1L51A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l51A00
1D2YA 1G0QA 1L82A 3LZMA 3CDOA 4PJZA 4W57A 1L19A 2OTYX 4W52A 2OU0X 1L63A 3CDTA 211LA 1L29A 226LA 191LA 1C6FA 3SB9A 180LA 249LA 1QSBA 188LA 233LA 246LA 1G0JA 3F9LA 3GUIA 4I7KA 170LA 4OO9A 1C68A 1QTCA 235LA 1L75A 3DMZA 145LA 1CUQA 1C61A 1G0MA 1L87A 186LA 1KW7A 104LA 2IGCA 1L65A 182LA 199LA 1L83A 1OVKA 1CTWA 232LA 262LA 2RAZX 3GUKA 1SX7A 1L07A 3GUOA 1T8GA 255LA 1L27A 1LYGA 2O7AA 206LA 3C7YA 1LGWA 2OE9X 2RBPA 244LA 126LA 2A4TA 1L54A 1L46A 4K5YA 4W54A 1KNIA 1L48A 209LA 2B74A 239LA 237LA 1L56A 4EPFA 3HU9A 156LA 213LA 4I7LA 1L43A 1PQIA 4I7OA 3L2XA 1P3NA 3HT6A 1PQOA 1L74A 3HWLA 1LGUA 1CV0A 2B7XA 1L77A 3DN3A 1L68A 143LA 167LA 4ARQA 120LA 2QARC 4W51A 1C63A 1QT3A 1TLAA 1L12A 165LA 1C6DA 160LA 1XEPA 4EKRA 3C7WA 3V2WA 4EPIA 4I7TA 3HTGA 1I6SA 1D3NA 1CV3A 151LA 1C6TA 1G07A 4EKSA 3PDSA 1DYAA 1SX2A 1L93A 236LA 245LA 259LA 2B6ZA 4ARPA 162LA 1XJUA 1QS9A 1SWZA 1L16A 4GBRB 3DN6A 3GUNA 1P2LA 3K2RA 1L34A 158LA 1C6GA 3D4SA 161LA 1C6CA 6LZMA 3NY9A 3C81A 1P36A 148LE 3G3WA 2LC9A 1L85A 2F47A 1L36A 1G0PA 1L50A 3HUKA 1L47A 1L13A 2HUMA 157LA 189LA 3JR6A 3GUPA 1P2RA 1P64A 171LA 1SSWA 2RBRA 252LA 2OE7X 2OU9A 4ARMB 1C6EA 1L94A 1L08A 1T97A 2B73A 3CDRA 1PQMA 2OEAX 3SBAA 3FI5A 1OV7A 138LA 1C66A 1L37A 1L0KA 2B6TA 3NYAA 3HT8A 4DJHA 1L61A 1CV6A 1NHBA 1C6LA 4I7PA 1L69A 3F8VA 1P56A 159LA 1C69A 1L67A 3DN8A 1QT8A 1DYFA 155LA 3VW7A 3HH4A 1LYIA 147LA 1C65A 1ZURA 217LA 1QT6A 4LDOA 219LA 1ZWNA 150LA 1LWKA 1L04A 183LA 3GULA 1L41A 3HT9A 1LYEA 3G3VA 3RUNA 169LA 114LA 1CV5A 3HT7A 163LA 111LA 227LA 1L21A 3SN6R 1CU2A 1G1VA 1L99A 3HTFA 4I7NA 4AQNA 3DN1A 4IAPA 4PK0A 258LA 1CUPA 1LGXA 1LI3A 3OE6A 1OYUA 3DN4A 115LA 1L88A 1QTVA 3L64A 3QAKA 4I7SA 1QS5A 253LA 1T8FA 251LA 1L35A 1L79A 1C6QA 3DN2A 2NTHA 1L02A 1P5CA 1D3JA 1L52A 2B72A 140LA 1L03A 4I7RA 4DAJA 4GRVA 222LA 113LA 103LA 1QUDA 1PQJA 2Q9DA 220LA 1L38A 3V2YA 177LA 1C6JA 1L15A 1G06A 197LA 257LA 256LA 3HTDA 3SB7A 2B70A 1CV1A 1G0KA 1C6MA 1L20A 152LA 1L57A 1LPYA 1DYBA 1LYHA 2ANXA 1L89A 2RB2X 4S0WA 4W58A 