1L48A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l48A00
3C7ZA 1L36A 3HT7A 3L2XA 1L06A 2OE4X 3C7WA 1L55A 1L08A 1L05A 254LA 1P64A 1D3JA 3HTDA 3DMXA 1JQUA 119LA 2QARC 1C63A 1SSWA 4IAPA 2OU8A 170LA 1C69A 1L66A 261LA 1L93A 3CDVA 1L17A 225LA 1T97A 3C81A 3HUAA 3C8RA 1C6EA 1KY1A 1PQJA 1QS5A 2RB1X 3HUKA 4I7NA 3SB6A 1CU3A 147LA 167LA 1QT5A 1L00A 2L78A 205LA 245LA 3GUKA 4AQNA 187LA 1T8GA 1L53A 233LA 262LA 1KW5A 3GUIA 220LA 1G0PA 1L77A 168LA 120LA 182LA 1L44A 1L88A 1T8AA 4PK0A 200LA 4YXCA 1D9WA 2LZMA 1L14A 1OWYA 1G1VA 253LA 3HT6A 2HUMA 144LA 1DYFA 118LA 2B73A 1L35A 1T6HA 3HU8A 1XJUA 174LA 1P56A 4I7SA 181LA 1L19A 5LZMA 1L30A 6LZMA 4EKSA 2RBRA 1PQMA 1LPYA 234LA 232LA 1L70A 173LA 3F9LA 3HDEA 1L29A 1L0JA 3HH4A 1L48A 1PQIA 1CUPA 1CV0A 1G1WA 1L76A 1L50A 109LA 1L22A 1C61A 1C6DA 1L81A 1CTWA 1D2WA 2B6ZA 3DKEX 1L52A 129LA 241LA 4GBRB 2NTHA 1L13A 2RB0X 2RBSA 3NY8A 215LA 143LA 3C7YA 2OE7X 1G0MA 223LA 1L69A 1LYJA 1QTCA 2B70A 2OTZX 169LA 1L60A 148LE 1L28A 1DYBA 2HUKA 239LA 1L71A 1L97A 3C8SA 1C67A 4OO9A 185LA 1L82A 1P2LA 2F2QA 1L94A 1C6PA 1C6BA 3DMVA 1XEPA 114LA 4EKPA 1C6HA 3C82A 1L18A 258LA 3FA0A 1L95A 2RBPA 4LDOA 1LYGA 1CU6A 152LA 3VW7A 1C68A 1L90A 244LA 166LA 201LA 1L40A 3DN2A 4ARLA 2NTGA 4W57A 1L42A 1TLAA 1OVKA 1L64A 3SBBC 1L26A 1L51A 1C6AA 1PQOA 1QT3A 1C62A 4EKRA 177LA 4DJHA 1ZWNA 242LA 149LA 1L03A 4W53A 1L57A 3L64A 3PBLA 1L34A 161LA 1DYGA 2ANVA 156LA 2O79A 3GULA 3D4SA 1C6FA 103LA 1KY0A 1CV6A 3CDTA 1QTHA 1C6LA 2CUUA 255LA 1CUQA 107LA 213LA 1C6KA 2OTYX 4W56A 240LA 3GUMA 4W52A 1CX6A 1L49A 238LA 1G0QA 1L10A 1L86A 3DN8A 1C6QA 1D2YA 1QTDA 2RAYX 4ARPA 1L58A 3RUNA 1QUHA 3HTGA 3GUOA 157LA 1D3NA 4ARQA 1L73A 172LA 1L04A 249LA 1L92A 1CX7A 1LWGA 247LA 237LA 1L46A 228LA 1QTZA 2HULA 1LW9A 3OE9A 1LYFA 1QSBA 1P5CA 1L85A 192LA 3UONA 4W54A 4W55A 2LCBA 1L39A 260LA 112LA 1L33A 113LA 1QT7A 4PJZA 4ARMA 1CV3A 1L45A 2RAZX 4I7RA 1LGXA 1T8FA 1DYEA 2OE9X 4LZMA 224LA 162LA 126LA 1LYDA 4ARJA 7LZMA 196LA 1L79A 3G3WA 1LI2A 3HT9A 1L72A 1C6JA 3FADA 131LA 1OV7A 159LA 1C6IA 1L99A 1CV4A 1QT4A 102LA 1L09A 