1L47A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFETGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l47A00
258LA 147LA 1B6IA 1L88A 4W51A 1LYEA 1L38A 1C6KA 1C6PA 1L07A 4ZPUA 1L01A 1CTWA 1L22A 1QTHA 1JQUA 1C6EA 3C80A 3JR6A 1OV7A 3GULA 1L94A 3OE6A 2B6WA 1QSQA 128LA 1L24A 115LA 107LA 1L53A 4W52A 4W54A 1PQJA 1C6HA 244LA 3DMVA 230LA 1C66A 143LA 1L35A 1L62A 3HTGA 3HTFA 1C69A 188LA 3CDRA 1L27A 129LA 168LA 1DYEA 1L55A 1LI2A 3C8RA 146LA 1QT5A 1CUPA 1L28A 1L12A 195LA 1L37A 4EKPA 2LCBA 2RBRA 3HTBA 2RB0X 222LA 1C6AA 1L39A 1C64A 1G07A 1LI3A 1CV5A 1T8AA 199LA 141LA 113LA 183LA 114LA 4LDEA 1CU2A 2B6TA 1L0KA 3GUKA 2RAYX 1QT3A 1SX7A 1CU5A 1QUHA 1PQMA 4ARMA 2RBQA 1L48A 170LA 1ZWNA 1OVKA 110LA 2A4TA 1L87A 1DYFA 3GUJA 219LA 1L03A 4I7QA 250LA 4AQNA 1G0GA 256LA 3OE0A 4EKQA 1L11A 158LA 3DMZA 138LA 1OVJA 4YXCA 209LA 3FI5A 3QAKA 1WTHA 4EJ4A 1CV4A 151LA 3C7ZA 2IGCA 152LA 215LA 1QT7A 1P2LA 1C6NA 2RBOA 4DJHA 1L76A 1L04A 1L64A 148LE 1L95A 3HUKA 2B75A 2LC9A 4EXMA 1L08A 1L17A 1CV1A 1PQOA 1QTVA 232LA 1C6GA 3HT6A 3CDVA 4LZMA 213LA 1KW7A 3L64A 1L25A 1C62A 1L45A 1LYJA 1OV5A 5LZMA 2HUMA 2OTZX 1L72A 2Q9DA 1L47A 3LZMA 4I7RA 1L69A 1L19A 2OE7X 161LA 139LA 2B7XA 1L82A 201LA 3GUPA 157LA 2RH1A 1LWGA 1L31A 4I7TA 3SBBC 4W59A 1C6QA 1KW5A 1QS5A 1L83A 6LZMA 3SB5A 103LA 1DYBA 3L2XA 1OWZA 1CX7A 1L86A 249LA 1L02A 4DKLA 1SWYA 234LA 1P7SA 2HULA 1L91A 120LA 2NTGA 246LA 1P3NA 1L54A 1CU3A 3SB6A 206LA 1L60A 3NY9A 2RB1X 3D4SA 159LA 1L00A 1P46A 4IAPA 1CV0A 1L0JA 2ANXA 3NY8A 4I7PA 1L77A 1LI6A 1L73A 4W56A 3HH5A 1L33A 1QT6A 3FADA 221LA 1QT4A 118LA 1QTDA 197LA 2Q9EA 2B73A 2RBSA 4ARQA 1KY1A 1LGUA 166LA 190LA 126LA 127LA 262LA 4PJZA 1C6BA 1P2RA 254LA 225LA 4ARMB 1L98A 4LDOA 180LA 4W53A 4OO9A 1L09A 1L97A 240LA 1L85A 4W57A 1LYHA 1L44A 238LA 1NHBA 1LGWA 220LA 1L49A 212LA 1SSWA 1L84A 3HH3A 1L18A 173LA 1CUQA 2B6ZA 1C68A 1T6HA 260LA 2F32A 1C6IA 1KNIA 2RB2X 104LA 3C8QA 1DYAA 1L43A 1C6FA 1L10A 2B74A 3HTDA 4I7LA 160LA 1XJUA 4GRVA 3FA0A 4GBRB 1D9WA 3DNAA 1XEPA 3DN1A 1L65A 2RAZX 1C60A 1QS9A 1L79A 255LA 1L81A 163LA 3RUNA 