1C6AA 1L32A 1L06A 4ARMA 1LYDA 1L95A 1L33A 214LA 2RBQA 243LA 3DN0A 1L96A 241LA 1CX7A 1CV4A 112LA 2HUKA 1L64A 1LYFA 1PQDA 1C6PA 3HUAA 1PQKA 1LI2A 4YX7C 1L42A 1T6HA 4I7JA 1QTHA 3SBBC 1DYGA 3SB5A 1ZYTA 223LA 1L84A 1KY1A 1L17A 3C8SA 200LA 1B6IA 108LA 1C6NA 1L73A 192LA 1L30A 2F2QA 1QTBA 1QUHA 2B6XA 1G0GA 1L92A 2QB0B 3DMXA 3C8QA 102LA 3OE8A 198LA 4I7QA 3HU8A 1OVHA 1L00A 1G0LA 2NTGA 1DYCA 1L45A 4YXAC 109LA 1P37A 1WTHA 3HTBA 1C62A 1KS3A 242LA 3GUMA 119LA 175LA 176LA 184LA 2RBSA 3FA0A 172LA 201LA 3PBLA 2LCBA 3CDVA 3DNAA 3C7ZA 240LA 1C67A 168LA 1OVJA 231LA 2RAYX 1KY0A 190LA 3HDFA 2RBOA 2L78A 1D2WA 1L40A 1L18A 1C6HA 1L49A 4EKQA 1CVKA 2F32A 1JTMA 1OWZA 1QT4A 1C60A 3SB8A 1DYEA 181LA 1L24A 212LA 195LA 1L51A 1C6KA 1QSQA 2OE4X 1L31A 5I14A 4I7MA 2ANVA 1L91A 1XJTA 1L44A 224LA 1L81A 4W56A 1T8AA 1P6YA 1CU5A 1CX6A 1CU0A 3NY8A 3C8RA 2O4WA 196LA 3DMVA 129LA 247LA 1C64A 178LA 4E97A 205LA 2B6YA 260LA 1P7SA 2CUUA 2RBNA 4LDEA 1L71A 107LA 122LA 1KW5A 1SWYA 221LA 2Z6BA 7LZMA 1L28A 1QUOA 1LW9A 228LA 3HH3A 2HULA 4LZMA 4ARJA 1LYJA 2LZMA 1LI6A 3HH6A 1D3FA 1SSYA 1L97A 1L14A 3FADA 1L58A 1L10A 1L01A 1LLHA 1OV5A 1L39A 1L59A 1L25A 3OE0A 173LA 1DYDA 125LA 3HUQA 141LA 2RH1A 1L09A 187LA 1L26A 2RB1X 4LDLA 3GUJA 149LA 1D9WA 131LA 1EPYA 4EXMA 1QT5A 1L72A 3UONA 137LA 1L53A 164LA 123LA 3RZEA 1JQUA 166LA 1QT7A 1L55A 1QUGA 1L86A 1CU3A 1G1WA 3SB6A 139LA 250LA 3CDQA 2O79A 261LA 174LA 2RB0X 248LA 110LA 1L23A 1D3MA 1L22A 1CU6A 144LA 230LA 185LA 1C6BA 4DKLA 3EMLA 1L76A 254LA 3C82A 1K28A 1QTZA 3HDEA 3G3XA 2B6WA 4ARLA 210LA 130LA 5LZMA 127LA 1C6IA 4ARQB 128LA 2OTZX 3DKEX 1L62A 1L0JA 1L11A 1OWYA 2B75A 1L80A 225LA 1L98A 146LA 1L05A 3HH5A 1L90A 238LA 3ODUA 215LA 3C83A 4W55A 2OU8A 2Q9EA 4EKPA 142LA 216LA 218LA 1P46A 3OE9A 4EJ4A 1L70A 229LA 4ZPUA 118LA 4YXCA 1JTNA 1L60A 234LA 4W59A 1L66A 3C80A 1QTDA 1LWGA 4W53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNLA 1L82A 4LT1A 1LMPA 2X0AA 4NY5A 3CDOA 4PJZA 2Z12A 1A2YC 4XADA 180LA 4N1EI 3ZVQB 1JIYA 1LMCA 5M1YA 1KXXA 3AZ5A 1L75A 145LA 1GBZA 1CUQA 1L87A 186LA 1KW7A 4H94A 