4I7JA 139LA 1PQKA 175LA 3K2RA 1L84A 1QTVA 1L47A 3G3VA 1CU0A 3DMZA 1LYEA 1LWKA 1LGWA 214LA 2OEAX 3OE8A 2F32A 184LA 3DN0A 2OU0X 3GUNA 1C64A 231LA 186LA 1L20A 1LLHA 145LA 150LA 1L68A 2RH1A 195LA 3SB9A 1L37A 1QTBA 235LA 163LA 3V2WA 2B6WA 3HH6A 123LA 2RBOA 4GRVA 212LA 191LA 1OWZA 4I7TA 210LA 2Z6BA 4W59A 1L75A 2B72A 1D3MA 3QAKA 2B74A 4W51A 128LA 137LA 1LYHA 178LA 1SX2A 4DAJA 142LA 1SWZA 2RBQA 1L96A 1OVJA 251LA 1JTMA 2F47A 125LA 4W58A 146LA 1L74A 1SSYA 3C8QA 190LA 1SWYA 2B6XA 1C6GA 1L24A 2LC9A 138LA 1L87A 1QSQA 227LA 1L16A 171LA 1L07A 236LA 199LA 1G0LA 1P6YA 1P7SA 1L54A 4YXAC 3SB8A 1QT8A 2RB2X 197LA 1KW7A 4I7MA 4LDEA 3HTFA 4E97A 1G0KA 3OE0A 4YX7C 2Q9EA 3ODUA 1L21A 1LYIA 1DYAA 211LA 2B6TA 3HU9A 1G0GA 1G0JA 1I6SA 1KNIA 246LA 3HTBA 4I7OA 1JTNA 1L41A 3DNAA 122LA 180LA 3CDQA 3F8VA 2ANXA 1D3FA 1ZYTA 1XJTA 4EPIA 1L59A 115LA 1KS3A 3SB5A 188LA 1CVKA 1DYDA 1L43A 1L23A 130LA 243LA 104LA 3G3XA 4S0WA 1L67A 198LA 4EJ4A 3LZMA 1L98A 2QB0B 155LA 3HDFA 1P37A 1L83A 1L31A 1QT6A 226LA 219LA 1P3NA 1LI6A 1OYUA 4EKQA 3HH3A 1L12A 1CV1A 1L25A 1L15A 222LA 209LA 3HH5A 1SX7A 1B6IA 1CV5A 248LA 158LA 1P2RA 1L62A 4EPFA 141LA 1QUOA 140LA 3GUJA 5I14A 1L01A 1OV5A 2O7AA 111LA 3JR6A 3DN4A 2B7XA 1C65A 259LA 1WTHA 110LA 1C6MA 3OE6A 3NY9A 1LI3A 1L11A 3EMLA 2IGCA 3GUPA 3CDRA 1L91A 3HWLA 2O4WA 2B75A 1P46A 1C6CA 1L89A 1L0KA 4LDLA 1EPYA 4DKLA 1QUGA 165LA 2B6YA 183LA 1L65A 3DN3A 3HUQA 250LA 4I7PA 3SBAA 257LA 3SN6R 1OVHA 1K28A 221LA 1L80A 3PDSA 2Q9DA 3C83A 127LA 4EXMA 4ARQB 4ZPUA 3CDOA 108LA 3C80A 4K5YA 1QS9A 4I7LA 1C6TA 160LA 1ZURA 230LA 1CU5A 1L38A 1P36A 1L63A 229LA 4I7KA 164LA 2A4TA 189LA 3DN6A 1C66A 2OU9A 3NYAA 256LA 1C60A 1NHBA 1L32A 1L56A 4ARMB 216LA 1L61A 3RZEA 1L02A 1DYCA 4I7QA 3FI5A 217LA 1PQDA 1CU2A 1G06A 1L27A 3SB7A 2RBNA 1C6NA 176LA 1LGUA 218LA 3DN1A 1G07A 3HT8A 206LA 3V2YA 151LA 252LA 1QUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F6ZA 4PPOA 1L06A 1L55A 1SLYA 1G7HC 3AZ7A 1L05A 4IATA 3DMXA 3W6DA 1C63A 5FCPA 4H8XA 1NMMA 2DQIY 1L66A 1J1PY 261LA 3CDVA 3WW6A 1BWHA 1T97A 3C81A 1B5YA 4ZFPA 3SB6A 