1D3MA 3PBLA 2O4WA 1JTNA 3HT8A 1L71A 259LA 2ANVA 1LW9A 4K5YA 1T8FA 3HU8A 174LA 241LA 3G3WA 1G0JA 1ZURA 182LA 1QT8A 237LA 3HH6A 4EPFA 1CVKA 1C6JA 3HDFA 4ARJA 1L51A 1EPYA 1CV3A 2F2QA 111LA 3DN6A 1LWKA 2OTYX 3DN2A 231LA 4I7KA 1L56A 4YX7C 1K28A 3C82A 247LA 1D3JA 1L14A 3DN3A 1OYUA 4I7NA 1L13A 3OE8A 192LA 4YXAC 1L92A 1LYGA 2B6YA 1PQKA 112LA 2OEAX 1PQIA 1DYDA 2L78A 3SBAA 1L36A 1C6TA 1G0KA 3DN8A 1T97A 3OE9A 261LA 108LA 137LA 191LA 1C63A 1QUGA 3SB8A 4ARQB 1DYCA 1C61A 1G0PA 1L93A 3F9LA 1CV6A 4W58A 3RZEA 1T8GA 1P36A 3DMXA 175LA 3F8VA 150LA 3C83A 4E97A 3DN0A 3G3VA 1L68A 1L89A 1C67A 1JTMA 185LA 1P56A 3CDOA 3G3XA 1SSYA 1C6DA 3HUAA 4DAJA 1L90A 3K2RA 130LA 1L32A 176LA 1L96A 169LA 2QARC 1L41A 3V2YA 3NYAA 227LA 164LA 1LPYA 3SB9A 1LLHA 109LA 1C6CA 1CU6A 1P5CA 253LA 239LA 3DN4A 1KY0A 1L42A 214LA 205LA 1G1VA 216LA 2OU8A 2LZMA 245LA 1LYFA 1G0QA 1L34A 1L74A 2RBPA 3GUOA 2OU0X 1P37A 1QTBA 1L99A 1G0MA 172LA 3ODUA 4I7SA 3V2WA 1CX6A 1L59A 1D3NA 2OU9A 1L06A 155LA 3HT7A 3C81A 1L15A 2O7AA 1QTCA 140LA 3CDTA 2CUUA 2B6XA 1G0LA 3C7YA 1L26A 1OVHA 142LA 2RBNA 235LA 1L66A 228LA 233LA 1ZYTA 165LA 224LA 3SB7A 3GUIA 171LA 1C6MA 1L80A 1D3FA 1L70A 4S0WA 1L58A 252LA 2B72A 145LA 181LA 1L16A 1QUDA 257LA 248LA 2QB0B 149LA 3PDSA 1D2WA 3UONA 251LA 1C6LA 229LA 3HUQA 1I6SA 200LA 4W55A 1L61A 1PQDA 3CDQA 2HUKA 3C8SA 1L05A 3HH4A 3VW7A 1L52A 4EPIA 102LA 1L75A 1SWZA 162LA 1L21A 217LA 1TLAA 4ARLA 1LGXA 4I7OA 4EKSA 125LA 2O79A 184LA 1SX2A 226LA 3GUNA 236LA 177LA 156LA 189LA 1G1WA 1L57A 4I7MA 7LZMA 1L23A 1XJTA 187LA 1L29A 3GUMA 1DYGA 1P6YA 1KS3A 198LA 223LA 1P64A 144LA 167LA 186LA 2OE9X 243LA 1L30A 1QTZA 4I7JA 1D2YA 1L46A 210LA 4LDLA 1QSBA 218LA 3HWLA 1L63A 1L50A 2NTHA 4PK0A 3C7WA 119LA 122LA 131LA 2B70A 3DKEX 2F47A 1LYIA 1G06A 1QUOA 242LA 3HDEA 2Z6BA 1L67A 4EKRA 1CU0A 196LA 1L20A 1L40A 3HT9A 3HU9A 2OE4X 5I14A 3EMLA 211LA 1C65A 178LA 1LYDA 4ARPA 3SN6R 1OWYA 123LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L41A 3A93A 3K3TA 1L01A 4KXIA 1DQJC 3BKHA 2DQDY 1JQUA 1YKYX 3C80A 4W94A 1YKXX 3JR6A 1MELL 1LZ9A 1OV7A 2BQDA 