1L47A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFETGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l47A00
2B73A 3HUAA 1L68A 1L22A 3C8RA 1P56A 4E97A 1L32A 2OU0X 196LA 226LA 1QT4A 3HTFA 184LA 1PQKA 4GRVA 165LA 3DN0A 1C6CA 3DN2A 3SBAA 247LA 1L08A 3C81A 103LA 1LYGA 1L79A 1KY1A 3C80A 1OWZA 2O79A 200LA 119LA 2ANVA 4EKSA 148LE 211LA 122LA 112LA 1KY0A 1P3NA 3DMVA 223LA 131LA 3DN1A 1L24A 1C6DA 1L65A 157LA 201LA 1LGUA 3HH6A 2NTGA 4LDOA 4W52A 143LA 3HDFA 1CVKA 4EXMA 1L97A 3GULA 2B7XA 3HTDA 160LA 191LA 1L70A 3DNAA 1L04A 1LYDA 161LA 1QT5A 1C62A 128LA 1CX7A 1C68A 1KW7A 3PDSA 2B6XA 2A4TA 3ODUA 1T8AA 4EJ4A 3DKEX 4I7RA 1C66A 1L76A 3L2XA 1JTMA 1L74A 172LA 3GUMA 4PJZA 3DN8A 1G0PA 145LA 1CTWA 1OWYA 1L86A 1DYGA 2RB0X 4OO9A 4DKLA 198LA 4LDEA 1QTCA 1L63A 238LA 243LA 1G07A 4EKRA 2RBSA 1D3FA 123LA 1CUPA 1QUHA 2OEAX 3DMZA 187LA 258LA 1C64A 1L77A 144LA 1QTHA 1C6LA 1L19A 233LA 1SX7A 1L20A 1PQJA 3UONA 1L06A 2RB1X 125LA 1QS9A 3CDRA 1CX6A 1QSQA 1LI2A 205LA 2RBPA 1D3JA 1DYDA 195LA 1ZYTA 3DN3A 4ZPUA 1G1VA 3HTBA 1CV1A 3HDEA 1G0KA 1L80A 1CU5A 3HWLA 1KS3A 231LA 219LA 1L18A 221LA 1P6YA 217LA 1L58A 3HTGA 3OE9A 4W54A 1QUOA 1L39A 1P64A 1QT3A 3DN6A 239LA 2RBNA 4YXCA 1XJTA 2QB0B 4W55A 234LA 3G3XA 1OVJA 2Z6BA 1L48A 171LA 199LA 1LWGA 262LA 1PQIA 3SB9A 230LA 1CU3A 1QTVA 2ANXA 4AQNA 4W51A 188LA 1JTNA 215LA 164LA 245LA 2B74A 2F47A 1LI6A 1L15A 2IGCA 4EPFA 149LA 229LA 1G0LA 1L07A 3C8SA 150LA 3RZEA 255LA 2QARC 126LA 1L52A 3GUKA 1TLAA 1L00A 2OU8A 4IAPA 260LA 1LPYA 111LA 1G06A 1D2WA 4EKQA 173LA 1L21A 174LA 1PQDA 1T97A 3SB6A 1L64A 2LCBA 4ARPA 1L55A 1JQUA 1QTBA 1SSWA 1OVHA 1G0GA 1SX2A 1L85A 1C6NA 1L69A 129LA 2HUKA 3JR6A 104LA 3OE6A 1NHBA 2OTZX 108LA 181LA 4ARLA 185LA 257LA 4I7JA 1SWYA 3V2YA 3L64A 1LWKA 240LA 3QAKA 168LA 1PQMA 118LA 139LA 2B70A 167LA 192LA 2O7AA 1P36A 4I7TA 1L96A 1L33A 7LZMA 1L16A 2OE4X 1P37A 252LA 1P46A 1ZURA 152LA 5LZMA 1WTHA 1L43A 1QT6A 1G1WA 158LA 1T8GA 169LA 1L36A 1C6TA 1L67A 3NYAA 120LA 3DMXA 2HULA 1L53A 1C6MA 4YXAC 1XEPA 146LA 4ARJA 110LA 1L0JA 1D3MA 1D3NA 1L54A 3SB8A 180LA 