1L52A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l52A00
219LA 195LA 236LA 2OTYX 225LA 1L87A 1L45A 1TLAA 3V2WA 3SB8A 152LA 1QT8A 222LA 1CU2A 2OTZX 1QT5A 2ANXA 245LA 1G0KA 162LA 199LA 1L85A 3GUOA 137LA 1CUPA 1OV7A 3C7WA 1C6CA 1G06A 1L00A 1L98A 2IGCA 1L54A 1QUGA 3SB6A 2O79A 167LA 1C6JA 188LA 1L22A 1L25A 224LA 4IAPA 1L71A 1LGWA 3CDQA 1L68A 3C83A 1XJTA 256LA 4LDEA 1L0JA 2B6YA 1QSBA 1C6GA 1G0MA 125LA 4W53A 3PBLA 1L79A 3HT9A 3OE8A 1ZWNA 190LA 232LA 1P2LA 2NTHA 1L69A 4ARMA 1LYDA 4AQNA 174LA 3SB5A 1PQKA 3UONA 180LA 1DYGA 1KNIA 3OE9A 1XJUA 119LA 4I7RA 172LA 1L61A 1G0QA 122LA 1C61A 170LA 3C81A 3HT8A 113LA 4I7SA 1L44A 1L67A 1L21A 257LA 1L10A 258LA 1L75A 102LA 3HT6A 1CU0A 2B6WA 2B70A 1CX6A 3CDOA 148LE 129LA 1L96A 1QS9A 1OVHA 2QARC 1KY0A 166LA 1C6BA 175LA 108LA 3K2RA 1PQOA 4ARPA 1L38A 1L36A 238LA 4I7MA 1L18A 178LA 1G07A 1L15A 1T97A 3DMZA 1C67A 249LA 123LA 141LA 1QT3A 1L28A 1L97A 110LA 147LA 1DYFA 3C7YA 4LDLA 3HTFA 3EMLA 1L39A 1LYHA 217LA 1G0LA 138LA 4ARLA 3G3XA 6LZMA 163LA 183LA 262LA 3HH4A 4ARJA 235LA 4W57A 1OWZA 1WTHA 1QT4A 1D9WA 246LA 2RB0X 241LA 1EPYA 227LA 3QAKA 3FI5A 205LA 1C6TA 3HU9A 1KW7A 3SB7A 4I7OA 1B6IA 1PQIA 1LPYA 1L91A 127LA 4YXCA 1L93A 3CDTA 200LA 1KW5A 1LYFA 254LA 4ARQB 1QUHA 3L2XA 1L07A 4W55A 1SX7A 1SSWA 1L89A 3HTBA 1L47A 2RBRA 1CU5A 1JQUA 3PDSA 1L66A 1DYDA 1D2WA 1L57A 2RB1X 3CDRA 2OE4X 1QSQA 3C7ZA 1C66A 107LA 1CVKA 4I7JA 1G0PA 5LZMA 1P36A 115LA 1OYUA 1C62A 4E97A 182LA 1L11A 2RH1A 3DN6A 228LA 4K5YA 4EPIA 1P5CA 1L13A 2HULA 120LA 1D3MA 1L58A 2B74A 3GUKA 1P46A 1L01A 4EKPA 2B73A 2RB2X 1L14A 1L09A 3DMXA 3DN8A 1L37A 2LC9A 3GUPA 1DYBA 1C6AA 3GUIA 126LA 1L64A 4GBRB 240LA 1OV5A 1C6IA 1L20A 1KY1A 1L35A 234LA 243LA 191LA 3NYAA 128LA 1SX2A 2B6TA 1L23A 192LA 1L46A 4LZMA 149LA 1L74A 143LA 248LA 1OVKA 3OE6A 1G0JA 255LA 1L31A 2QB0B 1D3NA 2RBSA 213LA 1L73A 1QTHA 159LA 3GUMA 2F32A 3LZMA 250LA 230LA 242LA 252LA 1CUQA 3HUKA 2OEAX 4EKRA 1L60A 1LI2A 233LA 2O4WA 4I7TA 1P3NA 4YXAC 206LA 1P64A 187LA 1CV4A 237LA 4W56A 130LA 3CDVA 2RBPA 118LA 1SSYA 229LA 1P7SA 1C6PA 1T6HA 1CV1A 1L59A 112LA 3DNAA 1T8AA 1L88A 1CV3A 176LA 1L50A 3HH5A 155LA 1C6HA 1CV5A 4PK0A 2B6XA 164LA 3HH3A 1L41A 4EXMA 1QUDA 2F47A 2L78A 3DKEX 3ODUA 