104LA 1BB5A 3WU9A 199LA 262LA 3GUOA 1GE2A 1LYGA 1HEMA 206LA 3C7YA 5KXZA 4BAFA 1NHEA 4W54A 4ANRA 1GFTA 1VDSA 3WXUA 1LSDA 209LA 2B74A 1L56A 4R6CA 1JUGA 4HJYA 1INUA 4I7LA 1HERA 1L43A 2BLXA 1PQIA 4I7OA 1A4VA 1P3NA 1PQOA 3HWLA 3DN3A 1GFHA 143LA 167LA 4ARQA 2QARC 1UIHA 1LJNA 4B1AA 1L12A 165LA 1AZFA 1LJEA 1LZBA 1NKHA 2H9JA 1CKFA 1I6SA 2ZNXY 1CV3A 4WM6A 3B0IA 5FSTA 5APDA 5C6LA 4H90A 1B5ZA 1DYAA 1SX2A 1L93A 3LN2A 5KXKA 1JPOA 2NWDX 4Z98A 3VWOA 1FBIX 1NF5A 4ETBA 1ZMYL 1SWZA 4UWVA 1GB3A 4IATA 158LA 2XTHA 3A6CY 3D4SA 1C6CA 1LJ4A 5LIOA 6LZMA 2LZTA 3BKVA 3C81A 148LE 1WQPA 2HEEA 3G3WA 1L36A 1L47A 1L13A 1B7MA 3KAMA 1LSCA 1W08A 4PRQA 1GFGA 1P2RA 1CJ6A 5DN4A 2OU9A 2MEAA 4ARMB 2B73A 4NEBA 1PQMA 2OEAX 4LYTA 4C5FA 2W1YA 1JKDA 3W6BA 4DJHA 3A96A 1C6LA 3F8VA 1SLYA 159LA 3P65A 1BHZA 3VW7A 2YVBA 3LZTA 2BAAA 1LJJA 1LWKA 1VDTA 1JWRA 2DQFC 1REMA 5I4YA 3RUNA 114LA 1XGTC 3WU7A 1NBZC 1NMMA 2YBMA 1CU2A 4L41A 4I7NA 1RE2A 4PK0A 2Z19A 1GDWA 1CUPA 3FE0A 1LGXA 1UIBA 3DN4A 1QS5A 2CDSA 1DPWA 1L79A 1C6QA 1HSXA 1IP1A 1E8LA 2LHMA 1L03A 1WTMA 154LA 257LA 1LHLA 1YKYX 1L20A 1TBYA 4KXIA 4UWNA 1LPYA 1YL0X 1HC0A 1GF8A 2ANXA 3TXEA 4CGEA 1GF7A 2DQGY 3HBDA 3P4ZA 1HEOA 4DD0A 1L95A 1L33A 3MGWA 2D4KA 3DN0A 4NSGA 1HHLA 4LT2A 1NQIA 1OUAA 1GF0A 4LYMA 1UCOA 1HMKA 1LZ1A 2HUKA 5T3FA 1L64A 1LYFA 1LOZA 4DYGA 3HUAA 5II3A 1LHHA 3P68A 4WOAA 1QTHA 3HBHA 3TMVA 1ZYTA 4DQ7A 223LA 2YBJA 1KY1A 1L17A 5EBHA 108LA 1TDYA 5E4PA 3EMSA 4D9ZA 1G0GA 1L92A 4DDAA 4LFPA 102LA 3AYQA 4KL7A 1G0LA 2NTGA 1DYCA 2Z2FA 1L45A 3CSQA 109LA 2Q0MX 4WLDA 2YSSC 3RW8A 1GFEA 2G4QA 242LA 176LA 3SP3A 2RBSA 172LA 3AZ6A 1GF4A 1RJCB 5HMJA 2DKVA 4ML7A 4H8ZA 1YKXX 1C67A 231LA 1ZVHL 2BLYA 3HDFA 3WUNA 4WL7A 3A92A 1LPIA 4EKQA 4LYOA 4FJRA 3SB8A 1QT4A 4WM3A 6LYZA 1L24A 195LA 2N5ZA 4W96A 3LYMA 1BVKC 2ANVA 2YBIA 2DQCY 224LA 5I53A 1B7OA 2BQMA 1P6YA 3NY8A 4H9CA 3LYZA 1LSMA 2B6YA 4H9FA 4NG1A 1P2CC 4LDEA 3W6DA 5KXOA 1L71A 3IWRA 1KW5A 221LA 1QUOA 1GAZA 2HULA 4LZMA 4DD9A 3A3RX 2LZMA 4HPEA 3HH6A 1D3FA 5B05A 5I54A 6LYTA 4U3XB 1L39A 3OE0A 1HSWA 4AGAA 1IP2A 125LA 4FDYA 2BQCA 2H9KA 