 3G3VA 1L71A 187LA 4DJHA 1CUPA 236LA 4DKLA 1PQJA 4GRVA 1L41A 1KNIA 119LA 3HDFA 177LA 225LA 2OU9A 1L32A 162LA 185LA 3HH3A 3HTDA 2OE7X 2O4WA 3FI5A 1L89A 183LA 4EPFA 1P5CA 1CUQA 1L46A 1L18A 3SB6A 228LA 1XJTA 1QUOA 1D2WA 2OU0X 4W51A 1C6NA 206LA 1D9WA 1C65A 2B7XA 3HTBA 1L12A 1QT6A 1T8GA 2Q9DA 4I7PA 200LA 1KY1A 3HDEA 1OWZA 1KS3A 1QSBA 3C80A 2ANXA 1C6GA 2B6ZA 223LA 156LA 1JTMA 1DYBA 1CV4A 1L38A 1OV7A 2OE4X 4I7LA 2ANVA 1QTZA 1P3NA 2B75A 1L39A 3GUKA 180LA 1P56A 218LA 3C81A 109LA 1QUHA 1OVKA 1L52A 1L08A 213LA 129LA 2RAZX 128LA 1C69A 1QTHA 216LA 141LA 3EMLA 4ARJA 221LA 104LA 257LA 1C6LA 1QTBA 4W53A 123LA 1T97A 260LA 1L75A 191LA 197LA 2LCBA 182LA 3CDOA 255LA 1L23A 1QT4A 1PQMA 170LA 1C60A 118LA 4EPIA 251LA 2B70A 3C7YA 3DN0A 4W59A 1L33A 1LYDA 4I7TA 1L22A 1L53A 4I7QA 1P46A 173LA 2OTYX 1L67A 239LA 230LA 120LA 145LA 227LA 3DN1A 150LA 102LA 1L02A 3DKEX 1L49A 1L55A 1L68A 1DYAA 3UONA 146LA 1L56A 2F32A 1L51A 1LLHA 147LA 205LA 1L09A 1CX6A 1L06A 3HT9A 1C6PA 4ARPA 1L91A 1EPYA 138LA 1L28A 4YX7C 4YXAC 4AQNA 4ARLA 3NY8A 160LA 163LA 1D3FA 2B73A 2RBSA 1CV0A 1L29A 7LZMA 2HULA 1L63A 113LA 188LA 174LA 176LA 1L74A 1L36A 2RBQA 1LPYA 1L17A 3DN6A 3PBLA 1LWKA 2B6XA 126LA 1L65A 1L0JA 1C68A 1NHBA 220LA 210LA 1C6FA 3L64A 148LE 166LA 1DYCA 1T6HA 1L44A 1L76A 1P64A 2B72A 4I7NA 1L27A 232LA 1L37A 261LA 1TLAA 4LZMA 2NTGA 1DYDA 1P2LA 1SSYA 2RBRA 4ARQA 231LA 3C8QA 159LA 4EJ4A 1QT8A 115LA 3HU9A 1G1VA 242LA 4I7SA 3DMVA 1L92A 2NTHA 2RB2X 2Z6BA 3G3WA 1L77A 2RBPA 1L93A 3DNAA 1G1WA 199LA 2Q9EA 1L43A 1L40A 142LA 1CU2A 1C67A 1L57A 3NY9A 2IGCA 1CU5A 1KW5A 3K2RA 4W56A 1L81A 2CUUA 1QT7A 103LA 237LA 3HTFA 130LA 178LA 192LA 1L66A 1L60A 215LA 4EKRA 6LZMA 1CU6A 110LA 1C6TA 3F9LA 1G0PA 2OU8A 1C6JA 1L21A 1LI2A 3RZEA 238LA 1L94A 3C7ZA 3SB9A 3SB7A 1L95A 4LDOA 131LA 1L04A 1L86A 3OE0A 1L35A 1L50A 3DMZA 