4YX7C 1C6LA 4DAJA 1L32A 4I7PA 186LA 239LA 1LYGA 1OWYA 2B7XA 196LA 160LA 1L95A 168LA 216LA 1C68A 1QS5A 1D3JA 2A4TA 1SWZA 1L81A 4OO9A 5I14A 1L04A 1QT7A 4ARQA 4S0WA 1L70A 3HTGA 1L24A 1C6KA 3JR6A 1P56A 2RBOA 1L40A 3HU8A 3V2YA 1C6MA 1T8GA 181LA 3GULA 1L05A 3L64A 4EKSA 3G3WA 104LA 3RUNA 131LA 1QUOA 185LA 1G0GA 1QTVA 1DYAA 1CV6A 1L86A 1CTWA 221LA 109LA 1C69A 146LA 3DMVA 231LA 1L26A 1L63A 4PJZA 171LA 2LCBA 3HDEA 189LA 223LA 161LA 1PQJA 1ZURA 1P37A 218LA 1JTMA 3NY8A 1D3FA 4W59A 4LDOA 177LA 1L0KA 3GUNA 1NHBA 4EPFA 1L76A 1L06A 1OVJA 139LA 1C65A 1QTBA 1L92A 1L99A 2RAZX 3C8SA 3GUJA 1L94A 1LWGA 2OU8A 3C80A 2B6ZA 3SN6R 1L55A 210LA 1DYEA 3HDFA 1L51A 2OU9A 1L08A 1QTZA 1P6YA 3C82A 4DKLA 197LA 1PQMA 3F9LA 1SWYA 3DN2A 1L34A 1L27A 220LA 3DN4A 3NY9A 3G3VA 1L62A 1C64A 3FA0A 4I7LA 198LA 1L53A 2Z6BA 4W51A 3HWLA 150LA 2HUMA 3RZEA 169LA 1QTCA 3OE0A 1C6FA 3HH6A 144LA 1CV0A 1LW9A 244LA 4W52A 1C6QA 1L80A 1C60A 1LWKA 2OE9X 260LA 111LA 2F2QA 3DN0A 1L49A 1LYEA 1CX7A 3F8VA 1P2RA 1K28A 4I7QA 114LA 2Q9DA 2NTGA 4ZPUA 4I7KA 211LA 1L03A 1LYIA 1G1VA 7LZMA 1L16A 3SBBC 1D2YA 3SB9A 165LA 1L33A 3HTDA 1L12A 1L77A 1L48A 3FADA 145LA 3DN3A 1LYJA 247LA 1L84A 1LGUA 3DN1A 3HUQA 1L72A 1L30A 1L29A 1L65A 4W54A 2HUKA 4W58A 261LA 103LA 1T8FA 2CUUA 215LA 251LA 212LA 1L17A 1L52A 4ARMB 1L56A 1C6EA 1C63A 1KS3A 158LA 1L43A 1L83A 157LA 209LA 201LA 3HT7A 2RBNA 4DJHA 259LA 2O7AA 3HUAA 4GRVA 1C6DA 156LA 1I6SA 1DYCA 3SBAA 1C6NA 2RBQA 1G1WA 1CU6A 1L19A 1CU3A 4EKQA 1ZYTA 1L82A 226LA 2B75A 4I7NA 1LLHA 3VW7A 151LA 2B72A 2Q9EA 142LA 3D4SA 1QTDA 214LA 1LI6A 2LZMA 1JTNA 3C8QA 1L90A 1XEPA 2OE7X 1QT6A 2ANVA 1PQDA 1LI3A 140LA 4EJ4A 2RAYX 1L42A 173LA 3C8RA 1L02A 184LA 1LGXA 253LA 2OU0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXTA 219LA 1L87A 4GCDA 1GFKA 2BLXA 3WUMA 1TLAA 4H9EA 1C10A 3ZVQB 1QT5A 4N8ZA 4H9HA 1GFUA 5LYZA 2ZILA 4WM4A 4WL6A 4DYGA 199LA 4WO6A 2IFFY 4H92A 5ILFA 1G06A 1L98A 3K3TA 1KIPC 1YQVY 2O79A 2LZ2A 188LA 3TXKA 1L25A 224LA 1XEJA 4D9ZA 1BWHA 2Z2FA 1XJTA 256LA 1IORA 4LDEA 2XTHA 2B6YA 4BAFA 4W53A 1HSXA 1L79A 4LFPA 1ZWNA 2DQGY 1L69A 1LYDA 1BWJA 3CT1A 3SB5A 1PQKA 180LA 1HC0A 1KNIA 3OE9A 3WVYA 4I7RA 1I20A 1YKXX 172LA 4TWSA 3C81A 1Z55A 3HT8A 113LA 1GFHA 4I7SA 