1L53A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l53A00
1L99A 1L38A 3SN6R 1T8AA 1C69A 1SX7A 4OO9A 2O79A 3HDEA 3HH5A 1L61A 1SWZA 1D3FA 3LZMA 1L51A 225LA 3UONA 1P56A 1C6GA 3C7ZA 1P36A 3G3XA 2IGCA 256LA 129LA 1L0KA 142LA 1QT4A 3RZEA 157LA 158LA 261LA 3C8SA 1L91A 1QTVA 231LA 4EJ4A 3SB8A 4I7SA 1LI3A 1L62A 4I7MA 3HH3A 4I7PA 219LA 1D3MA 1L75A 2OEAX 1C6EA 1L28A 3HTBA 2Q9DA 2RBQA 1C62A 1XEPA 1C68A 1P2RA 228LA 206LA 3F9LA 3D4SA 3CDOA 4ARPA 1KS3A 1L69A 4I7QA 1L42A 257LA 4YXAC 3HTGA 1L34A 197LA 1LYEA 1L15A 1L89A 103LA 4ZPUA 2HULA 1OV5A 1LYGA 3HH6A 137LA 123LA 4W55A 190LA 4I7RA 2RH1A 1L01A 1LI2A 2A4TA 1L39A 3C83A 183LA 4W51A 2ANXA 1L35A 165LA 201LA 215LA 3GUOA 1L85A 248LA 1PQIA 1SWYA 114LA 1XJUA 2HUKA 1L43A 1C6PA 2CUUA 1OWYA 1L23A 107LA 1CUPA 2F47A 1QUGA 1KY1A 155LA 1L84A 118LA 3L64A 243LA 3GUIA 1G0MA 1L82A 186LA 180LA 4K5YA 1D2YA 259LA 3C8QA 2B6XA 1L12A 122LA 2B70A 250LA 1LGXA 1L21A 2QB0B 3DN6A 1P37A 167LA 1L11A 1ZURA 199LA 1L47A 1L50A 1L58A 235LA 3DKEX 3G3VA 3HTDA 164LA 3RUNA 182LA 4ARMA 4ARQA 4LDLA 3NYAA 1G0JA 1PQKA 4EKPA 213LA 130LA 1CU0A 1QUOA 3HT9A 3DN2A 3GUNA 113LA 1DYCA 1L76A 2B6TA 1C65A 3DN8A 1C67A 161LA 144LA 1C6DA 1L00A 2B74A 1QT6A 171LA 3GUPA 175LA 1L36A 4I7LA 3PDSA 1L49A 1C64A 140LA 1CX6A 1L48A 1LYDA 3SB9A 1QTDA 1CTWA 2B6WA 1C6BA 223LA 148LE 1L98A 234LA 170LA 1JTMA 1L63A 1L07A 1P3NA 156LA 187LA 4ARLA 262LA 1L57A 2OTYX 4W52A 176LA 3L2XA 216LA 251LA 1CU5A 3OE0A 1CU6A 2O4WA 3FI5A 4GRVA 218LA 1C61A 196LA 1L81A 3DMVA 1QS5A 2F32A 3NY8A 1L88A 1L83A 1L80A 1CV1A 2OTZX 3QAKA 3SBBC 174LA 1CV0A 1L17A 1CV3A 1DYGA 111LA 1D3NA 1LYIA 1DYBA 1L90A 1CU3A 1QTBA 1QUHA 1CV4A 1G0PA 3DNAA 1P46A 3F8VA 1LYJA 4LDEA 2B7XA 1D9WA 1C6AA 3HUQA 232LA 3HT6A 1L46A 221LA 188LA 181LA 127LA 258LA 226LA 1L02A 4YXCA 1WTHA 1L41A 1QTHA 1LWKA 1EPYA 236LA 1L71A 4DKLA 1P7SA 3OE6A 1L77A 1T8GA 222LA 3HUKA 224LA 1C6CA 1L70A 1C6HA 1DYDA 1LWGA 200LA 120LA 1T6HA 1I6SA 1C6LA 1L33A 2OU9A 131LA 1QT5A 4I7JA 214LA 3C81A 1OVKA 240LA 5LZMA 6LZMA 2RBNA 1L97A 1D3JA 1L09A 210LA 1L19A 1CUQA 1L54A 3CDRA 1L22A 