3HT8A 4LZMA 1L91A 4DJHA 1L73A 1ZWNA 1L02A 1CV6A 1L34A 1OVKA 1L37A 261LA 1QUDA 3HU9A 2B6WA 206LA 2B6TA 4I7PA 1L62A 1L75A 250LA 1LYEA 1C6QA 1B6IA 228LA 1DYBA 4I7KA 2L78A 183LA 3CDQA 4I7MA 1L44A 1L83A 3F9LA 115LA 2NTHA 4W59A 1L89A 3HH5A 1C60A 1LYHA 3HH3A 1L94A 1L84A 1L59A 3C7YA 1L13A 6LZMA 1G0QA 2RAYX 1L31A 214LA 222LA 4ARQB 166LA 1D2YA 113LA 1L14A 3HH4A 2LC9A 220LA 1PQOA 1L0KA 1L57A 1L17A 3CDVA 1QTZA 3GUNA 1OV5A 4EPIA 4ARQA 1T8FA 3HT7A 1L50A 1C6AA 3HU8A 2Q9EA 1C61A 3OE0A 2O4WA 236LA 209LA 140LA 1C6FA 2RB2X 2RBRA 162LA 232LA 3CDTA 137LA 1C6BA 1L12A 3SB5A 1KNIA 237LA 2HUMA 1QT7A 2RBQA 2OU9A 1LYJA 1L88A 1G0JA 1L42A 4K5YA 3EMLA 1DYCA 256LA 170LA 249LA 156LA 1LI3A 1C6JA 114LA 1C6HA 2F32A 1L87A 2B75A 3HT9A 1L49A 177LA 151LA 1L99A 1T6HA 197LA 1C63A 4W56A 1P2LA 2OE7X 3C7ZA 3OE8A 2B72A 1C6GA 141LA 4I7SA 147LA 4EKPA 4I7LA 1CUQA 2F2QA 1L81A 1P5CA 1DYAA 4I7QA 1L47A 1L03A 227LA 3DN4A 190LA 3FA0A 1L66A 3V2WA 3SB7A 3C82A 3PBLA 1SWZA 3HUKA 1L56A 2Q9DA 178LA 1L46A 1CU0A 4S0WA 1L28A 176LA 3C83A 1L82A 2RBOA 127LA 142LA 1C6IA 1QTDA 248LA 1DYFA 4W58A 2OTYX 224LA 4W53A 1QS5A 1L25A 3VW7A 246LA 1P7SA 3FI5A 4PK0A 242LA 138LA 3C8QA 1L38A 1L09A 3G3WA 1I6SA 1CV3A 1L40A 3GUJA 216LA 1L29A 3CDOA 1L71A 1XJUA 1QUGA 2B6ZA 186LA 4LDLA 1L45A 1L61A 1KW5A 1CV0A 213LA 189LA 1L41A 225LA 1L11A 1LYIA 3NY8A 1SSYA 2RH1A 1EPYA 175LA 1L60A 1G0MA 4YX7C 212LA 2B6YA 218LA 1L93A 3HT6A 1C67A 3RUNA 1L23A 1L95A 1L90A 1OYUA 3SN6R 1LGWA 1C65A 1L05A 107LA 1LGXA 3SBBC 3G3VA 3HUQA 1C6EA 3GUIA 241LA 1D9WA 1L30A 4ARMB 1L10A 3D4SA 251LA 235LA 1CV5A 2CUUA 3C7WA 2OE9X 3LZMA 1C69A 4GBRB 3NY9A 253LA 1L72A 3FADA 3GUOA 1CV4A 2LZMA 4W57A 1CU6A 4ARMA 1C6KA 1LYFA 1L51A 109LA 1L35A 159LA 1QT8A 155LA 130LA 163LA 210LA 2RAZX 3K2RA 1L92A 1K28A 1L27A 1L01A 1OV7A 3F8VA 1L98A 4I7OA 259LA 1LLHA 182LA 254LA 1DYEA 102LA 4I7NA 1L26A 3GUPA 4DAJA 1LW9A 244LA 5I14A 1QSBA 1C6PA 1P2RA 1CU2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B73A 1ZMYL 4E97A 1L32A 1UIDA 3LYMA 1QT4A 1XEIA 165LA 1BB5A 4OW1A 2DQGY 4LT1A 3C80A 4B1AA 2ANVA 4C3WA 1KY0A 