4EKQA 1C6HA 217LA 3GUOA 1OYUA 111LA 3HUAA 214LA 1L64A 212LA 1G0GA 3OE9A 1P37A 1LYEA 1T8AA 1D3JA 2OEAX 1L25A 1PQKA 3OE6A 4LDLA 2B6YA 4I7OA 107LA 155LA 3V2WA 164LA 1XJUA 137LA 211LA 3SB8A 4YXCA 1JTNA 1CV1A 1LGUA 3SBAA 4ARQB 1L62A 169LA 2OE9X 1L0KA 243LA 189LA 3HT6A 245LA 1C6EA 1KW7A 1QUGA 3C8SA 1G06A 4ARMA 4W52A 198LA 3DN8A 2LZMA 4W57A 1L54A 1G0QA 3LZMA 3QAKA 1L30A 2B74A 1C6DA 3CDTA 1CTWA 3HH4A 4K5YA 1C61A 1QTCA 3G3XA 1L13A 3HUKA 3HWLA 262LA 3CDQA 4IAPA 1L11A 1G0JA 3C82A 1OVJA 3RUNA 250LA 2RAYX 4W55A 4S0WA 4EKSA 1L98A 1L45A 4LDEA 1L73A 127LA 1LGXA 1CU3A 3L2XA 1LYIA 3GULA 1C6BA 240LA 2L78A 2O79A 112LA 1C6QA 3SN6R 2B6TA 186LA 229LA 3NYAA 4EKPA 1CVKA 2A4TA 1L42A 201LA 3HH6A 125LA 3HT7A 1L19A 3GUJA 1G0MA 1CU0A 2RH1A 3GUNA 1WTHA 1XEPA 1L58A 190LA 1QT3A 2QB0B 144LA 241LA 1OV5A 181LA 4PJZA 3C83A 1L72A 1L97A 1L26A 2LC9A 3SBBC 149LA 3HUQA 4PK0A 1LWGA 158LA 3CDRA 152LA 258LA 1DYEA 1L88A 165LA 1L96A 1P2RA 4E97A 247LA 4DAJA 1PQIA 1SWZA 2F2QA 3GUMA 195LA 114LA 1L05A 1L01A 1L99A 3D4SA 4I7JA 1OWYA 184LA 246LA 3ODUA 224LA 1L14A 108LA 1LI3A 4ARMB 175LA 1LGWA 139LA 196LA 3FA0A 4I7RA 1C66A 1OVHA 3CDVA 3HT8A 3DN3A 1LYJA 3C8RA 244LA 1L16A 1L00A 143LA 3DN2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LW9A 1XEIA 5DL9A 2LYMA 1UC0A 1ZVYB 1EQEA 2Z38A 1OUEA 2EQLA 2FBBA 2HUKA 1C6KA 4H9HA 1TBYA 5I5QA 1Z55A 4PRUA 4MSTA 4OO9A 1LYZA 1L84A 1L59A 5KJ9A 1JUGA 1GF7A 1K28A 1VEDA 1OUCA 1F10A 1IP7A 4ZFPA 3A93A 168LA 1LYFA 222LA 4H8ZA 5F81A 1ZWNA 4TSCA 1QT5A 161LA 1SX2A 1HC0A 1D3MA 2XJWA 4X3BA 4HTQA 1AZFA 1PQDA 1C6MA 1L79A 1JSEA 1GF4A 4XYYA 5KXWA 3W6DA 4NHSA 1L31A 1GBOA 4RDSA 1LMCA 4PPOA 1B5XA 1LMTA 2RBOA 2HEEA 1LZRA 1L82A 1G7HC 1RJCB 5B06A 2Z2FA 5B59A 249LA 1LMQA 5FCPA 2N5ZA 4DKLA 4G4CA 2MEHA 1KNIA 1LMPA 3RW8A 4LYBA 9LYZA 3FI5A 2O4WA 5DN4A 1L89A 1VFBC 5KXOA 1D2WA 4W51A 