1G1VA 3HDFA 110LA 1LGUA 246LA 1L59A 2B73A 1LI6A 237LA 1JTNA 119LA 2LZMA 227LA 192LA 1OV7A 4W57A 1G06A 4DJHA 4I7NA 1L18A 1L25A 1LGWA 2OE7X 1L64A 1PQJA 2B75A 3HH4A 254LA 3SB7A 1DYAA 3FA0A 178LA 104LA 1L05A 1C66A 229LA 109LA 173LA 4EXMA 1D2WA 4ARQB 233LA 1QS9A 4EKSA 2RBSA 1L27A 1L94A 1KNIA 1TLAA 1P2LA 239LA 1QUDA 1K28A 4I7OA 3HT7A 1C6KA 1L03A 115LA 1PQMA 125LA 2F2QA 1C6NA 2RBPA 4W59A 2B6YA 1CVKA 1L73A 4GBRB 4YX7C 1C63A 1L16A 4EKQA 1SSYA 1L08A 4W53A 3GUJA 169LA 3SBAA 1CV5A 1T97A 1L29A 2RBRA 3DN0A 242LA 172LA 138LA 177LA 1XJTA 3HUAA 4I7TA 2NTGA 185LA 1DYEA 195LA 1L55A 1C6TA 1CU2A 1NHBA 1L26A 152LA 160LA 149LA 3HWLA 4EKRA 4AQNA 4I7KA 3G3WA 3V2WA 2OE4X 1QT3A 1L72A 1L0JA 1KW7A 1T8FA 1C60A 4W58A 189LA 4W54A 2RB2X 4LDOA 1L74A 2RB0X 3SB6A 108LA 3EMLA 1SSWA 166LA 1P6YA 3CDVA 143LA 1L56A 2O7AA 1QTCA 209LA 112LA 159LA 146LA 141LA 1PQOA 1LYHA 139LA 3CDTA 162LA 1G0LA 147LA 3OE8A 4S0WA 1L44A 1L66A 1CX7A 1G0GA 168LA 1DYFA 4E97A 2B72A 1L93A 3DN4A 1L92A 1C6MA 7LZMA 1OYUA 3C7WA 1C6FA 3DN1A 3OE9A 1L31A 4EPIA 4PK0A 4ARJA 3GUMA 1LLHA 253LA 3GULA 1L65A 1CV6A 1QSBA 3CDQA 1L95A 5I14A 4EPFA 2OE9X 1L13A 1ZYTA 3NY9A 211LA 2L78A 1JQUA 1OVJA 2RB1X 3PBLA 1L45A 2Q9EA 1L30A 3HT8A 1KW5A 163LA 3ODUA 3FADA 1C6IA 1OVHA 2RBOA 1QSQA 145LA 4W56A 1L79A 2OU8A 3K2RA 1L06A 3HU8A 3DMXA 4DAJA 1L60A 2HUMA 102LA 2LC9A 2LCBA 3DMZA 238LA 245LA 3GUKA 1OWZA 3C82A 241LA 1SX2A 3C80A 3HTFA 217LA 3C7YA 3SB5A 1G1WA 1L10A 205LA 4IAPA 1L67A 1B6IA 1G0QA 212LA 4PJZA 1PQDA 1L53A 2ANVA 1LPYA 4LZMA 1C6QA 244LA 1QTZA 4ARMB 2RAYX 1L20A 184LA 1L68A 3VW7A 150LA 1L24A 255LA 128LA 1QT7A 1ZWNA 3C8RA 1L40A 260LA 126LA 252LA 3JR6A 1L04A 191LA 3HU9A 2RAZX 1QT8A 1L37A 1L96A 230LA 1L32A 249LA 1P64A 220LA 1L86A 1G07A 2B6ZA 1G0KA 3DN3A 198LA 1LYFA 151LA 1KY0A 1L87A 2QARC 2OU0X 247LA 2NTHA 3V2YA 1P5CA 1LW9A 1L52A 1C6JA 2Z6BA 1L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WVXA 1GFKA 1F10A 1SX7A 3AW7A 4XJIA 1L61A 1LSNA 3LZMA 1C45A 1L51A 225LA 4H9AA 4J0LA 1P56A 208LA 3C7ZA 5LA5A 3AZ4A 1F6RA 3A90A 4Z46A 3LN2A 3RZEA 261LA 231LA 3SB8A 