1IY4A 1RJCB 1QSQA 1L24A 2HEFA 5HMVA 107LA 4LYTA 1GE3A 1IWUA 2H9KA 4N8ZA 4ML7A 1J1OY 3HTGA 1GF7A 1C69A 188LA 4H9AA 1YILA 4J7VA 1L27A 3LYMA 1I20A 4HPIA 1JJ1A 195LA 1L37A 1QDTA 132LA 2RBRA 3HTBA 4II8A 1LMCA 3TXKA 6LYZA 3ZVQA 1LHLA 2G4PA 1IOTA 1HC0A 1LI3A 1LSNA 5II3A 199LA 2ZQ4A 1JKCA 1LZ5A 4LDEA 3GUKA 3W6FA 1AKIA 2ZWBA 3WU9A 4DDBA 1UIHA 4CFOA 2A4TA 1DYFA 219LA 4I7QA 4NFVA 5HNCA 1UIAA 5DL9A 1LZAA 4OOOA 158LA 3DMZA 1OVJA 209LA 1EQEA 5C6IA 4OWHA 3T6UA 2IGCA 2ZNXY 152LA 2HEDA 1C6NA 2LHMA 4G49A 1L95A 1L64A 148LE 4N1CC 1HEOA 4RW1A 1QTVA 4ETEA 4XENA 2I6ZA 1LMAA 3IJVA 4G4CA 1L72A 3LZMA 3TXJA 1YIKA 1JTOL 4NWHA 194LA 3P68A 3CB7A 2YBLA 4J0LA 5LA8A 1WQRA 1LWGA 1L31A 4I7TA 1FLQA 3A6CY 5LXWA 1C6QA 1KW5A 3A6BY 103LA 1DYBA 2BPUA 1B7SA 4WLDA 1CX7A 4LYOA 1E8LA 249LA 1L02A 2HULA 1L91A 1GAYA 1YQVY 1GDWA 1G7HC 3CSRA 4IAPA 6LYTA 1VDPA 2DQHY 3A91A 2BQNA 3ZVQB 2FBDA 4LFPA 3CSZA 3LN2A 1QT4A 1GFKA 4NSHA 1QTDA 2B73A 2MEDA 4ARQA 3W6BA 1LSGA 190LA 3KAMA 1FLWA 127LA 262LA 3A94A 1C6BA 254LA 1UBZA 5HNLA 4YM8A 2BQCA 1F10A 4H91A 1CKDA 5JENB 1JTTL 4GN4A 5LAGA 3RW8A 1B9OA 3WYHA 3N9EA 3AGGG 4G9SA 1IWTA 1L49A 1SSWA 4ETCA 4XJDA 4O34A 1IWZA 1C6IA 1KNIA 5LIOA 1DPWA 1CKGA 1GB8A 1TAYA 1L10A 1UCOA 4WMGA 3HBDA 3WU8A 4GBRB 1D9WA 4NHTA 4NGKA 3D9AC 133LA 4LT0A 3RUNA 4HP0A 3WMKA 1DXJA 1QSAA 5LYMA 2DQAA 3HT8A 4WL7A 2DKVA 1L71A 259LA 1T8FA 3HU8A 2HU3A 4GN5C 1LSEA 1ZURA 1QT8A 1NMMA 3QE8A 3RU5A 4GCCA 1C6JA 3AYQA 4ARJA 1WVUA 2F2QA 4PRQA 1D6PA 3DN6A 5I54A 3C82A 1L14A 3DN3A 3P65A 5F16A 3HBHA 1C08C 192LA 1LYOA 3A3QA 1J1PY 1GB2A 1GF5A 1IP2A 1GBWA 3OE9A 2XJWA 261LA 5F9UA 4ARQB 191LA 3SB8A 2BQHA 1CV6A 4H8ZA 4PGJB 1T8GA 3DMXA 3F8VA 150LA 3C83A 4LT1A 1XEJA 1L89A 4PPOA 1C67A 1GB0A 5IHGA 4HV2A 4HTNA 1C6DA 3HUAA 1IY3A 1LMQA 4DAJA 1EQ4A 2ZNWY 169LA 1LZTA 1L41A 1CKHA 2G4NA 227LA 3IJUA 3AZ4A 1D0MA 154LA 2BLYA 239LA 1W6ZA 7LYZA 1ZV5L 2D4KA 214LA 4CHXA 2WARA 205LA 1G1VA 2OU8A 1LYFA 1T6VL 1HENA 1L34A 2RBPA 1P37A 1BGIA 1BB4A 3ODUA 3WU7A 1GFUA 4HPEA 1BQLY 1CX6A 3W6EA 1IP3A 1OUEA 2Y8PA 3HT7A 1L15A 1QTCA 2CUUA 1GXXA 2W1MA 2B6XA 1GFVA 1GFGA 