1QS5A 1PQJA 3HUKA 1LZ6A 4I7NA 2YBNA 167LA 1KIRC 1L00A 2L78A 205LA 4AQNA 1T8GA 3GUIA 4KT3A 3TMVA 220LA 4H92A 1JTOL 1L88A 1HFZA 1LSEA 1GBWA 1LPIA 3CQLA 5C6LA 2Z38A 4NIJA 3A96A 1G7IC 4O34A 5APFA 1T6HA 174LA 4H9IA 1WVVA 1P56A 1HC0A 181LA 4NGWA 3W6FA 2Z39A 1KIPC 3A67Y 1WTNA 1JHLA 1LPYA 232LA 173LA 1BWJA 1H87A 3F9LA 4EOFA 4OW1A 1LKSA 3RNXA 1L48A 1G1WA 1IY3A 1LZCA 109LA 1C6DA 1B7OA 1FLUA 1YANA 129LA 241LA 1GAZA 2YSSC 2RBSA 143LA 3CT0A 223LA 1L69A 2B70A 5A3EA 4RLNA 2OTZX 5F16A 148LE 5D5CA 1BQLY 2HUKA 4B49A 4N1CC 1UA6Y 1YILA 3WUNA 1L82A 4N9RA 1CNSA 1C6PA 1CKHA 1JTTL 1LCNA 114LA 4EKPA 258LA 4UWNA 5LVKA 4LDOA 1CU6A 152LA 1JJ0A 244LA 201LA 3DN2A 4LT3A 2CWIA 4HV1A 5T3FA 1L26A 1QT3A 1C62A 1Z55A 4WM1A 5LYZA 1CKDA 1L57A 2ANVA 3WVXA 4TX7A 3D4SA 2ZILA 3AJNA 103LA 1QTHA 1REMA 5KXXA 1GBSA 1LHMA 5KXZA 3CT1A 213LA 2OTYX 1OUDA 4W52A 1L49A 1G0QA 1L86A 2CGIA 1SQ2L 4L41A 4WG7A 1B2KA 1GAYA 3RUNA 1GF0A 1UCOA 1IWXA 1L73A 172LA 1L04A 249LA 1OUHA 1HFYA 3A34A 2YBMA 1GB3A 1BB6A 4M6DA 1QTZA 1WQRA 4LFPA 1LW9A 1OUIA 3RZ4A 1LSPA 2CDSA 3P68A 2LCBA 1L33A 2NWDX 9LYZA 4PJZA 4ARMA 1HEWA 1CV3A 3LYZA 2RAZX 3WUMA 1LGXA 1LYZA 3EXDA 5HQ1A 4ARJA 1IWUA 5F9UA 4YEOA 3TXEA 159LA 1BWIA 1GF4A 1C6IA 4NG8A 1CV4A 102LA 3T6UA 139LA 3K3TA 1UBZA 1L84A 1QTVA 1CU0A 1LYEA 1LMAA 1MELL 1GB2A 1IC5Y 5A3ZA 1CJ9A 1HHLA 5AMYA 2OU0X 4HTQA 1YIKA 5IHGA 1GE4A 1QTBA 5E9RA 4AGAA 163LA 4DT3A 2WARA 3A94A 2HEEA 1BB5A 2RBOA 1VAUA 191LA 1HEMA 4FDYA 1GBZA 2BQAA 1QSWA 1LKRA 1B5XA 1IOCA 4QY9A 3QAKA 5I4YA 4ETDA 3TXFA 1SX2A 178LA 4NGIA 1VDSA 2EIZC 4HPIA 1SWZA 2XBRA 3TXIA 2X0AA 251LA 125LA 4W58A 4GN3A 146LA 1L74A 1SSYA 190LA 2B6XA 1C6GA 5B1GA 1L24A 2D4IA 1LJHA 227LA 1L16A 171LA 2MEIA 1YKXX 199LA 1XGPC 3GXRA 193LA 4HJYA 1LMTA 3WPKA 4I8SA 3TMWA 197LA 2D4KA 3LHMA 4LDEA 4PRQA 1UIGA 3A92A 4E97A 1WTMA 1B9OA 1LYIA 4B4EA 1G0GA 2ZWBA 133LA 1JTNA 4ET8A 1G7MC 4RLMA 4WL6A 3P4ZA 188LA 1V7TA 4ZIXA 1DYDA 3A90A 1L43A 243LA 3G3XA 1LJ4A 4EJ4A 2QB0B 2DQHY 4A7DA 1L31A 4G4HA 1UC0A 4J1BA 4H8YA 1LI6A 2YDGA 1BHZA 3AGHA 4OWAA 3HH3A 1CV1A 1H6MA 1B7LA 1SX7A 1CV5A 1UIEA 