1GF4A 2BQCA 4I7SA 1YKZX 4I7MA 1RJCB 2IFFY 4KL7A 4BADA 3HH3A 4OWCA 1PS5A 1D3MA 1L75A 1B7NA 3LYZA 1GE0A 3HTBA 1UC0A 2Q9DA 3TMWA 1C62A 1XEPA 4LFXA 5LVIA 5LXWA 4NHIA 1AT5A 3CDOA 2HU1A 1KS3A 1L69A 5B06A 1LHLA 3HTGA 1L34A 2BQNA 1IWYA 4ETDA 3HH6A 5HMVA 4B4IA 3N9EA 2CWIA 1L01A 3LZ2A 2A4TA 4ET8A 5A3ZA 2W1LA 2ANXA 201LA 3HBDA 1PQIA 2HUKA 2YBLA 4DDCA 2MEIA 2ZQ3A 4NG1A 107LA 1CUPA 4RLNA 1QUGA 2EKSC 1KY1A 1L84A 3AGHA 2W1YA 1HEMA 3A3QA 1LZ9A 1LMTA 1P37A 1RCMA 1L11A 1LJEA 1ZURA 4B0DA 1C10A 1L58A 235LA 3ZVQA 164LA 1G0JA 4EKPA 4CGEA 2AUBA 3A6BY 5LA8A 1BB7A 113LA 1KXWA 4G4CA 1C67A 161LA 1CJ9A 4L41A 1QT6A 1LJJA 2BQKA 7LYZA 1LYDA 2MEBA 1IWUA 1JSEA 4NSGA 4NHQA 1L98A 3A92A 1RFPA 187LA 4KT3A 1OUDA 1L57A 1W08A 1GB0A 176LA 216LA 1CU5A 3OE0A 1GWDA 2DQGY 1OQMA 3FI5A 3DMVA 1QS5A 1L83A 3SBBC 1CV1A 5KKJA 2BQGA 1LZ1A 1BVKC 1CV0A 1B7OA 1CV3A 1DYGA 1GB3A 1B5VA 1LYIA 2YBHA 1FN5A 1QUHA 2DQHY 4WMGA 1P46A 1OUJA 4LDEA 1HERA 1UIHA 1LMCA 1WQQA 3WPKA 1XEIA 181LA 1E8LA 3LYMA 5KKIA 1LWKA 4H94A 4ZFPA 1LSCA 1LZNA 3HUKA 1LHKA 5A3EA 1G7IC 3AZ5A 1L70A 1DYDA 1T6HA 1JKAA 3W6AA 1HELA 240LA 1LSDA 1D3JA 1L09A 2YBJA 1REYA 1L19A 2HEDA 1A4VA 1L54A 4XYYA 1EQ4A 1G1VA 4J7VA 4N0JA 2BQIA 3TXEA 1IR8A 1JTNA 2Z2FA 2BQLA 1LJFA 4BAPA 3CSQA 4ETEA 1BWHA 3W6EA 1JEFA 2XJWA 5E4PA 3BKVA 1RI8B 1L25A 254LA 1GBWA 1L05A 1EL1A 3RW8A 1D9UA 4XJGA 1L94A 1KNIA 4I7OA 1LZ8A 1P2LA 1L03A 1LZ4A 3A6CY 115LA 2F2QA 4GN5C 3CSRA 4M4OA 4NY5A 4W59A 1DPXA 1GAYA 1L73A 1OUHA 4DYGA 4MSTA 5I5QA 5IDDA 4W53A 3J6KA 3SBAA 1CV5A 5B59A 2YVBA 135LA 3AGGG 1LSMA 4J1AA 138LA 3HUAA 6LYTA 4I7TA 3F6ZA 1T6VL 185LA 195LA 1L55A 4WO6A 1NQIA 4ZEEA 3AZ7A 4YM8A 1B7RA 1UICA 3HWLA 2F4AA 4AQNA 3G3AB 5L3HA 3TXBA 1L72A 1T8FA 4H9CA 2RB2X 5T3FA 4H90A 1LOZA 166LA 2LZTA 1IR9A 209LA 2I25L 4H8ZA 112LA 146LA 5LINA 1PQOA 139LA 2BPUA 1CNSA 1YAQA 1DYFA 4C3WA 5KJ9A 4RLMA 4HTQA 2CDSA 1GFGA 1GPQC 3C7WA 2YBNA 5LYMA 4ARJA 1W6ZA 253LA 1G7MC 4RW2A 3CDQA 4NWEA 4G49A 3SP3A 4EPFA 2OE9X 3E3DA 1GE1A 5IHGA 2W1XA 1QSAA 1LZYA 3PBLA 1DZBX 1KXYA 2Q9EA 4LYTA 4N9RA 3LHMA 3ODUA 5C6IA 1OVHA 4NSIA 5KXTA 1XSFA 