1D6QA 187LA 4TWSA 4LDLA 3TXBA 4GCBA 5LVJA 1IOQA 3TXFA 4EXMA 4G4BA 1GHLA 1L55A 1L86A 139LA 4B4IA 1CJ7A 3A91A 1L22A 1D3MA 1YL1X 5KY1A 144LA 3WW6A 4DKLA 1K28A 1QTZA 1B7QA 1LZGA 3G3XA 4YOPA 2VB1A 1LYZA 2Z37A 2EPEA 5LZMA 1C6IA 1GE4A 1D0KA 4ARQB 128LA 1LHKA 1LYYA 1LJIA 5B59A 1L11A 1PZYA 1L80A 3HH5A 3ODUA 1DQJC 215LA 3C83A 7LYZA 1WQNA 2OU8A 1LSBA 142LA 2XBRA 153LA 5A3ZA 2ZIJA 1EQ5A 1UUZC 5LA5A 4NHIA 4RLNA 2W1XA 4DD7A 1RI8B 229LA 5L3IA 1IOSA 234LA 4H9AA 3RU5A 1LZDA 3EMLA 1B0DA 4W53A 1QIOA 3LZMA 1FKVA 4W52A 2OU0X 3IJUA 2D91A 1XEJA 211LA 191LA 1QSBA 3F9LA 4I7KA 3WH1A 1XGUC 1QTCA 4ET9A 1IEEA 4Z41A 1XGQC 1IY3A 4HJVA 3WVYA 1LHMA 2IGCA 1L83A 4NG8A 134LA 1CTWA 232LA 1SX7A 1L07A 1L27A 5KXSA 4BADA 2O7AA 1GE1A 2OE9X 2RBPA 1L46A 1KNIA 3AZ7A 1L48A 4NWEA 1WQOA 1TEWA 4W94A 3HU9A 156LA 1J1PY 1GF5A 5B1GA 1IP3A 1V7TA 3TMUA 1L77A 1L68A 1UIFA 5KXNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HNL A;  1L82 A;  4LT1 A;  1LMP A;  2X0A A;  4NY5 A;  3CDO A;  4PJZ A;  2Z12 A;  1A2Y C;  4XAD A;  180L A;  4N1E I;  3ZVQ B;  1JIY A;  1LMC A;  5M1Y A;  1KXX A;  3AZ5 A;  1L75 A;  145L A;  1GBZ A;  1CUQ A;  1L87 A;  186L A;  1KW7 A;  4H94 A;  104L A;  1BB5 A;  3WU9 A;  199L A;  262L A;  3GUO A;  1GE2 A;  1LYG A;  1HEM A;  206L A;  3C7Y A;  5KXZ A;  4BAF A;  1NHE A;  4W54 A;  4ANR A;  1GFT A;  1VDS A;  3WXU A;  1LSD A;  209L A;  2B74 A;  1L56 A;  4R6C A;  1JUG A;  4HJY A;  1INU A;  4I7L A;  1HER A;  1L43 A;  2BLX A;  1PQI A;  4I7O A;  1A4V A;  1P3N A;  1PQO A;  3HWL A;  3DN3 A;  1GFH A;  143L A;  167L A;  4ARQ A;  2QAR C;  1UIH A;  1LJN A;  4B1A A;  1L12 A;  165L A;  1AZF A;  1LJE A;  1LZB A;  1NKH A;  2H9J A;  1CKF A;  1I6S A;  2ZNX Y;  1CV3 A;  4WM6 A;  3B0I A;  5FST A;  5APD A;  5C6L A;  4H90 A;  1B5Z A;  1DYA A;  1SX2 A;  1L93 A;  3LN2 A;  5KXK A;  1JPO A;  2NWD X;  4Z98 A;  3VWO A;  1FBI X;  1NF5 A;  4ETB A;  1ZMY L;  1SWZ A;  4UWV A;  1GB3 A;  4IAT A;  158L A;  2XTH A;  3A6C Y;  3D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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