1C65A 3HTBA 2Q9DA 3RNXA 3HFMY 4OWCA 2ANXA 223LA 2W1MA 4NGKA 1KXWA 4NGZA 2Y8PA 2OE4X 1P3NA 1UBZA 3GUKA 5B07A 4NGLA 109LA 1GFTA 2H9KA 5HNLA 2LZ2A 1IOQA 4BADA 1L08A 1LTMA 213LA 3M3UA 128LA 1QTHA 4TTDA 141LA 1WVUA 104LA 1KXXA 1C6LA 2H5ZA 1C46A 1LJJA 1BB7A 1NKHA 197LA 2LCBA 1TDYA 1QT4A 3AGIA 1FBIX 4OOOA 2B70A 3C7YA 4LZTA 4W59A 4G4BA 1LZGA 1GBZA 2RSCA 4LGKA 1SQ2L 1L53A 1P46A 173LA 2OTYX 3P64A 1FLYA 4DYGA 3A8ZA 1ALCA 4RW2A 120LA 1XGRC 4CFOA 1INUA 4WL6A 4XJBA 2LHMA 4LFPA 5F16A 147LA 1L09A 1VATA 1IOSA 1C6PA 2I6ZA 1L91A 4ARPA 1YILA 1LZTA 1IWTA 1GBYA 5A3ZA 3AW7A 1QUTA 5KXNA 4IATA 2RBSA 1CV0A 113LA 174LA 2XBRA 2RBQA 1GB6A 3G3BB 4GCDA 4WO6A 4QGZA 3TXEA 1LWKA 2B6XA 1C68A 3AB6A 1LMAA 210LA 2G4QA 3L64A 4NSHA 4NSJA 3P68A 1LZBA 3KAMA 1LYOA 1YAOA 3WPKA 5AMYA 3C8QA 1QT8A 3HU9A 1CKCA 4XJGA 3WW5A 1L92A 1UIAA 3IJUA 5J7CA 2RBPA 4HP0A 1B7QA 3B72A 3DNAA 4H94A 4DDCA 5HMVA 1GFKA 1GB2A 2D4JA 3AJNA 5KXRA 2I26L 2VB1A 4W56A 1L81A 2CUUA 5K7OA 3AGHA 4GCFA 130LA 192LA 215LA 6LZMA 1B0DA 2IHLA 1F6SA 1B7LA 4NGVA 4BAPA 5FHWA 2OU8A 1JEFA 3LN2A 2ZNXY 1DKJA 1L94A 2CGIA 4NHTA 4RLNA 1JSFA 5LVJA 2G4NA 131LA 1L04A 2BQCA 3OE0A 4QY9A 4LFXA 3WU7A 1LZYA 1HMLA 3ZVQB 4WG1A 1JISA 3GUOA 1IO5A 4Z41A 1RE2A 1LMNA 1WQMA 2NWDX 4UWVA 2BQGA 1W6ZA 1T8AA 2OEAX 4YEOA 5DN5A 107LA 155LA 3V2WA 4WM5A 1IWYA 4YXCA 3SBAA 1L62A 169LA 2Z18A 4H1PA 4M4OA 2HU3A 4H9BA 1AT6A 1C6EA 3EXDA 3QNGA 1G06A 4GN5C 3TXDA 2DQGY 198LA 1IX0A 1L54A 1GE3A 1C61A 1UIGA 3G3XA 1UIHA 5C6LA 4DDBA 1L11A 3C82A 1OVJA 1B7MA 250LA 2RAYX 1HEWA 4DC4A 1B5VA 4KT3A 5KXLA 1LKSA 2W1LA 1GF3A 112LA 1JPOA 4RLMA 1C6QA 1HSWA 3SN6R 4EKPA 1KIQC 4NSGA 5IDDA 1L42A 201LA 4NFVA 3GUJA 1CU0A 2RH1A 1GAYA 2HTXA 1WTHA 1WTMA 1BVXA 1OUGA 4DWXA 3W3EA 1GPQC 4DQ5A 1C7PA 4B0DA 2EKSC 1L97A 3SBBC 158LA 4YOPA 152LA 1XGPC 4LYMA 4AXTA 1I1ZA 1IP1A 1KXYA 258LA 3IJVA 1L96A 