1B5ZA 2Q0MX 3HU8A 1NMMA 3A93A 4QGZA 4DAJA 2LC9A 4NHTA 3DMZA 238LA 241LA 3C80A 217LA 3C7YA 3SB5A 1G1WA 2VB1A 205LA 212LA 1G0QA 3N9AA 1SLYA 3RNXA 1BQLY 1C6QA 5KXYA 3ZVQB 1C46A 1GFEA 1L20A 184LA 1XGUC 3VW7A 2F30A 3C8RA 5HNLA 3K3TA 4LT2A 252LA 4B49A 1QT8A 4HJYA 5HNCA 1VEDA 1IR7A 1IP3A 2EIZC 1RE2A 3DN3A 198LA 1LYFA 1L87A 4H8YA 1JTOL 1LW9A 1LYSA 4NHPA 4GN3A 4HJVA 1REZA 1L14A 3WU9A 1L99A 5KXOA 4HTKA 4NWHA 3P68A 2XBRA 1CJ8A 5F9XA 1DI4A 3HH5A 1VATA 3TXDA 1D3FA 1HFXA 4KPMA 3G3XA 1HFZA 3WXTA 129LA 2YBMA 4HV2A 4UWNA 4TX7A 3C8SA 1L91A 1QTVA 2BQAA 1QUSA 2XQOA 2Z38A 1GFUA 4B4JA 2OEAX 2C8PA 4WG7A 1B5WA 3LYOA 1C68A 2ZYPA 3D4SA 1DXJA 257LA 4YXAC 5LVHA 197LA 4WLDA 1L89A 1LAAA 8LYZA 1ZV5L 137LA 5FELA 5KXNA 3ZEKA 183LA 1QTEA 2F2NA 1NBYC 165LA 1KIRC 4IATA 1CJ6A 1LZBA 114LA 1XJUA 5FSTA 1BWIA 2F47A 1NDMC 1GF8A 1LSZA 5KY1A 3VWOA 1L82A 3M3UA 5M1YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WVX A;  1GFK A;  1F10 A;  1SX7 A;  3AW7 A;  4XJI A;  1L61 A;  1LSN A;  3LZM A;  1C45 A;  1L51 A;  225L A;  4H9A A;  4J0L A;  1P56 A;  208L A;  3C7Z A;  5LA5 A;  3AZ4 A;  1F6R A;  3A90 A;  4Z46 A;  3LN2 A;  3RZE A;  261L A;  231L A;  3SB8 A;  1GF4 A;  2BQC A;  4I7S A;  1YKZ X;  4I7M A;  1RJC B;  2IFF Y;  4KL7 A;  4BAD A;  3HH3 A;  4OWC A;  1PS5 A;  1D3M A;  1L75 A;  1B7N A;  3LYZ A;  1GE0 A;  3HTB A;  1UC0 A;  2Q9D A;  3TMW A;  1C62 A;  1XEP A;  4LFX A;  5LVI A;  5LXW A;  4NHI A;  1AT5 A;  3CDO A;  2HU1 A;  1KS3 A;  1L69 A;  5B06 A;  1LHL A;  3HTG A;  1L34 A;  2BQN A;  1IWY A;  4ETD A;  3HH6 A;  5HMV A;  4B4I A;  3N9E A;  2CWI A;  1L01 A;  3LZ2 A;  2A4T A;  4ET8 A;  5A3Z A;  2W1L A;  2ANX A;  201L A;  3HBD A;  1PQI A;  2HUK A;  2YBL A;  4DDC A;  2MEI A;  2ZQ3 A;  4NG1 A;  107L A;  1CUP A;  4RLN A;  1QUG A;  2EKS C;  1KY1 A;  1L84 A;  3AGH A;  2W1Y A;  1HEM A;  3A3Q A;  1LZ9 A;  1LMT A;  1P37 A;  1RCM A;  1L11 A;  1LJE A;  1ZUR A;  4B0D A;  1C10 A;  1L58 A;  235L A;  3ZVQ A;  164L A;  1G0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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