1YL0X 1LSFA 4GLAA 1ZV5L 4HSFA 5I14A 2YBIA 1GEVA 2O7AA 3QNGA 1C6MA 4AXTA 4GCEA 5II3A 4OWBA 4WO6A 1IP5A 2FYCA 3CDRA 5DM9A 1IP6A 2LYMA 4LDLA 3N9EA 3HBEX 4N8ZA 4DKLA 183LA 1LJGA 4WLXA 3HUQA 250LA 3SBAA 1OVHA 2H9JA 4DDBA 1L80A 2Q9DA 3C83A 1GF8A 135LA 1B5VA 4NSJA 3BKHA 5D5FA 5KXOA 1YROA 2IFFY 4H9FA 2A4TA 256LA 1NHBA 1L32A 2G4NA 1IP7A 4ARMB 1GB6A 1L61A 4RDSA 4XJFA 4I0CA 3FI5A 3QE8A 4ETEA 4B1AA 218LA 1LSCA 6LYZA 132LA 3IWRA 2BQIA 252LA 2BPUA 1LHLA 1IR8A 1L36A 2I6ZA 3L2XA 4LYTA 1LZ5A 2MEDA 2YBJA 1GFKA 3ULRA 3KAMA 4H93A 119LA 2QARC 4IAPA 2OU8A 4LZTA 1C69A 1JJ1A 5LINA 1C6EA 147LA 2ZNWY 1LJJA 3J6KA 4NSHA 5HMVA 2HU1A 4RW1A 1HF4A 1T8AA 4DD0A 4NGZA 1D9WA 1QSAA 1CKFA 2Y8PA 1OWYA 1HMLA 2HUMA 144LA 3LZTA 2AUBA 1C45A 1CKGA 5I53A 3HU8A 1XJUA 4I7SA 2BQNA 1L30A 6LZMA 5LYTA 3W3EA 4EKSA 5DLAA 5B05A 1L70A 1L29A 2EPEA 1PQIA 1CUPA 4W94A 1C46A 1CTWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F6Z A;  4PPO A;  1L06 A;  1L55 A;  1SLY A;  1G7H C;  3AZ7 A;  1L05 A;  4IAT A;  3DMX A;  3W6D A;  1C63 A;  5FCP A;  4H8X A;  1NMM A;  2DQI Y;  1L66 A;  1J1P Y;  261L A;  3CDV A;  3WW6 A;  1BWH A;  1T97 A;  3C81 A;  1B5Y A;  4ZFP A;  3SB6 A;  1QS5 A;  1PQJ A;  3HUK A;  1LZ6 A;  4I7N A;  2YBN A;  167L A;  1KIR C;  1L00 A;  2L78 A;  205L A;  4AQN A;  1T8G A;  3GUI A;  4KT3 A;  3TMV A;  220L A;  4H92 A;  1JTO L;  1L88 A;  1HFZ A;  1LSE A;  1GBW A;  1LPI A;  3CQL A;  5C6L A;  2Z38 A;  4NIJ A;  3A96 A;  1G7I C;  4O34 A;  5APF A;  1T6H A;  174L A;  4H9I A;  1WVV A;  1P56 A;  1HC0 A;  181L A;  4NGW A;  3W6F A;  2Z39 A;  1KIP C;  3A67 Y;  1WTN A;  1JHL A;  1LPY A;  232L A;  173L A;  1BWJ A;  1H87 A;  3F9L A;  4EOF A;  4OW1 A;  1LKS A;  3RNX A;  1L48 A;  1G1W A;  1IY3 A;  1LZC A;  109L A;  1C6D A;  1B7O A;  1FLU A;  1YAN A;  129L A;  241L A;  1GAZ A;  2YSS C;  2RBS A;  143L A;  3CT0 A;  223L A;  1L69 A;  2B70 A;  5A3E A;  4RLN A;  2OTZ X;  5F16 A;  148L E;  5D5C A;  1BQL Y;  2HUK A;  4B49 A;  4N1C C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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