247LA 1SWZA 1GAZA 3P66A 4CHXA 4I7JA 1L01A 1OUHA 1LJ4A 246LA 1GE0A 3ODUA 224LA 1T3PA 5LYMA 1W08A 1LGWA 139LA 1HFZA 1C66A 3WVXA 3C8RA 3AZ5A 1L16A 4MCKA 1GE2A 3W6CA 1JQUA 1LHMA 3TMWA 3HU8A 1GF5A 1YQVY 234LA 4H92A 3SB5A 1T8FA 4GBRB 3WULA 1CV5A 1L61A 3PDSA 1L87A 1YKZX 2B6WA 4DD0A 3T6UA 1ZYTA 3HTGA 4GCCA 4HJVA 3C7WA 2HUMA 5EBHA 5HQ1A 1B6IA 1YAMA 2BQHA 259LA 1KY0A 1L48A 2F47A 4ZPUA 235LA 2DQAA 1L69A 1LZNA 3DN4A 2FBDA 1CKFA 1I6SA 2DQEY 1BB6A 5KXKA 2DQHY 1UIFA 1GB3A 1DYFA 1QQYA 3FADA 4LT0A 3WMKA 2ZNWY 1P2CC 2D4IA 3VWOA 1LI6A 2OTZX 5D5FA 4UWUA 3OE8A 1IVMA 1LYHA 4EXMA 2B5ZA 1C08C 1LZCA 4XN6A 1GFRA 1LZ6A 1NBZC 3F6ZA 3T36A 4XJIA 3HH5A 3A94A 1GFEA 1SWYA 4KL7A 1P7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LW9 A;  1XEI A;  5DL9 A;  2LYM A;  1UC0 A;  1ZVY B;  1EQE A;  2Z38 A;  1OUE A;  2EQL A;  2FBB A;  2HUK A;  1C6K A;  4H9H A;  1TBY A;  5I5Q A;  1Z55 A;  4PRU A;  4MST A;  4OO9 A;  1LYZ A;  1L84 A;  1L59 A;  5KJ9 A;  1JUG A;  1GF7 A;  1K28 A;  1VED A;  1OUC A;  1F10 A;  1IP7 A;  4ZFP A;  3A93 A;  168L A;  1LYF A;  222L A;  4H8Z A;  5F81 A;  1ZWN A;  4TSC A;  1QT5 A;  161L A;  1SX2 A;  1HC0 A;  1D3M A;  2XJW A;  4X3B A;  4HTQ A;  1AZF A;  1PQD A;  1C6M A;  1L79 A;  1JSE A;  1GF4 A;  4XYY A;  5KXW A;  3W6D A;  4NHS A;  1L31 A;  1GBO A;  4RDS A;  1LMC A;  4PPO A;  1B5X A;  1LMT A;  2RBO A;  2HEE A;  1LZR A;  1L82 A;  1G7H C;  1RJC B;  5B06 A;  2Z2F A;  5B59 A;  249L A;  1LMQ A;  5FCP A;  2N5Z A;  4DKL A;  4G4C A;  2MEH A;  1KNI A;  1LMP A;  3RW8 A;  4LYB A;  9LYZ A;  3FI5 A;  2O4W A;  5DN4 A;  1L89 A;  1VFB C;  5KXO A;  1D2W A;  4W51 A;  1C65 A;  3HTB A;  2Q9D A;  3RNX A;  3HFM Y;  4OWC A;  2ANX A;  223L A;  2W1M A;  4NGK A;  1KXW A;  4NGZ A;  2Y8P A;  2OE4 X;  1P3N A;  1UBZ A;  3GUK A;  5B07 A; 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