1GB3A 2PC2A 2RBNA 1C45A 1ZYTA 224LA 1B5UA 171LA 4KT3A 1L80A 1D3FA 1VAUA 4G4HA 1LSAA 4S0WA 1TEWA 2B72A 1L16A 4N9RA 4DD9A 3GXRA 149LA 3UONA 251LA 2Z39A 1WTNA 200LA 4RLMA 4W55A 5I4WA 2HUKA 3P4ZA 5B1FA 3B0KA 1HHLA 4XJFA 4MCKA 1LSYA 1GD6A 102LA 1SWZA 1DZBX 4NGVA 1TLAA 1GWDA 4B49A 3AGIA 1JEFA 5APCA 1LMNA 4IATA 177LA 156LA 1VDQA 4NGIA 1DYGA 1LHJA 1LZNA 223LA 1P64A 1D0KA 2OE9X 4EOFA 1D2YA 4J1AA 1KIRC 218LA 5HQ1A 1L50A 1OUIA 4WLTA 3C7WA 1BB3A 4ETDA 122LA 3WUMA 1QQYA 3LYZA 3CQLA 242LA 4CFPA 1FLYA 1L67A 1HMKA 4WM2A 3AZ7A 1HSXA 2YDGA 3HU9A 1YL0X 211LA 4YOPA 4HJYA 1C65A 4ARPA 2GV0A 2HEEA 1CKFA 5FCPA 2VB1A 258LA 1WTMA 1L88A 5KXTA 1DPXA 4DDCA 1C6PA 1LSZA 1QTHA 3AW6A 9LYZA 3OE6A 2B6WA 115LA 2H5ZA 1GFRA 4W52A 4W54A 1PQJA 1C6HA 244LA 2Z37A 3FI7A 4QY9A 1C66A 1LZ1A 5B05A 1RCMA 1GEVA 3QNGA 129LA 5LVHA 1LI2A 1LHMA 1QT5A 1IR8A 4ANRA 1L12A 5HLLA 3LYTA 3W6AA 5KXNA 4EKPA 2LCBA 1KIQC 2RB0X 222LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4L41 A;  3A93 A;  3K3T A;  1L01 A;  4KXI A;  1DQJ C;  3BKH A;  2DQD Y;  1JQU A;  1YKY X;  3C80 A;  4W94 A;  1YKX X;  3JR6 A;  1MEL L;  1LZ9 A;  1OV7 A;  2BQD A;  1IY4 A;  1RJC B;  1QSQ A;  1L24 A;  2HEF A;  5HMV A;  107L A;  4LYT A;  1GE3 A;  1IWU A;  2H9K A;  4N8Z A;  4ML7 A;  1J1O Y;  3HTG A;  1GF7 A;  1C69 A;  188L A;  4H9A A;  1YIL A;  4J7V A;  1L27 A;  3LYM A;  1I20 A;  4HPI A;  1JJ1 A;  195L A;  1L37 A;  1QDT A;  132L A;  2RBR A;  3HTB A;  4II8 A;  1LMC A;  3TXK A;  6LYZ A;  3ZVQ A;  1LHL A;  2G4P A;  1IOT A;  1HC0 A;  1LI3 A;  1LSN A;  5II3 A;  199L A;  2ZQ4 A;  1JKC A;  1LZ5 A;  4LDE A;  3GUK A;  3W6F A;  1AKI A;  2ZWB A;  3WU9 A;  4DDB A;  1UIH A;  4CFO A;  2A4T A;  1DYF A;  219L A;  4I7Q A;  4NFV A;  5HNC A;  1UIA A;  5DL9 A;  1LZA A;  4OOO A;  158L A;  3DMZ A;  1OVJ A;  209L A;  1EQE A;  5C6I A;  4OWH A;  3T6U A;  2IGC A;  2ZNX Y;  152L A;  2HED A;  1C6N A;  2LHM A;  4G49 A;  1L95 A;  1L64 A;  148L E;  4N1C C;  1HEO A;  4RW1 A;  1QTV A;  4ETE A;  4XEN A;  2I6Z A;  1LMA A;  3IJV A; 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