1XGPC 4GN4A 4HV2A 3AW7A 2F30A 1L10A 1L75A 1IWXA 5KXKA 2B6WA 3CDOA 148LE 4H8ZA 3WU9A 129LA 1OVHA 2QARC 1KY0A 5FELA 1C6BA 3FI7A 175LA 5KKIA 108LA 1PQOA 1KXWA 1CKHA 5FSTA 1L36A 4XENA 1GF5A 4DT3A 1JHLA 1L15A 1T97A 2B5ZA 3ATNA 3BKHA 1QT3A 4UWUA 4XJDA 4WM3A 2DQAA 1L28A 1UIGA 1L97A 1LZYA 1NBZC 1LSCA 110LA 3CSZA 1GB6A 5HMVA 3A3QA 4UWVA 4BAPA 3ULRA 4H8XA 235LA 4H90A 1HFYA 1TBYA 1LPIA 1GB8A 241LA 227LA 205LA 3SB7A 4I7OA 1PQIA 1L91A 1IR7A 1L93A 3CDTA 4ARQB 3L2XA 5I53A 4CGEA 1JUGA 1SX7A 1H87A 4GCCA 3HTBA 4R6CA 2RBRA 3CT0A 2ZQ3A 1D2WA 2OE4X 1QSQA 5AMYA 1C66A 1EQEA 3WULA 4L41A 1G0PA 5LZMA 1B7RA 115LA 1C7PA 5F81A 4E97A 4EPIA 4HTNA 1I56A 1GEVA 120LA 1D3MA 1HELA 1JKBA 4WG7A 1BQLY 4QGZA 5HQ1A 1C6AA 1F0WA 1UCOA 1L64A 4CJ2A 1OV5A 1C6IA 192LA 149LA 1L74A 2QB0B 1P2CC 1D3NA 1L73A 1IIZA 1QTHA 2YBLA 4H94A 159LA 1GPQC 250LA 230LA 1LZEA 242LA 1L60A 4LYTA 3TXDA 4WG1A 206LA 187LA 1C08C 1LAAA 1EQ4A 4LYZA 2RBPA 118LA 1SSYA 1YKZX 1CKCA 1C6PA 3P68A 1CV1A 5I4XA 112LA 2N5ZA 1OUHA 2XBRA 4ETBA 4NHIA 4NHTA 1AM7A 3A96A 4J0LA 1E8LA 2L78A 3DKEX 4YX7C 3M3UA 1L32A 2HUBA 1LMOA 1LYOA 4DD9A 4LT1A 2G4NA 1IY4A 1GFRA 3A6BY 1LCNA 1JWRA 4OO9A 1B7PA 1LSZA 1L70A 1OUFA 2D4KA 3JR6A 1UICA 4WLYA 4TX7A 1T8GA 4X3BA 135LA 1L05A 3L64A 3G3WA 104LA 1LJNA 1RE2A 4DDAA 1O23A 1IWZA 2ZYCA 133LA 1LSNA 2BAAA 1CV6A 4EOFA 1IWYA 1D6PA 1UUZC 5APFA 1YROA 1CTWA 4NSIA 231LA 4HPEA 2HU1A 1NKHA 1LYZA 223LA 1GF0A 1ZURA 3EMSA 1P37A 3W6DA 4WM6A 1BB4A 3B0KA 1L0KA 4EPFA 1VEDA 1OVJA 4NSGA 1KIQC 1L92A 5E9RA 2RAZX 4DC4A 4QEQA 4N0JA 1IOSA 2OU8A 1RFPA 2B6ZA 3TMUA 1WQQA 1OUCA 2Z39A 2WARA 1L55A 1G7JC 1L08A 1QTZA 1P6YA 3C82A 4DKLA 5DLAA 3F9LA 1SWYA 1CNSA 4NGYA 3J4GA 1C64A 1WVUA 4I7LA 1LMPA 1L53A 1GBXA 1GF8A 4B4EA 1QTCA 5D5CA 1C6FA 1QTEA 1OUJA 1G7IC 1D9UA 2MEGA 3CT5A 1C6QA 5A3ZA 1LWKA 2EQLA 2I25L 111LA 1LYEA 1K28A 4C3WA 1CKFA 1LHLA 211LA 2LZTA 2DBTA 5C6IA 3SB9A 1LZCA 1UIFA 3HTDA 4OWHA 3P64A 1OUDA 1IP4A 3DN3A 3WVXA 3GXKA 4AXTA 5LYMA 1T8FA 4I0CA 1QUTA 5FCPA 1CKGA 1L83A 201LA 2RBNA 2BQGA 1VDTA 1REZA 3LYOA 4GRVA 3N9EA 1ZVYB 4RW1A 156LA 3SBAA 3AGIA 1ALCA 4ET9A 1ZYTA 5F16A 4U3XB 5F9UA 4PJ2C 5JENB 2Q9EA 1QTDA 5KXXA 1LI6A 3T36A 4AGAA 1TAYA 4J7VA 2ZNWY 4QDNA 1L90A 2OE7X 2DQCY 2Z18A 3J6KA 2EKSC 1XFPL 