2ZYCA 1QUTA 4LFXA 3B0OA 2HEEA 4IATA 1IIZA 1L65A 201LA 5I53A 1AM7A 1YKZX 4H93A 1CVKA 4CFOA 3EBAB 3TXFA 3GULA 1B7OA 2EPEA 1D0LA 128LA 1J1PY 1TAYA 1T8AA 4DDAA 5HMVA 1ZVHL 4NGIA 1XGPC 4YOPA 4L41A 1L74A 2Y8PA 3TXJA 1CJ8A 4DKLA 4LDEA 3ZVQA 243LA 1G07A 2RBSA 1HNLA 1OUGA 1CUPA 4YF2A 1DKKA 3AGIA 1HFXA 1REMA 1YAPA 144LA 1PS5A 4XYYA 3CB7A 1GDXA 1PQJA 3UONA 4H9AA 1L06A 4N5RA 2RB1X 3CDRA 1CX6A 205LA 1LI2A 2RBPA 3AB6A 1ZYTA 1LSGA 3CT1A 3HTBA 1WQQA 3TMXA 1CU5A 1HHLA 1JIYA 1REYA 1UACY 5KKJA 219LA 1GXV2 2W1MA 5F14A 221LA 2CWIA 1XEKA 3HTGA 1L39A 1P64A 1QT3A 4NSHA 239LA 2HEDA 1XJTA 1H6MA 4H9BA 1LZ8A 1LWGA 4G4CA 262LA 3TXKA 230LA 1CU3A 4HV1A 4AQNA 4H92A 3WYHA 188LA 4LYZA 245LA 4NHIA 4WO6A 4WG1A 1LI6A 1OUAA 4N9RA 4EPFA 229LA 5FELA 1L07A 3A91A 2B5ZA 4GLVA 2D91A 1FLQA 1GB3A 4HJYA 3N9AA 111LA 1L21A 1GB7A 5IHGA 1OVHA 1JTOL 1SX2A 1FKVA 1LSAA 1WTMA 2YBJA 3FE0A 2DKVA 5B1FA 4DD0A 4AXTA 2ZILA 108LA 181LA 1LZ4A 3L64A 2D4JA 3QAKA 4PRUA 1NMMA 1AKIA 1LHMA 4I7TA 1YQVY 1L16A 2OE4X 3J4GA 4DT3A 4XJHA 1IEEA 1WQMA 158LA 4GCBA 3NYAA 1JISA 2BQIA 1QDRA 3G3AB 1JTTL 5LVIA 1XEPA 1B7SA 1L0JA 5KXMA 2Q0MX 2Z38A 5APFA 1HF4A 1KXYA 1LSPA 4XENA 1RI8B 2WARA 3WPLA 1LZSA 5HNLA 1BWHA 1IR8A 1GB5A 3A96A 206LA 2B6TA 4H91A 4X3BA 4DD1A 1XEJA 2FYCA 5DN5A 1IWVA 1IOSA 2L78A 3CDQA 3A93A 3F9LA 1D6QA 1KXWA 4TX7A 5L3IA 5LA8A 6LZMA 1GB0A 1L31A 1N4FA 1LMNA 2XBSA 1IC4Y 5F9UA 1D2YA 4ARQB 220LA 2C8PA 1GF6A 4ET8A 4WLYA 1QTZA 2ZNWY 3GUNA 1IP1A 1GFJA 1GBYA 1LJ3A 1I20A 3AW7A 4FDYA 1T8FA 3HT7A 1L50A 5LXWA 1DZBX 236LA 2LYOA 1LZ6A 2YBHA 209LA 1C6FA 1LJHA 4KL7A 1CJ7A 1L12A 1C6BA 3SB5A 1QT7A 4ETAA 5I5QA 1MELL 2OU9A 1LJEA 1LHJA 1OUDA 2BLYA 1LMOA 1G7JC 4K5YA 249LA 4J1BA 1GBZA 1C6JA 114LA 3N9EA 2DQDY 4CFPA 8LYZA 1CKFA 2LZTA 1C63A 1C10A 3C7ZA 5APEA 3OE8A 2B72A 4MR1A 3LN2A 4M6DA 1GXXA 1OUHA 4I7LA 4EKPA 1DPXA 1L47A 3DN4A 1L66A 3PBLA 5LAFA 1SWZA 1L56A 2Q9DA 4WLXA 4G4HA 4S0WA 1B7RA 127LA 1XGRC 1C6IA 1TCYA 1QTDA 1BB3A 4W53A 1IP2A 3VW7A 4UWVA 1BB6A 5FSTA 4DDCA 138LA 3K3TA 2BQOA 1LZBA 1L40A 3GUJA 3P64A 4P2EA 3CSQA 1QUGA 2YBIA 132LA 2B6ZA 2DQJY 1CKCA 1BB4A 