2CGIA 253LA 4NY5A 1L45A 1QT8A 222LA 4R0FA 1LSMA 1CU2A 1GF4A 4IATA 3AB6A 1VATA 2ANXA 245LA 3B6LA 1GDWA 1G0KA 3GUOA 137LA 3C7WA 1C6CA 1GB3A 1L00A 1CKDA 1LZ9A 3SB6A 5B06A 4TSCA 1GE3A 1L71A 4M4OA 3CDQA 1L68A 1B5VA 1L0JA 1C6GA 1HEMA 3OE8A 3W6EA 1P2LA 2NTHA 4WL7A 4ARMA 174LA 1ZMYL 207LA 1GB9A 1YL1X 1XJUA 1L61A 122LA 1QUSA 2BQDA 4PRQA 4NGVA 1L44A 1L21A 3HT6A 4NGOA 3W6BA 1LSGA 3W6CA 1QS9A 3K2RA 4XJHA 1L38A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 157L A;  209L A;  201L A;  3HT7 A;  2RBN A;  4DJH A;  259L A;  2O7A A;  3HUA A;  4GRV A;  1C6D A;  156L A;  1I6S A;  1DYC A;  3SBA A;  1C6N A;  2RBQ A;  1G1W A;  1CU6 A;  1L19 A;  1CU3 A;  4EKQ A;  1ZYT A;  1L82 A;  226L A;  2B75 A;  4I7N A;  1LLH A;  3VW7 A;  151L A;  2B72 A;  2Q9E A;  142L A;  3D4S A;  1QTD A;  214L A;  1LI6 A;  2LZM A;  1JTN A;  3C8Q A;  1L90 A;  1XEP A;  2OE7 X;  1QT6 A;  2ANV A;  1PQD A;  1LI3 A;  140L A;  4EJ4 A;  2RAY X;  1L42 A;  173L A;  3C8R A;  1L02 A;  184L A;  1LGX A;  253L A;  2OU0 X; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXT A;  219L A;  1L87 A;  4GCD A;  1GFK A;  2BLX A;  3WUM A;  1TLA A;  4H9E A;  1C10 A;  3ZVQ B;  1QT5 A;  4N8Z A;  4H9H A;  1GFU A;  5LYZ A;  2ZIL A;  4WM4 A;  4WL6 A;  4DYG A;  199L A;  4WO6 A;  2IFF Y;  4H92 A;  5ILF A;  1G06 A;  1L98 A;  3K3T A;  1KIP C;  1YQV Y;  2O79 A;  2LZ2 A;  188L A;  3TXK A;  1L25 A;  224L A;  1XEJ A;  4D9Z A;  1BWH A;  2Z2F A;  1XJT A;  256L A;  1IOR A;  4LDE A;  2XTH A;  2B6Y A;  4BAF A;  4W53 A;  1HSX A;  1L79 A;  4LFP A;  1ZWN A;  2DQG Y;  1L69 A;  1LYD A;  1BWJ A;  3CT1 A;  3SB5 A;  1PQK A;  180L A;  1HC0 A;  1KNI A;  3OE9 A;  3WVY A;  4I7R A;  1I20 A;  1YKX X;  172L A;  4TWS A;  3C81 A;  1Z55 A;  3HT8 A;  113L A;  1GFH A;  4I7S A;  1XGP C;  4GN4 A;  4HV2 A;  3AW7 A;  2F30 A;  1L10 A;  1L75 A;  1IWX A;  5KXK A;  2B6W A;  3CDO A;  148L E;  4H8Z A;  3WU9 A;  129L A;  1OVH A;  2QAR C;  1KY0 A;  5FEL A;  1C6B A;  3FI7 A;  175L A;  5KKI A;  108L A;  1PQO A;  1KXW A;  1CKH A;  5FST A;  1L36 A;  4XEN A;  1GF5 A;  4DT3 A;  1JHL A;  1L15 A;  1T97 A;  2B5Z A;  3ATN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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