1KW5A 1RCMA 1I1ZA 4NFVA 1L41A 4OOTA 225LA 3AZ6A 3NY8A 4ETDA 1SSYA 4J0LA 175LA 4NGJA 4W94A 1L95A 1NQIA 1OYUA 2GV0A 4NY5A 1BB7A 2RSCA 4XJGA 4PJ2C 3A3QA 1L30A 1TBYA 2G4PA 4ARMB 1UIFA 251LA 235LA 1CV5A 2CUUA 2MEEA 3W6FA 2BQFA 2OE9X 3G3BB 5L9JA 1RE2A 4LT2A 4IJ4A 1C46A 3GXKA 4PRQA 2BQGA 1CU6A 1EL1A 1LYFA 3ZEKA 109LA 3WXUA 1GB2A 1IWYA 1QT8A 1LAAA 1JTPL 4IASA 5FEKA 2DQFC 3WVYA 2EKSC 1HC0A 1L27A 1OV7A 5B05A 4ZFPA 2HEBA 3W6BA 3HBDA 2A7FA 1GFTA 1JKAA 1UIEA 182LA 254LA 1OUEA 1L26A 244LA 5I14A 1VDTA 1QSBA 1P2RA 4HSFA 1W08A 4HV2A 3C8RA 1JEFA 196LA 4GRVA 4CGEA 1C6CA 3HBHA 247LA 3C81A 5K7OA 1ALCA 1L79A 1OWZA 200LA 4EKSA 122LA 1H87A 5I4YA 3E3DA 1BVKC 1B5YA 1DI4A 1C6DA 3P65A 4H8ZA 1TEWA 4HJVA 3HH6A 4LDOA 1G7MC 4W52A 1T6VL 1LZTA 4WM4A 5KY1A 3WVXA 4PHIA 4EXMA 4BS7A 160LA 1GB8A 2HEFA 1REZA 5FCPA 1LYDA 1VDPA 161LA 1QT5A 2BQKA 1C43A 1GE1A 4TTDA 1DPWA 1BVXA 1C68A 3PDSA 4DWXA 4DYGA 2A4TA 4NGOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B73 A;  1ZMY L;  4E97 A;  1L32 A;  1UID A;  3LYM A;  1QT4 A;  1XEI A;  165L A;  1BB5 A;  4OW1 A;  2DQG Y;  4LT1 A;  3C80 A;  4B1A A;  2ANV A;  4C3W A;  1KY0 A;  2ZYC A;  1QUT A;  4LFX A;  3B0O A;  2HEE A;  4IAT A;  1IIZ A;  1L65 A;  201L A;  5I53 A;  1AM7 A;  1YKZ X;  4H93 A;  1CVK A;  4CFO A;  3EBA B;  3TXF A;  3GUL A;  1B7O A;  2EPE A;  1D0L A;  128L A;  1J1P Y;  1TAY A;  1T8A A;  4DDA A;  5HMV A;  1ZVH L;  4NGI A;  1XGP C;  4YOP A;  4L41 A;  1L74 A;  2Y8P A;  3TXJ A;  1CJ8 A;  4DKL A;  4LDE A;  3ZVQ A;  243L A;  1G07 A;  2RBS A;  1HNL A;  1OUG A;  1CUP A;  4YF2 A;  1DKK A;  3AGI A;  1HFX A;  1REM A;  1YAP A;  144L A;  1PS5 A;  4XYY A;  3CB7 A;  1GDX A;  1PQJ A;  3UON A;  4H9A A;  1L06 A;  4N5R A;  2RB1 X;  3CDR A;  1CX6 A;  205L A;  1LI2 A;  2RBP A;  3AB6 A;  1ZYT A;  1LSG A;  3CT1 A;  3HTB A;  1WQQ A;  3TMX A;  1CU5 A;  1HHL A;  1JIY A;  1REY A;  1UAC Y;  5KKJ A;  219L A;  1GXV 2;  2W1M A;  5F14 A;  221L A;  2CWI A;  1XEK A;  3HTG A;  1L39 A;  1P64 A;  1QT3 A;  4NSH A;  239L A;  2HED A; 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